Le biomolecole: struttura e funzione

Dai polimeri alle biomolecole

Le biomolecole svolgono un ruolo nei sistemi biologici, come i carboidrati, i lipidi, le proteine e gli acidi nucleici. Le principali caratteristiche
delle biomolecole sono:
- sono macromolecole, ovvero molecole complesse che possono contenere anche migliaia di atomi.
- composti polifunzionali, costituiti da molecole che contengono due o più gruppi funzionali diversi.
- polimeri, sono formate dall'unione di composti organici più piccoli chiamati monomeri.
La biochimica si occupa dello studio degli scambi energetici e della produzione di energia, degli scambi di informazioni all’interno degli
organismi, del funzionamento di strutture complesse a livello molecolare.
Le biomolecole possono essere suddivise in quattro classi fondamentali: carboidrati, lipidi, proteine e acidi nucleici. I carboidrati e i lipidi
costituiscono le principali fonti energetiche degli organismi e svolgono un’importante funzione strutturale. Le proteine hanno un ruolo
strutturale, sono i principali regolatori degli organismi viventi e consentono lo svolgimento di tutte le funzioni vitali di una cellula. Gli acidi
nucleici contengono le informazioni necessarie per la biosintesi delle proteine e garantiscono la riproduzione degli organismi e il
perpetuarsi della vita.
I carboidrati
I carboidrati sono un gruppo di sostanze organiche naturali costituite generalmente da tre soli elementi: carbonio, idrogeno e ossigeno. I
carboidrati sono composti polifunzionali perchè contengono un gruppo carbonile (aldeidico o chetonico) insieme a più gruppi ossidrile.
Sono considerati carboidrati anche tutte le sostanze che per idrolisi danno composti di questo tipo.
I carboidrati svolgono due principali funzioni nel mondo vivente: riserva energetica e ruolo strutturale.
I carboidrati si classificano in base alla complessità della loro struttura:
- monosaccaridi, rappresentano le unità costitutive di carboidrati più complessi.
- oligosaccaridi, sono formati da pochi monosaccaridi.
- polisaccaridi, composti da numerosi monosaccaridi.
Dal punto di vista nutrizionale, i carboidrati si dividono in carboidrati semplici, o zuccheri, e carboidrati complessi.
I carboidrati sono associati a molecole di natura diversa, formando molecole ibride chiamate glicoconiugati. Le glicoproteine e i glicolipidi
sono esempi di glicoconiugati in cui la porzione glucidica si unisce, rispettivamente, a proteine e lipidi. La presenza di carboidrati aumenta la
diversità biologica delle proteine o del lipide di partenza, queste molecole ibride mediano la comunicazione fra cellule.
Monosaccaridi
Sono i carboidrati più semplici di cui formula generale è: C nH2nOn, dove n è un numero mai inferiore a tre e spesso non superiore a sei.
I triosi sono monosaccaridi a tre atomi di carbonio, i tetrosi ne hanno quattro e i pentosi ne hanno cinque. Gli aldosi possiedono un gruppo
funzionale aldeidico e i chetoni un gruppo chetonico.
Le molecole di monosaccaridi contengono anche tanti gruppi ossidrile quanti sono gli atomi di
carbonio meno uno.
La gliceraldeide, lo zucchero più semplice: l’aldoso più semplice è la gliceraldeide C3H6O3, della
quale esistono due possibili isomeri, chiamati D-gliceraldeide e L-gliceraldeide sono
enantiomeri. Si tratta di due isomeri ottici per la presenza di un centro stereogenico.
Le formule di proiezione di Fisher: le lettere D e L si riferiscono alla posizione del gruppo -OH
sul secondo atomo di carbonio della gliceraldeide. Le formule di proiezione di Fischer si ottengono immaginando di proiettare l’atomo di
carbonio tetraedrico su un piano.
La differente disposizione dei sostituenti non influenza la maggior parte della proprietà chimiche e fisiche delle due sostanze ma ha
profonde conseguenze sulla loro funzione biologica: la D-gliceraldeide è utilizzata dagli organismi viventi, mentre la L-gliceraldeide è una
molecola biologicamente inerte.
Il glucosio e gli altri monosaccaridi: con l’aumentare del numero di atomi di carbonio nella molecola,
aumenta il numero dei centri stereogenici e quindi il numero di isomeri ottici possibili. Le molecole di
monosaccaridi della serie D sono quella biologicamente rilevanti: esse presentano il gruppo -OH del
centro stereogenico più lontano dal gruppo aldeidico (o chetonico) legato sulla destra. Il D-glucosio
C6H12O6, è lo zucchero più usato dagli organismi viventi come fonte di energia.
Il D-ribosio, un pentoso di formula molecolare C5H10O5, entra nella costituzione dell’RNA.
Il 2-desossiribosio si ottiene dal ribosio per eliminazione dell’atomo di ossigeno legato al carbonio C-2.
