RELAZIONI TOPOLOGICHE FRA COMPARTIMENTI

SPAZI TOPOLOGICI :
CYTOSOL– MEMBRANA – EXTRACELLULARE
(ulteriori spazi in mitocondri o cloroplasti)
in rosso: spazio esterno
in grigio: spazio interno
IL TRASPORTO NUCLEO/CITOSOL
 COMPLESSO DEL PORO

Massa molecolare complessiva circa 125 milioni di dalton

In un nucleo di mammifero 3000- 4000 pori
DISPOSIZIONE DELLE NUCLEOPORINE
DIFFUSIONE ATTRAVERSO IL PORO
 DIFFUSIONE ATTRAVERSO IL PORO

TRASPORTO PASSIVO. Il poro è liberamente e passivamente permeabile a molecole

con massa fino a 5000 dalton, il che fa stimare la presenza di canali acquosi di circa
9 nm di diametro e lunghi 15 nm.

TRASPORTO ATTIVO. Attivamente possono passare molecole di dimensioni molto

maggiori fino a circa 100–200.000 dalton (polimerasi) o intere subunità ribosomali
(ma non ribosomi completi).
E’ possibile che il poro presenti un diaframma ad apertura controllata fino a circa
30 nm di diametro.
 SEGNALI DI LOCALIZZAZIONE NUCLEARE (NLS)

Le proteine trasportate attivamente sono dotate di sequenze segnale, o più spesso di zone
segnale necessarie e sufficienti per il trasporto.

Gli NLS possono essere localizzati ovunque nella sequenza proteica formando anse o zone sulla
superficie delle proteine

Esempio di sequenza segnale di importazione:

-Pro-Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val-

In Rosso aminoacidi positivi noti per la loro importanza

Come si dimostra che una

determinata sequenza è
proprio necessaria?
SEGNALI DI LOCALIZZAZIONE NUCLEARE (NLS)

Esempio di sequenza segnale: antigene T del virus SV40

Importazione: -Pro-Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val-

NLS sono necessari

 IMPORTAZIONE

I segnali di importazione nucleare non vengono in genere tagliati dopo la

1
importazione

2 Le proteine vengono trasportate anche nella conformazione completamente

ripiegata (anche se alcuni complessi macromolecolari vengono parzialmente
svolti)

3 I segnali spesso possono agire anche se artificialmente legati come catene

laterali alla proteina.
 IMPORTAZIONE

VISUALIZZAZIONE
DELL’IMPORTAZIONE
ATTIVA:

i segnali “artificiali” sono

efficaci (sufficienti).

Esempio con sfere di oro

colloidale rivestite di
peptidi contenenti segnali
NLS

I segnali NLS interagiscono

direttamente con il complesso
NPC? Chi è il partner?
IMPORTAZIONE
IMPORTAZIONE
 IMPORTAZIONE
L’esperimento dimostra che per il trasporto nucleare sono necessarie
proteine citosoliche
 IMPORTAZIONE

Le proteine citosoliche solubili riconoscono i segnali di importazione

4
nucleare: funzionano come recettori di importazione nucleare,

Importine α, β e Ran
 IMPORTAZIONE

importina-a

(importina-b1) importina-b1

I segnali vengono riconosciuti da una famiglia di recettori, le importine.

L’importina-a riconosce il NLS della proteina, l'importina-b1 lega l’importina-a e

interagisce con le proteine del poro NPC.
Se il NLS non è quello classico, è sufficiente l'importina-b1 per il trasporto.

L'attracco di questo complesso ternario (importina-a/importina-b1/NLS-proteina)

inizia per mezzo dell'interazione con la nucleoporina358 (appartenente alle fibrille
citoplasmatiche) la quale contiene sequenze FG
 IMPORTAZIONE

5 I recettori di importazione si legano sia a NLS sulla proteina da

trasportare sia alle proteine degli NPC
F F F IMPORTAZIONE
G G G
Le fibrille e altre nucleoporine possiedono
F F F
numerose ripetizioni di sequenze fenilalanina-
G G G glicina (FG). Sembra che i recettori si associno e
F F F dissocino ripetutamente alle sequenze FG
G G G adiacenti, casualmente.
X X X
X X X Raggiunto il nucleo i recettori si dissociano
liberando la proteina trasportata e verranno
X X X riportati al citoplasma
F F F
G G G
F F F
G G G
F F F
G G G
X X X
X X X
X X X Cosa rende efficace cioè direzionale il
F F F trasporto?
G G G È necessaria una fonte di energia?
F Quale?
F F
G G G
F F F Questo processo richiede l’idrolisi del GTP legato a Ran
G G G
 MECCANISMO DI TRASPORTO
Compartimentazione di Ran-GDP e Ran-GTP

In che modo l’idrolisi

del GTP impone la
direzionalità al
trasporto?
Ran-GAP, molecola citoplasmatica, stimola la attività GTPasica di Ran,
convertendo Ran-GTP in Ran-GDP. GDP
Ran
Ran-GEF, fattore di scambio nucleare ancorato alla cromatina, stimola lo
scambio GDP-GTP, riconvertendo Ran-GDP in Ran-GTP. Questo genera un
gradiente Ran-GDP – Ran GTP GTP
MECCANISMO DI
IMPORTAZIONE
come l’attacco di Ran-GTP causa il rilascio del carico dai recettori di importazione

nucleo citosol

Struttura di un recettore di Ciclo di carico nel citosol e

importazione nucleare di scarico nel nucleo
 ESPORTAZIONE
I meccanismi di esportazione nucleare funzionano come quelli di importazione
ma alla rovescia.

Esempio di sequenza segnale di esportazione (NES):

-Leu-Ala-Leu-Lys-Leu-Ala-Gly-Leu-Asp-Ile-
In Blu aminoacidi idrofobici

Anche i recettori di esportazione sono strutturalmente correlati ai recettori di

importazione e sono codificati dalla stessa famiglia di geni di recettori di
trasporto nucleare, le carioferine.

L’energia per il trasporto è fornita dall’idrolisi del GTP ad opera della

GTPasi Ran.
 MECCANISMO DI
ESPORTAZIONE

Qual è il ruolo di Ran

nell’esportazione?
L’idrolisi di GTP da parte di Ran fornisce direzionalità al trasporto nucleare
 IL TRAFFICO DELLE PROTEINE NUCLEARI
PUÒ ESSERE REGOLATO

1. MASKING INTERMOLECOLARE

NLS possono essere mascherati mediante legame con altre proteine

oppure mediante ancoraggio a strutture citoscheletriche, a membrane
o alla cromatina.
L’eliminazione dell’ancoraggio potrà permettere il trasporto.

2. MASKING INTRAMOLECOLARE

NLS possono essere attivati o disattivati ad esempio mediante

fosforilazione di aminoacidi
1. MASKING INTERMOLECOLARE
NF-kB
1. MASKING INTERMOLECOLARE La regolazione a feedback
della biosintesi del
colesterolo

SREBP: Sterol regulatory element-binding protein

SCAP: SREBP cleavage-activating protein
2. MASKING INTRAMOLECOLARE
NF-AT