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BIOLOGIA

Canale B
Altruda-De Filippi-Turco

Introduzione
Il file che vedete comprende le parti delle tre professoresse che insegnano biologia nel primo
semestre. Purtroppo, come potrete notare, la parte di genetica molecolare non ha le immagini,
dal momento che quando lavevo fatta io, le slides erano state rese disponibili dopo che avevo
gi completato il lavoro di stesura degli appunti.
Ad ogni modo, per la parte di genetica molecolare, fatta dallAltruda, ritengo che ci sia pi o
meno tutto. Una lettura ai primi capitoli dellAlberts consigliata, soprattutto per quanto
riguarda la riparazione del DNA che a noi stata spiegata da una sua collega straniera non
esattamente chiara in italiano. Noterete, poi, che questa parte fatta in maniera schematica,
ma se seguite le lezioni potete facilmente impostarci un discorso soprattutto se vi aiutate con
lAlberts.
Seconda parte: riguarda biologia cellulare. Qui il discorso piuttosto semplice: quello che c
qui sono le parole della De Filippi, quindi si potrebbe pensare che c tutto. Effettivamente, lei
tocca tutti gli argomenti che le interessa che voi conosciate, ma non approfondisce nulla,
mentre allesame fa domande specifiche (vedi 2012-2013: illustrare i meccanismi di controllo
che avvengono in fase S del ciclo cellulare) cui ovviamente non saprete rispondere senza
laiuto dellAlberts. Purtroppo i capitoli sono parecchi e lunghi.
Terza parte: sembra strano ma tutto quello che trovate qui, ovvero le lezioni della Turco,
serve praticamente a nulla. Far una o massimo due domande di teoria (tipo: in quale fase
possiamo vedere i cromosomi omologhi al centro della cellula?) e il resto esercizi. Quindi,
questa parte lho inserita solo per completezza.
Buono studio e spero possano esservi utili,

Edoardo

GENETICA MOLECOLARE
INTRODUZIONE
Cellule procariote: no nucleo e il DNA non compartimentalizzato, ma sta nellambiente cellulare. Vivono
da s e svolgono da sole le loro funzioni.
Cellule eucariote: sono cellule molto diverse tra loro. Il DNA si trova nel nucleo, organulo separato dal
plasma. Cos si controlla lespressione genica e il DNA passa al citoplasma con lRNA. Spesso vivono in
organismi pluricellulari e si differenziano. Fin dallo zigote. Ci sono eccezioni: il lievito ( vive da solo, ma
eucariote per le altre caratteristiche) e il Dictyostelium discoideum ( vive da solo, ma in assenza di cibo si
unisce per formare una struttra a stelo e risparmiare cibo: spore).
Batteriofago/fago : infettano la cellula eucariote. Non sono in grado di prodursi il materiale per vivere e
riprodursi: si attaccono e con una lisi della parete iniettano il loro DNA e sintetizzano le loro proteine.
Virus:infettano le cellule batteriche. Come i fagi necessitano di una cellula di sponda per vivere e riprodursi.
Sono in grado di portarsi via parte del materiale genetico della cellula ospite.
Progetto genoma umano: terminato nel 2001. Nel DNA umano vi sono 3x109 bp (paia di basi) che
corrispondono a solo 25000 geni invece che 31000. Gran parte del DNA non d informazioni e anche se
soprannominata junk non inutile, ma non si sa ancora la sua funzione. Per esempio producono miRNA,
regolatori di geni.
Genoma: il DNA si riferisce ai nucleotidi, mentre genoma alla sequenza chimica di nucleotidi. I genomi
batterici sono circolari e di 4x106 bp per cellula batterica. Il genoma batterico quasi per intero coperto di
informazioni. Quello eucariotico non circolare ed costituito di cromosomi. Il 10% costituito di geni. I
fagi hanno un genoma simile a quello dei procarioti e i virus hanno un organizzazione simile a quella degli
eucarioti.
Proteine: sono pi amminoacidi legati tra loro: pi di 20. Gli amminoacidi si legano tramite il legame
peptidico e le proteine tramite ionico/idrogeno. Struttura primaria: legami peptidici. Struttura secondaria: il
ripiegamento; ad alfa-elica o foglietto-beta. Struttura terziaria: compatta ancora la proteina con legami
intracatena. Struttura quaternaria (solo per proteine con pi catene polipeptidiche): legami tra le varie catene.
Sono un gruppo eterogeneo: enzimi ( proteine responsabili delle reazioni metaboliche), i fattori
trascrizionali... Una proteina reagisce con una molecola (ligando) tramite uno specifico contatto/perfetta
interazione.
Plasmidi: sono molecole di DNA circolari o no. Di solito piccoli, circa 1x105 nucleotidi. Si trovano nelle
cellule batteriche. I geni pi importanti che danno la resistenza agli antibiotici. In ambiente sfavorevole: sono
mantenuti nelle cellule batteriche e dipende da queste per le funzioni di sintesi; oppure la cellula batterica ne
trae vantaggio. I plasmidi tramite trasmissione di geni possono passare da una cellula allaltra. Sono tra i
migliori vettori utilizzabili nella tecnologia del DNA ricombinante (scoperti gli enzimi di restrizione che
tolgono il DNA in porzioni specifiche e i vettori in cui inserire frammenti di DNA e clonarli). In cellule
batteriche grazie allinserimento di un tratto di DNA umano sono in grado di replicarsi molte volte.
Cloroplasti e mitocondri: il DNA presente in essi. Il DNA mitocondriale pi piccolo di quello genomico.
Su di esso esistono geni che codificano proteine utili al mitocondrio. Genoma circolare simile a quello
batterico.
Storia del DNA: gli acidi nucleici sono stati riconosciuti alla fine degli anni 70 dell800. Allinizio del 900
Ganod propone la teoria cromosomica delleredit. Si sapeva che le proteine erano composte da 20

amminoacidi e che il DNA da 4 nucleotidi: ecco perch si era convinti che le informazioni ereditarie fossero
contenute nelle proteine. La dimostrazione sperimentali arriv grazie ad esperimenti sui batteri: sono facili
da crescere e il loro ciclo vitale rapido. Griffith negli anni 40 cerc di scoprire quale molecola nella cellula
batterica portasse le informazioni: us batteri S ( inoculandoli in un topo questo moriva perch vi era una
tossina) e batteri R (inoculandoli in un topo sopravviveva perch non conteneva tossine). Crescendo su un
sostrato gelatinoso R e S davano origine a colonie riconoscibili. Il ceppo S veniva ucciso dal calore e nel
topo portava a non morire. Ceppo S (ucciso dal calore) + ceppo R portava lo stesso alla morte del topo
perch dei batteri sono vivi. Una parte dellinformazione ancora presente nei batteri uccisi dal calore. Nel
1944 il gruppo di Avery cerca di capire se sono proteine o DNA a portare informazione. Purifica proteine e
DNA dal ceppo S. Ceppo R+proteineil topo vive ; ceppo R+DNA il topo muore. Il DNA ripristina le
funzioni del ceppo S. Prima trasformazione: passaggio di DNA da un batterio a un altro. Nel 1952 Hershey e
Chase utilizzarono batteriofagi e marcarono selettivamente le 2 molecole componenti un fago: acido nucleico
e capside fatto di proteine poco eterogenee. Marcare= inserire un elemento radioattivo nella composizione di
DNA e delle proteine. Il DNA ricco di atomi di P (isotopo 32) e nelle proteine vi S ( isotopo 35). Inseriti
gli isotopi nella coltura i fagi diventano radioattivi. Infettati fagi non marcati e centrifugandoli, i batteri si
accumulano sul fondo e l si trova il fosforo. Con lo zolfo invece si ottiene una struttura proteica che sta
allesterno della cellula. Informazione nel DNA quindi.
Struttura acido nucleico: Watson e Crick studiarono negli anni 50 la struttura dellacido nucleico partendo
da alcuni dati:
- struttura dei nucleotidi (ribosio/desossiribosio + basi puriniche/pirimidiniche). Nucleoside: zucchero+base
azotata; nucleotide difosfato/trifosfato: idrolisi dei legami tra gruppo fosfato d energia, reazione
esoergonica.
- Chargaff not che le basi puriniche erano uguali in % a quelle pirimidiniche. %A=%T e %G=%C ;
- analisi cristallografica: periodicit della molecola. Il DNA formato da 2 filamenti posti in modo
antiparallelo. Orientamento 53 (1 nucleotide e ultimo non legati a nulla): cos si rispetta la simmetria
cristallografica.
- Nucleotidi: gli zuccheri stanno allesterno e P ancora pi allesterno. Le basi azotate stanno allinterno e
sono legate con legami a idrogeno. Lelica ha orientamento destroso. Distanza nucleotide-nucleotide= 0,34
nm ; ripetizione dellelica= 3,4 nm. I legami del DNA sono complementari e ci spiega anche come si
replica. Le sequenze A-T sono meno stabili di quelle G-C. I legami idrogeno tra nucleotidi semplificano la
duplicazione e la trascrizione del DNA.
Dimensione genoma: procarioti:
- Escherichia coli 4,64x106 geni
Eucarioti:
- Saccaromices cerevisiae 12x106 geni
- Drosophila Melanogaster 140x106 geni
- Homo sapiens 3000x106 geni
- Salamandra 90000x106 geni
DNA nucleare: tutto compattato grazie alla formazione del filo di perle. Si sfruttano gli istoni (circa 100
amminoacidi) e sono in varie classi: Hl, H2A, H2B, H3, H4. Sono proteine pi basiche del normale e tra le pi

conservative (una proteina conservata quando la sua struttura primaria poco variabile da specie a specie).
Gli istoni hanno lo scopo di contattare il DNA e dare origine al filo di perle.: queste perle sono nucleosomi
formati da DNA che avvolge le proteine istoniche. Ogni istone: il DNA fa 2 giri. In ogni sacchetto istonico vi
sono 2 proteine H2A, 2H2B, 2H3 e 2H4. Dove entra e esce il DNA dal sacchetto vi un istone H l.
Nellavvolgersi sono impegnati 146 nucleotidi. Dallavvolgimento elicoidale del filo di perle si ha la fibra
(30 nm). Essa d origine a grandi anse, basandosi su una struttura proteica. Con ulteriori e sconosciuti
compattamenti si arriva al cromosoma
DUPLICAZIONE DEL DNA
Duplicazione DNA: tutti gli organismi devono duplicare il loro DNA prima di ogni divisione cellulare. Il
ciclo cellulare procariote molto rapido ed costituito da quasi ununica fase, mentre quello eucariote ha pi
fasi: in quella S avviene la duplicazione. La velocit del ciclo dipende dal tipo di cellula: quello delle cellule
adulte normalmente pi lungo. Altre fasi:
- Fase M: fase di mitosi/meiosi
- Fase G1: dopo la divisione si ricostruiscono le strutture, gli organelli e le proteine. Alcune cellule non
vanno subito in fase M e allora restano in G1. Ecco perch una fase con lunghezza varia.
- Fase S: sintesi del DNA. Qualche ora in tutte le cellule
- Fase G2: tutte le modificazioni pre-fase M
Fase S: replicazione studiata per la prima volta nei batteri. Si passa da una molecola di DNA a due nuove
molecole identiche alloriginale. Si aggiungono desossiribonucleotidi basandosi sul principio di
complementarit: A-T e C-G. Per creare i legami fosfodiestere occorre energia. Un meccanismo che deve
essere perfetto e si suddivide in tre possibilit:
- conservativo: due molecole di DNA una del tutto nuova e laltra loriginale
- semiconservativo: due molecole di DNA con un filamento originale e uno nuovo.
- dispersiva (presto abbandonata): si presupponeva la formazione di nuove eliche con tratti di nuovo e tratti
di vecchio
Meselson e Stahl hanno dimostrato che semiconservativo.
Processo di duplicazione: la molecola che duplica un enzima che catalizza laggiunta di
desossiribonucleotidi: DNA polimerasi. Vi sono varie isoforme di questo enzima, ma le caratteristiche sono
comuni:
- non sono in grado di idrolizzare i legami idrogeno per separare i due filamenti di DNA
- tutte le DNA polimerasi hanno bisogno di uno stampo da cui copiare (deriva da unelica preesistente)
- sono in grado di allungare un filamento di DNA e RNA, ma non possono iniziare ex-novo la sintesi di una
nuova catena
- i due filamenti di DNA sono antiparalleli: 53 e 35. Tutte le DNA polimerasi catalizzano laggiunta
di un nucleotide solo allestremit 3. Quindi vanno solo in 53
- il substrato sono solo i 4 nucleotidi trifosfato

- dietro vi sono attaccate delle strutture che spingono la polimerasi a sintetizzare in modo processivo: la
struttura si dice pinza. Senza di essa procederebbe troppo lentamente
Luogo di duplicazione: il processo avviene in una forcella. La DNA polimerasi agisce solo pi in l. In un
punto i due filamenti si separano e l si ha la forcella di replicazione. Una molecola di DNA in cui i due
filamenti sono separati lungo un tratto che funge da stampo.
I due filamenti: sono sintetizzate due molecole. Quello in cui la sintesi avviene in modo continuo si chiama
filamento guida, mentre quello dove avviene in modo discontinuo filamento ritardato. Essendo la
duplicazione bidirezionale si hanno due forcelle (per procarioti no dato il DNA circolare)
DNA elicasi: si occupa di svolgere lelica a livello della forcella e rompendo i legami a idrogeno. Come un
cuneo separa i due filamenti. La sua attivit richiede idrolisi di ATP. Una delle prime proteine ad agire nella
duplicazione
DNA primasi: le polimerasi non iniziano la sintesi, ma serve un 3 libero perch si attivino. La primasi,
appunto, forma un certo tratto di RNA (una decina di nucleotidi) che linnesco. Linnesco serve per la
polimerasi che pu catalizzare laggiunta di desossiribonucleotidi. Nel caso di sintesi discontinua, la
polimerasi incontra pi primer e ricomincia pi volte la sintesi. Gli inneschi (RNA primer) sono sintetizzati
ogni 200 nucleotidi e sono eliminati successivamente da un enzima di riparazione. A rimettere insieme i vari
pezzi ci pensa la DNA ligasi che ricrea i legami fosfodiestere. Questi frammenti sono detti frammenti di
Okazaki
Proteine SSB: proteine leganti il singolo filamento, una volta che si aperta la molecola. Servono a impedire
la riformazione dellelica date le forze dei legami tra nucleotidi.
Modo di sintesi: nei batteri sono prodotti 1000 nucleotidi al secondo e negli eucarioti 100. Vi sono due
filamenti e due DNA polimerasi che procedono in versi antiparalleli. I due enzimi sono tenuti vicini da una
proteina e se per quello continuo non si pongono problemi, per quello ritardato invece, pi ci si allontana dai
due centri pi si cresce lansa.
DNA polimerasi nei batteri: sono di tipo I, II e III. Direzione 53. Attivit esonucleasica (indica lattivit
di un enzima in un tratto di DNA che trovate le estremit di un acido nucleico lo elimina; N.B. lattivit
endonucleasica degrada il DNA non dalle estremit ma dallinterno dellelica): 35(I,II eIII) e 53 (I).
Con tale attivit si correggono gli errori. Solitamente la polimerasi commette un errore ogni 10000
nucleotidi, ma alla fine della replicazione risulta solo 1 errore ogni 10 10. Quando si ha un errore lelica si
destabilizza e la DNA polimerasi degrada idrolizzando tutto ci che ha sintetizzato fino allerrore che va a
correggere per poi riprendere la sintesi: funzione detta di correttore di bozze. Tuttavia: troppe mutazioni vuol
dire danni, ma nessuna vuol dire mancanza di vita. Una percentuale di errore garantisce la variabilit. La
mutazione che blocca la polimerasi 3 porta alla morte. Vi sono 400 enzimi di polimerasi I e pochi di
polimerasi III.
DNA polimerasi in un mammifero: 53 (,,,,) ; esonucleasica 35 (,,); localizzazione nucleare
(,,,) e mitocondriale (). e servono per correggere il DNA mentre e per la sintesi: allunga i
primer e sintetizza il tratto continuo.
Lorigine della replicazione: la cellula in fase S. Nei procarioti lorigine unica, ma negli eucarioti vi sono
pi origini (pi cromosomi infatti). Vi sono 10000 origini per cromosoma per rendere rapida la duplicazione.
Il segnale dellorigine una sequenza specifica che fa capire che l avviene il processo di replicazione. Si
forma cos la bolla. Allorigine si attaccano le proteine iniziatrici. Origine ricca di A e T ( rendono pi facile
lapertura) richiama le proteine iniziatrici poi DNA con DNA elicasi e cos via...

Topoisomerasi: proteine con il ruolo di togliere gli avvitamenti dellelica di DNA quando la cellula non in
fase di mitosi: quando una matassa. Vi topoisomerasi I e II. Si legano in modo reversibile, ma covalente
al DNA idrolizzando e rompendo i legami tra nucleotidi. Questo porta allo srotolamento del DNA: dopo
questo legame covalente temporaneo si stacca e riunisce i due nucleotidi (la I). LA topoisomerasi II taglia
entrambi i filamenti di DNA e non uno. Si lega a uno dei tratti in modo covalente cos che le maglie della
catena non siano pi incatenate e poi ristabilisce il legame tra nucleotidi.
Sequenza telomerica: gli estremi di un cromosoma , dei filamenti di DNA. Sono sequenze molto ripetitive.
La telomerasi genere la sequenza ripetuta e si associa con pochi nucleotidi del telomero esposto ( 3 libero):
copia e aggiunge nucleotidi di DNA complementari al filamento. Poi si riporta di nuovo nel 3 e risintetizza
un altro tratto per molte volte. Allungato un filamento laltro si allunga in modo complementare. Queste
sequenze non codificano proteine. Senza telomerasi a ogni ciclo i cromosomi si accorciano. Molto attiva
nellembriogenesi, ma sparisce quasi nelladulto se non nelle cellule tumorali. Sono associati
allinvecchiamento e sono importanti in medicina rigenerativa: senza di essi si arriva alla non fertilit, perch
non sono rimpiazzabili.
APPROFONDIMENTO
Nobel medicina 2012: Takahashi (Nobel 2012 con Gurdon) e Yamanaka pubblicano nel 2006 un articolo
sulle cellule staminali. Preso il nucleo di una cellula dellintestino di una rana e inseritolo in un ovocellula
ancora totipotente, osservarono che lovocellula riprogrammava il nucleo di tale cellula della rana. Pubblica
dopo ulteriori studi postesperimenti del 1962 dal titolo Induction of pluripotent stem cells froma mouse
embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors. Aggiungendo 4 geni ha reso una cellula adulta
pluripotente. I geni sono: Oct , Sax 2, c-Myc e Klf4. Sono detti anche iPS (induced pluripotent stem cells).
Nessun problema etico perch una cellula adulta diventa pluripotente, ma non si prendono da un feto.
GENOMA
Genoma: si indica con tale termine lintera sequenza del DNA specificamente per lattivit delle sequenze.
Geni procarioti ed eucariotici: i primi sono colineari (trascrizione e traduzione quasi contemporanemante)
con le sequenze di RNA trascritte da quel gene. Quelli eucariotici sono detti interrotti perch sono formati da
introni e da esoni, dove i primi non codificano. Questi non hanno lunghezze standard. Il gene pi grande
quello per la distrofina che circa 2000 kbp. I geni interrotti consentono che si formino pi proteine perch
ci sono pi messaggeri che si possono dipartire. Si prendono solo alcuni esoni per codificare una proteina:
perci, un gene pi proteine (ecco perch bastano 25000 geni). Questa possibilit di produrre pi proteine
per un gene tipica del 60% dei geni.
Organizzazione genoma: i moduli funzionanti di cui sono costituite le proteine si trovano su singoli esoni o
su blocchi di esoni e questo ha fatto s che vi fossero molti rimescolamenti di domini durante levoluzione.
Un dominio codificato da alcuni esoni di un gene. Il genoma non statico: ecco perch cos tante proteine
diverse.
DNA ripetitivo: denaturato il DNA aumentando la temperatura, si procede alla rinaturazione, raffrendando la
soluzione in cui si trova: la velocit di tale processo dipende dalla quantit di sequenze uguali, ovvero i
telomeri.
Genoma mitocondriale: genoma diverso da quello nucleare e molto pi piccolo. Le sue dimensioni sono
comunque varie. Le proteine codificate sono molto conservate (uguali tra specie diverse)
Genoma procariotico: esso si organizza in operoni, ovvero unit trascrizionali codificanti: un insieme di geni
codificanti proteine posti consecutivamente e preceduti da ununica sequenza regolatoria/promoter.

Loperone attiva o inibisce lespressione genica. Negli eucarioti non ci sono perch sono pluricellulari e i
procarioti vivendo da soli devono svolgere pi funzioni in tempi brevi a seconda della necessit.
Suddivisione del genoma: 900 Mb di geni e sequenze associate suddivisi in due:
- codificanti (90 Mb): molti dei geni eucariotici sono geni singoli, ma vi sono anche delle famiglie (globine,
istoni rRNA)
- non codificanti (810 Mb): introni (senza una funzione importanti e non sono conservativi), pseudogeni
(sequenze simili a quelle geniche, ma non pi funzionanti; inattivati da mutazioni puntiformi oppure per
opera di trascrittasi inversa molecole di RNA sono rielaborate e inserite cos nel DNA, assomigliando a geni,
ma avendo struttura di RNA maturo: assorbono le mutazioni ; altro tipo di pseudogeni sono geni la cui
sequenza regolatoria perduta e non possono pi essere trascritti quindi) e regioni di controllo (sequenze
regolatorie come promoter che attivano la trascrizione).
2100 Mb di DNA extragenico (non conosciamo bene il suo ruolo) diviso in due:
- DNA unico e a basso numero di copie (1680 Mb)
- DNA ripetitivo (420 Mb): esso si suddivide ulteriormente in due gruppi:
>>>>> Ripetuto in tandem (sequenze ripetute, monotone e sono grossi raggruppamenti): minisatelliti (i pi
corti), microsatelliti e satelliti (i tratti pi lunghi). Hanno una funzione ad oggi sconosciuta/inutile: sono
amplificazione di certe sequenze per errori in certi punti del DNA. Per trascrizione sfalsata: appaiamenti
sfalsati dei due filamenti che porta a delle ripetizioni. Essi accumulano mutazioni e sono diversificate per
ogni organismo. Sono usate per il riconoscimento proprio perch ognuno di noi ha sequenze diverse da un
altro.
>>>>> Disperso (sequenze ripetute disperse per il genoma: come gli istoni): SINE (pi corte: short
interdisperded elements; esse danno origine alle Alu, sequenze tagliate dallenzima specifico Alu I : sito di
taglio riconosciuto dallendonucleasi), LINE (long interdisperded elements: pi di 1000 nucleotidi) e
retrosposoni (derivano e si comportano come i virus; sono molto mobili, il che aumenta la variabilit del
genoma)
COME AVVIENE LA TRASCRIZIONE
Trascrizione: essa si occupa di produrre tutti gli RNA necessari per la sintesi. Nei batteri, vista lassenza di
nucleo, ci avviene mentre i ribosomi traducono gi lmRNA. La membrana nucleare degli eucarioti serve
proprio a dividere le due fasi: trascrizione e traduzione.
Traduzione: sintesi di polipeptidi grazie a mRNA e ribosomi.
Riconoscimento sequenza da copiare da parte dellRNA: RNA riconosce il promoter da cui iniziare la
trascrizione. Davanti al gene da trascrivere si ha un promoter che, identificato, porta lRNA polimerasi a
cominciare la sintesi (trascrizione di RNA) in direzione 53 . La prima molecola di RNA detto primario
perch una copia perfetto del DNA (anche introni ed esoni). Aperti i due filamenti di DNA, lRNA
polimerasi continua la trascrizione fino alla sequenza di termine in cui sono rilasciati il trascritto e la
polimerasi. Tre fasi di trascrizione: inizio, elongazione e termine.
Inizio trascrizione: RNA polimerasi riconosce un segnale fatto di sequenze nucleotidiche molto affini. Un
promoter (sequenza di start) spesso contiene la TATA box, che possiedono sia procarioti sia eucarioti
(corta sequenza, ricca di T e A, a 25 nucleotidi dalla posizione +1 negli eucarioti, ovvero posizione del primo
nucleotide da sintetizzare). Alla TATA si lega la polimerasi, senza attivare la trascrizione perch servono

altri fattori. Essa stata trovata riconoscendo che diversi geni conservavano tale sequenza a una distanza
molto simile dalla posizione +1. Sequenza come la TATA box sono sequenze di consenso. La sequenza
promoter ha lunghezza varia a seconda del gene e per i procarioti sono pi brevi (rispondono solo allo stimol
attiva/inibisci) , ma per gli eucarioti sono pi lunghi e rispondono ai pi vari stimoli. La polimerasi
solitamente per riconoscere il punto di inizio scorre tutto il DNA con un legame debole, finch, trovata la
TATA box, formano un legame pi forte e iniziano la trascrizione. Il 50% ha la TATA box, il restante 50%
affidato a altre sequenze consenso.
RNA polimerasi: si occupa della trascrizione a partire da una molecola di DNA attaccandosi a una sequenza
promoter. Trascrive solo una parte del DNA. Tale enzima nei procarioti un complesso di pi unit: una
parte che si pu staccare (fattore : assiste la lettura dei segnali nel DNA per sapere dove iniziare la
trascrizione) e che si attacca al nucleo dellenzima. Quando ci avviene si ha un RNA polimerasi oloenzima:
ci significa che un enzima attivo pronto a riconoscere un promoter e a iniziare la sintesi. Sintetizzati i
primi 10 nucleotidi, si stacca.
RNA polimerasi eucariotiche: vi sono tre tipi: la I per gli rRNA, la II per mRNA (codifica la maggior parte
dei geni) e la III per i tRNA, lrRNA 5S e vari altri piccoli RNA. A seconda del tipo vi sono tipi diversi di
promoter. Importante la polimerasi II che avviene in pi tappe basandosi su pi fattori. I fattori generali di
trascrizione aiutano la polimerasi a posizionarsi correttamente sul promotore, a separare i due filamenti di
DNA e a far rilasciare la polimerasi. Essi svolgono ruoli simili al fattore sigma dei procarioti. A riconoscere
per prima la TATA box ci pensa la TBP (tata binding protein) e la TFIID che provoca un ripiegamento del
DNA. Poi si attaccano altri fattori in ordine: TFIIB, TFIIF, TFIIE e TFIIH (una delle pi importanti: contiene
DNA elicasi che consente lesposizione del filamento; aggiunge gruppi fosfato alla coda dellRNA
polimerasi (detta CTD) consentendo linizio della sintesi). Pu poi succedere che vi siano fattori
trascrizionali specifici, riguardanti particolari geni. Linsieme di tutti questi fattori che si attaccano alla
sequenza promoter insieme allRNA polimerasi forma il complesso di inizio.
Enhancer: Si possono trovare altri fattori trascrizionali dietro il gene, quindi fattori necessari per la
trascrizione di geni a opera di RNA polimerasi II. Non sempre c questa sequenza. Esso un tratto di
sequenza di DNA con fattori trascrizionali che agisce sulla polimerasi e con gli altri fattori la spinge a
trascrivere da regioni che non stanno allinizio, ma in fondo o a met. Importante regolatore che pu persino
essere ruotato senza perdere la sua funzione. Sono stati individuati per la prima volta nei virus.
Sequenze CIS e TRANS: le prime sono sequenze che agiscono in modo adiacente a TATA, mentre le
seconde si muovono nel nucleo e agiscono anche a distanza. Un CIS trascrive solo un gene, mentre un
TRANS si attacca a pi CIS.
Controllo espressione genica: i fattori spingono alla trascrizione in modo preciso per quando e dove farlo.
Partiti da un fibroblasto (cellula connettivale) e introducendo un Myo D, un fattore trascrizionale, si visto
che il fibroblasto diventava una cellula muscolare. Una cellula per la sua attivit dipende da fattori
trascrizionali.
Fase di elongazione: aggiunta di nucleotidi lungo lintera sequenza di introni/esoni fino a trovare la fine.
Fine trascrizione: conosciamo come funziona per i procarioti, ma non sappiamo se identica per gli
eucarioti. Si trovano comunque sequenze complementari tra loro che formano strutture a forcina. Queste due
parti di forcina si sovrappongono: si crea un segnale che fa staccare la polimerasi. La coppia DNA-RNA
tenuto insieme da legami U-A, molto deboli, che grazie alla forcina si rompono e consentono il rilascio del
trscritto
Tipi di RNA: vi sono tre tipi diversi di RNA:

- mRNA: si trova in qualsiasi tipo cellulare (eucarioti e procarioti). Hanno una minor struttura secondaria
rispetto agli altri RNA: infatti ha pochi ripiegamenti, cos da essere facilmente associabile e daiuto per la
sintesi. Nel filamento vi sono due estremit non codificanti: 5UTR e 3UTR. Queste si trovano prima e dopo
la zona da tradurre: infatti 5UTR finisce con AUG (sequenza di inizio) e 3 UTR inizia con UAG, UAA e
UGA (sequenze di terminazione). Si occupano di dare stabilit al filamento (lo proteggono dalle nucleasi, o
meglio RNAasi o ribonucleasi: esse idrolizzano i legami tra nucleotidi) e di effettuare la regolazione genica
(solo in alcuni mRNA). Data la poca struttura secondaria gli mRNA sono molto instabili e hanno vita molto
breve. La ragione per cui ci avviene perch gli mRNA codificherebbero una continua produzione di
proteine, anche quando queste ultime non fossero necessarie. Gli mRNA sono solo il 3% di RNA totale di
una cellula, data la loro instabilit. Una mutazione/errore nellmRNA non produce danni gravi: un mRNA
infatti non si tramanda a cellule figlie e soprattutto sono molto numerosi
- tRNA: RNA di trasferimento/trasporto, indispensabile per la traduzione. Noi conosciamo circa 40 tipi di
tRNA. E formato da uno stelo e da tre bracci.Il braccio opposto allo stelo lanticodone, una serie di 3
nucleotidi che si legano con il codone complementare di un mRNA: CCA. Tutti i tRNA hanno CCA alla fine
dello stelo per legare un amminoacido. Per esempio, il tRNA della fenilalanina ha due bracci: uno perch
contiene pseudouridina e laltro D perch contiene unaltra base, la diidrouridina. I tRNA sono lunghi da 79
a 100 nucleotidi, ma molto conservati. Lattacco dellamminoacido avviene tramite lenzima amminoaciltRNA sintetasi. Prima di potersi legare lamminoacido deve essere attivato e per questo serve AMP: si ha
adenilazione dellamminoacido che consente il legame estere con il tRNA.
- rRNA: componente strutturale dei ribosomi, molto conservata. Il ribosoma formato da due subunit che si
appaiano. Nei batteri esso ha coefficiente di sedimentazione (non si basa solo sul peso, ma anche sulla
forma) di 70S: una subunit grande di 50S con 34 proteine e 2 molecole di RNA (una di 23S e laltra di 5S) e
la minore di 30S (21 proteine e RNA di 16S). Negli eucarioti il ribosoma di 80S: la maggiore 60S (tre
molecole di RNA: una 28S, una 5,8S e laltra 5S) e la minore 40S (RNA di 18S e 80 proteine). I ribosomi
possono essere sul RER e associarsi ad un tRNA su cui legato un mRNA o si possono trovare anche nel
citoplasma. Sono molto stabili, sintetizzano proteine e sono molto attivi (quasi mai sono inattivi: ovvero le
due subunit sono sempre attaccate; quando non sono attivi le subunit dei ribosomi sono separate).
CODICE GENETICO
Codice genetico: insieme di regole e di modalit per passare da mRNA con sequenza nucleotidica alla
sequenza amminoacidica di una proteina (da non confondere con il genoma che indica linsieme delle
informazioni).
Meccanismo della traduzione: il del tRNA quello di essere un adattatore: esso infatti attacca lanticodone
allmRNA e dallaltra parte lamminoacido corrispondente. Il codice genetico afferma che a ogni tripletta
(codone) corrisponde un amminoacido. Vi sono quindi, date le 4 basi azotate, 64 possibili combinazioni.
Decifrazione codice genetico: Il codice fu decifrato da Nirenberg e Matthaei. Usando messaggeri sintetici,
partirono da una sequenza monotona: UUU UUU UUU (Poly U). Il peptide risultante era una
polifenilalanina. Poi proseguirono con sequenze semplici di Poly A (visina), Poly C (prolina) e Poly G
(glicina). Successivamente passarono a sequenze complesse: quindi, cominciarono con un Poly CA
ottenendo unalternanza di treonina (ACA) e istidina (CAC). Fecero cos per tutte le possibili combinazioni e
le uniche triplette che non codificavano erano i codoni di stop: UAA, UAG e UGA.
Propriet codice genetico: il codice genetico degenerato: pi codoni codificano per lo stesso amminoacido.
Questa caratteristica mette al riparo dalle mutazioni (varia spesso il terzo nucleotide, mentre il secondo e il
primo sono via via pi conservati: una variazione del terzo porta con minor probabilit a mutazioni). Unaltra
propriet luniversalit: la corrispondenza triplette-amminoacido universale (dimostrazione: si prende una

molecola di DNA e un ribosoma di unaltra cellula e si osserva che le proteine prodotte sono le stesse).
Leccezione quella del mitocondrio che ha 2 o 3 codoni che traducono un diverso amminoacido.
Come avviene la traduzione: avviene sui ribosomi con laiuto di vari fattori. Ha 3 fasi che si svolgono in 3
modi diversi: inizio, elongazione e termine.
- Inizio: prima di tutto la cellula deve riconoscere sullmRNA lamminoacido da aggiungere. Nei procarioti
linizio segnalato come sequenza consenso, dalla cosiddetta sequenza di Shine e Dalgarno (molto corta,
poco varia: AGG AGG U e poi AUG; la sintesi inizia con AUG che d metionina, che poi pu essere
idrolizzata). Tale sequenza lega con lrRNA 16S della subunit minore e con altri fattori si richiama la
subunit maggiore. Ad ogni modo trovato AUG si crea un legame pi forte e comincia la sintesi. Negli
eucarioti non si trovata questa sequenza: linizio trovato grazie a una modificazione chimica dellmRNA
e al suo cappuccio. A questo punto il tRNA si lega al ribosoma, alla subunit minore, dove trova AUG.
Dopodich si lega la subunit maggiore che ha 3 posizioni diverse: quello centrale con AUG il sito P,
quello verso 5 il sito E e quello verso 3 il sito P. Si forma cos il complesso di inizio che richiede idrolisi
di GTP.
- elongazione: si attaccano gli amminoacidi al peptide: ogni aggiunta ha bisogno di fattori di elongazione.
Sul sito P si ha un tRNA con un peptide legato. Sul sito A richiamato un altro tRNA con un codone che ha
gi un amminoacido sintetizzato: questo processo richiede di nuovo idrolisi di GTP. Si forma il legame
peptidico tra lamminoacido del sito P e quello del sito A. Si ha poi traslocazione da P ad E di uno, da A a P
dellaltro. Il sito A accetta ora un nuovo codone.
- fine: richiamato un fattore di rilascio della catena della catena che fa deassemblare mRNA e ribosoma.
Controllo: Un unico mRNA letto da pi ribosomi e un modo per fare un controllo vedere la frequenza di
traduzione. Si ha una sequenza consenso su AUG, o almeno vicina, che garantisce un controllo (non su tutti
gli mRNA): lo si notato per i legami pi frequenti. Questa la sequenza di Kozak che consente una
maggior frequenza di legame e quindi traduzione
Mutazioni: le mutazioni puntiformi sono alterazioni di uno o pochi nucleotidi. Vari tipi:
- sostituzione di un nucleotide con un altro: si pu avere la codificazione di un altro amminoacido. Si ha una
sostituzione Missense (cambia lamminoacido codificato, ovvero solo 1 tripletta; conseguenze anche
rilevanti: anemia falciforme; conseguenze anche minime) o una sostituzione Nonsense (si codifica uno stop;
conseguenze pi gravi: si ha o una proteina tronca o la mancanza della proteina necessaria).
- aggiunta di un nucleotide: provoca una cornice di lettura diversa che porta allo slittamento della lettura;
tutti codoni diversi a partire dalla mutazione in poi
-delezione: vedi sopra.
COSTO ENERGETICO
Costo di sintesi di una proteina: si tratta di reazioni accoppiate perch da una parte si accumula energia sotto
forma di ATP e GDP e dallaltra se ne consuma. Si chiamano endoergoniche le reazioni che richiedono
energia, esoergoniche quelle che la rilasciano. Quindi le reazioni si dicono accoppite quando combinano
questi due elementi. Ogni amminoacido aggiunto alla catena richiede 2 gruppi fosfato per legare
lamminoacido al tRNA, 1 per legare tRNA e ribosoma e 1 per la traslocazione. Ogni amminoacido sono 4
gruppi fosfato. Ecco perch necessario un sistema di regolazione quantitativa: produrre proteine molto
dispendioso e perci bisogna farlo con degli attenti controlli. Molti farmaci agiscono proprio sulla sintesi di
proteine bloccandone la sintesi.

REGOLAZIONE GENICA
Liveli di controllo: i livelli di controllo sono dversi e numerosi in un gene eucariotico. Primo livello:
controllo trascrizionale (tutte le informazioni dei geni: non tutte le informazioni sono trascritte, perch
lRNA polimerasi agisce solo sui geni attivati dai fattori trascrizionali). Secondo controllo: RNA processing
control (controllo per passare dal primario a mRNA maturo). Terzo controllo: trasporto RNA (siamo gi
fuori dal nucleo). Quarto controllo: il messaggero tradotto. Quinto controllo: degradazione di mRNA. Sesto
controllo: la cellula sceglie se attivare o meno le proteine appena sintetizzate.
Modificazioni post-trascrizionali di RNA: attraverso il processo di splicing si ottiene RNA maturo invece
che trascritto primario che aveva anche gli esoni, inutili per la trascrizione. Il trascritto primario forma quello
che per gli eucarioti si chiama hnRNA (RNA eterogeneo). Le prime prove trovate per dimostrare lesistenza
degli introni sono state trovate attraverso ibridizzazione di mRNA da DNA sintetico: due molecole o pi di
acido nucleico sono denaturate per poi essere rinaturate. Dopo di ci si not che un mRNA rinaturato e il
DNA si legavano per complementariet in alcuni punti, mentre altri rimanevano lontani perch non erano
presenti nella molecola di mRNA maturo.
Splicing: unica modificazione valida per tutti gli RNA. Il primo messo in evidenza fu quello del gene di
ovalbumina di un pollo.si formano gli spliceosomi: punti di riduzione dellRNA. Lo splicing avviene mentre
il trascritto gi in fase di trascrizione. Gli scienziati hanno trovato piccolissimi sequenze segnale/consenso
(allinizio erano cos delusi che pensavano non ci fossero perch troppo piccole) che consentono la
rimozione degli introni in punti perfetti e la saldatura tra due esoni consecutivi. Le sequenze conservate
erano infatti solo GU a 5 e AG a 3: il primo detto donatore, mentre il secondo accettore di splicing. Dopo
GU hanno trovato conservati alcuni nucleotidi (A/G AGU) , una sequenza dopo AG (U/C.N C/U) e a met
un A sempre conservato detto punto di ramificazione.
Processo di splicing: intervengono le snRNP (small nuclear ribonucleocells) formate da proteine e RNA.
Conosciamo le U1, U2, U4, U5 e U6. Sono formate da poche proteine e da molecole di mRNA complessate.
Subito interviene U1 che riconosce il sito 5 e U2 invece riconosce il sito di ramificazione rappresentato da
A. Riconosciuti i due punti si forma la struttura a cappio dove U4, U5 e U6 formano insieme lo spliceosoma
con anche U1 e U2. Ladenina della ramificazione viene riconosciuta e lo spliceosoma opera il taglio al 5 e
il primo nucleotide dellistone tagliato si lega ad A. Lesone separato si attacca allaltro pezzo e lintrone
viene rilasciato insieme alle snRNP. Vari nucleoni poi degradano lintrone. La degradazione scatenata da,
3. Meccanismo di splicing cos per ogni introne da rimuovere, ma avviene non in modo comsecutivo su
introni consecutivi (ha un suo ordine).
Splicing alternativo: dipende dal fatto che in molti casi a partire da un gene si possono produrre pi splicing
su diversi introni. stato dimostrato che se le sequenze consenso non sono attive perch mutate non si ha lo
splicing
Modificazioni sugli mRNA: aggiunta del cappuccio al 5. Si crea un legame 5 e 7-metilguanosina attraverso
un trifosfato. Negli eucarioti il cappuccio svolge lo stesso compito della sequenza di Shine e Dalgarno. Oltre
a consentire il riconoscimento del 5, esso protegge dalle nucleasi. Unaltra modificazione la coda di poliA, sintetizzata dalla poli-A polimerasi (PAP). Tale enzima aggiunge molte A al 3, con questa sequenza
consenso detta CPSF, e che si trova 30 nucleotidi prima della sequenza di A, fatta cos: AAUAAA. Prima di
tutto si opera il taglio e poi PAP aggiunge 200 nucleotidi A allestremit 3 prodotta dal taglio. Questa
poliadenilazione stabilizza lmRNA e serve per la sintesi proteica.
Esportazione mRNA dal nucleo: il meccanismo selettivo, di modo che gli mRNA inappropriati non vadano
nel citoplasma, ma siano degradati. Si esportano solo le molecole utili. Spesso si tende a purificare gli
mRNA per vedere quali hanno la coda di A o per vedere quanti non la hanno

Regolazione genica: negli eucarioti lespressione genica selettiva permette di svolgere ruoli specializzati ed
avvienea pi livelli; nei procarioti unespressione selettiva consente il risparmio di energia e il controllo
avviene soprattutto a livello trascrizionale (attivo/inibito).
Regolazione nei procarioti: vi sono i geni costitutivi (house keeping), sempre attivi e geni regolati in base al
fabbisogno. Per regolare gli enzimi vi sono vie cataboliche (distruzione) o anaboliche (sintesi) a repressione
del prodotto finale. I geni nei batteri sono sotto forma di un operone (geni diversi che servono a una via
metabolica, ma che sono regolati da ununica regione).
Lac operon: tipo di operone che ha meccanismi di controllo sia positivi (una proteina si lega e attiva i geni)
sia negativi (quando la proteina si lega disattiva i geni). Nelloperone vi sono tre geni distinti: LacZ produce
-galattosidasi (demolisce lattosio in glucosio e galattosio), LacY produce lattosio permeasi (fa passare il
lattosio attraverso la membrana cellulare) e Lac A produce transacetilasi (aggiunge gruppi acetili al lattosio).
Essendo regolato da due meccanismi esso dipende dalla presenza di lattosio e dalla quantit di glucosio. A
studiarlo per primi furono Jacob e Monod che dimostrarono che loperono attivo quando c lattosio, ma
assente glucosio (la cellula se presenti entrambi, preferisce il glucosio). I due dimostrarono che vi un gene I
a monte delloperone che produce in modo costitutivo il lac-repressor che ha affinit con una regione O
delloperone adiacente a LacZ. Quando il repressore legato il sistema spento: RNA polimerasi impedita
dal legame del repressore e dal fatto che tale proteina gli si pari davanti. Se nel mezzo di coltura c lattoso,
allora lallolattoso lega il repressore che cambia configurazione e perde affinit staccandosi dalloperone. Il
lac-repressor agisce come controllo negativo: se lega blocca la sintesi (necessario sia se manca lattoso, sia se
ve n, ma c anche glucoso, pi vantaggioso per la cellula). Invece, il controllo positivo lo fa CAP. Per
funzionare deve essere attivato tramite un AMP ciclico che porta al blocco cAMP-CAP. Quindi pi glucosio,
meno cAMP. Negli eucarioti si sono trovati pochi sistemi simili, per lo pi a controllo positivo.
Operone trp: 5 geni diversi dipendenti da una sequenza regolatoria, regolata dal triptofano. una via
biosintetica e ha funzionamento a repressione. Una sufficiente presenza di trp blocca lattivit delloperone:
infatti, si lega al repressore inibendo la sintesi.
Operone : ci sono batteri che in situazioni ambientali particolari necessitano di produrre alcune proteine.
Queste proteine, dette Heat shock, sono sintetizzate solo in base alla regolazione delloperone 32.
Solitamente, 32 si trova in basse concentrazioni, ma lalta temperatura della cellula spinge il batterio ad
aumentarne la produzione, o meglio, a interromperne la distruzione. Grazie allattivazione di questo gene il
batterio pu mantenere invariata la sua struttura anche ad alte temperature.
Attivazione di proteina: spesso le proteine sono attivate tramite fosforilazione, con legami ad alta energia. In
altri casi serve che un ligando si leghi alla proteina e solo cos si ha regolazione attiva dellespressione
genica. Un altro meccanismo quello di agire come dimero: si aggiunge una seconda subunit in modo che
si abbia attivazione della regolazione genica. Un altro caso di attivazione legato alla presenza di un
inibitore, che una volta rilasciato consente al fattore di attivarsi. Ancora un altro modo: la proteina entra nel
nucleo e cos si attiva (nel citosol era inattiva).
Bloccare la sintesi: vi possono essere situazioni in cui vi sono pi repressori e pi attivatori. In questa
situazione dipende tutto da quale dei due riesce a prevalere. Pi repressori si blocca la sintesi; pi attivatori,
la sintesi si attiva. Due siti e su uno un repressore, sullaltro un attivatore: prevale il repressore. Tutto
dipende dalla concentrazione e dalla quantit: sono indipendenti luno dallaltro.
Isolatore: gli enhancer solitamente contribuiscono allattivit di geni distanti, ma se si trova nei paraggi
lenhancer pu funzionare anche su quel gene. Esistono allora sul DNA degli isolatori, elementi frapposti fra
un gene e un enhancer per ostacolare linfluenza dellenhancer su quel gene. Gli isolatori funzionano sulla

cromatina, ovvero il DNA quando avvolto sui nucleosomi. Agisce sulleucromatina (poco condensata e
attiva) e non sulleterocromatina (molto condensata e silente).
Clusters e LCR globina: vedi http://www.treccani.it/enciclopedia/globina/
Sequenze cis e trans: Le sequenze cis sono sequenze di DNA che regolano in positivo o negativo
l'espressione di un gene, trans sono le proteine (codificate da un altro gene) che si legano alla sequenza cis.
In genere quindi una sequenza che funziona in trans vuol dire che il prodotto genico di quella sequenza va a
regolare l'espressione di un'altra sequenza, mentre cis non sono altro che sequenze promotrici .
Modi intervento fattori trascrizionali: secondo il modello di Watson e Crick il DNA a doppia elica e ha un
solco minore e uno maggiore. Molti fattori hanno affinit col maggiore. Legatosi a un fattore, il DNA cambia
forma, si ripiega... I fattori/proteine regolatrici hanno motivi strutturali differenti che riconoscono specifiche
sequenze di DNA. Ecco i principali:
- elica-giro-elica: costituito da due alfa-eliche unite da una corta catena di amminoacidi. Ad esempio il trp
repressore o il frammento CAP
- omeodominio: forma 3 alfa-eliche, sequenza di 60 amminoacidi, si occupa di fattori trascrizionali alla base
dello sviluppo
- a dita di zinco: un gruppo di amminoacidi conservati lega un atomo di zinco; allo zinco si legano sempre
con una struttra ad alfa-elica da una parte e un foglietto-beta dallaltra. Al DNA si legano con lalfa-elica,
creando un tratto continuo lungo il DNA
- a cerniera di leucine: due alfa-eliche che interagiscono tra loro e che sono tenute insieme dalle leucine. Esse
agiscono a cavallo del solco maggiore. Si pu parlare di omodimeri o eterodimeri, a seconda che le due
subunit della proteina regolatrice siano identiche o meno. Questo pu gi accadere per il legame a cerniera
di leucine. Per esempio AP-1 un eterodimero, anche Fos-Jun.
- HLH (elica-ansa-elica): una breve alfa-elica unita da unansa a una seconda alfa-elica pi lunga. Per
esempio Myo D.
RNA editing: modificazione di RNA non molto esteso. Modifica in modo stabile uno o pochi nucleotidi
dellRNA. Nelluomo pu avvenire una modificazione minima. Cio: da un codone del fegato CAA si ha
una proteina, mentre con editing in UAA si passa a una proteina diversa nellintestino. Molto frequente nei
mitocondri. A codificare il cambiamento ci pensano gli RNA guida (40-80 nucleotidi), che hanno
unestremit 5 complementare alla sequenza di unestremit della regione di un trascritto da modificare,
seguita dalla sequenza che porta i nucleotidi da inserire per la modifica. Questa variazione e la lettura di uno
o laltro promotore portano a una trascrizione diversa.
Proteine allosteriche: Proteina funzionale formata dall'unione di pi subunit uguali o di tipo diverso
(protomeri), soggetta a regolazione allosterica. Tale regolazione basata sul legame reversibile di piccole
molecole specifiche, dette effettori allosterici, in siti particolari di tali proteine (siti alloserici), diversi dal sito
attivo; tali combinazioni modificano i rapporti spaziali tra le subunit e quindi il comportamento dell'intera
molecola. Una tipica proteina allosterica l'emoglobina
Metabolismo del ferro: il ferro molto importante e i suoi livelli nelluomo vanno ampiamente regolati.
(troppo alto: effetti tossici, troppo bassi: anemia). Vi sono pertanto delle proteine regolatrici, soprattutto la
ferritina, di cui ve ne sono pi tipi, necessaria per immagazzinare il ferro. Il messaggero ha una particolarit:
la sua struttura secondaria si forma per parziale complementariet al 5 UTR. Quando vi poco ferro,
laconitasi rimane legata al 5UTR e impedisce la sintesi di ferritina. In caso di eccesso, il ferro agisce
sullaconitasi che si stacca e consente la sintesi di ferritina. Si parla di proteina allosterica. Per regolare il

ferro vi anche il recettore della transferrina, proteina per il trasporto del ferro. In questo caso al 3 si lega
laconitasi, che invece che ostacolare la sintesi, stabilizza il recettore e consente la sintesi di transferrina. Con
poco ferro il recettore attivo perch serve per recuperare pi ferro possibile, un eccesso di ferro fa staccare
laconitasi, ma in questo caso, tale situazione destabilizza la struttura che si degrada e blocca la sintesi.
DANNO E RIPARAZIONE DEL DNA
Mutazioni: a mutare il DNA intervengono pi fattori, sia naturali, sia non naturali. Vi il decadimento alfa
(pericolose soprattutto se ingerite), raggi beta e gamma (associati a tragedie nucleari), raggi cosmici che
arrivano dallo spazio e raggi UV, agenti intercalanti e raggi X. Una mutazione un cambiamento nella
sequenza del DNA che se non riparato pu danneggiare il DNA filiale. Possono essere di diverso tipo:
silenti (non alterano la sequenza amminoacidica: codificano la stessa proteina), non-senso (codificano un
codon di stop), missenso (mutazioni puntiformi con sostituzione di amminoacidi e perdita/compromissione
delle funzioni della proteina), delezione e inserzione/duplicazione. Sono spesso esposti alla mutazione i
microsatelliti, che data la loro ripetitivit possono causare problemi alla DNA polimerasi che subisce il
fenomeno di slippage, cio un cattivo appaiamento dei due filamenti.
Mutazioni silenti: nella maggioranza dei casi le mutazioni risultano essere silenti: esse avvengono in un gene
che controlla la sintesi di una proteina non indispensabile; il gene mutato non si esprime (zone introniche);
la mutazione forma una tripletta che codifica per lo stesso aminoacido della tripletta originaria (questo puo
avvenire perch il codice genetico degenerato cio sovrabbondante e lo stesso aminoacido codificato da
diverse triplette); la mutazione viene soppressa da un altra mutazione; l aminoacido mutante non altera la
funzionalit della proteina.
Tipi di danno: I danni possono portare alla rottura del singolo filamento (SSB), del doppio filamento (DSB) e
anche dei ponti di collegamento e danneggiare le basi o i nucleotidi. Il danno endogeno coinvolge la struttura
primaria piuttosto che la struttura secondaria della doppia elica. Esso pu essere suddiviso in quattro classi
dal punto di vista chimico:ossidazione di basi, alchilazione di basi (generalmente metilazione), idrolisi di
basi, come la depurinazione e la depirimidinazione (spesso la deaminazione di citosina che diventa uracile:
La deaminazione produce basi non-naturali che possono essere riconosciute, con una eccezione: la 5-metilcitosina (la sequenza CGTG), mismatch (appaiamento errato) di basi. Il DNA pi soggetto a mutazione
perch il nucleo quasi 100 volte pi radiosensibile del citoplasma. Se la radiazione eccessiva, tuttavia, si
ha morte cellulare.
Modi di riparazione: riparazione totalenessun dannovita ; riparazione tendente a erroremutazione
letale o meno (dipende dal tipo)neoplasie ; nessuna riparazionedanno letalemorte cellulare.
Tipi di riparazione: vi sono diversi meccanismi di riparazione:
- correzione diretta: essa avviene per fotoriattivazione. Le UV possono dare dimeri di pirimidine (con legame
covalente tra due pirimidine adiacenti: mutazione). Interviene la DNA fotoliasi che rompe i legami tra le due
basi adiacenti attraverso la luce
- meccanismo di escissione: rimuovono il nucleotide danneggiato sostituendolo con un nucleotide non
danneggiato complementare al nucleotide presente nel DNA non danneggiato. Questi comprendono:
- Riparazione per escissione di base (Base Excision Repair, o BER) che ripara il danno che coinvolge un
singolo nucleotide, causato da ossidazione,alchilazione, idrolisi, oppure deaminazione; il meccanismo
enzimatico parte dall'attivazione di una DNA-glicosidasi che riconosce la base alterata e rompe il legame Nglicosidico (si ha un forte ripiegamento del DNA in modo che la base sbagliata salti via), poi una APendonucleasi 1 (AP: sito a-purinico) elimina la base azotata, lasciando il fosfato e il deossiribosio; ancora,
una liasi toglie fosfato e zucchero cos che una DNA-polimerasi leghi il nuovo nucleotide e la ligasi lo

incorpori nel filamento. Il BER quindi pu riparare la de-aminazione della Citosina in Uracile o la
trasformazione della Guanina in 8-oxo-guanina, analogo dell'adenina. Si parla di short patch repair quando si
rimuove solo una base per la riparazione e long patch se si rimuovono da 2 a 10 basi per eliminare lerrore.
- Riparazione per escissione di nucleotidi (Nucleotide Excision Repair, o NER), che ripara un danno che
coinvolge filamenti lunghi da 2 a 30 nucleotidi. Questi includono danni da voluminosa distorsione dell'elica,
quali i dimeri di timina causati da luce UV, come pure le rotture di un singolo filamento. La sequenza
enzimatica : XPA (endonucleasi) che riconosce il sito da riparare, XPB e XPD (elicasi) che srotolano l'elica,
XPG e XPF (endonucleasi) che tagliano ed eliminano il nucleotide, DNA-polimerasi che aggiunge il nuovo
nucleotide, ligasi che "ricuce" il filamento riparato. Una forma specializzata di NER nota come riparazione
associata alla trascrizione (Transcription-Coupled Repair, o TCR) dispiega enzimi NER ad alta priorit per
geni che sono attivamente trascritti. Lo xeroderma pigmentoso porta a danni a lesioni cutanee a causa
dellesposizione ai raggi UV, a un numero elevato di tumori cutanei: la cura luso di creme con enzimi di
riparazione. Lo studio avvenuto prima su E.coli dove gli enzimi si chiamano Uvr-A e cos via: UvrA-UvrB
cercano distorsioni del DNA; UvrB fonde il DNA e recluta UvrC che taglia il DNA 8 nt a monte e 4 nt a
valle; lelicasi UvrD toglie il frammento tagliato; poi: DNA Pol I, ligasi.
- Mismatch Repair (MMR), che corregge errori di replicazione e di ricombinazione genetica che determinano
la formazione di nucleotidi male appaiati in seguito alla replicazione del DNA (viene inserita una base
sbagliata). Gli enzimi coinvolti e studiati in E. Coli sono: MutS (crea una forte distorsione nel punto con
mismatch), che riconosce il mismatch e vi si lega; MutL, attivato dal complesso DNA-MutS, che attiva a sua
volta MutH, che insieme ad una endonucleasi taglia il frammento contenente il mismatch, dopo che la elicasi
ha aperto la doppia elica, cos che la DNA-polimerasi possa aggiungere il frammento opportuno e la ligasi
unire gli estremi dei due filamenti. I corrispettivi umani di tali enzimi sono: MSH6 e MSH2 (per MutS);
MLH1 e PMS2 (per MutL). Di questi quelli generalmente mutati e coinvolti nella cancerogenesi sono il
MSH2 e MLH1 (v. ad esempio la sindrome del carcinoma del colon-retto non poliposico HNPCC).
Riconoscimento filamento da riparare: essa avviene per metilazione della A nella sequenza CTAG ad opera
della Dam metilasi. MutS, infatti, si lega al filamento non metilato. Gli eucarioti hanno omologhi di Mut(s)
con pi alta specificit (per mismatch, indels etc), non hanno Dam Metilasi, riconoscono il filamento stampo
dalle incisioni dei frammenti di Okasaki. Sono associate allo sliding clamp (una serie di proteine che
assolvono la funzione di fattori di promozione o di fattori di processamento nella replicazione del DNA.
Queste proteine mantengono le DNA polimerasi agganciate al filamento di DNA da replicare, con un
modello di funzionamento che viene definito a pinza scorrevole). Mutazioni dei geni predispongono ai
tumori.
SSB e DSB: nel primo caso si ha una riparazione esente da errore a velocit esponenziale, attraverso
asportazione. La riparazione dipende dalla temperatura (non avviene a zero gradi). In caso di non riparazione
di SSB si pu arrivare a DSB (double strand break): si asporta per endonucleasi il tratto di DNA
danneggiato, poi si rimuove lerrore e si riprende la sintesi. Come le SSB, le DSB sono riparate in modo
efficace (danni al DNA influenzano il ciclo cellulare: il DSB non omologo si ha in G0 e G1, quello omologo
in fase S : un errore rallenta il ciclo). In E. coli il sistema di riparazione dei double stand breaks (DSB) il
sistema RecBCD. Il complesso si lega a DSB, ha attivit elicasica e nucleasica e taglia entrambi i filamenti.
Quando raggiunge un sito chi (Cross-over Hotspot Instigator, CHI) digerisce solo con polarit 5-3
producendo una coda 3. Il DNA senza siti viene digerito completamente. RecA si lega al 3- la proteina che
scambia filamento. RecA copre il 3 in maniera cooperativa e catalizza lappaiamento con il DNA omologo.
Negli eucarioti un tipo di RecA Rad51 ed modello per la ricerca del filamento omologo e utile per la
formazione della molecola giuntata. Vi sono diversi meccanismi di riparazione delle DSB:

- In caso di rottura del doppio filamento Non-homologous end-joining (NHEJ) lega terminazioni piatte. Lo si
trova in meccanismi di riparazione e di ricombinazione (come la ricombinazione delle immunoglobuline).
The NHEJ pathway pu ligare le estremit piatte del DNAduplex. Mutazioni del NHEJ pathway causano
malattie.
-Ricombinazione omologa: La ricombinazione omologa coinvolta nel crossing over durante la meiosi,
recuperare sequenze perse per danni al DNA, per far ripartire forche replicative danneggiate, pu regolare
lespressione di alcuni geni, produzione di animali Knock-out. Avviene tra sequenze del tutto corrispondenti.
La ricombinazione permette di separare i vari geni nel genoma e di separare le mutazioni favorevoli da
quelle sfavorevoli. Le ricombinazioni avvengono tra sequenze che corrispondono perfettamente, cos da non
perdere nessuna base dal cromosoma ricombinante. La frequenza non costante ma varia con effetti globali
e locali. Avviene 2 volte pi frequentemente nella femmina che nel maschio. Dipende dalla struttura del
cromosoma ed il crossing-over non avviene in vicinanza di regioni condensate delle cromatina. Il processo
catalizzato da vari enzimi: presinapsi (elicasi e/o nucleasi per generare DNA a singolo filamento con 3-OH
finale (RecBCD); sinapsi: molecola di collegamento per formare una Holliday juncture (RecA); postsinapsi:
branch migration e risoluzione della Holliday juncture (RuvABC).
- Se il DSB si realizza tra sequenze ripetute, si attiva un particolare meccanismo di HR noto come SSA,
single strand annealing. In questo caso la degradazione delle estremit danneggiate in direzione 53 porta
a esporre regioni di ssDNA complementari (proprio perch appartengono a repeats) che possono appaiarsi tra
loro. Le code di ssDNA che non si appaiano vengono rimosse da alcune nucleasi; i gaps e i nicks che si
vengono a formare sono poi riempiti da tramite una successiva sintesi riparativa e ligazione.
Processo ricombinazione: questi sono i diversi passaggi:
- allineamento di due molecole di DNA omologhe
- Introduzione di rotture del DNA: Lo scambio genetico solitamente inizia con un taglio del double strand: il
DNA ricevente si taglia. Esonucleasi agiscono e liberano un 3. Questo invade il DNA omologo e si estende.
Si forma un D-loop. Il D loop si estende e si annila al DNA ricevente, e viene ricopiato. Ci sono, dunque,
due regioni unite e il DNA del donatore ha sostituito quello dellaccettore.
- Formazione di una corta regione di appaiamento (invasione del filamento e formazione della Holliday
junction): I DNA si appaiano, si ha un taglio ai siti corrispondenti, le terminazioni libere si complementano
allaltro duplex: Joint molecule, e recombinant joint. Il sito di ricombinazione: DNA ibrido o heteroduplex.
Esso migra e deve essere catalizzato da enzimi. La joint molecule deve essere risolta da due tagli. Se esso
sullo stesso strand si ottiene una zona heteroduplex: patch recombinant, se sullaltro strand, tutti gli strand
sono stati tagliati e si ha ricombinazione: splice recombinant. In caso si ha una regione di heteroduplex. La
complementariet a livello dei single strand. Essi sono accessibili dopo rottura del DNA. Uno strand
spiazza (invade) quello corrispondente dellaltro duplex e i due duplex rimangono fisicamente uniti
- Movimento della Holliday Junction - branch migration: la giunzione pu migrare in entrambe le direzioni.
RuvAB riconosce la giunzione di Holliday e ne promuove la migrazione: RuvA un tetramero, RuvB un
esamero con attivit ATPasica e RuvC una resolvasi che risolve il complesso tagliando in una delle due
direzioni
- Taglio della giunzione: risoluzione. La risoluzione della giunzione di Holliday d luogo a ricombinanti
convenzionali o recombinant patches in base allo strand che tagliato.
Ricombinazione negli eucarioti: nei procarioti la ricombinazione omologa serve per riparare le rotture del
dsDNA, permettere alle forche bloccate di ripartire e ricombinare con DNA fagico o di coniugazione. Negli

eucarioti anche necessaria per la meiosi per lappaiamento dei cromosomi omologhi e la ricombinazione
meiotica.
Esempi medici di errori di controllo: ecco qui diversi casi:
- cancro al colon: un tipo di cancro causato da unincontrollata crescita di cellule anomale nel colon, nel
retto o nellappendice. Negli USA vi un caso ogni 1800 persone ogni anno. Errori nella riparazione di un
mismatch portano al cancro ereditario non poliposico del colon-retto (HNPCC). la forma pi comune di
cancro ereditario.
-glioblastoma: la forma pi comune di tumore primario al cervello. Colpisce 2-3 persone su 100000 ogni
anno e solitamente si parla di 3-4 mesi di sopravvivenza senza un trattamento. Solitamente si opera con
unasportazione chirurgica, la radioterapia e la chemioterapia per arrivare a 14,6 mesi. Serve trovare agenti
radiosensitive che aumentino lefficacia della radioterapia. Lattivit del tumore causata dalla ionizzazione
delle radiazioni strettamente legata al suo effetto sul DNA (DSB). Nel futuro: agenti FDA-approvati
modulano le proteine critiche nella risposta/riparazione al danno del DNA; si avr una terapia personalizzata
(a seconda di quale DDR pathway viene alterata)
-leucemia: cancro del sangue o del midollo osseo o del sistema linfatico caratterizzato da un anormale
incremento di cellule immature bianche del sangue dette blasti. Nel 200 circa 256000 persone tra bambini e
adulti sono stati colpiti dalla leucemia e 209000 di loro sono morti. I pi giovani sono affetti da acuta e gli
adulti da cronica. Come gli altri cancri deriva da mutazioni nel DNA: alcune mutazioni possono provocare la
leucemia attivando oncogeni o deattivando dei geni tumore-repressori, perturbando la regolazione della
morte cellulare, della sua differenziazione e della sua divisione. Queste mutazioni possono capitare
spontaneamente o essere risultato di un esposizione a radiazioni o a sostanze cancerogene.
Strategie anti-cancro: ostacolando il meccanismo di riparazione del DNA si possono avere ottimi risultati: il
cisplatino, usato nella chemioterapia, interferisce con i normali processi cellulare causando lesioni al DNA
che portano allintervento dei sistemi di riparazione, liberandosi anche delle cellule del cancro. Tuttavia,
alcune cellule possono sviluppare polimerasi che consentono di resistere al cisplatino e sfuggono alla
riparazione.
Riparazione del DNA e invecchiamento: tartarughe a confronto con luomo e altri mammiferi. Questi
meccanismi dipendono dal metabolismo, dalla senescenza cellulare e dalla genetica (un danno del DNA
causa alle cellule limpossibilit di dividersi o indurre lapoptosi, spesso colpendo i pool delle cellule
staminali e quindi ostacolando la rigenerazione: si ha un accumulo di errori come conseguenza di problemi
nel sistema di riparazione).
TRANSGENESI
Transgenico: animale in cui stato introdotto o modificato un gene. Lo sviluppo di questa tecnologia sta
portando alla cura di varie malattie. Lo si fa sui topi, perch con luomo sarebbe rischioso e perch coi topi
vi il 90% di geni in comune (le differenze nascono dai diversi meccanismi di controllo).
Inserimento DNA estraneo: levento pi frequente quando si ha introduzione di DNA esterno la
degenerazione di tale DNA. Si ha un meccanismo di difesa molto importante quindi. Quando, invece, il
DNA estraneo riesce a integrarsi si pu avere come singola copia o pi frequentemente con catameri, ovvero
inserzioni multiple. In altri casi si ha ricombinazione omologa: il DNA genomico ha con il DNA esogeno
grande identit di sequenza alle estremit dellesogeno, mentre diversa la sequenza allinterno. Si ha,
dunque, lo scambio tra le due parti differenti e, poi, quello rimasto viene espulso.

Inserzione casuale con catameri: tecnica pi semplice e efficiente. Si opera su cellule uovo fecondate, sotto
microscopio. Si usa un capillare appuntito, cavo allinterno, contenente DNA esogeno che viene introdotto
nella cellula uovo fecondata. A tenere ferma la cellula uovo ci pensa un altro capillare cavo pi grosso. Il
DNA da inserire deve avere tutti gli elementi di un DNA eucariotico: un promoter (con sequenze CIS e
fattori trascrizionali), esoni, almeno un introne (se non c, durante lo splicing lRNA degradato perch
poco stabile) e un segnale di Poly-A. Fatta la microiniezione, lovocita impiantato in topine pronte per la
gravidanza e dopo 20 giorni si ottengono dei topi, di cui alcuni saranno eterozigoti per il transgene. Questi
(detti fondatori) sono combinati tra loro per generare via via con le generazioni successive topi omozigoti per
il transgene. Si utilizzata tale tecnica non solo per vedere il ruolo di alcuni geni nelle malattie (inibendo o
attivandoli) per poi poter sviluppare una cura, ma anche per cercare di capire dove agiscono nel corpo alcune
sequenze regolatrici. Utilizzando dei geni reporter (gene la cui attivit facilmente monitorabile mediante
istochimica o metodi immunologici; esso codifica per un prodotto genico che pu essere utilizzato per
studiare lattivit di sequenze regolatrici di un altro gene di interesse) si sono studiate diverse sequenze. Per
esempio:
- beta-galattosidasi: quando il promoter attivo Lac-Z produce -gal che grazie al suo legame con una
subunit d una certa colorazione. Questo ha permesso di vedere dove agisce Lac-Z. Tecnica sviluppata sia
sullanimale sia in vitro: la differenza che nel secondo caso si esamina solo un tipo cellulare, mentre nel
primo si considera lanimale nel completo.
- GFP: grazie alla sua reazione con gli UV essa dove presente d fluorescenza. La si utilizzata in un
celebre esperimento per vedere in un topo una fluorescenza ubiquitaria. Molto usato come gene reporter per
le staminali, perch consente di vederle meglio.
Il limite di questa tecnica che il DNA esogeno si pu integrare a caso. Pu capitare dunque che non ci sia la
possibilit di studiare il gene che ci interessa. Varie possibilit: pu alterare un gene causando la distruzione
di un altro gene endogeno, inserirsi in un telomero, in un promoter (il gene transgenico sar regolato da tale
promoter o inibir il promoter), in una regione silente (il caso pi frequente), nelle vicinanza di un isolatore.
Un transgene va, infatti, studiato su un minimo di 3 individui per verificare se quella la reale espressione
del transgene.
Riconoscimento topi con transgene: molto utilizzata la tecnica del Southern Blot che sfrutta libridazione
del DNA e lutilizzo di una sonda che a seconda del legame che crea con il DNA rivela se tale molecola
effettivamente transgenica o meno.
Gene targeting e topi knock-out: sono usate poche specie per questa tecnica che risulta anche piuttosto
complessa. Attraverso una ricombinazione omologa si sostituisce una sequenza con unaltra. Si generano
cos topi knock-out dove un gene inattivato (knocked-out). Ha avuto un risultato inatteso spesso perch
inattivando un gene, tuttavia non si poteva osservare il topo crescere senza lattivit di quel gene, perch
intervenivano altri geni a occuparsi della sua funzione: grande scoperta perch si ha un ottimo meccanismo
di difesa, ma la cosa complica la ricerca. La ricombinazione omologa in natura piuttosto rara, ma avviene
proprio come un crossing-over. Molto pi frequente nelle cellule embrionali pluripotenti. Lapproccio fa
inattivare vari geni e si osserva una mutazione nel genoma dellanimale. Si prelevano le cellule pluripotenti
dai blastocisti (cellula fecondata dopo 3,5 giorni). Dopo poche ore ciascuna cellula ha un suo percorso.
Vengono messe in coltura sopra altre cellule, un tappeto confluente di fibroblasti che non proliferano pi, ma
sono vive e scambiano con le pluripotenti dei fattori in modo da mantenere vive le ES (cellule embrionali
staminali). La legge vieta per motivi etici luso di ES, ma ora si usano le cellule pluripotenti sviluppate con la
ricerca di Yamanaka (cellule adulte rese pluripotenti). Le ES coltivate sono poi prelevate e introdotte in una
blastula da cui si genereranno dei topi con ricombinazione omologa. Di solito si usano blastule di topi a pelo
nero che impiantate in topi da pelo bianco danno come risultato topi chimerici: in parte derivano dalle ES, in

parte dai genitori. Per questa ragione, anche per questa tecnica, per vedere i topi completamente dipendenti
dalle ES si ricombinano gli eterozigoti in modo da avere topi del tutto neri.
Meccanismo di ricombinazione: per aggiungere il gene che si desidera si fa shock elettrico, con cui si creano
buchi nella membrana cellulare, che consentono il passaggio del transgene. La maggior parte degradata, ma
una parte si riesce a inserire nel DNA. Bisogna, per, riuscire a riconoscere i topi che hanno subito
ricombinazione omloga. Prima di tutto attraverso la neomicina (antibiotico a cui resistono solo quelli con il
transgene) separo gli individui che hanno il trangene da quelli che non lo hanno. Poi, si deve fare una
seconda selezione che consenta di vedere in quali topi i geni hanno avuto ricombinazione omologa e in quali
si sono insertiti casualmente. Si effettua pertanto ibridazione del genoma e poi si usa una sonda contenente
frammenti di DNA e neomicina: il DNA deve contenere un tratto che sia in grado di riconoscere solo dove si
avuto il gene targeting. A questo punto, riconosciuto dove si avuto il gene targeting, le si iniettano nella
blastula di una topina e si generano dei topi eterozigoti.
MiRNA: la loro presenza stata chiarita con il sequenziamento del genoma, nella zona in cui vi poco
contenuto genico e non si arriva a trascrizione. I miRNA sono piccoli frammenti di RNA altamente regolati e
sintetizzati in tessuti specifici durante lo sviluppo embrionale. Trascritti nel nucleo, modificati da complessi
proteici e dopo che il Drosha (enzima) li ha tagliati in una sequenza pi piccola, interviene il Dicer che taglia
in tratti di 20 nucleotidi che poi si complementano in modo specifico con lmRNA. Si appaiano al 3 di un
mRNA. A questo punto vi sono due possibilit dipendenti dallappaiamento:
- se esteso: portano gli mRNA a contatto con le nucleasi distruttive
- se meno esteso: si blocca la traduzione o si forma un complesso proteico che consente linserimento di
nucleasi.
SiRNA: sono gli RNA silenziatori. A differenza dei miRNA che possono agire su diversi mRNA e
coordinare lespressione di pi geni i siRNA agiscono solo per perfetta complementariet e per questo
agiscono su un solo mRNA. Anchessi inibiscono la traduzione.
Transgenici:il DNA iniettato nel pronucleo dellovocita fertilizzato e integrato in maniera random (nel 10%
dei casi distrugge un gene importante per lo sviluppo normale) e in multiple copie
Knock-out: Il DNA iniettato prima nella cellula embrionalestaminale (ES). LES che ha integrato il DNA
in maniera sito specifica (omologa) identificata e iniettata in un embrione di 3.5 giorni (blastocisti)
Applicazioni: Analisi in vivo di specifiche funzioni di geni tramite linattivazione specifica: analisi di
specifiche proteine tramite linserzione di specifiche mutazioni e produzione di modelli murini che
riproducano patologie umane.
Il topo anti-cancro: questo topo per una fortunata mutazione ha ricevuto un sistema immunitario che uccide
le cellule del cancro con efficacia ed addirittura in grado con delle trasfusioni di sangue di aiutare altri topi.
Per le terapie di cura del cancro necessario studiare il percorso evolutivo della malattia.
Tumore alla prostata: un mix eterogeneo. Vi sono cellule androgeno-dipendenti e altre indipendenti. Le
prime si curano per apoptosi rimuovendo landrogeno, mentre le altre sono resistenti a questa apoptosi. Serve
pertanto trovare geni che inducano lapoptosi nelle cellule del cancro. Il gene Par-4 provoca come risposta
lapoptosi nelle cellule cancerogene della prostata. Viene identificato come un gene apoptotico che dipende
nella sua misura dallelevata concentrazione di Ca2+ . Nelluomo esso si colloca nel cromosoma 12q12. Il
gene comprende 7 esoni, 6 introni per circa 99 kb di DNA. Questo gene si conservato in tutti i vertebrati e
con luomo vi un riscontro del 75%. Tuttavia i domini delle proteine di alta importanza sono conservate
con il 100% di uguaglianza fra topo, ratto e uomo. Domini: vi sono due zone supposte in cui si trovano le

sequenze (NLS1 e NLS2); vi un dominio a cerniera di leucine nella regione terminale C e siti consenso per
fosforilazione da chinasi PKA e PKC. I domini sono importanti nella regolazione, localizzazione,
dimerizzazione e modificazione post-trascrizionale della proteina Par-4.
Par-4: un tumore-repressore e ha unazione che provoca apoptosi. Inoltre, Par-4 intracellulare e proteine
secrete danno la possibilit di uccidere in modo molto selettivo solo le cellule del cancro. Il recettore per la
proteina prodotta dal gene Par-4 sulla superficie si chiama GRP78. dimostrato che nei topi transgenici con
Par-4 vi un gran numero di tali proteine nel siero. Importantissimo in questo gene il SAC domain: esso
rappresenta la minima funzione proapoptotica del gene Par-4 che, tuttavia, induce selettivamente la morte
nelle cellule del cancro, ma non in quelle normali. Si osservato come potesse influire unespressione del
SAC domain nel corso della vita di un topo e che livelli fisiologici fossero necessari per soddisfare la
funzione tumore-repressiva. I topi vivono regolarmente con tale dominio e con la crescita restano resistenti ai
tumori. Un frammento di DNA contenente il dominio SAC stato generato da PCR usando Par-4cDNA
come stampo, grazie allintervento di molti altri fattori. Le sequenze risultanti da tali vettori, purificate, sono
iniettate nei pronuclei di embrioni fertilizzati B6C3F1 (marroni). I topi transgenici per il dominio SAC
mostrano un espressione di tale gene ubiquitaria e una normale fertilit, vita e invecchiamento: addirittura
riescono a vivere pi a lungo.
Topo di Schwarzenegger: grande forza grazie a knockout di miostatina. Questo fortuitamente accaduto
negli uomini e nei bovini (supermucche). La miostatina un fattore di crescita (anche il fattore-8 di
differenziamento nella crescita detto GDF-8) che ha un ruolo importante nello sviluppo muscolare (famiglia
dei TGFb). La miostatina espressa negli stadi successivi dello sviluppo del topo e nello sviluppo di alcuni
muscoli scheletrici. Con il KO di miostatina si accresce la miogenesi e si diminuisce la adipogenesi,anche se
entrambi si generano dallo stesso mesenchima (tessuto embrionale connettivo). Gli inibitori di miostatina
dovrebbero aiutare a migliorare le condizioni di chi soffre di distrofia.
Topo giallo: sindrome di Crigler-Najjar (ittero). I sintomi sono causati dalla bilirubina. un pigmento della
bile, liposolubile ed un prodotto del metabolismo del gruppo eme. Una volta che eme si ossida si forma
biliverdina, che ridottasi d bilirubina che entra nel sangue. Poi, entrata nelle cellule epatiche espulsa come
bile sia come urina che come feci. Uninterferenza a questi processi porta a iperbilirubinimia (eccesso di
bilirubina) con sintomi: colore giallo della sclera, della pelle e delle membrane mucose. La si riscontra se il
livello di bilirubina supera i 2mg/100mL. molto comune nei bambini dove causata da scarsi meccanismi
epatici e per la poca RBC prodotta data la breve vita. Pu portare a epatite, cirrosi e a malfunzionamenti del
fegato. Tipo I (CN-I) Crigler-Najjar: allele recessivo; mutazione indotta dalla perdita dellabilit di coniugare
negli enzimi fondamentali la glucuronosiltransferasi (problemi legati al gene Ugt1); CN-II: molto ridotta, ma
c attivit dellenzima (a causa di un gene recessivo); le funzioni enzimatiche possono essere indotte;
sindrome di Gilbert: lattivit dellenzima ridotta del 10-30% rispetto al normale e vi sono difetti nel ciclo
della blirubina. Nelluomo si possono ora curare grazie a piccole dosi di vettori adenovirali helperdipendenti. In futuro ci si auspica lutilizzo di epatociti derivati da cellule staminali.
Topo anti-obesit: questi topi sono protetti da obesit e diabete da una dieta priva acil-CoA: diacilglicerolo
aciltransferasi 1 (DGAT1). Questo suggerisce come interrompendo la sintesi di alcuni trigliceridi si possa
raggiungere grandi risultati nel trattamento dellobesit.
Topo maratoneta: topi che hanno una maggior espressione nei loro muscoli di PPAR che trasforma tali
muscoli in fibre di tipo 1 ottime per coprire di corsa lunghe distanze. Hanno maggior resistenza e anche se
non allenati sono resistenti allobesit e alla fatica.
Animali transgenici: sono stati creati e si creeranno numerosi esempi di animali transgenici oltre ai topi:
pecore con gene della alfa1-antitripsina, latte di capra con antitrombina, polli che danno uova con proteine

umane, maiali come risorsa per trapianti di organi e primati per studiare le nostre malattie. Importanti anche
gli studi sul poliovirus che affligge luomo ma a cui i topi sono immuni.

MEMBRANE CELLULARI
Membrane cellulari:Vi sono diverse possibili membrane. Esse servono per
separare la cellula dall'ambiente delimitandola funzionalmente e separandola dagli
altri organelli. Le membrane cellulari sono punti di contatto tra cellule vicine.
Quindi, oltre a separare, costituiscono siti di specifiche funzioni, hanno proteine di
trasporto per consentire un movimento tra interno ed esterno, hanno recettori
per rilevare i segnali esterni e hanno tutto ci che necessario per la
comunicazione e l'adesione tra cellule diverse.
Comunicazione tra cellule e adesione cellulare: grazie alla sua struttura la cellula
ha un grado di permeabilit per delimitare ambienti e far si che vi siano diverse
concentrazioni di ioni. La membrana ha una permeabilit selettiva a certe
sostanze e consente la divisione della cellula in compartimenti funzionali.
Membrana cellulare: attraverso numerosi studi, gran parte negli anni 70, si
arrivati a dimostrare che la membrana cellulare una struttura a fosfolipidi sulla
cui superficie si possono trovare proteine e altri lipidi. La membrana ha uno
strato interno idrofobo (non crea legami H) e i lati esterni idrofili ( il 70%
dell'ambiente cellulare H2O), dove questi ultimi sono in maggioranza. La
membrana spessa 5 nm ( una cellula interna standard ha diametro di 5
micrometri) ed continua (non vi sono buchi): un film sottile di lipidi e
proteine tenute insieme da interazioni non covalenti, ma deboli. Il sistema a
doppio strato (testa polare e code idrofobe) l'unico modo in cui i lipidi di
membrana possono disporsi nello spazio con la minima energia libera. I fosfolipidi
hanno questa struttura: sono dei trigliceridi (glicerolo
pi tre acidi grassi, ovvero lunghe sequenze di C apolari,
poich privi di OH, saturi se solo con legami semplici o
insaturi se con legami doppi), dove al posto di un acido
grasso sul C3 del glicerolo si attacca un gruppo fosfato,
gruppo polare e che interagisce con l'acqua. Ogni cellula
ha un tipo di fosfolipidi prevalente a seconda del tipo di
cellula che rappresenta. I lipidi si muovono con un movimento detto di flip-flop
(raro) e costituiscono il 50% della massa della membrana. La membrana
asimmetrica: caratteristica che comincia nella biogenesi ed mantenuta dai
traslocatori. Il doppio strato un fluido bidimensionale e lo si visto
sperimentalmente: marcato un lipide con -N-O attraverso un elettrone spaiato,
con la spettroscopia di risonanza magnetica o attraverso dei marcanti
fluorescenti, si notato che i lipidi si muovono. Se il flip-flop raro essi possono
ruotare, diffondere lateralmente e trasversalmente. Tale fluidit importante per i
processi di trasporto e le attivit enzimatiche, ma dipende dalla composizione dei
lipidi e dalla temperatura (superiore alla temperatura di transizione di fase dove

congela o fonde).
Molecole di membrana: vi sono altre molecole sulla membrana fra cui il
colesterolo che fa parte degli steroidi: anelli di C che danno alla molecola una
struttura piatta e molto rigida. un lipide idrofobo e l'unico componente idrofilo
un gruppo OH: aumentano la propriet di barriera della membrana e
solitamente ve n' uno ogni 2/3 fosfolipidi (la sua presenza influisce sulla fluidit di
membrana rendendola pi rigida).Vi sono anche i glicolipidi (soprattutto
gangliosidi) dove la testa polare presenta l'aggiunta di uno zucchero e solitamente
si trovano all'esterno della membrana e mai nel plasma. Le loro funzioni (ancora
da scoprire tutte): effetti protettivi, effetti elettrici, isolamento elettrico,
riconoscimento e mediano l'adesione cellulare. Molto importanti sono le proteine
di membrana che servono alle comunicazioni tra interno ed esterno: riducono
parzialmente l'impermeabilit della membrana. Spesso sono glicosilate. Per essere
studiate si operata la criofrattura della membrana lungo lo strato idrofobo: data
una carica + a tutte le proteine attraverso la SDS (sodio-dodecilsolfato), esse si
sono mosse tutte verso l'anodo e le si separate cos con un setaccio in base al
peso. Le proteine si dividono in categorie diverse: integrali monopasso e
multipasso (proteine sia all'interno che all'esterno della membrana che la
attraversano una o pi volte grazie alla struttura ad alfa-elica e alla presenza di
gruppi idrofobi), ancorate ai lipidi (o all'interno o all'esterno) attraverso i quali si
legano alla membrana con un'ancora di acido miristico, palmitico o un farnesile e
le proteine periferiche che funzionano solo se associate alle proteine integrali.
SMISTAMENTO
Organuli con membrane: si pu a questo punto andare a vedere il processo di
smistamento. Tra i vari compartimenti c' un'importante relazione. Il mitocondrio
stato spesso visto come un batterio simbionte (lo si pensato come un
procariote molto specializzato inglobato dalla cellula).
ER, Golgi, lisosomi e vescicole trasportatrici sono
della stessa Le proteine sono sintetizzare spesso nei
ribosomi presenti nel citosol. Esse hanno dei segnali
intrinsechi di smistamento che le indirizza in varie
direzioni (vedi immagine). La sintesi avviene sempre
nel citosol, ma quello che cambia la direzione verso
cui vanno le proteine.
Nucleo: la membrana nucleare deriva da una
invaginazione della membrana citoplasmatica a cui si
aggiungono anche i pori nucleari. Tra nucleo e
citoplasma vi continuit topologica: vi movimento
di alcune molecole. Esso ha doppia membrana. Si

pensa che la formazione del nucleo sia avvenuta cos: in una cellula procariote il
DNA si trovava in una regione e attraverso un rimodellamento e una
invaginazione della membrana plasmatica si formato il nucleo.
Tipi di trasporto: vi sono tre diversi tipi di trasporto, sempre dovuto al diverso
segnale di smistamento (esso si localizza in due punti specifici della proteina: il
primo pezzo sintetizzato ed il 5' amminoterminale dell'RNA oppure vi sono pi
domini non all'inizio della proteina; alla fine di tutto la peptidasi, quando la
proteina diventa matura taglia i peptidi segnale):
- nucleo-citosol: questo avviene tramite delle porte ( detto gated infatti) che
sono i pori nucleari. Sicuramente molte delle proteine sono sintetizzate nel
citosol. Entrano fattori trascrizionali, DNA, RNA, istoni (3 milioni al minuto),
enzimi...ed escono tRNA, mRNA e ribosomi assemblati. Il nucleo a doppia
membrana e ha dei pori che sono canali tenuti chiusi da un sistema ad apertura.
Intorno al nucleo vi una rete che gli d la forma (lamina nucleare). I peptidi
segnale a livello del nucleo non sono tagliati via per il fatto che devono fare avanti
e indietro tra nucleo e citosol. I segnali di localizzazione sono stati studiati per la
prima volta sulla proteina virale Antigene T del virus SV40 che responsabile
della replicazione del DNA virale. Per entrare e uscire dal nucleo vi sono i pori
nucleari i quali sono un canale costituito di acqua che fa scivolare le molecole
all'interno. Passano solo molecole idrosolubili di max 50000 dalton e diametro
max di 9 nm. Perch i pori si aprano e si chiudano serve energia, ATP, e dei fattori
citosolici, che riconoscono e permettono o meno di fare entrare le molecole nel
nucleo. Si ha quindi targeting (complesso molecola fattore citosolico) e poi il
passaggio attraverso l'apertura del canale con ATP. Le chaperonine hsp90 (heat
shock protein di 90 kDa) mascherano il segnale di trasporto nucleare sul
recettore dell'ormone glucocorticoide. Hsp90 un fattore citosolico di
mascheramento del segnale e tiene il glucocorticoide nel citoplasma finch no
arriva l'ormone steroideo (entrano liberamente nella cellula poich sono lipidi)
che trova il recettore legato alla chaperonina che si stacca consentendo al
complesso ormone-recettore di entrare nel nucleo. La chaperonina blocca il
riconoscimento dei fattori citosolici. .
- trasporto transmembrana: delle proteine traslocatrici dirigono proteine
attraverso la membrana dal citosol a un compartimento topologicamente distinto
(ER o mitocondrio), ovvero tali proteine restano e agiscono in tali organuli.
Proteine mitocondriali: sono importate nella matrice, nello spazio intermembrana
grazie a segnali di indirizzamento delle zone amino-terminali. Nella matrice il
peptide segnale si lega ad un recettore sulla membrana mitocondriale esterna e la
proteina viene traslocata sulla membrana interna creando contatto tra le due
membrane. Le proteine sono traslocate non ripiegate , ovvero srotolate. A fare

questo processo ci sono le chaperonine per esempio. Con idrolisi di ATP si


staccano le chaperonine e si spinge la proteina nel mitocondrio. Entrata si taglia il
peptide segnale. Se la proteina deve inserirsi nello spazio intermembrana essa
avr un secondo peptide segnale che si attiva solo quando la proteina gi
all'interno del mitocondrio.
Ingresso nel reticolo: un mRNA viene catturato subito da un ribosoma libero che
avvia la sintesi. Questa la fase citosolica, molto breve. Creati i segnali di
indirizzamento la sintesi completata sul reticolo da poliribosomi. La proteina
destinata a rimanere nel reticolo o a proseguire nel Golgi. Si parla di
traslocazione cotraduzionale effettuata da un traslocatore. Le proteine di
traslocazione formano dei canali: la proteina si poggia sul reticolo e la proteina
passa all'interno dell'ER via via che viene sintetizzata. Importante il ruolo dell' SRP
che lega il ribosoma che era libero interrompendo per un momento la sintesi e lo
fa legare all'ER . SRP lega il peptide segnale e una volta che il ribosoma attaccato
all'ER si stacca dirigendo il peptide ad un recettore SRP specifico che insieme a
un traslocatore proteico con GTP trasferisce la catena in crescita attraverso la
membrana (cotraduzionale). A questo punto la peptidasi pu tagliare il peptide
segnale visto che la proteina ormai nell'ER. Per entrare nella membrana serve
energia. Nelle proteine transmembrana monopasso vi sono peptidi che fermano il
trasferimento (formata l'alfa-elica idrofoba della proteina si blocca il passaggio nel
reticolo e cos la parte idrofoba sta nel lumen e l'altra nel citosol) e nelle
proteine multipasso un peptide segnale interno fa da segnale di inizio
trasferimento e una combinazione di segnali di inizio e fine formano i vari
segmenti transmembrana (la traslocazione intermittente). Alcune proteine di
membrana tagliano un peptide carbossiterminale e lo scambiano con un'ancora di
glicosilfosfatidil inositolo (GFI): proteine ancorata al GFI. Nell'ER sono assemblati
anche i doppi strati lipidi di membrana: si uniscono due acidi grassi al glicerolo
fosfato (si ha acido fosfatidico, insolubile in acqua che sta nel doppio strato) e
fatto ci (si ingrandito il doppio strato) si aggiunge il gruppo di testa
caratteristico.
N.B. Glicosilazione: uno dei processi pi importanti svolti dal reticolo. Esso
consiste nell'aggiunta di zuccheri alle proteine. Le proteine vanno incontro a un
processo di maturazione: da sintesi di amminoacidi si passa a strutture
tridimensionali (struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria: vedi
modulo di genetica e ricorda che nella terziaria i legami pi comuni avvengono tra
due cisteine attraverso ponti solfuro SH). Subiscono Glicosilazione solo le
proteine di membrana (la parte glicosilata sta all'esterno) e quelle secrete. Tale
processo avviene anche nell'apparato di Golgi ma solo su gruppi ossidrilici di
serina, treonina o idrossilisina. Per ER: sull'asparagina (N) si aggiunge un