Il chetoso più semplice è il diidrossiacetone C3H6O3, e appartiene ai chetosi anche il D-fruttosio C 6H12O6.
La struttura ciclica dei monosaccaridi in soluzione: in soluzione, le molecole di
monosaccaridi a cinque e sei atomi di carbonio formano prevalentemente strutture
cicliche. La chiusura dell’anello avviene tramite una reazione di addizione nucleofila fra il
gruppo ossidrile legato a uno degli atomi di carbonio terminali della catena e il gruppo
aldeidico con formazione di un emiacetale ciclico.
formule di proiezione di Haworth ←
L’anomeria: la formazione dell’emiacetale e la chiusura dell’anello hanno importanti
conseguenze sulle proprietà della molecola, ciò dà origine a due nuovi isomeri ottici, detti
anomeri. Nel caso del D-glucosio, si hanno due anomeri, con diverse funzioni biochimiche:
- α-D-glucosio
- β-D-glucosio
Gli anelli a cinque atomi sono detti furanosi e quelli a sei atomi sono detti piranosi.
Il legame O-glicosidico e i disaccaridi
Il legame fra alcune molecole di monosaccaridi porta alla formazione degli oligosaccaridi. I disaccaridi derivano dall’unione di due
monosaccaridi per reazione dell’ossidrile anomerico di un monosaccaride con un ossidrile dell’altro attraverso una reazione di
condensazione (acetalizzazione), la reazione porta alla liberazione di una molecola d’acqua e alla formazione di un legame O-glicosidico.
Un disaccaride è un acetale in cui il gruppo -OH anomerico è sostituito da un gruppo -OR.
Il legame glicosidico può essere di tipo α o β a seconda che il gruppo ossidrile del carbonio anomerico sia α o β.
Tra gli oligosaccaridi diffusi in natura, oltre al maltosio hanno particolare rilevanza due disaccaridi: saccarosio e lattosio.
I polisaccaridi con funzione di riserva energetica
L’unione mediante legami glicosidici di numerose molecole di monosaccaridi porta alla formazione dei polisaccaridi. Gli omopolisaccaridi
sono costituiti dallo stesso monosaccaride, invece gli eteropolisaccaridi sono costituiti da due o più tipi diversi di monosaccaridi. Esistono
anche polisaccaridi a catena lineare e polisaccaridi a catena ramificata.
L’amido: l’amido un omopolisaccaride assai diffuso nelle piante, è dato dall’associazione di numerose molecole di α-D-glucosio. E’ un
polisaccaride di riserva e si trova nei cereali, nelle patate e nei legumi.
I costituenti principali dell’amido sono l’amilosio, con andamento elicoidale, e l’amilopectina, costituita da catene lineari.
L’amido è un omopolisaccaride costituito da unità di α-D-glucosio legate fra loro con legami α1,4-glicosidici in presenza di ramificazioni
(legami α1,6-glicosidici) ogni 25-30 unità.
Il glicogeno: nel mondo animale, il glicogeno è l’analogo dell’amido e si trova nel citoplasma delle cellule del fegato e del muscolo dove è
depositato sotto forma di granuli. Il glicogeno ha funzione di riserva energetica, anche se, negli animali la maggior parte della riserva di
energia è conservata sotto forma di grasso nel tessuto adiposo.
Il glicogeno degli organismi animali è un omopolimero di α-D-glucosio: la molecola è molto più ramificata dell’amilopectina e forma una
struttura di tipo globulare.
Il glicogeno depositato nelle cellule animali va incontro a modificazioni continue in base alle esigenze dell’intero organismo, infatti dopo un
pasto il glicogeno viene sintetizzato a partire dal glucosio e si accumula. La sintesi e la demolizione del glicogeno sono regolate dagli ormoni
pancreatici insulina e glucagone.
I polisaccaridi con funzione strutturale
Numerosi polisaccaridi hanno una funzione strutturale. Alcuni formano robuste strutture fibrose che conferiscono resistenza e protezione a
cellule e organismi, altri costituiscono la matrice extracellulare.
La cellulosa: la cellulosa è il principale costituente della parete delle cellule vegetali. La cellulosa è un omopolisaccaride insolubile costituito
da numero unità di β-D-glucosio unite tra loro con legami β1,4-glicosidici a formare catene lineari, prive di ramificazioni.
La presenza dell’anomero β del D-glucosio fa sì che le catene polisaccaridiche assumono un andamento lineare, associandosi fra loro per
mezzo di legami a idrogeno. I legami β-glicosidici non possono essere idrolizzati dai succhi digestivi del nostro organismo e il polisaccaride è
pertanto indigeribile.
La chitina: la chitina ha una funzione strutturale che forma l’esoscheletro di crostacei, insetti e anche la parete cellulare di alcuni funghi. La
chitina è un omopolimero di N-acetil-β-D-glucosammina, in cui le unità monosaccaridiche sono unite fra loro da legami 1,4-glicosidici a
formare catene prive di ramificazioni.
