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Espressione genica:

II. Il codice genetico e la traduzione


La scoperta della relazione gene-enzima
Nel 1908 il fisico e biochimico britannico A. Garrod aveva postulato che
certe malattie ereditarie fossero dovute alla incapacit di produrre un
determinato enzima. Egli chiam questo tipo di malattie errori congeniti del
metabolismo.
La scoperta della relazione gene-enzima
Beadle e Tatum (1941)
esperimento sulla muffa del pane (Neurospora
crassa) capace di crescere in terreni minimi
(zucchero, sali inorganici e vitamina biotina).
La scoperta della relazione gene-enzima

Venne formulata lipotesi


un gene-un enzima.
Premio Nobel per la Medicina nel 1958
La scoperta della relazione gene-proteina
Esperimenti di Pauling sullemoglobina (1949): dimostrarono che la
mutazione di un singolo gene determinava la formazione di una forma mutata
dellemoglobina associata all anemia falciforme (malattia genetica)

Anemia falciforme
Nell'anemia falciforme la mutazione interessa una singola base nucleotidica del
gene che codifica per la subunit Beta dellemoglobina.

Venne formulata lipotesi un gene-una proteina.


La scoperta della relazione gene-polipeptide
Ingram nel 1957 determin la sequenza dellemoglobina normale e di quella
presente in pazienti per il gene mutante che causa lanemia falciforme.
Mutazione sulla subunit beta: valina al posto di a. glutammico.

UN GENE - UN POLIPEPTIDE 6
Definizione di GENE
La comprensione di ci che un gene pu esprimere si amplia nel tempo:

Il gene una regione del genoma (costituita dunque di DNA) composta da


sequenze nucleotidiche trascritte e sequenze regolatorie, corrispondente
all'unit ereditaria fondamentale degli organismi viventi.
La sua trascrizione porta alla formazione di un prodotto funzionale (RNA o
proteine)
Dogma centrale della Biologia
Traduzione
Traduzione
Le molecole richieste per la traduzione

RNA messaggero (mRNA)


RNA di trasferimento (tRNA)
Aminoacidi
Enzima amioacil-tRNAsintetasi
Ribosomi
codice genetico
Fattori proteici

Le tappe della traduzione

Legame degli AA ai tRNA (sintesi degli aminoacil-tRNA)


Inizio
Allungamento
Terminazione
Il codice genetico

Come si legge l'informazione genetica?

Come fanno i ribosomi a capire quale sequenza di aminoacidi dovr


formare la proteina basandosi sulla sequenza di nucleotidi dellmRNA?

Il codice genetico venne decifrato da:


1. F. Crick e S. Brenner
2. M. Nirenberg e H. Matthaei
3. Har Gobind Khorana
un decennio dopo il lavoro di Watson e Crick.
Il Codice Genetico a TRIPLETTE
Proteine alfabeto di 20 lettere (aminoacidi)
RNA alfabeto di 4 lettere (A, C, G, T)

Parole di 1 lettera 4 combinazioni = 4 possibilit


Parole di 2 lettere 42 combinazioni = 16 possibilit
Parole di 3 lettere 43 combinazioni = 64 possibilit

Teoricamente si stabil che solo con 3 nucleotidi era possibile


codificare per un numero pi che sufficiente di amminoacidi.

3 nucleotidi= 1 AA

3 nucleotidi = 43 = 64 amminoacidi

Questa tripletta di nucleotidi viene chiamata codone.


Il Codice Genetico a TRIPLETTE
Esperimento di Crick e Brenner sul fago T4 (1961)

Mutazioni per scivolamento del codice di lettura


Il Codice Genetico a TRIPLETTE
Esperimento di Niremberg e Matthei (1961)
Il Codice Genetico a TRIPLETTE
Har Gobind Khorana scopr un metodo per sintetizzare polimeri di nucleotidi in
sequenza definita e questo permise quindi di decifrare tutto il codice.

RNA sintetico: polipeptide sintetico

UUUUUUUUU Phe-Phe-Phe-Phe

AAAAAAAAA Lys-Lys-Lys-Lys

UGUGUGUGU Cys-Val-Cys-Val
CODICE GENETICO
CODICE GENETICO
Il codice DEGENERATO
Due o pi codoni codificano per lo stesso aminoacido.
Solo 2 aminoacidi sono codificati da un unico codone (Met e Trp).

