Appunti di

BIOLOGIA
Prof. D’agostino massimo
1° lezione 04/11/2021
Molecole = zuccheri acidi grassi amminoacidi nucleotidi
Macromolecole= polisaccaridi grassi proteine acidi nucleici
Lipidi
Membrane
Due monomeri uguali se uniti formano un omodimero
Due monomeri diversi se uniti formano un eterodimero
Più monomeri uniti danno dei polimeri. Essi hanno due estremità. Se c’è una
direzione nella molecola si parla di polarità:esempio: Dna ha due eliche antiparallele
con polarità diversa.
Le macromolecole sono costituite da Legami chimici che permettono di assemblarsi
a formare complessi più grandi.
I legami possono essere forti: legami covalenti (es. legami tra nucleotidi)
Deboli: non covalenti (es. ribosoma)
Gli atomi hanno l’ultimo orbitale non completo e si legano tra loro per completare
l’ottetto
Legame a idrogeno: coinvolge un atomo di H.

Gruppi Funzionali
Ossidrilico -C – OH
Carbonilico -C=O
Carbossilico -COOH
Fosfato H2PO4; Amminico C-NH2; Sulfidrilico C-SH (ponte disoluforo=legame
cov.)
Idrofobici CH3 metile; CH2CH3 etile; CH2CH2CH3 propile
Energia
Legami forti = + energia se vengono rotti
Processo di anabolismo = sintesi Processo di catabolismo = distruzione
Insieme formano il Metabolismo.
Entropia = grado di disordine. Esempio:Scatola con monete.
ENZIMI
Grazie ad essi si catalizzano le reazioni chimiche. Queste ultime partono da uno
strato energetico alto per arrivare ad uno + basso. L’enzima in particolare fornisce
l’energia di attivazione necessaria per iniziare la reazione, rendendola più veloce.
Relazione tra enzima e substrato
• È sempre ultraspecifica (ogni enzima ha un determinato substrato a cui legarsi)
• L’enzima non instaura interazioni forti
• Alla fine il substrato si trasforma nel prodotto e l’enzima viene riciclato per le
prossime reazioni.
Fattori che influenzano l’efficienza di una reazione enzimatica:
1. Concentrazione di substrato: la velocità della reazione dipende dalla velocità
massima dell’enzima. Maggiore è il substrato maggiore sarà la velocità
dell’enzima che però ha una sua velocità massima oltre la quale non può
andare.
2. Temperatura: il calore in una reazione dà più energia e quindi piu velocita ma a
temperature troppo elevate l’enzima non riesce + a lavorare quindi ha una
soglia che non può oltrepassare.
Energia libera di Gibbs (G) (possibilità di fare lavoro)
DeltaG = Gf – Gi
E’ un valore negativo se è una reazione favorevole
E’ un valore positivo se è una reazione sfavorevole

Una cellula può sintetizzare un enzima che ha bisogno di un’attivazione.

Gli enzimi possono essere inibitori (competitivi o non competitivi)
O possono essere attivatori: taglio proteolitico, cofattori, oligomerizzazione (lavorano
insieme), localizzazione ( lavorano solo nel sito prestabilito).
Modulazione allosterica: positiva = fanno aprire il sito attivo
Negativa = fanno chiudere il sito attivo

Processi a feedback
Il prodotto di una reazione può influenzare l’enzima in modo positivo o negativo.
Positivo = stimola l’enzima e la sua attivazione;
Negativo = inibisce l’enzima che di conseguenza si spegne.

2° lezione di biologia 11/11/2021

Dna
1950 Chargaff scoprì le basi azotate e che sono sempre presenti in eguali
quantità (es. 1000 adenine e 1000 timine)
1953 = Watson e Crick socprono la doppia elica di Dna

Dna = polimero di nucleotidi→zucchero( desossiribosio)-base azotata-gruppo

fosfato
Esso è costituito da una doppia elica antiparallela (direzione 5’-3’) quindi è una
molecola polare
Le basi azotate si dividono in → Purine ( +grandi) Pirimidine (+ piccole)

Adenina, Guanina Citosina, Timina

Si uniscono tra loro A-T (2 legami a H)
G-C (3 legami a H)

Replicazione semiconservativa del Dna

Procarioti = un solo punto di origine della replicazione Eucarioti= diversi punti di origine della
replicazione

La Dna elicasi provvede a separare le due eliche e a creare una bolla detta “bolla di
replicazione” in corrispondenza di punti detti “origine della replicazione”. Quando i
due filamenti si separano interviene la proteina SSBP (single strand binding protein)
che impedisce alle basi azotate di riappaiarsi. Nel momento in cui i filamenti di DNA
si separano per la replicazione, in un'altra regione della molecola di DNA, si genera
un super avvolgimento. Degli enzimi speciali chiamati topoisomerasi operano dei
tagli nel DNA e poi saldano i filamenti in modo che siano liberi da super
avvolgimenti e da nodi che impedirebbero la replicazione. Esistono due modalità:
alcune topoisomerasi producono una rottura temporanea di un singolo filamento di
DNA, fanno passare quel filamento attraverso la regione eccessivamente avvolta e
quindi risaldano la rottura. Altre topoisomerasi tagliano entrambi i filamenti del
DNA fanno passare una parte dell’elica tra le estremità recise e quindi risaldano la
rottura.
gli enzimi DNA polimerasi catalizzano il legame fra i vari nucleotidi. Essi
aggiungono nucleotidi solamente all'estremità 3’; in particolare ci sono due molecole
identiche di DNA polimerasi: una di queste aggiunge nucleotidi alle estremità 3’ del
nuovo filamento che cresce verso la forca replicativa e vieni chiamato filamento
leading, l'altra molecola di DNA polimerasi aggiunge nucleotidi all'estremità 3’
dell'altro filamento di nuova sintesi chiamato filamento lagging, il quale si allunga
nella direzione opposta alla avanzamento della bolla di replicazione punto i
frammenti di nucleotidi vengono chiamati frammenti di Okazaki. Poichè la nuova
catena si allunga attraverso il legame tra gruppo fosfato in posizione 5’ dello
zucchero del nucleotide aggiunto e il gruppo ossidrilico in posizione 3’ dello
zucchero già presente, il nuovo filamento di DNA cresce sempre in direzione 5’ - >
3’.
La sintesi del DNA avviene tramite un primer di RNA sintetizzato dalla DNA primasi
capace di iniziare un nuovo filamento di RNA su un piccolo pezzo di filamento di
DNA. Infine una DNA ligasi unisce i vari frammenti ricostruendo il legame
fosfodiesterasi co tra l'estremità 3’ di uno e l'estremità 5’ dell'altro.
Inoltre la DNA polimerasi cambia forma in base al nucleotide che tocca. Essa misura
la distanza tra due basi azotate e se è giusta le Lega altrimenti torna indietro tramite
un processo chiamato proof-reading. Nella riparazione degli errori di appaiamento
“mismatch repair”, speciali enzimi riconoscono i nucleotidi appaiati in modo errato
e li rimuovono; le DNA polimerasi inseriscono poi i nucleotidi mancanti. Ad esempio
la riparazione per escissione nucleotidica avviene per riparare le lesioni nel DNA
causate dalle radiazioni solari ultraviolette: viene staccato il DNA danneggiato, la
polimerasi aggiunge i nucleotidi corretti e la ligasi salda le rotture nello scheletro
zucchero-fosfato.
Le informazioni genetiche importanti vengono mantenute perché i cromosomi hanno
cappucci terminali o telomeri che non contengono geni che codificano per proteine
punto i telomeri consistono di brevi e semplici sequenze di DNA non codificante. il
DNA telomerico può essere allungato dalla telomerasi che aggiunge queste sequenze
nucleotidiche ripetute all'estremità dei cromosomi eucariotici.

