1) STRUTTURA ACIDI NUCLEICI

DNA = L’acido desossiribonucleico, più comunemente conosciuto come DNA , è una molecola
biologica contenenti tutte le informazioni necessarie sia per la sintesi proteica sia per la
trasmissione delle informazioni ereditarie. La sua struttura è costituita da due lunghi filamenti
antiparalleli, uniti tra loro in maniera spiraliforme. Ciascun filamento a sua volta è costituito da una
vera e propria catena di nucleotidi legati tra loro in maniera covalente. Il nucleotide quindi , può
essere concepito come l’unità base del DNA ed è costituito da ben tre elementi : una base azotata,
uno zucchero plutoso ed un gruppo fosafato. In natura le basi azotate possono essere di due tipi :
abbiamo le PURINE: costituite da ben due anelli eterociclici azotati e le PIRIMIDINE: costituite da un
unico anello. Fanno parte delle prime l’ADENINA e la GUANINA mentre delle seconde la TIMINA e la
CITOSINA. L’adenina si legherà con la timina (costituendi due legami ad H), mentre la guanina si
legherà con la citosina (costituendo tre legami ad H). L’accoppiamento di queste evidenzia come sia
necessaria una complementarietà tra le basi e tra i filamenti. Inoltre l’appaiamento corretto è
quello di una PURINA con una PIRIMIDINA o viceversa in modo tale che la larghezza sia costante, vi
è una maggiore stabilità e minori torsioni della doppia elica (la distanza tra le due eliche risulterà
essere di due nm). Inoltre se si separa una molecola di DNA si ottengono sempre le stesse quantità :
la percentuale di adenina è uguale a quella della timina; la percentuale di guanina è uguale a quella
della citosina. Quindi c’è un rapporto 1:1 che è costante in tutte le specie ma varia per specie
diverse .I nucleotidi inoltre si legano tra loro attraverso lo zucchero (desossiribosio) ed il gruppo
fosfato mentre i legami che si instaurano tra il gruppo fosfato di un nucleotide e lo zucchero
successivo sono di tipo fosfodiesterico.
Il DNA nativo è una doppia elica di catene antiparallele e complementari. Questa doppia elica
solitamente ha un andamento destrorso ovvero va in senso orario e le basi appaiate sono collocate
lungo i solchi minori e maggiori . Le basi appaiate si trovano su piani perpendicolari all’asse della
doppia elica la quale è stabilizzata anche dalle interazioni idrofobiche che si instaurano tra le basi
stesse. Le catene pentoso-fosfato fortemente anioniche si devono trovare all’esterno della
molecola a contatto con il solvente acquoso mentre le basi idrofobiche si impaccano le une sulle
altre disponendosi al centro della molecola. Ciascuna catena ha estremità 5’ ed una 3’ disposte in
maniera antiparallela in quanto i legami fosfodiesterici che uniscono i pentosi contigui hanno
polarità opposte. Quindi il 5’ di una catena si trova di fronte all’estremità 3’ di quella opposta. Le
due eliche differiscono per polarità, sequenza e composizione in basi ma sono complementari.
Tutte le informazioni sul DNA sono state acquisite grazie alla FOTO 51 realizzata da Franklin
mediante la diffrazione a raggi X; questa è un immagine nitida della struttura della doppia elice del
DNA.

2) RNA= L’acido ribonucleico, più comunemente conosciuto come RNA è costituito da un singolo
filamento ripiegato a steli e ad anse. I nucleotidi dell’RNA contengono come zucchero il ribosio, a
differenza del DNA che contiene il desossiribosio . Essi differiscono non per il numero di atomi di
carbonio bensì per il numero di atomi di ossigeno. Inoltre l’RNA non presenta la timina ma l’uracile.