oligosaccaride su una catena laterale (N-acetilglucosammina, mannosio e


glucosio). Tale evento avviene in contemporanea con la sintesi e richiede vari
enzimi. L'oligosaccaride gi sulla membrana legato a un lipide detto dolicolo che
serve come punto di fissazione sulla membrana.
- trasporto vescicolare: vescicole di trasporto passano da un compartimento
all'altro. Le vescicole si formano attraverso delle bolle dalla membrana (budding) e
attraverso estroflessione della membrana si ha la vescicola: dopodich si fonde
con il compartimento bersaglio che sar diverso a seconda della proteina. Nel
traffico vescicolare le vescicole gemmano da un compartimento e si fondono con
un altro. Si basa su due processi: esocitosi (fuoriuscita di vescicole) e endocitosi
(entrata nella cellula). Il trasporto che avviene non aspecifico: ogni vescicola
contiene proteine selezionate e si fonde con un compartimento specifico,
permettendo di mantenere l'identit di ogni tipo di organello.Vi sono due vie: la
via biosintetica-secretoria (esocitosi: ER, Golgi, superficie cellulare (lisosomi)) e la
via endocitica (assunzione di macromolecole, passaggio in endosomi e lisosomi).
necessario fare una distinzione tra ER e Golgi dato anche che hanno proteine
diverse. La proteina BiP una chaperon che trattiene le proteine nell'ER finch la
proteina non completamente matura: la aiuta a ripiegarsi e a farle raggiungere la
struttura secondaria attraverso la formazione di ponti disolfuro e la
Glicosilazione. Dopodich le proteine passano al Golgi per vie di default (non
servono segnali specifici). Golgi una struttura particolare, fatta di vari sacchetti
di membrana associati tra di loro, suddivisa in tre compartimenti: Golgi CIS
(riceve da ER), Golgi stack (quello di mezzo) e Golgi trans (fuoriuscita di
vescicole). Il reticolo anche se sono molti sacchetti vicini continuo e in esso
avviene rielaborazione delle catene glucidiche: l'oligosaccaride attaccato in N
viene modificato in oligosaccaridi complessi (2 acetil glucosammine+galattosio e
acido sialico ; oligosaccaridi ad alto tenuto di mannosio; si ha glicosidasi, si
staccano quelli dell'ER e li si rimaneggia in mannosi).
Lisosomi: organello dedito al catabolismo di sostanze che ormai non servono pi.
Da Golgi alcune vescicole possono arrivare nei lisosomi. Al loro interno vi sono
vari enzimi per la digestione detti idrolasi lisosomali. Nel lisosoma si ha un pH
diverso rispetto al resto della cellula (cellula: 7,2-7,4 ; lisosoma: 5, ovvero molto
acido). Per arrivare al lisosoma si hanno vie diverse: autofagia (ER diventa
lisosoma), fagocitosi, endosomi precoci e tardivi. Alcune proteine vanno
direttamente nel lisosoma poich hanno il segnale KFERQ (lys, phe, glut, arg,
glutammina). Per mantenere questa acidit ha delle pompe sulla membrana che
spostano protoni al suo interno.Vi sono tre vie di degradazione:
- endocitosi: delle particelle sono inglobate dalla cellula e derivano dalla
membrana cellulare. Si fondono poi con il lisosoma per essere digeriti (gli

endosomi)
- fagocitosi: vengono assunte non solo sostanze, ma interi microrganismi
formando i fagosomi, i quali si fondono col lisosoma che li digerisce (elimina le
sostanza di scarto, ma recupera le sostanze utili)
- autofagia: degradazione delle proteine cellulare tramite vescicole lisosomiali
derivanti dell'ER. Alcune cellule eliminano alcune loro parti o loro stesse.
Le idrolasi lisosomiali hanno un gruppo specifico, ovvero il mannosio-6-fosfato
(M6P), che le fa riconoscere da un recettore specifico presente sul trans Golgi:
tale gruppo aggiunto agli oligosaccaridi legati all'asparagina nel reticolo CIS di
Golgi. L'unione avviene a pH 7 e poi via via scende fino a pH 6. Unita la vescicola
al lisosoma la struttura a cestino (recettore) si stacca e viene riciclata poich
ritorna sul trans Golgi.Vi sono malattie da accumulo lisosomale: le idrolasi sono
alterate per difetti genetici recessivi. Malattia di Hurler: si accumulano substrati
non digeriti poich i lisosomi non sono attivi e si creano cos delle inclusioni
cellulari.
Endocitosi: vi sono diversi tipi di endocitosi: fagocitosi, pinocitosi e endocitosi
mediata da recettori. L'endocitosi un processo che parte dalla superficie
cellulare e porta verso i lisosomi. La fagocitosi di grandi particelle avviene tramite
dei fagosomi. Solitamente sono gli anticorpi che riconoscono le particelle
estranee e le presentano ai fagociti. una forma specializzata nei macrofagi e nei
neutrofili. Per l'assunzione di specifiche macromolecole dall'esterno e l'endocitosi
in fase fluida si sfruttano le fosse rivestite di clatrina (2% dell'area di membrana):
forma un cesto sotto la membrana che fa formare una vescicola rivestita di
clatrina che si fonde poi con gli endosomi precoci: la clatrina ha una struttura a
triskelion, precisamente 36, che serve a formare la vescicola, ma che una volta
formatasi la struttura (la dinamina aiuta a fare andare via la vescicola) si stacca e
viene riutilizzata dalla membrana. Tale processo richiede energia e una sottoclasse
di proteine, le proteine RAB. L'assunzione di energia fondamentale poich
aggiungendo un fosfato si cambia la forma della proteina che cos in molti fasi
risulta ora attiva. Spesso l'energia non deriva da idrolisi di ATP, ma a partire da
GTP: a una molecola di GPP attaccata alla proteina si attacca un gruppo fosfato
che attiva l'intero complesso. Le proteine RAB sono un tipo di proteina G
motore del processo di vescicolazione. L'endocitosi che porta invece
all'assunzione di grandi quantit di macromolecole l'endocitosi mediata da
recettori. Per esempio il colesterolo: esso serve per assemblare le membrane e
viene assunto dalle cellule che lo prelevano dalla circolazione (se non assorbito
forma le placche aterosclerotiche); esso circola associato alle proteine LDL e le
cellule hanno appositi recettori per le LDL (in zone ricche di clatrina). Le
vescicole che si formano, si fondono poi con gli endosomi per arrivare ai lisosomi

dove il colesterolo poi liberato per l'incorporazione nelle membrane. Se il


colesterolo in eccesso si bloccano la sua sintesi e i suoi recettori portando ad
un accumulo nel sangue. Alle volte i problemi non sono legati a diete, ma a difetti
del recettore di LDL che porta ad accumulare colesterolo nel sangue. Questa
malattia stata chiamata FH (ipercolesterolemia familiare)
Esocitosi: vi sono due vie: una secretoria costitutiva (lipidi e proteine di
membrana per via di default) e una secretoria regolata (nelle cellule specializzate
nella produzione di ormoni o neurotrasmettitori: messaggero chimico si lega a
recettori di membrana ed induce segnali che causano attivazione della
secrezione). La cellula deve assumere certe sostanze ma anche liberarsi di altre e
per questo sono molto importanti i meccanismi di regolazione per esempio degli
ioni come il Ca.
Concentrazione ioni calcio: esso riveste un'importanza incredibile. molto
concentrato all'esterno della cellula e nell'ER, mentre poco concentrato nel
citosol. necessario mantenere il suo gradiente di concentrazione invariato.
Infatti, la fusione delle vescicole con la membrana dipende dalle proteine SNARE,
che hanno il compito di mediare l'aggancio delle vescicole con la membrana del
compartimento che deve ricevere il carico. Le SNARE aiutano l'esocitosi regolata
che avviene solo in cellule che hanno subito un repentino aumento di calcio
citosolico.
TRASPORTO
Trasporto: i meccanismi di trasporto sono essenziali per la vita delle cellule. La
cellula ha bisogno di assumere sostanze (glucosio...), di regolare concentrazioni
ioniche (sodio, calcio, idrogeno...) e di eliminare prodotti metabolici di rifiuto
(anidride carbonica). Il doppio strato lipidico fa da barriera alla maggior parte
delle molecole polari, cos che si possano mantenere livelli di concentrazione
diverse fra cellula e fuori della cellula (lo studio stato fatto attraverso la
membrana nera: modello sperimentale per vedere la permeabilit di membrane
sintetiche a diverso contenuto di lipidi). Le molecole idrofobe passano senza
problemi (O2, N2, CO2 e benzene) cos come le piccole molecole polari non
cariche (acqua, urea e glicerolo), ma non passano gli ioni e le grandi molecole
polari (glucosio...). Ci che riesce a passare liberamente attraverso la membrana
lo fa per meccanismo di diffusione semplice, mentre le altre molecole sfruttano
meccanismi di diffusione facilitata e trasporto. Se il trasporto richiede ATP di
parla di trasporto attivo, altrimenti di negativo. Si passa per trasporto passivo
quando si ha diffusione dovuta a una differenza di gradiente, altrimenti si ha
trasporto attivo se ci si muove contro gradiente.
Diffusione semplice: la capacit di diffusione attraverso il doppio strato lipidico
varia in funzione dell'idrofobicit e della dimensione delle molecole. L'acqua per

esempio polare ma ha carica globale neutra. Essa si muove per osmosi: ovvero,
va dove il soluto pi diluito verso dove il soluto pi concentrato. L'acqua
tende a sciogliere le soluzioni fino all'equilibrio. In questo modo cambia il volume
cellulare: in ambiente ipotonico l'acqua continua a entrar nella cellula fino a farla
scoppiare e in ambiente ipertonico tende ad uscire fino a renderla striminzita.
Nelle cellule vegetali non si hanno questi problemi perch le pareti cellulari
ostacolano le variazioni di volume. La diffusione tende al minimo contenuto di
energia libera: le molecole vanno secondo gradiente di concentrazione e se sono
ioni carichi vanno secondo gradiente elettrochimico. All'equilibrio l'energia
minima e cos anche il movimento. Spesso la cellula per opporsi a questo
fenomeno di osmosi e per creare un ambiente isotonico aumenta la
concentrazione di ioni fuori della cellula cos che non scoppi per un eccessivo
ingresso di acqua. Di rilevanza le proteine canale che non legano il soluto ma che
formano dei pori idrofili per il passaggio del soluto
Trasporto attivo: spesso perch ci avvenga servono delle proteine trasportatrici
che si legano al soluto specifico e subiscono cambiamenti conformazionali per
trasferire il soluto attraverso la membrana. Il trasporto sfrutta tali proteine
accoppiandole a una fonte di energia metabolica come l'idrolisi di ATP. Tale
trasporto ha 3 funzioni:
- mantiene le concentrazioni di ioni in un non equilibrio (mantiene il gradiente
ionico)
- regola assorbimento di sostanze dall'ambiente in base sempre alle
concentrazioni rispetto alla cellula
- regola la rimozione di sostanze di rifiuto
Pompa Na+/K+: un antiporto che sposta sodio fuori dalla cellula (3 ioni) e
potassio dentro (2 ioni). un tipo di trasporto attivo che richiede ATP per
funzionare. Una zona di tale antiporto, detta ouabaina, serve a inibire la pompa.
Senza la sua attivit la cellula non pu vivere. Quando si aggiunge ATP essa cambia
forma e consente l'uscita dei tre ioni sodio. Quando si stacca il fosfato cambia di
nuovo forma e pu far entrare due ioni potassio. Questa pompa mantiene
l'equilibrio osmotico impedendo l'entrata eccessiva di acqua. In tale pompa vi un
trasporto secondario/indiretto del glucosio. Il glucosio pu essere assunto in due
modi: passivo o attivo indiretto. Il trasportatore di glucosio molto selettivo e
trasporta solo glucosio-L. Esso deve entrare tutto nelle cellule (serve anche
l'insulina che avverte le cellule e le prepara alla ricezione del glucosio) e quando
ve n' in abbondanza esso viene portato dentro attraverso la pompa sodio/
potassio insieme al sodio.
ATPasi del calcio: trasportatore attivo. Il gradiente del calcio specifico e nelle
cellule deve essere 10 alla -7 M mentre fuori deve essere di 10 alla -3 M. Il flusso

di calcio provoca segnali intracellulari e si trova sul reticolo sarcoplasmatico nelle


cellule muscolari e pompa il calcio dal citosol al reticolo dove si accumula.
Pompa protonica (ATP sintetasi): un complesso di proteine sulla membrana
interna del mitocondrio verso la matrice. Accoppia le energie del gradiente
elettrochimico protonico e dei legami chimici, trasformando il flusso di protoni
nell'energia di un legame fosfato di ATP. Il flusso di protoni indotto dalla catena
respiratoria e dalla stessa ATP sintetasi. Essa funziona in due modi: usa ATP e
sposta i protoni verso lo spazio intermembrana; oppure inverte la funzione e usa
il flusso di protoni dallo spazio intermembrana per avere ATP.
Canali: si ha un loro attraverso cui passano le soluzioni. I canali sono selettivi per
gli ioni.Vi sono sistemi uniporti (passa un solo ione/molecola) o vi sono caso di
cotrasporto (se va in tutte e due le direzioni, uno fuori e uno dentro, si ha
antiporto, se solo in un verso simporto). Un esempio di antiporto la proteina
della banda 3 dei globuli rossi: essa trasporta anioni scambiando ioni carbonato
contro ioni cloro. Nel globulo rosso si ha anche diffusione semplice per ossigeno
e anidride carbonica. Essendo quest'ultima tossica, la cellula la idrolizza in
idrogeno e bicarbonato: per non creare troppo sbilanciamento la banda 3 porta
fuori il bicarbonato e fa entrare ioni cloro per bilanciare (diffusione facilitata).
Quando si nel capillare polmonare la situazione si inverte perch non deve pi
uscire l'ossigeno ma l'anidride carbonica e allora la banda 3 fa uscire gli ioni cloro,
fa rientrare gli ioni bicarbonato che sintetizzano la CO2 che dovr uscire.
Fibrosi cistica (CF): si ha un difetto genico di una proteina di trasporto presente
sulla membrana plasmatica. Le vie aeree sono ostruite dal muco poich vi un
difetto di secrezione degli ioni cloruro: nelle cellule CF a differenza di quelle
normali non si ha secrezione di Cl- in riposta al cAMP. Il cloruro nel passare
attraverso la membrana per questioni di osmosi si portava dietro anche sodio e
acqua che fluidificavano il muco, ma non avvenendo ci, si ha ispessimento del
muco e infezioni batteriche. Il gene difettivo nella CF codifica per il gene CFTR
(gene regolatore della conduttanza transmembrana della fibrosi cistica), una
grande proteina multipasso che pu essere soggetto a bene 600 mutazioni.
Canali ionici: fondamentali per il trasporto. Trasportano un milione di ioni al
secondo secondo gradiente (trasporto passivo di ioni inorganici). Sono selettivi e
consentono il passaggio di ioni con carica e dimensioni adatte. Fluttuano tra uno
stato aperto e uno chiuso. Possono essere regolati da: cambiamenti di voltaggio
attraverso la membrana; attacco di un ligando (neutrasmettitore, ione o
nucleotide); stress meccanico. Nell'assone si hanno i neurotrasmettitori. Quando
si aprono i canali si ha segnalazione ionica. I canali ionici sentono un segnale
chimico e trasmettono segnale elettrico. La membrana si depolarizza (potenziale
d'azione: va ad un potenziale meno negativo di quello a riposo). L'inattivazione del

canale impedisce alla depolarizzazione di agire in modo retrogrado. In risposta alla


depolarizzazione con un certo ritardo si attivano i canali del potassio che
riportano il potenziale a valori pi negativi (a riposo). Nel caso della trasmissione
neuromuscolare si ha contrazione in vari stadi:
-il potenziale di azione raggiunge la membrana presinaptica; depolarizzando la
membrana si aprono i canali del calcio (voltaggio dipendenti) che porta a uscita di
acetilcolina in vescicole.
- Viene aumentata l'uscita di acetilcolina che si lega al recettore e causa un flusso
di Sodio entrante nella membrana postsinaptica. Gli ioni sodio depolarizzando la
membrana
- la depolarizzazione locale apre altri canali sodio voltaggio dipendenti e crea una
depolarizzazione su tutta la membrana
- la depolarizzazione fa aprire i canali del calcio regolati da voltaggio
- questo afflusso di calcio fa aprire temporaneamente i canali di rilascio del calcio
che si trovano sul reticolo sarcoplasmatico che rilascia nel citosol gli ioni calcio
che aveva. Questo fa contrarre le fibre muscolari.
SEGNALAZIONE INTERCELLULARE
Segnalazione: l'evoluzione degli organismi dipende dalla capacit delle cellule di
comunicare tra di loro. Tale comunicazione regola lo sviluppo, l'organizzazione, la
crescita, la divisione cellulare... Spesso le segnalazioni avvengono per vie indirette,
ovvero tramite segnali chimici. Senza segnali la cellula muore.Vi sono tre tipi di
segnalazioni:
- endocrina (concentrazione di ormoni= 10-8 M): ormoni prodotti dalle ghiandole
endocrine viaggiano nel sangue a concentrazioni basse agendo su cellule ben
distanti da dove loro sono prodotti.
- sinaptica (concentrazione= 10-4 M): avviene a livello di ogni cellula nervosa.
Ogni neurone ha un'estroflessione (assone) che arriva a contatto con la cellula
bersaglio. Tuttavia tra le due membrane vi una zona detta sinaptica, dove le due
membrane non si toccano, ma sono a distanza molto ravvicinata. Il segnalatore
passa in questo spazio (per le cellule nervose i neurotrasmettitori).
- paracrina: avviene a livello dei singoli tessuti. Molte cellule producono molecole
segnale che funzionano come mediatori chimici locali.
Vi ancora una segnalazione particolare che quella autocrina: una cellula
produce i segnali che riceve la cellula stessa. Funzionano cos le cellule tumorali
che in questo modo si rendono indipendenti dall'ambiente.
Molecole segnale: esse possono essere idrosolubili (neurotrasmettitori, molti
ormoni, mediatori chimici locali...), ovvero non attraversano la membrana
plasmatica e interagiscono con le cellule rimanendo all'esterno. oppure
liposolubili (ormoni steroidei e tiroidei), ovvero idrofobi e che attraversano la

membrana, sintetizzati dal colesterolo (cortisolo, testosterone, estradiolo, acido


retinoico...). Una cellula risponde al segnale quando possiede il recettore adatto.
Le molecole che funzionano a bassa concentrazione hanno recettori ad alata
affinit, altrimenti vi sono recettori a bassa affinit.
Interazione molecole segnale-recettori: l'interazione impone dei cambiamenti
conformazionali ai recettori che subiscono transizioni allosteriche: i cambiamenti
di forma innescano una catena di segnali intracellulari. Le proteine di segnalazione
sono numerose e per questo suddivise in sottoclassi.Vi sono 3 possibilit: si
modifica l'attivit di un enzima metabolico andando a fosforilarlo cambiando il
metabolismo (gruppi fosfato o GTP: cambia sempre la forma); si ha traslocazione
di uno o pi fattori dal citosol al nucleo e si altera l'espressione genica; si agisce
sulle proteine del citoscheletro modificandone la forma o alterando il movimento
della cellula.
Fosforilazione: avviene in due modi: aggiunta di un gruppo fosfato o aggiunta di un
gruppo GTP. Si usano o enzimi chinasi o proteine G. L'enzima chinasi prende e
idrolizza ATP portando il gruppo fosfato o su s stesso o su un substrato. Nel
gruppo GTP l'intero nucleotide a spostarsi: un enzima sostituisce un GPP
(inattivo) con GTP che incontra idrolisi spontanea nell'attivazione del substrato.
La fosforilazione avviene solo sugli amminoacidi con gruppi OH (serina treonina,
tirosina): si libera H e si lega il gruppo fosfato che con la sua doppia carica
negativa cambia forma e attiva la proteina substrato. La fosfatasi invece si occupa
della defosforilazione. Le chinasi che invece fosforilano sono divise in due gruppi:
quelle per serina e treonina e quelle per tirosina
Recettori: essi sono suddivisi in tre sottoclassi:
- i recettori collegati a canali ionici (attraverso un ligando si apre il canale e si fa
passare lo ione)
- i recettori legati alle proteine G: si attiva G che a sua volta attiva un enzima a
valle
- recettori legati agli enzimi: l'attivit enzimatica sta nella sua parte citoplasmatica
interna (dominio catalitico attivo solo se lega una molecola segnale).
Importante il fatto che si fosforilano sia le molecole segnale sia i recettori. Inoltre
si attivano dei complessi di trasduzione.
Proteine scaffold (impalcatura): esse sono proteine che la cellula sfrutta per
ottenere specificit. Esse funzionano legando complessi di segnalazione che quindi
funzionano quando sono ad alte concentrazioni. Spesso la cosa del recettore
fosforilata e gli amminoacidi fosforilati servono poi da siti di attracco per altre
proteine di segnalazione.Vi sono tre casi: impalcatura dove i segnali si attaccano
sia quando il recettore attivo sia quando non lo ; un complesso che si forma
solo dopo che il recettore si attivato e il recettore attivato si autofosforila in

siti multipli che sono siti di attracco per proteine di segnali intracellulari.
Domini di legame modulari: le interazioni fra proteine di segnalazione
intracellulare sono mediate da domini di legame modulari. Le interazioni
ravvicinate tra diverse proteine determinano i segnali.Ve ne sono diversi: SH2
(esso lega solo le tirosina chinasi fosforilate: dominio di omologia sarc2), SH3
(dominio di omologia sarc3: lega gruppi ricchi di proline e funge da adattatore per
legare altre proteine), PTB (funziona da alternativa a SH2) e PH (interagisce con i
gruppi fosfato di un particolare lipide ovvero l'inositolo).
Recettori ad attivit enzimatica intrinseca: la maggior parte di essi sono tirosina
chinasi. Sono proteine di membrana monopasso che hanno dominio catalitico.
Sono spesso recettori per fattori di crescita, ormoni e mitogeni (entrano nel ciclo
cellulare). La conservazione dei domini interni di questi recettori molto alta.
Molto importanti recettori tirosina chinasi sono l'EGF (fattore di crescita
dell'epidermide), il tetramero del l'insulina e l'NGF (fattore di crescita dei nervi). Il
recettore si attiva quando arriva il ligando e questo porta il recettore a
transfosforilarsi. Le tirosine fosforilate si legano a loro volta a SH2 o a PTB.
Legate le SH2 e le SH3 si attaccano le Sos richiamate dal Grb2 ( quello con il
dominio SH2 che lega la Tyr-P). Sos uno scambiatore di nucleotidi che attiva la
proteina G che si chiama RAS (indispensabile nella divisione cellulare). RAS a sua
volta attiva una catena di segnali , detta la cascata delle MAP-chinasi. In questo
modo funziona il recettore dell'EGF e cos anche il PDGF, con la differenza che
quest'ultimo lega 2 recettori. L'EGF costituisce una famiglia dove vi sono vari
recettori: EGFR, ErbB2, ErbB3 e ErbB4, i quali hanno numerosi ligandi (un difetto
sulla ricezione dell'ErbB2 d tumore al seno). Altri enzimi attivati dai recettori Tyrchinasi sono le fosfolipasi (PLC) di cui vi sono varie isoforme. Questo enzima ha a
che fare con un lipide di membrana modificato dall'inositolo. L'inositolo ha un
fosfato con cui si lega al glicerolo e pu avere altri gruppi fosfato (posizione 4 o
5). un lipide di membrana modificato con uno zucchero (unico sulla membrana).
La fosfolipasi riconosce tale struttura e taglia sul legame tra glicerolo e gruppo
fosfato: si hanno diacilglicerolo e inositolo 1,4,5-trifosfato. Gli inositoli liberati
dalla membrana rilasciano gli ioni calcio (si apre un canale selettivo che dal
reticolo porta al citoplasma) che attivano una risposta secondaria. Gli ioni calcio
tramite trasporto attivo sono subito riassorbiti nel reticolo. Dipendono dagli ioni
calcio le calmoduline che regolano le attivit enzimatiche a valle in presenza di tali
ioni: cos si attivano e cambiano forma per legarsi a una chinasi. Questo vale
soprattutto per la proteina chinasi C ( una calmodulina) che funziona quando
lega diacilglicerolo (DAG) che deriva dal processo descritto prima. Un altro
esempio quello di altri due recettori di chinasi per l'attivazione delle citochine:
esse sono prodotte da cellule circolanti, soprattutto linfociti. Esse hanno un

ampio campo di azione e il loro recettore costituito di due catene. Perch si


attivi il recettore servono due chinasi (JACK) che regolano proteine STAT
agiscono sui geni. Le JACK si transfosforilano e poi fosforilano le code del
recettore che diventano siti di attacco per le STAT che fosforilate da JACK che
hanno un dominio SH2 dimerizzano sfruttando tale dominio. Tale dimero si sposta
nel nucleo, si lega al DNA e ad altre proteine, attivando la trascrizione del gene.
Infine vi il modello del recettore TGF-beta: una molecola che induce il
differenziamento, stoppando la proliferazione. Il recettore una serina/treonina
chinasi: le code del recettore di transfosforilano e le molecole che svolgono le
funzioni sono molto specifiche (pi di quelle della tirosina). Al posto di STAT qui
le proteine sono le SMAD le quali dimerizzano e nuovamente entrano nel nucleo
e attiva la trascrizione di geni specifici.
Recettori proteine G: sono multipasso con 7 domini transmembrana: struttura
molto complessa. Non c' attivit enzimatica, ma deriva dall'associazione alla
proteina G. Legato il ligando si attivano le proteine G eterotrimetriche alfa, beta e
gamma. Alfa scambia GDP con GTP e attiva delle vie a valle. Le G sono
intermediarie tra recettori e attivit enzimatica: attiva la PLC-beta (fa la stessa
cosa della PLC-gamma che era quella delle tirosine chinasi), fa uscire lo ione
calcio e attiva il cAMP.. Infatti le proteine G attivano le adenilato ciclasi: queste
ultime prese le ATP toglie 2P legando il 5 e il 3 del nucleotide ottenendo cAMP.
Questo attiva le proteine chinasi A: essa ha 4 subunit e funziona solo se due di
esse si staccano ad opera del cAMP. Un esempio l'adrenalina: d una risposta
fight or flight e funziona con recettori legati a G. Ha una marea di funzioni fra cui
nel fegato lo stimolo di glicogenolisi. L'attivazione della PKA blocca la glicogeno
sintetasi e fosforila la fosforilasi chinasi che con una cascata enzimatica porta il
glicogeno a divenire glucosio 1P. Oltre a questa risposta se ne ha un'altra
decisamente pi lenta che l'attivazione del fattore trascrizionale CREB (esso
entra nel nucleo e lega un promotore con sequenza CRE, attivando geni coinvolti
nella glucogenesi per dare enzimi anabolici necessari per formare altro glucosio).
Le proteine G possono essere di stimolo, ma anche di inibizione: le si trovano per
esempio in risposta a infezioni, come il colera che colonizza l'apparato digerente.
La tossina del colera ha come bersaglio le G stimolatrici per l'adenilato ciclasi: si
continua l'attivazione delle cAMP sbilanciando il quadro salino e rilascia sodio e
acqua con risultato diarrea e squilibrio degli elettroliti (la tossina blocca
l'inattivazione spontanea della proteina G)
Desensibilizzazione: Una volta che arrivano le segnalazioni i recettori devono
essere eliminati dalla superficie cellulare, o meglio ci deve essere
desensibilizzazione, ovvero riduzione delle risposte recettoriali (detta anche
sottoregolazione). Si parla anche di regolazione negativa recettore. Nella rapida

