TRADUZIONE

È il processo attraverso il quale l’informazione genetica contenuta nella sequenza nucleotidica dell’RNA
messaggero venga letta per generare le sequenze amminoacidiche delle proteine.

Si tratta quindi della traduzione di un codice scritto in un alfabeto di quattro basi in un secondo codice
scritto nel linguaggio dei 20 amminoacidi.

Il macchinario responsabile della traduzione dall’mRNA alle proteine è costituito da 4 componenti:

+ mRNA
+ tRNA
+ amminoacil-tRNA sintetasi
+ ribosoma

La regione di ciascun mRNA che codifica la proteina è costituita da una serie di codoni contigui, che non si
sovrappongono ed è detta open reading frame (ORF).

Sono una serie ordinata di elementi, ciascuno composto da 3 nucleotidi

e che corrisponde ad uno specifico amminoacido.

La traduzione inizia all’estremità 5’ dell’ORF e procede, un codone alla volta, verso l’estremità 3’.
Il primo e l’ultimo codone sono detti rispettivamente codone di inizio e codone di stop o terminazione.

Nelle cellule batteriche il codone di inizio può essere o 5’-AUG-3’ o I codoni di stop possono essere: 5’-
5’-GUG-3’. UAG-3’, 5’-UGA-3’, 5’-UAA-3’.

Le cellule eucariotiche usano sempre il codone 5’-AUG-3’. Specificano la fine dell’ORF e segnalano
il termine della sintesi del polipeptide.
Ha 2 importanti funzioni:

 Codificare il 1° amminoacido incorporato nella catena

polipeptidica nascente.
 Definire la fase di lettura dei codoni successivi.

Gli mRNA eucariotici sono quasi

sempre monocistronici, ovvero contengono una sola ORF.

Gli mRNA procariotici sono policistronici, ovvero contengono molteplici ORF, ciò significa che possono
codificare più catene polipeptidiche.

Ci sono differenze sostanziali fra procarioti ed eucarioti in relazione alla fase di inizio del processo ma non
per il “cuore”, la fase di terminazione è simile, pur variando i fattori che vi partecipano negli uni e negli
altri).
Inizio

Perché abbia luogo la traduzione è necessario che il ribosoma venga reclutato sull’mRNA.

PROCARIOTI

Nei procarioti esiste una sequenza specifica che viene riconosciuta dal ribosoma, questa è chiamata sito di
legame per il ribosoma RBS o sequenza di Shine-Dalgarno.

Viene riconosciuta del rRNA 16S, che è presente nella subunità minore del ribosoma dei procarioti.

La traduzione può iniziare appena l’mRNA esce dalla polimerasi. La velocità di traduzione 20 aa/sec è
paragonabile alla velocità di sintesi dell’RNA 50-100 nucleotidi/sec.

EUCARIOTI

Negli eucarioti non esiste una sequenza specifica, ma gli mRNA reclutano i ribosomi mediante una
modificazione chimica specifica, il Cap al 5’ localizzata all’estremità 5’ del messaggero.

È costituito da una guanina metilata, unità all’estremità 5’ dell’mRNA tramite un insolito legame 5’-5’.

Importante è anche la sequenza di Kozak.

Interagisce con il tRNA iniziatore, non è una sequenza così precisa, basta che ci sia una purina 3 basi a
monte della AUG e una guanina subito a monte. Tale sequenza non è fondamentale ma con essa la
traduzione sarà più efficiente.

La velocità di traduzione è di appena 2-4 amminoacidi al secondo

RNA transfer

Le molecole di tRNA agiscono da adattori tra i codoni e gli amminoacidi, hanno tutti alcune caratteristiche
comuni:

 sono lunghi da 75 a 95 ribonucleotidi

 hanno un’estremità 3’ che termina con la sequenza 5’-CCA-3’ ed è il sito che lega l’amminoacido affine.
 Presenza di numerose basi insolite nella struttura primaria.

La pseudouridina deriva dall’uridina

attraverso un’isomerizzazione in cui
il sito di attacco della base uracile al
ribosio viene permutato dall’azoto
nella posizione 1 dell’anello
aromatico nel carbonio in posizione
5.

La diidrouridina deriva dall’uridina

per riduzione enzimatica del doppio
legame tra il carbonio in posizione 5 e quello in posizione 6.

Questa serie di nucleotidi modificati non è essenziale. Infatti, se presenti, essi possono migliorare la
funzionalità del tRNA; in assenza dei nucleotidi modificati, i tRNA funzionano ugualmente.

