La trascrizione dell’RNA

- La trascrizione
- Le modificazioni post-trascrizionali

LA TRASCRIZIONE DELL’RNA

Trasferimento dell’informazione genetica: il dogma centrale

Il dogma centrale della biologia consiste nel trasferimento dell’informazione custodita nel DNA alle
molecole di RNA durante la trascrizione e alle proteine durante la traduzione. Secondo questo
dogma il flusso dell’informazione genetica è diretto da DNA a DNA, durante la sua trasmissione di
generazione in generazione, e da DNA a proteine, durante la sua espressione fenotipica in un
organismo.
Durante la replicazione dei virus a RNA, l’informazione viene anche trasmessa da RNA a RNA.
Il trasferimento dell’informazione genetica da DNA a proteina implica due passaggi:

1. La trascrizione → il trasferimento del’informazione genetica dal DNA all’RNA

2. La traduzione → il trasferimento dell’informazione dall’RNA alla proteina

Il flusso dell’informazione genetica può anche andare da RNA a DNA, durante la conversione dei
genomi di virus tumorali a RNA nelle loro forme provirali a DNA. Quindi, il trasferimento
dell’informazione genetica da DNA a RNA alcune volte è reversibile, mentre quello da RNA a
proteina è sempre irreversibile.

Trascrizione
La trascrizione è il processo mediante il quale, sequenze di DNA vengono copiate in sequenze di
RNA, ovvero, il trasferimento dell’informazione genetica dentro il DNA di un’altra molecola.
Durante la trascrizione un filamento di DNA di un gene è utilizzato come stampo per sintetizzare un
filamento complementare di RNA, detto trascritto genico.
La trascrizione del DNA fa parte del trasferimento dell’informazione genetica e consiste nel
trasferire tutte le informazioni dalla cellula progenitrice alle 2 cellule figlie. L’informazione è
contenuta nelle molecole del DNA che vengono usate per sintetizzare le proteine che sono quelle
che danno il fenotipo.
La direzione dell’informazione nella trascrizione sono biunivoca, esiste anche la trascrizione
inversa, dall’RNA si passa al DNA.

Trascrizione → processo che copia le sequenza di DNA in RNA. La trascrizione non è ristretta solo ai
geni ma avviene anche per altri tipi di sequenze che non servono a trasferire l’informazione ma
servono per la regolazione.

L’enzima che copia dal DNA e diventa RNA si chiama RNA polimerasi e si occupa della trascrizione
inversa (trascrittasi inversa).
RNA polimerasi → catalizzano il processo della trascrizione
- Legame fosfodiesterico
- Direzione di crescita 5’→3’
- Non necessita di un primer per iniziare la sintesi
In ogni data regione solo 1 dei 2 filamenti di DNA è utilizzato come stampo per la sintesi di una
catena di RNA che verrà tradotta in proteine. Il filamento di DNA che viene letto per sintetizzare
l’RNA, viene detto filamento stampo, mentre il filamento di DNA complementare è detto
filamento senso.
 Tutte le RNA Pol iniziano la trascrizione da un sito discreto sito di inizio.
 Tutte le RNA Pol terminano la trascrizione in siti discreti terminatore.

Il sito di inizio della trascrizione è definito geneticamente da sequenze nucleotidiche che

costituiscono il promotore.
La frequenza con cui la RNA Pol inizia la trascrizione può essere regolata da sequenze
nucleotidiche anche molto distanti dal sito di inizio (enhancers e silencers).
Gli elementi regolatori della trascrizione sono siti di legame di specifiche proteine FATTORI DI
TRASCRIZIONE.
Lo splicing avviene nello “spliceosoma” un complesso di proteine e RNA.

 Nei procarioti, il prodotto della trascrizione, il trascritto primario, è equivalente alla molecola
di mRNA.
 Negli eucarioti, i trascritti primari devono essere maturati per tagliare sequenze specifiche e
modificare entrambe le estremità terminali prima di poter essere tradotti. Questi trascritti
primari sono dei precursori dell’mRNA, per questo sono detti pre-mRNA.
La maggior parte dei geni nucleari degli eucarioti superiori e di alcun eucarioti inferiori
contengono sequenze non codificanti, dette introni, che separano le sequenze codificanti, o
esoni, di questi geni. Le sequenze complete di questi geni interrotti sono trascritte in pre-
mRNA e le sequenze introniche non codificanti sono rimosse grazie a reazioni di splicing che
avvengono su strutture macromolecolari dette splicesomi.