3° lezione: RNA
differenza tra DNA ed Rna, Differenza fra RNA e DNA polimerasi Trascrizione e
maturazione degli mRNA.
Gli RNA sono catene polinucleotidiche formate da un'unica elica e, a differenza del
DNA, hanno l’uracile al posto della timina. Lo zucchero è il ribosio. La traduzione
del avviene nei ribosomi, la trascrizione avviene nel nucleo del DNA. RNA transfer
non codificano, hanno un ruolo strutturale. Gli Rna messaggeri portano
un’informazione scritta che dovrà essere tradotta in una sequenza amminoacidica.
Differenza tra Rna e Dna polimerasi:
Dna polimerasi: lega un tratto di DNA a doppia elica Rna polimerasi lega 1 tratto di Dna a singola
elica
Dna polimerasi: estende filamenti di DNA dall’estremità 3’ Rna polimerasi è capace di sintetizzare ab-
initio
Dna polimerasi: possiede l’attività di correzione delle basi Rna polimerasi non ha attività di proofreading.

Prima del gene c’è una sequenza detta promotrice che indica all’ rna polimerasi dove
deve iniziare e in che verso deve proseguire.Per un solo gene si producono molte rna
polimerasi che scorrono sul dna e trascrivono producendo rna messaggero. Abbiamo
3 tipi di rna polimerasi:
rna polimerasi 1 → produce rna ribosomiali
rna polimerasi 2 →produce rna messaggeri
rna polimerasi 3 → produce rna transfer
Nella regione detta 5’-UTR (=regione non tradotta) troviamo prevalentemente legami
dell’adenina che si appaia alla timina con 2 legami H, quindi è più facile aprire l’elica
in questo punto.
L’assemblaggio dell’rna polimerasi sul dna avviene grazia a dei fattori di trascrizione
detti TF. Questi servono a formare una piattaforma sul DNA che indica alla
polimerasi dove inserirsi. TF2H fosforila il CTD dell’RNA polimerasi e ne determina
il distacco dal complesso di pre-inizio permettendole di scorrere sul DNA. TF2F
rimane associata all’RNA polimerasi e fosforila molteplici volte il suo CTD. Ctd =
dominio C-terminale.
Maturazione MRna:
Si aggiunge un cappuccio all’estremità 5’ (cappuccio= una molecola m7G). Per
capire se è avvenuto lo splicing vediamo se i messaggeri che sono stati maturati
hanno legati la proteina SR e i complessi EJC (exon junction complex) cioè se tra due
esoni al centro c’è l’introne significa che c’è questo complesso che li congiunge.
Il messaggero maturo avrà
1. il cappuccio a 5’
 2. il sito di polarizzazione con le proteine a 3’
3. I complessi proteici EJC.
Tutti gli altri senza queste caratteristiche saranno eliminati dalla cellula. In
particolare, interviene l’esosoma nucleare.
L’ultimo passaggio è l’aggiunta di 150-200 adenine che vengono ricoperte da
proteine. La maturazione avviene solo per i messaggeri perché sono gli unici che
codificano.
Il messaggero per uscire dal nucleo ha bisogno del cappuccio a 5’ per l’esporto.
Punti di controllo:
controllo trascrizionale: viene controllata l’attività dei fattori di trascrizione cioè
quanti messaggeri posso fare. (controllo el nucleo)
controllo delle modificazioni dell’rna: controllo dello splicing (il processo grazie al
quale vengono eliminati gli introni congiunti agli esoni). (controllo nel nucleo)
Controllo del trasporto (nel citoplasma)
Controllo della degradazione dei messaggeri: nel citoplasma vengono eliminati.
Controllo della traduzione, e infine controllo dell’attività della proteina: una proteina
può essere fatta in uno stato inattivo e grazie a delle modifiche viene attivata.

Attivazione dei fattori di trascrizione

-Vengono attivati dal ligando
-Fattori trascrizionali non attivi ma attivati da una fosforilazione
-Attivati grazie al legame con una proteina col fattore sigma.

4° lezione: Proteine
Amminoacidi, legami polipeptidici, rna ribosoiale e trnsfer, sintesi proteica,
ripigamento catena polipotdica,

Gli amminoacidi sono i costituenti delle proteine, sono 20. Si dividono in 4 categorie
1-non polari idrofobici
2-polari, idrofilici (a loro volta suddivisi in
3- polari senza carica
4-polari con carica positiva o negativa)
Gli amminoacidi hanno tutti lo stesso scheletro ciò che cambia è il gruppo (o catena)
laterale. Vi è un carbonio centrale detto carbonio alpha e può fare 4 legami singoli
covalenti: uno con l’idrogeno, uno con il gruppo radicale e altri due con il gruppo
amminico (NH2) e il gruppo carbossilico (COOH). Il gruppo NH di un amminoacido
va ad interagire con il gruppo carbossilico di un altro amminoacido. Estremità
ammino- terminale ed estremità carbossilo-terminale.
Il gruppo radicale è quello che permette di distinguere un amminoacido dall’altro. Le
interazioni tra amminoacidi possono avvenire sia intra che inter-catena. I primi
significa che avvengono interazioni tra amminoacidi della stessa catena. Inter catena
si intende tra catene diverse quindi si forma un complesso di proteine.
Ripiegamenti della proteina: la struttura non può essere rigida, infatti, il punto di
torsione è proprio in corrispondenza del carbonio alpha degli amminoacidi. Tale
proprietà permette alle catene peptidiche di ripiegarsi su sé stesse e di far assumere
alla proteina neosintetizzata una particolare forma e quindi funzione.
CODICE GENETICO
=L’insieme di regole che permettono di convertire una sequenza nucleotidica, portata
dal mRNA, in una sequenza amminoacidica di una proteina.
L’informazione nucleotidica si legge a triplette perché ci sono i codoni. Ogni
amminoacido può essere codificato da più codoni. Esistono i codoni di stop che non
codificano nulla ma fanno terminare
Ci sono tre tipi di Rna
Rna polimerasi I = sintetizza rna ribosomiale serve a strutturare i ribbosomi
Rna polimerasi II: sintetizza rna messaggero
Rna polimerasi II: fa rna transfer

L’rna transfer ha la forma di un trifoglio in cui si lega l ‘amminoacido allo “stelo”.

L’amminoacido si trova sempre all’estremità 3’ dove c’è l’amminoacil-tRNA .
All’estremità opposto c’è un anticodone che deve essere complementare al codone
che sta sul messaggero. L’amminoacil trna viene sintetizzato dall’amminoacil trna
sintetasi. Ne esistono 20, quindi uno per ogni amminoacido. L’amminoacil tnra
sintetasi ha una tasca che è specifica solo per un determinato amminoacido, sia in
termini di forma e dimensioni sia a livello chimico. Poi riesce a riconoscere anche il
corretto trna tramite l’anticodone. Solo quando entrambi sono corretti allora si
produce il legame.