Esiste un ordine definito nel grado di degenerazione:


gran parte degli aminoacidi ha 2 o 4 codoni che differiscono
tra loro solo per la terza base del codone.

Il codice NON AMBIGUO


Ogni codone codifica per un solo aminoacido
CODICE GENETICO
Il codice genetico suddiviso
secondo il grado di 1 codone
degenerazione

2 codoni

3 codoni

4 codoni

6 codoni
CODICE GENETICO

Esistono CODONI DI INIZIO e CODONI DI STOP


I codoni non senso sono CODONI DI STOP: tre codoni (UAA,
UAG, UGA) non codificano per nessun aminoacido, ma
funzionano da segnali di stop nella sintesi proteica.
Il CODONE DI INIZIO (AUG) il codone per laminoacido Metionina

Il codice quasi UNIVERSALE


E identico per tutti gli organismi (rare eccezioni con piccoli
cambiamenti di alcuni codoni si osservano nei mitocondri).
CODICE GENETICO
Il codice genetico QUASI UNIVERSALE cio uguale
per tutti gli esseri viventi tranne alcune eccezioni.
CODICE GENETICO
Il codice genetico SENZA PUNTEGGIATURA cio viene letto
linearmente e non SOVRAPPONIBILE.
CODICE GENETICO

1-Il codice genetico a TRIPLETTE: cio la combinazione di tre


nucleotidi specifica per 1 aminoacido (CODONE)

2-Il codice genetico RIDONDANTE: ogni aminoacido pu essere


specificato da pi di un codone.

3-Il codice genetico NON E' AMBIGUO: un determinato codone


specifica per un solo aminoacido

4-Il codice genetico QUASI UNIVERSALE: uguale per tutti gli


esseri viventi tranne alcune eccezioni.

5-Il codice genetico SENZA PUNTEGGIATURA cio viene letto


linearmente e non SOVRAPPONIBILE.
RNA di trasferimento (tRNA)

Campbell Biologia e 23
genetica Pearson Italia
S.p.A.
RNA di trasferimento (tRNA)

CODONE 5-GCC-3 mRNA


ANTICODONE 3-CGG-5 tRNA
Sintesi dellaminoacil-tRNA
Legame di un aminoacido allo specifico tRNA
Lenzima Aminoacil-tRNA sintetasi lega un aminoacido al suo specifico tRNA.
Un enzima per ogni aminoacido

HO-

Reazioni:
1. aminoacido+ ATP aminoacil-AMP + PPi (attivazione AA)
2. aminoacil-AMP + tRNA aminoacil-tRNA + AMP (caricamento sullo specifico tRNA)
Sintesi dellaminoacil-tRNA

Aminoacil-tRNA sintetasi
Sintesi dellaminoacil-tRNA
Ipotesi del vacillamento
Vacillamento della terza base nella formazione dei legami idrogeno codone-anticodone
Ipotesi del vacillamento
Vacillamento della terza base
Lipotesi del vacillamento suggerisce che mentre i requisiti sterici tra lanticodone e il
codone sono molto forti nelle prime due posizioni, essi sono pi flessibili per la terza
posizione. Non importa che ci sia una perfetta complementariet.
Come risultato, due diversi codoni che che specificano per lo stesso aminoacido possono
essere riconosciuti dallo stesso tRNA.
Incorporazione della selonocisteina e della pirrolisina
nelle proteine
Selenocisteina e pirrolisina: i nuovi amminoacidi

La Selenocisteina nei mammiferi non ha lenzima aminoacil-tRNA sintetasi. Si ottiene


selenocisteina-tRNA modificando chimicamente la serina. E codificata da un codone di
stop.

La Pirrolisina un derivato della lisina. Possiede il suo specifico aminoacil-tRNA


sintetasi. Come la selenocisteina, codificato da un codone di stop.
Incorporazione della selonocisteina e della pirrolisina
nelle proteine
La selenocisteina e la pirrolisina sono due aminoacidi naturali codificati da
due codoni che normalmente sono codoni di stop (UGA e UAG
rispettivamente).
Perche la sintesi proteica non si interrompe a livello di questi 2 codoni ma
continua inserendo la selenocisteina e la pirrolisina?