Cinque tipi di molecole di RNA

 mRNA → RNA messaggeri, intermedi che trasportano l’informazione genetica dal DNA ai
ribosomi, dove vengono sintetizzate le proteine.
 rRNA → RNA ribosomali, sono componenti strutturali e catalitici dei ribosomi, traducono la
sequenze nucleotidiche degli mRNA nelle sequenze amminoacidiche dei polipeptidi.
 tRNA → RNA transfer, sono piccole molecola di RNA che funzionano da adattatori tra gli
amminoacidi e i codoni dell’mRNA durante la traduzione.
 snRNA → piccoli RNA nucleari, sono componenti strutturali degli splicesomi, le strutture
nucleari che allontanano gli introni dai trascritti.
 miRNA → micro RNA, sono RNA a singolo filamento di 20-22 nucleotidi che vengono tagliati a
partire da piccoli precursori con una struttura a forcina e bloccano l’espressione di mRNA
complementari o parzialmente complementari, determinandone la degradazione o
reprimendone la traduzione.

I cinque tipi di RNA sono prodotti dalla trascrizione. Contrariamente agli mRNA che specificano
polipeptidi, i prodotti finali dei geni per le altre 4 classi di RNA, sono molecole di RNA che non
vengono tradotte.

Il processo dell’espressione genica

L’informazione presente nelle sequenze nucleotidiche dei geni viene tradotta nelle sequenze
amminoacidiche delle proteine attraverso intermedi instabili chiamati RNA messaggeri.
L’informazione genetica è trasferita dai geni alle proteine mediante l’mRNA.
Aspetti generali della sintesi dell’RNA
La sintesi dell’RNA avviene con un meccanismo molto simile alla sintesi del DNA, tranne per 3
aspetti:

1. I precursori sono i ribonucleosidi trifosfato

2. Solo un filamento di DNA è utilizzato come stampo per la sintesi di una catena
complementare di RNA
3. Le catene di RNA possono essere iniziate de novo senza bisogno di nessun innesco

La molecola di RNA prodotta sarà complementare e antiparallela al filamento stampo di DNA e

identica, tranne per la sostituzione della timina con l’uridina, al filamento non stampo di DNA.
Se la molecola di RNA è un mRNA, specificherà la sequenza di amminoacidi del prodotto proteico.
Le molecole di mRNA sono filamenti codificanti di RNA e vengono definite filamenti senso, in
quanto la loro sequenza nucleotidica specifica la sequenza amminoacidica dei prodotti proteici.
Una molecola di RNA complementare a un mRNA viene definita RNA antisenso.
La sintesi di catene di RNA avviene in direzione 5’ → 3’, con l’aggiunta di ribonucleotidi al gruppo
3’-OH all’estremità della catena. Questa reazione è catalizzata dall’RNA polimerasi. L’RNA
polimerasi si lega a una sequenza nucleotidica specifica, detta promotore, e con l’aiuto di proteine,
dette fattori di trascrizione, comincia la sintesi delle molecole di RNA a partire dal sito d’inizio della
trascrizione, in prossimità del promotore.
La sintesi dell’RNA ha inizio in un segmento di DNA localmente svolto, detto bolla di trascrizione,
prodotto dall’RNA polimerasi.
Trascrizione nei procarioti
Il cromosoma procariotico consiste di una molecola di DNA a doppia elica circolare che codifica per
alcune migliaia di geni (in E. coli 4.400 geni). I geni sono regioni funzionali della molecola di DNA,
anche i plasmidi, che sono molecole circolari, hanno dei geni.
Un segmento di DNA che viene trascritto per produrre una molecola di RNA viene definito unità di
trascrizione. Le unità di trascrizione possono essere singoli geni oppure possono includere
numerosi geni contigui.
Nei batteri si trovano lunghi trascritti che contengono sequenze codificanti di numerosi geni.
Il processo di trascrizione può essere suddiviso in 3 fasi:

1. INIZIO → di una nuova catena di RNA, regione del promotore e bolla di trascrizione.
2. ALLUNGAMENTO → direzione 5’→ 3’.
3. TERMINAZIONE → della trascrizione e rilascio della molecola di RNA nascente, segnale di
terminazione.

