DAL DNA ALLE PROTEINE

LE BASI MOLECOLARI DELL’EREDITARIETÀ

•1869,scoperta del materiale ereditario. Il medico svizzero Friedrich Miescher identificò, all'interno dei nuclei dei globuli bianchi, la
presenza di una sostanza ricca di fosfato che denominò Nucleina
• Anni ‘20 del novecento: cromosomi fatti di dna e proteine. (ancora però non si conosceva il loro ruolo)
• 1944 e il 1952, si scoprì che DNA era la molecola in grado di custodire e trasmettere le informazioni che determinano i caratteri
ereditari negli organismi sia la sua esatta composizione chimica.

Grazie a 2 esperimenti, (condotti uno sui batteri e uno sui virus)si scopre che il materiale genetico è costituito dal DNA e non dalle
proteine.
ESPERIMENTO DI GRIFFITH : principio trasformante
in breve:
Gli esperimenti del medico inglese Frederick Griffith nel 1928 su due ceppi diversi (S e R ) del batterio Streptococcus preumoniae
dimostrarono che una sostanza presente nel ceppo S virulento poteva trasformare i batteri non virulenti del ceppo R in una forma
letale: ciò accadeva anche quando i batteri del ceppo S erano stati uccisi con il calore. Questo dimostrava che una qualche
sostanza, all'epoca chiamata fattore di trasformazione, estratta da pneumococchi S morti, poteva agire sulle cellule R provocando
un cambiamento ereditario. Rimaneva da individuare la natura chimica di questa sostanza.

ESPERIMENTO DI ARVEY, MacLeond e McCarty

in breve:
Gli esperimenti condotti da Oswald Avery nel 1944 hanno dimostrato che la sostanza responsabile della trasformazione genetica
negli esperimenti di Griffith corrisponde al DNA degli pneumococchi virulenti del ceppo S

Esperimento di Arvey, MacLeod

• Avery e collaboratori sottoposero i campioni contenenti il fattore di trasformazione dello pneumococco a vari trattamenti per
distruggere tipi diversi di molecole (proteine, acidi nucleici, carboidrati e lipidi) e poi controllarono se i campioni trattati
conservavano la capacità di trasformazione.
• scomposero la miscela isolando le Biomolecole biologiche. Procedettero a tentativi andando a iniettare la miscela nei topi.
• L'esito fu sempre lo stesso: se si distruggeva il DNA del campione, l'attività di trasformazione andava persa, ma ciò Filtrato non
avveniva quando si distruggevano le proteine, carboidrati o i lipidi.
• Scoperta
• Partendo dall'esperimento di Griffith, Avery dimostrò che l'unica molecola in grado di indurre la trasformazione batterica era il
DNA degli pneumococch virulenti.

ESPERIMENTO DI HARSEY E CHASE

• teso a stabilire se il materiale genetico fosse il DNA o le proteine,
Nel 1952 gliesperimenti di Alfred Mershey e Martha Chase su un virus che infetta i batteri (bateriofago T2) confermarono le
conclusioni di Avery. Quando cellule batteriche venivano infettate con batteriofagi T2 radiomarcati, soltanto il DNA marcato con
32P si trovava nei batteri. Mentre le proteine marcare con 35S rimanevano nella soluzione
• Tale esperimento dimostrazione definitiva del fatto che era il DNA il principio trasformante, le molecole responsabili
dell'informazione era il DNA e non le proteine e che quindi i geni sono costituiti da DNA
• Quando un batteriofago T2 attacca un batterio, una parte del virus (ma non tutto il virus) penetra nella cellula batterica. Circa 20
minuti dopo l'infezione, la cellula va incontro a lisi e libera decine di particelle virali. Evidentemente il virus è in qualche modo
capace di riprodursi all'interno del batterio.
• Hershey e Chase ne dedussero che l'ingresso di una qualche componente virale agisse sul programma genetico della cellula
batterica ospite, trasformandola in una fabbrica di batteriofagi. Si accinsero quindi a stabilire quale parte del virus, le proteine o il
DNA, penetrasse nella cellula batterica.

ESPERIMENTO DI FRANKLIN E WILKINS

• cominciarono le ricerche per conoscere l'esatta struttura tridimensionale della molecola.
• Lo studio della struttura tridimensionale era fondamentale per rispondere a due domande:
- Come si duplica
- Come si determina la sintesi proteica
• La prova decisiva fu ottenuta con la Cristallografia a Raggi X – Tecnica in cui l'immagine viene prodotta dalla diffrazione dei
raggi X
- Quando un raggio colpisce un cristallo, viene deviato. Il fascio del raggio viene suddiviso in piccoli fasci che lasciano il cristallo
con angolazioni diverse. La diffrazione genera sulla lastra un diffratta scaroma
• La molecola di DNA equivale ad una struttura cristallina

Acidi nucleici: DNA e RNA

ACIDI NUCLEICI Sono polimeri (macromolecole) che contengono, trasmettono e utilizzano l'informazione genetica . La
codificazione degli acidi nucleici (come dei codici) consente la formazione e lo sviluppo di un organismo vivente. L'informazione
presente nel Dna viene utilizzata, con l'aiuto dell'RNA per la sintesi proteica in modo che la seq. amminoacidica di ciascuna
catena polipeptidica venga costruita in modo corretto
GLI ACIDI NUCLEICI SONO:
DNA (acido desossiribonucleico) la molecola dell'informazione
Molecola che contiene info genetiche necessarie alla sintesi di RNA e proteine, necessarie per il funzionamento della maggior
parte degli organismi viventi L'informazione presente nel Dna viene utilizzata, con l'aiuto dell'RNA per la sintesi proteica in modo
che la seq. amminoacidica di ciascuna catena polipeptidica venga costruita in modo corretto

RNA (acido ribonucleico) Svolge vari ruoli. biologici .Trasmette l'informazione

DNA ed RNA sono polimeri composti di monomeri chiamati NUCLEOTIDI(nucleotidi (monomeri)=biomolecole come carbs,lipidi,
proteine)
I nucleotidi,l'unità strutturale degli acidi nucleici, sono nucleosidi monofosfato (nucleoside + un acido fosforico)

LA STRUTTURA CHIMICA DEL DNA

• Come detto ogni nucleotide è formato da 3 componenti:
1. Zucchero Pentoso a 5 atomi di Carbonio ( Ribosio o Deossiribosio)
2. Base Azotata legata la C1
3. Gruppo Fosfato legato al C5
• Legami
- La base azotata è legata la C1 mediante legame N-Glicosidico
- Il gruppo fosfato è legato al C5 dello zucchero tramite legame Fosfodiesterico

–Nel DNA ci sono 4 tipi di basi azotate: adenina (A), timina (T), citosina (C) e guanina (G).
Esse sono simili a due a due:
•pirimidine: hanno un solo anello (T e C); (formate da un solo anello pirimidinico);
•purine: hanno due anelli (A e G).costituite da 2 anelli fusi: 1 anello pirimidinico +1 anello imidazolo)

–Se i nucleotidi presentano più di un gruppo fosfato in posizione 5, distinguiamo:

nucleotide monofosfato, nucleotide difosfato, nucleotide trifosfato(3 gruppi P).
Il legame che si forma tra gruppo fosfato-gruppo fosfato è detto legame FOSFOANIDRIDICO

REGOLE DI CHARGAFF

Nel 1950 Chargaff riscontrò, alcune regolarità nella composizione del DNA:
1. La percentuale dei Nucleotidi è sempre la stessa nel DNA di cellule di tessuti diversi dello stesso individuo
2. La composizione delle molecole di DNA NON è influenzata da fattori esterni o dall'età dell'organismo,
3. Esiste un rapporto 1:1 tra le basi: la quantità di Purine è identica alla quantità di Pirimidine
4In tutte le specie, la quantità di adenina è uguale alla quantità di timina (A = T) e la quantità di guanina è uguale alla quantità di
citosina (G = C); di conseguenza la quantità totale delle Purine = Pirimidine

STRUTTURA MOLECOLARE DEL DNA

MODELLO A DOPPIA ELICA DI WATSON E CRICK

Grazie alla regola di Chargaff e agli studi di cristallografia di Franklin e Wilkins

1953:Watson e CRICK Proposero per la molecola di DNA una struttura a doppia elica, in cui le due catene sono complementari e
antiparallele:l’elica ha diametro costante e avvolgimento destrogiro
• La struttura è paragonabile a quella di una scala a chiocciola in cui le ringhiere sono le unità formate da zuccheri e fosfato
mentre i gradini sono le coppie di basi azotate

STRUTTURA MOLECOLARE DEL DNA

1.STRUTTURA DELLE CATENE
• Il legame di Polimerizzazione si forma dall'unione dei vari nucleotidi (Monomeri) al fine di formare una molecola complessa
(Polimero)
• Ogni catena o filamento del DNA è formata da una sequenza di nucleotidi uniti mediante legami Fosfodiesterici tra il gruppo
fosfato legato al carbonio 5' di un nucleotide e l'ossigeno legato al carbonio in posizione 3' del nucleotide precedente.
• I legami covalenti si formano per condensazione tra un gruppo ossidrile (-OH) del desossiribosio uno del gruppo fosfato (-OPO;
).
Pertanto, ogni nucleotide della catena forma legami con altri due nucleotidi.