Accrescimento di testa: min 30

Ribosomi:
una subunità maggiore, una minore. Anche i procarioti li hanno ma cambia il peso.
Le subunità sono fatte da proteine e da rna ribosomiale. RNA ribosomiale e proteine
ribosomiali si associano nei nucleoli per dare origine alle subunità ribosomiali.
Il ribosoma ha tre cavità:
Sito A: colui che accetta l’amminoacil tnra
Sito P: dove avviene il legame peptidico tra amminoacidi
Sito E: sito di uscita dove esce l’amminoacil trna

Selezione amminoacil trna

I° Kinetic footprinting (correzione cinetica delle bozze). Dipende sostanzialmente dal
tempo che impiega l’amminoacil trna a entrare nel sito A. Se l’appaiamento avviene
in breve tempo, l’enzima idrolizza GTP e lascia l’amminaocil trna.
II° Induced fitting (controllo conformazionale): Il corretto appaiamento tra codone ed
anticodone fa assumere alla subunità maggiore del ribosoma la conformazione adatta
a far posizionare e funzionare la peptidil-trasferasi cioè l’enzima che produce il
legame peptidico.
Le proteine per essere definite tali devono avere degli specifici ripiegamenti di
amminoacidi. La catena laterale polare si troverà all’esterno e farà legami idrogeno
con l’acqua. Il nucleo idrofobico si troverà all’interno e sarà costituito da catene
laterali non polari. Essa è costituita da legami deboli (van der walls o legami a
idrogeno ( tranne un solo amminoacido la cisteina che crea un legame forte (ponte
disolfuro)).
La struttura primaria: catene lineari
La struttura primaria comincia a ripiegarsi assumendo delle conformazioni definite
secondarie che può essere ad alfa elica ( somiglia a quella del dna) o foglietti beta
(perché le catene sono messe un accanto all’altra)
Struttura tridimensionale= struttura terziaria = solo foglietti B o solo alfa eliche o
miste
Complesso proteico = struttura quaternaria cioè il complesso di + proteine

Manca processo di sintesi e degradazione proteine difettose

Sintesi proteica:
il ribosoma comincia a sintetizzare la catena polipeptdica

5° lezione biologia: Le membrane biologiche

Secondo il modello a mosaico fluido le membrane sono costituite da un doppio strato
fosfolipidico all’interno del quale sono immerse le proteine incastonate come i pezzi
di un mosaico. Esse possono diffondere lungo la membrana poiché non sono
bloccate. Le membrane sono formate quindi da lipidi.
I fosfolipidi (o fosfogliceridi perché abbiamo la molecola di glicerolo e un gruppo
fosfato) sono anfipatici perché hanno una regione sia idrofobica sia idrofilica. Le
code idrofobiche si trovano all’interno dello strato fosfolipidico mentre le teste polari
stanno all’estremità della membrana. Le catene idrocarburiche possono essere sature
(quando costituiti solo da legami singoli e formano una catena lineare) o insaturi (con
uno o più doppi legami e di conseguenza più ramificato). Possiamo suddividerli
anche in 3 tipi in base alla molecola presente nel gruppo di testa mentre sono presenti
in tutti i fosfolipidi: il glicerolo e il fosfato.
Oltre i fosfolipidi, tra i lipidi abbiamo i glicolipidi e il colesterolo.
Glicolipidi sono lipidi glicosilati quindi hanno uno zucchero in più.
Il colesterolo ha una coda idrocarburica e poi ha una regione piatta e rigida e come
gruppo di testa ha il gruppo OH. Ha sempre una regione idrofobica (che va in
contatto con le code dei fosfolipidi) e una idrofilica (quindi il gruppo ossidrile OH va
in contatto con le teste polari). Il colesterolo quindi si trova immerso in una
membrana ma solo in uno dei due foglietti (o layer= un solo strato).
I fosfolipidi inoltre vanno a formare una regione chiusa per evitare l’ingresso di
acqua ai lati.
Caratteristiche della membrana:
Fluidità: capacità di potersi muovere nella membrana
Flip flop: capacità del fosfolipide di ruotare da un foglietto all’altro ma è molto rara.
La fluidità è influenzata da
Temperatura → alta = + fluidità bassa = - fluidità
Chimica → saturi = + fluidità (code idrofobiche lineari = alta probabilità di
compattarsi) insaturi = - fluidità ( code idrofobiche ramificate= meno probabilità di
compattarsi)
Le regioni più dense nella membrana sono chiamate domini a zattera cioè regioni in
cui si localizzano proteine che devono svolgere una stessa funzione.
Anche il colesterolo influenza la fluidità perché la riduce in quanto interagisce con
due molecole adiacenti e quindi si compatta. La membrana diventa anche più rigida
perché la regione piatta del colesterolo interagisce con le catene flessibili dei
fosfolipidi e le rendono rigide.
Asimmetria delle membrane
I due strati lipidici non sono uguali. Lo strato esterno è composto da glicolipidi
esposti nel lato extracellulare (nel lato citosolico non troveremo zuccheri)
Proteine di membrana
Le due principali classi di proteine di membrana sono le:
integrali o intrinseche (si espongono da un lato all’altro del doppio strato
fosfolipidico).
Estrinseche o associate (si trovano solo in uno dei due strati perché hanno delle
regioni antipatiche, inoltre non si inseriscono ma si associano). Oppure si associano
alla membrana tramite una proteina integrale.
Proprietà delle Proteine integrali:
Sono principalmente della alfa eliche di circa 20 amminoacidi di cui:
-quelli idrofobici occupano la porzione interna ed entrano in contatto con le code
idrofobiche dei fosfolipidi.
-Quelli idrofilici occupano le estremità ed entrano in contatto con le teste polari dei
fosfolipidi.
Le proteine associate inoltre influenzano la curvatura della membrana; esistono tre
meccanismi:
1. Proteine che hanno una regione anfipatica (che si può inserire solo su uno dei
due strati) e per creare spazio e allargare un lato della membrana vanno a
curvare quest’ultima.
2. Proteine che formano impalcature già rigide. Di conseguenza la membrana si
curva assecondando la forma della proteina associata.
3. Proteine che raggruppano una classe di lipidi che favoriscono determinate
curvature.
Permeabilità di membrana: Tutte le membrane sono delle barriere e devono
separare due ambienti diversi. Ci sono molecole che possono oltrepassarla, altre che
hanno bisogno di aiuto e altre che non possono. Tutto ciò che è carico non può
oltrepassare la membrana. Gli zuccheri hanno bisogno di complessi proteici per poter
passare.
Abbiamo trasportatori e canali.
Trasportare (o carrier) = c’è un’interazione specifica e il passaggio implica un cambio
di forma nella membrana con passaggio di una molecola alla volta.

Canali= formato da proteine transmembrana che creano un cilindro aperto alle basi in
cui passano più molecole alla volta. Il canale è un poro che transita da uno stato
aperto a uno chiuso. Gli stimoli che fanno aprire i canali possono essere di 4 tipi:

-regolato da ligando (extracellulare o intracellulare)

-regolato meccanicamente (in base alla pressione ad esempio)

-regolato da voltaggio (c’è uno stimolo che fa cambiare il potenziale di membrana.