I lipidi
I lipido sono un gruppo eterogeneo di sostanze che hanno in comune la caratteristica di essere insolubili in acqua e solubili in solventi
organici apolari come etere, cloroformio e cicloesano.
I lipido hanno una funzione di riserva energetica e hanno un ruolo strutturale, inoltre costituiscono il rivestimento mielinico degli assoni
delle cellule nervose e agiscono come isolante termico. Infine i lipido sono precursori di numero molecole dotate di attività biologica, quali
vitamine e ormoni.
L’eterogeneità strutturale dei lipidi rende necessaria una loro classificazione in lipidi semplici e lipidi complessi, alcune molecole possono
poi essere precursori o derivati lipidici.
Un altro criterio per dividere i lipido è a seconda che le loro molecole siano o meno in grado di dare saponi a seguito di trattamento a caldo
con basi forti, quali NaOH o KOH:
- lipidi saponificabili (trigliceridi)
- lipidi non saponificabili (steroidi)

I precursori lipidici: gli acidi grassi

Gli acidi carbossilici che possiedono quattro o più atomi di carbonio sono detti acidi grassi. Sono presenti nei lipidi naturali
prevalentemente sotto forma di esteri, ma esistono anche come acidi grassi liberi.
Gli acidi grassi sono costituiti da una lunga catena costituita da almeno dodici atomi di carbonio e hanno formula generale R-COOH. La
catena R può essere satura, se non sono presenti doppi legami, o insatura se sono presenti uno o più doppi legami in configurazione cis. Gli
acidi grassi in cui sono presenti due o più doppi legami sono noti come acidi grassi polinsaturi.
Gli acidi grassi saturi sono provvisti di una catena in cui gli atomi di carbonio si legano fra loro mediante legami singoli. Le catene degli acidi
grassi insaturi contengono uno o più doppi legami.
La lunga catena idrocarburica degli acidi grassi saturi ha un punto di fusione relativamente elevato. Al contrario, negli acidi grassi isnaturi, in
prossimità dei doppi legami in configurazione cis la catena subisce un cambiamento in direzione che ostacola il compattamento serrato
delle molecole.
La denominazione ω degli acidi grassi: gli acidi grassi insaturi sono talvolta classificati in base ad un criterio che considera la distanza in
atomi di carbonio fra l’ultimo doppio legame della catena e l’estremità metilica della molecola. Questa divisione è nota come
denominazione ω. Gli acidi grassi essenziali non possono essere sintetizzata dal metabolismo cellulare umano e devono essere assunti con
la dieta.
I trigliceridi
I trigliceridi sono la principale riserva energetica degli organismi viventi, sono i costituenti del tessuto adiposo negli animali, dove sono
presenti in forma di grassi, e dei depositi lipidici nelle piante, in cui prendono il nome di oli.
L’impalcatura strutturale di base dei trigliceridi è il glicerolo. La molecola di glicerolo lega tre molecole di acido grasso attraverso reazioni di
saponificazioni di esterificazione in cui vengono eliminate tre molecole di acqua.
I trigliceridi sono una famiglia di molecole che differiscono per il tipo di acido grasso legato.
I grassi animali, che si trovano allo stato solido a temperatura ambiente, sono ricchi di acidi grassi saturi, negli oli vegetali, che si
presentano liquidi a temperatura ambiente, predominano invece gli acidi grassi insaturi.
La reazione di saponificazione dei trigliceridi: il trattamento a caldo di una
miscela di grassi o oli con una soluzione concentrata di NaOH o KOH dà
luogo ad una reazione di saponificazione in cui formano saponi.
Le molecole di sapone sono anfipatiche, deriva da questo il loro potere
detergente.
La reazione di idrogenazione degli oli vegetali: gli oli vegetali possono
essere trasformati in sostanze solide, dette margarine, tramite una reazione di addizione di atomi di idrogeno ai doppi legami in presenza
di un catalizzatore.
La saturazione dei doppi legami diminuisce anche la possibilità di attacchi da parte di sostanze ossidanti e limitano la formazione di
sottoprodotti che hanno odori sgradevoli e sono potenzialmente tossici.
I lipidi con funzione strutturale: i fosfogliceridi
Accanto al ruolo di riserva energetica, i lipidi hanno un importante ruolo strutturale, infatti sono tra i principali componenti delle
membrane cellulari.
I fosfogliceridi contengono gruppi polari: i fosfogliceridi hanno uno
scheletro di base costituito dal glicerolo con due molecole di acido
grasso. Il glicerolo esterifica in terza posizione anche un gruppo fosfato,
legato a un gruppo X, in genere un amminoalcol, la cui natura è spesso
ionica o polare.
Un amminoalcol è un composto organico bifunzionale, costituito da un
gruppo amminico -NH2 e un gruppo ossidrile -OH.
L’acido fosfatidico è il fosfogliceride più semplice, il gruppo X è un atomo
di idrogeno. Dall’acido fosfatidico possono derivare altre molecole di
fosfogliceridi più complessi la fosfatidilcolina e la fosfatidiletanolammina.