2. COMPLEMENTARIETÀ
Nella molecola di DNA le due catene sono tenute insieme da legami a idrogeno tra le basi, che sono rivolte verso il centro e si
appaiano in modo specifico
L'appaiamento delle basi azotate non è casuale ed avviene sempre Purina (2 anelli) e Pirimidina (un anello)
- Le basi sono dette complementari, in particolare:
Adenina si appaia con la Timina mediante due legami Idrogeno À = A-T ..2
.Guanina si appaia con la Citosina mediante tre legami Idrogeno G = C G-C … 3

UNA MOLECOLA DI DNA È TANTO PIÙ STABILE QUANTO PIÙ CONTIENE G e C ED È LUNGA
temperatura necessaria a rompere tutti i legami idrogeno
—> chiamata temperatura di melting (o di fusione, Tm). quando tutti i legami idrogeno sono rotti, i singoli filamenti si separano

È necessaria più energia per rompere un legame fra

C e G (perche ha 3 legami idrogeno)
che fra A e T (2 legami idrogeno)

3.MOLECOLA ANTIPARALLELA
• Oltre a essere complementari, i due filamenti sono anche antiparalleli, cioè sono orientati in direzioni opposte.
• Ogni catena presenta a un'estremità, detta estremità 5' e all'altra estremità, detta estremità 3'
L'estremità 5' è quella che presenta il Gruppo fosfato libero → Capo del filamento con gruppo fosfato

l'estremità 3' è quella che presenta il Gruppo OH libero→ Coda del filamento con gruppo OH al C
• In una doppia elica di DNA, l'estremità 5' di un filamento corrisponde all'estremità 3' dell'altro
filamento; in altre parole, se per ciascun filamento si traccia una freccia da 5' a 3', le due frecce puntano in direzione opposta.
due catene polinucleotidiche affiancate che correvano in direzioni opposte, cioè erano antiparallele
avvolti ad elica intorno ad un'asse centrale

Il DNA ha un solco maggiore e un solco minore, nei quali sono disposti i bordi esterni delle basi azotate. Tra i due filamenti del
DNA vi sono dei solchi che non sono uguali per come sono legate le basi mentre il DNA ruota si vede un solco maggiore in alto
minore in basso che è più piccolo.

Esistono perché gli scheletri dei due filamenti in un lato della doppia elica sono più vicini tra loro formando il solco minore rispetto
al solco maggiore. I bordi esposti delle basi azotate sono disponibili per altri legami idrogeno. Le superfici delle coppie di basi
sono chimicamente diverse ciò consente il legame delle proteine a sequenze specifiche di coppie di basi che è la chiave
dell’interazione DNA-proteine, necessarie per la replicazione ed espressione genetica del DNA . (le coppie di basi del dna
possono interagire con altre molecole)

Il DNA esiste in diversi tipi di conformazioni denominate A-DNA, B-DNA, ZDNA

la conformazione B è la più frequente nelle condizioni standard delle cellule
la forma A è una spirale destrorsa come la forma B, ma più ampia.
la conformazione Z assume un andamento sinistrorso, opposto rispetto alla b.
 REPLICAZIONE DEL DNA
•in che modo le istruzioni genetiche si trasmettono da una generazione all'altra?
• Il modello di Watson e Crick suggeriva che la molecola del DNA contenesse l'informazione necessaria per produrre una copia
identica di se stessa secondo un meccanismo di stampo.
L'ipotesi fu confermata da una serie di esperimenti condotti alla fine degli anni Cinquanta del Novecento

MODELLI DI DUPLICAZIONE DEL DNA

Alla fine degli anni '50 lo studio del DNA aveva consentito la formulazione di 3 modelli di duplicazione:

1.Modello Conservativo:
Le eliche rimangono unite dopo la replicazione
manterrà intatta la molecola originaria produrrà una molecola nuova. la doppia elica serve da stampo per quella nuova ma non
contribuisce ad essa.
2, Modello Dispersivo:
Le eliche contengono tratti di DNA parentale e tratti di nuova sintesi (Rimescolamento Casuale)
produrrà due molecole con DNA vecchio e il nuovo inframezzato lungo il filamento. I frammenti di stampo della molecola originari
di DNA saranno unite a parti nuove ma distribuite casualmente.
3.Modello Semiconservativo
Ad ogni ciclo le molecole figlie contengono un filamento vecchio ed uno nuovo
Ogni filamento serve da stampo per uno nuovo produrre molecole con dna vecchio e nuovo
Produrrà molecole contenenti un filamento vecchio completo e uno nuovo completo , dopo un ciclo di replicazione. La
replicazione semiconservativa nella cellula avviene grazie ad enzimi ed altre proteine; divisa in 2 fasi

Struttura semiconservativa
PER APPROFONDIRE: ESPERIMENTO DI MESELSON E STAHL
Coltura di escherichia Coli in terreni marcati con Azoto-15 (piú pesante del normale azoto
• In questo modo il DNA in EC era un DNA che presentava azoto Pesante
• I batteri vennero prelevati ed estratto il loro DNA
• Venne centrifugato e si osservò che si stabilizzo ad un determinato livello
Incubazione di EC dal terreno pesante in terreno contenente Azoto. 2
• Centrifugazione
• Per il modello conservativo ci si aspettava la formazione di due bande ( Una tutta di Azoto 15 ed una tutta di Azoto 14
• Si ebbe invece una banda in una regione intermedia

Questo dimostrava che il DNA batterico fosse costituito per metà da azoto pesante e per metà da azoto normale, ma non
escludeva il modello dispersivo
• Ulteriore formazione di un'altra generazione batterica ed il procedimento fu ripetuto: Per il modello dispersivo ci si
aspettava la formazione di una banda
•Si formarono invece due mande che confermarono il modello semiconservativo:
- Una banda di DNA intermedio (Azoto-15 Azoto 14)
- Una banda di DNA Leggero ( Solo azoto 14)
.• Ognuna delle molecole figlie di DNA è costituita da un filamento del DNA Parentale (conservato ) uno sintetizzato ex novo
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PERCHÉ SI REPLICA IL DNA?
- Il meccanismo di replicazione del DNA è alla base del ciclo vitale:
gli organismi nascono, Crescono, si riproducono e muoiono.
Al fine della riproduzione il materiale genetico deve essere trasmesso dalla cellula madre in modo tale da consentire il
corretto funzionamento della cellula figlia
Quando una cellula si divide, infatti, ognuna delle cellule figlie riceve in dotazione una serie completa di geni, perché questo
avvenga, deve esistere un sistema per «copiare» le istruzioni genetiche
- Il processo di duplicazione del DNA ha luogo prima che la cellula si divida in modo tale da determinare una corretta
ereditarietà delle informazioni

MECCANISMO DI REPLICAZIONE DEL DNA : è semiconservativo.

descrizione:
- La duplicazione del DNA avviene nella fase 5 del ciclo cellulare prima che la cellula madre dia origine alla cellula figlia.
- la replicazione avviene tramite enzimi e altre proteine
-PRIMA di entrare in Mitosi devono duplicare il proprio patrimonio genetico
(Mitosi: processo di divisione di una cellula in due cellule figlie identiche)

meccanismo:
• Il complesso di pre-replicazione è una grossa proteina che si attacca al cromosoma nella origine della
replicazione (ori)
•la DNA elicasi srotola la doppia elica e separa i due filamenti;
• le proteine leganti il singolo filamento (SSB) si legano per separare i filamenti e impedire loro di riformare
la doppia elica;
• la DNA primasi forma i primer di RNA;
• la DNA polimerasi aggiunge e connette nuovi nucleotidi per formare i nuovi filamenti di DNA e rimuovere i
primer;
• la DNA ligasi connette i frammenti di Okazaki prodotti dalla DNA polimerasi uno all’altro.