Come nel caso dei neuroni: se c’è una certa distribuzione di carica il canale è chiuso,
se si depolarizza la membrana esso si apre).

Trasporto passivo, diffusione semplice: la principale forza che spinge un soluto da

una parte all’altra della membrana è il gradiente di concentrazione. Da una zona
meno concentrata a una più concentrata senza bisogno di energia.
Oltre al gradiente di concentrazione, il trasporto dipende anche da gradiente
elettrochimico: dipenda dalla distribuzione di carica. Uno strato intracellulare più
negativo e positivo fuori.

Potenziale di membrana: quando c’è una distribuzione asimmetrica di cariche

Trasporto attivo: Contro gradiente di concentrazione con utilizzo di ATP.

Ne esistono tre tipi:

1. Trasportato attivo accoppiato

2. Pompa spinta da ATP
3. Pompa spinta da luce

1. Una molecola può muoversi contro gradiente di concentrazione senza suo di ATP
se il suo trasporto viene accoppiato con quello di un soluto che entra secondo
gradiente di concentrazione. Nei trasporti accoppiati parliamo di simporto (stesso
verso) e antiporto (verso opposto). Un esempio è il glucosio che si accoppia con il
sodio.

2.Questa pompa idrolizza ATP e usa questa energia per esportare tre ioni sodio e
importare due ioni potassio. Da un lato serve a creare il gradiente elettrochimico del
sodio ma anche a creare il potenziale di membrana (+ cariche positive fuori e meno
dentro).

3. La luce è energia quindi grazie ad essa permettono il passaggio di soluti contro

gradiente di concentrazione

6° lezione Biologia:
compartimenti cellulari, trasporto regolato, traslocazione reticolare e mitocondriale.
Il compartimento è una regione della cellula racchiusa da membrana. Ha una
determinata composizione proteica. Tutte le proteine vengono prodotte dai ribosomi
(attaccati al ReR) che poi vengono smistate nelle varie vescicole.
Se una proteina deve passare da un sito A ad un sito B tramite membrana allora i due
ambienti sono topologicamente distinti. Se non deve oltrepassare una membrana
allora gli ambienti sono topologicamente equivalenti.
Vari tipi di trasporto:
Tutte le proteine sono fatte nel citosol. In seguito, vengono smistate tramite
Trasporto regolato: da citosol → nucleo
da nucleo → citosol
(bidirezionale). Passaggio di proteine sintetizzate nel citoplasma e già ripiegate
(topologicamente equivalenti)
Trasporto transmembrana: proteine da citosol → mitocondri
→reticolo
→perossisomi
Proteine non ripiegate che utilizzano dei traslocatori proteici perché sono in grado di
far passare solo catene lineari. Topologicamente distinti.
Trasporto vescicolare: proteine già ripiegate, topologicamente equivalenti.

Trasporto regolato
Avviene tramite il nucleo. Esso è costituito da 2 membrane → interna ed esterna. Tra
le due membrane vi è uno spazio perinucleare. Sulle membrane ci sono delle
interruzioni dette “pori nucleari”. All’interno del nucleo vi è una lamina nucleare con
rete di filamenti che rendono la struttura rigida e di sostegno.
Il trasporto è mediato dai pori nucleari: sono costituiti da proteine → nucleoporine.
Quest’ultime si dividono tra esterne (nucleoporine di impalcatura) ed interne
(nucleoporine del canale).
Le nucleoporine del canale rappresentano un filtro selettivo costituito da catene
polipeptidiche che formano una rete in cui possono passare le molecole più piccole
tramite il gradiente di concentrazione.
Tutte le proteine nucleari devono avere un NLS (segnale di localizzazione nucleare)
per poter entrare nel nucleo. Ci deve essere un determinato numero di amminoacidi
carichi positivamente e consecutivi.
Per l’importazione ed esportazione del segnale intervengono le importine e le
esportine. Esse aprono la rete all’interno dei porti nucleari e portano rispettivamente
all’interno e all’esterno del nucleo la proteina.
Le proteine RAN servono, invece, per la direzionalità del trasporto nucleare. Sono
proteine GTPasi quindi legano GTP. In base allo stato guanosinico abbiamo uno stato
attivo e uno inattivo:
Lo stato attivo è legato a GTP; Ran GTP si trova solo nel nucleo perché ran-gef lega la
cromatina. Lega l’importina. Ran-gef attiva Ran.
Lo stato inattivo è legato a GDP; Ran GDP si trova solo nel citosol. Ran gap inattiva
ran.
L’importina quando è fuori da sola lega il cargo (il carico da trasportare) quando è
senza RAN. Entra nel nucleo e la porta dentro. Qui c’è ran gtp che lega l’importina e
questo legame fa cedere il carico. Entra carica, esce scarica, torna nel citoplasma
legato ancora a ran gtp. Nel citoplasma ran gap idrolizza il gtp che diventa ran gdp e
l’importina torna “sola” ed è pronta a legarsi ad un altro cargo. Procedimento
analogo per le esportine.

Trasporto transmembrana 49.25

Anche in questo caso abbiamo dei segnali di indirizzamento. I segnali possono
essere lineari con amminoacidi consecutivi oppure ricostituiti(come nel caso di
importazione mitocondriale) cioè un segnale che ha una struttura ad alfa elica
anfipatica quindi con una faccia dell’elica idrofobico e una idrofilico carico
positivamente. Il mitocondrio ha due membrane con uno spazio intermembrana. La
membrana interna delimita unaltro spazio che si chiama matrice. Il segnale può
essere localizzato all’estremità o all’interno della catena polipetidica. Generalmente
i segnali di traslocazione servono solo a mediare la traslocazione ma poi vengono
tagliati infatti essa è unidirezionale e non può tornare indietro.
I complessi proteici che mediano questo attraversamento sono i complessi
TOM(outer member) e TIM(inter member). Il TOM si affaccia al lato citosolico e
perciò contiene recettori che devono riconoscere le catene polipeptidiche da
traslocare.
I canali devono essere in comunicazione
Il processo di traslocazione avviene perché la catena polipeptidica deve attraversare
le membrane e ciò può avvenire solo con una configurazione non ripiegata. La
traslocazione mitocondriale è molto simile a quella reticolare perchè è una
traslocazione post traduzionale, nel senso che la catena polipeptidica viene
sintetizzata per intero e poi viene traslocata, però deve essere mantenuta in una
configurazione non reticolata. Quindi troviamo questa serie di proteine hsp70 che
legano la catena nascente e ne impediscono il folding quindi la tengono in una
struttura lineare primaria. Questo dà la possibilità alla catena di non ripiegarsi e
quindi di essere traslocabile. Questa catena poi dovrà attraversare le due
membrane.
Le forze che permettono l’attraversamento della catena attraverso questi
traslocatori sono: da un lato hsp70 citosolica (utilizza atp). Per passare al lato
interno Il traslocatore tim utilizza il potenziale di membrana. La membrana interna
mitocondriale ha un potenziale: cariche positive nello spazio intermembrana,
cariche negative nella matrice. C’è attrazione elettrostatica e quindi la catena viene
portata dentro. La peptidasi del segnale taglia il segnale. Se si taglia il segnale però si
perdono cariche positive e la forza si verrebbe a dissipare. Di conseguenza
Interviene una famiglia di hsp70 mitocondriale che legano la catena che sta
entrando e attraverso l’idrolisi di atp tirano la catena dentro. Quindi hsp70
citosolica serve a spingere la catena, il potenziale permette di entrare nella
membrana e chi tira del tutto la catena è hsp70 mitocondriale.

