La Traduzione

La sintesi delle proteine su uno stampo di mRNA richiede il passaggio da un alfabeto a 4 lettere ad un alfabeto a 20 lettere. Il macchinario responsabile della traduzione tra i pi conservati nel corso dellevoluzione ed composto da 4 componenti principali: 1) mRNA, 2) tRNA; 3) aminoacil-tRNA sintetasi; 4) ribosoma. Gli mRNA vengono letti in direzione 5 ! 3 e la proteina viene prodotta dallN terminale al Cterminale. Ogni amminoacido specificato da un codone (tre nucleotidi) nellmRNA secondo un codice quasi universale. I tRNA fungono da adattatori che caricano, ad opera della specifica aminoacil-tRNA sintetasi, laminoacido corrispondente al codone da essi riconosciuto sullmRNA. Il ribosoma, un grande complesso ribonucleoproteico realizza la sintesi delle proteine concatenando gli aminoacidi portati dai tRNA. La porzione di mRNA che codifica per una proteina detta ORF (open reading frame), ed costituita da una serie di triplette che inizia con un codone di inizio e termina con un codone di stop.

mRNA procariotici ed eucariotici

Gli mRNA procariotici (a) normalmente contengono pi ORF e per questo vengono detti policistronici. Al contrario gli mRNA eucariotici (b) contengono un solo ORF (monocistronici).

mRNA procariotici ed eucariotici

Nei procarioti, la sequenza di Shine-Dalgarno (Ribosome Binding Site) consente il corretto posizionamento del ribosoma sullmRNA. In assenza di RBS in mRNA policistronici si ha accoppiamento della traduzione con ORF sovrapposti (5-AUGA-3).

Negli eucarioti, il legame del ribosoma allmRNA richiede il 5 cap (7-metil guanosina) e la coda di poly-A. Il ribosoma effettua quindi una scansione dellmRNA fino ad incontrare il codone iniziatore nel corretto contesto nucleotidico (Kozak consensus).

I tRNA
La traduzione resa possibile dai tRNA che fungono da adattatori tra i codoni e gli amino acidi. I tRNA hanno una struttura conservata e una lunghezza compresa tra 75 e 95 nt. Possono riconoscere pi di un codone e contengono basi insolite, prodotte da modificazioni enzimatiche post-trascrizionali.

Le basi insolite, pur non essendo essenziali migliorano lefficienza della traduzione.

La struttura terziaria dei tRNA

I tRNA assumono una struttura 3D simile ad una L rovesciata.

Formazione dellamminoacil-tRNA
La formazione dellamminoacil-tRNA avviene in due fasi: 1) adenililazione dellamminoacido; 2) trasferimento dellamminoacido adenililato al tRNA (caricamento del tRNA) e formazione di un legame acilico ad alta energia. La prima reazione spostata verso destra dallidrolisi del pirofosfato. Esistono due classi di tRNA sintetasi: i) quelle di classe I legano lamminoacido al 2-OH dellestremit 3 del tRNA; ii) quelle di classe II legano lamminoacido allestremit 3-OH.

Formazione dellamminoacil-tRNA
Ogni amminoacil-tRNA sintetasi specifica per un solo amminoacido (20 AATS), ma pu caricare pi tRNA (isoaccettori). La specificit di riconoscimento dei tRNA isoaccettori determinata dallansa dellanticodone (ma pi anticodoni possono corrispondere allo stesso amminoacido) e dalla base discriminante sul braccio accettore.

Formazione dellamminoacil-tRNA
La frequenza di errori nel caricamento molto bassa (<0,01 %) e dipende sia dalla specificit del riconoscimento dellamminoacido che dallintervento di un sistema di correzione che idrolizza i complessi aa-AMP non specifici. Il ribosoma controlla solo lappropriata interazione codone-anticodone ma non in grado di distinguere tRNA caricati in modo non corretto.

Le Selenoproteine
Alcune proteine (selenoproteine) contengono la selenocisteina, che viene considerato il 21mo amminoacido. La SeCys viene prodotta enzimaticamente dalla serina e caricata dalla serintRNA sintetasi. Essa viene codificata dal codone UGA (normalmente usato come stop) che in presenza di un opportuno elemento denominato SECIS (localizzato nella regione 3UTR dellmRNA negli eucarioti) viene ricodificato in SeCys. La selenocisteina viene generata enzimaticamente dalla serina caricata su uno specifico tRNASec, e richiede lintervento di uno specifico fattore di allungamento e di una SECIS binding protein.