• I singoli nucleotidi si allineano l'uno dietro l'altro lungo il filamento-stampo secondo la regola dell'appaiamento delle basi;
poi alcuni enzimi legano tra loro i nucleotidi per formare le due nuove doppie eliche, ciascuna costituita da un filamento
«vecchio e da un filamento «nuovo».
• La duplicazione del DNA è un processo che richiede energia e che coinvolge una dozzina di enzimi, riuniti in una struttura
chiamata complesso di duplicazione

INIZIO DELLA REPLICAZIONE —> “ESPOSIZIONE” DEI DUE FILAMENTI STAMPO

I due filamenti sono tenuti insieme da legami deboli (legami a idrogeno e forze di van der Waals).

PRIMO PASSO è la separazione dei due filamenti rompendo i legami

idrogeno tra le coppie di basi azotate complementari, in modo che
ciascuno dei due filamenti funga da stampo per il filamento di nuova
sintesi.

• La DNA elicasi (un enzima)

utilizza l'energia ottenuta dall'idrolisi dell'ATP per svolgere e separare i
due filamenti
• Si lega all' ORI e spezza i legami a idrogeno andando a formare la
Forcella di Replicazione

.• In questo modo i filamenti di DNA si separano e si forma una Bolla di Replicazione

• La bolla non si forma a caso lungo il DNA ma in punti precisi detti Siti di Origine della Replicazione ORI
(Nel genoma umano ci sono circa 10mila ORI) – 220 per ogni cromosoma
Il processo avviene contemporaneamente in più punti così, le bolle di replicazione divengono sempre più grandi fino a fondersi(
cioè IL DNA si apre completamente) Così si ottengono i 2 filamenti di stampo

FORO
Nel cromosoma circolare dei procarioti vi è un unico punto di origine della duplicazione, mentre nelle cellule eucariote ve ne sono
molti in ogni cromosoma: lungo i cromosomi lineari eucarioti, la duplicazione si verifica a mano a mano che la bolla si propaga
nelle due direzioni fino a incontrare una bolla adiacente.
Di conseguenza, nel momento in cui tutte le bolle si sono fuse tra loro lintero cromosoma
Sara stato duplicato
Proteine leganti il singolo filamento (single-strand binding proteins, SSBP) Impediscono che i due filamenti si associano
tramite la formazione dei legami ad idrogeno tra le basi
•DNA POLIMERASI (enzima) sintetizza il nuovo filamento di DNA utilizzando come stampo uno dei due filamenti
Problema: La DNA Polimerasi non può sintetizzare nucleotidi ex novo ma può solo aggiungere nucleotidi ad un filamento
preesistente ed allungarlo
•RNA PRIMASI→ enzima che crea un piccolo frammento di RNA chiamato PRIMER (o Innesco del filamento) che viene
allungato dalla DNA-Polimerasi.
- La Primasi aggiunge nucleotidi con una estremità 3-OH libera che sarà allungata dalla DNA polimerasi
N.B. serve sempre l'rna primasi che serve a far partire la replicazione della dna polimerasi, e senza di essa la polimerasi non
troverà il sito a cui agganciarsi per costruire il nuovo filamento .

LA NATURA ANTIPARALLELA DEL DNA COMPLICA IL PROCESSO DI REPLICAZIONE:

II DNA risulta essere formato da due filamenti complementari che presentano orientamento opposto
- Una direzione 3'-5'
- Una direzione 5'-3'
• La DNA polimerasi si lega al 3-OH Libero del primer e si muove solo in direzione 5'-3'
(direzione del nuovo frammento) perché la polimerasi catalizza il legame di un nuovo nucleotide all'estremità 3'
• La DNA-Polimerasi crea una copia complementare del filamento di stampo su cui scorre

* Un punto importante da ricordare è che i nucleotidi si vanno ad aggiungere al nuovo filamento in accrescimento solo
all'estremità 3', quella dove il filamento di DNA presenta un gruppo ossidrile libero sul carbonio 3' del desossiribosio terminale
• il nuovo nucleotide trifosfato si lega al gruppo OH in 3' del nucleotide del filamento in crescita, mediante un legame fostediestere
Questi nucleotidi sono presenti nella cellula e posseggono inizialmente 3 gruppi fosfato (Desossiribonucleotidi Trifosfato ANTP):
nel momento dell'inserimento l'enzima DNA polimerasi spezza il legame tra il 1° e 2°
gruppo fosfato con il distacco di due gruppi fosfato, La rottura di questo legame fornisce energia per unire i nucleotidi

• Il processo di replicazione avviene contemporaneamente su entrambi i filamenti di DNA ma l'orientamento dei filamenti
influenza il meccanismo di replicazione e perciò sarà diversa su i due frammenti
.
Poiché la DNA-Polimerasi aggiunge nucleotidi solo in direzione 5’-3' si avrà che:
• Sul filamento 3'-5° LA SINTESI DEL DNA PROCEDE NELLA DIREZIONE DELLA REPLICAZIONE
si avrà la sintesi del Filamento Continuo (o Leading).
Cresce di continuo in avanti (cioè è orientato in modo che possa crescere con continuità alla sua estremità 3’ man mano che la
forcella si apre) Per la sintesi del filamento guida è necessario un solo primer

• Sul filamento 5'-3 PROCEDE IN DIREZIONE OPPOSTA (LAGGING STRAND)

la sintesi avverrà in modo discontinuo (Filamento Lagging)
cresce «all’indietro» in frammenti corti e intervallati da spazi;
la dna polimerasi costruirà questo filamento partendo da piccoli pezzi discontinui che vengono chiamati frammenti di Okazaki. I
frammenti vengono poi uniti da DNA ligasi.
Ogni frammento di Okazaki richiede un suo proprio primer sintetizzato da una primasi.
Sono sintetizzati allo stesso modo del filamento guida, per addizione di nucleotidi uno alla volta all’estremità 3’ del filamento, ma
la loro sintesi è diretta in direzione opposta.
La dna polim aggiungerà una serie di basi nella direzione 5' 3' esattamente la direzione opposta alla quale si sta aprendo l'elica,
fino a quando il filamento viene duplicato;

• Il motivo per cui una catena di DNA viene replicata in modo continuo mentre l'altra in modo discontinuo dipende :
➢ dalla direzione della DNA-Polimerasi (come abbiamo visto, 5’-3’)
➢ dalla direzione in cui si apre il DNA: la DNA-Elicasi apre l'elica in un'unica direzione cioè 3'-5'
Quindi
• Quando la DNA-Polimerasi scorre sul filamento 3'-5' essa non troverà mai la forca chiusa in quanto l'Elicasi e la Polimerasi si
muovono nella stessa direzione
• Per il filamento 5-'3' il movimento della forca è opposto a quello della direzione in cui il filamento è sintetizzato.