Traslocazione nel reticolo.

Il reticolo si chiama così perché è una rete con membrane interconnesse. Anche in
questo caso abbiamo dei traslocatori e fondamentalmente due processi:
1. Post-traduzionale
2. co-traduzionale
Post traduzionale: ribosoma sintetizza la catena polipeptidica; questa non viene
fatta ripiegare. le hsp70 le tengono in struttura primaria. Entra nel reticolo
endoplasmatico grazie ad un traslocatore.
Co-traduzionale: il processo di sintesi e di traslocazione devono essere accoppiati.
Quindi non si sintetizza tutta la catena ma all’inizio della sintesi c’è un
riconoscimento che permette di localizzare il ribosoma sul reticolo e da lì la catena
attraversa il traslocatore. I ribosomi sono attaccati proprio perché sta avvenendo la
traslocazione. Se il ribosoma non viene stoppato la catena continua ad allungarsi e
per fermarlo c’è il segnale di traslocazione reticolare cioè un peptide segnale
costituito da una sequenza amminoacidica che contiene 3 regioni: una porzione N,
una porzione H, e una porzione C.
N =n- terminale: la prima porzione di questa sequenza che contiene amminoacidi
carichi positivamente.
H= regione contenente almeno 8 amminoacidi idrofobici.
C= c-terminale: contiene il sito di clivaggio per la peptidasi del segnale.
Per rendere co traduzionale questo processo bisogna mettere in pausa la sintesi
proteica e questo avviene grazie al SRP (particella di riconoscimento del segnale)
particella che riconosce il peptide segnale. E’ un complesso ribonuceloproteico che
contiene diverse proteine legate a una molecola di RNA. SRP è citosolica. Ha 3
domini importanti:
1-riconoscimento del peptide segnale (ha una tasca che si adatta al peptide segnale)
2-stop della traduzione (alu domain): è un dominio che si va a legare alla subunità
maggiore del ribosoma dove c’è il sito di rilascio del fattore di allungamento cioè
quello che sposta il ribosoma sul messaggero. Quindi in tal modo SRP può
selezionare tutti i ribosomi che in quel momento stanno sintetizzando una proteina
che dovrà traslocare nel reticolo.
3-legame col recettore di SRP: il recettore di srp sta sulla membrana del reticolo
endoplasmatico. Il peptide segnale si stacca, e si inserisce nel traslocatore accanto al
recettore di SRP. SRP si stacca dal ribosoma (rimane attaccato al traslocatore) che
riprende a sintetizzare perché non è più attaccato a srp. La catena nascente esce dal
ribosoma ed entra nel traslocatore perciò si crea la traslocazione co-traduzionale.
Termina la traslocazione, la catena può ripiegarsi.
L’unica differenza di quella post traduzionale con il mitocondrio è che la forza per la
traslocazione la fornisce il ribosoma stesso.
Ci deve essere qualcuno che tira → la proteina BIP che idrolizza atp quindi si tira
dentro la catena polipeptidica. Il complesso si chiama Sec61. Il segnale non è
amminoterminale ma è interno o c-terminale. Per lo stop della traslocazione
abbiamo i domini transmembrana (idrofobici).

La modifica delle proteine post traduzionale

Tutte le proteine che accedono al reticolo end subiscono una mo proteine perché
vengono aggiunto zuccheri alle proteine. N-glicosilazione: n perché avviene sul
gruppo amminico dell’asparagina il cui simbolo è N ma solo quelle che sono seguite
da un amminoacido seguito da unaà

7° lezione biologia
Proteine di Rivestimento Fusione di Membrana Endocitosi ed Esocitosi
Trasporto vescicolare → Trasporto di proteine grazie all’utilizzo delle vescicole. Il
trasporto può essere bidirezionale infatti si parla anche di traffico vescicolare. Ogni
step implica 3 processi:
 1- Formazione di vescicole e gemmazione
2- Trasporto da un compatimento A ad uno B
3- Fusione della vescicola con la membrana accettore
Le proteine mantengono la stessa topologia durante tutto il trasporto. Stessa cosa
vale per i lipidi.
1- Gemmazione: Proteine che svolgono un ruolo chiave nella gemmazione della
vescicola: proteine di rivestimento come la clatrina oppure cop1 e cop2. Le
vescicole che richiedono questo tipo di rivestimento derivano da
compartimenti diversi. La clatrina permette la gemmazione dai lisosomi verso
il golgi. Le cop descrivono la via tra reticolo e golgi, cop1 permette la
gemmazione di vescicole dal golgi verso reticolo, cop 2 da reticolo verso golgi.
Via esocitica o anterograda: entrano nel reticolo passano al golgi e poi raggiungono
la membrana plasmatica.
Via endocitica: parte da membrana va verso gli endosomi e lisosomi
Dal golgi al reticolo: via retrograda o di recupero
La clatrina è detta anche trischelio. Essa appartiene alle proteine che deformano la
membrana grazie alla loro struttura rigida e curva. La membrana è costretta ad
assumere la forma della clatrina. Le proteine di rivestimento svolgono un ruolo
importante anche nella selezione del cargo
Le proteine ap riconoscono il segnale di degradazione per determinate proteine le
selezionano, la proteina poi recluta la clatrina. L’endocitosi avviene quindi dove va
rimossa la proteina.
Infine, c’è la fase di fissione cioè bisogna staccare la vescicola da questa gemma.
Le proteine sono la dinamina che forma una struttura a spirale che si va a stringere
sempre di più fin quando non si stacca la vescicola.
Una volta che è stata rilasciata la vescicola il rivestimento si deve togliere.
Rivestimento interno Adattine AP3 (selezione del cargo)
Rivestimento esterno Clatrina (curvatura delle membrane)
Proteina di Fissione Dinamina (fissione delle membrane)