(in pochi minuti si dimezza l'effetto massimo) il recettore viene rimosso dalla
membrana, mentre nella tardiva, in seguito a lunga esposizione con l'antagonista,
(da vari minuti ad alcune ore) si ha distruzione lisosomiale e/o riduzione della
sintesi del recettore stesso. La rimozione dalla membrana avviene per
internalizzazione con vescicole ricche di clatrina e il recettore cos migra
nell'endosoma. Ad attivare questa via ci pensa la fosforilazione del recettore e
l'associazione con beta-arrestina. Si hanno due vie: si defosforila il recettore e poi
lo si dissocia dalla beta-arrestina, riportandolo sulla membrana (riciclo recettore);
oppure il recettore passa al lisosoma dove viene degradato.
Ubiquitina e proteasoma: meccanismo alternativo al lisosoma per degradare
selettivamente dei substrati. Un proteasoma un complesso proteico presente
sia nel nucleo sia nel citoplasma. Esso degrada una proteina per proteolisi (si
tagliano i legami peptidici). Le proteasi operano all'interno del proteasoma. Esso
regola le concentrazioni relative di proteine nel citoplasma. Le proteine che
devono essere degradate sono marcate con l'ubiquitina.Vi sono varie ubiquitine
ligasi: legano il substrato e fanno interagire l'ubiquitina con esso. Il substrato entra
nel proteasoma, una specie di cilindro, dove la proteina denaturata e degradata.
Se c' poliubiquitina la degradazione diretta. EGF attiva il sistema ubiquitinaproteasoma per esempio.
CITOSCHELETRO
Citoscheletro: una complessa rete proteica di filamenti e tubuli che si estende
nel citosol. Esso consente alla membrana di mantenere una forma specifica. Il
citoscheletro divide la cellula in compartimenti e tiene in posizione gli organelli.
Importante anche nella divisione cellulare. Esso fondamentale nella contrazione
muscolare ed anche punto di aggancio. La cellula circondata da altre cellule
che esercitano attrazione con stress meccanico spesso. Il citoscheletro serve
anche per segnalazione e adesione cellulare. formato da tre strutture:
- microfilamenti di actina: sono fatti di polimeri di actina e hanno diametro di 7
nm
- filamenti intermedi (IF): hanno un diametro intermedio di 10 nm e sono
distintivi di ogni ciclo cellulare.Vengono sfruttati per distinguere un tessuto da un
altro.Vi sono sei classi di IF di cui le prime due comprendono cheratine (cellule
epiteliali, capelli e unghie), che sono di 28 tipi diversi. Costituiscono la parte pi
deformabile. Sono proteine fibrose che formano strutture complesse con due
dimeri antiparalleli (un tetramero sfalsato).
- microtubuli: sono formati da tubulina, hanno forma cilindrica e diametro di 25
nm. Formano una struttura a raggiera.
Actina: Componente citoscheletrica pi abbondante: il 5% delle proteine della
cellula. Molto rilevante. L'actina ha un ruolo strutturale (le d stabilit) e d

conformazione spaziale alla cellula e ha anche un ruolo funzionale legato alla sua
contrattilit. Si trova in microfilamenti molto sottili formati da due catene di
strutture globulari arrotolate. La forma monomerica di actina globulare detta G
ed la base dei filamenti. Dalla G si passa alla F che quella filamentosa. L'actina
molto dinamica e si modella nel tempo. Il citoscheletro di actina quello che d
il movimento cellulare. Le subunit di actina G hanno una struttura ben definita
che comprende un incavo in cui si inserisce la ATP. L'actina G ha un apice e
quando passa a F cresce in una direzione.Vi un terminale negativo e uno
positivo: dalla parte negativa non si aggiungono subunit, ma si ha una crescita
solo in direzione positiva. La crescita del microfilamento dinamica e si rimodella
nello spazio perch non statica. necessaria ATP per avere il processo di
allungamento e liberato per idrolisi un fosfato rimane ADP all'interno della
struttura: nella polimerizzazione si passa da actina G ad F. Per polimerizzare
servono anche sali come magnesio e potassio e tutte le volte che si ha
polimerizzazione si ha un inizio lento, fase di latenza, e poi crescita esponenziale
fino a un plateaux: (non cresce pi). L'ADP resta poi intrappolato nella struttura.
L'actina non funziona da sola ma associata ad altre proteine che controllano la
polimerizzazione dell'actina: sia controllo positivo (favoriscono la crescita) sia
negativo (mantengono la G nel citoplasma: per esempio la timosina si lega al
monomero e ne blocca la polimerizzazione). La profilina invece accelera lo
scambio di ATP con ADP ed un meccanismo di regolazione della
polimerizzazione di tipo positivo.
Struttura actine: Dal punto di vista della struttura vi possono essere 3 strutture
standard che dipendono da proteine complementari: cio, organizzato il filamento,
si ha un controllo sulla disposizione dei filamenti l'uno rispetto all'altro in modi
diversi. 3 tipi (per esempio nel connettivo)sempre considerando un doppio
filamento intrecciato di actina:
- possono essere in parallelo e anche molto vicini tra loro (compatti): l'actina
strutturale. Per esempio nel microvillo dell'intestino sostenuto da filamenti di
actina paralleli e molto compatti: forte sostegno e regolare.Vi un fascio denso di
filamenti. Sono a distanze regolari grazie a delle proteine che mantengono i
filamenti a delle distanze stabili e precise. A tenere i filamenti separati in modo
parallelo c' la fimbrina (proteine associate all'actina per tale struttura).
- formano delle reti pi o meno larghe con una consistenza di gel (pi morbida di
quella precedente). Si hanno molecole di filamina che fanno da ponte tra due
microfilamenti che si intersecano formando larghe reti tridimensionali
- fasci pi o meno paralleli, caratterizzati da contrattilit: se ci deve essere
maggiore distanza serve una proteina che lo consenta e sia pi grande, ovvero
l'alfa-actinina. Stessi filamenti del primo tipo, ma diversa proteina che separa i

filamenti. Poi si associano proteine contrattili come la miosina


Movimento: l'actina ha fibre di movimento. La cellula usa un substrato per
muoversi e sfrutta dei piedi, o meglio, estroflessioni di membrana con cui si
poggia sul substrato. La faccia apicale sta sopra. La cellula si muove in una
direzione che controllata dalla presenza di molecole chimiche che fungono da
attrattori: cio, si muove in risposta a stimoli. Il movimento comporta una
estensione della cellula tramite i lamellipodi (si hanno delle forme a ventaglio). A
questo punto la cellula si allunga ed esercita una tensione sulla membrana (che
una forza meccanica) e la fa senza superare un certo livello per non subire un
trauma. Si staccano i piedi e tali strutture adesive si vanno a riformare pi in l. I
piedi sono detti contatti focali e dentro hanno actina e fuori le integrine (proteine
di adesione). Se resta il fattore stimolante continua l'allungamento. La cellula si
allunga finch pu e salta in avanti solo perch lungo il corpo della cellula si
hanno, distribuiti in modo uniforme, dei fasci contrattili di actina. La cellula si
muove tramite protrusioni di piccole estensioni di membrana con filamenti di
actina: filipodi (monodimensionali e con un nucleo di actina), lamellipodi
(bidimensionali con reti di filamenti di actina) e pseudopodi (tridimensionali con
gel di actina).
Proteine motrici: la miosina una delle pi importanti. Proteina chiamata motrice
perch grazie alla sua funzione ATPasica (idrolizza ATP)permette la contrazione e
quindi il movimento. Sono un insieme di catene (sono numerose le miosine)
legate a delle teste globulari, con cui si attaccano all'actina. Permette contrazione
muscolare, movimento cellulare e citochinesi. La miosina una proteina motrice,
ma costituisce una famiglia di cui vi sono almeno due sottoclassi. La pi
importante quella del muscolo scheletrico (miosina 2: abbondante li ma anche
da altre parti, con due catene pesanti e due leggere che si intrecciano terminando
in due teste).Vi una miosina ogni 100 actine per indurne il movimento. La
miosina 1 pi piccola e si trova nelle cellule senza base muscolare: un'unica testa
motrice. La testa di miosina va verso l'estremit positiva del filamento di actina. La
miosina 2 spinge in 2 direzioni, la 1 solo in una direzione. Per far muovere i
filamenti di actina serve la miosina. Le fibre di stress (filamenti di actina con
miosina e varie altre proteine) si inseriscono nella membrana sui contatti focali
con un'estremit e con l'altra aderiscono al citoscheletro o a un altro sito di
adesione focale
Tre proteine monomeriche G: Rho (stimola la formazione di fibre di stress),
Rac(lamellipodi), Cdc42 (filipodi). Quando c' stimolo prima si ha Cdc42, poi Rac
che tasta l'ambiente e poi Rho che d il movimento. Si ha una cascata di attivit.
Esempio: stimolo esterno (ad esempio l'acido lisofosfatidico LPA) con il
corrispondente recettore legato alle proteine G con 7 domini. Si attiva Rho che

fa attivare la Rho chinasi (attivazione in casi di contrazione importante) che


fosforila la MLCK (catena chinasi di miosina leggera) che fosforila la catena
leggera di miosina. Si uniscono miosina fosforilata e actina formando fibre di
stress contrattili
Contrazione muscolare: la contrazione si basa sulla struttura del sarcomero dove
i filamenti di actina e miosina si intercalano e scivolano gli uni sugli altri. La fibra
muscolare data da tante miofibrille che insieme danno un sincizio: i nuclei non
sono separati, quindi non c' separazione tra le cellule. Le miofibrille sono
strutture citoscheletriche complesse. Il sarcomero ha due regioni con dischi Z e
filamenti sottili (actina) e spessi (miosina).Vi una zona in cui sono sovrapposti
tali filamenti. La parte tra i due dischi nella contrazione porta i filamenti di actina
ad avvicinarsi sempre di pi tramite la miosina. Queste unit sono ripetute molte
volte nel nostro muscolo. Il muscolo fa una forza che dipende dal numero delle
teste di miosina che stanno a contatto con l'actina: pi c' contatto pi la
contrazione potente. Sarcomero contratto: massima sovrapposizione actinamiosina. I ponti si formano tra actina F e le teste della miosina dei filamenti spessi.
Del filamento di actina si devono considerare due globuli e la testa della miosina:
fenomeno che si ripete una marea di volte. Attacco: una testa di miosina non
legata ad ATP si ancora all'actina (rigor): stadio breve tranne nella morte dove
perdura questo stato; nel rilascio l'ATP
si lega grossi peni by umbe alla miosina
e si stacca dall'actina; fase armata: la
miosina ha ATPasi e per idrolisi di ATP
cambia la struttura, cambiando angolo
e toccando una diversa subunit di
actina. La testa si sposta di 5nm verso
l'estremit positiva; generazione della
forza: si rilascia il fosfato dato il legame
debole miosina-actina: il rilascio d
colpo di potenza con cui la miosina
torna nella posizione iniziale spostando l'actina poich se la porta dietro. La testa
libera l'ADP che legava cos che si ripeta il ciclo.
Ciclo ioni calcio nella contrazione muscolare:Tutto il sarcomero avvolto dal
tubulo T, un reticolo pieno di ioni calcio. Gli ioni calcio devono arrivare a contatto
con il sarcomero per dare la contrazione. Il legame della miosina sull'actina
regolato dagli ioni calcio: il sito di legame mascherato da tropomiosina che
chiude la interazione impedendo il riconoscimento tra miosina e actina. Deve
essere rimossa per consentire l'attacco e ci accade grazie al calcio che regola la
troponina (una calmodulina) che cambia la conformazione: si stacca la

tropomiosina e si attacca la miosina.Vi sono 350 teste in un filamento spesso e


ogni secondo 5 attacco/stacco. La miosina ovviamente non galleggia ma tenuta
in posizione da molle, ovvero proteine accessorie come titina, connettina e
nebulina.
I muscoli lisci: sono muscoli involontari e hanno una struttura con grossa cellula
attraversata da una rete che si pu contrarre o meno. La contrazione pi lenta,
ma pi duratura. Dipende dall'accorciamento delle fibre poste a maglia e
soprattutto calcio dipendente.
Microtubuli: sono tubi cavi formati da polimeri di tubulina che formano lunghi
polimeri rigidi: governano la localizzazione degli organelli cellulari e servono per il
trasporto di vescicole. La tubulina pu essere un monomero alfa o beta e si
uniscono insieme per formare complessi che insieme costituiscono i
protofilamenti. Un microtubulo formato da 13 protofilamenti e stanno tutti
paralleli a formare un cilindro cavo. I protofilamenti hanno un senso di sviluppo:
negativa la base e positiva la parte apicale. I microtubuli sono quelli che pi
attivamente sono formati e distrutti: la loro dinamica legata al momento del
ciclo cellulare. Il microtubulo una componente essenziale. Nella subunit beta si
inserisce un nucleotide di GTP: alfa e beta polimerizzano e via via che si allunga il
filamento si idrolizza GTP che diventa GDP. La polimerizzazione dipende dalla
presenza del dimero alfa-beta. La parte in via di formazione detta cappuccio in
crescita ed ricco di GTP, mentre la parte gi del tutto formata ricca di GDP. I
filamenti crescono tutti in contemporanea. La grande dinamicit porta a un
rapido disassemblamento.Vi sono 3 momenti: fase di latenza in cui si organizzano
i primi oligomeri (i 13 filamenti si piantano nel centrosoma); poi fase di crescita
esponenziale che dipende dalla concentrazione di dimero-GTP.; infine, nella terza
fase si arriva a un plateaux dove dopo la stabilizzazione si ha subito dopo una
depolimerizzazione. Sino a quando c' il cappuccio a GTP il microtubulo continua
a crescere, ma quando non si attaccano pi dimeri e la GTP diventa GDP inizia il
processo di deassemblaggio.
Centrosomi: sono i siti primari di nucleazione dei microtubuli. Il centrosoma nella
cellula di interfase vicino al nucleo e dal cuore della cellula i microtubuli si
aprono a raggiera. I centrosomi sono formati da una coppia di strutture
cilindriche, i centrioli, ad angolo retto. Si trovano poi tali complessi anche nelle
fasi in cui la cellula si divide e anche nella cellula nervosa dove le vescicole
viaggiano grazie ai microtubuli che spostano le vescicole.
Chemioterapia: i microtubuli sono stati e sono tuttora sfruttati come sostanze
sensibili a quelle antimitotiche. La chemioterapia si basa su questo: sfrutta alcaloidi
(colchicina, vinblastina e vincristina: ultimi due meno tossici)che si legano ai dimeri
di tubulina impedendo la mitosi (non si riescono ad aggregare agli altri dimeri),

disaggregando il fuso. Il taxolo invece ha funzione opposta: lega ai microtubuli e li


stabilizza. Le cellule si arrestano comunque in mitosi perch i microtubuli non
riescono a depolimerizzare. Sono elementi vegetali molto efficaci, ma sono molto
aggressivi perch bloccano tutte le cellule che sono colpite da queste sostanze.
Proteine associate: mediamente un microtubulo dura 10 minuti. La loro funzione
tale solo perch si associano ad altre proteine (come per l'actina): o proteine di
tipo motorio o di assemblaggio. Importanti le MAP (proteine di associazione al
microtubulo): le stabilizzano ostacolando la depolimerizzazione consentendo che
viva a sufficienza per le sue funzioni. La stabilizzazione importante nelle cellule
nervose: nell'assone la proteina detta tau e nei dendriti MAP2.
La linea dei microtubuli: essi hanno anche delle proteine di trasporto per le
vescicole. Le proteine motorie sono la chinesina o la dineina a cui si attaccano le
vescicole: cos si ha il trasporto. Le MAP (vedi proteine associate) includono
anche chinesina e dineina e sono motori proteici, ovvero usano ATP per
trasportare le vescicole. Le dineine/chinesine citoplasmatiche servono per
trasporto di organelli e mitosi; la dineina ciliare per il movimento del ciglio.
Chinesine e dineine si muovono in direzioni opposte. La struttura di queste due si
basa su delle teste con un'attivit ATPasica che fa spostare quello che hanno
attaccato lungo il microtubulo.Vi poi anche la proteina MARK che si lega al
tubulo e impedisce l'attacco della chinesina. Perch la chinesina si leghi e si
allontani la MARK serve la fosforilazione di MARK che cos si stacca. La stessa
cosa succede per la dineina che lega il microtubulo con almeno 3/4 proteine
diverse che fanno un ponte. La dineina il motore e il ponte un modo per
favorire il trasporto. I microtubuli sono il cammino che seguono le vescicole.
Oltre alle proteine motrici ne servono quindi di accessorie. Le vescicole hanno
chinesina o dineina a seconda di dove devono dirigersi. Nell'assone le vescicole
che legano la chinesina vanno verso l'estremit positiva del microtubulo, verso la
densit sinaptica per il rilascio; il flusso di vescicole retrogrado sfrutta la dineina e
va su una faccia diversa del microtubulo.
Ciglia e flagelli: i microtubuli si trovano in tutte le cellule ciliate (nelle ciglia) e nei
flagelli. Ciglia: sono date dall'unione di microtubuli in forme complesse. La
disposizione di 9+2. Non si ha un singolo microtubulo, ma una coppia dove uno
fuso dentro l'altro.Vi una raggiera di 9 strutture a doppio microtubulo che si
connettono tutte a una struttura centrale con due microtubuli. Il ciglio si innesta
in un corpo basale e da l si organizzano le strutture di microtubuli.Vi sono
proteine associate come le dineine ciliari (non le motrici utili per le vescicole). I
movimenti di ciglia e flagelli sono piegamenti piuttosto robusti: colpi di spazzola
dati nell'ambiente. Quando ciglia e flagello si ripiegano: questo dovuto al fatto
che i microtubuli da una parte si accorciano e dall'altra di allungano. C' una

patologia genetica: la sindrome di Kartagener, dove le braccia delle dineine ciliari


non sono ben disposte e le ciglia sono quasi immobili. Questo causa una
incapacit di pulire l'apparato respiratorio. Il ciglio si muove ribaltandosi con un
movimento di 180 gradi e poi torna indietro (come un braccio nello stile libero).
Il flagello si muove in modo pi complesso con vari ripiegamenti.
Vi sono due teorie: i microtubuli riescono a scivolare l'uno sull'altro, altri parlano
di struttura compatta che li fa muovere tutti insieme. I flagelli sono sempre
movimenti ondulatori.
STRUTTURE ADESIVE
Citoscheletro: nelle cellule punto di ancoraggio.Vale soprattutto per i filamenti
di actina e i filamenti intermedi che costituiscono il citoscheletro, non per i
microtubuli. L'adesione cellulare un meccanismo fondamentale. Pu essere fra
due cellule: il toccarsi le fa aderire e stare in contatto le une con le altre. Poi le
cellule prendono anche contatto con la lamina basale: le cellule mediano una
adesione con una matrice, la lamina basale. Le cellule vicine sono strettamente
associate tra di loro. Le cellule non si fondono insieme: vi sono punti in cui sono
pi strettamente vicine o casi in cui sono pi lontane ma tenute insieme da
proteine di membrana. I legami formano le giunzioni pi o meno strette: quella
apicale delle epiteliali detta stretta (non passa quasi nulla). L'adesione le pu
connettere in modo diverse: le caderine, per esempio, sono proteine che passano
nella membrana e che fuori hanno dei domini che possono associare il calcio. Le
due proteine si associano con un legame omofilico (nelle epiteliali si hanno le ecaderine). Le caderine si associano formando un complesso/gancio, fatto grazie
agli ioni calcio. La caderina dentro la cellula si associa al citoscheletro: sia di actina
sia a quelli intermedi (la cheratina nelle epiteliali). Si ha un movimento cos
unitario delle cellule perch i due citoscheletri sono in contatto. Le caderine sono
anche un marcatore epiteliale e dimostrano che meno ne abbiamo pi il tumore
aggressivo (le cellule sono pi separate e si possono avere metastasi). In alcuni
casi i complessi con le caderine che prendono contatto con la cheratina formano
i desmosomi: sono due vere e proprie placche che uniscono i due citoscheletri
Cellule non epiteliali: in cellule non epiteliali vi sono sempre contatti, ma meno
organizzati.Vi sono le caderine (non pi epiteliali ma diverse) con organizzazioni
meno importanti.
Nei meccanismi di adesione tra cellule vi sono diverse interazioni:
-omofilica: si attaccano con proteine uguali
- eterofiliche: due proteine non pi identiche, ma fungono una da recettore, l'altra
da ligando e sono tutte fissate sulla membrana. Per esempio, tale legame si trova
per le cellule dell'endotelio legate ai globuli bianchi. Il linfocita ha le integrine
mentre la cellula dell'endotelio ha le VCAM (dette anche ICAM: vascular cellular

adesion molecules): il legame temporaneo ed dovuto all'esigenza del linfocita


di passare dall'endotelio agli strati sottostanti. Le VCAM fanno parte delle
immunoglobuline.
Interazione cellula-matrice: Importante anche l'interazione della cellula con la
lamina basale: epitelio-lamina-connettivo dove gli ultimi due sono fatti pi o meno
dalle stesse proteine, quelle della matrice extracellulare. Si tratta di proteine
grandi, che danno forma alla struttura. Per esempio il collageno (forma le
cartilagini, i tendini e cos via...) e d anche una certa elasticit. La matrice
prodotta da cellule specializzate: fibroblasti (epiteli), osteoblasti (ossa),
condroblasti (cartilagine). Sono tutte proteine fibrose, molto grandi fra cui:
fibronectina, laminina, collageno e proteoglicani. Si forma una vera e propria reta,
un gel idratato: si possono riempire di acqua di modo che le sostanze possano
diffondere.
Le proteine della matrice: ve ne sono di diverse; i proteoglicani (GAG): hanno un
corpo centrale a cui si attaccano bracci laterali tutti glicosilati ed in grado di
riempirsi di acqua. La struttura delle GAG resiste alle compressioni mentre le
fibre di collageno assicurano resistenza alla trazione. Quindi si hanno collageno
(fibrose strutturali), i proteoglicani (GAG) e le proteine fibrose adesive
(fibronectina e laminina). La lamina basale un concentrato di proteine della
matrice che forma una rete molto stretta. Ogni fibra muscolare avvolta in una
lamina basale.
Integrine: Le cellule legano le proteine della matrice con le integrine: la loro
funzione principale questa (non solo adesione cellula-cellula). Sono un
eterodimero e una grande famiglia. Ogni cellula ha un gran numero di integrine.
La mancanza di fibronectina impedisce l'impianto dell'embrione nell'utero:
fondamentale. I collageni: sono tanti e non si provato a eliminarli tutti, quindi, i
difetti sul collagene sono compatibili con la vita; togliendo l'integrina, soprattutto
la catena beta uno si avuto lo stesso esito della fibronectina. Le integrine si
localizzano nella parte basale, a contatto con la lamina, e si legano a cheratina e
actina. I contatti focali (i piedi della cellula) sono i punti di incontro tra lamina
basale e cellula. I piedi delle cellule sono, pertanto, un'unione di integrine tutte
organizzate che legano la lamina: quando si staccano perch i legami si rompono
(si basa sul flusso di ioni calcio). Quando la cellula si lega alla lamina si forma un
emidesmosoma: ovvero, connettono la superficie basale di una cellula epiteliale
con la superficie basale sottostante.
Malattie legate all'adesione cellulare:Vi sono malattie legate alla organizzazione
del tessuto connettivo. Per esempio il pemfigo bolloso una malattia del derma.
Colpisce non solo le persone anziane ed dovuta al fatto che nell'organismo si
producono antianticorpi diretti contro le proteine degli emidesmosoma

impedendo il legame derma-epiderma.


Piastrine:Vi sono dei meccanismi di regolazione per la formazione dei contatti. Le
integrine possono essere localizzate e organizzate per dare dei legami.Vi sono
cellule che devono stare sempre in contatto, ma altre no. Per esempio le piastrine:
sono elementi circolanti che formano il coagulo. Servono quando si innesca la
cascata di coagulazione. Quando si ha coagulo si condensano grazie alle integrine.
Interazione fra due piastrine: si organizzano e ognuna di esse ha un'integrina. In
mezzo, a legarle, c' il fattore di von Willebrand che fa da ponte tra due piastrine.
Tuttavia il fenomeno deve essere regolato: solo quando serve la coagulazione si
attiva l'integrina sulla piastrina che riesce a vedere cosi il fattore di von
Willebrand.Vi sono segnali che arrivano sulla cellula e fanno organizzare le
integrine dall'integrine. Prima erano staccate e non riconoscevano von willebrand.
Cos si regola l'adesione.Vi sono pazienti che hanno difetti sull'integrina-beta3 che
cos non coagulano.
CELLULE STAMINALI
Cellule staminali: vi sono compartimenti cellulari ad attiva divisione (i globuli rossi
cambiano ogni due/3 settimane), poi quelli a medio tasso di rinnovamento (pelle)
e poi vi sono dei compartimenti statici (sistema nervoso). Ci sono tessuti in cui
c' ancora potenzialit di divisione, altri in cui non c' pi. Nell'organismo ci sono
200 tipi di cellule specializzate diverse che derivano dall'unica cellula, lo zigote.
Nell'individuo adulto alcuni tessuti si rinnovano continuamente e/o si riparano in
seguito a lesioni (come il fegato: basta trapiantare il pezzo perso perch si abbia
rigenerazione: ha una componente staminale). Una cellula staminale una cellula
indifferenziata che genera una cellula identica a se stessa, o cellule che seguono
una linea di differenziamento. Le staminali hanno le propriet dell'autorinnovamento (dimensione del compartimento staminale sono mantenute da tale
processo) e anche la potenza (generare cellule mature specializzate). Dopo lo
zigote si hanno le cellule totipotenti (in grado di generare tutte le cellule,
compreso il cordone e la placenta: quindi, anche tessuti extra-embrionali), poi la
blastocisti dopo pochi giorni (si ha la inner cell mass: sono pluripotenti e non
generano pi n placenta n cordone), poi si ha il feto e l'embrione fino all'uomo
dove si ha la multipotenza (cellule che si moltiplicano e si mantengono in coltura,
ma la loro potenza limitata alla produzione di cellule del tessuto in cui gi si
trova).
Divisione asimettrica: Le cellule staminali si dividono in due in modo asimmetrico:
in parte verso il renewal in parte verso la potenza. Se la cellula staminale si divide
in modo asimmetrico fa avere delle cellule staminali uguali e una cellula che si
deve differenziare. La staminale immersa in una nicchia formata da proteine
della matrice, molecole secrete, fattori di crescita, ormoni e cos via che la

nutrono e la proteggono. Tale nicchia risponde ai fattori ambientali e fa anche


partire la divisione asimmetrica: il genoma sar diviso egualmente, ma le proteine
saranno diverse. Nella staminale vi un qualcosa che distingue una met dall'altra:
quel qualcosa porta a una nuova staminale, l'altra senza il fattore arriver a
specializzarsi. Tale fattore distribuito in modo asimmetrico. Il DNA ripartito in
modo eguale, mentre mRNA, miRNA e Numb (proteina citoplasmatica che sta
soprattutto nella parte posteriore: la parte che porta alla cellula staminale) sono
ripartite in modo ineguale. Numb una delle proteine della staminalit. Le
staminali fanno questa divisione asimmetrica. La staminale lega la lamina basale
grazie alle integrine. Pu dividersi un numero illimitato di volte, ma in condizioni
omeostatiche si divide raramente. prevalentemente in fase G-zero. Le staminali
legano la lamina basale con le integrine e la regolazione della divisione pu
avvenire in senso parallelo alla lamina o perpendicolare alla lamina. Nella nicchia si
hanno le cellule della nicchia che producono i fattori di crescita, quelli adesivi di
modo che si mantenga la nicchia di staminalit. Se vi un danno, si amplia il
compartimento staminale.
Fonti di cellule staminali: Le fonti di cellule staminali sono gli embrioni (non in
Italia) o tessuti di organismi adulti. Le staminali spesso sono prese dalla blastocisti
(ES) e messe in coltura si riproducono pi volte cos da averne in gran numero:
sono pluripotenti. Le ES devono poi essere reimpiantate in un blastocisti e si
possono ottenere cos animali transgenici che rigenerano. Le ES possono essere
indotte in diversi tipi cellulari: si ha, pertanto, un differenziamento.
Nicchie staminali: esistono delle nicchie in particolari tessuti dove rimangono in
fase di quiescienza finch il tessuto non le richiama una volta che ha subito un
danno. Per esempio, sono esempi di cellule staminali quelle del midollo osseo, i
margini dei fasci di miofibrille scheletriche, nella zona subventricolare e
nell'ippocampo. Le nicchie danno alla cellula l'ambiente in cui vivere. Nel midollo
osseo si ha uno strato di cellule basali su cui si hanno cellule che permettono di
generare cellule staminali: dalle cellule emopoietiche si ricavano linfoidi o mieloidi.
Le staminali dello stroma danno gli adipociti. L'unico strato proliferante quello a
contatto con la lamina basale. Nell'intestino dalla parte opposta dei microvilli si
hanno delle cavit di tessuto, le cripte intestinali, dove si hanno delle cellule
staminali in basso numero.
CICLO CELLULARE
Divisione cellulare: tale processo un ciclo e dura pi o meno un giorno intero.
Attraverso la divisione si originano nuove cellule e tale avvenimento fa parte della
vita della cellula.
Ciclo cellulare: si hanno diverse fasi: G1, S, G2 e M. Tale ciclo ha necessit di due
fasi preparative, dette gap (G), prima di arrivare alla mitosi. Nella fase S si ha

duplicazione e sintesi del DNA. Si possono contare le cellule che iniziano la


proliferazione, identificabile dalla presenza di punti neri, ovvero segmenti di DNA.
Per farlo solitamente si fa analisi al citofluorimetro
Interfase: la divisione cellulare deve essere stimolata da un fattore, detto
mitogeno, che arriva nella cellula. In tale fase la cellula cresce di volume ed attiva
dal punto di vista metabolico.
- G1: Nella fase G1 la cellula molto attiva in trascrizione di geni e nella
produzione di organuli, oltre che nelle attivit metaboliche. Per passare alla fase S
necessario un messaggio come un mitogeno o un fattore di crescita. In G1 si
sintetizzano gli istoni e gli enzimi utili per la sintesi del DNA. Tale fase pu avere
una durata molto varia (12-36 ore) e quando perdura si parla di G0. La fase G1
termina con l'inizio della fase S, ma perch ci avvenga serve un check (controllo):
si verificano i possibili danni al DNA... Se il controllo non passato si va in fase
G0 fino all'apoptosi per alcune, mentre se si passa il controllo si entra in fase S.
- passaggio G1-S: ad attivare il ciclo cellulare ci pensa un mitogeno, spesso un
fattore di crescita. Per esempio, EGF un fattore di crescita a tirosin-chinasi. Si
attiva la via di traduzione del segnale (Ras/MAPK) che porta alla trascrizione
genica. In mezz'ora si ha la risposta precoce (produzione di fattori trascrizionali)
che a sua volta regola la risposta tardiva che grazie a quei fattori trascrive altre
molecole che portano da G1 a S.
- G2: un ulteriore controllo del meccanismo di duplicazione.
Ciclina: proteina caratteristica la ciclina, presente durante il ciclo cellulare con
dei picchi diversi a seconda dei momenti. Ogni fase del ciclo ha una specifica
ciclina. All'interno delle cellule vi sono le chinasi treonina-serina dipendenti da
ciclina (CdK). Queste sono presenti nel citoplasma in forma inattiva: si attivano
quando giunge la ciclina. Attivandosi (la chinasi) fosforila i substrati: per esempio,
fosforilano gli istoni tra G1 e S permettendo la compattazione dei cromosomi.
Poi le cicline sono degradate. In fase S la tipica ciclina di tipo A, E e D della fase
G1 e B della G2. La prima ciclina
prodotta la D che fosforila Rb
(retinoblastoma) che prima inibiva
E2F che ora libero e porta alla E (si
fa un controllo di tipo negativo: cio,
si tratta di un freno da rimuovere
perch continui il ciclo). Se il gene del
retinoblastoma non attivo si ha questo tumore alla cellule epiteliali della retina
(non si ha un controllo e quindi le cellule si dividono indisturbate).Vi sono anche
altre proteine che inibiscono l'attivit delle chinasi ciclina-dipendenti: quelle non
selettive (controllo negativo come il retinoblastoma) come p21 e p27 riescono a

riconoscere un danno al DNA. La p53 invece viene considerata il guardiano del


genoma perch consente o meno alla cellula di procedere nel ciclo cellulare: essa
viene attivata e induce, nel caso di un danno al DNA, la trascrizione e trasduzione
bloccando cos la CdK. Se vi un malfunzionamento di p53 si hanno dei tumori.
Per la cellula dunque possibile bloccare la duplicazione in casi di danni al DNA
o ambienti sfavorevoli
Tumori: ogni elemento nella sua via proliferativa ha un alter-ego mutato nella
cellula tumorale.Vi sono geni repressori della crescita anche per le cellule dei
tumori. Anche i fattori devono essere mutati e inattivati, ma su entrambe le
coppie del gene. Per proliferare le cellule richiedono adesione a un substrato:
l'adesione al citoscheletro un requisito della divisione cellulare (le probabilit di
entrare in fase S sono molto maggiori cos).
APOPTOSI
Apoptosi: Morte cellulare programmata. Si conoscono tre tipi di morti cellulari:
autofagia, necrosi e apoptosi. La necrosi un evento non controllato (dopo
violenta infiammazione per esempio) che porta a una rottura della cellula che
ridistribuisce il contenuto nel tessuto. L'apoptosi e l'autofagia sono, invece, eventi
fisiologici. La prima un modo in cui le cellule sono ridistribuite nello sviluppo:
morte programmata controllata dall'ambiente ( data da assenza di segnali e
anche da meccanismi interni alla cellula). Funziona bene per eliminare le cellule
dove non servono: nel sistema nervoso, per esempio, raggiunto un certo numero
di neuroni, se questi sono superiori al numero di cellule bersaglio, per avere una
risposta univoca, i neuroni sono eliminati per apoptosi. L'apoptosi provoca un
raggrinzamento della cellula ma non si ha infiammazione che compromette il
tessuto. Questo succede nello sviluppo degli arti: per esempio il rimodellamento
delle dita (all'inizio il tutto compatto, poi osservando a microscopio con
marcatori di apoptosi che sono sulla membrana e si evidenziano quando le cellule
sono in apoptosi si nota come la morte cellulare consenta la divisione delle dita
degli arti). La cellula che va in apoptosi si raggrinzisce (perde acqua e aumenta la
densit del citoplasma e infatti si condensa), collassa il suo citoscheletro, il nucleo
si disassembla e il DNA nucleare si frammenta. Dal corpo cellulare sono emessi
pezzi di cellula circondati da membrana che sono i corpi apoptotici: la cellula si
rompe in tanti pezzi assorbiti dai macrofagi, quindi eliminati dall'ambiente. Il
macchinario dell'apoptosi comune a tutte le cellule. Tale evento spontaneo e
quando non arrivano i segnali di sopravvivenza si attiva tale macchinario. A volte
vi sono segnali specifici di apoptosi.
Segnali di apoptosi: cruciale la formazione delle caspasi, ovvero proteasi che
hanno una cisteina nel sito attivo e che tagliano le proteine bersaglio a livello di
acidi aspartici. Derivano dalle procaspasi, la forma inattiva di tale proteasi. Tagliano