IMPORTANTE
NB: La DNA-Polimerasi effettivamente scorre in direzione
3’-5’ considerando il suo movimento sul filamento master.
Ma l'attività polimerasica avviene in direzione 5'-3

LA DNA-Polimerasi inizia a scorrere sul filamento 5'-3' ma la forca si sta aprendo in direzione 3'-5'.
Quindi la DNA-Polimerasi troverà sul filamento Lagging la forca che ancora si deve aprire e dovrà attendere che si apra.
Quando si apre si deve staccare e rimettere a sintetizzare da dove si era interrotta.

l'enzima Esonucleasi rimuove tutti i primer di DNA da entrambi i filamenti e lo rimpiazza aggiungendo delle basi azotate del DNA,
per riempire le lacune lasciate dai primer rimossi. Infine Il legame fosfodiestere finale è compiuto dagli enzimi di DNA ligasi che
sigillano i frammenti Okazaki, rendendo continuo il filamento ritardato.
Quando la replicazione è completata entrambi i filamenti sono composti da solo dna

•Esonucleasi: Elimina gli inneschi di RNA aggiunti dalla RNA-Polimerasi da entrambe le catene di DNA
• DNA-Polimerasi: Rimuove il vecchio primer e lo sostituisce con nuovo DNA, lasciando un piccolo stacco dovuto all'assenza
del legame fosfodiesterico terminale fra due frammenti di Okazaki adiacenti.
•DNA-Ligasi La formazione di questo legame è poi catalizzata da un altro enzima, la DNA ligasi, che unisce i frammenti
producendo un filamento lento completo
Lega i vari nucleotidi dei Frammenti di Okazaki tramite legami fosfodiesterici, ricavando idrolisi dal'ATP

: man mano che i nuovi nucleotidi si appaiano con il DNA stampo, vengono uniti covalentemente attraverso legami fosfodiestere
PROOFREADING: meccanismo di correzione delle bozze
• Durante la replicazione è possibile che vi siano degli appaiamenti errati tra nucleotidi che devono essere corretti per evitare
mutazioni genetiche
Il Meccanismo di correzione delle bozze corregge gli errori a mano a mano che la DNA-Polimerasi scorre lungo il DNA
• Con Proofreading si intende la capacità di riconoscere e correggere gli errori durante la replicazione da parte della
DNA-Polimerasi
DNA-Polimerasi sono dotate di attività Esenucleasica in grado di rimuovere nucleotidi dai filamenti di DNA
• La DNA-Polimerasi può muoversi ed avere attività sia in direzione 5'-3' (Polimerizzazione)
che 3'5' (Proofreading) solo per correzione e non per aggiunta di nucleotidi

A meno che non sia presente l’enzima telomerasi, un piccolo segmento alla fine di ciascun telomero viene perso ogni volta che il
DNA si replica.
TELOMERI
• Il Telomero è la porzione finale del cromosoma composta da DNA altamente ripetuto.
Nella specie umana, la sequenza del telomero è TTAGGG, ripetuta circa 2500 volte. A questi telomeri la replicazione del DNA
tratti ripetuti si legano speciali proteine che mantengono stabili le estremità del cromosoma.

• Funzioni:
• Proteggere le terminazioni dei cromosomi: se non vi fossero i comporterebbe il rischio di una significativa perdita di informazioni
ad ogni replicazione
•Impedisce la fusione dei Cromosomi
• Determina in alcune cellule il fenomeno della Senescenza
• Proteggere dall'invecchiamento e dal cancro
Nei cromosomi umani, a ogni ciclo di duplicazione del DNA e divisione cellulare, il DNA telomerico può perdere da 50 a 200
coppie di basi; perciò, dopo 20. 30 divisioni, i cromosomi non sono più capaci di partecipare alla divisione cellulare, e la cellula
muore
• Dato che ad ogni processo replicativo i telomeri vengono persi, i telomeri si accorciano
• Persi tutti i telomeri, la cellula perderà informazione genetica; a causa di questo «processo di invecchiamento» la cellula andrà
incontro ad un caos genetica a morte cellulare
 La lunghezza dei telomeri può essere definita come orologio biologico della cellula;
più si accorciano più la cellula sta invecchiando

• II filamento lento è sintetizzato con filamenti discontinui, che iniziano tutti con un innesco a RNA.
• fine replicazione: il filamento è duplicato in maniera incompleta.
Quando l'ultimo innesco a RNA è rimosso vi sarà una lacuna all'estremità 5'
la DNA polimerasi non ha alcun innesco a cui agganciarsi per riempire il vuoto.
•il nuovo cromosoma presenta a entrambe le estremità un pezzetto di DNA a filamento singolo.
* Si attivano dei meccanismi che tagliano via la porzione a filamento singolo, insieme a una parte a filamento
doppio.
→Di conseguenza, a ogni divisione cellulare, il cromosoma si accorcia

-La perdita dei telomeri spiega in parte perché le cellule non durano per tutta la vita dell'organismo.
Eppure alcune cellule che continuano a dividersi, come le cellule staminali del midollo osseo e le cellule produttrici dei gameti,
conservano il loro DNA telomerico, ma anche le cellule tumorali

TELOMERASI
è un enzima che ha una sequenza ad RNA complementare alle sequenze ripetute dei telomeri.
Catalizza l'allungamento del filamento paternale
•La Telomerasi è formata da due porzioni:
•Parte proteica: Trascrittasi Inversa cioè enzimi capaci di trascrivere DNA da una porzione di RNA
•Parte formata da RNA (non proteica) è complementare ai telomeri e viene utilizzata come base per allungare il filamento master

• Ora che il filamento master è più lungo, c'è più spazio per richiamare una Primasi che innesca il primer di RNA e
successivamente la DNA-Polimerasi che allunga il telomero
Aggiunta degli istoni al DNA in fase di duplicazione (collegate al nucleosoma!!)

Sulle due eliche che si stanno duplicando sono prima aggiunti i tetrameri di H3 e H4 a opera di uno chaperon istonico (CAF-ASF)
Successivamente vengono aggiunti i due dimeri H2A-H2B a opera di un altro chaperon istonico (NAP1) A

recap: 2 problemi:
Stress torsionali → DNA topoisomerasi
Accorciamento delle estremità dei cromosomi lineari→ Telomerasi

Dal dna alle proteine : trascrizione e traduzione

Espressione Genica processo attraverso cui l’info di un gene è convertita in una macromolecola funzionale
• Gene → Unità funzionale degli organismi viventi. Tratti di DNA con info necessarie per costruire proteine.
segmento di DNA che, insieme alla sua porzione regolativa, codifica per una molecola di RNA funzionale
CAMBIO LINGUAGGIO
Geni -> mRNA maturo che è uscito dal nucleo
Acido Nucleico-> nucleotidi
Proteina-> amminoacidi

IL DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA MOLECOLARE

1958,Crick
1. In che modo l'informazione passa dal nucleo al citoplasma?
1 ipotesi del messaggero
Crick propose che da un filamento di DNA di un particolare gene si formasse per copia complementare una molecola di RNA.
• L'RNA messaggero o mRNA si sposta poi dal nucleo al citoplasma dove, a livello dei ribosomi, serve da stampo per la sintesi
delle proteine.Il processo con cui si forma questo RNA si chiama trascrizione
2. Che rapporto hanno un molecola fatta da nucleotidi con una fatta da amminoacidi?
2 ipotesi adattatore
Per spiegare in che modo una sequenza di DNA si trasforma nella sequenza di amminoacidi di un polipeptide,
.La molecola adattatrice si lega a un amminoacido e riconosce una sequenza di nucleotidi su mRNA
• L'adattatore, riconosce il messaggio genetico di mRNA e allo stesso tempo trasporta specifici amminoacidi. E' in grado così di
tradurre il linguaggio del DNA in linguaggio delle proteine
Tale molecola adattatrice è l'RNA transfer, o tRNA

DOGMA CENTRALE DELLA

BIOLOGIA
Ad ogni gene corrisponde una
proteina e questa proteina è la diretta
espressione del gene

STRUTTURA E FUNZIONE DI RNA

I ribonucleotidi sono nucleotidi che presentano una composizione simile ai
Deossinucleotidi:
• Zucchero: Ribosio invece del Deossiribosio
• Gruppo fosfato: come DNA
• Basi Azotate.
A - G - C uguali alla molecola di DNA
A-U Uracile-Adenina (invece di A-T)

•RNA: La polimerizzazioni dei ribonuleotidi forma l'Acido Ribonucleico che è costituito da un singolo filamento