Vie endocitica per lo smistamento di prodotti da destinare alla degradazione

lisosomiale. Partendo dal reticolo endoplasmatico, le proteine che svolgono un ruolo
chiave nella gemmazione dal reticolo endoplasmatico sono il complesso cop2, chi
gemma dal golgi sono cop1
La proteina chiave che determina la deformazione della membrana non è cop2 che
serve solo a selezionare il carico, chi deforma è Sar1-gtpasi monomerica. quando è
legata a gtp è inattivo quando è legato a gdp è attivo. Transitare da uno stato attivo
o inattivo significa legare. Sar è citosolica quando legata a gdp quindi inattiva,
quando viene attivata quando si lega al gtp espone un’ancora anfipatica. Nel
citoplasma si inserisce in una membrana perché è in parte idrofilico in parte
idrofobico, quindi, ha le caratteristiche giusto per inserirsi in una membrana. In
particolare, si inserisce solo su un dei due strati cioè quello che affaccia al lato
citosolico. Questo determina la curvatura della membrana perché pressano un lato
della membrana e vanno a formare la vescicola. La sar1 si inserisce nella membrana
del reticolo endoplasmatico non perché distingue le membrane ma perché c’è
sar1gef che trasforma sar dallo stato inattivo allo stato attivo e questa proteina sta
sulla membrana del reticolo endoplasmatico. Sar1 serve anche a reclutare il
complesso sec23-24(sec=secretoria) cioè il rivestimento interno di cop2. Sec23 lega
Sar1-GTP e Sec24 selezione il cargo da esportare mediante il riconoscimento di
segnali di export. C’è anche un rivestimento esterno che è Sec13-31 che promuove
la fissione della vescicola.
42.30 la via endocitica quindi serve a portare le cose ai lisosomi. È caratterizzata
anche da un meccanismo di riciclaggio. Perché ai lisosomi arriva solo la sostanza
senza recettore infatti cis sono gli esosomi di riciclaggio. Mentre cioè che il recettore
ha portato dentro procede nella via endocigica e arriva ai lisosmi.
Step via endocitica:
la prima vescicola che si genera si chiama vescicola endocitica. Le vescicole che si
fondano tra loro formano l’endosoma precoce. Dall’endosoma possono gemmare
vescicole che sono riportare alla membrana plasmatica e quindi sono endosomi di
riciclaggio oppure gli endosomi possono subire un processo di maturazione che li
porta ai lisosomi.
L’endosoma precoce deve diventare endosoma tardivo che ha una struttura più
sferica chiamato anche corpo multi-vescicolare perché è composto da più vescicole.
Durante la fase di maturazione cambiano il PH che si acidifica e cambia anche
l’assetto proteico sul lato citosolico della membrana.
Come fa la vescicola gemmata da un compartimento a fondersi col compartimento
successivo? Tramite il processo di fusione di membrana.
Ci sono delle proteine che si chiamano SNARE che interagiscono tra loro stando su
due membrane opposte e la loro interazione genera la forza che spinge le
membrane le une sulle altre e permettono la fusione. Per questo le membrane
devono essere fluide.

Le SNARE sono proteine lineari ad alfa elica che possono transitare da uno stato
Inattivo (Complesso CIS quando stanno tutte sulla stessa membrana) o attivo
(Complesso TRANS quando interagiscono tra loro su due membrane diverse). Ci
sono dei fattori che servono a tenere in prossimità una vescicola con la membrana
del compartimento bersaglio (Tethers, coordinate dalle Rab)

Snare= generano la forza

Tether e rab= definiscono la prossimità delle membrane affinché le snare possano

interagire tra loro.

Transito delle proteine nel Golgi

Il Golgi ha una struttura fatta a cisterne, ha una serie di strutture appiattite di 3 tipi:
ha una faccia cis una mediale e una trans.

Le proteine che sono state esportate dal reticolo, si dovranno fondere con la faccia
CIS del Golgi che quindi ricevono le vescicole di Cop2. Le cisterne trans sono quelle
che edono le vescicole che smistano le proteine verso la membrana plasmatica o
verso la via endocitica quindi i lisosomi.

All’interno del Golgi avviene la maturazione tramite enzimi degli zuccheri che erano
stati aggiunti alle proteine. Le modifiche avvengono solo nel lume del Golgi.

Le cisterne del golgi sono separate le une dalle altre. La proteina per passare da una
cisterna all’altra (ad es. da una cis a una mediale) esegue un processo tramite
modello di trasporto vescicolare o tramite modello di maturazione delle cisterne

Trasporto vescicolare: cioè la proteina passa da una cisterna all’altra perché viene
inglobata da una vescicola che nasce da una cisterna e si fonde con quella
successiva.

Modello della maturazione delle cisterne: nasce dal fatto che c’è una proteina molto
grande, ad esempio il collagene che è anche più grande rispetto ad una vescicola,
per spostarsi non entra nella vescicola ma provoca la maturazione di una cisterna.
Innanzitutto, sappiamo che le vescicole cis mediali e trans sono diverse le une dalle
altre, la diversità consiste nella composizione proteica oltre che alla forma. Se
modifico la composizione proteica posso trasformare, ad esempio, una cis in una
mediale. Questo avviene se la mediale cede enzimi alla cis e viceversa.

Segnale per lo smistamento di proteine ai lisosomi:

le proteine smistate nel lisosoma sono le “idrolasi lisosomiali” tramite dei segnali
che vengono riconosciuti solo se una proteina ha ricevuto una modifica cioè la
fosforilazione. Esiste quindi un recettore che quindi riconosce le proteine fosforilate
e le porta al lisosoma. Al lisosoma il ph è acido quindi permette la rottura tra
recettore e ligando che è un’interazione debole. Nel lisosoma ci sono le fosfatasi che
tolgono i gruppi fosfato e resta solo il mannosio. Per riassumere le vie che portano al
lisosoma sono due:
la via endocitica che è di degradazione
la via esocitica cioè quella dal golgi che è di rifornimento (reticolo-> Golgi ->lisosomi)

8° lezione: Segnalazione Intracellulare

Molecole segnalatrici, Secondi Messaggeri, Recettori GPCR e TK

Ogni proteina riesce ad attivarne un’altra, formano una cascata di segnale, fino alla
proteina effettrice.
Come può essere il tipo di comunicazione?
1. A breve raggio: c’è contatto diretto tra due cellule. Una è la cellula segnale
(ligando), una è la cellula bersaglio.
2. Paracrina: la cellula secerne la proteina che agisce su cellule vicine ad essa.
3. Sinaptica: la cellula secerne il neurotrasmettitore e il recettore riconosce
questo segnale.
4. Endocrina: sfrutta il circolo sanguigno. La cellula produce un ormone che
raggiunge il bersaglio proprio tramite il sangue.

Il recettore nella maggior parte delle cellule è sulla superficie (quando il ligando è
idrofilico). Il ligando può essere anche idrofobico. In quel caso il recettore è posto
all’interno della cellula.
La cellula in base al tipo di stimolazione risponde in modo diverso; ci sono cellule
che, anche se stimolate dallo stesso ligando, possono reagire diversamente. Anche i
tempi di risposta sono differenziati: ciò dipende da come avviene la cascata di
segnale.
Il segnale per essere trasdotto, nel caso in cui sia idrofilica, può passare per la
membrana plasmatica solo tramite le proteine di segnalazione.
Se la molecola fosse stata idrofobica sarebbe passata direttamente nella membrana
plasmatica e andava sulla proteina effettrice.
Le proteine di segnalazione possono:
1. Limitarsi a ritrasmettere il segnale a componenti successivi della via di
segnalazione.
2. Amplificare il segnale ricevuto in modo da suscitare una forte risposta cellulare
anche a partire da poche molecole segnale.
3. Integrare più segnali extracellulari (ha bisogno di più recettori) prima di inoltrarne
uno.
4. Distribuire il segnale a più vie di segnalazione in modo da innescare una risposta
cellulare complessa.
5. Modulare l’attività delle proteine di segnalazione a monte in modo da modulare
la durata della risposta alla stimolazione extracellulare (feedback positivi o negativi).