la lamina nucleare e attivano le DNAsi. Se si confrontano specie diverse si


possono vedere 3 molecole coinvolte nell'apoptosi: i regolatori, gli adattatori e gli
effettori. Questi ultimi sono le caspasi che portano solo alla morte cellulare. Il
regolatore blocca l'attivazione delle caspasi. L'adattatore, invece, svincola il
regolatore dall'effettore e fa agire le caspasi. Questo funziona attraverso le specie
diverse. La procaspasi la forma inattiva e viene tagliata cos da liberare la caspasi
attiva formata da una o pi unit e si innesta la cascata delle caspasi. La prima
caspasi quella che inizia la cascata. Queste aumentano il taglio delle molecole
del citoscheletro e si ha un aumento progressivo delle molecole per l'apoptosi. Le
caspasi sono varie ma molto simili, con domini simili divisibili in vari gruppi che
rispondono a vari stimoli cellulari. La caspasi 3 molto precoce ed la seconda
ad attivarsi. Anche la 9 un iniziatore ed proprio la prima. La 15 e la 16
rispondono a stimoli di citochine. I substrati delle caspasi sono moltissimi. Il
citoscheletro e le sue proteine sono substrati diretti delle caspasi: la caspasi
degrada lamina, actina, le cheratine e altre proteine. Le procaspasi per attivare le
caspasi funzionano da substrati stessi delle caspasi.
Altre proteine: Bcl-2 preserva le cellule dall'andare in apoptosi. Le procaspasi
sono attivate da proteine adattatrice che facilitano il clivaggio.Vi sono due diverse
vie di apoptosi:
- via estrinseca: i linfociti, soprattutto i killer, inducono la morte cellulare (la
morte cellulare mediata da ambiente quella mediata dai killer). I killer
producono il Fas ligando che un segnale di morte che viene recepita dalla
cellula bersaglio grazie ai recettori di morte. Sulla membrana il recettore Fas
riceve il segnale di morte e il segnale apoptotico si attiva: attorno al recettore
legato al ligando si ha un complesso con la proteina adattatrice che riunisce le
procaspasi (la prima la 8) vicino al recettore (basta che siano due all'inizio) e le
fa clivare rendendole caspasi. Nelle terapie tumorali esistono sistemi per attivare
queste vie e attivare apoptosi delle sole cellule tumorali. Le tumorali spesso
riescono a sfuggirvi per.
- via intrinseca: dipende solo dall'ambiente cellulare. Il mitocondrio infatti
contiene una molecola che il citocromo C che fa parte della catena respiratoria.
Il citocromo sta sempre chiuso tra le due membrane e quando in questo spazio
intermembrana svolge una funzione normale. Il mitocondrio per pu essere
danneggiato: si aprono pori sulla membrana che aprono la strada al citocromo C
che pu uscire nel citoplasma. Questo citocromo raccolto da delle proteine
adattatrici che formano un complesso citocromo-adattatore (Apaf)-caspasi. Il
risultato lo stesso poich si attivano le procaspasi ed la 9 la prima a farlo.
Entrambe le vie convergono verso la caspasi 3 che quella che porta alla morte
cellulare. Inoltre, per la regolazione importante il bilanciamento tra diversi

fattori citoplasmatici, ovvero Bcl-2, sopravvivenza cellulare, e Bcl-xl


(sopravvivenza). Se queste sono clivate da una caspasi non ci sono pi e
intervengono Bax e Bid che favoriscono il rilascio del citocromo che fa aprire il
mitocondrio e avvia l'apoptosi
Mantenimento della sopravvivenza cellulare: perch si mantenga lo stimolo
positivo per la vita serve il fosfatidilinositolo che ha 3 fosfati. Si chiama PIP-3. Non
si forma spontaneamente ma viene catalizzato dalla PI 3-chinasi. Questa chinasi si
attiva in risposta a un enzima: l'EGF. Tale chinasi aggiunge un fosfato in posizione
tre a dei PI, i substrati delle fosfolipasi. Se si aggiunge un ulteriore fosfato su tale
lipide si crea un composto che sulla membrana recluta in un sistema di proteine
per la sopravvivenza: PKB/ AKT (serve a far sopravvivere le cellule ). Solo quando
l'inositolo fosforilato per le 3 posizioni viene attaccato dagli enzimi con dominio
PH: la PKB viene cos fosforilata da PKD1 (le due sono serine-treonine chinasi).
Una volta attiva, PKB ritorna nel citosol come attiva e fosforila BAD che tiene
legata Bcl-2. Se Bcl-2 attaccato a BAD non funziona ed PKB che fa staccare il
complesso. Si ha un controllo positivo mediato dai fattori ambientali. Se tale via
non funziona, vuol dire che non c' pi il segnale circolante e dato che Bcl-2 resta
legato si ha apoptosi. Bcl-2 viene mantenuto libero nel citoplasma e dipende dai
fattori di crescita. Senza i fattori di crescita BAD viene defosforilato e blocca la
via perch si perde bcl.
Altre vie di morte cellulare: si arriva alla morte cellulare anche per danno a DNA.
Ovvero, p53, il guardiano del genoma, porta all'apoptosi se in alto numero
(viene amplificato): si attivano Noxa e Puma. p53 un elemento che controlla
molto l'apoptosi: le tumorali non hanno questa p53 e quindi non hanno tale
meccanismo di apoptosi. Questi complessi e proteine apoptotiche sono legati al
mitocondrio e regolano la permeabilit del mitocondrio: deve essere chiuso se la
cellula deve vivere, mentre quelle che devono fare apoptosi fanno formare dei
canali che fanno fuoriuscire il citocromo. Bax il controllore positivo della morte
e bcl-2 l'elemento di sopravvivenza: insieme sulla membrana formano il
complesso inattivato e non danno permeabilit. Se bcl-2 viene sequestrato da
BAD si ha solo pi Bax sulla membrana che forma dei traslocatori di membrana
che fanno uscire il citocromo dal mitocondrio. Se c' sopravvivenza bcl-2 lega Bax
in un complesso che non fa rompere i canali. Se non ci sono fattori di crescita i
Bax si uniscono insieme a fare i pori. A regolare molto la sopravvivenza anche
l'adesione alla matrice e il citoscheletro: sono fondamentali elementi per entrare
nel ciclo cellulare (per passare da G1 a S serve un'adesione). Se non poggiano su
una matrice vanno incontro ad apoptosi.Vi sono esperimenti che dimostrano che
la morte per mancanza di fattori di crescita apoptosi, mentre quella per
mancanza di adesione la anoikis (stesso meccanismo, ma diversa ragione: il

nome significa "senza casa" in greco). Le vie dei recettori adesivi e quelli dei
fattori di crescita attivano MAP chinasi e AKT. Questi ultimi funzionano solo se
c' adesione.









INTRODUZIONE
Molecole di DNA: per contare il numero di molecole di DNA si conta il numero
di estremit del DNA. Se ci sono 6 5' vi sono 3 molecole di DNA (un 5' da una
parte e l'altro dall'altra). Le molecole di DNA sono in parte simili, ma hanno delle
differenze: lunghezza e sequenza. Due sequenze di DNA si dicono omologhe (non
identiche) quando, paragonando il susseguirsi delle basi di due molecole, esso
identico per la maggior parte: cio, in alcune posizioni variano delle basi tra le due
molecole. I cromosomi omologhi dunque portano lo stesso tipo di informazioni,
ma possono esservi piccole diversit tra i due cromosomi, che non inficiano lo
svolgimento della stessa funzione.
I CROMOSOMI
Morfologia dei cromosomi: il nome deriva da corpo colorato, nato
dall'osservazione di una fotografia di una piastra
metafasica, colorata con appositi coloranti. Nella
maggior parte delle cellule i corpi non sono cos
separati, ma la colorazione diffusa, non proprio
omogenea. Questa foto corrisponde al momento
della vita cellulare in cui si sta per dividere. Hanno
forma a bastoncelli, di lunghezze diverse, con una
costrizione in punti diversi detta centromero. Anche
se sono corpi colorati, la colorazione non
omogenea: in certi punti pi intensa. Il bandeggio
non casuale: si ripete nello stesso modo in tutte le cellule di tutti gli individui
della stessa specie ed determinato dalla struttura del DNA. Il bandeggio
dovuto al fatto che il colorante ha affinit per il DNA e se la zona pi colorata
c' pi DNA. La colorazione dimostra una distribuzione non uguale di DNA e
non casuale perch a due a due i cromosomi si possono avvicinare e sono simili,
visto che hanno stessa lunghezza, centromero quasi nello stesso punto e un
bandeggio simile. I cromosomi identificano una specie. I cromosomi simili
morfologicamente sono detti omologhi. I cromosomi possono anche essere
colorati con dei colori fluorescenti che non evidenziano il bandeggio, ma
l'omologia. I cromosomi sono fessurati longitudinali e sono tenuti insieme dalla
strozzatura detta centromero. Nell'analisi della piastra metafasica si pu
osservare la costituzione del cromosoma: due cromatidi (detti fratelli) tenuti
insieme dal centromero. Si arrivati a determinare come fossero i diversi
cromosomi. Si possono anche schematizzare. Braccio corto e braccio lungo sono
le due parti in cui il cromosoma diviso dal centromero: il primo detto P e il
secondo Q. Solitamente P verso l'alto. Le bande si numerano partendo dal
centromero e andando verso il telomero. Questo importante perch sappiamo

la posizione e quali geni vi sono nelle bande e nelle interbande.


Classificazione dei cromosomi: si possono classificare in base alla posizione del
centromero e possono essere metacentrici (il centromero pi o meno a met
del cromosoma), sub metacentrici (spostato verso una delle estremit),
acrocentrici (verso una estremit) e telocentrici (nel telomero).
Lunghezze molecole DNA nei cromosomi: i diversi cromosomi contengono
molecole diverse di DNA (diversa sequenza) e la molecola di un cromosoma
una ed ha un inizio e una fine. Grazie alle tecniche di sequenziamento si
compreso qual la sequenza dei cromosomi. . A livello del DNA il cromosoma
pi lungo (cromosoma 1) ha 245 milioni di paia di basi. Pi si va verso gli ultimi
cromosomi pi diminuisce il numero di basi. La lunghezza del cromosoma
funzione del numero di basi. Sono diversi per lunghezza, ma ancor di pi per la
sequenza. Se la sequenza di DNA di 30 basi vi sono motori di ricerca che
spiegano a che cromosoma appartiene e a quale banda. Poi hanno visto quanti
geni sono contenuti nei vari cromosomi: se diminuisce la lunghezza del
cromosoma e della sua molecola di DNA, diminuisce anche il numero di geni. Nel
cromosoma 1 vi sono 2968 geni. In questo caso per vi sono delle eccezioni:
infatti, lunghezza maggiore non sempre vuol dire pi geni. I geni si dispongono con
una linearit e tra un gene e l'altro non vi un confine, una interruzione del
DNA. I geni sono poi numerati e disposti nella stessa specie nello stesso ordine e
le sequenze anche se simili non sono uguali tra gli individui.
Cariotipi: identificano una specie ed la disposizione ordinata della coppia di
cromosomi. Dal cariotipo si possono diagnosticare malattie dovute a rottura o
diversa disposizione di cromosomi. I cromosomi nel cariotipo si dispongono
secondo la lunghezza
Il cromosoma: dal punto di vista funzionale essi sono le strutture che portano il
materiale genetico. Servono per la trasmissione dei genomi (tutto l'insieme dei
geni): da cellula a cellula (mitosi) e da individuo a individuo (meiosi). Le
informazioni devono passare da cellula a cellula con una trasmissione orizzontale.
Due individui danno un unico individuo dove ciascuno dei due contribuisce con le
sue informazioni. sufficiente che vengano trasmesse le informazioni perch si
possano avere non solo le proteine ma un individuo nella sua interezza. La cosa
importante a livello della cellula il ciclo: dalla divisione abbiamo due cellule
binarie. Il genoma l'insieme dei geni che sono distribuiti su un certo numero di
molecole di DNA. Le molecole di DNA complessate con una serie di proteine
danno il cromosoma. L'uomo ha 46 cromosomi. Grazie al sequenziamento del
genoma su ogni cromosoma sono riusciti a ricavare non solo il numero di paia di
basi, ma soprattutto ne hanno fatta la sequenza specifica. Un cromosoma ha una
sequenza specifica che non si trova in nessun altro cromosoma. Si possono

prendere 25 paia di basi e questa sequenza specifica si trova solo in un


cromosoma (c' una grande specificit). Il numero dei geni specifico per ogni
cromosoma e anche la sequenza dei geni specifica. La sequenza che si ha
quella della specie umana.Vi sono delle differenze, ma si ha una fortissima
somiglianza. Questa quasi identit ci porta a dedurre che tutti gli individui della
specie umana sullo stesso cromosoma non solo hanno gli stessi geni, ma la stessa
sequenza. Si hanno sequenze omologhe ovvero stessa funzione e qualche piccola
variazione
Esempi di malattie legate a variazioni dei geni: Per esempio la beta-globina
presente sul cromosoma 11 ha una sua dimensione di un grande numero di paia
di basi. La ragione per cui queste sequenze sono cos lunghe perch vi sono
anche molti introni. Tale gene di molti ordini di grandezza pi piccolo del
cromosoma. La beta globina ha sequenza nel cromosoma 11 in braccio p in
posizione 15,5 quasi telomerica. L'anemia falciforme: la sequenza della betaglobina cambia di un solo nucleotide. CFTR: la fibrosi cistica deriva da un gene
sul cromosoma 7, braccio q e regione 31.2. Osservando i cromosomi come entit
morfologica ha un livello di risoluzione molto basso che non ci permette di capire
se l'individuo affetto da queste malattie. Ci sono tante volte malattie genetiche
dovute a perdite pi ampie di DNA visibili gi solo a livello morfologico, altre
invece si rintracciano osservando la sequenza specifica
MITOSI
I cromosomi e il ciclo cellulare: le fasi sono G1, S, G2 e M, dove le prime tre sono
dette interfase. Per distinguere le fasi si osserva il DNA: la sua quantit infatti
varia a seconda della fase del ciclo cellulare (si parla di cromosoma come
contenitore di DNA e quindi informazioni). In G1 vediamo 46 cromosomi (23
diversi) e quindi possiamo contare 46 molecole di DNA omologhe a due a due. In
G1 questa molecola viene assemblata insieme agli istoni e non sono ancora visibili
i cromosomi perch il DNA molto diffuso. Dopo la fase S il numero di
molecole raddoppia, ma non cambia il numero dei cromosomi. Si chiama con lo
stesso termine il cromosoma quando in G1 e una parte di S designa una molecola
che corrisponde al cromatide. Dopo S il cromosoma indica i cromatidi fratelli che
hanno la stessa sequenza (non sono pi omologhi). La maggior parte degli
organismi sono diploidi (2n), ovvero hanno due copie o una coppia di ciascun
cromosoma. Noi siamo diploidi perch per ogni cromosoma noi abbiamo una
coppia. L'unico caso in cui noi abbiamo un numero aploide di cromosomi nelle
cellule germinali. La quantit di DNA varia nel ciclo cellulare, ma una cellula
diploide resta tale. La quantit di DNA si indica con C (numero aploide di
molecole di DNA). Noi abbiamo 2C, ma dopo la fase S si ha 4C ma resta sempre
2n (diploide).

Significato della mitosi: le cellule duplicano il DNA solo se sanno che vanno/
devono andare incontro a divisione cellulare. Gli organismi viventi sono entit
dinamiche. Le cellule che non si duplicano stanno in fase G1/G0. Il DNA si duplica
solo se arrivano segnali esterni. La mitosi inizia gi con la sintesi del DNA. I
processi devono essere molto precisi: ogni errore si trasmette alle cellule figlie.
Eventuali errori portano a non controllare pi il ciclo e arrivare anche al tumore.
C' un aumento della frequenza degli errori nel passare da trascrizione a
traduzione: i ribosomi sbagliano pi della DNA polimerasi. Tenere una frequenza
di errori molto bassa costa troppa energia: ecco perch la cellula preferisce
sbagliare sui ribosomi (pochi danni) e non nella sintesi. Le cellule dopo la mitosi
devono avere la stessa quantit e qualit di DNA. In G1 si vedono i due
cromosomi omologhi e ogni colore corrisponde a un tipo di gene e la
successione la stessa: si vede da forma e colore di fondo. Dopo la mitosi
dobbiamo avere due cellule con stessi geni e con cromosomi esattamente uguali
a quelli della cellula madre. Finita la fase S abbiamo i due cromosomi duplicati che
tra di loro sono esattamente identici. La mitosi fa s che le due cellule risultanti
siano uguali a quella della madre: lo scopo far segregare/separare in modo
corretto i cromatidi fratelli. Una volta che il DNA che si duplicato si deve
suddividere e lo deve fare in modo estremamente preciso. Se vi sono assenze di
uno dei due omologhi si hanno alterazioni esagerate e poi il DNA non si deve
rompere. Un cromatidio va in una cellula e l'altro nell'altra cellula perch abbiamo
uguale contenuto energetico.
Procedimento: la cellula che va incontro a mitosi ha gi duplicato il materiale
genetico. Le varie fasi della mitosi sono classificate in base alla morfologia dei
cromosomi alla loro disposizione, alla presenza o meno della membrana nucleare
e al numero/presenza dei centrosomi. La mitosi si pu classificare in 4-5 fasi:
profase, metafase, anafase e citochinesi. Alcuni mettono anche la prometafase. Da
metafase a anafase non si pu passare se non si soddisfano certe condizioni. A
livello biologico un evento continuo. Se paragoniamo il nucleo in G2 e quello di
una cellula in profase si vede che compaiono i cromosomi spiralizzati e colorati
intensamente rispetto al nucleo (da cromatina diffusa a uno stadio di cromatina
spiralizzata, ovvero cromosoma, e questi stadi si alternano a ogni ciclo cellulare; la
cromatina se non spiralizzata difficile da dividere e per questo le due fasi si
alternano e la spiralizzazione rende pi semplice la divisione e la resistenza a
stress meccanici; non li teniamo sempre in questa fase troppo spiralizzata poich
non ci sarebbe lo svolgimento delle funzioni del DNA, poich la trascrizione non
avviene se la cromatina spiralizzata)e c' ancora la membrana. Il cromosoma ha
due cromatidi fratelli che sono vicini uno all'altro e legati nel centromero. Di un
cromosoma esiste un omologo (distinguibili solo per la lunghezza). Man mano che

si va verso la metafase si ha separazione longitudinale con un processo detto


risoluzione. Lo scopo non solo di separare i cromatidi fratelli, ma che essi
sappiano dove andare dividendosi in modo equo. Ci pensa il centrosoma che si
attiva nell'interfase per poi duplicarsi in G2 dai quali si dipartono dei filamenti. I
centrosomi hanno due centrioli a forma di T. Un centrosoma non da stampo
per un altro. I centrosomi si duplicano e stanno vicini tra loro. Quando il DNA
gi spiralizzato e siamo in profase si vede che i centrosomi si allontanano e
rilasciano dei prolungamenti, dei microtubuli, che sono ci che permette ai
cromatidi di allontanarsi e andare verso i due centrosomi. I centrosomi sono i
due poli di aggregazione in cui convergono tutti i cromatidi fratelli. La cellula cos
divide in modo corretto il materiale genetico. I centrosomi migrano e si
dispongono (quando una cellula si duplica la si pu considerare una vera e
propria sfera perch sono in 3D) ai poli opposti della cellula. I poli sono infiniti e i
centrosomi si dispongono a 180 gradi l'uno dall'altro. I microtubuli si sono molto
allungati e si devono legare ai cromatidi in modo preciso per suddividerli e farli
migrare. I microtubuli si trovano nel citoplasma e i cromosomi sono nel nucleo:
per permettere il legame quindi n prometafase si dissolve la membrana nucleare.
Il microtubulo si attacca alla regione del centromero, con precisione al
kinetocoro (una struttura proteinacea). Si ha un kinetocoro per ogni cromatide. I
microtubuli a sinistra legano solo il kinetocoro a sinistra e quelli a destra solo il
destro. Per una separazione corretta deve avvenire in modo corretto questo
legame. Questo avviene a forza di tentativi: i microtubuli vanno a caso fino a
quando non si legano in modo corretto. Si parla di bio-orientazione per i legami.
Si arriva alla metafase dove tutti i cromosomi della cellula sono situati su un unico
piano equatoriale che equidistante dai due poli. L'attrazione dei microtubuli
centrifuga e dato che sono due una forza uguale e contraria. Si ha cos la piastra
metafasica. I cromosomi che si usano per il cariotipo sono quelli che sono in
metafase dove si ha la massima spiralizzazione. Si ha poi la struttura del fuso
mitotico: due coni che si toccano con le basi (le punte dei coni i centrosomi e le
basi la piastra metafasica). Il passaggio all'anafase quello pi importante. Quando
inizia l'anafase si devono separare i cromatidi e se vi un errore lo si porta fino
alla fine. Il check point un punto di controllo e lo si ha proprio in questo
momento, prima dell'anafase: serve che gli attacchi microtubulo-kinetocoro siano
corretti. I due cromatidi sono sottoposti ad una tensione che viene percepita da
altre proteine e quando vi la cellula pu andare all'anafase. Qui i cromatidi
fratelli si sono separati e non avviene per una rottura meccanica del centromero,
ma li separa la forza meccanica esercitata dai microtubuli. La cellula decide in
modo attivo la separazione dei due cromatidi. I cromatidi fratelli, infatti, sono
tenuti insieme a livello del centromero da anelli proteici, le coesine. Quando la

cellula vuole separarli apre gli anelli e i microtubuli si accorciano. Tale rottura
avviene ad opera dell'enzima separasi: la separasi c' anche prima nella cellula ed
mantenuto inattivo dalla sicurina (se sono insieme non funziona la prima). Il
complesso che promuove l'anafase (APC) promuove la separazione dei due e
consente l'attivazione della separasi. I cromatidi fratelli cos si separano e si hanno
due set di cromosomi dove uno va verso un polo e l'altro all'opposto. I
cromosomi vanno ai poli opposti e si arriva alla telofase. Si hanno alcuni eventi
opposti a quelli prima: si riforma la membrana nucleare (la si costruisce intorno al
DNA cos non si disperde nulla)e il DNA si despiralizza cos cellula ha un set
diploide e due nuclei. Infine si deve suddividere il citoplasma: la divisione deve
avvenire in modo tale che le cellule abbiano un nucleo per cellula. Allora, si ha
invaginazione della membrana su di un piano equatoriale, lo stesso punto in cui si
erano disposti i cromosomi. L'invaginazione si fa sempre pi intensa finch le
cellule si dividono. Si hanno cos due cellule uguali per il contenuto di
informazione genetica.
Il ciclo dei cromosomi: coordinamento tra replicazione e segregazione. Prima di
separare il DNA si deve avere un'esatta duplicazione del DNA e deve essere
replicato tutto una volta sola. Poi i cromatidi fratelli vanno identificati e distribuiti
nelle cellule figlie. La cellula riconosce i tratti di DNA gi duplicati da quelli non
duplicati (la duplicazione ha inizio in zone specifiche: nelle origini di replicazione).
La lunga molecola di DNA non replicata da un'estremit all'altra, ma in una
singola molecola di DNA ci sono tanti punti in cui la polimerasi si attacca e forma
prima le forche e poi le bolle di replicazione (va nei due versi). Quando i tratti
sono replicati si avr di nuovo un'origine di replicazione (li si pu sfruttare solo
alla fine della mitosi): la cellula riesce a distinguere il DNA da duplicare da quello
gi duplicato perch subito dopo G1 la cellula carica sul DNA un complesso,
Mcm2-7 (mantenimento del micro-cromosoma) che si lega ai punti che sono
usati come origini di replicazione. Dove si legano l si inizia la replicazione e una
volta terminata la replicazione si allontanano per tornare solo quando la cellula
di nuovo in G1. In fase S quando il tratto replicato la polimerasi non replica pi
perch quel complesso non pi legato. Pur essendovi le origini di replicazione il
DNA non pi replicabile. Nelle cellule tumorali si ha amplificazione del DNA:
alcuni tratti sono replicati tante volte perch il sito continua a essere replicato.
Mcm 2-7 un esamero che si dispone a cerchio all'interno del quale si ha uno
spazio vuoto. Ci si accorti che nello spazio vuoto si pu porre perfettamente
una molecola di DNA.
Regolazione della segregazione: Il DNA si duplica una volta sola. I cromatidi
fratelli sono tenuti insieme da un complesso di 4 proteine che formano una
struttura ad anello fino a quando i cromatidi non sono separati.Via via che il

DNA si replica l'anello tiene insieme i tratti gi duplicati. Alla fine di S, in G2


avremo una molecola di DNA e quella sorella che sono tenute insieme dagli anelli
lungo tutta la sequenza dei cromosomi. Durante la fase M gli anelli sono
allontanati e si trovano solo pi a livello del centromero a tenere insieme i fratelli.
Nell'anafase si ha una separazione con separasi che apre l'anello di coesina.
Vi sono varie proteine coinvolte e ci si spiegati come funzionano. Le proteine
SMC (mantengono la struttura dei cromosomi), il kinetocoro, le proteine
passeggere, il complesso che promuove l'anafase e la topoisomerasi. Queste
proteine sono delle ATPasi che idrolizzano ATP.
SMC: Le SMC sono altamente conservate dai batteri sino all'uomo (si parla di
omologia: la conservazione si quantifica poich si possono dire quanto sono
uguali in specie diverse; a sequenze diverse di nucleotidi pu corrispondere lo
stesso amminoacido; se conservata importante e la sua struttura non molto
cambiata) e servono per l'organizzazione dei cromosomi, fondamentali nella
dinamica dei cromosomi. La struttura ne determina la funzione.Vi sono
1000-1300 aa (SMC una classe di proteine tra loro simili, ma diverse) e una
proteina pu avere questa variazione nel numero di aa. Le SMC hanno una
organizzazione unica che non si trova in altre proteine. Si ha un N-terminale e un
C-terminale: le estremit hanno un motivo (WalkerA all'inizio e WalkerB alla fine)
poi un coiled-coil, una cerniera e un coiled coil che porta al WalkerB. La cerniera
permette alla struttura di ripiegarsi. La regione coiled-coil permette l'interazione
in modo tale che la regione C-terminale e la N-terminale siano vicine. Si forma
cos una regione cerniera. Questa proteina prende contatto con un'altra proteina
diversa, attraverso la regione cerniera con la formazione di un dimero; si crea una
struttura a V dove si pu legare un tratto di DNA. Nei batteri esiste un solo gene,
negli eucarioti ben 6 diversi: SMC1/2... SMC1 opera con SMC3 formando il nucleo
della coesina; SMC2 con SMC4 forma condensina; SMC5 e SMC6 formano una
coppia per il riparo del DNA dei cromosomi.
Coesina e condensina: SMC1-SMC3 legano due proteine Scc-1 e Scc-3 formando
un tetramero che chiude l'anello dove stanno le due molecole di DNA sorelle.
Queste proteine sono state scoperte in organismi diversi. Le Scc servono a
consentire la chiusura e l'apertura dell'anello di coesina. Il complesso condensina
costituito da altre due proteine (SMC2-SMC4) e altre tre proteine che
chiudono la struttura. Lo spazio interno pi piccolo. Le due proteine sono
molto ravvicinate e l'angolo risulta pi stretto. I due complessi sono costituiti da
anelli pi o meno stretti per tenere la molecola di DNA all'interno. Questi
complessi possono formare degli anelli in modo diverso: si parla sempre di
intermolecolare (SMC, Scc, SMC e Scc per coesina e simile per la condensina)ad
anello, rosetta o struttura filamentosa. La condensina pu strutturarsi ad uncino

con due blocchi che si aprono/chiudono. Il meccanismo esatto non si conosce


ancora
Differenza tra funzione di complesso coesina e condensina: la prima tiene insieme
con l'anello molecole diverse (dei cromatidi fratelli: le molecole sorelle), la
condensina invece condensa la molecola di DNA,
ovvero deve tenere vicini tratti diversi della stessa
molecola di DNA. Cos riesce a portare vicini tratti
che non lo sono. Il complesso si lega al DNA, si apre,
fa entrare un tratto vicino e fa formare anse del DNA
tenute insieme dal complesso e poi si pu avere
un'ansa di ordine superiore fino ad arrivare alla
struttura del cromosoma della metafase (max
spiralizzazione). La coesina invece tiene insieme due
cromatidi fratelli come in immagine. In fase G1 sul
cromatidio si vedono gli anelli che hanno inanellato tutto il DNA. In fase S i
cromatidi fratelli dopo la duplicazione sono tenuti insieme dagli anelli. In metafase
tutti cromatidi fratello sono tenuti insieme dagli anelli. Poi la separasi quando
attiva apre gli anelli e fa separare i cromatidi fratelli. In anafase non si hanno pi
complessi di coesina sul DNA
Il ciclo cellulare e condensina/coesina: il complesso di condensina si attacca al
DNA quando il cromosoma deve ulteriormente spiralizzarsi (ovvero nella profase
della mitosi). Arrivati in metafase si aumenta la condensazione e aumenta il
numero di complessi per spiralizzare il pi possibile il cromosoma. In anafase
comincia la despiralizzazione e cominciano a staccarsi le condensine. Tutti questi
eventi sono regolati da altri sistemi per staccare e aprire l'anello e far s che possa
avvenire la despiralizzazione. La coesina invece si carica in G1 e in G2 tiene
insieme i cromatidi e si trova proprio a met tra i due. In profase si trova
soprattutto a livello del centromero e poi in anafase sono separati e si ha il
fenomeno della risoluzione. All'anafase la coesina si stacca per separasi
Proteine passeggere: intervengono e cambiano la localizzazione a seconda del
momento della mitosi. Rimuovono la condensazione dei cromosomi, correggono
l'attacco non corretto tra microtubuli e kinetocoro, formano il fuso, sono
bersaglio del checkpoint al kinetocore e infine sono necessarie per la citochinesi.
Hanno un'attivit chinasica. Le proteine cambiano localizzazione e lo si vede
perch si sono create proteine che eccitate con certe lunghezze d'onda
emettono luce che le rende fluorescenti e visibili a microscopio. Si possono
seguire cos le proteine. Oppure si possono usare anticorpi specifici che si legano
solo a una proteina in modo specifico: gli anticorpi possono essere marcati con
dei fluorofori e dare lo stesso risultato di prima. In profase le proteine passeggere

