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Indice

1 Introduzione allo studio della biologia 2.6Formazione di strutture macromolecolari


complesse 79
cellulare e molecolare 1 Lassemblaggio del virus del mosaico del tabacco e delle
1.1 Scoperta delle cellule 2 subunit ribosomali 79
1.2 Propriet fondamentali delle cellule 3 l ITINERARI SPERIMENTALI: Gli chaperoni: proteine che
aiutano altre proteine a ripiegarsi in maniera corretta 80
Le cellule sono notevolmente complesse ed organizzate 3
Le cellule possiedono un programma genetico e i mezzi per
utilizzarlo5 3 Bioenergetica, enzimi e metabolismo 86
Le cellule sono capaci di riprodursi 5
Le cellule acquisiscono energia e la utilizzano 5 3.1Bioenergetica87
Le cellule svolgono una variet di reazioni chimiche 5 Le leggi della termodinamica e il concetto di entropia 87
Le cellule sono impegnate in numerose attivit meccaniche 6 Lenergia libera 89
Le cellule sono capaci di rispondere agli stimoli 6
Le cellule sono capaci di auto-regolazione 6 3.2 Enzimi come catalizzatori biologici 94
Le cellule evolvono 7 Le propriet degli enzimi 95
Il superamento della barriera dellenergia di attivazione 96
1.3 Due classi di cellule fondamentalmente diverse 7 Il sito attivo 97
Le caratteristiche che distinguono le cellule procariotiche da I meccanismi della catalisi enzimatica 99
quelle eucariotiche 8 La cinetica enzimatica 102
I tipi di cellule procariotiche 14 l PROSPETTIVE PER LUOMO: Il crescente problema
I tipi di cellule eucariotiche: la specializzazione cellulare 15 della resistenza agli antibiotici 106
Le dimensioni delle cellule e delle loro componenti 17
La biologia di sintesi 17 3.3Metabolismo108
lPROSPETTIVE PER LUOMO: La prospettiva della Una visione dinsieme del metabolismo 108
terapia di sostituzione cellulare 20 Lossidazione e la riduzione: una questione di elettroni 109
La cattura e lutilizzazione dellenergia 110
1.4Virus23 La regolazione metabolica 115
I viroidi 26
lITINERARI SPERIMENTALI: Lorigine delle cellule
eucariotiche 26
4 Struttura e funzione della membrana
plasmatica 120
2 Basi chimiche della vita 32 4.1 Panoramica delle funzioni della membrana 121

2.1 Legami covalenti 33 4.2Breve storia degli studi sulla struttura della
Le molecole polari e non polari 34
membrana plasmatica 123
La ionizzazione 34 4.3 Composizione chimica delle membrane 125
2.2 Legami non covalenti 34 I lipidi di membrana 125
Lasimmetria dei lipidi di membrana 128
lPROSPETTIVE PER LUOMO: I radicali liberi come cau-
I carboidrati di membrana 129
sa dellinvecchiamento35
I legami ionici: attrazioni fra atomi provvisti di carica 35 4.4Struttura e funzioni delle proteine di
I legami idrogeno 36 membrana 130
Le interazioni idrofobiche e le forze di van der Waals 36 Le proteine integrali di membrana 130
Le propriet dellacqua sono essenziali per la vita 37 Lo studio della struttura e delle propriet delle proteine
integrali di membrana 132
2.3 Acidi, basi e tamponi 39
Le proteine periferiche di membrana 137
2.4 Natura delle molecole biologiche 40 Le proteine di membrana ancorate ai lipidi 137
I gruppi funzionali 41 4.5 Lipidi e fluidit della membrana 138
Una classificazione delle molecole biologiche in base alla
Limportanza della fluidit della membrana 139
funzione41 Il mantenimento della fluidit della membrana 139
2.5 Quattro famiglie di molecole biologiche 42 Le zattere (raft) lipidiche 139
I carboidrati 43 4.6 Natura dinamica della membrana plasmatica 140
I lipidi 47 La diffusione delle proteine di membrana dopo fusione
Le proteine 50 cellulare141
lPROSPETTIVE PER LUOMO: Un ripiegamento non cor- Le restrizioni alla mobilit delle proteine e dei lipidi 142
retto delle proteine pu avere conseguenze mortali 66 Il globulo rosso: un esempio di struttura della membrana
Gli acidi nucleici 77 plasmatica145
XIIINDICE