 A monte → estremità 5’
 A valle → estremità 3’
Le regioni a monte e a valle dei geni sono sequenze di DNA che specificano per i corrispondenti
segmenti 5’ e 3’ dei loro trascritti.

RNA polimerasi: enzimi complessi

Le RNA polimerasi, che catalizzano la trascrizione, sono complesse proteine multimeriche. La
molecola completa di RNA polimerasi, l’oloenzima, ha composizione α₂ββ’σ:

 Le 2 subunità α sono coinvolte nell’assemblaggio del core tetramerico (α₂ββ’) dell’RNA

polimerasi
 La subunità β contiene il sito di legame per il ribonucleoside trifosfato
 La subunità β’ consente l’aggancio alla regione di legame sul DNA stampo
 La subunità σ è coinvolta solo nell’inizio della trascrizione e non svolge alcun ruolo
nell’allungamento della catena

Una volta avvenuto l’inizio della catena di RNA, il fattore σ viene rilasciato e l’allungamento della
catena è catalizzato dal core enzimatico. La funzione di sigma è di riconoscere e legare l’RNA
polimerasi ai siti d’inizio di trascrizione sul DNA, o siti promotori.

Inizio della catene di RNA

Le RNA polimerasi riconoscono le specifiche sequenze dei promotori. L’inizio delle catene di RNA
implica 3 passaggi:

1. Legame dell’oloenzima RNA polimerasi a un promotore

2. Svolgimento localizzato dei due filamenti di DNA ad opera dell’RNA polimerasi, per fornire
un filamento stampo libero da copiare
3. Formazione di legami fosfodiesterici tra i primi ribonucleotidi della catena nascente di RNA.

L’oloenzima rimane legato alla regione promotrice durante la sintesi dei primi legami, poi il fattore
σ viene rilasciato e il core enzimatico comincia la fase di allungamento.
Le coppie nucleotidiche sono numerate rispetto al sito d’inizio della trascrizione, indicato con +1
((la coppia nucleotidica che corrisponde al primo nucleotide del trascritto di RNA → 5’). Le coppie
di basi che precedono il sito d’inizio, dette sequenze a monte sono indicate con il segno meno (-),
mentre quelle che lo seguono, sono dette sequenze a valle e sono indicate con il segno più (+).

 In E. Coli due corte sequenze sono conservate, dette sequenze consenso, e si trovano a 10
e a 35 paia di basi prima dell’inizio della trascrizione.

Allungamento delle catene di RNA

L’RNA polimerasi catalizza la sintesi della catena nascente di RNA in direzione 5’ → 3’.
L’allungamento della catene di RNA è catalizzato dal core enzimatico dell’RNA polimerasi, dopo il
rilascio della subunità σ.
L’estensione delle catene di RNA comincia all’interno della bolla di trascrizione, un segmento di
DNA localmente svolto. La molecola di RNA polimerasi contiene sia l’attività svolgente (a monte) sia
quella riavvolgente (a valle) sul DNA.
La catena nascente di RNA viene spiazzata dal filamento stampo di DNA che richiude l’elica, al
procedere dell’RNA polimerasi. La regione di appaiamento temporaneo tra la catena nascente e il
filamento di DNA stampo è molto corta (3 pb). La stabilità del complesso di trascrizione è
assicurata dal legame tra il DNA e la catena nascente di RNA all’RNA polimerasi piuttosto che
dall’appaiamento tra il filamento stampo di DNA e l’RNA nascente.

Terminazione delle catene di RNA

La terminazione delle catene di RNA avviene quando l’RNA polimerasi incontra un segnale di
terminazione. Quando questo avviene, il complesso di trascrizione si dissocia, rilasciando la
molecola di RNA nascente.