si associano ai cromosomi. In metafase si concentrano sul centromero e passano


alla parte centrale del fuso all'inizio dell'anafase fino alla telofase. La proteina si
ferma lungo la piastra metafasica. importante la proteina nella citochinesi: si
concentrano nella midbody della citochinesi ( l'ultima cosa che tiene insieme le
due cellule che si stanno seprando). Per esplicare la loro funzione cambiano
posizione
Kinetocoro: un complesso multiproteico che il connettore funzionale e
strutturale del centromero. Contiene proteine costitutive che danno una base
stabile lungo tutto il ciclo cellulare e proteine transienti che contribuiscono ai
diversi stadi della divisione cellulare. La struttura base del kinetocoro consiste in
tre zone che corrispondono ai tre strati visibili al microscopio elettronico: lo
strato interno, lo strato mediano e lo strato esterno. Lo strato esterno (il pi
complesso) formato da proteine deputate al contatto con i microtubuli, alla
dinamica e alla segnalazione del check-point del fuso. La zona mediana contiene
complessi multiproteici, alcuni relativamente stabili altri pi dinamici che
connettono le due zone interna ed esterna in modo strutturale e funzionale. Lo
stato interno formato da proteine costitutive e strutturali. Il legame
microtubulo-kinetocoro si pensa avvenga per fenomeno di ricerca-cattura, ovvero
casuale. Si possono legare a caso dei microtubuli allo stesso kinetocoro di due
centromeri diversi. La finalit del legame di far migrare i cromatidi ai poli
opposti accorciando i microtubuli. Il legame corretto quello anfitelico/bipolare: i
microtubuli di un polo si legano a un kinetocoro di un cromatidio, mentre quelli
dell'altro polo al kinetocoro dell'altro cromatidio. Qui si ha il checkpoint per
vedere che tutti i cromosomi abbiano questi legami corretti. Si distinguono poi
ulteriori possibili legami: sintelico (i due kinetocori sono legati a due microtubuli,
ma provenienti dallo stesso polo: non si pu dire se errato se non sappiamo la
fase; cio in mitosi errato, mentre nella meiosi 1 corretto), legame monotelico
(solo uno dei due kinetocori prende contatto con i microtubuli e l'altro non si
lega), legame merotelico ( un legame anfitelico, ma da uno dei due centrosomi
partono dei microtubuli che si legano al kinetocoro dell'altro cromatidio, quello
fratello). Si pensa che la cellula riconosca la situazione sintelica e monotelica
perch manca la tensione (per la merotelica si hanno dei dubbi). I sistemi di
correzione intervengono. Dopo la correzione si arriva al legame anfitelico e allora
si attiva il complesso che promuove l'anafase. Se non si ha correzione nel
monotelico uno va verso un polo e l'altro invece andr a caso: se va verso il polo
corretto non si hanno conseguenze, altrimenti si ha che alla fine della divisione si
avr una cellula nell'uomo con 45 cromosomi e una con 47 (una con 3 copie di
un cromosoma e un'altra con solo 1 tipo). Con orientamento sintelico i cromatidi
vanno tutti e due nella stessa direzione. Nell'orientamento merotelico si trova ad

avere un cromosoma che non sa dove andare e risulta fuori del nucleo: una
cellula ha un pezzo in meno e l'altra ha un corpo estraneo. Queste sono spesso le
cause dei tumori.Vi un complesso che promuove l'anafase che si trova nel
nucleo in interfase e nel citoplasma in mitosi. Senza il complesso le cellule non
possono uscire dalla mitosi e separare i cromatidi fratelli. Serve ad attivare la
separasi: infatti, grazie alla sua attivit di ubiquitinazione che agisce sulla securina
quest'ultima finisce in un proteasoma che la degrada e cos si pu attivare la
separasi
La topoisomerasi: catalizza il passaggio di una molecola di DNA attraverso
un'altra grazie alla rottura e alla riunione. Pu catenare e decatenare due
molecole di DNA. Si trova nei cromosomi in interfase sino all'anafase
MEIOSI
Ragioni della meiosi:un individuo della generazione filiale nelle specie a
riproduzione sessuata prende origine da cellule di organismi di sesso diverso.
Queste cellule devono essere diploidi. Se avessimo unione di due diploidi
avremmo che la prima cellula del nuovo individuo sarebbe tetraploide. Noi
sappiamo che sempre diploide. Per avere cellule aploidi da cellule diploidi si
deve avere un sistema non mitotico: ecco la meiosi. Avviene solo in determinati
tipi cellulari, quelli della linea germinale, ovvero nelle gonadi. Le gonadi sono per
fatte di cellule diploidi e alcune di esse subiscono meiosi. Grazie alla meiosi un
individuo passa una e una sola copia di ogni suo cromosoma: a formare la coppia
diploide sono le copie dei due provenienti da due individui diversi. Si pu
distinguere in base all'origine nei cromosomi omologhi quello di origine materna
e quello di origine paterna. La probabilit che l'individuo abbia preso il
cromosoma dal padre del 100%, che lo abbia preso dal cromosoma che deriva
dal padre del padre 50%. Il pap pu dare indifferentemente uno dei due
cromosomi al figlio (eccetto quelli del sesso). Il 25% deriva dalla probabilit di
avere dal nonno paterno entrambi( 1/2x1/2). Grazie alla meiosi si hanno varie
combinazioni possibili. Un individuo pu avere una possibilit di avere tutti i
cromosomi del nonno di 1/2 alla 23. Ma vi sono tutte le altre possibili
combinazioni ovvero 2^23. Si parla di assortimento indipendente e possibili
combinazioni diverse rispetto all'origine.
Meccanismo della meiosi: Si parte da due cellule adulte diploidi. Da ognuna di
queste si hanno 4 cellule aploidi. I gameti si uniscono e formano lo zigote che
diplode e dopo numerose mitosi e altri processi si arriva all'individuo adulto.
La cellula va incontro a meiosi dopo aver duplicato il DNA. Si parla di meiosi 1 e
meiosi 2 date le due divisioni nucleari. Il DNA, per, non si duplica tra le due
divisioni, ma solo prima della meiosi 1. Si entra in fase S dopo un G2. La cellula in
fase S duplica il proprio patrimonio genetico. A questo punto si ha la meiosi 1 e i

cromosomi omologhi segregano (non sono pi insieme nella stessa cellula): si


hanno due cellule con tutti i tipi di cromosomi e solo uno dei due omologhi. Il
numero dei cromosomi gi aploide. I cromosomi sono ancora costituiti da due
cromatidi e per questo deve subire un'ulteriore divisione detta meiosi 2 senza la
duplicazione del DNA: si hanno gli stessi eventi tipici della mitosi. A cambiare
solo il punto di partenza. I nomi delle varie fasi sono gli stessi della mitosi, ma si
ha il numero per dividere meiosi 1 e 2
Profase 1: la profase 1 la fase pi lunga e complessa. Gli stadi della profase sono
5: leptotene, zigotene, pachitene, diplotene e diacinesi. Leptotene: la cromatina
decondensata si organizza (si spiralizza) in cromosomi su una struttura
proteinacea, l'elemento assiale, una struttura proteica modulare presente su tutto
il cromosoma. Inizia la ricombinazione omologa (crossing-over) con la rottura
della doppia elica (DSB: double strand break): si ha un taglio attivo, voluto dalla
cellula. Zigotene: i cromosomi omologhi si appaiano e il complesso sinaptonemico
inizia a formarsi tra le regioni appaiate, stabilizzando l'appaiamento. Pachitene: il
complesso sinaptonemico completato e si conclude il crossing-over. Diplotene:
il complesso sinaptonemico si dissolve e diventano visibili i chiasmi che tengono
insieme i due omologhi. Diacinesi: i cromosomi completano la loro
condensazione e sono chiaramente visibili e ormai ben formata la tetrade o
bivalente e avviene la dissoluzione della membrana nucleare e del nucleolo.
L'elemento assiale importante e sar parte del complesso sinaptonemico. Si
vedono dei noduli iniziali: sono ricchi di enzimi per proteggere il DNA dopo la
rottura della doppia elica e per poi ripararla. La DSB oltre a permettere il
crossing over aiuta l'appaiamento dei cromosomi omologhi. Solo in alcuni punti
avviene il crossing over e non dove si ha la rottura. In pachitene scompaiono gli
elementi assiali per entrare nel complesso sinaptonemico. Si hanno poi anche dei
noduli tardivi: li si ha lo scambio, negli altri punti si avuta riparazione. Nel
diplotene i cromosomi omologhi sono vicini,ma vengono via via separati: sono
unito solo nei punti del crossing-over. Questi punti a X sono detti chiasmi.
Nel maschio si comincia la meiosi 11 giorni dopo la nascita. Nelle femmine si ha
gi in fase embrionale. La meiosi nel sesso femminile inizia a livello embrionale,
prima della nascita, ma si arresta tra la profase 1 e la metafase 1. Avviene nella
fase embrionale ma continua dopo la nascita, dopo questo arresto. L'uovo
spesso quello che porta l'errore perch pu non avvenire una corretta
segregazione dei cromosomi omologhi: questo errore aumenta all'aumentare
dell'et materna, perch cresce il tempo di arresto meiotico.
Post-profase I: in profase i cromosomi si sono appaiati e si ha il crossing-over. I
due cromosomi omologhi sono costituiti ognuno dai cromatidi fratelli tenuti
insieme dagli anelli di coesina. Alla fine di tutto si ha uno scambio reciproco fra

tratti di due cromatidi (uno per cromosoma) dei due omologhi. Si creano due
nuovi cromatidi rispetto all'origine: parte materno, parte paterno. Uno dei due
cromatidi ha delle diverse combinazioni dei geni. Il crossing-over avviene solo tra
zone omologhe e nei cromosomi sessuali avviene raramente date le poche zone
omologhe. Lo scopo la variabilit genetica, ma ha anche funzione di tenere
insieme i cromosomi omologhi. Si ha almeno una volta per ogni coppia di
cromosomi omologhi data la sua funzione strutturale. Nella profase, nel
citoplasma si hanno di nuovo due centrosomi che si distanziano ponendosi ai poli
opposti della cellula. In metafase 1 i centrosomi sono ai poli e da essi si dipartono
i microtubuli. La membrana nucleare si dissolta e fa attaccare microtubulo e
kinetocoro. Il legame in una nuova modalit: non pi anfitelico perch si
vogliono separare i cromosomi omologhi, ma sintelico. Gli anelli di coesina che
tenevano insieme le coppie di omologhi nei punti di crossing-over vengono rotti
e prevale la forza centrifuga. Anafase 1: si ha la segregazione che porta gli
omologhi verso due poli opposti. Arrivati in telofase si ha cos la seconda
divisione meiotica. Si ha una divisione uguale alla mitosi per ciascuna delle due
cellule risultate dalla meiosi 1. Si separano cos i cromatidi fratelli e si ottengono
4 cellule aploidi non identiche: le aploidi portano tutte lo stesso patrimonio
genetico e gli stessi geni, ma la non identit consiste in una diversit legata
all'origine (ci che era paterno per una per l'altra materna: senza crossing-over
sarebbero uguali a due a due).
Spermatogenesi e ovogenesi: nella prima si parte da una cellula diploide per
arrivare a 4 spermatozoi aploidi. L'ovogenesi diversa: si parte da una cellula
diploide e poi dopo la prima meiosi solo una delle due cellule utile e pu dare
l'uovo aploide, l'altro un globulo polare che viene scartato. Dopo meiosi si
hanno 4 cellule: 3 globuli polari e 1uovo.
DSB e crossing-over: la cellula introduce delle rotture deliberate nel DNA
attraverso Spo11 (nel lievito) e delle esonucleasi che digeriscono una sola delle
due eliche. Si genera un filamento a singola elica e un tratto di 1000 kb che deve
trovare la sua sequenza omologa. Su questo lunghissimo tratto, su cui deve
cercare, vi sono 3 tratti uguali: uno del fratello e due del cromosoma omologo. La
singola elica cerca, quindi, il suo omologo.Vi sono 4 cromatidi (2 molecole di
DNA) e una catena mangiata da esonucleasi. Questo tratto libero cerca la
sequenza omologa sul cromatidio del cromosoma omologo per essere riparato.
Questo evento pu seguire due strade diverse: o si ricostituisce la situazione
iniziale (NCO: non crossing over) e non si ha crossing-over o si ha il crossingover. Nel primo caso la singola elica si allunga sul cromosoma omologo, ma
questo la spazza via e si ha annealing con il partner, quindi si lega di nuovo allo
strand rotto precedentemente. La sintesi del DNA completata e seguita da

ligazione: si formano, infatti, i primi noduli che portano a riparare il DNA. Quando
si ha il crossing over si ha scambio fisico di sequenze di DNA tra cromosomi. Il
processo avviene cos: allineamento di due molecole di DNA omologhe,
introduzione di rotture nel DNA (le rotture possono coinvolgere un solo
filamento della doppia elica o entrambi i filamenti), formazione, tra le due
molecole di DNA che ricombinano, di una corta regione di appaiamento tra le
basi (detta giunzione di Holliday), movimento della giunzione di Holliday
(migrazione del chiasma) e taglio della giunzione di Holliday o risoluzione (DHJ).
La ricombinazione meiotica inizia con la rottura dei doppi filamenti che sono
introdotti nel DNA dalla proteina Spo11. In seguito una o pi nucleasi
digeriscono l'estremit 5' generata da DSB per produrre una estremit 3' a
singolo filamento. Le ricombinasi catalizzano l'invasione del cromatidio opposto
da parte del DNA, causando la dislocazione del filamento complementare, che
successivamente si appaia al singolo filamento generato dall'altra estremit
generata dalla rottura iniziale. La struttura tetraedrica che ne risulta uno
scambio di filamenti incrociati, conosciuto come giunzione di Hollyday. Il contatto
tra due cromatidi che andranno incontro al crossing over noto col nome di
chiasma.
Crossing over meiotico: ogni singolo filamento una molecola di DNA e perch
si abbia tale fenomeno i cromosomi omologhi devono essere appaiati. Il
fenomeno avviene tra due cromatidi: uno per ciascun cromosoma omologo. Si ha
rottura e poi il DNA si ripara. Quello di nuova sintesi usa come stampo la catena
del cromatidio dell'altro cromosoma omologo. Lo scambio si ha con la
risoluzione delle giunzioni di Holliday. Quando siamo verso lo zigotene i due
cromosomi omologhi si avvicinano in tanti punti diversi e la vicinanza aumenta
sempre di pi.
Appaiamento dei cromosomi omologhi: la rottura della doppia elica ci che
porta al crossing over ma che permette anche l'appaiamento. I due omologhi
sono vicini a una determinata sequenza di un omologo di modo che
corrispondano. Ci sono delle regioni in cis (stessa molecola di DNA) che aiutano
l'identificazione degli omologhi, poi vi sono i centromeri e l'eterocromatina che
hanno regioni in cis che aiutano il riconoscimento. I telomeri durante la profase si
addensano alla periferia del nucleo formando il cosiddetto bouquet cromosomico
facilitando il riconoscimento. L'appaiamento guidato dalla sequenza di DNA: si
mettono vicine sequenze omologhe. Grazie ad analisi citologiche nei cromosomi
omologhi avvenuta l'inversione: hanno gli stessi geni, ma diversa disposizione.
Quando si ha rottura dei cromosomi in due punti, sulla stessa molecola di DNA,
il tratto pu essere riparato dopo un ribaltamento di 180 gradi del tratto. In
questa situazione si trovano delle anse a livello del cromosoma: si formano le

anse perch i due omologhi si devono appaiare in base alle sequenze omologhe e
questo l'unico modo per mettere vicine le due sequenze anche se sono
invertite di 180 gradi, ma questa non la condizione normale. Cromosomi diversi
occupano territori specifici nel nucleo e questa separazione pu ridurre
effettivamente il volume del nucleo. La ricerca dell'omologo diventa pi semplice.
Complesso sinaptonemico: i cromosomi prima si appaiano e poi formano questo
complesso con strutture che si ripetono il quale tiene insieme gli omologhi.
Questa struttura costituita dai precedenti elementi assiali, che ora diventano
elementi laterali tenuti insieme da questi complessi proteici. Il sinaptonemico
stabilizza il legame e la vicinanza tra gli omologhi.
L'inizio dell'appaiamento fa rompere la doppia elica e porta ad avvicinarsi ai primi
stadi del crossing over: la sinapsi segue questa situazione.
Metafase: vi sono tre fattori che contribuiscono alla segregazione dei cromosomi
omologhi. Gli omologhi sono tenuti insieme da almeno un chiasma. I kinetocori
sono attaccati ai microtubuli che emanano dallo stesso polo (co-orientazione) e
poi i cromatidi fratelli sono tenuti insieme dagli anelli di coesina e MEI-S332/Sgo1
intorno al centromero. I microtubuli separano i due omologhi e il legame quindi
kinetocoro-microtubulo diverso dalla mitosi. I due kinetocori del cromosoma
sono rivolti verso lo stesso centrosoma e quindi si ha un legame sintelico che
porta i due omologhi verso poli opposti, mentre i cromatidi fratelli verso lo
stesso polo. Gli anelli di coesina sono aperti solo dove deve avvenire il crossing
over. Nel centromero si ha una proteina che protegge gli anelli di coesina del
centromero impedendo lo stacco. Poi nella meiosi II si devono separare i fratelli e
allora alla metafase II il legame kinetocoro-microtubuli anfitelico e il complesso
proteico si separa e consente l'apertura degli anelli di coesina a livello del
centromero. Con la separasi che apre tali anelli allora anche i cromatidi fratelli
possono separarsi.
Orientamento dei cromosomi sulla piastra metafasica: Tutti i cromosomi di
origine paterna o materna non detto che guardino verso lo stesso polo: le
diverse coppie di cromosomi omologhi si orientano in modo casuale
MENDEL
Introduzione:La possibilit di omozigosi dall'unione di due eterozigoti di 1/4.
Questo non dovuto al crossing over perch richiederebbe la presenza di
almeno 2 geni diversi. La probabilit di 1/4 non perch vi sono 4 quadrati, ma
poich per avere tale situazione di un quarto si devono incontrare un gamete
dell'uomo con E il gamete femminile con E. La probabilit che un gamete con E
grande ci sia nell'uomo di 1/2 (2 cellule con E e 2 con e) e cos anche nella
donna. Quindi la probabilit che un figlio sia EE 1/4 ma assumiamo che i due
eventi siano indipendenti: lo spermatozoo non sceglie la cellula uovo con cui

legarsi. Si ha cos la teoria della probabilit che afferma che la probabilit che due
eventi indipendenti accadano contemporaneamente uguale al prodotto delle
probabilit con cui accadono i singoli eventi. I due eventi contemporanei sono che
lo spermatozoo abbia E e fecondi un uovo con E. La probabilit del primo 1/2 e
del secondo 1/2. Che due eventi indipendenti avvengano contemporaneamente
dunque uguale a 1/2x1/2=1/4.
Allele: sono due varianti dello stesso tipo di gene. un concetto relativo, una
variante di un determinato tipo di gene. Le varianti possono codificare per
proteine diverse o con una intensit diversa determinando delle differenze.
Genotipo: la componente che viene trasmessa alla generazione filiale e lo si
indica sempre con due lettere (vi sono delle eccezioni) poich indica quali sono le
varianti sui cromosomi omologhi (due lettere anche uguali).
Omozigote: un individuo che su due cromosomi omologhi ha la stessa variante.
Eterozigote: un individuo che su due cromosomi omologhi ha due varianti
diverse.
Dominante e recessivo: non riguarda la trasmissione, ma come il gene si manifesta
a livello del fenotipo. La lettera maiuscola indica l'allele dominante e quella
minuscola il recessivo. A livello di passaggio da una generazione all'altra non c'
differenza: un allele recessivo ha la stessa probabilit di essere trasmesso di quello
dominante. Tali caratteristiche si vedono a livello di espressione genica. Gli
eterozigoti esprimono il carattere dominante.
Fenotipo: quello che vediamo ed il risultato dell'interazione fra genotipo e
ambiente. Essendo il risultato di un'interazione risulta complesso comprendere
quello con il peso maggiore. Si considerano pertanto le caratteristiche biologiche
prendendo l'ambiente con un peso pari a zero.
Mendel: Gli altri genetisti guardavano le caratteristiche nel loro insieme, Mendel
ha considerato un aspetto biologico alla volta. L'individuo ha tanti aspetti biologici.
Ha applicato un metodo matematico quantificando i risultati. Per vedere se gli
aspetti biologici sono ereditari serve avere due caratteri diversi e vedere come si
trasmettono. Mendel ha preso in considerazione 7 caratteri diversi che
presentavano due varianti diverse e discrete (non continue): stelo alto/basso (si
posto un limite soggettivo), il colore del baccello (verde o giallo), rigonfio o
raggrinzito, seme giallo o verde, seme liscio o rugoso, fiore in cima o in alto e
pellicola del seme colorata o bianca. Ha incrociato via via per avere delle linee
pure cos da sapere cosa accade nella generazione successiva. Le condizioni
ambientali non hanno cambiato le caratteristiche dei fenotipi. Mendel scelse di
incrociare due linee pure che presentano due fenotipi diversi per lo stesso
carattere: per farlo ha usato delle specie con un periodo di riproduzione pi
breve del nostro,quindi us il pisello odoroso e poi imped che la fecondazione

avvenisse a caso, ma controll la fecondazione. Incrocia due linee pure con le due
varianti dello stesso carattere: per la teoria vigente all'epoca ci si aspettava un
risultato mescolato, intermedio.
Primi esperimenti: Con F1 si intende la generazione che deriva dall'incrocio di
due linee pure. Mendel osserv risultati diversi da quello che si pensava all'epoca:
i caratteri non si mescolano, ma il fenotipo esprimeva solo una delle due varianti,
quindi un fenotipo uguale a quello di uno dei due genitori. F1 un ibrido che
deriva dalla mescolanza di linee pure. Uniformit degli ibridi: hanno lo stesso
fenotipo e tale uniformit un corollario della prima legge della segregazione e
della seconda dell'assortimento indipendente, mentre altri la ritengono la prima.
Tutti i figli in F1 si trovano ad esprimere solo un fenotipo, ma uno dei due
scompare. Mendel allora incrocia/autofeconda individui della F1, arrivando alla F2.
In F2 riappare il fenotipo scomparso dalla F1: in F1 in qualche modo il carattere
c'era ma non si manifestava. Quindi il fenotipo scomparso recessivo, mentre
l'altro sempre presente detto dominante. F2 la generazione che deriva
dall'incrocio di due individui di F1. I recessivi sono sempre meno di quelli
dominanti, ma se consideriamo gli individui con fenotipo recessivo, si osserva che
ce ne sono 3 con fenotipo dominante. Il rapporto dominante su recessivo di
3:1. Poi osserva ancora: gli individui della linea pura e quelli della generazione F1
portano ad avere due fenotipi uguali, ma hanno delle diversit perch tramandano
i caratteri in modo diverso. La domanda di Mendel fu dunque: gli individui di F2
assomigliano alla linea pura o a F1? Per rispondere autofecond un certo numero
di piante e and a vedere il fenotipo di questa successiva generazione: not che
una parte d solo il carattere dominante, una parte presenta alcuni di carattere
dominante altri recessivo. Questa volta il rapporto quasi 2 per tutti i caratteri.
Gli individui di F2 non sono tutti uguali nel trasmettere il carattere, pur essendo
uguali nel fenotipo. Uno su 3 d sempre semi solo con il fenotipo dominante e 2
su 3 dove alcune piante sono con fenotipo dominante e altre recessive. 2 tipi di
individui, ma il rapporto sempre uguale. In F2 gli individui con il fenotipo
recessivo sono tutti uguali tra loro e sono come uno dei due parentali. Quelli con
fenotipo dominante non sono uguali tra loro: 1/3 con fenotipo parentale (
identico alla linea pura parentale recessiva) e 2/3 con fenotipo ibrido. Su 4
individui della F2 1 ha fenotipo recessivo parentale, 1 con fenotipo dominante
parentale e 2 con fenotipo dominante ibrido. Gli ultimi due casi dal punto di vista
del fenotipo non sono distinguibili.
Prima legge (Dominanza e uniformit dei caratteri): incrociando individui
omozigoti che differiscono per una coppia allelica si avranno individui con il
fenotipo dell'allele dominante: ovvero avranno tutti stesso genotipo e fenotipo.
La legge della segregazione (seconda legge): per spiegare tali rapporti Mendel

afferma che a ognuno di questi caratteri fenotipici corrisponde un tipo di fattore


di cui ogni individuo ha due copie e di cui esistono due alternative. Ogni genitore
passa una sola di queste due copie e pu passare l'una o l'altra indifferentemente.
Le due copie si segregano quindi.
Derivazioni della seconda legge: Mendel in base ai risultati not che ogni
carattere determinato da una coppia. Di questa coppia esistono due alternative
dette alleli e nelle generazioni parentali si avranno due copie dove ciascun
individuo della parentale sar omozigote dominante e l'altro omozigote recessivo.
Tali alleli segregano e cos nelle specie a riproduzione sessuata si ottengono
individui con due fattori: uno di un genitore e l'altro dell'altro genitore. Mendel
cos spieg del tutto i risultati. La composizione dei due fattori il genotipo. I
genitori trasmettono un fattore e ogni individuo ne ha due copie. La linea pura ha
due copie uguali. Se ne trasmette una e una sola. Mendel col primo esperimento
dimostr che F1 Aa (i genitori sono AA e aa). F1 ( sempre incrocio di due
linee pure) ha sempre genotipo eterozigote. Consideriamo la F2: si passer
sempre e solo uno dei due e sar sempre uno a caso. Questo comporta di
esprimere con una probabilit i risultati: al 50% si trasmette A e al 50% a. Si pu
avere AA, aa e Aa. AA: un genitore eterozigote passa A al 50% e quindi il figlio sar
AA con una probabilit di 50%x50% ovvero 1/4 o 25%. La stessa cosa per gli altri
risultati: si ha AA al 25%, aa al 25% e Aa al 50%. Dal punto di vista del fenotipo si
ha 75% con carattere dominante espresso e 25% fenotipo recessivo. Quindi di
nuovo rapporto 3:1: 3 secondo linea pura dominante e 1 linea pura recessiva.
Mendel non riesce a capire il genotipo degli individui e allora lo deve incrociare e
dal fenotipo dei figli risale al genotipo dei genitori.
Esperimenti successivi: Mendel incroci un omozigote recessivo con un individuo
che ha un fenotipo dominante, per vedere se quell'individuo fosse omozigote
dominante o etrozigote. Serve l'individuo recessivo sia perch di sicuro
omozigote sia perch il fenotipo dei figli dipende dall'altro individuo: si scopre se
omozigote dominante o eterozigote. Si avranno infatti risultati diversi nei due
casi e tutto dipende dalla statistica. Se si ottiene sempre un individuo con
fenotipo dominante allora il genitore avr genotipo dominante e omozigote. Se
invece si ottiene un fenotipo recessivo incrociando un omozigote recessivo con
un individuo con fenotipo dominante si pu dire che quest'ultimo ha genotipo
eterozigote. Pu essere utile per capire se un individuo affetto da una malattia.
La malattia non un gene, ma vi sono delle varianti di un gene dove un allele
codifica per la situazione normale e una che codifica per una proteina non
funzionante o che funziona in modo improprio. Le malattie sono spesso sui
recessivi. Per capire se un individuo eterozigote bisogna vedere l'albero
genealogico ma non detto che si abbia risposta: a volte si pu capire guardando

il prodotto primario del gene e il genotipo dei figli.


Legge dell'assortimento indipendente (terza legge): analizzando due caratteri
diversi e dedusse questa legge. Prese in considerazione nello stesso individuo due
caratteri distinti: forma (liscio o rugoso) e colore (giallo e verde). Costru
generazioni dove uno era sempre liscio e giallo e l'altro sempre rugoso e verde.
Incroci queste linee parentali pure e come si aspettava in F1 avevano tutte lo
stesso fenotipo dominante per entrambi i caratteri. Poi fece un incrocio di
individui di F1: in F2 ha avuto qualche risultato che si aspettava(ricomparivano i
fenotipi recessivi) e qualcosa di nuovo. C'erano individui dove trov novit: vi
erano combinazioni di fenotipi recessivi e fenotipi dominanti. Contando not che
aveva 4 classi di combinazioni fenotipiche. Ha visto che in F2 si avevano questi
rapporti: per 1 con fenotipo recessivo, ve ne sono 9 con fenotipo dominante, 3
con fenotipo di uno dominante e l'altro recessivo e altri 3 in modo reciproco.
9:3:3:1. Se consideriamo separatamente i due caratteri si pu vedere che si ha
sempre rapporto di 3:1 per il fenotipo (dominante 3 e 1 recessivo). I due
caratteri non si influenzano quindi: un carattere non porta a una preferenza
sull'altro. Il fenotipo dominante (per entrambi) sar quindi 3/4x3/4=9/16. Per
entrambi recessivo 1/4x1/4=1/16. I due fenotipi non hanno preferenza per i
fenotipi dell'altro carattere. Quindi colore e forma hanno strade diverse. Se
consideriamo tre caratteri in F2 si aggiunge un carattere e si hanno 8 classi
fenotipiche. Con 4 caratteri si hanno 16 classi fenotipiche. Se aumentiamo il
numero di geni aumenta il numero di classi fenotipiche e diminuisce il numero di
individui possibili per le classi diverse. L'assortimento indipendente la base della
variet genetica e biologica. Le classi fenotipiche in F2 sono pari a 2^n dove n il
numero di caratteri considerati. Nella generazione F2 la frequenza delle diverse
combinazioni fenotipiche uguale al prodotto della frequenza con cui si
presentano i singoli fenotipi. L'assortimento indipendente dimostra che ciascun
fattore assortisce in modo indipendente da tutti gli altri geni, ma i geni sullo
stesso cromosoma non possono assortire in modo indipendente: infatti, l'unit di
assortimento indipendente non il singolo gene, ma l'unit del cromosoma. Si
possono formare moltissime combinazioni genetiche: ecco la variabilit genetica
(importante per l'evoluzione). Non tutte le combinazioni sono di egual valore se
si guarda la capacit dell'individuo di perpetuarsi nel tempo. Alcuni genotipi sono
sfavoriti. La maggior parte dei geni non assortisce in maniera indipendente infatti
pu intervenire il crossing-over. Quando si vogliono analizzare le combinazioni
derivanti da un individuo doppio dominante lo si incrocia con un doppio
recessivo e si guardano le classi fenotipiche dei figli.
Geni linked e assenza di assortimento indipendente: non tutti i loci assortiscono
in modo indipendente l'uno dall'altro. I genetisti individuarono gruppi di

associazione: geni che non assortiscono in modo indipendente. Da ci si arriva al


concetto di cromosoma. Prendiamo come inizio un caso in cui non si vede
l'assortimento indipendente. Consideriamo due Loci: Z e T di cui si hanno due
alleli (Z/z e T/t: per i geni vi sono due alleli). Si costituiscono due linee pure e
incrociandole tra di loro abbiamo solo eterozigoti. Questi due Loci assortiscono
in modo indipendente? Si incrociano con un doppio recessivo gli individui di F1:
zztt x ZzTt. Il fenotipo dei figli avr una classe ZT, una classe zt. Non si vedono le
altre combinazioni. La prima classe sar ZzTt e l'altra zztt. Se la prima ha fenotipo
ZT vuol dire che un genitore ha contribuito con un gamete ZT, per la seconda
uno ha dato al figlio zt. Questi due loci non hanno avuto assortimento. Dai figli si
risale a cosa successo nei gameti dei genitori. Z e T fanno parte dello stesso
gruppo di associazione: cio stanno sullo stesso tipo di cromosoma e quindi non
assortiscono in modo indipendente. Z e T sono due loci particolari senza mai
assortimento indipendente e quindi mai i 4 diversi fenotipi.
Consideriamo altri 2 loci specifici e partiamo da due linee pure: DDEE e ddee.
Otteniamo dall'incrocio DdEe e lo incrociamo con ddee.Vogliamo sapere le
combinazioni gametiche. Per rispondere alla domanda si guarda il fenotipo dei
figli: DE, De, dE, de. Abbiamo 4 classi fenotipiche. Da DE sappiamo che il gamete
lo ha preso dalla combinazione DE di un genitore. Qui si ha l'assortimento
indipendente poich si hanno le 4 classi: ma non si ha assortimento se si guarda
solo a livello qualitativo, ma anche a livello quantitativo. 45 fenotipo DE e de, 5 De
e dE. Questo per il crossing over: le due classi parentali (DE de) hanno la
frequenza maggiore e le altre due classi dette ricombinanti hanno un numero di
individui minori. Questi due geni sono concatenati tra loro, ovvero linked. La
catena si rompe quando si ha crossing over e la rottura consente la formazione di
due nuovi risultati: dE e De. La distanza si misura in centimorgan: 5x2/100=1/10
(numeratore il numero di fenotipi ricombinanti e denominatore il numero di
individui totali). Questi fenotipi sono dovuti al crossing over. Queste due classi
sono meno frequenti poich sono 5 individui su 100. La distanza tra D ed E in
centimorgan di 10 centimorgan. DdEexddee= si hanno le 4 classi fenotipiche di
prima. A livello qualitativo la cosa uguale a prima, ma quantitativamente si hanno
risultati diversi: 5 DE, 5de, 45 De e 45dE nel fenotipo. I fenotipi che prima erano
parentali ora sono quelli ricombinanti. La distanza sempre di 10 centimorgan,
ma il risultato diverso: questo perch nel primo caso si parti da individui
doppi omozigoti dominanti e doppi omozigoti recessivi (il doppio eterozigote del
risultato ha nel locus d la D e in e la E e nell'omologo avr d ed e; i ricombinanti
per crossing over sono De e Ed) mentre nel secondo caso si avr su un
cromosoma De e sull'omologo dE (quindi nel crossing over le combinazioni sono
date da DE e de). La distanza dei loci sempre la stessa, poich non dipende dagli

alleli. Il risultato uguale ma cambiano i fenotipi parentali da quelli ricombinanti.