I fosfogliceridi formano le membrane cellulare: i fosfogliceridi hanno una doppia natura, in prossimità del gruppo fosfato e del gruppo X la
molecola è polare, mentre nella regione dei due acidi grassi la molecola è apolare. Le molecole con queste caratteristiche sono dette
anfipatiche e tendono a formare doppi strati quando si trovano a contatto con l’acqua.

I fosfogliceridi formano doppi strati quando vengono posti a contatto con l’acqua.
I fosfogliceridi sono molecole anfipatiche provviste di una porzione polare (testa idrofila), in prossimità del gruppo fosfato e del gruppo X, e
di una porzione apolare (code idrofobiche), in corrispondenza degli acidi grassi.
↠ le molecole di colesterolo interposte tra le code fosfolipidiche del doppio strato influenzano la fluidità degli acidi grassi nella membrana.
↠ alcune proteine integrali attraversano tutto lo spessore dello strato fosfolipidico; altre vi penetrano solo parzialmente.
↠ i carboidrati sono legati alla superficie esterna delle proteine (glicoproteine) o dei lipidi (glicolipidi).
I terpeni, gli steroli e gli steroidi
I terpeni sono derivati dell’isoprene: i terpeni sono un gruppo di lipidi non saponificabili che derivano dal 2-metil,1,3-butadiene, noto come
isoprene.
Questa molecola è instabile e ha una spiccata tendenza alla polimerizzazione, che porta alla formazione di composti sia lineari sia ciclici. I
terpeni hanno un odore intenso, sono presenti sia negli animali (squalene), sia nei vegetali (mentolo).
Il colesterolo: gli steroidi sono un gruppo di lipidi non saponificabili che presentano la struttura di base dell’idrocarburo policiclico saturo
ciclopentanoperidrofenantrene. Lo sterolo più abbondante nei tessuti animali è il colesterolo. Il colesterolo è un composto a 27 atomi di
carbonio, in cui all’anello D della struttura a quattro anelli è legata una catena alchilica.
Nell’uomo il colesterolo è assunto con gli alimenti ma è anche prodotto dal fegato in modo controllato per assicurarne la disponibilità
ottimale ai vari tessuti. E’ un costituente fondamentale delle membrane cellulari, delle quali regola la fluidità: alla temperatura corporea
conferisce alla membrana cellulare la compattezza necessaria allo svolgimento delle sue funzioni. Alle basse temperature, il colesterolo
impedisce che la membrana cristallizzi perdendo la propria funzionalità.
Il colesterolo è il precursore di numerosi steroidi biologicamente importanti, come la vitamina D 3 e gli ormoni steroidei, ma è anche
precursore dei sali biliari.
Le vitamine liposolubili
Si definiscono vitamine tutte le sostanze organiche necessarie agli organismi in piccole quantità che nella maggior parte dei casi devono
essere assunte attraverso la dieta perchè non possono essere sintetizzate dall’organismo stesso (sostanze essenziali).
↠ le vitamine sono di natura organica.
↠ sono sostanze essenziali, non sintetizzabili dall’organismo.
↠ il fabbisogno di vitamine è basso.
Le vitamine sono classificabili in vitamine idrosolubili e vitamine liposolubili a seconda che siano solubili in acqua o siano di natura lipofila.
Le vitamine liposolubili sono: A, D, E e K, e regolano processi fisiologici fondamentali nell’organismo umano.
Le vitamine liposolubili, soprattutto A e D sono presenti in estratti oleosi derivati da pesci e si ritrovano nel fegato e in altri alimenti.
Un’insufficiente assunzione di vitamine può dar luogo a sintomi di deficit vitaminico.
Come la carenza di vitamine (ipovitaminosi), anche il loro eccessivo accumulo (ipervitaminosi) può essere dannoso per la salute. Le
vitamine liposolubili sono sostanze difficilmente eliminabili dall’organismo per la loro ridotta solubilità nei liquidi fisiologici.
Gli ormoni lipofili
Gli ormoni sono molecole organiche prodotte dalle ghiandole endocrine del nostro organismo che si riversano nel sangue e agiscono
legandosi a specifici recettori posti su cellule bersaglio.
Gli ormoni sono in grado di regolare numerose funzioni fisiologiche. Agiscono come messaggeri chimici e sono implicati nella risposta
dell’organismo a stimoli provenienti sia dall’ambiente interno al corpo sia dall’esterno.
Gran parte degli ormoni sono molecole idrofile, di natura proteica o derivate da amminoacidi. Gli ormoni tiroidei e quelli della corticale del
surrene e le gonadi producono ormoni lipofili.
Un ormone steroideo è il cortisolo, prodotto dalla parte corticale della ghiandola surrenale.