3) DIFFERENZE TRA DNA E RNA= Il DNA e l’RNA differiscono per molteplici aspetti. Il primo contiene
come zucchero il “desossiribosio” mentre il secondo contiene il “ribosio”. Essi differiscono non per
il numero di atomi di carbonio, bensì per il numero di atomi di ossigeno. La presenza del ribosio,
conferisce alla struttura dell’RNA maggiore instabilità , in quanto rende la molecola più incline
all’idrolisi.
Inoltre l’acido desossiribonucleico contiene la timina mentre l’acido ribonucleico contiene l’uracile.
Infine il secondo presenta una struttura costituita da un singolo filamento ripiegato a steli e anse.
4) TIPOLOGIE DI DNA= Le conformazioni ad elica del DNA vengono classificate in tre gruppi: DNA-
A,DNA-B,DNA-Z.
DNA-A: si presenta come un artefatto da laboratorio, ottenuto in condizioni di disidratazione non
fisiologica. La sua elica è destrorsa, con 10,9 basi per giro completo dell’elica e 2,9 A corrisponde
alla distanza tra le due basi adiacenti.
DNA-B= Forma predominante, presenta un elica destrorsa, la cui regolazione è data tramite le basi
perpendicolari all’asse dell’elica. Questa struttura si ha quando il DNA è completamente idratato,
cioè in vivo. 10 basi per giro completo dell’elica e 3,4 A corrisponde alla distanza tra le due basi.
La superficie esterna evidenzia due solchi, uno maggiore ed uno minore, separati l’uno dall’altro
mediante una catena FOSFATO-RIBOSIO.
DNA-Z: presenta una struttura in sequenze caratterizzata dall’alternanza di basi di guanina e
citosina, presente anche in vivo. Ha una elica sinistrorsa e per completare un giro completo
dell’elica necessita di ben 12 coppie di basi distanti l’una dall’altra 3,8 A.

5) TIPOLOGIE DI RNA= L’RNA può distinguersi in ben quattro classi: l’m-rna, r-rna, t-rna e snRNA.
1) L’m-RNA (rna messaggero) la cui sequenza verrà tradotta in catene polipeptidiche.
2) L’r-RNA (rna ribosomiale) costituito da corti filamenti di acido ribonucleico che si inseriscono
con una funzione strutturale nei ribosomi .
3) Il t-RNA (rna transfer) costituito da un filamento che si ripiega assumendo una struttura a stelo
ed ansa, simile ad un trifoglio che si ripiega nello spazio a forma di L. Esso collabora alla
traduzione del m-RNA, portando ad una estremità un amminoacido per costruire la catena
polipeptidica, e all’altra estremità una tripletta complementare a quella del filamento di m-
RNA, sul cui stampo si sta sintetizzando la proteina.
4) snRNA : nucleari solo eucarioti.

 POTREBBE CAPITARE DOMANDA SU NUOVI RUOLI PER L’RNA=

1) ncRNAs che sono molecole funzionali con l’attività enzimatica.
2) RNAi = RNA interface
3) siRNA= molecole di RNA che degradano l’mRNA.
4) miRNAs che sono piccoli RNAs di 21-24 nucleotidi che agiscono come regolatori traduzionali.

