Topologia del DNA

Teoricamente nelle molecole lineari di DNA, poich le estremit sono libere, i filamenti possono svolgersi
luno attorno allaltro e quindi il numero di avvolgimenti pu variare liberamente; invece, in un DNA
circolare come quello dei procarioti, essendo le estremit chiuse, il numero di avvolgimenti non pu variare
a meno che non si taglino i filamenti (si parla in questo caso di DNA circolari chiusi covalentemente,
cccDNA). In realt, anche negli eucarioti il DNA non libero di svolgersi sia perch la molecola lunga sia
perch certe porzioni sono fisse in quanto legate a proteine (?es. istoni?). Le propriet topologiche della
molecola di DNA sono descritte dal linking number (Lk) o numero di numero di legame topologico definito
come il numero di volte che ciascun filamento deve passare attraverso laltro affinch i due filamenti siano
completamente separati. Il linking number una costante topologica di una molecola di DNA che non vari a
meno che non vengano tagliati i filamenti, essa data da 2 contributi:
1. twist (Tw) o avvolgimento cio il numero di volte che un filamento incrocia laltro, poich in un
DNA con conformazione B ogni giro dellelica contiene 10.4 bp, il twist di una molecola di DNA si
calcola facilmente dividendo il numero totale di basi azotate diviso 10.4. Tw positivo >0 se lelica
destrogira e negativo <0 se lelica levogira
2. writhe (Wr) o superavvolgimento il numero di volte che lasse dellelica si avvolge su se stesso
nello spazio, pu essere di 2 tipi:
a. intrecciato o plectonemico (gr. plktos=ritorto + nma=filo), se la doppia elica di DNA si
avvolge a spirale a formare essa stessa unelica (superelica), in questo caso il DNA detto
superavvolto
Wr positivo >0 se il superavvolgimento levogiro e negativo <0 se il superavvolgimento
destrogiro.
b. a spirale o toroidale, se la doppia elica di DNA si avvolge a forma toroidale come girasse
attorno ad un cilindro, tipico di quando il DNA lega delle proteine (es. istoni)
Wr positivo >0 se il superavvolgimento toroidale destrogiro e negativo <0 se il
superavvolgimento toroidale levogiro.
Nel DNA rilassato il numero di writhing zero perci il linking number corrisponde al numero di
avvolgimento (Lk = Tw).

importante che il DNA in genere sia superavvolto negativamente perch i superavvolgimenti negativi
sono una riserva di energia libera importante per svolgere il DNA in processi come la replicazione e la
trascrizione (la molecola superavvolta ha un contenuto energetico superiore rispetto a quella rilassata
perch accumula lenergia potenziale dovuta alla torsione); infatti forza torsionale del superavvolgimento
negativo, poich questo ha verso opposto rispetto allavvolgimento del DNA destrorso, facilita lo
svolgimento del DNA nei processi che richiedono la sua apertura.
Il superavvolgimento positivo finora stato trovato solo in archeobatteri che vivono ad alte temperature e
si pensa che serva a impedire al DNA di denaturarsi.
Gli enzimi che controllano il grado di superavvolgimento del DNA sono le topoisomerasi, ne esistono di 2
tipi:
1. topoisomerasi I, che provocano la rottura transitoria di un singolo filamento, incrementano quindi
Lk di 1 e non richiedono ATP. Il meccanismo delle topoisomerasi 1 consiste nella rottura del legame
fosfodiestereo in uno dei filamenti del DNA perch lOH di una tirosina nel sito attivo dellenzima
effettua un attacco nucleofilo sul P di un gruppo fosfato (in 5 nel caso delle topoisomerasi 1a, in 3
nel caso delle topoisomerasi 1b) provocando la rottura del legame fosfodiestero e la formazione di
un legame fosfotirosinico con lenzima. A questo punto il legame fosfodiestereo integro dellaltro
filamento fa da perno e la molecola di DNA pu ruotare liberamente ovviamente nella direzione
che allenter la forza torsionale e cio verso un maggior rilassamento. A questo punto la reazione,
che reversibile, pu tornare indietro cio lOH che si formato sullo zucchero (in 5 o in 3) pu
effettuare un attacco nucleofilo sul P del gruppo fosfato legato alla tirosina dellenzima e riformare
il legame fosfodiestereo precedentemente rotto e rilasciare la topoisomerasi; la reazione non
necessita di ATP perch lenergia liberata dalla rottura del legame fosfodiestereo si conservata
nel legame fosfotirosinico.
NB la stessa reazione di transesterificazione vista nello splicing

2. topoisomerasi II, che provocano la rottura transitoria di due filamenti, incrementano quindi Lk di 2
e richiedono ATP e ioni Mg
+2
. Le topoisomerasi 2 sono enzimi dimerici, ciascun monomero contiene
un dominio ATPasico N-terminale, una regione centrale che interagisce con il DNA e un dominio C-
terminale che regola lattivit enzimatica e nel complesso formano 2 cancelli: il cancello N (in alto)
che accoglie il segmento T (trasporto) che non verr rotto, il cancello C (al centro) che accoglie il
segmento G (gate) che verr tagliato. Il meccanismo :
a. la topoisomerasi lega prima un doppio filamento indicato come segmento G mediante la
regione centrale che lega il DNA
b. quando i domini ATPasici legano lATP si ha la dimerizzazione che intrappola un altro
doppio filamento indicato come segmento T (trasporto); questo secondo doppio filamento
pu appartenere alla stessa molecola di DNA nel caso di rimozione o introduzione di
superavvolgimenti oppure a una molecola di DNA diversa nel caso di formazione o
eliminazione di molecole di DNA concatenate es. separazione di 2 molecole figlie di DNA
nella replicazione
c. successivamente lidrolisi di ATP provoca un cambio conformazionale che induce la rottura
del segmento G mediante lattacco dellOH di una tirosina in ciascun sito attivo (1 per ogni
monomero) sul P di un gruppo fosfato in 5 con rottura dei legami fosfodiesterei e
formazione dei legami fosfotirosinici.
d. a questo punto il segmento T integro passa attraverso linterruzione creata nel segmento G
e. infine linterruzione viene risaldata mediante la reazione inversa e si ha lapertura del
cancello C con la fuoriuscita del segmento T

Tipicamente nei procarioti ci sono pi topoisomerasi, ad es. Escherichia coli ci sono 4 enzimi: topoisomerasi
I, III, IV e DNA girasi
la topoisomerasi I (tipo 1a) pu rilassare superavvolgimenti negativi ma non positivi
la topoisomerasi III (tipo 2) separa le molecole di DNA concatenate
la topoisomerasi IV (tipo 2a)
la DNA girasi (tipo 2a) pu introdurre superavvolgimenti negativi con meccanismo ATP dipendente
In un archeobatterio particolare che vive ad alte temperature e che presenta DNA con superavvolgimenti
positivi stata trovata una DNA girasi inversa (tipo 1a) che introduce superavvolgimenti positivi con
meccanismo ATP dipendente (in generale gli enzimi che introducono superavvolgimenti negativi sono detti
girasi, mentre quelli che introducono superavvolgimenti positivi sono detti girasi inverse)
Negli eucarioti, invece, ci sono tipicamente 2 topoisomerasi
la topoisomerasi I pu rilassare superavvolgimenti sia negativi che positivi,
la topoisomerasi II (esistono 2 isoforme II e II) rilassa il DNA ma non pu introdurre
superavvolgimenti