Il Ribosoma
Il ribosoma lapparato macromolecolare che dirige la sintesi proteica. E costituito da almeno 3 molecole di RNA (lunghe fino a 3 kpb) e oltre 50 proteine. Nei procarioti la traduzione accoppiata alla trascrizione ed ha una velocit maggiore (circa 20 aa/sec) della traduzione negli eucarioti (ca 2-4 aa/sec) che invece non accoppiata e ha luogo in un compartimento differente.

Il Ribosoma
Il ribosoma costituito da due subunit, che si associano in modo reversibile. La subunit maggiore responsabile dellattivit catalitica (peptidil-transferasica), mentre la subunit minore deputata alla decifrazione dei codoni sullmRNA. Le componenti del ribosoma sono denominate in base alla loro velocit di sedimentazione in ultracentrifuga. I ribosomi di mitocondri e cloroplasti sono simili a quelli batterici ma leggermente pi piccoli.

Il ciclo del Ribosoma

La subunit maggiore e minore si associano e dissociano ad ogni ciclo di traduzione.

Il polisoma
Ciascun mRNA pu essere tradotto simultaneamente da pi ribosomi . Un mRNA associato a pi ribosomi viene detto polisoma (o poliribosoma). Questo fa s che nonostante gli mRNA non rappresentino pi del 5% dellRNA totale in una cellula, la maggior parte dei ribosomi sia impegnata nella traduzione (una cellula di E.coli contiene circa 15.000 ribosomi).

La reazione peptidil-transferasica
La reazione chimica catalizzata dal ribosoma la formazione del legame peptidico. Questo avviene mediante il trasferimento della catena polipeptidica nascente da un tRNA allaltro. Il trasferimento reso possibile dal fatto che il peptidil-tRNA e laminoacil-tRNA sono posizionati uno vicino allaltro nel ribosoma. La formazione del legame peptidico non richiede energia. La risoluzione della struttura 3D del ribosoma procariotico ha messo in luce che le componenti a RNA costituiscono il core del ribosoma e sono responsabili delle sue funzioni chiave. Le proteine ribosomiali si trovano ai margini e servono prevalentemente a stabilizzare gli rRNA altamente addensati e ricchi di cariche negative.

Il ribosoma ha tre siti di legame per il tRNA

La reazione peptidil-transferasica richiede la presenza contemporanea di almeno due tRNA sul ribosoma. Difatti, il ribosoma contiene tre siti di legame per i tRNA: 1) il sito A il sito di legame per laminoacil-tRNA; 2) il sito P lega il peptidil-tRNA; 3) il sito E (exit) lega il tRNA che viene rilasciato in seguito alla formazione del legame peptidico. I tre siti sono localizzati allinterfaccia tra la subunit maggiore e la subunit minore.

I canali sul ribosoma per mRNA e peptide

LmRNA entra ed esce dal ribosoma attraverso due piccoli canali nella subunit minore che assicurano una struttura lineare allmRNA. Un ulteriore canale nella subunit maggiore costituisce la via duscita della catena polipeptidica nascente.

mRNA

Prossimit delle estremit 3 dei tRNA

Inizio della traduzione

Linizio della traduzione richiede che: 1) i ribosoma si associ allmRNA; 2) un tRNA carico si posizioni nel sito P; 3) il ribosoma sia posizionato correttamente sul sito di inizio.

Nei procarioti,il legame dellrRNA 16S con la sequenza SD posiziona il codone iniziatore sul sito P. Successivamente si ha lassociazione della la subunit maggiore.

Il tRNA iniziatore: fMet-tRNA

Normalmente i tRNA carichi entrano nel sito A. Solo il tRNA iniziatore entra direttamente nel sito P. Il tRNA iniziatore (tRNAifMet ) riconosce il codone AUG (o GUG) ed caricato con una metionina formilata. Normalmente, il gruppo formile viene poi rimosso dallenzima deformilasi. Molte proteine batteriche non iniziano con Metionina dato che alcune aminopeptidasi rimuovono la metionina iniziale insieme ad uno o due altri amminacidi.