STRUTTURA E FUNZIONE DI RNA

I’ RNA, pur essendo a filamento singolo, può ripiegarsi su se stesso e assumere forme complesse in seguito a un appaiamento di
basi intramolecolare. Esistono diverse classi di RNA, ognuna delle quali svolge funzioni specifiche. Le principali sono:
1. RNA Messaggero (mRNA)
«'intermediario» che porta una copia delle informazioni di un tratto di DNA ai ribosomi. La sua caratteristica più importante è la
sequenza lineare.
2. RNA Ribosomiale (rRNA):
entra a far parte dei ribosomi e permette di realizzare la sintesi proteica. Ha quindi un ruolo strutturale e funzionale
3. RNA Transfer (tRNA)
è «l'adattatore» che porta gli amminoacidi ai ribosomi e li colloca nella posizione corretta grazie a una
precisa e complessa struttura tridimensionale
Traduce l'info contenuta nella sequenza dei nucleotidi di mRNA in una sequenza di amminoacidi

MECCANISMI DI REGOLAZIONE GENICA

I meccanismi di controllo dell'espressione genica agiscono sui livelli attraverso cui l'informazione si trasmette:
• Genomico o Pre-Trascrizionale
• Trascrizionale
• Post-Trascrizionale
• Traduzione
• Editing post traduzionale

ORGANIZZAZIONE FUNZIONALE DEL GENOMA

Nella cellula Eucariota il DNA non si trova libero nel nucleo ma complessato a proteine:
il complesso DNA-Proteine si chiama Cromatina
• Cromatina: complesso nucleoproteico stabile comprendente DNA e proteine acide e basiche (principalmente istoni); a essa
sono associati alcuni enzimi e molecole di RNA.
unità fondamentali della cromatina→ sono i NUCLEOSOMI i, formati dall’unione degli istoni al DNA

ISTONI
• Gli istoni sono proteine che legano il DNA: questo si avvolge attorno agli istoni in modo tale che il complesso DNA-Proteine
ripieghi su se stesso formando una struttura compatta

ORGANIZZAZIONE FUNZIONALE DEL GENOMA

• Il legame tra gli Istoni e il DNA è dovuto alla diversa carica elettrica o alla basicità o acidità della struttura
Gli istoni sono proteine cariche positivamente (Basiche) che legano il DNA che è carico negativamente (Acido)
Tra istoni <-> DNA si vengono a creare delle attrazioni elettrostatiche

Secondo il modello di Watson e Crick ogni cellula dell'organismo contiene circa 2 metri di DNA (diametro del nucleo medio 5-10
pm)
Funzione: Compattare e avvolgere i lunghissimi filamenti di DNA in modo da poterli contenere nel ristretto spazio nucleare.

AVVOLGIMENTO DELLA CROMATINA

• Primo Livello
Nucleosoma: Unità fondamentale della Cromatina. (10nm)
Avvolgimento del DNA intorno ad un ottamero istonico
• Secondo Livello
Solenoide: Istone H1 va a legarsi al DNA-Linker, una regione di DNA non legata a nessun istone
Funge da Ponte tra un nucleosoma e quello successivo
Questo permette un maggior ripiegamento e avvicinamento degli ottameri

• Terzo Livello: fibra da 300mm

la fibra da 30 nm può compattarsi contorcendosi su se stessa grazie a delle particolari proteine delle Condensine
• 4° Livello: Fibra da 700 nm
• compattamento ulteriore è dovuto ad un ripiegamento del complesso proteico
- Ciò determina una fibra più spessa ma più corta
• quinto Livello: Fibra da 1400m
IL DNA raggiunge il massimo grado di compattamento durante la metafase della mitosi spiralizzandosi in una fibra da 1400m
nota come
Cromosoma
In questo stadio è completamente inattivo a livello trascrizionale

La trascrizione di un gene eucariotico dipende quindi dalla struttura della cromatina; attraverso un processo chiamato
rimodellamento della cromatina.
La capacità di addensamento della cromatina
permette il legame di Strutture proteiche che consentono la regolazione genetica
• Si distinguono, in base alla capacità della cromatina di essere trascrizionalmente attiva o no :
→ l’Eucromatina: Cromatina meno condensata che consente la regolazione genetica e quindi la trascrizione e la successiva
traduzione
→ l’ Eterocromatina: Componente più condensata che non consente la trascrizione ma solo la replicazione

La regolazione a livello Genomico avviene a livello del DNA prima che questo venga trascritto( Pre-Trascrizionale). La
regolazione genomica avviene mediante modifiche epigenetiche
• Le modifiche epigenetiche possono riguardare:
METILAZIONE DEL DNA
• Aggiunta di un gruppo metile (CH3) ad una Citosina in corrispondenza del Promotor
• La presenza di molti gruppi metile sul promotore di un gene silenzia la trascrizione ma la demetilazione può indurre la sintesi
proteica.
• Si determina la variazione dell'espressione genica in quanto
Il macchinario della trascrizione non riesce a legarsi al Promotore
L'aggiunta del gruppo metile al DNA aumenta il compattamento della cromatina impedendo la trascrizione

MODIFICAZIONE DEGLI ISTONI

consiste nell'aggiunta di gruppi funzionali in siti Amminoacidici che compongono le proteine Istoniche
• Metilazione: - aumenta il legame tra Istone e DNA - compatta il DNA rendendolo Trascrizionalmente Inattivo
• Acetilazione: - Diminuisce il legame tra Istone e DNA - Rilassa il DNA rendendolo Trascrizionalmente Attivo

2. REGOLAZIONE TRASCRIZIONALE
La trascrizione differenziale dei geni è uno dei modi con cui gli eucarioti variano la quantità di proteine prodotte a seconda delle
necessità cellulari: è possibile grazie all'esistenza di particolari sequenze di DNA che legano specifiche proteine La regolazione
non agisce direttamente sul DNA ma sul complesso di Trascrizione

Sequenze Regolatrici:
si trovano a grande distanza dal Promotore
Hanno il compito di regolare la trascrizione del gene: Tali sequenze si legano a Proteine Regolatrici che influenzano il
Macchinario Trascrizionale.
Queste sequenze sono
→Sequenza Enhance(Amplificatori): Legano Proteine attivatrici per stimolare l'attività del Complesso di Trascrizione e di
incoraggiare la trascrizione
→ Sequenze Silencer (Silenziatore): Arrestano la trascrizione in seguito legami con Repressori Proteici

• Ad ogni sequenza regolatrice possono legarsi sia attivatori che repressori

• Se un gene lega più attivatori che repressori verrà trascritto se invece lega più repressori non verrà trascritto
• I Fattori di Trascrizione sono importanti perché permettono di fare un bilancio tra l'attivazione e la repressione di un gene tale da
decidere se il gene verrà trascritto oppure no
 TRASCRIZIONE
• processo mediante il quale l'info contenuta in un gene viene copiata per formare una molecola di RNA
• è processo di sintesi dell'RNA con lo scopo di «trascrivere» il messaggio di un segm. di DNA (un gene) in una molecola di
RNA complementare, per questo motivo tale molecola è chiamata trascritto
Lo stesso processo è responsabile della sintesi del tRNA e dell'RNA ribosomiale (rRNA).
Anche questi RNA sono codificati da geni specifici

trascrizione
Il processo è determinato principalmente dalla
RNA-Polimerasi;
enzima che catalizza la formazione di una molecola di RNA partendo da una filamento di DNA
* ll processo avviene nel nucleo con la formazione di un RNA Messaggero
• La trascrizione è caratterizzata da tre fasi:
- Inizio
- Allungamento
-Terminazione

ELEMENTI DEL GENOMA EUCARIOTICO e FASI DEL PROCESSO DELLA TRASCRIZIONE

-Promotore:
Regione di DNA costituita da specifiche sequenze alle quali si lega RNA Polimerasi per iniziare la trascrizione il promotore. Se
non viene trascritto serve solo da Ancoraggio
L'inizio richiede un promotore(o primer). Almeno 1 promotore per ogni gene (nei procarioti, per ogni serie di geni)
I promotori sono importanti sequenze di controllo che:
-funzionano un po' come i segni di punteggiatura, stabiliscono come leggere la sequenza di parole di una frase
-«dicono» all'RNA polimerasi:
1,da dove far partire la trascrizione,
2.quale filamento del DNA trascrivere
3. in quale direzione procedere.