D in cis con e (stessa parte) e D ed E sono in trans. Nel primo caso invece D
ed E sono in cis.
Quindi, prendendo un individuo doppio eterozigote con due loci linked la cui
distanza di 10 centimorgan, 10 cM (G/g per il locus G e H/h per locus H), quali
sono i fenotipi delle classi ricombinanti? Non si pu dire perch bisogna sapere in
quale fase sono, ovvero se l'allele G in cis con H o con h. Se G in cis con H le
classi ricombinanti sono Gh e gH. Se G in cis con h allora le ricombinanti sono
GH e gh.
1 cM: unit di misura della frequenza di ricombinazione genica (o di crossingover) che corrisponde a una frequenza dell'1%; nella specie umana, 1 centimorgan
equivalente, in media, a un milione di coppie di basi.
Loci sullo stesso cromosoma: Se non sappiamo che i due loci sono sullo stesso
cromosoma si ragiona cos. L'assortimento indipendente visto cos non esclude
che due geni siano sullo stesso cromosma (45,5,5,45). Assortiscono in modo
indipendente, ma sono sullo stesso cromosoma o su cromosomi diversi? Possono
essere anche molto lontani fra loro. Si pu avere apparente assortimento
indipendente perch il crossing over a ogni meiosi ha disfatto l'assortimento
poich i loci sono a estremit opposte dei cromosomi: ad ogni meiosi ciascuna
cellula produce tutte e quattro le combinazioni con ognuna la possibilit del 25%
di presentarsi. I due loci assortiscono in modo indipendente se si ha il 25% per
ogni classe fenotipica. Serve l'intervento di un altro locus che noi sappiamo che si
trova sullo stesso cromosoma di uno dei due e non gli vicinissimo. Questo
locus che sullo stesso cromosoma di D, per esempio, rispetto all'altro assortisce
in modo indipendente o d ricombinazione? Si trovano sullo stesso cromosoma
se il terzo locus subisce ricombinazione con il secondo, se vi assortimento
indipendente tra secondo e terzo, vuol dire che assortiscono in modo
indipendente anche rispetto al primo. Esempio: FfIixffii = FI, fi, Fi, fI (tutte al 25%).
Consideriamo il locus N tra F e i. Tra F e N vi sono 30 cM. Come si comporta N
rispetto ad I? Assortiscono o no in modo indipendente? A seconda del risultato si
pu dire se F e I sono o meno sullo stesso cromosoma. Se tra N e I abbiamo le 4
combinazioni fenotipiche non solo possiamo dire che assortiscono in modo
indipendente ma che sono anche su cromosomi diversi. Se non c' assortimento
indipendente ma abbiamo 2 classi fenotipiche con frequenze minori rispetto alle
altre vuol dire che I legato a N come N legato ad F: quindi F e I sono sullo
stesso cromosoma. Cos si possono costruire delle mappe genetiche. Pur
aumentando il numero di loci, il numero di gruppi di associazione che erano
riusciti a fare non superava i 4. Questi 4 gruppi di associazione corrispondevano
con il numero di cromosomi della drosophila: i cromosomi sono la base dei locus,

poich questi sono concatenati. Fare una mappa genetica non solo costruire
gruppi di associazione ma capire a che distanze sono i nostri loci: le mappe
genetiche precedono quelle fisiche. Queste ultime sono state possibili quando si
sequenziato il DNA. Il problema era sapere se la mappa genetica e quella fisica
coincidessero. La mappa fisica si basa sul fatto che il crossing over un evento
casuale. Le due mappe sono colineari (i geni si susseguono nello stesso modo),
ma bisogna vedere se sono cometriche (i due geni sono a distanze proporzionali
sulle due mappe: 1 cM non sempre un milione di paia di basi poich l'ipotesi di
partenza, ovvero il crossing over sempre casuale, in parte falsa: vi sono zone
del DNA in cui il crossing over avviene con maggior frequenza e porta a
differenza tra distanze genetiche e distanze a livello del DNA). L'idea della
casualit servita per queste mappe ed stata solo raffinata perch s casuale,
ma non lo del tutto. Fare le mappe genetiche serve a sapere quali geni sono
portati dai cromosomi: cambia cos la sua combinazione a livello gametico e
fenotipico e d la plasticit alla specie. Alcune combinazioni sono utili per vivere
in certi ambienti. Si pu quindi notare che non vi sono eccezioni alla segregazione,
mentre quelle dell'assortimento sono piuttosto evidenti.
Caratteri legati al sesso: Morgan oltre ai centimorgan ha scoperto che esistono
caratteri legati al sesso. Ci sono alcune caratteristiche che si trasmettono in
modo dipendente dal sesso del genitore e dell'individuo stesso. Questi caratteri
sono stati studiati sulla drosophila: aveva un ciclo riproduttivo molto breve (14
giorni), costava poco, i fenotipi erano facilmente identificabili e ha solo 4
cromosomi. Morgan osserv che c'era un individuo con gli occhi bianchi.
L'alternativa occhi bianchi ereditario o dovuta a un errore. Ha incrociato un
individuo maschio con occhi bianchi con una femmina dagli occhi rossi. Ha
ottenuto una F1 (non molto corretto) con solo occhi rossi. una caratteristica
ereditaria con fenotipo recessivo allora? Ha preso individui della F1 e li ha
incrociati fra loro. Ha ottenuto il rapporto tipico di Mendel: 3:1. ricomparso il
fenotipo bianco: pertanto un carattere ereditario. Ha notato per che il
fenotipo recessivo (occhi bianchi) era presente solo nei maschi. Le femmine
hanno solo occhi rossi. Allora ha incrociato una femmina occhi rossi F1 con un
maschio occhi bianchi: ha ottenuto individui maschi e femmine con occhi bianchi
e alcuni con occhi rossi. Gli individui della F1 sono eterozigoti e i figli occhi
bianchi erano omozigoti recessivi. Ha fatto poi un terzo incrocio: femmina occhi
bianchi e maschio occhi rossi (incrocio di una linea pura) e porta ad aspettarsi
solo individui occhi rossi. Alla prima generazione il carattere segrega e appaiono
individui con fenotipo recessivo: oltre a rapporto 1:1 tra rossi e bianchi not che
ad avere fenotipo recessivo erano solo i maschi, mentre il fenotipo dominante
solo nelle femmine.

Cromosomi sessuali:Una coppia di cromosomi responsabile per determinare il


sesso degli individui. Nella drosophila si hanno 4 coppie di cromosomi omologhi:
la prima coppia quella sessuale, le altre tre sono autosomiche. Nella femmina si
hanno due cromosomi uguali tra loro. Nell'uomo un cromosoma uguale a
quello femminile e l'altro morfologicamente diverso. I cromosomi sessuali sono
detto eterocromosomi, gli altri sono detti autosomi. Il sesso degli individui
determinato dal contributo dei gameti: essi infatti hanno anche questi cromosomi.
Tutti i gameti hanno uno dei due cromosomi: entrambi X nelle femmine,
nell'uomo un gamete ha X e l'altro Y (50%). XY si comportano come omologhi e
segregano in meiosi. Met saranno maschi e met femmine. Le caratteristiche
sessuali prendono due direzioni diverse a seconda della coppia di cromosomi.Vi
sono per importanti caratteristiche legate al sesso, soprattutto sul cromosoma
X. Morgan ha assunto che su X oltre ad esservi geni che controllano lo sviluppo
di caratteristiche sessuali, si sviluppano altri caratteri come il colore degli occhi
per la Drosophila. Gli individui di sesso maschile per questi caratteri sono
emizigoti perch stanno solo su X: la conseguenza a livello fenotipico che
qualsiasi variante di questo locus su X si manifesta in qualunque caso (dominante
o recessivo). Il locus per il colore degli occhi bianchi recessivo e sta su X ma
non c' su Y. Il maschio emizigote e lo manifesta.
Esperimenti di Morgan: Si possono ricostruire cos gli esperimenti di Morgan. Si
considerano la trasmissione del cromosoma del sesso e un altro fenotipo.
Femmine con occhi rossi: XX. Nella drosophila + indica il gene normale e la
lettera che indica il mutante. Se c' la lettera si ha il mutante. Consideriamo W. Gli
individui di F1 avranno il cromosoma X del gamete femminile e ci sar sempre
l'allele dominante (il colore rosso) ma sono eterozigoti.
Figlio sia maschio sia femmina. Si deve usare figlio maschio o figlio femmina/figlia.
Alberi genealogici: Principale metodo di studio dell'ereditariet nell'uomo. Ci
sono 6 tipi di trasmissione. Si possono identificare le modalit di trasmissione e
identificare o predire il genotipo. Il quadrato indica il sesso maschile, il cerchio
individuo femminile: la croce sopra indica morte dell'individuo. Una linea
orizzontale indica i genitori. Una linea verticale la generazione, i figli. La linea
tratteggiata indica un figlio adottato. Con il numero romano si indicano le
generazioni e con il numero arabo il numero di individui di ogni generazione. Gli
individui rappresentati con un colore scuro indicano gli individui malati. Si pu
cercare se l'individuo affetto e se il locus sugli autosomi (ma non su quale) o
legato al sesso, ovvero al cromosoma X.
Esempi:
-se genitori non affetti hanno un figlio affetto si pu escludere che il carattere sia
dominante (o autosomico o legato a X). recessivo poich i due genitori non lo

manifestano ma vi nel figlio. I genitori hanno passato un allele al figlio che nel
loro fenotipo non si manifesta. I genitori sono quindi eterozigoti o semplicemente
l'uomo ha X sano e la donna ha un allele sul locus X. Non si pu dire se
autosomico o legato al cromosoma X, poich vanno bene entrambe.
- se genitori non affetti hanno una figlia affetta si pu escludere che il carattere
sia dominante e che recessivo X-linked. recessivo poich i genitori non sono
malati. Poi possiamo dire che autosomico: infatti, una figlia malata avrebbe
bisogno di due alleli recessivi sui cromosomi X, ma una X la prende dalla madre e
una dal padre (il padre emizigote ma sano), quindi non possibile che sia un
carattere sessuale. Importante conoscere il sesso dei figli.
- se una donna affetta ha un figlio maschio non affetto o se un uomo non affetto
ha una figlia affetta si pu escludere che il carattere sia recessivo legato all'X. Se la
figlia malata il carattere non recessivo: infatti dovrebbe essere omozigote per
essere malata e prendere anche un carattere dal padre che per sano. Non
dunque recessivo, ma dominante. Il carattere dunque autosomico dominante.
Per quanto riguarda un fenotipo dominante questo si manifesta in ogni
generazione. Se si manifesta in ogni generazione non possiamo per forza dire che
sia dominante. Il fenotipo recessivo salta una generazione.
ECCEZIONI ALLE LEGGI DI MENDEL
Introduzione:La maggior parte di queste eccezioni non sono vere eccezioni.
Mendel ha sempre considerato due variante fenotipiche con due alleli diversi
dove uno dominava in modo completo sull'altro. Si hanno fenomeni come
dominanza incompleta, codominanza, gerarchia di dominanza e alleli letali. Non
sono eccezioni alla segregazione, ma eccezione all'idea che con due alleli diversi
uno domini del tutto sull'altro. Poi Mendel si basava sul fatto che vi sono due alleli
per gene. Di fatto si sono scoperti caratteri con alleli multipli. Poi Mendel ha
sempre detto un gene un carattere, ma si visto che spesso si pu avere
pleiotropia (un gene molti caratteri). Due (o pi) geni influenzano un solo
carattere (interazione genica e caratteri poligenici). Il rapporto tra genotipo e
fenotipo un rapporto a rete: un gene pi caratteri e un carattere pu essere
determinato da pi geni. Mendel ha poi parlato di indifferenza rispetto al sesso,
ma si sono dimostrati caratteri legati al sesso e caratteri limitati dal sesso. Mendel
parla anche di eguale contributo di due genitori, ma si ha anche eredit
citoplasmatica: il DNA che abbiamo non tutto nel nucleo, ma vi anche quello
mitocondriale che proviene tutto dalla madre (negli spermatozoi non ci sono i
mitocondri che ci sono solo nell'ovocita). Poi anche l'imprinting. Mendel parla di
caratteri espressi allo stesso livello in tutte le generazioni, ma si dimostrato che
pi aumentano le generazioni, l'et a cui si esprime un carattere sempre minore,
questa l'anticipazione. Mendel poi considerava casi senza influenze ambientali,

che invece nella maggioranza dei fenotipi hanno un posto di grande rilievo.
Interazioni geniche: interazione tra alleli dello stesso gene: dominanza, dominanza
incompleta o semi-dominanza, co-dominanza, alleli multipli, temperatura sensibili,
letalit e sterilit.
- dominanza incompleta (Mendel non ha sbagliato: c' segregazione, ma l'errore
sta nella sua interpretazione genotipo:fenotipo): si incrociano due linee pure di
campanula una rossa e una bianca. Ci si aspetta una F1 di individui tutti
eterozigoti, uguali fra loro e con lo stesso colore di uno dei due genitori, ma non
si hanno fiori n rossi n bianchi, ma rosa. Incrociando gli F1 permane il fenotipo
rosa e riappaiono il rosso e il bianco. 1 rosso 1 bianco e 2 rosa. A livello
genotipico in F1 n l'allele per il rosso n l'allele per il bianco domina: si ha un
fenotipo intermedio tra i due. Ad ogni modo si ha sempre la segregazione: ognuno
trasmette solo uno dei caratteri. In F2 si hanno due omozigoti e due eterozigoti.
La legge di Mendel vale quindi. I fiori sono rosa quando sono eterozigoti. Per
trasformare il bianco in rosso serve un enzima che ha due varianti: una funziona e
trasforma il bianco in rosso e una variante che non funziona e non fa la
trasformazione. Gli individui che sono omozigoti per l'allele funzionale
trasformano tutto il bianco in rosso. Gli individui omozigoti per l'allele per
proteina non funzionante non trasformano nulla e il fenotipo bianco. Gli
individui rosa sono eterozigoti per l'allele di questo enzima: uno per enzima
funzionante e l'altro per enzima non funzionante. La quantit di enzima
funzionante negli eterozigoti la met. In questo caso la quantit di enzima non
basta a trasformare tutto il bianco in rosso. Il fenotipo proporzionale alla
quantit di enzima funzionante. Siamo quindi in aploinsufficienza: un solo allele per
la proteina funzionale non sufficiente a portare a termine la sua funzione. La F2
dei fiori un'eccezione dal punto di vista del fenotipo.
- alleli multipli: per un determinato tipo di geni possono esserci pi di due alleli.
Pensiamo alla pelliccia di un coniglio: vi sono 4 fenotipi e quindi non bastano 2
alleli (al massimo 3 fenotipi con 2 alleli). Nella pelliccia si hanno C, c, c^h e c^ch. Il
C grande dominante su tutti. c^ch dominante su tutti i c. c^h dominante su
c. Ogni genotipo comporta sempre la presenza di al massimo due varianti
alleliche. Si ha anche questa gerarchia di dominanza per i capelli: liscio recessivo
rispetto a tutti gli altri. Lanosi>molto ricci>ricci>ondulati>lisci.
- Codominanza: Prendiamo l'esempio dei gruppi sanguigni. La popolazione si
divide in 4 gruppi: A, B, AB e 0.Vi sono tre alleli: I^A, I^B e i (altro caso di alleli
multipli). Omozigoti per I^A fenotipo A, omozigote I^B B e omozigote i 0. Se si
ha I^AI^B AB. In quest'ultimo caso non si ha dominanza incompleta perch il
fenotipo non intermedio, ma si ha codominanza. Per scoprire le dominanze si
osservano gli alberi genealogici di famiglie informative e si trova che I^A e I^B

dominante su i. Se i genitori sono entrambi AB ci si aspetta 1/4 A 1/4 B e 1/2 AB:


di nuovo segregazione.
- Alleli letali: sono alleli che quando sono presenti in un individuo portano a
morte l'individuo. A volte o in vita interuterina o appena dopo la nascita.
Prendiamo un topo giallo e un topo normale (marrone): incrociati si ha 1/2 gialli e
1/2 normali. I gialli sono eterozigoti. Il giallo dominante. Incrociando due topi
gialli ci si attende un rapporto fenotipico dominante recessivo 3:1. Tuttavia, si ha
un fenotipo giallo e uno normale con rapporto 2:1. Non ci sono individui gialli
omozigoti. Il genotipo omozigote per il giallo d la morte. Il gene controlla il
colore della pelliccia ma anche la vitalit di questi individui. L'allele per il giallo
dominante sull'altro per il colore, ma recessivo per la vitalit.
Alcaptonuria: eccezione a livello della segregazione. un gene che non funziona in
alcuni individui. Le urine sono nere perch si accumula un acido ed un errore
congenito del metabolismo. un carattere autosomico recessivo: A l'allele
funzionante e a quello non funzionante recessivo. L'eterozigote non soffre di
alcaptonuria. Lalcaptonuria un difetto nella sintesi dellenzima omogentisico
ossidasi che si accumula nelle urine nel sangue e nelle cartilagini causata dalla
mutazione puntiforme. Si ha una tripletta che per il cambiamento di una sola base
codifica per la serina invece che per la treonina.
Albinismo: non fa trasformare la DOPA in melanina. Cambia come prima un solo
amminoacido. Gli eterozigoti come prima hanno nelle cellule un allele normale e
uno mutato. La proteina funzioner quindi al 50%, ma quella normale sufficiente
per far s che la DOPA diventi melanina. Solo gli omozigoti recessivi soffrono di
albinismo.
Il gruppo precursore AB0: si ha il gruppo A che ha sul globulo rosso una struttura
completata grazie alla N-acetilgalattosamina transferasi, su B la galattoso
transferasi. La prima modificazione del precursore fa produrre la sostanza H che
comporta l'attacco al fucoso di una N-acetil galattosamina se il gruppo A. Se si
attacca un galattoso si forma l'antigene B e quindi il gruppo sanguigno B. Gli
individui 0 non hanno nulla attaccato alla struttura di base. I gruppi A e B hanno
bisogno di un enzima e AB ha entrambe le varianti quindi entrambi gli enzimi. Lo
stesso gene codifica pi attivit enzimatiche. Cambiano solo 4 aa su 400: questo
perch cambia qualcosa nelle sequenze nucleotidiche. Il gruppo 0 ha una
delezione di una G nella sequenza nucleotidica e cambia la lettura e la sequenza
di aa che del tutto diversa.
Anemia falciforme: causata dalla presenza di un cambiamento a livello del DNA
che codifica per la beta globina invece della alfa. Questi individui sono anemici
poich hanno pochi globuli rossi: sono infatti a forma di falce e sono pi demoliti
dalla milza oltre che essere molto pi fragili. Si formano cos anche le ossa piatte:

infatti, servono globuli rossi e il midollo tende a produrre molti precursori di


globuli rossi (si ha il cranio a spazzola). Si lega meno l'ossigeno e la patologia
piuttosto grave. Questa patologia autosomica recessiva deriva da una variazione
di un A con un T (genotipo)e in posizione 6 si ha al posto di un glutammato
(GAG) una valina (GTG). Come fare a capire se eterozigote indipendentemente
dal genotipo, ma analizzando il fenotipo? Analizzando la proteina prodotta
osserviamo che questo cambiamento porta a un cambiamento nelle propriet
chimico-fisiche: si pu guardare analizzando non il DNA, ma la sua proteina betaglobina. Si pu fare elettroforesi e si nota che in un individuo normale la distanza
percorsa maggiore di quella di un individuo con anemia falciforme. In un
omozigote si ha solo un tipo, in un eterozigote si vedono entrambi i tipi di
emoglobina. La dominanza varia con il livello di osservazione. L'espressione di
entrambi quando si ha un eterozigote ci porta a dire che si ha una codominaza
dal punto di vista del polipeptide di beta-globina. Osservando la forma dei globuli
rossi invece non si possono distinguere l'omozigote dall'eterozigote: cio A
dominante e S recessivo (S anemia falciforme). Osservando la concentrazione dei
globuli rossi uguale in omozigoti per A ed eterozigoti: A dominante e S
recessivo (omozigote per S minor concentrazione). Se consideriamo un individuo
quando l'ossigeno scarso nell'eterozigote si vedono anche i globuli rossi a falce:
l'eterozigote si distingue dall'omozigote e si ha dominanza incompleta quindi.
Considerando la suscettibilit alla malaria addirittura succede che S dominante
e A recessivo: chi eterozigote o omozigote per S recessivo. Questo un caso
di pleiotropia: un gene pu influenzare pi di una caratteristica. Il gene per la
catena beta influenza la produzione, la forma, la concentrazione dei globuli rossi e
la suscettibilit alla malaria.
Penetranza: indica la frequenza con cui un allele dominante od omozigote
recessivo manifesta il suo fenotipo caratteristico nella popolazione. Un allele
dominante ha una penetranza del 100% quando ogni volta che presente nel
genotipo si manifesta nel fenotipo. Esempio: 15 individui hanno l'allele dominante
per l'acondroplasia e tutti manifestano il nanismo acondroplastico.Vi sono 3
genotipi: aa (fenotipo: normale), Aa (fenotipo: nanismo) e AA (rarissimo). La
patologia dominante. Penetranza: essa del 100% (15 individui su 15 con l'allele
dominante hanno nanismo acondroplastico). Altro caso: 20 individui con allele
dominante per l'otosclerosi. 16 soffrono di questa malattia e 4 pur avendo l'allele
dominante non ne soffrono. 16/20 x 100= 80% di penetranza. Stesso genotipo,
due fenotipi diversi. Per calcolare la penetranza serve raccoglie dati di tante
famiglie e uno deve manifestare il fenotipo della malattia.
Cio: Aa il malato ed ha due genitori, maschio e femmina. A lo ha preso da uno
o dall'altro genitore e quindi uno dei due genitori porta questo allele. Quanti di

questi genitori manifestano questo genotipo per l'otosclerosi? Sappiamo a livello


statistico che uno dei genitori lo ha di sicuro. Prendiamo 100 individui di famiglie
diverse, quindi 200 genitori. Ne abbiamo 80 che sono affetti da otosclerosi: si fa
80/100 (100 e non 200 perch solo uno dei due genitori ha l'allele dominante).
Nell'insieme di queste famiglie vi sono 200 fratelli. Questo allele ha penetranza
dell'80%. Nell'insieme di questi fratelli, quanti soffrono di otosclerosi? Sono 80.
Infatti con penetranza dell'80% ci dovrebbero essere 160 affetti, ma dei 200
fratelli solo 100 hanno ricevuto l'allele dominante dell'otosclerosi dai genitori
quindi solo 80. Questo comporta che a livello dell'analisi degli alberi genealogici si
hanno altre difficolt: un salto di generazione ci porta a dire che non pu essere
causato da un allele dominante, ma questo invece succede poich si ha la
penetranza incompleta (uno ha l'allele dominante ma non lo esprime, mentre il
figlio/figlia lo esprime).
Espressivit: intensit con cui si manifesta un certo fenotipo. L'allele penetrante
ma pu avere un diverso grado di espressivit. Se l'espressivit sempre pi
debole allora il fenotipo non si manifester pi e quindi anche la penetranza sar
bassissima. Sono eccezioni non alla legge di Mendel.
Complementazione: da due genitori che erano albini (mamma molto conclamata
e il padre meno intenso), una patologia mono-fattoriale recessiva. Erano due
omozigoti recessivi. Tuttavia, il figlio non albino. Questo com' possibile?
L'albinismo dovuto ad alleli non funzionanti di loci diversi. Questo comporta
che individui che hanno lo stesso fenotipo possono complementarsi nel figlio.
Ovvero, non c' azione di un solo gene, ma l'azione di pi geni. Cio, un individuo
aaBB (pur essendo omozigote per B albino) e l'altro Aabb/AAbb. La genetica
permette di capire come interagiscono i diversi prodotti genici. Si passa da una
sostanza A ad una B e con un altro enzima si arriva a C. Il passaggio da A a B
controllato da un enzima "A" che ha alleli A a e da B a C l'enzima "B" con alleli B
b. C d la pigmentazione mentre A e B albinismo. Per arrivare a C ci devono
essere gli enzimi funzionanti. L'enzima "A" ha due alleli: il dominante per il
funzionante e il recessivo per un enzima non attivo. Il passaggio da A a B non
avviene se l'individuo omozigote aa. Si pu non arrivare a C anche se, pur
passando da A a B, l'individuo omozigote per l'allele b e d un prodotto non
attivo. aaBB albino come lo anche AAbb. Nei figli si ha la complementazione: il
primo passa ai figli aB e l'altro passa Ab. Quindi tutti i geni saranno eterozigoti e i
figli potranno completare la trasformazione e arrivare alla sostanza C. La
complementazione richiede il prodotto proteico di almeno due geni diversi.
Pensiamo ai fiori della campanula: sono azzurri, ma poi si ha fenotipo bianco.
Ciascun fenotipo bianco recessivo rispetto a quello azzurro. Il bianco dovuto
ad alleli dello stesso gene? Si possono incrociare gli individui con fenotipo bianco

recessivo(non conosciamo il loro genotipo): ci aspetteremmo solo fenotipi


bianchi recessivi. Se troviamo fiori celesti possiamo dire che c' stata
complementazione: per avere il colore celeste servono due geni.
Epistasi recessiva: un allele epistatico. L'epistasi riguarda il rapporto tra i vari
geni dove uno copre il prodotto di un altro gene. Incrociamo due linee pure e in
F1 ci aspettiamo solo il fenotipo dominante (fiore blu). Incrociando due individui
di F1 in F2 riappare un fiore bianco (recessivo) ma oltre al blu appare un nuovo
carattere: un fiore magenta. Potrebbe essere dominanza incompleta: no perch in
F1 non sono magenta. Si rispettano le regole di Mendel dell'assortimento
indipendente: non si ha per 9:3:3:1 anche perch consideriamo un solo
carattere. Si ha 9:3:4 : si ha 9+3 e un 4 che deriva da 3+1 (quattro individui con
stesso fenotipo). Abbiamo due geni diversi che controllano il colore del fiore
allora. Diamo i genotipi: blu linea pura sar +/+ e +/+ e il bianco linea pura -/- e
-/-. Gli individui di F1 saranno doppi eterozigoti. In F2 avremo: 9:3:4. Il 9 esprime
almeno un allele dominante: quindi +/ e +/. I 3 saranno +/ e -/-. Gli ultimi 4
saranno divisi cos: 3 con -/- e +/ e 1 con -/- e -/-. L'enzima che porta dal
precursore non colorato al colore magenta codificato da un gene e quello che
porta da magenta a blu codificato da un altro gene. Ne abbiamo 9/16 con
entrambi gli enzimi funzionanti. Quelli che hanno l'allele dominante funzionale
dell'enzima che porta al magenta, ma non arrivano al blu perch l'altro enzima
sar omozigote recessivo e quindi con un enzima non funzionante sono 3/16.
L'altro invece avr gi il primo gene che codifica per enzima non funzionale: 3/16
bianchi. Per il secondo gene ha l'allele funzionale per passare da magenta a blu, ma
non pu agire perch a questo enzima manca il precursore su cui agire. Ecco
l'epistasi. Il fiore bianco qui ottenuto si ha anche nel caso di 1/16 che non ha
nessuno dei due enzimi funzionali. Il fiore bianco ha due genotipi diversi, ma non
ce ne accorgiamo poich l'epistasi copre l'attivit di un enzima che ha l'allele
dominante. L'allele recessivo copre l'allele dominante dell'altro gene. In questo
caso siamo di fronte a un rapporto mendeliano atipico: si spiega come i diversi
tipi di geni intervengono nel controllo di un carattere. Si ha sempre segregazione
e assortimento ma il rapporto cambia. Un solo carattere determinato
dall'azione congiunta di due geni diversi: opposto della pleiotropia. Si possono
avere 9:3:4, 9:7 e anche 9:3:3:1