 In E. Coli ci sono 2 tipi di segnale di terminazione:

1. Terminazione rho-indipendente → terminazione della trascrizione senza il
coinvolgimento della proteine rho.
I terminatori rho-indipendenti contengono una regione ricca in GC seguita da
almeno 6 o più coppie di basi AT. La sequenza nucleotidica della regione ricca in GC
contiene ripetizioni invertite (sequenze nucleotidiche in ciascun filamento di DNA
invertire e complementari). Quando vengono trascritte queste regioni ripetute e
invertite producono sequenze di RNA a singolo filamento che possono appaiarsi e
formare strutture a forcina. Tali strutture si formano subito dopo la sintesi delle
catene di RNA e generano un rallentamento dell’RNA polimerasi lungo il DNA,
poiché la molecola di RNA neo sintetizzata ha una struttura a forcina.
La sequenza di U facilita il rilascio delle catene di RNA appena sintetizzate dallo
stampo di DNA durante la pausa dell’RNA polimerasi, poiché l’appaiamento AU è
debole.
2. Terminazione rho-dipendente → terminazione della trascrizione sono in presenza
della proteina rho.
Anche in questo caso c’è la formazione di una struttura a forcina contente legami
idrogeno a monte del sito di terminazione che impedisce il movimento dell’RNA
polimerasi, determinandone la pausa.
I terminatori rho-dipendenti contengono altre 2 sequenze:
1. Una sequenza di 50-90 coppie di nucleotidi a monte delle sequenze ripetute e
invertite che produce un filamento di RNA con molte C e poche G e che di
conseguenza non forma forcina o altre strutture secondarie
2. Una sequenza che specifica un sito di legame per la proteina rho detto rut in
prossimità dell’estremità 3’ del trascritto. La proteine rho si lega alla sequenza
 rut nel trascritto e si sposta dal 5’ al 3’. Quando l’RNA polimerasi incontra la
forcina, fa una pausa consentendo alla proteina rho di oltrepassare la forcina e
utilizza la sua attività elicasica per svolgere l’appaiamento DNA\RNA all’estremità
terminale e rilasciare il trascritto di RNA.

Trascrizione, traduzione e degradazione contemporanee dell’mRNA

Nei procarioti trascrizione e traduzione sono eventi accoppiati e possono avvenire
simultaneamente nella stessa molecola di RNA.
La traduzione e la degradazione di una molecola di mRNA cominciano spesso prima che la sua
trascrizione sia completa. Dato che le molecole di mRNA sono sintetizzate, tradotte e degradate in
direzione 5’ → 3’, i tre processi possono avvenire contemporaneamente sulla stessa molecola di
RNA.

Trascrizione negli eucarioti

Ogni cromosoma eucariotico contiene una lunga molecola di DNA a doppia elica che si estende
ininterrotta da una estremità all’altra del cromosoma. I geni sono regioni funzionali della molecola
di DNA, ossia sequenze che codificano l’informazione necessaria alla sintesi di una proteina.
Negli eucarioti, l’RNA è sintetizzato nel nucleo e gli RNA che codificano le proteine devono essere
trasportati nel citoplasma per la traduzione sui ribosomi.
Gli mRNA eucariotici possono essere sia monogenici che multigenici.
Negli eucarioti sono presenti 5 diversi RNA polimerasi; ciascun enzima catalizza la trascrizione di
una classe specifica di geni.
Il trascritto primario o RNA nucleare eterogeneo (hRNA), che codifica polipeptidi, è modificato nel
nucleo e subisce tre modificazioni principali prima del trasporto nel citoplasma per la traduzione:

1. All’estremità 5’ dei trascritti primari è aggiunto un cappuccio (cap) di 7-metil guanosina.

Nella maggior parte degli mRNA eucariotici, il 5’ cap è un residuo di 7-metil guanosina
legato al nucleoside iniziale del trascritto con un legame 5’-5’.
2. All’estremità 3’ dei trascritti, generata dal taglio più che dalla terminazione dell’estensione
della catena, è aggiunta una coda di poli(A). La coda di poli(A) al 3’ è un tratto poliadenilico
lungo da 20 a 200 nucleotidi.
3. Quando sono presenti, le sequenze non codificanti sono allontanate dai trascritti tramite
splicing.
o Splicing RNA →Sequenze consenso nei siti di splicing assicurano l’estrema
precisione del meccanismo di splicing.
o Splicing mRNA → Il processo di maturazione del pre-mRNA. Lo spliceosoma.