LE SEQUENZE CONSENSO: si trovano a livello del promotore e sono coinvolte nel riconoscimento dell'RNA polimerasi e nella
Separazione delle Eliche.
Una parte di ogni promotore è il sito di inizio, dove incomincia la trascrizione
-Sito di Inizio della Trascrizione: Sequenze di nucleotidi a livello del quale inizia la Trascrizione
FATTORI DI TRASCRIZIONE
Prima sul cromosoma si devono associare varie proteine regolatrici dette fattori di trascrizione
Successivamente l’RNA polimerasi degli eucarioti si lega al DNA

• 1^ fattore di trascrizione si lega al TATA box, cambiano la sua forma e del DNA, favorendo il legame di altri fattori di trascrizione
(tra cui ['RNA polimerasi) che formano il complesso di trascrizione.

• Fattori di Trascrizione:
-Proteine che cooperano con RNA-Polimerasi per dare inizio alla trascrizione.
- Aiutano I'RNA polimerasi a posizionarsi correttamente sul promotore.
- Si forma un vero e proprio apparato di Trascrizione.

TRASCRIZIONE
1.INIZIO
RNA-Polimerasi si lega al promotore e viene stabilizzata grazie ai fattori di trascrizione
• Scorre lungo il promotore fino ad arrivare al Sito di inizio della replicazione
• A livello del sito di inizio i legami ad Idrogeno del DNA vengono spezzati ed inizia la Trascrizione
• Primer→Si aggiunge un primer che determina il punto da cui parte l'allungamento.
• A differenza della Replicazione, è la Polimerasi stessa che aggiunge il Primer e lo allunga

2.ALLUNGAMENTO
• RNA - Polimerasi si muove lungo il filamento di DNA aggiungendo via via nuovi nucleotidi
• I nucleotidi vengono assemblati nell'RNA in direzione 5 -> 3' ( Direzione del nuovo filamento) via via che l'enzima legge il
filamento stampo del DNA in direzione inversa da 3' a 5'
• A differenza della Replicazione, nella trascrizione viene trascritto solo uno dei due filamenti
• La composizione in basi di RNA è complementare a quella della catena di stampo a DNA fatta eccezione per la presenza di
Uracile al posto della Timina

3.TERMINAZIONE
• L'allungamento della catena continua fino a che l'enzima incontra una un'altra sequenza segnale cioè la
Sequenza di Arresto o Terminatrice ( Terminators) che bloccano la sintesi di RNA marcando i punti in cui termina la trascrizione
• A questo livello la polimerasi si ferma e rilascia sia lo stampo di DNA che la catena di RNA appena prodotta

TIPI DI RNA POLIMERASI EUCARIOTICHE

• Nella trascrizione eucariotica, la maggior parte degli RNA è sintetizzata da una delle tre RNA polimerasi, enzimi presenti in tutte
le cellule. Le tre RNA polimerasi differiscono per i tipi di RNA che sintetizzano.

RNA polimerasi l <->rna ribosomiali 28s 5.8s 18s

catalizza la sintesi di vari tipi di molecole di RNA, che sono componenti dei ribosomi;
RNA polimerasi Il
Catalizza la produzione degli mRNA che codificano le proteine;
Geni codificanti proteine (mRNA), geni per piccoli RNA nucleari e nucleolari (snRNA e snoRNA), geni per microRNA e RNA delle
telomerasi
RNA polimerasi III
Catalizza la sintesi dei tRNA e di una delle molecole di rRNA
Geni per RNA transfer, RNA ribosomiali 5S, alcuni piccoli RNA nucleari (ad esempio snRNA U6) e piccoli RNA citoplasmatici
(scRNA)
 IL GENOMA EUCARIOTE
molti geni che codificano proteine contengono anche sequenze non codificanti, dette introni, intercalate ai tratti codificanti che
sono chiamati esoni.
I geni formati da esoni e introni sono chiamati geni interrotti; ognuno di essi inizia e finisce con un esone
- Si dedusse che gli introni possono essere trascritti inizialmente nelle molecole di RNA (chiamato pre-mRNA) non ancora
elaborate, ma i segmenti di mRNA corrispondenti agli introni sono eliminati prima della traduzione.
•il DNA eucariotico viene trascritto interamente copiando sia gli esoni che gli introni:
si viene a formare quindi un mRNA immaturo ( pre-mRNA)

PROCESSI DI MATURAZIONE DELL’ mRNA

La catena di RNA trascritta direttamente dal DNA (chiamata trascritto primario) deve subire alcune modifiche prima di diventare
RNA messaggero maturo.
• 1^ modifica: avviene durante la sintesi della catena di RNA
• 2^ modifica:è lo "splicing e consiste nell'unire tra loro i tratti di catena codificanti chiamati esoni eliminando
alcuni tratti chiamati introni.
•3^ modifica: consiste nel sintetizzare una lunga coda poli(A) alla fine della catena, all'estremità

3. REGOLAZIONE POST-TRASCRIZIONALE
comprende tutti quei meccanismi di maturazione e modifica del pre-RNA messaggero che portano alla formazione
dell'mRNA maturo:
- Cap al 5' - Coda Poli-A -Splicing
• Tutti questi meccanismi di maturazione consentono il passaggio dell'RNA messaggero maturo dal nucleo al citoplasma
tramite i pori nucleari. Questi ultimi fungono da controllori permettendo il passaggio solo della molecola matura a livello del
citoplasma in modo tale che questa venga tradotta

3. regolazione post-trascrizionale
SPLICING ALTERNATIVO
Data la scoperta dello Splicing alternativo viene abbattuta l'idea generale «un gene-un enzima» in quanto in un solo gene
diversi processi di splicing possono andare a formare proteine diverse.
Lo splicing alternativo permette di ottenere proteine diverse a partire dallo stesso pre-mRNA
Micro-RNA
• Piccoli RNA che regolano l'espressionegenica
• Capaci di legarsi a degli specifici mRNA target promuovendo la degradazione oppure una ridotta traducibilità
• Lo scopo degli mi-RNA è quello di evitare una over espressione delle proteine
quindi
dopo che l’mrna è stato trascritto ancora non è maturo, e quindi non funzionante; servono delle modifiche post
trascrizionali che attivino e che rendino questo mrna maturo e quindi funzionante. Queste modificazioni sono 3
maturazione dell’mRNA MODIFICHE
1.1.CAP al 5’ coda Poli-A
l’aggiunta di una guanina sull’estremità 5’ del mrna e un'aggiunta di poliA (quindi una serie di adenine) sulla posizione 3’
• il pre-mRNA che si viene a formare deve subire dei processi di maturazione
• Cap al 5': Durante a trascrizione si aggiunge all'estremità 5 una cap (cappuccio) formato da Metilguanosina.
CAPPING -> "cappuccio" di 7- METIL GUANOSINA al 5- terminale
- riconoscimento e l'aggancio appropriato dell‘mRNA AL RIBOSOMA. - stabilità l‘mRNA
• Funzioni→ proteggere l’mrna dalla degradazione
• Coda Poli-A: aggiunta all'estremità 3' formata da sequenze di adenina detta Poliadenazione
Favorisce l'esportazione dal nucleo verso il citoplasma
POLIADENILAZIONE -> poliA - terminazione della trascrizione, - trasporto dell‘mRNA fuori dal nucleo cellulare - traduzione
Anche alcuni mRNA procariotici sono poliadenilati

dopo di che c’è bisogno dello splicing perchè quando l’mrna viene trascritto, vengono trascritte anche delle sequenze
nucleotidiche non codificanti detti introni, mentre gli esoni sono quelle codificanti
l’rna polimerasi quindi l’rna polimerasi trascrive l’rna in modo continuo includendo anche le basi che non codificano e quindi c’è
un problema : non è funzionante perche ci sono delle basi che non codificano allora serve lo splicing
…uscita dal nucleo
2. splicing
significa taglia e cuci. tagliano gli introni e legano insieme gli esoni, cosi da avere un mrna maturo.
C’è quindi lo spliceosoma→che è un complesso di proteine che tagliano gli introni e ricucionoo insieme gli esoni cosi da avere un
mrna maturo
quindi lo splicing consiste nell'unire tra loro i tratti di catena codificanti chiamati esoni eliminando alcuni tratti chiamati introni.
- Prima che lasci il nucleo gli introni vengono rimossi e gli esoni saldati per formare I'RNA Messag. Maturo

• Spliceosoma Il processo di splicing avviene tramite questo complesso proteico che taglia gli introni alle due estremità

Trascrizione nei Procarioti

I geni batterici sono rappresentati da una sequenza ininterrotta che codifica per una o più proteine.
NEI PROCARIOTI TRASCRIZIONE E TRADUZIONE AVVENGONO CONTEMPORANEAMENTE NEL COMPARTIMENTO
CITOPLASMATICO
procarioti —> enzima multimerico RNA POLIMERASI + FATTORE Σ (sigma) (riconoscimento del promotore) + FATTORI DI
TRASCRIZIONE. NEI PROCARIOTI È PRESENTE UNA SOLA RNA POLIMERASI.

