1)CHE COSA E’ UN PROMOTORE E DIFFERENZE TRA EUCARRIOTI E PROCARIOTI= Si definisce “promotore”

una sequenza di nucleotidi collocata immediatamente a monte del sito di inizio della trascrizione. Esso
permette l’attacco sia dell’RNA polimerasi sia di altri fattori che facilitano l’inizio della trascrizione. Il sito di
attacco dell’RNA polimerasi è sull’elica stampo. Inoltre si è potuto denotare che, sia negli eucarioti che nei
procarioti vi sono delle sequenze altamente conservate, denominate sequenze consenso. In particolare si
sono riscontrate in quasi tutti i promotori sia batterici che eucariotici, due sequenze comuni:1) LA TATA
BOX o GOLDBERG-HOGNESS box= una sequenza timina-adenina-timina-adenina. Solitamente è presente
proprio vicino al sito di inizio della trascrizione (nei procarioti) o 25 nucleotidi prima del punto di inizio della
trascrizione (negli eucarioti), che forma, insieme ad altre sequenze canoniche, una regione particolare
denominata promotore. 2)La CAAT BOX=una sequenza di nucleotidi a monte rispetto al sito di inizio della
trascrizione inclusa nella regione del promotore. Si può trovare 35 bp prima del punto di inizio della
trascrizione nei procarioti e 75-80 bp negli eucarioti. Sequenza costituita da citosina-adenina-adenina-
timina. Queste due sequenze consenso sono quelle che poi permetteranno l’attacco dell’RNA polimerasi sul
DNA e allo stesso tempo consentiranno alla doppia elica DNA di aprirsi, in modo da esporre le basi azotate
e poter iniziare la polimerizzazione dell’RNA. Negli eucarioti, oltre la TATA BOX e la CAAT BOX possiamo
trovare altre due sequenze consenso, le quali sono in grado di regolare la trascrizione: L’INIZIATORE e le
ISOLE CpG. Esse sono regioni ricche in citosina e guanina collocate a circa 100 bp a monte del sito di inizio
trascrizione. Possono essere presenti in copie multiple e possono essere formate da 300 fino a 3000
nucleotidi. Queste zone ricche di G e C portano alla formazione della forma Z del DNA, quindi di una elica
con andamento sinistrorso. Questo è un segnale per i fattori di trascrizione in quanto indica che poco dopo
c’è un promotore a cui possono legarsi. La “p” collocata tra citosina e guanina si riferisce al legame
fosfodiesterico tra la citosina e la guanina. L’iniziatore invece, è poco frequente e meno conservativo.
Presenta questo tipo di sequenza: Y-Y-A+1-NT7A-Y-Y-Y, in cui la Y indica che è una pirimidina mentre dove
vi è la N vuol dire che può esserci qualunque dei quattro nucleotidi.