Il tRNA forma una struttura secondaria che somiglia ad un

trifoglio nello spazio.

Essa è dovuta al fatto che le molecole di RNA contengono

regioni caratteristiche di auto complementarità, che
permettono loro di formare brevi tratti di doppia elica uniti
dall’appaiamento delle basi.

Le caratteristiche principali di questa struttura sono:

Questa struttura nello spazio forma una struttura ad L.

È stabilizzata da 3 tipi di interazioni:

1. La formazione di due regioni appaiate tra di loro porta alla formazione di legami simili a quelli
che si ritrovano nel DNA.
2. Tra le basi poste in regioni diverse dell’elica si formano legami idrogeno che le avvicinano
nello spazio tridimensionale (interazioni non di Watson e Crick).
3. Interazioni tra le basi e lo scheletro zucchero-fosfato.

La traduzione avviene perché sui tRNA sono caricati gli amminoacidi, ad opera dell’amminoacil-tRNA
sintetasi.

Il caricamento richiede la formazione di un legame acilico tra il gruppo carbossile dell’amminoacido e il

gruppo ossidrile 2’ o 3’ dell’adenosina che protrude dallo stesso accettore all’estremità 3’ del tRNA.

È considerato ad alta energia perché la sua idrolisi causa una variazione

elevata di energia libera.

Importante per la sintesi proteica: l’energia rilasciata dalla rottura del legame viene
impiegata nella formazione del legame peptidico che lega tra loro gli amminoacidi.

Il caricamento avviene tramite 2 reazioni:

1.
Adenililazione
Si ha
trasferimento
di AMP.
Il carbossile
dell’aa attacca
il fosfato in α
della molecola
di ATP e
diventa
adenililato, con
il contemporaneo rilascio di pirofosfato.

Esso viene idrolizzato dalla pirofosfatasi.

E quindi si ha cessione di energia alla reazione.

Il risultato finale
è che
l’amminoacido è
legato all’acido
adenilico per
mezzo di un
 legame estere ad alta energia in cui il gruppo carbonilico dell’amminoacido
è unito al
gruppo fosforilico dell’AMP.

2. Caricamento del tRNA

L’amminoacido adenililato si attacca al tRNA.

Porta alla formazione di un legame acilico tra il carbossile dell’amminoacido e il 2’OH o il 3’OH
dell’adenosina dello stelo accettore.

Il gruppo -OH è quello di uno zucchero, . Si tratta dell’ossidrile al 3’ o al 2’ dello zucchero del tRNA, avente
l’ultimo nucleotide con il 3’ o 2’-OH libero (ovvero lo zucchero è libero dal legame fosfodiesterico). Esso
attacca il carbonio carbonilico e l’AMP si allontana.
Ciascuna amminoacil-tRNA sintetasi attacca UN SOLO
amminoacido ad uno o più tRNA isoaccettori.

È un t-RNA che è capace di riconoscere più di un codone per lo

stesso amminoacido.

Dato che la maggior parte degli amminoacidi è specificata da più di un codone,

non è infrequente che una sintetasi riconosca e carichi più di un tRNA.

Le amminoacil-tRNA sintetasi devono:

 Riconoscere l’insieme dei t-RNA per uno specifico amminoacido

 Caricare lo stesso amminoacido su tutti questi tRNA isoaccettori.

I determinanti della specificità di questa operazione sono situati in due punti

distinti tra loro: lo stelo accettore e l’ansa dell’anticodone.

La variazione di una singola base, detta base discriminatrice,

è sufficiente a cambiare la specificità del tRNA.

L’amminoacil-tRNA sintetasi legge tutte le informazioni possibili dal tRNA per caricare l’amminoacido
giusto.

Gli amminoacidi sono ben diversi fra loro, dunque sono necessarie 20 amminoacil-tRNA sintetasi

Nel sito attivo di ciascun enzima si hanno precise interazioni con la catena laterale dell’aa.

Si può discriminare con facilità una molecola idrofila da una idrofoba. Distinguere molecole appartenenti a
classi diverse è semplice. Le complicazioni subentrano quando si ha a che fare con molecole di una stessa
classe. Ad esempio, è stato osservato che le amminoacil-tRNA sintetasi discriminano con difficoltà
l’isoleucina dalla valina.
Le amminoacil-tRNA sintetasi sono molto accurate nel caricamento degli amminoacidi (1 errore su 1000).