Gli ANTIBIOTICI sfruttano il fatto che la trascrizione e la duplicazione

del DNA dei procarioti è diversa rispetto a quella degli eucarioti. Si
avvalgono di queste diversità per fare in modo di danneggiare i batteri
patogeni senza però danneggiare le nostre cellule. Esempi:
• CLORAMFENICOLO: inibitore della sintesi proteica batterica ma non
di quella
eucariotica
• SULFAMIDICI: inibitore del metabolismo
(ANCOMICINA: inibitore della sintesi della parete cellulare
ISONIAZIDE: inibitore della funzione della membrana cellulare
• RIFAMPICINA: inibitore della funzione o della sintesi degli acidi
nucleici

IL CODICE GENETICO
consente la traduzione dal Linguaggio dei Nucleotidi al Linguaggio degli Amminoacidi
Il messaggio contenuto nel DNA deve essere decodificato per sintetizzare una determinata proteina.
• sintesi proteica: l'info contenuta nella sequenza di nucleotidi convertita in una sequenza di amminoacidi.
TRADURRE
il messaggio di mRNA ( linguaggio di 4 nucleotidi) <-> in una proteina ( scritta con linguaggio di 20 nucleotidi)
—------
NIRENBERG E MATTHAEI —--> LA DECIFRAZIONE DEL CODICE
•obiettivo: capire come la sequenza nucleotidica del DNA abbia le istruzioni per la sintesi delle proteine
• metodo:

PROCEDENDO IN QUESTO MODO FURONO TROVATE TUTTE LE 64 COMBINAZIONI PREVISTE.

—---------
• Sistema a Triplette
Il codice genetico è basato su un sistema di Triplette di nucleotidi (Codoni) che rendono possibile 64 combinazioni ( 43 ) che
sono più che sufficienti per codificare 20 amminoacidi.
• Quindi ogni tripletta (3 nucleotidi) corrisponde ad 1 amminoacido

II Codice Genetico
II DNA e l'RNA contengono 4 nucleotidi diversi, le proteine invece sono costituite da 20 amminoacidi.
Teoricamente si stabilì che solo con 3 nucleotidi era possibile codificare per un numero più che sufficiente di amminoacidi.
1 nucleotide - 4 amminoacidi
2 nucleotidi - 4^2 amminoacidi = 16 amminoacidi
3 nucleotidi - 4^3 = 64 amminoacidi questa tripletta di nucleotidi viene chiamata CODONE

CARATTERISTICHE DEL CODICE GENETICO 🧬

garantiscono la corretta traduzione dell'mRNA e una corretta formazione delle proteine

● Segnale di Inizio: codone AUG rappresenta segnale di inizio della traduzione (Codifica per la Metionina)
● Codoni di Stop -UAA - UAG - UGA (es. immagine)
Rappresentano le triplette terminali della traduzione. Determinano il rilascio della proteina completa
● E' Ridondante ( o degenerato *): gli aminoacidi sono codificati da più di un codone
esistono dei sinonimi, ovvero triplette diverse che codificano lo stesso amminoacido
● Non è ambiguo: perché un codone può codificare un solo amminoacido, cioè ha un solo significato
● E' Universale:
- Valido in tutti gli organismi tranne pochissime eccezioni
- Cioè valido per (quasi) tutti gli esseri viventi che popolano la Terra. In tutte le specie ogni codone corrisponde allo stesso
amminoacido, le uniche eccezioni sono il codice del DNA nei mitocondri e nei cloroplasti e quello di un gruppo di protisti in cui i
codoni UAA e UAG codificano per la glutammina e non per un codone di stop.

*è quasi universale
**è degenerato:

AUG (metionina) e UGG (triptofano) codificano per un singolo aminoacido

UAA, UAG e UGA non codificano per nessun aminoacido e sono dette non-senso o triplette di stop
Le mutazioni possono quindi avere un «peso» diverso proprio a causa della degenerazione del codice genetico….
MUTAZIONI
La tramissione dell’informazione genetica per la sintesi delle proteine necessita di un mediatore a singolo filamento, L’RNA
MESSAGGERO (mRNA)
questo è tanto più vero negli eucarioti in quanto il DNA si trova nel nucleo mentre la sintesi proteica avviene nel citoplasma

L’ipotesi dell’Adattatore
• Secondo l'ipotesi di Crick ,per spiegare in che modo si passasse da Acidi nucleici a Amminoacidi ci doveva essere una
molecola adattatrice, capace di legarsi in modo specifico ad un amminoacido e riconoscere la sequenza di nucleotidi su mRNA
• L'adattatore, riconosce il messaggio genetico di mRNA e allo stesso tempo trasporta specifici amminoacidi.
E' in grado così di tradurre il linguaggio del DNA in linguaggio delle proteine

IL RUOLO DI RNA TRANSFER

•traduce il linguaggio degli acidi nucleici in quello delle proteine.
- Le cellule contengono più di 20 diverse molecole di tRNA, almeno una per ciascuno dei diversi amminoacidi.
• Funzione:
- Mette in relazione l'info contenuta nell' mRNA con specifici amminoacidi
- E’ implicato nel trasferimento di uno specifico amminoacido alla catena polipeptidica nascente sui ribosomi,

STRUTTURA DI tRNA
Ogni tRNA ha una struttura a trifoglio caratterizzata da;
● Due anse ( T loop ed L loop)
● Regione CCA→ La terminazione CCA in 3' lega sempre l'amminoacido. A questo livello enzima
amminoaci-tRNA-sintetasi lega lo specifico amminoacido
Attivazione degli aminoacidi da parte della aminoacil-t-RNA sintetasi energia sotto forma di ATP
Aminoacil-tRNA sintetasi = enzima che TRADUCE il codice genetico
AA + ATP -> AA-AMP + P~P
aminoacido+ Adenosin tri fosfato=Aminoacido - Adenosin mono fosfato+pirofosfato
aminoacil-t-RNA sintetasi catalizza la reazione mediante i suoi tre siti molecolari caratteristici:
Sito 1. accoglie l’ansa del tRNA
Sito 2. alta affinità per adenina
Sito 3. affinità specifica con uno dei 20 aminoacidi

1.L’enzima accoglie nel sito 2 l’adenina dell’ATP e nel sito 3 l’aminoacido

2.Aminoacido e ATP reagiscono. Nel contempo il Sito 1 viene occupato da dal tRNA
3.L’adenina dei CAA terminale del tRNA «scaccia» l’adeninca dell’AMP e reagisce con l’aminoacido
4.L’aminoacil tRNA si libera dall’enzima e si dirige verso i ribosomi

● Regione Anticodone → Ciascun anticodone è complementare a uno specifico codone.

struttura tRNA:

RIBOSOMI 25nm
organuli di natura ribonucleica presenti in tutte le cellule e adibiti alla sintesi delle proteine. Formati da due subunità
diseguali.
Subunità minore: una molecola di rRNA
Subunità maggiore: due-tre molecole di rRNA diverse
Sintesi rRNA NUCLEOLO!
→Complessi macromolecolari immersi nel citoplasma o ancorati al RER o
contenuti in altri organuli (mitocondri e cloroplasti)
→ Sono i siti della sintesi proteica
→costituti per un terzo da Proteine e per due terzi da RNA ribosomiale
(RNA)
• Per far avvenire la sintesi proteica i ribosomi devono poter accogliere sia l'mRINA che gli
Amminoacidi: in virtù di questo le subunità presentano dei Siti di Attacco:
- Subunità Minore Presenta un sito di attacco per mRNA
-Subunità maggiore: Presenta tre siti di attacco per tRNA
Sito A. Aminoacidico
Sito P. Peptidico
Sito E, Uscita (exit)

Le due subunità si associano a formare i ribosomi solo al momento della sintesi proteica
I ribosomi si possono trovare:
Liberi nel citoplasma
Associati al versante citoplasmatico del reticolo endoplasmatico (-> ‘rugoso’)

DIFFERENZIAZIONE DEI RIBOSOMI :

Il Coefficiente di Sedimentazione
dipende dalla composizione e dal peso della molecola
Ribosomi Batterici: hanno un coefficiente di sedimentazione pari a 705 (subunità maggiore 505 minore 305)
Ribosomi Eucarioti: hanno un coefficiente di sedimentazione pari a 805 (subunità Maggiore 605 Minore 405)
“S”= coefficiente di sedimentazione, proporzionale alla Superficie che si espone al contatto con Un liquido
Va da se che mantengono insieme le due subunità formeranno un ribosoma 805 in quanto è leggermente
aumentata la superficie di contatto tra ribosoma e superficie in cui è immerso

SINTESI PROTEICA: LA TRADUZIONE

- Una volta che è stato sintetizzato l’'RNA messaggero maturo questo trasloca dal nucleo al citosol
- La sintesi proteica avviene a livello dei Ribosomi e si distingue in 3 fasi:
1. Fase di Inizio:
alla fine della trascrizione il filamento di mRNA arriva nel citosol
Fondamentale per il corretto posizionamento del ribosoma su mRNA -> riconoscimento di AUG di inizio

La 40S si lega al cappuccio e «scorre» fino a trovare il primo codoAUG

All’AUG si lega un metionil-tRNA e si ha l’assemblaggio del ribosoma
● La Subunità Minore si lega a al codone di mRNA
● tRNA
-a livello del codone AUG si lega l'Anticodone del tRNA in base alla complementarietà delle base
-trasporta l'amminoacido Metionina
-Il codone è in genere 5 -AUG-3'ed è complementare all'anticodone 3'-UAC-5' del IRNA
● Subunità Maggiore→ tRNA si lega al codone di inizio la subunità maggiore del ribosoma si unisce al complesso
Il tRNA che lega la Metionina si trova nel sito P. e si passa alla fase successiva
La combinazione fra la subunità minore, l'mRNA e il tRNA di inizio è detta complesso di inizio.

2. Fase di Allungamento
crea legami peptidici tra i vari amminoacidi per la formare la catena polipeptidica, cioè la proteina

• Sito A della subunità maggiore→ si allinea al secondo codone cioè quello successivo AUG ed agiscono i fattori di Allungamento
che porta un tRNA ( al quale è legato un amminoacido corrispondente) al secondo codone e lo inserisce nel sito A
• Legame Peptidico→ tra la Metionina e l'amminoacido corrispondente alla seconda tripletta grazie alle Reptil-Transferasi
• Spezzamento del Legame→ con l'azione della Pentil-Transferasi viene spezzato il legame tra i tRNA e la Metionina che si lega
all'amminoacido successivo. Ora nel sito P troviamo il tRNA della Metionina scarico
Scorrimento→ Il ribosoma scorre di un altro codone spostandosi in direzione 5'-3'
•Sito E → il tRNA scarico passa dal sito P al sito E
• Sito P→ Il tRNA corrispondente al secondo codone che si trova nel sito A Rassag invece nel sito
• Sito A→ Risulta essere disponibile disponibile per il tRNA corrispondente alla terza tripletta

Un aminoacil-tRNA si lega al sito A ancora libero dopo aver riconosciuto sull’mRNA il codone complementare a proprio
anticodone.
Reazione peptidiltransferasica che produce un dipeptidil-tRNA al sito A, lasciando il tRNA d’inizio al sito P
Reazione di traslocazione con rilascio di tRNA dal sito P e avanzamento del ribosoma su mRNA….così si ha un NUOVO codone
nel sito A….

• Il processo di allungamento avviene fino a quando non viene esposto nel sito A un codone di stop ( UAA-UAG-UG)
• A questo punto intervengono dei Fattori di Rilascio che spezzano i legami tra l'ultimo amminoacido e il tRNA corrispondente
• Il Ribosoma si disassembla
• Tutto il processo di sintesi proteica richiede una notevole quantità di energia fornita dall'idrolisi di ATP
Man mano che un ribosoma «scorre» sull’mRNA, altri ribosomi si portano all’inizio del messaggero dando luogo a dei POLISOMI o
POLIRIBOSOMI

POLISOMA O POLIRIBOSOMA
La sintesi proteica è un processo molto rapido che richiede pochi secondi per essere completata; la sua velocità è tale da far
fronte in ogni momento alle necessità della cellula
• Durante l'allungamento il primo ribosoma si sposta lungo l'mRNA lasciando l'estremità 5' libera. Questa può essere legata
da un altro Ribosoma
• Lo stesso filamento di mRNA può essere letto e tradotto contemporaneamente da più Ribosomi; l'insieme dei quali è detto
Polisomi.

3. Fase di Terminazione
La sintesi termina quando il ribosoma, arrivato all’estremità 3’ dell’mRNA polisomico, incontra CODONI DI TERMINAZIONE
i codoni di STOP non corrispondono tRNA, ma proteine di rilascio del citoplasma che STACCANO la catena polipeptidica dal sito
P.Il ribosoma si divide nelle due subunità tornando libero nel citoplasma
4. REGOLAZIONE POST-TRADUZIONALE
La proteina neo sintetizzata dopo il processo di traduzione deve subire un processo di Maturazione, cioè una serie di modifiche
che ne determinano la corretta conformazione
La maggioranza dei polipeptidi devono essere modificati dopo la traduzione per poter diventare proteine
Questo è necessario in quanto al termine della traduzione non presenta una Conformazione Tridimensionale

Il Processo di ripiegamento a cui vanno incontro le proteine e attraverso il quale raggiungono la conformazione tridimensionale
può essere:
• Co-traduzionale: Solitamente il processo di ripiegamento avviene in corso di Traduzione, al termine della quale la proteina
raggiunge una struttura tridimensionale
•Costitutiva: proteine che autonomamente riescono aripiegarsi
• Coadiuvato alcune proteine per ripiegarsi vengono coadiuvati di Chaperon Molecolari

DEGRADAZIONE DELLE PROTEINE

Una proteina mal ripiegata che non riesce ad ottenere una corretta conformazione, nemmeno con l'ausilio degli Chaperon, viene
mandata a degradazione in quanto non può svolgere le sue funzioni
•Ubiquitina: La proteina mal ripiegata viene legata e «marchiata» grazie all'aggiunta dell'Ubiquitina
• Proteasoma:La proteina marcata viene riconosciuta e trasportata da un complesso multiproteico che degrada la proteina
riciclando gli amminoacidi

POCHI ESONI TANTE PROTEINE

Trascrizione differenziale
Il differenziamento dipende dal fatto che ogni cellula esprime solo i geni che codificano per le sue proteine caratteristiche
• Nei procarioti serve essenzialmente per produrre le proteine di volta in volta necessarie
• Negli eucarioti è indispensabile per il Differenziamento
Anche se differenziate le cellule di un organismo pluricellulare contengono l'intero programma genetico: sono cioè geneticamente
identiche.

• Geni Domestici o Housekeeping: che codificano per proteine coinvolte in processi metabolici
fondamentali per ogni cellula vivente ( enzimi della Glicolisi). Attivi in tutti i tipi di cellule
• Geni Regolati: La loro espressione è regolata in modo che il prodotto e la sua quantità siano relazionate al fabbisogno cellulare:
Specifici per ogni tessuto