Negli eucarioti la popolazione di trascritti primari in un nucleo viene definita RNA nucleare
eterogeneo (hnRNA), a causa della grande varietà delle dimensioni delle molecole di RNA presenti.
La maggior parte di questi hnRNA è costituita da sequenze introniche non codificanti, che vengono
allontanate dai trascritti primari e degradate nel nucleo. Quindi, la maggior parte degli hnRNA è
rappresentata da molecole di pre-mRNA.
Negli eucarioti i trascritti di RNA sono ricoperti da proteine che si legano all’RNA durante o
immediatamente dopo la sua sintesi. Queste proteine proteggono i trascritti genici dall’azione
delle ribonucleasi, enzimi che degradano le molecole di RNA, durante la maturazione e il trasporto
nel citoplasma. L’emivita media di un trascritto genico eucariotico è di circa 5h contro i 5min di un
trascritto genico procariotico. Questa maggiore stabilità dei trascritti eucariotici è determinata, in
parte, dal loro complessa mento con le proteine.

Durante la trascrizione negli eucarioti avviene la modulazione della cromatina:

 EUCROMATINA → regioni del DNA trascrizionalmente attive.

 ETEROCROMATINA → regioni del DNA trascrizionalmente non attive.
- Eterocromatina costitutiva → si riferisce a quelle regioni dei cromosomi che non sono mai
trascritte (sequenze ripetute dai centromeri e telomeri).
- Eterocromatina facoltativa → si riferisce a quelle regioni dove risiedono geni che possono
essere trascritti e che possono pertanto diventare euro cromatiche (tipi cellulari diversi o
nelle diverse frasi di sviluppo).
-
Le regioni eurocromatiche corrispondono a regioni dove la cromatina non è molto condensata. Il
DNA troppo condensato, cioè strettamente associato agli istoni o ad altre proteine, non può essere
trascritto. Evidenza che la trascrizione avviene nelle regioni di DNA in cui la cromatina è
decondensata. Ci sono 2 tipi di complessi proteici che modulano la cromatina:

1. Gli enzimi istone acetilasi (HAT) modificano i nucleosomi mediante acetilazione degli istoni
(lisina). Istone acetilasi → catalizzando l’aggiunta di gruppi acetilici sull’amminoacido lisina.
Gli istoni acetilati sono meno strettamente legati e quindi la RNA polimerasi può legare il
DNA e trascriverlo.
2. Complesso di rimodellamento del nucleosoma → SWI/SNF. 8 proteine che dissociano il
DNA dagli istoni per promuovere la trascrizione.
3.
La cromatina trascrizionalmente attiva può essere rimodulata in una forma inattiva. Tale
rimodulazione coinvolge 2 molecole biochimiche degli istoni nei nucleosomi:

1. Deacetilazione → deacetilasi istoniche (HDAC) che rimuovono il gruppo acetilico delle lisine
degli istoni ricompattando cosi il nucleosoma. Catalizzata dalle deacetilasi istoniche che
rimuovono il gruppo acetilico delle lisine degli istoni, ricompattando così il nucleosoma.
2. Metilazione della citosina catalizzata dalle metil transferasi → La maggior parte delle
citosine metilate si trova nei doppietti anche abbreviate come mCpG. 5’ mCpG 3’
Il DNA metilato è trascrizionalmente silente e ad esso si legano proteine 3’ GpCm 5’
specifiche che causano cambiamento della struttura cromatinica. Nel
genoma ci sono regioni ricche in CpG note come isole CpG. Nel genoma
umano circa 30.000 isole localizzate vicino siti di inizio della trascrizione che se metilate
silenziano la trascrizione.