4.7Movimento di molecole attraverso le membrane 6.6Fissazione dellanidride carbonica e sintesi di


cellulari 147 carboidrati 226
Lenergetica del movimento dei soluti 147 La sintesi dei carboidrati nelle piante C3 226
La diffusione di sostanze attraverso le membrane 149 La sintesi dei carboidrati nelle piante C4 231
La diffusione facilitata 156 La sintesi dei carboidrati nelle piante CAM 232
Il trasporto attivo 157
lPROSPETTIVE PER LUOMO: I difetti nei canali ionici e
nei trasportatori come causa di malattie ereditarie 162 7 Interazioni tra le cellule e il
4.8 Potenziali di membrana e impulsi nervosi 164 loro ambiente 235
Il potenziale di riposo 164 7.1 Spazio extracellulare 236
Il potenziale dazione 165
La matrice extracellulare 236
La propagazione di potenziali dazione come un impulso 167
La trasmissione nervosa: attraversare lo spazio sinaptico 168 7.2Interazioni delle cellule con substrati
lITINERARI SPERIMENTALI: Il recettore extracellulari 244
dellacetilcolina171 Le integrine 244
Le adesioni focali e gli emidesmosomi:
lancoraggio delle cellule al loro substrato 247
5 Respirazione aerobica e mitocondrio 178
7.3 Interazioni delle cellule con altre cellule 250
5.1 Struttura e funzione dei mitocondri 179 Le selectine 251
Le membrane mitocondriali 180 La superfamiglia delle immunoglobuline 252
La matrice mitocondriale 182 Le caderine 253
l PROSPETTIVE PER LUOMO: Il ruolo delladesione
5.2 Metabolismo ossidativo nel mitocondrio 183 cellulare nellinfiammazione e nella metastasi 255
Il ciclo degli acidi tricarbossilici (ATC) 185 Le giunzioni aderenti e i desmosomi: ancoraggio di cellule
Limportanza dei coenzimi ridotti nella formazione con altre cellule 257
dellATP186 Il ruolo dei recettori di adesione cellulare nella trasmissione
lPROSPETTIVE PER LUOMO: Il ruolo del metabolismo dei segnali attraverso la membrana 259
anaerobico e di quello aerobico nellattivit fisica 188
7.4Giunzioni strette: barriera allo spazio
5.3 Ruolo dei mitocondri nella sintesi di ATP 189 extracellulare 260
I potenziali di ossido-riduzione 189
Il trasporto degli elettroni 190 7.5Giunzioni comunicanti e plasmodesmi: mediatori
I tipi di trasportatori di elettroni 191 della comunicazione intercellulare 262
I plasmodesmi 265
5.4Traslocazione dei protoni e creazione di una forza
motrice protonica 198 7.6 Pareti cellulari 266