Questa accuratezza deriva non solo dalle interazioni che l’enzima instaura con
le catene laterali, ma anche dall’eventuale attività di “correttore di bozze”.

In prossimità del sito catalitico per l’adenililazione un sito pocket di correzione.

Costituito da un solco nell’enzima, con attività idrolitica, che permette di controllare il prodotto della
reazione dell’adenililazione. Si tratta di un controllo negativo: sito consiste in una tasca piuttosto piccola,
l’aa che non entra nella tasca resta sul t-RNA.

Il ribosoma accetta a “scatola chiusa” qualsiasi tRNA carico in grado di formare un’appropriata interazione
codone-anticodone, indipendentemente dal fatto che porti o meno l’amminoacido corretto.

Ed è per questo che l’amminoacil-Trna sintetasi deve avere tutte le responsabilità dell’accuratezza.

Questo è dimostrato da un esperimento biochimico.

Consideriamo un t-RNA carico con la cisteina, quindi un

cisteinil−tRNA .
Cys

La cisteina legata può essere convertita in alanina per riduzione chimica,

per produrre alanil−tRNA Cys.

Nonostante ciò, l’anticodone resta quello della cisteina,

e quindi il ribosoma non si accorgerà dell’aa errato.

Se l’amminoacil-tRNA sintetasi introduce l’amminoacido sbagliato,

quest’ultimo è poi inserito nelle proteine, non avendo il ribosoma una
funzione di controllo.

RIBOSOMA
Il ribosoma è un complesso ribonucleoproteico che dirige la sintesi proteica. È composto da:
+ 3 o 4 RNA
+ Più di 50 proteine
Che insieme vanno a formare 2 subunità:
 Subunità maggiore 50S: contiene il centro peptidiltransferasico, responsabile della formazione dei
legami peptidici.
 Subunità minore 30S: contiene il centro di decifrazione, in cui i tRNA carichi leggono o “decifrano” i
codoni dell’mRNA.
Le due subunità si separano per ultra centrifugazione.

Dal primo esperimento di separazione sono derivati i nomi con cui le due subunità sono attualmente note
(la lettera “S” che segue i numeri sta per “Svedberg”, ovvero l’unità di misura del coefficiente di
sedimentazione). La subunità maggiore è la 50S, quella minore 30S. La somma delle due subunità è pari a
70S, non essendo una somma matematica (il tutto è dato dal coefficiente di sedimentazione dell’intero
ribosoma).

Tra procarioti ed eucarioti c’è una differenza in dimensioni.

Negli eucarioti le due subunità hanno dimensioni maggiori per via del maggior numero di proteine e dei più
grandi RNA ribosomiali in esse presenti.

Nel dettaglio, nei procarioti vi sono tre rRNA:

 5S e 23S nella subunità maggiore;
 16S nella subunità minore.
Negli eucarioti vi sono quattro rRNA:
o 28S, 5S e 5.8S nella subunità maggiore;
o 18S nella subunità minore.

Per cominciare la traduzione, la subunità maggiore e quella minore del ribosoma devono essere separate,
quindi il complesso non deve essere già assemblato, l’assemblaggio avviene in un secondo momento.

La traduzione inizia quando

l’mRNA e il tRNA iniziatore si
legano a una subunità minore
ribosomiale libera.

Il complesso subunità minore-

mRNA-tRNA recluta la subunità
maggiore per formare un
ribosoma intatto con l’mRNA
inserito tra le due subunità.

La sintesi proteica inizia al

passaggio successivo, partendo dal codone d’inizio all’estremità 5’ del messaggio e procedendo verso
l’estremità 3’ dell’mRNA.
A mano a mano che il ribosoma si sposta di codone in codone, i tRNA carichi si inseriscono uno dopo l’altro
nei siti di decifrazione e peptidiltransferasico del ribosoma.

Questo susseguirsi di associazioni e distacchi viene denominato ciclo ribosomiale.

Il ribosoma è in grado di sintetizzare un singolo polipeptide alla volta, ma ciascun mRNA può essere
tradotto simultaneamente da più ribosomi.

Un singolo ribosoma stabilisce contatti con 30 nucleotidi dell’mRNA, ma le sue grandi dimensioni
consentono il posizionamento di un ribosoma soltanto ogni 80 nucleotidi di mRNA.

Un mRNA associato a più ribosomi è detto polisoma o poliribosoma.