I recettori di superficie delle cellule possono essere raggruppati in 3 classi principali:

1. Recettori accoppiati a canali ionici: Modificano la permeabilità di membrana a
specifici ioni alterando il potenziale di membrana
2. Recettori accoppiati a proteine G: Attivano proteine G trimeriche legate alla
membrana plasmatica dando avvio a una cascata di segnalazione
intracellulare.
3. Recettori accoppiati a enzimi: Si comportano o sono associati ad enzimi
reclutati sul versante citosolico della membrana e mediano l’attivazione di
diverse vie di segnalazione.
Trasduzione del segnale mediante proteine di “impalcatura”
1.Complesso di segnalazione performato su una proteina impalcatura: Recettore
accoppiato a proteine di segnalazione tenute insieme mediante proteina di
impalcatura attivate dopo stimolazione da parte di un segnale extracellulare.
2.Assemblaggio di un complesso di segnalazione dopo attivazione del recettore:
Recettore contenente un dominio ad attività di proteina di impalcatura che recluta
ed attiva proteine di segnalazione solo dopo la stimolazione da parte di un segnale
extracellulare
Le due classi più importanti di recettori sono: GPCR e Recettori tirosino chinasici
(RTK).
GPCR: Costituiti da una catena polipeptidica a 7 tratti transmembrana. Quando i
tratti transmembrana sono in numero dispari avremo una regione extracellulare e
una intracellulare. Per trasdurre attivano la proteina G trimerica (3 proteine: alfa
beta e gamma). Quando il recettore si attiva promuove lo scambio del GDP A GTP al
complesso alfa; quindi, si separano alfa beta e gamma. Il GPCR, quindi, appartiene
alle proteine GEF perché induce lo scambio di gdp in gtp.
L’alfa promuove l’attività dell’enzima adenilato ciclasi che produce amp ciclico. Il
bersaglio di amp ciclico è il PKA che si trova in uno stato inattivo. Il PKA viene
attivato da AMP ciclico. PKA serve per attivare un altro fattore trascrizionale cioè
CREB.
Ricapitolando:
GPCR attiva Gs (subunità a)
Gs recluta e stimola l’adenilato ciclasi a produrre AMP ciclico
AMP ciclico attiva PKA che migra nel nucleo e attiva CREB
CREB recluta CBP e si lega su CRE (cAMP responsive element).
Beta e Gamma invece stimolano la fosfolipasi C-Beta che produce: diacil glicerolo e
ionositolo 1,4,5 trifosfato.
Il diacil glicerolo attiva la proteina Chinasi C.
Ionositolo serve per stimolare la produzione di calcio.
Tutto ciò serve per la contrazione muscolare.
Ci sono anche delle proteine che devono “spegnere” l’enzima GPCR, cioè
desensibilizzare il recettore (desensibilizzare=rimuovere il recettore dalla superficie).
Le GRK (= GPCR chinasi) fosforilano la proteina così può essere riconosciuta dalla
b-arrestina che ne promuove l’ubiquitinazione cioè la degradazione del recettore di
GPCR.

Recettori Accoppiati ad Enzimi = Recettori Tirosino-chinasici TSK

chinasici= aggiungono fosfato a una proteina
Tirosino= aggiungono i gruppi fosfato a livello delle Tirosine

Struttura: sono recettori di tipo 1 cioè singolo tratto transmembrana, dominio

extracellulare, regione citosolica quindi n terminale fuori dalla cellula, c terminale da
lalto citosolico. Quello extracellulare riceve il segnale, il dominio è intracellulare
perché serve a fosforilare. Troviamo questi recettori per il fattore di crescita o
l’insulina che quindi servono a far duplicare le cellule. Quando una cellula entra in
mitosi viene stimolato un recettore di questo tipo.
Gli rtk funzionano a coppia. La chiave sta nella dimerizzazione perché il meccanismo
di attivazione si basa su meccanismo di autotransfosforilazione, il dominio chinasico
di un monomero non si attiva se non si trova vicino a un altro dominio uguale e
ognun fosforila l’altro. Il ligando serve a dimerizzare il recettore e fa attivare i domini
i quali poi promuovono le fosforilazioni.
La GTPasi Ras media la segnalazione proveniente dalla maggior parte degli RTK.
Ras è una GTPasi. Inizialmente è inattiva, quando il recettore dimerizza lei si attiva e
tra le molecole che recluta c’è la ras sos che scambia il gdp con il gtp. Ora Ras è attiva
e fa partire la cascata che avviene tramite la fosforilazione. Ras fa iniziare la map
chinasi (map sta per mitosi) che attiva raf, poi si passa a mek e infine erk.

Lezione 9 – Citoscheletro
Microfilamenti, Microtubuli, Proteine Motrici, Filamenti Intermedi.
All’interno del citoscheletro troviamo queste 3 strutture.
Microtubuli (sono ripetizioni di Tubulina) -> Posizionamento degli organelli Traffico
vescicolare Divisione cellulare (Mitosi).
Microfilamenti (sono ripetizioni di Actina) -> Determinano la forma di una cellula
Necessari per la locomozione Divisione cellulare (Citochinesi) Giunzioni Cellulari.
Filamenti Intermedi -> Forniscono forza meccanica e di sostegno Giunzioni Cellulari.

Microtubuli e microfilamenti sono polarizzati (hanno una direzione)

Microfilamenti di actina: L’actina ha un’estremità “più” e un’estremità “meno”. Le

actine si assemblano in corrispondenza dell’ATP.
polimerizzazione dei Microfilamenti l’inizio della polimerizzazione si chiama
nucleazione e dipende dalla disponibilità di actina. Questa reazione dipende dalla
quantità di concentrazione di actina. Ci sono delle proteine che decidono se
allungare o demolire il microfilamento cioè la profilina (favorisce la polimerizzazione
legando l’actina nell’estremità meno perettendono lo scambio dell’adp ad atp e
lascia libera l’estremità piu ) la timosina (impedisce lo scambio di energis e maschera
l’estremità più e meno e la fa restare monomerica).
[dalle slide: Timosina lega il monomero di actina impedendo lo scambio dell’ADP con
l’ATP e la disponibilità di entrambe le estremità piú e meno
Profilina lega il monomero di actina al livello dell’estremità meno, permettendo lo
scambio dell’ADP con l’ATP e lasciando libera l’estremità piú]
Non esiste una sola origine di nucleazione ma c’è anche il complesso ARP 2/3 che fa
partire la nucleazione in un altro punto, creando strutture ramificate.
La formina, invece, fa solo strutture lineari.
La contrazione muscolare dipende dalla miosina che tira l’actina. Le teste motrici
della miosina, poste nella parte ammino-terminale, sono i motori di questo
movimento.
Ruolo dello ione Ca
L’attivazione di un GPCR determina il rilascio Ca2+ dal reticolo sarcoplasmatico che
determina un aumento dei livelli citosolici dello ione. Il Ca2+ citosolico attiva una
chinasi che fosforila le catene leggere della miosina determinandone l’attivazione.
In assenza o bassi livelli di Ca2+, il complesso della Troponina determina il
posizionamento sui filamenti di actina della Tropomiosina in corrispondenza
(mascheramento) dei siti di legame per le teste delle miosine. Actina e Miosina non
possono interagire e la contrazione è impedita!
In presenza di alti livelli, il Ca2+ si lega sul sito C nella Troponina determinandone il
ditacco. Il rilascio della Troponina causa un cambio conformazione della
Tropomiosina che permette di esporre sui filamenti di actina i siti di legame per le
teste delle miosine. Actina e Miosina interagiscono e la contrazione può avvenire!