 POTREBBE CAPITARE DOMANDA SULLE TECNICHE= Possiamo osservare gli acidi nucleici in
laboratorio mediante varie metodologie: la più nota per poter vedere la quantità disponibile è
l’analisi allo SPETTROFOTOMETRO, mentre l’ELETTROFORESI viene utilizzata per osservare le
molecole di DNA. Questa inoltre è inoltre una tecnica che utilizza un campo elettrico per separare e
visualizzare frammenti di DNA in base al loro peso molecolare e alla loro carica. Vi è bisogno di un
alimentatore, uno stampo gel e un contenitore per esso. Nello stampo si andranno ad inserire due
pettini e successivamente si andrà a preparare una soluzione in gel. Per gli acidi nucleici si utilizza
l’agarosio o l’acrillamide. Questo gel non deve creare bolle e quando esso si solidifica è pronto per
l’utilizzo. Successivamente si preparano i campioni che poi verranno caricati sul gel e si aggiunge la
soluzione di caricamento in ogni campione di DNA e si utilizzano le tinture di carico. Il gel è posto
nel contenitore e si aggiunge la soluzione di caricamento in ogni campione di DNA sfruttando delle
tinture di carico. Infine bisogna rimuovere i pettini, i quali hanno creato dei “pozzetti” durante la
solidificazione. Si carica una molecola “marker” , con peso molecolare noto , che stimerà la misura
 effettivamente delle bande di DNA. Poi nei pozzetti vengono caricati i campioni di DNA fino a
riempirli tutti, si copre il contenitore e si collega all’alimentatore, collocando in posizione corretta
gli elettrodi i quali migreranno dal lato negativo a quello positivo. Il risultato consiste in una serie di
bande che possono essere visualizzate mediante la colorazione del gel (se è avvenuta in maniera
corretta apparirà una sola banda). La velocità di migrazione è influenzata da molteplici fattori di
migrazione ed anche dalla concentrazione di agarosio, il voltaggio applicato,tampone di
elettroforesi ecc…
SPETTROFOTOMETRIA= strumento utilizzato per proteggere le assorbanze delle soluzioni ad una
certa lunghezza d’onda. La lampada che emette luce bianca viene assorbita dal campione dove la
luce visibile ha una lunghezza d’onda tra 400 e 700 nm. Questo strumento è costituito da una
lampadina, con uno schermo che rende paralleli i raggi arrivando al prisma, che li devia facendo
passare un solo raggio che arriva alla cuvetta con la soluzione che assorbe la luce. La cellula
fotoelettrica trasforma la luce luminosa in elettrica e questo strumento è utilizzato per misurare la
qualità del campione.

COME SI E’ ARRIVATI A COMPRENDERE LA STRUTTURA DEL DNA= La scoperta della struttura degli
acidi nucleici da parte di Watson e Crick fu un evento di particolare rilevanza per la scienza.
Inizialmente il DNA è stato isolato e caratterizzato da Miesher nel 1868. Egli chiamò questa
sostanza che contiene fosforo “nucleina”. Solo a partire dagli anni ’40 Avery, MacLeod e McCarty
dimostrarono che il DNA è il materiale responsabile della trasmissione dei caratteri genetici. Avery
e i suoi collaboratori dimostrarono che il DNA estratto da un ceppo virulento del batterio
“streptococcus preumoniae” e iniettato in un ceppo non virulento dello stesso batterio trasformava
il ceppo non virulento in uno virulento. La conclusione fu che il DNA del ceppo virulento conteneva
l’informazione genetica della virulenza. Successivamente gli studi di Harsey e Marta Chase,
effettuati su cellule batteriche infettate da virus con DNA o proteine marcate radioattivamente,
levarono ogni dubbio sul ruolo degli acidi nucleici nella trasmissione dei caratteri ereditari. Un altro
passo importante venne fatto da Chargaff verso la fine degli anni ’40 infatti vennero elaborate le
cosiddette “regole di Chargaff” dalle quali si arrivò a determinate conclusioni: 1)La composizione in
basi del DNA varia in genere da una specie all’altra. 2)Le molecole di DNA isolate da tessuti diversi
della stessa specie hanno la stessa composizione in basi. 3) La composizione in basi del DNA di una
data specie non si modifica con l’età dell’organismo o a con modificazioni ambientali. 4)in tutte le
molecole di DNA, il numero di residui di adenina è uguale al numero di residui di citosina. Da ciò
deriva che la somma dei residui purinici è uguale alla somma dei residui pirimidinici. Queste regole
furono essenziali per la comprensione della struttura tridimensionale del DNA. Importante fu la
FOTO51 realizzata da Franklin realizzata con la diffrazione a raggi X, la quale è una immagine nitida
della struttura a doppia elica del DNA. Lei e Wilkins potettero dimostrare che le molecole di DNA
erano elicoidali con due periodicità lungo il loro asse, una primaria di 3,4 A e una secondaria di 34°.
L’insieme di queste informazioni consentì a Watson e Crick di dedurre la struttura vera e propria
dell’acido desossiribonucleico proponendo un modello tridimensionale . (SE TI CHIEDE LA
STRUTTURA DEL DNA VEDI SOPRA PUNTO1)