Cinque RNA polimerasi/cinque gruppi di geni

In E. Coli una singola RNA polimerasi catalizza la trascrizione di tutti i geni. Gli eucarioti contengono
da 3 a 5 RNA polimerasi differenti. I 3 enzimi presenti nella maggior parte degli eucarioti sono
l’RNA polimerasi I, II e III. Le RNA polimerasi eucaristiche richiedono l’intervento di proteine, dette
fattori di trascrizione, per fare inizio alla sintesi delle catene di RNA.

1. RNA polimerasi I → localizzata nel nucleolo, regione specifica del nucleo, in cui gli rRNA
vengono prima sintetizzati e poi assemblati con altre proteine ribosomali. L’RNA polimerasi
I catalizza la sintesi di tutti gli RNA ribosomali, tranne dei piccoli rRNA 5S.
2. RNA polimerasi II →localizzata nel nucleo, sintetizza gli mRNA che vengono tradotti per
costruire le proteine, quindi trascrive i geni nucleari che codificano proteine e forse altri
 geni che specificano hnRNA. I promotori della RNA polimerasi II sono il nucleo del
promotore e gli elementi prossimali del promotore: TATA box (-30) e CAAT box (-80) ed
altre sequenze regolative: enhancer e silencer.
3. RNA polimerasi III → localizzata nel nucleo, catalizza la sintesi delle molecole di tRNA, di
rRNA 5S e di piccoli RNA nucleari.

Si legano ai promotori e si associano ad altre proteine (fattori di trascrizione). I promotori

eucariotici sono formati da corti elementi, conservati a monte del sito d’inizio della trascrizione.
A tali elementi si lega la RNA polimerasi e i fattori di trascrizione basali TFIIX; tra essi il TFIID è il
primo a legarsi alla TATA box.
Altre sequenze regolative a monte e a valle del sito d’inizio della trascrizione sono gli enhancer e i
silencer che modulano l’efficienza dall’inizio della trascrizione.
Successivamente si leganoi altri fattori e la RNA polimerasi II produce il complesso minimo per
l’inizio della trascrizione.

Finora le polimerasi VI e V sono state identificate solo nelle piante. Le RNA polimerasi VI e V
giocano ruoli fondamentali nello spegnimento della trascrizione di geni che modificano la struttura
dei cromosomi, un processo chiamato rimodellamento della cromatina. Il rimodellamento della
cromatina avviene quando le code istoniche dei nucleosomi sono chimicamente modificate e le
proteine interagiscono con questi gruppi modificanti, causando condensazione della cromatina.

4. RNA polimerasi VI → sintetizza trascritti che sono processati in piccoli RNA, i siRNA,
importanti regolatori dell’espressione genica.
5. RNA polimerasi V →sintetizza un sottoinsieme di siRNA e trascritti non codificanti dei geni
regolati da siRNA. I siRNA interagiscono con questi trascritti non codificanti e con proteine
associate ai nucleosomi per condensare la cromatina in strutture che non possono essere
trascritte.

Inizio delle catene di RNA

Le RNA polimerasi eucariotiche non possono iniziare da sole la trascrizione, ma richiedono la
presenza di fattori di trascrizione proteici. Questi fattori di trascrizione devono legarsi a un
promotore e formare un opportuno complesso di inizio prima che l’RNA polimerasi si leghi e
cominci la trascrizione.
Le RNA polimerasi utilizzano promotori e fattori di trascrizione differenti. In tutti i casi, l’inizio della
trascrizione implica la formazione di un segmento di DNA localmente svolto che fornisca un
filamento di DNA che funzioni come stampo per la sintesi di un filamento complementare di
RNA. La formazione del segmento di DNA localmente svolto è necessaria per l’inizio della
trascrizione.

