20/04/2021

MECCANISMO DEL PROCESSO DI TRASCRIZIONE

Con il termine “trascrizione” viene indicato il processo che consente di sintetizzare RNA. Per poter
sintetizzare RNA abbiamo bisogno di una molecola di DNA che faccia da stampo e, a partire dalla sequenza
di nucleotidi che sono presenti sulla molecola di DNA, sintetizziamo una molecola di RNA.

L’acido ribonucleico, in sigla RNA, è una molecola polimerica implicata in vari ruoli biologici di codifica,
decodifica, regolazione e l’espressione dei geni. L’RNA a differenza del DNA è formato da una singola elica,
presenta lo zucchero ribosio a 5 atomi di carbonio che possiede un gruppo ossidrilico sul carbonio in
posizione 2’.

I tipi di RNA di cui disponiamo all’interno della cellula sono 3:

 rRNA (RNA ribosomiale), fondamentale per la formazione dei ribosomi

 tRNA (RNA di trasferimento) che conduce l’ordine con cui gli AA devono essere inseriti all’interno
della catena polipeptidica durante la traduzione
 mRNA (RNA messaggero) che porta il messaggio dal DNA ai ribosomi prima della trascrizione

Bisogna ricordare due termini che corrispondono a due processi che avvengono nella cellula:

1) il processo di trascrizione che si riferisce alla sintesi di tutti e tre gli RNA che abbiamo a
disposizione.
2) il processo di traduzione che corrisponde alla sintesi delle proteine.

Dunque, una volta trascritti i tre tipi di RNA, essi verranno utilizzati nel processo di traduzione.

Quali sono le regioni del DNA soggette a trascrizione? Le regioni del DNA trascritte le definiamo geni. Un
gene è la sequenza di DNA che serve per la sintesi di un polipeptide (proteina) o di vari tipi di RNA. Avremo
geni che codificano per l’mRNA, geni che codificano per tRNA e geni che codificano per l’rRNA.

I termini “trascrizione” e “traduzione” fanno riferimento al linguaggio del DNA, dell’RNA e dell’mRNA. Nelle
molecole di DNA e di RNA troviamo un linguaggio espresso mediante le 4 basi azotate: ciò vuol dire che
durante il processo di sintesi della molecola di RNA (trascrizione) il linguaggio sarà lo stesso; dunque, l’unica
cosa che andremo a fare sarà ricopiare ciò che è scritto nel DNA. In una molecola di DNA. La traduzione
invece prevede la sintesi di proteine, dunque, il linguaggio utilizzato sarà quello degli aminoacidi e sarà
necessaria, appunto, una traduzione.

Il processo di trascrizione nelle cellule batteriche:

Il processo di trascrizione lo possiamo descrivere in 4 fasi:

1. Prima fase: è data dal legame dell’RNA polimerasi a
questa particolare regione che viene definita
promotore;
2. Fase di inizio: cioè la fase in cui comincia a trascrivere
cioè a sintetizzare questa catena di nucleotidi legati
sempre tramite il legame fosfodiestere;
3. Fase di allungamento: dove questa catena di RNA
viene allungata;
4. Fase di terminazione: qua l’RNA polimerasi deve dissociarsi dalla molecola di DNA e ci troviamo
difronte alla molecola di RNA appena trascritta e quindi al nostro trascritto.