5.5 Macchinario per la sintesi di ATP 199


La struttura dellATP sintasi 200 8 Sistemi delle membrane citoplasmatiche:
Il meccanismo della formazione dellATP secondo la teoria del
cambio di legame 201
struttura, funzione e traffico di
Altri ruoli per la forza motrice protonica oltre alla sintesi membrana 270
dellATP205
8.1Sguardo dinsieme al sistema delle
5.6Perossisomi206 endomembrane 271
lPROSPETTIVE PER LUOMO: Le malattie causate da
anomalie nella funzione dei mitocondri e dei 8.2Alcuni approcci allo studio delle
perossisomi207 endomembrane 273
Indicazioni ottenute dallautoradiografia 273
Indicazioni ottenute dalluso della proteina
6 Fotosintesi e cloroplasto 211 verde fluorescente 273
Indicazioni ottenute dallanalisi biochimica delle frazioni
6.1 Struttura e funzione del cloroplasto 213
subcellulari275
6.2 Panoramica del metabolismo fotosintetico 214 Indicazioni ottenute dalluso di sistemi acellulari 276
Indicazioni ottenute dallo studio di mutanti 277
6.3 Assorbimento della luce 216
I pigmenti fotosintetici 216 8.3 Reticolo endoplasmatico 279
Il reticolo endoplasmatico liscio 280
6.4 Unit fotosintetiche e centri di reazione 218 Funzioni del reticolo endoplasmatico rugoso 280
La formazione dellossigeno: coordinazione dellattivit di due Dal RE al complesso di Golgi: la prima tappa del trasporto
differenti sistemi fotosintetici 218 vescicolare289
Uccidere le erbacce inibendo il trasporto di elettroni 225
8.4 Complesso di Golgi 290
6.5Fotofosforilazione225 La glicosilazione nel complesso di Golgi 292
La fotofosforilazione non ciclica e ciclica 226 Il movimento di materiali attraverso il complesso di Golgi 292
INDICEXIII

8.5 Tipi di vescicole di trasporto e loro funzioni 295 9.7 Motilit non muscolare 371
Le vescicole rivestite da COPII: trasporto delle Le proteine che legano lactina 372
proteine cargo dal RE al complesso di Golgi 296 Esempi di contrattilit e motilit non muscolari 374
Le vescicole rivestite da COPI: trasporto retrogrado delle
proteine verso il RE 298
Il superamento del complesso di Golgi: smistamento delle 10 Natura del gene e genoma 386
proteine al TGN 298
Lindirizzamento delle vescicole verso un particolare 10.1 Concetto di gene come unit ereditaria 387
compartimento300
10.2 Cromosomi: supporto fisico dei geni 388
8.6Lisosomi303 La scoperta dei cromosomi 388
Lautofagia 304 I cromosomi come portatori dellinformazione genetica 389
lPROSPETTIVE PER LUOMO: Le malattie che derivano Lanalisi genetica in Drosophila 390
da difetti nella funzione lisosomale 306 Il crossing over e la ricombinazione 390
Le mutagenesi e i cromosomi giganti 392
8.7 Vacuoli delle cellule vegetali 307
10.3 Natura chimica del gene 393
8.8Percorso endocitico: movimento di membrane La struttura del DNA 393
e materiali allinterno della cellula 308 La proposta di Watson-Crick 394
Lendocitosi 308 Il superavvolgimento del DNA 397
La fagocitosi 315
10.4 Struttura del genoma 398
8.9Assunzione post-traduzionale di proteine da parte La complessit del genoma 399
di perossisomi, mitocondri e cloropasti 316 lPROSPETTIVE PER LUOMO: Le malattie derivanti
Lassunzione delle proteine da parte dei perossisomi 316 dallespansione di ripetizioni di trinucleotidi 404
Lassunzione delle proteine da parte dei mitocondri 316
Lassunzione delle proteine da parte dei cloroplasti 318 10.5 Stabilit del genoma 406
lITINERARI SPERIMENTALI: Lendocitosi mediata da La duplicazione dellintero genoma (poliploidizzazione) 406
recettori319 La duplicazione e il cambiamento di sequenze di DNA 407
Geni che saltano e la natura dinamica del genoma 408

