DAL DNA ALLE PROTEINE

Un gene, un polipeptide
 I genetisti statunitensi Beadle e Tatum ipotizzano che l’espressione di un gene, il
fenotipo, dipende dall’attività di un enzima  con questa idea vincono il premio
Nobel per la medicina nel 1958
 Esperimento: sulla muffa del pane Neurospora Crassa  la fanno crescere su un
terreno di coltura minimo e la sottopongono a raggi X per creare mutazioni  la
muffa cresce solo se viene aggiunta una sostanza nutritiva:

ceppo mutante ornitina citrullina arginina gene mutante

1 no no si codifica l'enzima che trasforma la citrullina in arginina
2 no si si codifica l'enzima che trasforma l'ornitina in citrullina
3 si si si codifica l'enzima che trasforma il precursore in ornitina
Conclusione: ogni mutazione di un determinato gene causava la perdita di
funzionalità dell’enzima codificato da esso  ipotesi “un gene, un enzima”
 Più tardi diventa “un gene, un polipeptide”:
 Non tutte le proteine che influenzano il fenotipo sono enzimi
 Le proteine hanno spesso una struttura quaternaria  sono formate da catene
polipeptidiche
Quindi: il gene fornisce le informazioni alla cellula per formare la catena
polipeptidica corrispondente

Il dogma centrale della biologia e l’RNA

 1958: Francis Crick definisce il dogma centrale della biologia molecolare: il gene
è un tratto di DNA che contiene le informazione per produrre una catena
polipeptidica, ma la proteina non contiene l’informazione per la produzione di
altre proteine  risposta finale: DNARNAproteine. Crick formula 2 ipotesi:
 Trascrizione – ipotesi del messaggero:
 Processo con cui da un filamento di DNA di un gene si viene a creare una copia
complementare di una molecola di RNA: l’RNA messaggero o mRNA
 L’mRNA esce dal nucleo e va nel citoplasma dove serve da stampo per la
sintesi delle proteine
 Per alcuni virus funziona al contrario  trascrittasi inversa
 Traduzione – ipotesi dell’adattatore:
 Esiste una molecola adattatrice che si lega a un amminoacido e riconosce una
sequenza di nucleotidi: l’RNA transfer o tRNA
 Traduce il linguaggio del DNA in linguaggio delle proteine  si allineano lungo
la sequenza di mRNA
 Differenze tra DNA e RNA:
 Formato da un solo filamento
 Ha come zucchero il ribosio
 Al posto della timina ha l’uracile (U)  si appaia con l’adenina
 Tipi di RNA:
1
  RNA messaggero (mRNA): caratterizzato da una sequenza lineare di basi
complementari al DNA da tradurre. Il suo ruolo è quello di trasportare
l’informazione genetica ai ribosomi
 RNA transfer (tRNA): si lega agli amminoacidi e, grazie a una complessa
struttura tridimensionale, è in grado di trasportarli ai ribosomi e di posizionarli
in modo corretto
 RNA ribosomiale (rRNA): è il principale costituente dei ribosomi, sede della
sintesi proteica

La trascrizione
 Si divide in tre fasi: inizio, allungamento, terminazione
 C’è bisogno di un promotore (primer): è una sequenza di DNA a cui si lega la RNA
polimerasi  gli dice il sito di inizio dove far partire la trascrizione, quale
filamento trascrivere e in quale direzione
 Procarioti: il promotore ha una sequenza di riconoscimento e il TATA box  la
RNA polimerasi si lega e compone il filamento stampo
 Eucarioti: la RNA polimerasi non si può legare direttamente
 Inizio:
 Alcune proteine dette fattori di trascrizione si legano man mano al TATA box
 si lega poi la RNA polimerasi e si forma il complesso di trascrizione
 Allungamento: la RNA polimerasi apre il DNA e legge il filamento stampo in
direzione 3’ – 5’  l’RNA cresce in direzione 5’ – 3’: è antiparallelo al filamento di
DNA
 Terminazione: L’RNA polimerasi si sposta lungo il DNA finché non incontra
particolari sequenze di basi  formano il sito di terminazione della trascrizione:
da qui la RNA polimerasi si stacca dal DNA e libera l’mRNA  si è formato il
trascritto primario
 Codice genetico: linguaggio con cui sono tradotte le informazioni contenute nel
mRNA in amminoacidi: ogni sequenza di tre basi è uguale a un codone  a ogni
codone corrisponde un amminoacido
I codoni sono complementari alle triplette di basi della molecola di DNA su cui
sono stati trascritti
 Codoni totali: 64 = amminoacidi: 20  c’è un codone di inizio della traduzione:
AUG (codifica la metionina) e tre codoni di stop: UAA, UAG, UGA
 Il codice genetico ha 2 caratteristiche principali:
 È degenerato/ridondante: gli amminoacidi corrispondono a più codoni
(esempio: leucina = 6 codoni)
 È quasi universale: nella maggior parte delle specie un codone codifica lo
stesso amminoacido
 Esperimento: 2 ricercatori creano un mRNA artificiale con basi formate tutte
dall’uracile per vedere se può sintetizzare una proteina  lo mettono in 20
provette con amminoacidi diversi in ognuna solo un amminoacido era
etichettato con marcatore radioattivo
 Risultato: solo in 1 provetta si era formato un polipeptide
Il tRNA