Microtubuli:
Si assembla a dimero, sono + spessi rispetto ai microfilamenti di actina. L’unità di
base è la tubulina (alfa, beta e gamma).La tubulina alfa e quella beta sono le
principali. La tubulina gamma è dove si crea il primo anello.
La molecola energetica è il GTP che definisce lo stato attivo; in particolare alfa
interagisce con beta e beta con l’alfa di un’altra tubulina. La beta può passare da
uno stato attivo a uno inattivo, alfa no. Il processo di polimerizzazione forma un
protofilamento e 13-14 protofilamenti formano un microtubulo.
Da dove parte la polimerizzazione? Da gamma TuSC (gamma-Tubulin Spiral
Complex). Inoltre non sono paralleli ma disposte in modo sfalsato, quasi a spirale.
C’è instabilità dinamica -> cresce o decresce una sola estremità alla volta.
I microtubuli originano nel M-TOC o centro organizzatore dei microtubuli ->
contiene la matrice centriolare con i centrioli.
Motori Proteici
Miosina -> con i microfilamenti
Kinosina, Dineina -> con i microtubuli
La proteina motrice cammina sul microtubulo.
Differenza tra Kinesina e Dineine:
le kinesine vanno in direzione positiva (centro verso periferia).
Lw dineine in direzione negativa (periferia verso centro).
Grazie alla tridimensionalità del tubulo la kinesina e la dineina non possono
scontrarsi.

Filamenti intermedi
Non hanno polarità.
Si parte da una singola catena polipetidica che forma un dimero con un’estremità
ammino-terminale e c-terminale. Questi dimeri si legano in maniera antiparallela.
SI assemblano a formare gli ottameri e così via, ma non c’è più una porzione
positiva o negativa. La ragione di questa non polarità è perché non ci sono proteine
motrici, infatti, hanno una diversa funzione.
La loro funzione è quella di sostegno, quindi, vanno a formare delle reti dure e
resistenti.

Lezione 10 - Ciclo Cellulare Complessi Ciclina/CDK Mitosi Meiosi.

Il ciclo cellulare è diviso in fasi:
Fase S: serve per duplicare i cromosomi
Fase M: mitosi (divisione dei nuclei) e citochinesi (divsione della cellula nelle due
cellule figlie)
Queste due fasi sono intervallate dalle fasi GAP1 E GAP2
G1 tra M ed S, qui la cellula cresce e si prepara a replicare di nuovo il DNA
G2 tra S ed M, fase di controllo e per riparare danni.

Punti di controllo durante il ciclo cellulare

Nell’interfase la cellula duplica i centrioli, poi si entra in mitosi.

Chi controlla le tempistiche e l’ordine delle fasi? Le clicline CDK. Sono delle Kinasi
che dipendono dalla cliclina.
CDK si attiva con la ciclina. Ha due punti di attivazione: il primo fosforila e la attiva; il
secondo fosforila e la inattiva.
Fase M

Durante la profase comincia a rimuoversi la membrana nucleare.

I Microtubuli del Fuso Mitotico (PROFASE): ci sono

Tipi di microtubuli: quelli astrali, quelli interpolari e quelli del cinetocore che sono
quelli che separano i cromatidi fratelli.
Ci sono, inoltre, proteine motrici che servono alla strutturazione del fuso mitotico e
altre che servono a trasportare cromosomi sulla piastra metafisica.
*leggere solo*
Controllo della formazione dell’anello contrattile
Rho attiva la formina per creare fasci paralleli e promuove la fosforilazione della
miosina.
MEIOSI

Serve a produrre i gameti: spermatozoi e cellule uovo. Per creare cellule aploidi ci
sono due step di divisioni cellulare: Meiosi 1 e Mesiosi 2
Comincia la fase S, si duplicano i cromosomi e le due coppie dello stesso cromosoma
si chiamano cromosomi omologhi. Avviene poi il processo di crossing over.
Se non avviene il crossing over non si procede con la meiosi.
Lezione 11 - Apoptosi CASPASI Via Estrinseca Via Intrinseca
È la morte cellulare programmata mediata dalle CASPASI.
L’apoptosi non è un evento patologico ma fisiologico delle cellule. Avviene in una
serie di step per degradare la cellula dall’interno. Una cellula viene indotta a morire
solo se riceve segnali di morte (intrinseci o estrinseci).
Viene utilizzata ad esempio per modellare gli arti, avviene anche durante
l’embriogenesi, ma anche per rimuovere cellule indesiderate o infettate. Parlando di
morte cellulare però non bisogna confondersi con la necrosi che avviene quando le
cellule si danneggiano o si rompono e il contenuto viene riversato all’esterno
(questa è una condizione patologica), mentre la cellula apoptotica non prevede
nessun processo infiammatorio né contenuto riversato fuori.
I principali mediatori di questo processo sono le CASPASI. C-ASP-ASI
C= Cisteina perché è un amminoacido critico per il sito catalitico di questo tipo di
enzimi.
ASP= acido aspartico
ASI= enzima proteasi

La cascata apoptotica è un processo irreversibile e impossibile da bloccare.

E’ irreversibile perché l’attivazione di queste proteine richiede taglio proteolitico che
è irreversibile.
L’attivazione delle caspasi richiede la presenza di proteine adattatrici che mediano
l’oligomerizzazione.
Le esecutrici hanno come bersaglio gli inibitori delle proteine CAD. La CASPASI
esecutrice taglia l’inibitore della CAD e poi essa può agire. La CASPASI in particolare
taglia il DNA a livello del DNA linker (Il DNA fra ciascun nucleosoma).

Via Estrinseca 16.00

Il complesso DISC media il clivaggio e dimerizzazione della caspasi 8,
forma attiva dell’enzima. Quando si è attivayo il compleso DISC la
caspaci 8 si attiva.
Il recettore recluta la proteina FAS la quale grazie al domnio effettore di
mortte recluta la caspasi 8.

Via Intrinseca
Nei mitocondri c’è la proteina che serve sia per la produzione di atp sia come
mediatore dell’apoptosi. il citocromo C sta nello spazio intermembrana all’interno
del mitocondrio. C’è un meccanismo che grazie alle proteine Bax e bak. Quando il
processo deve essere attivato queste due formano un polo in cui esce il citocromo C.
chi inibisce l’attivazione di questo processo? È Bcr2 che non permette l’uscita del
citocromo C ma c’è anche un’altra proteina che è della stessa famiglia BCRXL che fa
staccare bax dalla membrana. Queste proteine rientrano in una famiglia più ampia
cioè BH

Bad lega Bcl2 e la tiene in uno stato inattivo.

Ci sono dei segnali che tengono bloccata l’apoptosi e che tengono Bcl2 in uno stato
attivo.
Il citocromo C una volta rilasciato serve a promuovere la formazione
dell’apoptosoma. IL bersaglio di citocromo C è APAF1 che contiene il dominio CARD.