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Prof.

Domenico Ripolo

Cos la sintesi proteica


La sintesi proteica il processo che porta alla formazione delle proteine utilizzando le informazioni contenute nel DNA. Si tratta di un processo piuttosto complesso in cui intervengono vari attori Nelle sue linee fondamentali questo processo identico in tutte le forme di vita, sia eucarioti che procarioti

Dove avviene
Come vedremo, il processo comincia nel nucleo (negli eucarioti) e termina nel citoplasma o nel reticolo endoplasmatico ruvido

Gli attori Il DNA


Nel DNA sono contenute le istruzioni per sintetizzare le diverse proteine Ogni porzione di DNA che codifica per una specifica proteina detta gene

Gli attori Il DNA


Ad esempio, questo potrebbe essere il gene per linsulina

e questo il gene per lemoglobina

Gli attori LRNA


Nella sintesi proteica interviene un altro acido nucleico, lRNA, presente in 3 forme diverse (ma a filamento singolo): - lRNA messaggero (mRNA) - lRNA ribosomale (rRNA) - lRNA transfer (tRNA)

LRNA messaggero
lRNA messaggero (mRNA) una singola catena lineare di RNA che fa da tramite tra il nucleo e il citoplasma. Contiene una copia in negativo del gene.

LRNA ribosomale
LRNA ribosomale (rRNA) costituente principale (insieme ad alcune proteine) dei ribosomi, da cui il nome.

LRNA transfer
LRNA transfer (tRNA) una particolare catena di RNA che viene rappresentato bidimensionalmente come un trifoglio...

mentre la struttura tridimensionale decisamente pi complessa

Gli attori Amminoacidi


La sintesi proteica richiede anche gli amminoacidi, cio i mattoncini che, assemblati in sequenza, costituiranno le proteine

Gli attori Amminoacidi


Tutte le nostre proteine sono costituite da solo 20 tipi di amminoacidi, un po come tutte le parole del nostro vocabolario sono formate utilizzando 21 lettere dellalfabeto
Ala Cys Asp Glu Phe Alanina Cisteina Acido aspartico Acido glutammico Fenilalanina Gly His Ile Lys Leu Glicina Istidina Isoleucina Lisina Leucina Met Asn Pro Gln Arg Metionina Asparagina Prolina Glutammina Arginina Ser Thr Val Trp Tyr Serina Treonina Valina Triptofano Tirosina

Gli attori Amminoacidi


Una sequenza di amminoacidi, come questa

Gly

Ala

Met

Val

Tyr

un polipeptide. Le proteine sono polipeptidi generalmente molto lunghi e con un organizzazione anche molto complessa.

Gli attori Ribosomi


Le fabbriche cellulari di proteine sono i ribosomi, piccoli organuli costituiti da due subunit

I ribosomi, come detto, sono costituiti da rRNA e proteine

Le fasi della sintesi proteica


Le fasi della sintesi proteica sono 2: -La Trascrizione (che, negli eucarioti, avviene nel nucleo) -La Traduzione (che avviene sui ribosomi)

La trascrizione
Nella fase di trascrizione la doppia elica di una porzione di DNA viene dapprima svolta ad opera di un enzima detto RNA-Polimerasi

La trascrizione
Lo stesso enzima apre la doppia elica

e inizia, utilizzando uno dei due filamenti come stampo, a costruire una molecola complementare di mRNA.

La trascrizione
Ecco un modello tridimensionale dellRNAPolimerasi

La trascrizione
C G A G T T G G A C A T G C T C A A C C T G T A

Ad esempio, prendiamo una porzione di DNA come quella mostrata a sinistra

La trascrizione
C G A G T T G G A C A T G C T C A A C C T G T A

Ad esempio, prendiamo una porzione di DNA come quella mostrata a sinistra

La trascrizione
C G A G T T G G A C A T G C T C A A C C T G T A

Ad esempio, prendiamo una porzione di DNA come quella mostrata a sinistra

La trascrizione
C G A G T T G G A C A T G C T C A A C C T G T A

Ad esempio, prendiamo una porzione di DNA come quella mostrata a sinistra

La trascrizione
C G A G T T G G A C A T G C T C A A C C T G T A

Dopo la separazione dei due filamenti, lRNA polimerasi comincia ad assemblare la catena complementare di mRNA

La trascrizione
C G A G T T G G A C A T G C U C A A C C U G U A

utilizzando come stampo uno dei filamenti e secondo la complementariet delle basi.