RNA polimerasi II → i promotori riconosciuti dall’RNA polimerasi II sono costituiti da corti elementi
conservati, localizzati a monte del punto d’inizio della trascrizione. L’elemento conservato più
vicino al punto d’inizio della trascrizione (posizione +1) viene detto TATA box in posizione -30; il
secondo elemento conservato è la CAAT box in posizione -80.
L’inizio della trascrizione ad opera dell’RNA polimerasi II richiede l’assistenza di numerosi fattori di
trascrizione basali. Altri fattori di trascrizione e sequenze regolative chiamante enhancer e silencer
modulano l’efficienza dell’inizio. I fattori di trascrizione basali devono interagire con i promotori
nella sequenza corretta per iniziare efficacemente la trascrizione.
Ogni fattore di trascrizione basale è indicato come TFIIX (X è una lettera che identifica il fattore):
  TFIID → è il promo fattore di trascrizione basale a interagire con il promotore, contiene una
proteina che lega la TATA box.
 TFIIF → si associa all’RNA polimerasi II e poi insieme si legano al complesso d’inizio della
trascrizione. Contiene 2 subunità, una delle quali ha attività di svolgimento del DNA. È
molto probabile che TFIIF catalizzi lo svolgimento localizzato della doppia elica di DNA
necessario per iniziare la trascrizione.
 TFIIH →possiede attività elicasica e procede assieme all’RNA polimerasi II durante
l’allungamento, svolgendo i filamenti nella regione di trascrizione (bolla di trascrizione).

Allungamento della catena di RNA e aggiunta del cap di metil guanosina al 5’

Nelle prime fasi del processo di allungamento, le estremità 5’ dei pre-mRNA eucariotici sono
modificate per aggiunta di cap 7-metil guanosina, che sono aggiunti quando le catene nascenti di
RNA sono lunghe appena 30 nucleotidi. Il cap di 7-MG contiene un legame trifosfato 5’-5’.
Questi cap 5’ sono aggiunti co-trascrizionalmente. Essi sono riconosciuti da fattori proteici coinvolti
nell’inizio della traduzione e inoltre proteggono le catene nascenti di RNA dalla degradazione a d
opera di nucleasi.
I geni degli eucarioti si trovano in cromatina organizzata in nucleosomi. L’RNA polimerasi II è in
grado di spostarsi tra i nucleosomi con l’aiuto di un complesso proteico chiamato FACT, che
rimuove i dimeri di istoni H2A\H2B dai nucleosomi, ristabilendo la struttura del nucleosoma.
La cromatina contente i geni che devono essere trascritti ha una struttura meno compatta di quella
contente i geni inattivi.

Terminazione per taglio della catena e aggiunta della coda di poli(A) al 3’

Le estremità 3’ dei trascritti di RNA sintetizzati dall’RNA polimerasi II sono prodotte per taglio
endonucleolitico dei trascritti primari.
Gli eventi di terminazione della trascrizione avvengono spesso in siti multipli. La trascrizione
procede oltre il sito che diventerà l’estremità 3’ e il segmento distale viene rimosso per taglio
endonucleolitico. Il taglio che genera il 3’ di un trascritto di solito si trova da 11 a 30 nucleotidi a
valle della sequenza consenso conservata AAUAAA e a monte di una sequenza ricca di GU
localizzata in prossimità della fine dell’unità di trascrizione. Dopo il taglio, l’enzima poli(A)
polimerasi aggiunge la coda di poli(A), un tratto di residui di adenosina monofosfato di circa 200
nucleotidi, all’estremità 3’ del trascritto. L’aggiunte delle code di poli(A) agli mRNA eucariotici viene
detta poliadenilazione.
La formazione delle code di poli(A) richiede una componente di specificità che:

 Riconosca le sequenza AAUAAA negli RNA e si leghi a esse

 Un fattore stimolante che leghi la sequenza ricca di GU
 Un’endonucleasi
 La poli(A) polimerasi

Queste proteine formano un complesso multimerico che dirige sia il taglio che l reazione di
poliadenilazione in reazioni strettamente accoppiate. Le code di poli(A) aumentano la stabilità degli
mRNA eucariotici e svolgono un ruolo importante nel loro trasporto dal nucleo al citoplasma.