1) Per poter trascrivere abbiamo bisogno dell’RNA polimerasi, enzima che ha il compito di catalizzare
la reazione di formazione di RNA mediante legame fosfodiesterico in direzione 5’-3’. L'RNA
polimerasi batterica è costituita da:
un core costante (subunità alpha
beta) e da un fattore di trascrizione
chiamato fattore sigma (σ) o parte
variabile. La subunità sigma
dell’RNA polimerasi va a
riconoscere una particolare regione
che viene detta promotore che è la
regione che segnala l’inizio della
trascrizione. Le caratteristiche
fondamentali del promotore sono
due: il primo è il punto di inizio, in
corrispondenza della sequenza ATG
(di cui ci interessa A) cui viene dato
il numero +1 e sede di inizio
dell’inserimento degli AA nella
catena proteica. Tutto ciò che si
trova dopo viene numerato con numeri maggiori e positivi di +1, mentre tutto ciò che si trova a
sinistra verrà numerato con numeri negativi maggiori. Il secondo sono le sequenze in posizione -10
e -35. Esse sono sequenze segnale o consenso, il che significa che per ciascuna posizione
presentano la base più comunemente trovata. Una volta riconosciuto il promotore e trascritti i
primi 10 nucleotidi, la subunità sigma viene rilasciata.
2) L’RNA polimerasi, funziona in maniera del tutto identica alla DNA polimerasi cioè va a formare i
legami fosfodiesterici fra nucleotidi, utilizzando nucleotidi trifosfato in direzione 5’-3’. Siccome
l’RNA possiede un unico filamento, utilizzeremo un solo filamento dei due del DNA. Visto che l’RNA
polimerasi procede in direzione 5’-3’,
il filamento di DNA che dobbiamo
utilizzare è quello che possiede
orientamento antiparallelo ovvero il
filamento 3’-5’. Così facendo l’RNA-
polimerasi potrà procedere in
direzione 5’-3’. Questo perché anche
l’RNA polimerasi non deve fare altro
che leggere la sequenza di nucleotidi
presente sul filamento di DNA e
inserire dei nucleotidi complementari.
Il filamento di DNA che utilizziamo
durante il processo di trascrizione lo
chiamiamo filamento stampo in
quanto funge proprio da stampo per
l’inserimento dei nucleotidi
 complementari. Il filamento che non viene utilizzato durante il processo di trascrizione è detto
codificante perché la sua sequenza risulterà essere identica a quella dell’RNA.
3) Durante la fase di allungamento quello che si vede è un ibrido costituito per circa 8-9 nucleotidi da
RNA, la molecola che stiamo sintetizzando, e da DNA, la molecola che sta funzionando da stampo.
In più man mano che la doppia elica si
apre e viene utilizzata per il processo
di trascrizione, subito dietro (regione
che è stata già trascritta) viene
nuovamente riappaiata al filamento
codificante. Quindi questo processo di
apertura è attuato per un breve
periodo che dura giusto il tempo di
consentire all’RNA polimerasi di
trascrivere ma subito dopo la doppia
elica e quindi i legami a idrogeno
vengono riformati. Durante il processo
di duplicazione, questo lavoro di
apertura della doppia elica era svolto
dall’elicasi, qui il lavoro è svolto
esclusivamente dall’RNA polimerasi. In più, durante il processo di duplicazione del DNA, avevamo
bisogno di una primasi che sintetizzasse un piccolo innesco (primer) che consentisse alla DNA
polimerasi di allungare questa sequenza; l’RNA polimerasi invece può cominciare a lavorare da 0
quindi non ha bisogno di alcun innesco.
4) L’allungamento della catena di RNA nascente procede fino a quando la RNA polimerasi copia una
particolare sequenza, chiamata segnale di terminazione, che induce la fine della trascrizione. Nei
batteri si distinguono due classi di segnali di terminazione, che differiscono per il fatto che
richiedano o meno la partecipazione di una particolare proteina, chiamata fattore rho. La prima è
detta terminazione rho dipendente mentre l’altra viene definita rho indipendente. Rho è una
piccola proteina che, nel primo
caso, subito dopo l’avvio della
trascrizione, si lega all’estremità 5’.
Essa risale lungo il filamento di RNA
(utilizzando ATP, energia). Rho si
avvicina sempre di più all’RNA
polimerasi. Quando rho arriva
all’RNA polimerasi l’RNA che è stato
appena trascritto e l’RNA
polimerasi, si dissociano dalla
molecola di DNA. Questo
meccanismo lo chiamiamo
meccanismo rho dipendente.
Le terminazioni rho-
indipendenti o terminazioni
intrinseche non hanno bisogno di
alcuna struttura per interrompere la
trascrizione. Il DNA contiene al proprio interno delle sequenze che istruiscono l'RNA polimerasi a
fermarsi; questi segmenti d'informazione genica hanno la particolarità di essere specularmente
uguali. Ad esempio, questa sequenza di DNA e il suo trascritto rappresenta un esempio di
terminazione intrinseca:
AGTGTTAGTAACACT (DNA)
(trascrizione)
UCACAAUCAUUGUGA (RNA)

Rispetto alla G del DNA e alla C

dell'RNA (ambedue evidenziate nella
sequenza di sopra), le due catene, se
lette dalla base marcata verso
sinistra o dalla base marcata verso
destra sono complementari. Questo
vuol dire che, mentre la RNA
polimerasi sintetizza l'RNA, questa
molecola si può “auto-appaiare”,
formando una forcina caratteristica.
La forcina pare bloccare la
terminazione e, di conseguenza,
sembra poter coadiuvare il rilascio
dell'RNA già trascritto.
Le sequenze di terminazione
intrinseche possiedono due
caratteristiche oltre a quella appena menzionata della specularità. In esse rilevano un consistente
numero di basi appaiate G-C vicino alla forcina ed un numero elevato di U affiancate.