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  Ruolo principale: mettere in relazione l’informazione contenuta nei codoni con
gli amminoacidi specifici  leggere i codoni e associarli all’amminoacido
corrispondente
 3 funzioni principali:
 Si carica di un amminoacido
 Si associa alle molecole di mRNA
 Interagisce con i ribosomi
 Per ogni amminoacido c’è una molecola specifica di tRNA  ognuna ha una
configurazione mantenuta da legami a idrogeno fra tratti della sequenza che
contengono basi complementari
 Elementi tRNA:
 Sito d’attacco: si trova all’estremità 3’  è il punto in cui l’amminoacido
specifico si lega in modo covalente
 Anticodone: si trova a metà della sequenza formato da tre basi, è il sito di
appaiamento tra basi complementari e l’ mRNA
 Il tRNA si carica degli amminoacidi grazie a una famiglia di enzimi: gli
amminoacil-tRNA-sintetasi  ogni enzima è specifico per un solo amminoacido
e il tRNA corrispondente
 L’amminoacido si lega all’estremità 3’ del tRNA  legame ricco di energia: tRNA
carico

I ribosomi
 ruolo fondamentale nella sintesi proteica  sono strutture complesse che
assemblano correttamente le catene polipeptidiche  la sequenza è specificata
da quella lineare dei codoni di mRNA
 Formati da due subunità che si uniscono solo durante la traduzione  presenti
sia nei procarioti che negli eucarioti ma:
 Procarioti: più piccoli, contengono proteine e RNA diversi
 Eucarioti:
 Maggiore: formata da tre molecole diverse di rRNA
 Minore: formata da una molecola di rRNA
 Subunità maggiore: formata da tre siti di legame:
 Sito A: l’anticodone del tRNA si lega al codone dell’mRNA  l’amminoacido si
allinea prima di essere aggiunto
 Sito P: il tRNA cede l’amminoacido alla catena polipeptidica
 Sito E: il tRNA ha consegnato l’amminoacido e ritorna nel citosol per
ricominciare il processo

La traduzione
 Avviene in tre fasi: inizio, allungamento, traduzione
 Inizio:
 Al codone di inizio del mRNA si lega sempre un tRNA che ha un anticodone
complementare  è caricato con la metionina: tutte le catene polipeptidiche
iniziano con questo amminoacido ( che poi a volte viene rimosso alla fine da
un enzima)

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 
L’rRNA della subunità minore del ribosoma e il tRNA con la metionina si legano
al codone d’inizio del mRNA  si forma il complesso di inizio
 La subunità maggiore del ribosoma si unisce
 Il tRNA passa nel sito P del ribosoma
 Tutte le componenti sono tenute insieme da un gruppo di proteine dette
fattori di inizio
 Allungamento:
 Un nuovo tRNA carico entra nel sito A del ribosoma
 La subunità maggiore del ribosoma:
- spezza i legami tra il tRNA del sito P e il suo amminoacido
- catalizza la formazione del legame peptidico tra questo amminoacido e
quello del tRNA nel sito A
 Il primo tRNA si sposta nel sito E, si stacca dal ribosoma, torna nel citoplasma
e si ricarica con un altro amminoacido  il complesso di inizio si sposta in
avanti di un codone lungo l’mRNA
 Il processo si ripete, anche grazie all’azione di un gruppo di proteine dette
fattori di allungamento
 Terminazione:
 Nel sito A entrano uno dei tre codoni di stop (UAA, UAG, UGA)  non
codificano nessun amminoacido e non si legano a un tRNA
 Si legano a un fattore di rilascio  stacca la catena polipeptidica dal tRNA e
dal ribosoma
 Le componenti si separano

Modifiche post-traduzionali
 Gli amminoacidi nelle proteine contengono informazioni che forniscono 2
istruzioni principali:
 La traduzione è finita, sganciati e spostati  proteine spedite nel nucleo, nei
mitocondri ecc… in base alle loro etichette o rimangono nel citosol
 Interrompi la traduzione e spostati nel RER  completata poi la sintesi
rimangono lì o vanno nell’apparato di Golgi
 La catena poi si ripiega e assume una forma tridimensionale  può interagire
con altre molecole grazie alla sua configurazione
 La sequenza amminoacida può:
 Contenere una sequenza segnale  è un’ etichetta di indirizzo che indica dove
deve dirigersi la proteina
 Non contenerlo  rimane dove è stata sintetizzata
 Funzione: legare un recettore proteico presente sulla superficie dell’organulo
di destinazione  si forma un canale nella membrana e la proteina entra
 Problema: un polipeptide ha un segnale di 20 amminoacidi idrofobici
all’estremità N-terminale  va nel RER per un altro processamento:
 La traduzione si interrompe
 Il ribosoma si lega a un recettore sulla membrana del RER
 La traduzione riprende, l’allungamento continua e la proteina attraversa la
membrana del RER

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 Se la proteina non ha alcuni segnali per la destinazione viene secretata dalla
cellula attraverso vescicole
 Perché i segnali sono importanti?  la loro mancanza può causare la morte (es:
Mucolipidosi di tipo 2  malattia genetica che causa la mutazione di un gene che
codifica un enzima dell’apparato di Golgi