Le proteine
Le proteine sono diffuse in tutti gli organismi viventi e nei virus. Sono presenti in tutte le cellule e nell’ambiente extracellulare, dove
svolgono molteplici funzioni. Costituiscono l'impalcatura strutturale dei vari organi e apparati. Le proteine agiscono come catalizzatori
(enzimi), molecole segnale (fattori di crescita cellulare, ormoni), trasportano sostanze nel sangue (emoglobina) e attraverso la membrana
cellulare (canali di membrana).
I diversi tipi di proteine: le proteine sono costituite da unità strutturali di base chiamate amminoacidi che si legano fra loro a formare
catene polipeptidiche.
Le proteine costituite esclusivamente dalla componente polipeptidica sono definite proteine semplici (albumine, cheratina). Le catene
polipeptidiche sono associate a piccole molecole organiche o ioni metallici che consentono lo svolgimento della funzione specifica, queste
sostanze sono dette gruppo prostetici.
Le proteine in cui sono presenti gruppi prostetici di varia natura si chiamano proteine coniugate (emoglobina).
Le proteine sono classificate anche in base alla loro forma, che è ottimizzata per la funzione da svolgere. Le proteine che svolgono funzioni
strutturali sono insolubili e hanno una struttura allungata e sono dette proteine fibrose (α-cheratina). Le proteine che svolgono la propria
funzione in soluzione hanno una struttura compatta e sono dette proteine globulari (mioglobina). Le proteine di membrana sono immerse
nel doppio strato fosfolipidico e permettono alla cellula di captare i segnali provenienti dall’esterno (proteine transmembrana).

Gli amminoacidi
Gli amminoacidi sono molecole organiche bifunzionali che presentano un gruppo carbossilico (-COOH) e un gruppo amminico (-NH 2).
I due gruppi funzionali di ciascun amminoacido sono legati allo stesso atomo di carbonio, noto come carbonio α, e sono per questo detti α-
amminoacidi. Gli amminoacidi differiscono solo per la loro catena laterale.
Gli α-amminoacidi delle proteine sono molecole chirali: tutti gli α-amminoacidi mostrano quattro sostituenti diversi legati all’atomo di
carbonio α che è quindi un centro stereogenico, la conseguenza è che ogni amminoacido esiste sotto forma di due isomeri ottici diversi (D e
L). Gli α-amminoacidi presenti nell proteine appartengono sempre alla serie L.
Le proprietà acido-base degli α-amminoacidi: i gruppi funzionali sono ionizzabili e
sono sensibili al pH dell'ambiente. Al valore di pH fisiologico un amminoacido si
presenta come ione dipolare.
Ai valori di pH acido, un amminoacido presenta la carica positiva del gruppo -NH 3+
e mostra il gruppo -COOH nella forma indissociata. Con valori di pH basico, un
amminoacido presenta la carica negativa del gruppo -COO - e mostra il gruppo -
NH2 nella forma indissociata.
Ogni amminoacido è caratterizzato da un punto isoelettrico (pI) che equivale al valore di pH in corrispondenza del quale l’amminoacido
risulta essere elettricamente neutro.
La classificazione strutturale degli α-amminoacidi: i venti α-amminoacidi che costituiscono le proteine si classificano in base alle
caratteristiche strutturali della loro catena laterale R. Alcuni amminoacidi mostrano una catena laterale apolare (idrofobica), altri una
catena laterale polare (idrofila):
- amminoacidi apolari: amminoacidi aromatici e alifatici
- amminoacidi polari: alcuni hanno un gruppo non ionizzabile, altri hanno un gruppo ionizzabile che può assumere una carica elettrica
positiva.
Gli amminoacidi essenziali: le proteine non possono essere sintetizzate nelle cellule del nostro organismo: per questo sono detti
amminoacidi essenziali e devono essere assunti con la dieta.
L’istidina e l’arginina sono due amminoacidi essenziali solo nel cosrso del primo anno di vita. Le proteine hanno un valore nutrizionale
diverso in base al contenuto in amminoacidi essenziali.
La reattività della cisteina: gli amminoacidi sono molecole piuttosto stabili. La cisteina è un caso particolare: il gruppo -SH della catena
laterale tende a reagire con un gruppo analogo di un’altra molecola di cisteina.
Questa reazione porta alla formazione di un legame disolfuro, S-S. La presenza di legami disolfuro influenza la struttura tridimensionale
delle proteine.
Il legame peptidico
Gli amminoacido reagiscono fra loro per formare catene polipeptidiche mediante reazioni di polimerizzazione. Con una reazione di
condensazione, tra i due amminoacidi si forma un particolare tipo di legame ammidico chiamato legame peptidico.
I dipeptidi e gli oligopeptidi: il prodotto della reazione tra due amminoacidi è una nuova molecola che prende il nome generale di
dipeptide. Alle due estremità di ogni dipeptide compaiono ancora un gruppo -NH 3+ e un gruppo -COO-, ciascuno dei quali è in grado di
reagire con un altro amminoacido per formare un nuovo legame peptidico.