La trascrizione
G C U C A A C C U G U A

La catena di RNA messaggero cos formata...

La trascrizione
La catena di RNA messaggero cos formata...

G C U C A A C C U G U A

La trascrizione
sar una sorta di impronta in negativo del gene da cui si originato
A U G U C C A A C U C G

RNA messagero

e migrer verso i ribosomi liberi nel citoplasma o verso quelli attaccati al reticolo endoplasmatico rugoso, portando le istruzioni per la sintesi della proteina.

Dalla trascrizione alla traduzione

Il codice genetico
Ma come si fa a passare dal linguaggio degli acidi nucleici (che utilizza 4 lettere)

al linguaggio delle proteine (che utilizza 20 lettere)?

Il codice genetico
Certo non pu esserci una corrispondenza 1:1

Ma non neanche possibile associare un amminoacido ad una coppia di basi azotate

Infatti le possibili coppie di basi sono 42 = 16 (AA, UU, CC, GG, AU, AC, AG, UA, UC, UG, CA, CG, CU, GA, GU, GC) troppo poche per poter codificare i 20 amminoacidi

Il codice genetico
Appare evidente, quindi, che il codice utilizzato si basa su triplette di basi infatti 43 = 64 combinazioni sono pi che sufficienti per codificare i 20 amminoacidi

Il codice genetico
Ed ecco quindi il codice genetico:
Ovviamente ridondante: ci sono cio pi triplette che codificano per lo stesso amminoacido Ci sono anche le triplette di inizio (AUG) e di stop (UAA, UAG e UGA) che determinano linizio e la fine di una sequenza polipeptidica

Il codice genetico
Il codice genetico universale: praticamente tutti gli organismi viventi utilizzano questo stesso codice per tradurre una sequenza di basi azotate (il DNA e poi lRNA) in una sequenza di amminoacidi (la proteina)

Ogni tripletta di basi sullRNA anche detta codone

La traduzione
Successivamente su ogni codone si attaccher il tRNA con La fase di traduzione ha inizio quando lRNA messaggero si lanticodone complementare, portandosi dietro un amminoacido. attacca al ribosoma.
Gln Ala Val Gly

anticodone codone
G C U C A A C C U G U A

La traduzione
Successivamente su ogni codone si attaccher il tRNA con La fase di traduzione ha inizio quando lRNA messaggero si lanticodone complementare, portandosi dietro un amminoacido. attacca al ribosoma.
Gln Ala Val Gly

La traduzione
Successivamente su ogni codone si attaccher il tRNA con La fase di traduzione ha inizio quando lRNA messaggero si lanticodone complementare, portandosi dietro un amminoacido. attacca al ribosoma.
Gln Ala Val Gly

U C G A

La traduzione
Successivamente su ogni codone si attaccher il tRNA con La fase di traduzione ha inizio quando lRNA messaggero si lanticodone complementare, portandosi dietro un amminoacido. attacca al ribosoma.
Gln Val Gly

Ala
G U U C A U G G A

C G

G C

A U C A A C C U G U A

La traduzione
Successivamente su ogni codone si attaccher il tRNA con La fase di traduzione ha inizio quando lRNA messaggero si lanticodone complementare, portandosi dietro un amminoacido. attacca al ribosoma.
Gln Val Gly

Ala
G U U C A U G G A

C G

G C

A U C A A C C U G U A

La traduzione
Successivamente su ogni codone si attaccher il tRNA con La fase di traduzione ha inizio quando lRNA messaggero si lanticodone complementare, portandosi dietro un amminoacido. attacca al ribosoma.
Gln Val Gly