I fattori di inizio della traduzione

Linizio della traduzione richiede tre fattori di inizio: IF1, IF2 e IF3. IF1 impedisce il legame di altri tRNA al sito A; IF2 (GTPasi) facilita lassociazione del tRNA iniziatore al sito P; IF3 si lega in corrispondenza del sito E e previene lassociazione della subunit maggiore del ribosoma. In seguito al legame dei tre fattori di inizio la subunit minore lega lRNA e il tRNA iniziatore. Una volta che lmRNA e il tRNA iniziatore siano correttamente posizionati, si ha un cambiamento conformazionale che provoca il rilascio di IF3, e lassociazione della subunit maggiore. Il legame della subunit maggiore stimola lattivit GTPasica di IF2 che si trasforma in IF2GDP, e abbandona il ribosoma insieme a IF1. Si forma in questo modo il ribosoma integro (70S) dove il sito A ora accessibile ai tRNA carichi.

Inizio della traduzione negli eucarioti

Linizio della traduzione negli eucarioti adotta un meccanismo simile a quello dei procarioti. Il cambiamento pi rilevante riguarda la modalit di riconoscimento dellmRNA e del codone iniziatore. La subunit minore si lega al cap e scorre lungo lmRNA sino a quando non trova il codone iniziatore. Tale processo richiede molti fattori proteici (pi di 30) compresi quelli gi descritti nei procarioti. Il tRNA iniziatore, carico con Metionina, si lega alla subunit minore prima dellmRNA. Il fattore eIF5BGTP (analogo di IF2) media il corretto posizionamento del tRNA iniziatore nel sito P, formando il complesso di preinizio 43S. Il complesso 43S si lega al cap dellmRNA mediante linterazione tra IF3 e eIF4F.

mRNA scanning
Lo scanning dellmRNA, che utilizza lenergia fornita dallidrolisi di ATP, termina quando il tRNA iniziatore si posiziona correttamente in corrispondenza del codone di inizio. Il corretto riconoscimento induce il distacco di IF2 e IF3, che permette lassociazione della subunit maggiore. Il legame della subunit maggiore porta a sua volta al distacco dei rimanenti fattori di inizio (eIF5Bm eiF1A) formando il complesso di pre-inizio 80S dove il MettRNAMet correttamente posizionato nel sito P, e il sito A libero, e pu accogliere gli altri tRNA carichi per proseguire la traduzione.

Circolarizzazione polyA-dipendente dellmRNA

Linterazione tra la polyA-binding protein e i fattori di inizio mantiene lmRNA in una conformazione circolare che aumenta lefficienza della traduzione.

uORF e uAUG
Alcuni mRNA contengono AUG (uAUG) e ORF (uORF) a monte del codone di inizio. La presenza di questi elementi regola negativamente lefficienza della traduzione attraverso i meccanismi noti come leaky scanning e reinizio.

LEAKY SCANNING scanning traduzione

cap

uAUG

AUG

REINIZIO
cap AUG stop

AUG

IRES: internal ribosome entry site

Alcuni mRNA possono usare un meccanismo di traduzione capindipendente (utilizzato da molti mRNA virali privi di cap) nel quale la subunit minore del ribosoma viene reclutata direttamente allinterno dellmRNA, in prossimit del codone iniziatore. Questo meccanismo pu essere impiegato in particolari condizioni (es. stress) e viene utilizzato per modulare lefficienza della traduzione.

La fase di allungamento della traduzione

La fase di allungamento include tre eventi chiave: 1) linserimento del corretto tRNA carico nel sito A; 2) formazione del legame peptidico tra lamminoacido (sito A) e il peptide (sito P) ad opera della peptidiltransferasi; 3) traslocazione del peptidil-tRNA dal sito A al sito P. Questo processo coadiuvato da due fattori di allungamento e richiede energia fornita dallidrolisi di GTP. Il meccanismo di allungamento estremamente conservato tra procarioti ed eucarioti.

La fase di allungamento della traduzione

Gli aminoacil-tRNA possono legarsi al ribosoma solo se legati al fattore di allungamento EF-TuGTP. Una volta che sia stato ottenuto il corretto appaiamento codone-anticodone si ha lidrolisi di GTP, il distacco di EF-TuGDP, e pu aver luogo la reazione peptidil-transferasica. La fedelt del processo di replicazione molto elevata (10-3 e 10-4) e utilizza diversi meccanismi: i) interazione tra lrRNA 16S e il solco minore dellappaiamento codon-anticodone; ii) idrolisi di EF-TuGTP meno efficiente in caso di appaiamento errato; iii) rilascio di aminoacil-tRNA non correttamente accomodati nel sito A.