Strutture a
forcina
nellmRNA
Sito di riconoscimento da parte della subunit
minore del ribosoma
La subunit minore del ribosoma si lega ad una sequenza di riconoscimento
al 5 del mRNA
Direzione di traduzione dellmRNA 5- 3

Procarioti: sequenza di Shine-Delgarno al 5


Eucarioti: cappuccio al 5
Si trova a max 25 nucleotidi a monte del codone di inizio AUG. una regione ricca di
purine da 4 a 9 residui. Viene riconosciuta da una sequenza complementare di
pirimidine sullrRNA 16S della subunit ribosomiale minore 30 S. Linterazione fra
estremit 3 dellrRNA 16S con la sequenza di Shine-Dalgarno

Negli eucarioti il corrispondente della sequenza di Shine-Dalgarno si chiama sequenza


Kozak.
Schema generale della Traduzione

Becker Il mondo della 35


cellula 8/ed Pearson Italia
S.p.A.
Struttura generale dei ribosomi degli eucarioti e dei
procarioti

70S 80S

50S 60S 40S


30S

S= unit svedberg (misura del coefficiente di sedimentazione. Ha le


dimensioni di una velocit per unit di campo gravitazionale). Il
coefficiente di sedimentazione di una particella in un dato solvente ad una
certa temperatura dipende dalle dimensioni, dalla forma e dal grado di
idratazione di questa
1. Inizio della traduzione
Nei procarioti
il 1 aminoacido inserito N-formilmetionina.
esistono 2 tRNA che riconoscono il codone AUG (che codifica per la
metionina):
-il primo specifico per il codone di inizio (tRNA-fMet, formilmetionina)
-il secondo riconosce tutti gli altri AUG presenti nellmRNA (tRNA-Met,
metionina interna alla proteina)
1. Inizio della traduzione
Complesso di inizio
nei procarioti
Ribosoma
2. Allungamento
Formazione del legame peptidico

Peptidil transferasi (rRNA 23S)


3. Terminazione
Fattori proteici e traduzione negli Eucarioti
Polisomi

Una molecola di mRNA viene tradotta simultaneamente da diversi


ribosomi che si associano a formare i poliribosomi o polisomi.
I poliribosomi si formano sia nei procarioti che negli eucarioti
Nei procarioti la traduzione co-trascrizionale
Negli eucarioti la traduzione
post-trascrizionale

La trascrizione dei geni


avviene nel nucleo, dove
viene sintetizzato lmRNA.

La traduzione dellmRNA
avviene, invece, nel
citoplasma.
Sintesi proteica nelle cellule eucariote

( es. Cellula vegetale )


Mutazioni

1. Mutazioni geniche (o puntiformi), modificano il significato


dellinformazione
2. Mutazioni cromosomiche, alterano la struttura dei
cromosomi
3. Mutazioni genomiche, modificano il numero dei
cromosomi

a. Mutazioni spontanee, si generano autonomamente


b. Mutazioni indotte, prodotte da agenti mutageni
Mutazioni geniche o puntiformi

1. Sostituzione, dovute alla sostituzione di una


singola base del DNA con unaltra base
2. Delezione, perdita di una base nel filamento di
DNA
3. Inserzione, aggiunta di una base nel filamento di
DNA
Mutazioni geniche o puntiformi

La sostituzione di una base pu avere conseguenze pi o meno gravi


sul prodotto finale (la proteina specificata da quel gene).
Distinguiamo:

1. mutazioni silenti, non modificano la sequenza aminoacidica


della proteina
2. mutazioni missenso, la sequenza aminoacidica della proteina
viene modificata
3. mutazioni non senso, la sostituzione porta alla formazione di
un codone di stop
Mutazioni silenti
La mutazione di una base nel codone provoca la formazione di un codone
diverso che codifica per per lo stesso aminoacido.

Poich non cambia l'aminoacido che viene inserito nella proteina, una
mutazione silente non ha effetto.
Mutazioni missenso
Cambia il codone: un aminoacido sbagliato al posto di quello giusto
Mutazioni missenso
ANEMIA FALCIFORME
Mutazioni non senso
La sostituzione di una base porta alla formazione di un codone di stop.
Proteina pi corta.
Mutazioni geniche o puntiformi
Delezione o inserzione di una base: mutazioni di frameshift

frameshift
(scivolamento di
lettura)

la proteina avr da
quel punto in poi una
struttura primaria
totalmente alterata
Mutazioni di frameshift

+
C

-
C
Le mutazioni possono avvenire nella linea somatica o
germinale