TRADUZIONE ALLUNGAMENTO

La sintesi dei polipeptidi può iniziare quando il ribosoma viene assemblato con il
tRNA iniziatore carico nel sito P.

Ci sono 3 eventi chiave che devono avvenire affinché ogni amminoacido venga
aggiunto correttamente:

1. L’amminoacil-tRNA corretto viene caricato nel sito A, come determinato

dal codone presente nel sito.

2. formazione del legame peptidico con conseguente trasferimento della

catena nascente dal sito P al sito A.

3. traslocazione del peptidil-tRNA dal sito A al sito P, in modo tale che il

ribosoma sia pronto per un altro ciclo di riconoscimento dei codoni e di
formazione del legame peptidico.

Gli amminoacil-tRNA non si legano da soli sul ribosoma, ma hanno bisogno del
fattore di allungamento EF-Tu associato a GTP.

Posiziona il tRNA e si posiziona in maniera tale che l’attività GTPasica si viene a

trovare in quel sito del ribosoma, che è un centro di legame del fattore, e che
stimola l’idrolisi del GTP.

Il fattore viene rilasciato, anche perché questo copre l’amminoacido.

Che può ora posizionarsi nella giusta orientazione e porta l’attacco alla catena polipeptidica nascente.

Il ribosoma deve controllare il corretto appaiamento codone-anticodone, e lo fa attraverso 3 strategie:

1. E’ necessario che almeno i primi due nucleotidi facciano appaiamenti di Watson e Crick perché in
questo modo si forma un’ansa minore che interagisce con due adenine dell’rRNA 16S della subunità
minore che interagiscono tramite legame idrogeno con la coppia di basi.

Se le prime due basi del codone sono appaiate correttamente

con le ultime due dell’anticodone si crea un extra stabilizzazione.
Questo è importante poiché se il tRNA viene trattenuto fortemente è più facile che porti avanti la
catalisi.

2. Un altro meccanismo di controllo è il fattore EF-Tu, che in qualche maniera copre l’amminoacido e
fa in modo che non reagisca se non dopo che sia stato verificato che è tutto corretto.

3. Reazione di accomodamento: quando arriva l’amminoacil-tRNA, arriva disponendo l’amminoacido

dal lato opposto rispetto al peptidil-tRNA, quindi in realtà non si trova nella posizione giusta per far
avvenire la reazione. L’NH2 si deve venire a trovare vicino all’altro substrato perché è questo che fa
un enzima, avvicina cioè i substrati. Per fare questo l’amminoacil-tRNA si deve girare. Deve fare una
reazione che viene definita di accomodamento.

Se l’appaiamento codone – anticodone non è quello giusto, e quindi non ha neanche l’extra stabilizzazione
delle due adenine, la tensione che si genera su questo appaiamento è tale per cui non riesce ad essere
sostenuta quindi l’amminoacil tRNA viene rilasciato.
Una volta che è avvenuta la reazione peptidil-
transferasica, ovvero una volta che l’amminoacido
dell’amminoacil-tRNA carica su di se il peptidil-tRNA, le
estremità 3’ dei due tRNA si sono spostate nei siti
adiacenti, ma i loro anticodoni sono ancora nelle
posizioni iniziali.

Questa condizione è detta stato ibrido in cui:

 L’estremità 3’ del peptidil-tRNA è già nel sito P, mentre il suo anticodone è

ancora nel sito A.
 L’estremità 3’ del tRNA scarico è già nel sito E, mentre il suo anticodone è
ancora nel sito P.

Per fare in modo che i 2 tRNA traslochino completamento entra in gioco un altro
fattore di allungamento che è il fattore EF-G.

Ha anch’esso attività GTPasica, entra in contatto con il centro di legame del fattore
sulla subunità maggiore, idrolizza GTP e subisce un cambio conformazionale.

Per cui si allunga e tale allungamento sposta il peptidil-tRNA

dal sito A a quello P e l’altro nel sito E.
A questo punto il tRNA scarico può uscire e il peptidil-tRNA si troverà nel sito P.

Il fattore una volta idrolizzato il GTP, si troverà legato a GDP e verrà rilasciato dal
ribosoma.

Il sito A sarà dunque libero per il legame con un nuovo amminoacil-tRNA.

Il fattore EF-G è una proteina, ma riesce a svolgere tale funzione poiché ha una
struttura simile al tRNA.

Questo prende il nome di mimetismo molecolare.

Viene utilizzato molto per mascherarsi, in questo caso lo utilizza per entrare in uno spazio in cui
normalmente entra un tRNA.

Le proteine che idrolizzano i nucleotidi trifosfati passano da una forma trifosfato ad una forma difosfato e
devono sempre poi scambiare.

Tutte le molecole che hanno attività ATPasica, GTPasica, quando serve energia idrolizzano l’ATP, il GTP, che
però diventano ADP o GDP. Per ritornare funzionante quella molecola deve scambiare il GDP con il GTP o
l’ADP con l’ATP. Questo vale anche per i fattori di allungamento.

Una volta idrolizzato il GTP, devono scambiare il GDP legato con una nuova molecola di GTP.

I vari fattori hanno diverse affinità per i nucleotidi trifosfati e difosfati.

Per esempio EF-G ha una scarsa affinità per il GDP e quindi lo rilascia facilmente, ma altri come EF-Tu non lo
rilascia da solo, ma per far avvenire lo scambio ha bisogno di un fattore di scambio detto EF-Ts.

I fattori di scambio che si usano molto sono gli chaperon molecolari,

che stimolano il rilascio di GDP e la formazione di un legame con il GTP.