Traslocazione
Una volta formato un nuovo legame peptidico deve aver luogo la traslocazione nella quale il tRNA deacilato deve sostarsi nel sito E, il peptidil-tRNA deve spostarsi dal sito A al sito P, e lmRNA deve spostarsi di tre nucleotidi per esporre il successivo codone. La traslocazione avviene prima a livello della subunit maggiore e richiede lintervento di un secondo fattore di allungamento, EF-GGTP. Lidrolisi del GTP coadiuva il completamento della traslocazione, in quanto EF-G GDP ha un dominio che mima la struttura del tRNA e legandosi al sito A induce lo spostamento del peptidil-tRNA (associato allmRNA) e del tRNA deacilato.

Bilancio della reazione di sintesi proteica

La formazione di ciascun legame peptidico consuma una molecola di ATP (formazione dellamminoacil-tRNA) e due molecole di GTP, la prima utilizzata per assicurare il corretto riconoscimento codone-anticodone (EF-Tu) e la seconda per il processo di traslocazione (EF-G). PeptideN-1 + ATP + 2 GTP ! PeptideN Lenergia derivata dallidrolisi di ATP associata a modificazioni chimiche. Lenergia derivata dallidrolisi di GTP controlla laccuratezza e lordine degli eventi della traduzione in seguito ai drastici cambiamenti conformazionali delle proteine in seguito allidrolisi.

a) b)

EF-TuGDP EF-TuGTP

Terminazione della traduzione

La traduzione termina quando uno dei tre codoni di stop entra nel sito A del ribosoma. I codoni di stop vengono riconosciuti da proteine dette fattori di rilascio (RF, releasing factors) che determinano il rilascio della catena polipeptidica attraverso lidrolisi del legame con il tRNA. Vi sono due classi di fattori di rilascio. I fattori di classe I riconoscono i codoni di stop e innescano lidrolisi della catena polipeptidica. I fattori di classe II (regolati da GTP) stimolano la dissociazione dei fattori di classe I dal ribosoma. Classe I Procarioti: RF1 (UAG, UAA), RF2 (UGA) Eucarioti: eRF1 (UAG, UAA, UGA) Classe II Procarioti: RF3 Eucarioti: eRF3

I fattori di rilascio di classe I simulano un tRNA dal punto di vista strutturale possedendo un peptide anticodone (SPF) che riconosce il codone di stop ed un motivo GGQ, vicino al sito peptidiltransferasico che stimola lidrolisi del peptide.

Terminazione della traduzione

Dopo lidrolisi del legame del peptidil-tRNA il fattore di rilascio di classe I viene rimosso dal ribosoma ad opera di un fattore di classe II (RF3 o eRF3). RF3GDP si lega al ribosoma in presenza di RF1. Il rilascio idrolitico del peptide induce uno scambio GDP-GTP, con formazione di RF3GTP che avendo maggiore affinit per il ribosoma produce il rilascio di RF1. Infine, lidrolisi di GTP induce anche il rilascio di RF3GDP.

Riciclaggio del Ribosoma

Perch il ribosoma possa essere utilizzato in un nuovo ciclo di traduzione si deve avere il rilascio dei 2 tRNA deacilati (nel sito P e nel sito E), il rilascio dellmRNA e la dissociazione delle due subunit del ribosoma. Questo processo richiede lintervento di un fattore di riciclaggio (RRF, ribosome recycling factor) che agisce insieme a EF-G e IF3 per completare il riciclaggio del ribosoma. RRF, assumendo una struttura 3D simile a quella di un tRNA, si lega al sito A nella regione della subunit maggiore del ribosoma. Il successivo legame di EF-GGTP stimola il rilascio dei tRNA deacilati mediante lidrolisi di GTP e la traslocazione di RF dal sito A al sito P. Infine, il legame di IF3 induce la dissociazione delle due subunit ribosomiali, di RRF e dellmRNA.