Il ribosoma catalizza la reazione per la formazione del legame peptidico, è detto ribozima.

Avviene tra il residuo amminoacidico all’estremità carbossi-terminale del polipeptide nascente e

l’amminoacido che deve essere aggiunto.

 La catena nascente si trova sul peptidil-tRNA, I 2 tRNA si trovano vicini

 l’amminoacido entrante sull’amminoacil-tRNA all’interno del ribosoma.

La reazione di sintesi del legame peptidico si dice peptidil-trasferasica per

il trasferimento del peptide da un tRNA all’altro.

Il gruppo amminico dell’amminoacido che si trova sull’amminoacil-tRNA

attacca il gruppo carbossilico del peptidil-tRNA.

Rompendo il legame tra il carbonile e lo zucchero.

Trasferisce su di se la catena polipeptidica e si forma un nuovo legame

peptidico e il tRNA viene liberato.

tRNA scarico.

Durante questo processo all’interno del ribosoma si formano 3 siti:

I tre siti si estendono fra la subunità minore e quella maggiore.
  Sito A: è il sito di legame per l’amminoacil-tRNA
 Sito P: è il sito dove passa il peptidil-tRNA
 Sito E: è il sito di legame per il tRNA uscente.

Il ribosoma con il suo centro peptidil-transferasico catalizza la reazione peptidil-transferasica.

Il responsabile della catalisi di questa reazione è l’RNA ribosomiale (23S per gli procarioti e 28S per gli
eucarioti) e ciò è stato verificato attraverso precise strutture cristallografiche, le quali lo hanno identificato
come tale.
La risoluzione della struttura del ribosoma ha dimostrato che: il sito peptidil-trasferasico
è composto interamente da RNA, che le anse degli anticodoni dei tRNA e di codoni
dell’mRNA contattano l’rRNA, che le proteine si trovano ai margini e quelle che si
trovano all’interno servono per mascherare le cariche.

Nel ribosoma inoltre sono presenti dei:

 canali di entrata: si trova nella subunità minore, questo è sufficientemente stretto da far in modo che il
messaggero entri in forma distesa.

Per poter leggere il messaggio è necessario che le strutture secondarie

possibili per via delle regioni autoappaianti dell’mRNA vengano eliminate.

 canali uscita: si trova nella subunità maggiore, e anch’esso è sufficientemente stretto per poter far
uscire il peptide in maniera lineare, in modo da evitarne ripiegamenti scorretti.

Perché la traduzione abbia inizio devono verificarsi 3 eventi:

1. il ribosoma deve essere portato sull’mRNA.

2. Un tRNA carico deve essere posizionato nel sito P del ribosoma
3. Il ribosoma deve essere posizionato esattamente sul codone di inizio, anche il solo spostamento di una
base darebbe luogo alla sintesi di una proteina completamente diversa.

La traduzione consiste in un processo caratterizzato da una schematicità piuttosto fissa; se non avviene un
preciso evento, quello successivo viene a mancare.

L’inizio della traduzione è diverso per procarioti ed eucarioti.

Inizio traduzione procarioti

L’assemblaggio di un ribosoma su un mRNA avviene una subunità alla volta.

Il tRNA che dà inizio alla traduzione si dice tRNA iniziatore.

Esso accoppia le proprie basi con quelle del codone di inizio, di solito AUG o
GUG.
Dopo che viene caricato con la metionina, un altro enzima, la Met-tRNA
transformilasi, aggiunge rapidamente un gruppo formile all’ammino
gruppo della metionina.
Il t-RNA iniziatore risulta carico con una N-formil metionina.

Si potrebbe pensare che tutte le proteine procariotiche abbiano un

gruppo formilico nella loro porzione ammino-terminale. Ma non è così,
un enzima detto deformilasi rimuove il gruppo formilico
dall’ammino terminale durante o dopo la sintesi della catena polipeptidica.

La subunità minore si associa all’mRNA per prima.

Accoppiamento dell’rRNA con il ribosoma.

E si localizza in modo tale che il codone di inizio si trovi nel sito P al
momento dell’associazione della subunità maggiore.

Si unisce al processo poco prima che si formi il primo legame peptidico.

Tre fattori di inizio dirigono l’assemblaggio del complesso iniziatore, in modo

che resti libero solo il sito P:

 IF1: evita che i tRNA si leghino al sito A

  IF2: è una GTPasi che facilita l’associazione del tRNA iniziatore, è una proteina che lega e
idrolizza il GTP, ed evita che altri tRNA carichi si associno con la subunità minore.