10.6Sequenziamento dei genomi: impronte


9 Citoscheletro e mobilit cellulare 324 dellevoluzione biologica 411
9.1Visione dinsieme delle funzioni pi importanti del La genomica comparativa: se conservato, deve essere
importante413
citoscheletro325
La base genetica dellessere umani 414
9.2 Studio del citoscheletro 326 La variabilit genetica allinterno delle popolazioni
Luso della microscopia a fluorescenza su cellule vive 326 umane416
Luso dei saggi di motilit in vitro su singole molecole 327 lPROSPETTIVE PER LUOMO: Le applicazioni mediche
Luso di tecniche di imaging in fluorescenza per monitorare dellanalisi dei genomi 417
le dinamiche del citoscheletro 329 lITINERARI SPERIMENTALI: La natura chimica del
gene420
9.3Microtubuli330
Struttura e composizione 330
Le proteine associate ai microtubuli 331
I microtubuli come supporto strutturale e come
11 Espressione genica: dalla trascrizione
organizzatori332 alla traduzione 426
I microtubuli come agenti della motilit intracellulare 333
Le proteine motrici che scorrono lungo il citoscheletro 11.1 La relazione tra geni, proteine e RNA 427
microtubulare334 Il flusso di informazione attraverso la cellula:
I centri di organizzazione dei microtubuli (MTOC) 339 un quadro generale 428
Le propriet dinamiche dei microtubuli 341
Le ciglia e i flagelli: struttura e funzione 345 11.2Quadro generale della trascrizione nelle cellule
lPROSPETTIVE PER LUOMO: Il ruolo delle ciglia nello procariotiche ed eucariotiche 429
sviluppo e nelle malattie 349 La trascrizione nei procarioti 432
La trascrizione e la maturazione dellRNA negli
9.4 Filamenti intermedi 354 eucarioti433
Lassemblaggio e il disassemblaggio dei filamenti intermedi 354
I tipi di filamenti intermedi e le loro funzioni 356 11.3Sintesi e maturazione degli RNA ribosomali e
degli RNA transfer 435
9.5Microfilamenti356 La sintesi del precursore dellrRNA 436
Lassemblaggio e il disassemblaggio dei microfilamenti 358 La maturazione dellrRNA precursore 437
La miosina: il motore molecolare dei filamenti di actina 360 La sintesi e la maturazione dellrRNA 5S 440
Gli RNA transfer 440
9.6 Contrattilit muscolare 364
Il modello di scorrimento dei filamenti per la 11.4Sintesi e maturazione degli RNA
contrazione muscolare 366 messaggeri eucariotici 441
XIVINDICE