Trascrizione e traduzione negli eucarioti

Negli eucarioti la trascrizione e la traduzione sono eventi fisicamente e temporalmente separati.
Le molecole di pre-mRNA neosintetizzate subiscono modificazioni nel nucleo prima del loro
trasporto nel citoplasma dove avviene la traduzione.
Rimozione delle sequenze introniche tramite splicing dell’RNA
La maggiore parte dei geni che codificano proteine negli eucarioti multicellulari contiene introni.
Questi geni “interrotti” contengono nel trascritto primario l’intera sequenza del gene e le sequenze
non codificanti sono allentante durante la maturazione dell’RNA.
Per i geni che codificano proteine, il meccanismo di splicing deve essere preciso, in quanto deve
legare con precisione sequenze esoniche al singolo nucleotide per assicurare che i codoni
dell’esone a valle dell’introne siano letti correttamente. Nei trascritti primari dei geni nucleari le
uniche sequenze completamente conservate tra introni differenti sono le sequenze di
nucleotidiche alle loro estremità, cioè: esone-GT…introne…AG-esone.
Queste sequenze si riferiscono al filamento di DNA non stampo, equivalente al trascritto di RNA ma
con T al posti di U. inoltre, ci sono corte sequenze consenso nei punti di giunzione tra esone e
introne. Le sequenze consenso nei siti di splicing assicurano l’estrema precisione del meccanismo
di splicing.Specie diverse presentano una certa conservazione delle sequenze delle giunzioni
esone-introne.
Lo splicing e le sequenze introniche possono influenzare l’espressione genica.

Splicing dei pre-mRNA: snRNA, snRNP e spliceosoma

Gli introni dei trascritti di pre-mRNA nucleari (hnRNA) sono allontanati in due fasi. Lo splicing dei
pre-mRNA nucleari avviene tramite la formazione di complesse strutture RNA/proteine, dette
spliceosomi. Queste strutture sono simili ai ribosomi; contengono un insieme di piccole molecola
di RNA dette snRNA e circa 40 proteine differenti. Nello splicing dei pre-mRNA nucleari sono
coinvolti 5 snRNA, detti, U1, U2, U3, U4, U5 e U6, come componenti degli spliceosomi. Essi non
esistono come molecole di RNA libere, ma sono presenti in piccoli complessi nucleari RNA-
proteine, detti snRNP. Lo spliceosoma risulta dall’assemblaggio di 4 differenti snRNP e fattori
proteici durante il processo di splicing. Ciascuno degli snRNA U1, U2, U3 e U5 è presente in una
particella snRNP specifica. Gli snRNA U4 e U6 sono presenti insieme in un quarto di snRNP.

1. La prima fase nello splicing dei pre-mRNA nucleari implica il taglio nel sito di splicing
intronico 5’ (↓GU-introne) e la formazione di un legame fosfodiesterico intramolecolare
tra il carbonio 5’ della G nel sito di taglio e il carbonio 2’ di un residuo conservato di A
vicino all’estremità 3’ dell’introne. Questa fase avviene sugli spliceosomi completi e richiede
l’idrolisi di ATP.
L’snRNP U1 si deve legare al sito di splicing 5’ prima di iniziare la reazione di taglio. Il
riconoscimento del sito di taglio all’estremità 5’ dell’introne coinvolge un appaiamento di
basi tra la sequenza consenso e una sequenza complementare vicino all’estremità 5’
dell’snRNA U1.
2. Il secondo snRNP aggiunto al complesso di splicing è l’snRNP U2; esso si lega alla sequenza
consenso che contiene il residuo conservato di A, che forma il punto di ramificazione della
struttura a cappio dell’introne che ha subito splicing. Dopodiché, l’snRNP U5 si lega al sito
di splicing 3’ e l’snRNP U4/U6 viene aggiunto al complesso per formare lo spliceosoma
completo.

Quando il sito di splicing intronico 5’ viene tagliato nella prima fase, l’snRNA U4 viene rilasciato
dallo spliceosoma. Nella seconda fase della reazione, il sito di splicing 3’ dell’introne viene tagliato
e i due esoni sono uniti da un normale legame fosfodiesterico 5’-3’. L’mRNA che ha subito lo
splicing è pronto per essere trasportato nel citoplasma ed essere tradotto sui ribosomi.