Il DNA contiene le informazioni per il funzionamento cellulare organizzate in geni, cioè

specifiche sequenze di nucleotidi. In un gene è contenuta l'informazione che serve a

sintetizzare un polipeptide. Uno o più polipeptidi formano le proteine. Il tramite tra gene e
polipeptide è l’RNA, una molecola a singolo filamento ottenuta dal DNA con un processo di
trascrizione. Il processo avviene in modo analogo nei procarioti e negli eucarioti, anche se
presenta alcune differenze.
LA TRASCRIZIONE NEGLI EUCARIOTI.
l’RNA sintetizzato attraverso la trascrizione subisce delle modifiche e diventa il messaggero
dell'informazione genetica. L’mRNA esce dal nucleo e partecipa al processo di traduzione,
che si conclude con la produzione di un polipeptide.
Il processo di trascrizione può essere schematicamente diviso in tre fasi: “inizio”,
“allungamento” e “terminazione”. La trascrizione può iniziare solo in corrispondenza di
particolari regioni di DNA, chiamate “promotori”. Ciascun promotore è composto da diverse
sequenze; una di esse è la Tata box, ricca di adenina e timina. Tra adenina e timina vi sono
due legami a idrogeno e non tre, come tra citosina e guanina. Questo fa sì che sia più facile
nseparare le basi e aprire la doppia elica. È proprio dalla Tata box che ha inizio la
trascrizione con l'intervento dei fattori di trascrizione. Queste proteine regolatrici, legandosi
alla Tata box, cambiano forma e inducono dei cambiamenti conformazionali nel DNA. A
questo punto si aggiungono altri fattori di trascrizione: le RNA-polimerasi, l'enzima che
catalizza la sintesi dell’RNA. Si forma così il complesso di inizio della trascrizione. Uno dei
fattori del complesso apre la doppia elica di DNA nel punto d'inizio e si forma un complesso
aperto. L’RNA polimerasi comincia a unire i nucleotidi formando un filamento di RNA. Viene
aggiunto un nucleotide alla volta usando il DNA come stampo. Il criterio di scelta del
nucleotide è l'appaiamento delle basi azotate. Durante la fase di allungamento, l’RNA
polimerasi si muove lungo il filamento di DNA. La fase finale della trascrizione è detta
terminazione. La terminazione si verifica quando l’RNA polimerasi, scorrendo sul filamento
di DNA, incontra delle particolari sequenze, dette sequenze di arresto o terminatrici.
Dopodichè il filamento di RNA viene rilasciato e la polimerasi si dissocia dal DNA. Il
filamento di RNA va incontro a maturazione, cioè subisce alcune modifiche che lo
trasformano in RNA messaggero. La più importante è lo splicing, il processo che impone il
taglio degli introni (sequenze che non codificano un gene) e la saldatura degli esoni
(sequenze codificanti: quelle che vengono tradotte in polipeptidi). Così, l’RNA diventa
propriamente RNA messaggero ed esce dal nucleo.