Il macchinario molecolare per la trascrizione 12.6 Controllo a livello della traduzione 536
dellmRNA441 Inizio della traduzione 536
I geni interrotti: una scoperta inattesa 444 La localizzazione citoplasmatica degli mRNA 537
La maturazione degli RNA messaggeri eucariotici 448 Il controllo della stabilit dellmRNA 538
Le implicazioni evolutive dei geni interrotti e dello Il ruolo dei microRNA nel controllo a livello della
splicing dellRNA 454 traduzione539
La creazione di nuovi ribozimi in laboratorio 454
12.7Controllo post-traduzionale: come regolare la
11.5Piccoli RNA non codificanti e silenziamento stabilit delle proteine 541
indotto dallRNA 455
lPROSPETTIVE PER LUOMO: Le applicazioni cliniche
dellinterferenza dellRNA 458 13Replicazione e riparazione del
I microRNA: piccoli RNA che regolano DNA 545
lespressione genica 459
piRNA: una classe di piccoli RNA che funzionano nelle 13.1 Replicazione del DNA 546
cellule germinali 460 La replicazione semiconservativa 546
Gli altri RNA non codificanti 461 La replicazione nelle cellule batteriche 549
11.6 Codificazione dellinformazione genetica 461 La struttura e la funzione delle DNA polimerasi 554
La replicazione nelle cellule eucariotiche 558
Le propriet del codice genetico 461
13.2 Riparazione del DNA 564
11.7Decodificazione dei codoni: il ruolo degli
RNA transfer 464 La riparazione per escissione nucleotidica 565
La riparazione per escissione di base 566
La struttura dei tRNA 465
La riparazione degli appaiamenti errati 567
11.8 Traduzione dellinformazione genetica 468 La riparazione delle rotture a doppio filamento 567
Inizio 468 13.3 Tra replicazione e riparazione 568
Allungamento 471
PROSPETTIVE PER LUOMO: Le conseguenze dei
l
Terminazione 474
difetti nel meccanismo di riparazione del DNA 569
La sorveglianza dellmRNA ed il controllo di qualit 474
I poliribosomi 475
lITINERARI SPERIMENTALI: Il ruolo dellRNA come 14 Riproduzione cellulare 572
catalizzatore477
14.1 Ciclo cellulare 573
12 Controllo dellespressione genica 483 Il ciclo cellulare in vivo 574
Il controllo del ciclo cellulare 574
12.1Controllo dellespressione genica
nei batteri 484 14.2 Fase M: mitosi e citocinesi 581
Lorganizzazione dei genomi batterici 484 La profase 583
Loperone batterico 484 La prometafase 588
I riboswitch 487 La metafase 590
Lanafase 592
12.2Controllo dellespressione genica negli eucarioti: La telofase 597
struttura e funzione del nucleo cellulare 488 Le proteine motrici richieste per i movimenti nella mitosi 597
Linvolucro nucleare 488 La citocinesi 597
I cromosomi e la cromatina 493
lPROSPETTIVE PER LUOMO: Le aberrazioni 14.3Meiosi602
cromosomiche e le malattie umane 504 Gli stadi della meiosi 603
Lepigenetica: lereditariet non dipende solo dalle sequenze lPROSPETTIVE PER LUOMO: La non disgiunzione
di DNA 509 meiotica e le sue conseguenze 608
Il nucleo come organello organizzato 510 La ricombinazione genetica nella meiosi 610
lITINERARI SPERIMENTALI: La scoperta e la
12.3Panoramica sulla regolazione genica
caratterizzazione dellMPF 611
negli eucarioti 512
12.4 Controllo a livello della trascrizione 514
Il ruolo dei fattori di trascrizione nella regolazione
15 Segnalazione cellulare e trasduzione del
dellespressione genica 517 segnale: comunicazione fra le cellule 617
La struttura dei fattori di trascrizione 519
Le sequenze di DNA coinvolte nel controllo della 15.1Caratteristiche fondamentali dei sistemi di
trascrizione522 segnalazione cellulare 618
Lattivazione della trascrizione: il ruolo degli enhancer,
dei promotori e dei coattivatori 525 15.2Panoramica dei messaggeri extracellulari e dei
La repressione della trascrizione 530 loro recettori 621
12.5Controllo a livello della maturazione 15.3Recettori accoppiati a proteine G e loro secondi
dellRNA 533 messaggeri 621
INDICEXV