Dipeptidi, tripeptidi e tetrapeptidi sono esempio di oligopeptidi, ovvero brevi catene formate dall'unione di pochi amminoacidi.
I polipeptidi: l’aggiunta di amminoacidi successivi porta sempre a un peptide che presenta i gruppi -NH 3+ e -COO- liberi alle due estremità e
disponibili a formare nuovi legami peptidici.
Quando gli amminoacidi coinvolti nella formazione della catena aumentano il numero di polipeptidici. Ogni polipeptide possiede
all'estremità amminoterminale e un estremità carbossiterminale. Ciascun amminoacido della catena è detto residuo amminoacidico o
residuo.
La struttura delle proteine
Ogni proteina è costituita da una o più catene di amminoacidi. Le istruzioni per la sintesi di un polipeptide sono contenute nel DNA. Le
caratteristiche di una catena influenzano la struttura tridimensionale della proteine che, a sua volta, è in correlazione con la funzione
biologica che la molecola deve svolgere.
Le proteine condividono quattro livelli comuni di organizzazione strutturale. Queste conformazioni presentano una complessività crescente
e prendono il nome di struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria.
Struttura primaria: la struttura primaria di una proteina è l’ordine con cui gli amminoacidi si susseguono nella catena polipeptidica. La
struttura primaria di una proteina è codificata dalla sequenza di triplette di nucleotidi che costituiscono un gene, l’ordine non è casuale ma
è determinato in un modo preciso per ogni particolare proteina di un organismo. La struttura primaria determina sia la sua forma sia la dua
funzione: una piccola variazione delle sequenze può rendere la proteina inattiva.
Struttura secondaria: la struttura secondaria corrisponde alla conformazione locale assunta da brevi tratti della catena polipeptidica ed è il
livello più semplice di ripiegamento della catena nelle tre dimensioni dello spazio. Le strutture secondarie più diffuse nelle proteine sono
l’α-elica e il foglietto-β.

α-elica (citocromo)
La conformazione elicoidale della catena principale è dovuta alla presenza di numerosi legami a idrogeno che si stabiliscono fra gruppi
funzionali NH e CO presenti in due giri successivi dell’elica. L’elica gira verso destra come la cheratina dei capelli.
↠ l’α-elica è stabilizzata da legami a idrogeno tra gruppi NH e C=O.
foglietto-β (fibroina)
I legami a idrogeno si stabiliscono fra due tratti adiacenti di catena polipeptidica, che prendono il nome di filamenti-β. Nel complesso la
struttura assume la forma di un foglietto pieghettato con le catene laterali che si dispongono alternativamente sopra e sotto il piano del
foglietto.
↠ nella struttura a foglietto-β i legami a idrogeno tra gruppi NH e gruppi C=O tengono uniti segmenti diversi della stessa catena
polipeptidica.
β-turn e loop
I vari elementi regolari di struttura secondaria presenti in una proteina sono collegati fra loro da tratti meno ordinati che assumono un
andamento ad ansa e vengono identificati come:
- β-turn: costituiti da pochi aminoacidi che danno un cambiamento di direzione alla catena di 180°.
- loop: sono di maggior lunghezza e più irregolari.
La struttura terziaria: la struttura terziaria di una proteina è la conformazione complessiva che si ottiene dal ripiegamento nello spazio
tridimensionale dell’intera catena polipeptidica. Il ripiegamento della catena racchiude gli amminoacidi con catena laterale apolare
all’interno della molecola (core idrofobico) ed a esporre quelli polari sulla superficie esterna della molecola, a contatto con il solvente
acquoso.
Le catene laterali degli amminoacidi contenuti nelle α-eliche e nei foglietti-β vicini fra loro interagiscono reciprocamente e portano alla
formazione di legami deboli. Tra gli amminoacidi di una proteina possono formarsi anche legami covalenti come i legami disolfuro che si
instaurano fra due catene laterali di cisteina.
↠ l’interazione idrofobica fra catene di amminoacidi apolari è quella che ha maggiore importanza per stabilizzare la struttura terziaria di
una proteina.
La struttura quaternaria: la struttura quaternaria delle proteine è data dalla combinazione di due o più catene polipeptidiche chiamate
subunità.
Le catene polipeptidiche all’interno della stessa proteina possono essere uguali, come nel caso della proteina cro, o diverso come nel caso
del capside del virus del raffreddore.
Le diverse subunità che formano la proteina sono tenute insieme da interazioni non covalenti, spesso di natura idrofobica e/o
elettrostatica. A volte le catene sono associate fra loro tramite legami covalenti, come negli anticorpi che sono legate fra loro tramite
legami disolfuro tra catene laterali di cisteine.
Le proteine che legano l’ossigeno: mioglobina ed emoglobina
Mioglobina e emoglobina sono proteine globulari che svolgono il loro ruolo in soluzione. La mioglobina ha la funzione di legare l’ossigeno
nel tessuto muscolare, l’emoglobina fa lo stesso nei globuli rossi nel sangue.
