TRADUZIONE CONCLUSIONE

Il ciclo del ribosoma, che comprende il legame dell’amminoacil-tRNA, la formazione del legame peptidico e
la traslocazione, continua fino a che uno dei tre codoni di stop entra nel sito A.

Vengono riconosciuti da proteine dette fattori di rilascio.

Che attivano l’idrolisi del polipeptide dal peptidil-tRNA.

Esistono 2 classi di fattori di rilascio:

 Fattori di classe I: riconoscono i fattori di stop e innescano l’idrolisi della catena peptidica dal tRNA nel
sito P.
 Nei procarioti ne esistono 2:
+ RFI: riconosce UAG e UAA
+ RFII: riconosce UGA e UAA

 Negli eucarioti esiste solo eRFI

 Fattori di classe II: stimolano la dissociazione dei fattori di classe I dal ribosoma, in seguito al rilascio
della catena polipeptidica.
Ne esiste uno sia per i procarioti che per gli eucarioti ed è RF3, eRF3 per gli eucarioti.

I codoni di stop sono gli unici codoni che non vengono riconosciuti da tRNA.

Il riconoscimento dei codoni di stop deve essere mediato da un’interazione proteina-RNA.

Esiste una regione cruciale per il riconoscimento specifico dei codoni di stop, detta anticodone peptidico.

È una regione di tre amminoacidi che deve interagire e riconoscere i codoni di stop.

Tutti i fattori di rilascio di classe I possiedono un motivo GGQ essenziale per il rilascio del polipeptide.

Esso è situato in prossimità del centro peptidil-transferasico.

Grazie ad esso viene idrolizzato il peptide e il fattore di rilascio di classe II,

complessato con il GDP, si lega al ribosoma.

Subisce una variazione conformazionale che stimola l’idrolisi del GDP e viene
rilasciato.

A questo punto troveremo il ribosoma con due tRNA scarichi ed entra in

gioco il fattore di riciclaggio del ribosoma.

Entra nel ribosoma insieme a EF-G legato ad nuovo GTP, che una volta
idrolizzato il GTP fa in modo che i due tRNA vengano finalmente rilasciati e le subunità maggiore e minore
vengono separate anche grazie al fatto che rientra in gioco il fattore di inizio.
La traduzione può servire messaggeri o proteine difettose perché hanno subito delle modifiche, per cui non
sono quelle funzionali.

 MESSAGERO SENZA CODONE DI STOP (procarioti)

Il ribosoma traduce e arriva fino alla fine di questo messaggero ma non ha incontrato il codone di stop,
quindi resta li in fase di stallo.

È una situazione pericolosa e va eliminata.

Esiste nei procarioti, un particolare di mRNA, il tmRNA.

È un ibrido tra un tRNA e un messaggero, che ha una regione 3’

che somiglia a quella di un tRNA e può quindi caricare un
amminoacido, è poi ha una cornice aperta di lettura.

Il tmRNA è anche chiamato SsrA, ed è in grado di caricare alanina

e di essere legato dal fattore di allungamento EF-Tu-GTP.

Questo SsrA entra nel sito A, che è vuoto, si ha idrolisi di GTP e rilascio dell’alanina.

Essa carica su di se il peptide che si trova sul peptidil-tRNA,

viene quindi sintetizzato un legame peptidico.

Viene a questo punto liberato il tRNA scarico e viene liberato anche il messaggero.

L’ibrido ha dei codoni, all’interno dell’ORF, che entrano nel sito A e arriva un altro amminoacil-tRNA.

Questa viene tradotta fino a che arriva ad un codone di stop, in modo da liberare così il ribosoma.

La catena polipeptidica che è stata sintetizzata contiene una sequenza di amminoacidi che viene
riconosciuta come marcatore per essere degradata dalle proteasi.

Questo ibrido ha dunque riciclato il ribosoma e liberato il messaggero.