 IF3: legandosi al sito E previene l’associazione con la subunità maggiore e il legame con tRNA
carichi.
Quando tutti e 3 i fattori di inizio sono legati, la subunità minore è pronta per legare sia l’mRNA che il tRNA
iniziatore, in maniera indipendente tra loro.
C’è il riconoscimento codone-anticodone.

La subunità minore subisce un cambio conformazionale e rilascia IF3.

La subunità maggiore può giungere ora e assemblare l’intero complesso ribonucleoproteico.

IF2 funge da sito di attacco iniziale per la subunità maggiore e questa interazione stimola l’attività GTPasica
di IFRGTP, provocando l’idrolisi di GTP.

IF2 si trova così legato a GDP, IF2-GDP non è affine al ribosoma, quindi sono rilasciati sia IF2-GDP che IF1.

Si ha così la formazione del complesso d’inizio 70S.

Il tRNA si trova sul sito P mentre quello A è del tutto libero e ben disposto ad alloggiare il primo amminoacil-
tRNA e dare inizio alla sintesi del polipeptide.
Inizio traduzione eucarioti

Traduzione negli eucarioti è molto simile a quello nei procarioti. Entrambi usano il codone di inizio e un
tRNA specifico, i fattori di inizio formano un complesso con la subunità ribosomiale minore, che si assembla
sull’mRNA prima che si leghi l'hai subunità maggiore.

Malgrado ciò, gli eucarioti adottano un metodo di riconoscimento dell'mRNA e del codone d'inizio
sostanzialmente diverso.

Al momento del reclutamento all’estremità 5’ dell’mRNA dotata di Cap, la subunità minore è già associata
al tRNA iniziatore.

Questo non sarà caricato con formil-metionina,

ma con metionina.

A differenza dei procarioti il numero di fattori di inizio è maggiore:

 La funzione di IF3 è svolta da eIF1, eIF1A, eIF3 ed eIF5 , i quali, infatti, disponendosi nel sito E, bloccano
l’assemblaggio del ribosoma.
Va ad occupare il sito A.

eIF2-GTP facilita l’assemblaggio del tRNA iniziatore.

La sua presenza è fondamentale affinché vi sia il riconoscimento sul messaggero.

È garantito dal Cap, che viene riconosciuto dal fattore eIF4E.

Richiama i fattori eIF4G e eIF4A.

Possiedono attività elicasica, grazie alla quale eliminano le strutture secondarie,

per far si che il messaggero entri in forma lineare nel ribosoma.

Legato a questi fattori recluta il complesso di pre-inizio 43S, riconosce eIF4 legato al Cap e si associa al 5’
del messaggero, costituendo il complesso di pre-inizio 48S.
Un messaggero maturo possiede il cap, la coda di poliA e regioni untranslated, tali regioni possono essere
lunghe anche migliaia di basi; qualora la subunità minore del ribosoma si assembli al cap, l’AUG può trovarsi
anche a grande distanza dal cappuccio e, in tal caso, dovrà essere cercato.

La ricerca dell’AUG avviene per scorrimento sul filamento, e senza il legame

preliminare del tRNA iniziatore questo non sarebbe possibile.

La subunità minore si sposta in direzione 5’-3’ , in maniera ATP dipendente in cerca del codone di inizio.

L’appaiamento tra il codone e l’anticodone provoca un cambio conformazionale che stimola l’idrolisi del
GTP legato ad eIF2.

A questo punto viene rilasciato eIF2 insieme ad eIF1, ed eIF5.

Consente il legame di eIF5B legata a GTP che lega il tRNA iniziatore e stimola l’associazione delle due subunità.

stimola l’idrolisi del GTP legato ad eIF5B ed il rilascio dei fattori rimanenti.

La presenza della coda di poli-A rende più efficiente la traduzione, il fattore eIF4G interagisce con la
proteina di legame al poliA.
Tale interazione provoca il mantenimento dell’mRNA in una configurazione
circolare, in cui le estremità 5’ e 3’ della molecola sono mantenute vicine.

La localizzazione dei ribosomi che hanno finito di tradurre un mRNA vicino all’AUG aumenta la possibilità di
ricominciare rapidamente la traduzione dello stesso mRNA.

È UNA CONDIZIONE FAVOREVOLE MA NON ESSENZIALE.