Mioglobina ed emoglobina sono proteine coniugate, oltre alla globina contengono un gruppo prostetico detto eme.
Il gruppo eme: il gruppo eme è un complesso coordinato, formato dalla protoporfirina IX e da uno ione Fe + al centro di essa. Lo ione Fe2+ si
trova al centro dell’eme e può formare sei legami di coordinazione. La catena polipeptidica risulta ancorata all'interno del gruppo eme. Il
sesto legame di coordinazione del ferro, quanto presente, è con una molecola di O 2.
La mioglobina è una proteina monomerica: la mioglobina è una proteina monomerica, relativamente piccola, costituita da 153
amminoacidi, contenuta nelle cellule muscolari.
La mioglobina presenta otto distinte α-eliche, ripiegate in modo da formare una tasca idrofobica interna che accoglie un gruppo eme. La
cellula muscolare quando è in attività e richiede ossigeno, quindi la mioglobina ha dunque una funzione di deposito di ossigeno che può
essere rilasciato al muscolo in caso di bisogno.
L’emoglobina è un tetramero: l’emoglobina è un esempio di proteina con struttura quaternaria: si tratta di un tetramero, ossia una
proteina oligomerica formata da quattro subunità.
Negli essere umani adulti, l’emoglobina presenta due catene α e due catene β. Ciascuna di queste catene lega un gruppo eme.
L’emoglobina è presente in alta concentrazione all’interno dei globuli rossi e ha la funzione di trasportare l’ossigeno nel sangue, legando O 2
a livello dei capillari che circondano gli alveoli polmonari.
Le proteine a funzione catalitica: gli enzimi
Gli enzimi sono proteine specializzate per la funzione catalitica e agiscono
accelerando le reazioni chimiche. La maggior parte delle reazioni che avvengono
nelle cellule sono infatti così lente da non potersi svolgere se non si presenta di un
enzima.
Le proprietà degli enzimi: un enzima mostra tre caratteristiche fondamentali: agisce
in piccolissime quantità, si ritrova strutturalmente inalterato al termine della
reazione e svolge la sua funzione attraverso una diminuzione dell’energia di
attivazione della reazione senza modificare l’equilibrio della reazione stessa.
Gli enzimi si distinguono dai catalizzatori inorganici per alcune proprietà peculiari che li rendono unici nello svolgimento della loro funzione.
- efficienti.
- altamente specifici: riconoscono selettivamente la molecola che deve essere trasformata nella reazione. Gli enzimi sono stereospecifici,
cioè riconoscono anche gli enantiomeri di una stessa molecola.
- modulabili: la velocità è regolata in modo fine e selettivo mediante l'interazione tra l'enzima e una molecola che agisce da modulatore.
- agiscono in condizioni fisiologiche: gli enzimi sono in grado di agire nelle condizioni di pH, temperatura e pressione caratteristiche degli
organismi viventi.
La classificazione e la nomenclatura degli enzimi: ciascun enzima deve essere specifico nella tipologia di reazione. Sono state definite sei
classi di enzimi: ossidoreduttasi, trasferasi, idrolasi, liasi, isomerasi e ligasi.
La classificazione degli enzimi è associata alla loro nomenclatura sistematica. Il nome corrente di un enzima è costituito dal nome della
molecola che deve essere trasformata e da un secondo termine con suffisso -asi.
La catalisi enzimatica: l’azione catalitica segue un percorso ciclico. L'enzima
interagisce e lega in modo specifico il substrato cioè la molecola da trasformare.
Il legame del substrato avviene a livello del sito attivo. In seguito al legame, si
forma il complesso enzima-substrato, a questo punto la catalisi induce la
reazione di trasformazione del substrato in una molecola diversa, il prodotto.
Secondo il modello dell’adattamento indotto, il sito attivo dell’enzima e il
substrato non sono inizialmente del tutto complementari fra loro da un punto di
vista strutturale. Quando le due parti entrano in contatto reciproco, esse vanno
incontro a una piccola variazione conformazionale che consente alle due
strutture di adattarsi l’una all’altra in maniera perfettamente complementare.
Il ciclo segue la seguente equazione: E+S ⇆ ES ⟶ E+P
Il numero di turnover di un enzima: la catalisi enzimatica risente delle
caratteristiche del mezzo in cui si trovano l’enzima e il substrato e cambia
soprattutto al variare della temperatura e del pH dell’ambiente.
Il numero di turnover di un enzima è dato dalle moli di substrato che sono trasformate in prodotto da parte di una mole di enzima in un
secondo e in condizioni di reazione ottimali.
L’attività enzimatica: l’attività enzimatica è la quantità di substrato che viene trasformata in prodotto nell’unità di tempo in condizioni di
reazione ottimali. La misura dell’attività enzimatica si usa nei laboratori biochimici per valutare la presenza di un certo enzima in un
campione biologico a scopo diagnostico, per esempio nel siero l’enzima transaminasi.