ESPERIMENTI

COME SI E’ ARRIVATI A SCOPRIRE CHE IL DNA E’ IL DEPOSITARIO DELL’INFORMAZIONE GENETICA:

 Griffith ,medico britannico, lavorando con lo pneumococco, scoprì il principio della trasformazione
batterica, mediante il quale si stabilì che il DNA è il depositario dell’informazione genetica. Egli fece
 un esperimento utilizzando cellule S (lisce) vive e cellule R (rugose) vive e utilizzò dei topi come
cavie. Anche se né il ceppo R né il ceppo S ucciso al calore, riuscivano ad uccidere la cavia, la
combinazione di entrambi ci riusciva. Effettuando l’autopsia sull’animale morto, si è potuto
denotare la presenza di pneumococchi vivi nel ceppo S. Questo risultato suggeriva che vi era una
qualche sostanza presente nelle cellule S uccise al calore era in grado di trasformare il ceppo R in
virulento. Successivamente Avery dimostrò che il DNA purificato, estratto dal ceppo S, conferisce la
virulenza ai batteri del ceppo R, potendo affermare quindi che il DNA stesso porta in sé
l’informazione necessaria per la trasformazione batterica.

Inoltre per questo esperimento vennero utilizzati due ceppi batterici appartenenti al diplococco
(batterio sferico che provoca la polmonite). Il primo tipo è dotato di una capsula polisaccaridica che
circonda la parete batterica, formando colonie lisce di tipo S. Esso è il ceppo patogeno perché la capsula
protegge il batterio dall’attacco del sistema immunitario.

Il secondo tipo è non-capsulato, esso forma colonie rugose di tipo R. L’assenza della capsula rende lo
pneucocco aggredibile alle difese immunitarie.

 AVERY-MCLEOD-McCARTHY (ESPERIMENTO)=Dagli pneumococchi S virulenti uccisi con il calore

furono estratte proteine,lipidi,polisaccaridi ed acidi nucleici, cercando di comprendere quale fosse
in grado di trasmettere i caratteri ereditari. Infatti furono eseguiti numerosi test biochimici per
separare le variecomponenti chimiche al fine di testarle separatamente e comprendere quali
fossero in grado di trasformare le componenti chimiche al fine di testarle separatamente e
comprendere quali fossero in grado di trasformare i batteri R non virulenti in batteri S virulenti.
Ogni componente veniva aggiunta ai batteri R non virulenti che venivano poi iniettati nella cavia. Si
denotò che con proteine,lipidi,polisaccaridi la cavia sopravviveva mentre con gli acidi nucleici non
sopravviveva. Quindi erano proprio queste le molecole in grado di effettuare questa traformazione.

 HERSHEY E CHASE= Scoprì insieme a Marta Chase di che natura era il “principio trasformante”
individuato da Griffith. Insieme condussero due esperimenti: il primo consisteva nella preparazione
di una coltura di fagi marcati con 35S (zolfo radioattivo). Lo zolfo è presente solo nel rivestimento
proteico ma non nel DNA. Il secondo consisteva sempre in una coltura di fagi ma essi erano marcati
con il 32P (fosforo radioattivo) che si trova solo nei nucleotidi del DNA ma non nel rivestimento
proteico. Con le due colture di fagi vennero infettate due diverse colonie batteriche di E.coli,
cresciute senza sostanze radioattive nel terreno. Il principio trasformante si sarebbe trovato
all’interno della cellula del batterio. Agitando bruscamente le cellule infettate si staccano le teste
virali dalle cellule batteriche. Successivamente la centrifugazione faceva andare sul fondo le teste
con il DNA e nella parte superiore le proteine. Lo scopo del loro esperimento fu quello di
dimostrare che il DNA è il materiale ereditario,mentre le proteine sono concepibili come dei veicoli
strutturali che vengono scartati dopo che il DNA virale è stato inserito nella cellula batterica.