SINTESI DELLE PROTEINE

Sappiamo che, con il processo di trascrizione, dal DNA si ottiene un RNA e che, dopo un
processo di maturazione, l'RNA si chiama "messaggero" e contiene l'informazione per la
sintesi di una catena polipeptidica; una o più catene polipeptidiche formeranno poi una
proteina. Il processo di sintesi, chiamato "traduzione", avviene nel citoplasma.
La traduzione avviene su strutture chiamate ribosomi; ogni ribosoma è composto da due
subunità: la subunità minore e la subunità maggiore. Le subunità si associano tra loro e
all'mRNA. Ognuna di esse è formata da un particolare tipo di RNA e da proteine.
I ribosomi avanzano lungo l'RNA messaggero leggendo, per così dire, la sequenza di
nucleotidi e formando una sequenza di amminoacidi. Si forma così la catena polipeptidica.
Dopo decenni di ricerche ed esperimenti si è stabilito che l'informazione genetica è
organizzata in gruppi di tre nucleotidi o triplette: a una tripletta, chiamata "codone",
corrisponde un amminoacido specifico. L'insieme delle corrispondenze
codone-amminoacido è chiamato "codice genetico" e può essere visualizzato come una
tabella. I quattro tipi di nucleotidi che compongono l'RNA possono combinarsi a gruppi di tre.
Le combinazioni possibili sono 4³, cioè 64. Tre di questi codoni non corrispondono a un
amminoacido, ma sono "codoni di stop", che indicano la fine della traduzione. Rimangono 61
codoni per 20 amminoacidi: appare evidente che non c'è una corrispondenza biunivoca tra
codone e amminoacido. Un codone corrisponde a un solo amminoacido, ma un
amminoacido può essere codificato da più di un codone. Ad esempio, CUA codifica solo per
l'aminoacido leucina; la leucina, però, è codificata da 6 codoni diversi. Quasi tutti gli
amminoacidi sono associati a più di un codone. Si dice, perciò, che il codice genetico è
ridondante o degenerato.
Torniamo al processo di traduzione. Oltre ai ribosomi e all'RNA messaggero interviene un
altro tipo di molecola di RNA, l'RNA transfer. Come indica il nome, il tRNA ha la funzione di
trasportare un amminoacido. Questa molecola è fondamentale nel processo di traduzione,
perché permette di aggiungere ciascun amminoacido al posto giusto.
All'estremità 3' del tRNA si trova il sito di attacco dell'amminoacido; dalla parte opposta si
trova una sequenza di tre nucleotidi che si associa a tre nucleotidi complementari presenti
sul RNA messaggero. Cioè, il tRNA ha un anticodone, ovvero una tripletta complementare a
un codone dell'mRNA. Ci sono tanti tipi di tRNA, almeno uno per ognuno dei 20
amminoacidi. Essi differiscono per il sito di attacco e per l'anticodone. Ogni tRNA può
portare un solo tipo di amminoacido, ma può avere anticodoni diversi: questo è in linea con il
fenomeno della degenerazione del codice genetico, secondo il quale ad un amminoacido
corrispondono più triplette. Il legame tra il tRNA e l'amminoacido è realizzato da una famiglia
di enzimi detti "amminoacil-tRNA-sintetasi"; ogni enzima è specifico per un solo aminoacido
e per il tRNA corrispondente. Il legame avviene tra l'amminoacido e l'estremità 3' del tRNA e
utilizza come fonte di energia una molecola di ATP.
IL PROCESSO, FASE PER FASE
Nella fase di inizio, la subunità minore del ribosoma si lega a un fattore di inizio; insieme ad
esso all'estremità 5' dell'mRNA. La subunità scorre in direzione 5'-->3', fino a quando non
incontra un particolare codone, detto "di inizio". A questo punto interviene un tRNA, detto
"iniziatore", che si lega al codone di inizio. Un'altra proteina completa la formazione del
complesso di inizio. Il codone d'inizio corrisponde a un'unica tripletta: AUG; il tRNA iniziatore
ha, quindi, sempre la sequenza complementare UAC. Questo tRNA lega sempre
l'amminoacido metionina.
Dopo che è avvenuto il riconoscimento, i fattori di inizio si dissociano e si associa la subunità
maggiore del ribosoma. A questo punto inizia la fase di allungamento della traduzione.
Cosa avviene all'interno della subunità maggiore?
Il tRNA iniziatore si trova in una regione del ribosoma, chiamata sito P; accanto si trova il
sito A, nonché il punto di arrivo del successivo tRNA, che va a legarsi all'RNA messaggero
con il suo anticodone. Grazie alla struttura dei due tRNA, i due amminoacidi si trovano vicini
e possono legarsi tra loro. Il secondo codone, in questo caso, corrisponde a una tirosina. Il
legame è di tipo peptidico e avviene tra il gruppo amminico della tirosina e il gruppo
carbonilico della metionina, con rilascio di una molecola dacqua. È la subunità maggiore a
catalizzare la formazione del legame tra i due amminoacidi. Attraverso una serie di
movimenti coordinati, detti nel complesso "traslocazione", i tRNA si muovono tra i diversi siti
del ribosoma. Il tRNA che lega la catena amminoacidica si trova ora nel sito P, mentre il
tRNA che legava la metionina, ormai scarico, si sposta dal sito P al sito E. Da qui, lascia il
ribosoma e torna nel citoplasma, dove un amminoacil-tRNA-sintetasi lo lega a una nuova
metionina. Un nuovo tRNA entra nel sito A e l'amminoacido viene legato alla catena
polipeptidica nascente. Il ciclo si ripete: avviene la traslocazione; il tRNA scarico viene
trasferito nel sito E; un nuovo tRNA carico si lega al sito A. In questo modo la catena
polipeptidica si allunga progressivamente. La traduzione si conclude con la fase di
terminazione.
Esiste un codone di stop sull'RNA messaggero, che indica al ribosoma di fermarsi. A
differenza del codone di inizio, il codone di stop non è unico: in questo caso è UUA, ma può
essere anche dato dalle triplette UAG o UGA. Nessun tRNA ha un codone complementare a
queste tre triplette. Quando un codone di stop si trova nel sito A, al ribosoma si legano
alcune proteine, note come "fattori di rilascio". Questo legame modifica l'attività del
ribosoma, che separa la catena polipeptidica dal tRNA nel sito P: le due subunità del
ribosoma e il tRNA si dissociano e parteciperanno a un altro ciclo di sintesi proteica.