La regolazione dell’enzima enzimatica: la maggior parte degli enzimi svolge la propria azione all’interno delle cellule, la loro attività deve
quindi essere modulata in modo da rispondere alle esigenze metaboliche cellulari. Uno dei meccanismi principali per controllare l’attività di
un enzima consiste nel variare la disponibilità dei substrati. Altri metodi di regolazione sono: allosterismo, modificazioni covalenti e
inibizione enzimatica.
Allosterismo
Gli enzimi sottoposti all’allosterismo sono di norma costituiti da più subunità e
vanno incontro a un lieve cambiamento conformazionale quando legano in
modo specifico un effettore allosterico. Gli effettori allosterici sono piccole
molecole prodotte dalle attività metaboliche cellulari.
La variazione strutturale indotta dagli effettori allosterici può modificare l’attività
dell’enzima in senso positivo (aumento dell’attività) o negativo (riduzione
dell’attività).
La presenza di più effettori allosterici nella cellula consente di modulare
finemente l’attività dell’enzima. Gli enzimi allosterici rappresentano di solito
importanti snodi di regolazione delle reazioni intracellulari.
Le vitamine idrosolubili e i coenzimi
I cofattori sono ioni metallici o piccole molecole organiche non di natura proteica necessarie per l’attività catalitica di alcuni enzimi. Un
enzima legato al suo cofattore viene detto oloenzima, un enzima privo del suo cofattore viene chiamato apoenzima ed è privo di attività.
Gli ioni metallici più utilizzati come cofattori sono Fe 2+, Zn2+... , in alcuni casi gli ioni metallici favoriscono il legame e la trasformazione del
substrato.
Le molecole organiche che agiscono come cofattori vengono anche chiamate coenzimi e prendono parte direttamente all’azione catalitica
dell’enzima. I coenzimi rappresentano la forma attiva di una classe di composti come le vitamine idrosolubili, in particolare quelle del
gruppo B.
Le vitamine idrosolubili: le vitamine idrosolubili comprendono tutte le vitamine del gruppo B e la vitamina C. Il ruolo delle vitamine
idrosolubili è vario ma tutte le vitamine del gruppo B sono trasformate in derivati essenziali per la catalisi enzimatica e implicati in varia
misura nei processi metabolici a carico di carboidrati, lipidi e amminoacidi. La vitamina C svolge un’importante funzione antiossidante.
I coenzimi: le vitamine del gruppo B partecipano a reazioni biochimiche dopo essere state trasformate nei coenzimi corrispondenti. Per
esempio la vitamina B2 è il precursore del flavin-adenin dinucleotide (FAD), coenzima che partecipa all’azione di alcune deidrogenasi. Le
deidrogenasi FAD-dipendenti legano il coenzima molto saldamente. Quando si forma il complesso enzima-substrato, due atomi di idrogeno
sono rimossi dal substrato e trasferiti al FAD che si riduce a FADH 2.
I nucleotidi
Gli acidi nucleici sono il DNA e l’RNA, queste molecole sono depositarie dell'informazione genetica, cioè della trasmissione dei caratteri
ereditari, e controllano la sintesi di tutte le proteine.
I nucleotidi: entrambe le forme di acidi nucleici sono polimeri lineari che hanno come monomeri i nucleotidi. Un nucleotide è costituito
dall’unione di tre specie chimiche più semplici: una base azotata, una molecola di zucchero a cinque atomi di carbonio e un gruppo fosfato.
I nucleotidi sono distinti in due classi, ribonucleotidi e desossiribonucleotidi, a seconda che contengono come zucchero una molecola di
ribosio o di desossiribosio.
Nei ribonucleotidi che costituiscono l’RNA, il ribosio si trova legato a una di quattro possibili basi azotate: adenina e guanina (purina),
citosina e uracile (pirimidine).
I desossiribonucleotidi che costituiscono il DNA si distinguono dai precedenti per la presenza di desossiribosio al posto del ribosio. Inoltre
nel DNA la base azotata timina sostituisce l’uracile.
I nucleosidi e i loro derivati: la molecola costituita da un pentoso e da una base azotata, ma priva del gruppo fosfato, prende il nome di
nucleoside.
Si hanno nucleosini adenosina, guanosina, citidina, timidina e uridina, quindi un nucleotide non è altro che un nucleoside monofosfato. Al
gruppo fosfato possono essere legati uno o due gruppi fosfato addizionali, formano rispettivamente derivati nucleosidici difosfato e
trifosfato, come l’ATP.
La denominazione dei nucleotidi e dei derivati nucleosidici si basa sull’impiego di sigle a tre lettere:
- la prima lettera indica il tipo di nucleoside
- la seconda lettera indica il numero di gruppi fosfato
- la terza lettera è sempre P che sta per fosfato.
I nucleosidici e i derivati nucleosidici difosfati e trifosfati si trovano anche in forma libera nelle cellule, dove svolgono importanti ruoli nel
metabolismo.