 Eucarioti
Negli eucarioti normalmente il messaggero si porta dietro anche tutta una serie di proteine hnRNP che
restano alla giunzione esone – esone, esse marcano quel messaggero come messaggero maturo che
deve essere trasportato. Quando passa il ribosoma, spiazza questi complessi, li spinge via fino a che non
arriva al segnale di stop e termina la traduzione.
Decadimento dell’mRNA mediato da codoni non-senso

Se ho un segnale di stop prematuro vuol dire che ci sono stati degli

errori, può aver anche subito un errore di trascrizione o può essere
che il gene sia stato mutato. Un segnale di stop prematuro fa sì che
il ribosoma, che non ha ancora spiazzato i complessi che si trovano
alle giunzioni esoni – esoni, richiami delle proteine che riconoscono
questa come anomalia, cioè un ribosoma che riconosce un segnale
di stop, ma che ha dopo di sé ancora dei complessi esoni – esoni.
Queste proteine richiamate riescono a liberare il ribosoma e a
degradare sia il messaggero che la proteina sintetizzata perché la
riconoscono come sbagliata perché c’è stato evidentemente una
mutazione che ha portato a questo.

Decadimento dell’mRNA mediato da codoni nonstop

Invece se abbiamo la situazione in cui non c’è lo stop, a differenza

dei procarioti, gli eucarioti comunque dopo la sequenza
codificante hanno al 3’ non tradotto la coda di poliA. Quindi il
ribosoma va avanti se non incontra segnali di stop anche fasulli, e
continua anche a tradurre la coda di poliA. Il codone costituito da
3° codifica per la lisina quindi un ribosoma così fatto e che
termina alla fine della coda di poliA, viene riconosciuto da
esosoma quindi non entra quella strana molecola mista tra un
tRNA e un messaggero, ma il ribosoma in stallo viene riconosciuto
da due proteine che lo dissociano. La proteina invece che è stata
sintetizzata e che non deve funzionare, ma deve essere
degradata, ha una coda di poli lisine e questo è un segnale di
degradazione. Quindi la coda di poli lisine viene riconosciuta da
proteasi che vanno a degradare anche la proteina sbagliata. Così
si libera il ribosoma e si elimina il prodotto che non è buono.
 La traduzione proprio perché è un processo molto di step successivi che devono andare avanti in un
certo modo, è il processo più facilmente attaccabile per esempio dagli antibiotici. È possibile trovare
delle molecole che blocchino alcuni di questi passaggi della traduzione dei procarioti e non quella degli
eucarioti.
Ognuno fa una cosa diversa però qualsiasi step io blocchi, blocco la traduzione e quindi il tutto finisce
per ammazzare la cellula. Ci sono quelli specifici solo per batteri. Ci sono quelli che possono funzionare
sia su eucarioti che batteri e quelli che funzionano solo sugli eucarioti. Quest’ultimi vengono usati nella
ricerca per bloccare la traduzione in modo tale da studiare un certo fenomeno, per esempio voglio
vedere se l’espressione genica viene regolata a livello trascrizionale o traduzionale, mi è comodo avere
delle molecole che blocchino l’uno o l’altro passaggio, in modo da vedere se ho un accumulo di
messaggero o di proteina.

La puromicina viene utilizzata perché è un

terminatore di catena. Viene usata nello studio
della traduzione. Ha un atteggiamento di
mimetismo molecolare perché riesce ad entrare
nel sito A quindi a fare delle interazioni simili a
quelle di un tRNA, riesce addirittura con il suo
NH2 a caricare su di sé la catena polipeptidica.
Quindi questo antibiotico termina la catena
perché porta un attacco come se fosse un amminoacil-tRNA. Trasferisce su di sé la catena polipeptidica e
poi la cosa non va più avanti perché non c’è il continuo del messaggio da essere tradotto e così se avveleno
le cellule con puromicina blocco definitamente la traduzione a ammazzo la cellula stessa.