Il ruolo dei tmRNA

Lassenza di codoni di stop su mRNA tronchi o mutati potrebbe portare allo stallo dei ribosomi impegnati nella loro traduzione. In questo caso la dissociazione del ribosoma dallmRNA resa possibile dallintervento di molecole chhimeriche costituite in parte da tRNA ed in parte da mRNA (tmRNA). LRNA ssrA una molecola di 457 nt che allestremit 3 possiede una regione simile ad un tRNAAla. Tale somiglianza consente il caricamento di Ala e il legame di EF-TuGDP. Il tmRNA si sostituisce allmRNA, nellapposito canale nel ribosoma, e continua la traduzione fino a che non viene raggiunto un codone di stop sul tmRNA. La proteina tronca presenta allestremit 10 Ala, e questa marcatura la indirizza allimmediata degradazione da parte di specifiche proteasi cellulari.

NMD - Nonsense Mediated Decay

Normalmente nei trascritti eucariotici il codone di stop localizzato sullultimo esone. La presenza di un codone di stop, a valle del codone di inizio, ma in un esone diverso dallultimo, configura uno stop prematuro che etichetta lmRNA per limmediata degradazione (degradazionde dellmRNA mediata da codoni nonsenso). Le giunzioni esone-esone, in seguito allo splicing, rimangono marcate da uno specifico complesso proteico. La presenza di un codone nonsenso (stop) a monte di una giunzione esone-esone innesca il processo NMD. Vengono reclutate sul ribosoma le proteine Upf che attivano un enzima che rimuove il cap al 5. LmRNA privo di cap viene rapidamente degratato da una esonucleasi 5!3.

NSMD - Non Stop Mediated Decay

Anche negli eucarioti attivo un meccanismo che libera i ribosomi in stallo su mRNA tronchi privi di codoni di stop. Dato che lmRNA tronco comunque poliadenilato la traduzione continua sulla coda di polyA producendo un tratto di poly-lisine. Il tratto di poly-Lys recluta la proteina Ski7, affine al fattore di rilascio RF3 che stimola il rilascio del lribosoma e lattivazione del complesso dellexosoma che contiene una attivit esonucleasica 3!5 che porta alla completa degradazione dellmRNA. Anche le proteine etichettate con il tratto di poly-Lys vengono indirizzate alla degradazione. La degradazione di mRNA danneggiati viene dunque effettuata al livello del processo della traduzione.

Molti antibiotici inibiscono specifiche fasi della traduzione

La traduzione, sia nei procarioti che negli eucarioti, viene realizzata attraverso una serie ordinata di eventi, dove il completamento di quello precedente necessario per linizio di quello successivo. Naturalmente, se in qualche modo viene bloccato o inibito uno di questi eventi, lintero processo si blocca. Il 40% degli antibiotici conosciuti ha come bersaglio lapparato della traduzione.
Cellule bersaglio batteri Bersagli molecolari sito A (30S) sito della peptidiltransferasi (50S) sito A (50S) sito della peptidiltransferasi (60S)

Antibiotico

Conseguenze

tetraciclina

inibisce il legame dell'amminoacil-tRNA

cloramfenicolo

batteri cellule procaritiche ed eucariotiche cellule eucariotiche

impedisce l'attivit peptidiltransferasica

puromicina

terminatore (funge da accettore del peptide)

cicloesimmide

impedisce l'attivit peptidiltransferasica

Il Codice Genetico
La traduzione dellinformazione genetica richiede il passaggio da un alfabeto di 4 lettere (nucleotidi) ad un alfabeto di 20 lettere (amminoacidi). Il codice genetico assegna a ciascuna delle 64 (43) possibili triplette uno specifico significato utilizzando le molecole di tRNA come adattatori (61 triplette sono tradotte nei 20 amminoacidi, 3 triplette sono segnali di terminazione). Il codice genetico degenerato: un amminoacido pu essere codificato da pi di un codone. Codoni che codificano per uno stesso amminoacido sono detti sinonimi.

Degenerazione del Codice Genetico

La degenerazione del codice genetico riguarda soprattutto la terza posizione del codone dove il 69% delle mutazioni risulta sinonima. Delle mutazioni possibili (61x3x3=549) a livello dei codoni senso, 134 (25%) sono sinonime. Di queste, 126 sono a livello della terza posizione del codone, e 8 a livello della prima posizione.

Evoluzione del Codice Genetico

Il codice genetico si evoluto per rendere massima lefficienza della traduzione, e per minimizzare gli effetti delle mutazioni: le transizioni (pi frequenti) in tutte e tre le posizioni del codone producono cambiamenti meno drastici delle trasversioni (meno frequenti).