Ala
G U U C A U G G A

C G

G C

A U C A A C C U G U A

La traduzione
Successivamente su ogni codone si attaccher il tRNA con La fase di traduzione ha inizio quando lRNA messaggero si lanticodone complementare, portandosi dietro un amminoacido. attacca al ribosoma.
Val Gln Ala
C G C G U G C U A U C A A C C U G U A A U G G A

Gly

La traduzione
Successivamente su ogni codone si attaccher il tRNA con La fase di traduzione ha inizio quando lRNA messaggero si lanticodone complementare, portandosi dietro un amminoacido. attacca al ribosoma.
Val Gly

Ala

Gln
C A U G G A

C G

G C

A U

G C

U A

U A C C U G U A

La traduzione
Lamminoacido del primo tRNA si lega poi a quello del secondo
Val Gly

Ala

Gln
C A U G G A

C G

G C

A U

G C

U A

U A C C U G U A

La traduzione
Lamminoacido del primo tRNA si lega poi a quello del secondo
Val Ala Gln
C A U G G A

Gly

C G

G C

A U

G C

U A

U A C C U G U A

La traduzione
Lamminoacido del primo tRNA si lega poi a quello del secondo
Val Ala Gln
C A U G G A

Gly

C G

G C

A U

G C

U A

U A C C U G U A

La traduzione
il primo tRNA si allontana
Val Ala Gln
C C G A G G C U C U A U A C C U G U A A U G G A

Gly

La traduzione
il primo tRNA si allontana
Val Ala Gln
C G A C A U G G A

Gly

G G C U C

U A

U A C C U G U A

La traduzione
il primo tRNA si allontana
Val Ala Gln
C G A C A U G G A

Gly

G G C U C

U A

U A C C U G U A

La traduzione
e un nuovo tRNA si attacca allRNA messaggero
Val Ala Gln
C G A C A U G G A

Gly

G G C U C

U A

U A C C U G U A

La traduzione
e un nuovo tRNA si attacca allRNA messaggero
Val Ala Gln
C A U G G A

Gly

G G C U C

U A

U A C C U G U A

La traduzione
e un nuovo tRNA si attacca allRNA messaggero
Val Ala Gln
C G G G C U C U A U A C C U G U A

Gly

A G

U A

La traduzione
e cos via.
Val Ala Gln

Gly
C A U

G G C U C

U A

U A

G C

G C

A U G U A

La traduzione
e cos via.
Val Ala Gln Gly
C A U

G G C U C

U A

U A

G C

G C

A U G U A

La traduzione
e cos via.
Val Ala Gln Gly
C G U U G G C U C A A C G C A U G U A A U

La traduzione
e cos via.
Val Ala Gln Gly
G U U C A U

G G C U C A A C

G C

A U G U A

La traduzione
e cos via.
Val Ala Gln Gly
C A U

G G C U C A A C

G C

A U G U A

La traduzione
e cos via.
Val Ala Gln Gly
C A U

G G C U C A A C

G C

A U G U A

La traduzione
e cos via.

Ala Gln Gly

Val

C G G C U C A A C G C A U G U

La traduzione
e cos via.

Ala Gln Gly

Val

G G C U C A A C

G C

A U

C G

A U

U A

La traduzione
e cos via.

Ala Gln Gly

Val

G G C U C A A C

G C

A U

C G

A U

U A

La traduzione
e cos via.
Ala Gln Gly Val

G G C U C A A C

G C

A U

C G

A U

U A

La traduzione
In questo modo si viene a costruire un polipeptide sempre pi grande finch non si arriva ad un codone di stop e la sintesi si interrompe.

Immagini e dati utilizzati per la realizzazione di questa presentazione provengono da alcuni siti, fra i quali: http://www.psico.unitn.it/didattica/corsi/50042/ http://it.wikipedia.org/wiki/Sintesi_proteica http://ogm.greenpeace.it/new/dogmacentrale.php http://xoomer.virgilio.it/cyrano2510/flusso3.htm Un interessante filmato che riassume la sintesi proteica disponibile sul sito www.molecularlab.it nella sezione Multimedia.