La trasduzione del segnale ad opera dei recettori accoppiati 17.3 Linfociti T: attivazione e meccanismo
a proteine G 622 dazione 707
lPROSPETTIVE PER LUOMO: Le malattie associate ai
recettori accoppiati alle proteine G 625 17.4 Argomenti selezionati sulle basi cellulari e
I secondi messaggeri 627
molecolari della risposta immunitaria 710
La specificit delle risposte associate alle proteine G 630 La struttura modulare degli anticorpi 710
La regolazione dei livelli di glucosio nel sangue 631 Il riarrangiamento del DNA che produce geni che
Il ruolo dei recettori accoppiati alle proteine G nella codificano per i recettori antigenici delle cellule B e T 713
percezione sensoriale 634 I recettori di membrana per gli antigeni 716
Il complesso maggiore di istocompatibilit 716
15.4Fosforilazione di proteine su residui di La distinzione tra self e non self 721
tirosina come meccanismo di trasduzione I linfociti sono attivati da segnali della superficie
del segnale 636 cellulare722
Le vie di trasduzione del segnale utilizzate nellattivazione
La via di Ras-MAP chinasi 640
dei linfociti 723
La segnalazione del recettore per linsulina 644
l PROSPETTIVE PER LUOMO: Le malattie
lPROSPETTIVE PER LUOMO: Le vie di segnalazione
autoimmuni724
intracellulari e la longevit umana 647
Le vie di segnalazione nelle piante 648 l ITINERARI SPERIMENTALI: Il ruolo del complesso
maggiore di istocompatibilit nella presentazione
15.5Ruolo del calcio come messaggero antigenica727
intracellulare 648
La regolazione delle concentrazioni di calcio nelle cellule 18 Tecniche di biologia cellulare e
vegetali652
molecolare 732
15.6Convergenza, divergenza e dialogo crociato fra
18.1 Microscopio ottico 733
differenti vie di segnalazione 653
La risoluzione 733
Esempi di convergenza, divergenza e dialogo
La visibilit 734
crociato fra vie di segnalazione 654
La preparazione di campioni per la microscopia ottica 735
15.7Ruolo dellossido di azoto (NO) come Il microscopio a contrasto di fase 735
messaggero intracellulare 655 La microscopia a fluorescenza (e tecniche correlate basate
sulla fluorescenza) 736
15.8 Apoptosi (morte cellulare programmata) 656 La videomicroscopia e lelaborazione dellimmagine 738
La via estrinseca dellapoptosi 658 Il microscopio confocale a scansione laser 739
La via intrinseca dellapoptosi 659 La microscopia a fluorescenza a super risoluzione 740
18.2 Microscopio elettronico a trasmissione 740
16Cancro664 La preparazione di campioni per la microscopia
elettronica742
16.1 Propriet di base di una cellula cancerosa 665
18.3Microscopio elettronico a scansione e
16.2 Cause del cancro 667 microscopio a forza atomica 746
16.3 Genetica del cancro 669 Il microscopio a forza atomica 748
I geni onco-soppressori e gli oncogeni: freni e acceleratori 671 18.4Uso di radioisotopi 748
Il genoma del cancro 683
18.5Colture cellulari749
Lanalisi dellespressione genica 685
18.6Frazionamento dei componenti cellulari per
16.4 Nuove strategie per combattere il cancro 687
centrifugazione differenziale 752
Limmunoterapia 688
Linibizione dellattivit delle proteine che promuovono 18.7Isolamento, purificazione e frazionamento delle
il cancro 689 proteine 752
Linibizione della formazione di nuovi vasi sanguigni
La precipitazione selettiva 752
(angiogenesi)692
La cromatografia liquida su colonna 753
lITINERARI SPERIMENTALI: La scoperta degli Lelettroforesi in gel di poliacrilammide 756
oncogeni694 La quantificazione e lanalisi delle proteine 757

18.8Determinazione della struttura di proteine e


17 Risposta immunitaria 699 complessi a pi subunit 758

17.1 Panoramica della risposta immunitaria 700 18.9Frazionamento di acidi nucleici 760
Le risposte immunitarie innate 700 La separazione dei DNA con elettroforesi su gel 760
La separazione degli acidi nucleici mediante
Le risposte immunitarie acquisite 703
ultracentrifugazione760
17.2Teoria della selezione clonale:
18.10Ibridazione degli acidi nucleici 762
come si applica alle cellule B 704
La vaccinazione 706 18.11Sintesi chimica del DNA 764
XVIINDICE

18.12Tecnologia del DNA ricombinante 764 18.17Determinazione della funzione di geni


Lendonucleasi di restrizione 764 eucariotici mediante eliminazione genica o
La formazione di DNA ricombinanti 766 silenziamento 778
Il clonaggio del DNA 766 Le mutagenesi in vitro 778
I topi knockout 778
18.13Amplificazione enzimatica del DNA
Linterferenza da RNA (o RNA interference) 780
con la PCR 769
Le applicazioni della PCR 770 18.18Uso degli anticorpi 780
18.14Sequenziamento del DNA 771
18.15Librerie di DNA 773
Le librerie genomiche 773 Glossario G-1
Le librerie di cDNA 774
Letture consigliate L-1
18.16Trasferimento di DNA in cellule eucariotiche ed
in embrioni di mammifero 775 Indice analitico I-1