A, G, P, T, V L, S, R C, D, E, F, H, K, N, Q, Y

M, W

Vacillamento dellappaiamento codone-anticodone

Se lappaiamento codone-anticodone dovesse essere sempre perfetto sarebbero necessari 61 differenti tRNA. Invece, si osservato che un numero minore di tRNA in grado di riconoscere tutti i 61 codoni senso. Questo possibile a causa del vacillamento dellinterazione codone-anticodone a livello della terza base del codone (la prima dellanticodone). Non tutti gli appaiamenti sono per possibili (vedi tabella).
Anticodone (pos. 1) G C A U I Codone (pos. 3) CoU G U AoG A, U, C

Vacillamento dellappaiamento codone-anticodone

La risoluzione della struttura 3D del tRNA ha mostrato che le 3 basi dellanticodone e le 2 successive sono orientate dalla stessa parte e la loro conformazione stabilizzata dallenergia di impilamento. Solo la prima base dellanticodone ha una maggiore flessibilit strutturale.

Decifrazione del codice genetico

La decifrazione del codice genetico stata possibile utilizzando estratti cellulari in grado di produrre sintesi proteica in vitro e mRNA artificiali. A questo scopo stata utilizzata la Fosforilasi polinucleotdidica in grado di produrre RNA in assenza di stampo, di composizione corrispondente alla miscela di ribonucleosidi difosfato usata nella reazione (es. in presenza di ppA si otterr un polyA, ecc.). In questo modo gli omopolimeri consentirono di assegnare alcuni codoni (UUU : Phe; AAA: Lys; CCC: Pro), e altri codoni furono assegnati usando copolimeri misti a diverse concentrazioni di nucleotidi (2A, 1C: Asn, ecc.). Lidentificazione dei codoni venne effettuata anche sfruttando il legame di trinucleotidi sintetici a specifici amminoacil-tRNA a livello del ribosoma o copolimeri ripetitivi.

Propriet del codice genetico

A tre codoni (UAA, UAG, UGA) non fu possibile assegnare alcun amminoacido e si comprese che essi avevano il ruolo di terminatori. Furono quindi delineate le principali propriet del codice genetico: 1) i codoni vengono letti in direzione 5!3; 2) i codoni non si sovrappongono; 3) la traduzione utilizza uno schema di lettura (reading frame) determinato dal codone iniziale (delle tre possibili frame di lettura solo una viene usata nellmRNA).
1 2 3 5 atg gga tta gat tct tag atg a 3 M G L D S * M 5 a tgg gat tag att ctt aga tga 3 W D * I L R * 5 at ggg att aga ttc tta gat ga 3 G I R F L D

A parte le mutazioni sinonime che non hanno effetti sul messaggio codificato dallmRNA, le mutazioni che alterano la lettura del codice genetico sono di tre tipi: i) mutazioni missenso; ii) mutaziono nonsenso; iii) mutazioni frameshift (Crick e Brenner creando mutanti del fago T4 con 3 inserzioni singole ottennero una evidenza genetica del codice genetico a triplette).

i) GGA (Gly) !AGA (Arg)

ii) GGA (Gly) !UGA (Stop)

iii) GGA GGA GGA GGA (Gly)4 ! GGA AGG AGG AGG (Gly-Arg3)

Reversione delle mutazioni

Gli effetti di una mutazione possono essere annullati da una seconda mutazione. Queste ultime sono dette mutazioni soppressore e possono essere intrageniche o inter-geniche, a seconda che la mutazione soppressore avvenga nello stesso gene o in un gene diverso.

Universalit del Codice Genetico

Lanalisi su larga scala dei genomi di molti organismi procariotici ed eucariotici ha confermato che il codice genetico pressoch universale. Leccezionale conservazione del codice genetico dovuta al fatto che qualunque mutazione avrebbe effetti devastanti. Ad esempio, se il tRNASer invece di riconoscere il codone UCU, riconoscesse il codone UUU, verrebbe alterata la composizione di tutte le proteine prodotte che non avrebbero pi la serina (ma la fenilalanina) in molti siti critici. Tuttavia sono state osservate molte eccezioni al codice genetico universale soprattutto nel genomi mitocondriali di vertebrati, e nel genoma nucleare di alcuni eucarioti e procarioti: mtDNA vertebrati: AUA (Ile!Met); UGA (Stop!Trp); AGR (Arg!Stop) Mycoplasma capricolum: UGA (Stop!Trp) Candida albicans: CUG (Leu!Ser)