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1. Definizione di marcatore molecolare?

Sono sequenze di dna variabili ereditabili in modo mendeliano. Pi precisamente un


locus genomico che viene individuato tramite determinati prime o sonde, e che
contraddistingue quel tratto di cromosoma.
2. Che cosa significa che un marcatore molecolare polimorfico?
Significa che sono marcatori che esistono in moltissime varianti alleliche. Per cui in
una determinata popolazione tra i diversi individui si presentano delle differenze per
quanto riguarda le sequenze geniche.
3. Che cosa significa che un marcatore molecolare monomorfico?
Significa che sono marcatori che esistono solo in una variante allelica. Per cui si ha
quando quel tratto di dna risulta uguale in tutti gli individui di una popolazione.
4. Vantaggi e svantaggi nellutilizzo dei marcatori?
I vantaggi sono che possibile fare un campionamento casuale dellintero genoma, si
ha unelevata diversit genetica rilevabile, si ha inoltre un elevato numero di alleli
codominanti per locus, presente unalta ripetibilit e trasferibilit tra specie diverse,
e si ha infine la possibilit di automazione delle metodologie di analisi per la
tipizzazione genetica di grandi numeri di individui.
Gli svantaggi sono che si necessita di conoscere sequenze fiancheggianti e di
attrezzature e competenze specifiche, e infine omoplasia.
5. Che cosa si intende per fingerprinting?
E un metodo di identificazione che consente di comparare frammenti di DNA di
individui differenti. Si avr quindi una impronte digitale dellindividuo, e per far ci si
utilizzeranno diversi tipi di M.M che differenziano sia per il tipo di sequenza analizzato,
che per il tipo di tecnica utilizzata.
6. Come e perch pu essere individuato un marcatore molecolare?
E rilevabile tramite specifici primer o sonde, e deve essere individuato perche serve
per effettuare un campionamento dellintero genoma e ci permette di osservare le
differenze tra le diverse specie i primer e le sonde sono quegli strumenti utilizzati
per evidenziare il punto in cui esso si trova.
7. Esempio di marcatore molecolare rilevabile con sonde, spiega brevemente
il funzionamento.
Un esempio di M.M rilevabile tramite sonde il RFLP, questi utilizzano determinati
enzimi di restrizione che sono in grado di tagliare la sequenza di dna in determinati
punti(siti di restrizione).
Una volta ottenuti i vari frammenti, questi verranno fatti ibridare tramite un
procediemnto ideato da Southern.
8. Esempio di marcatore molecolare rilevabile con primers, spiega
brevemente il funzionamento.
Il marcatore molecolare rilevabile con primers un microsatellite SSR. I primers
vengono ricavati tremite le sequenze fiancheggianti che nei MM SSR rimangono
conservati quindi una volta scoperti i primer tramite i procedimenti della pcr viene
ampliata la sequenza del microsatellite SSR.
9. Che cosa sta alla base del polimorfismo di un M.M?
I marcatori polimorfici sono quei marcatori che esistono in diverse varianti alleliche e
sono quei marcatori che rilevano il polimorfismo presente tra gli individui
Ovviamente per far si che il polimorfismo venga rilevato gli individui devono
presentare delle differenze genetiche.
10. Che cosa sono i M.M microsatelliti e come vengono anche indicati?
Sono dei tratti di DNA ripetuti pi volte, caratterizzati dalla sequenza di due o tre
nucleotidi, che vanno a ripetersi sparsi per il genoma.
11. Come possono essere classificati i M.M microsatellite? Fai degli esempi.
Possono essere classificati come:
-Puro (CA)n
-Composto [(CA)n (GA)m]k
-Interrotto [(CA)n TT(CA)m TT(CA)k]

12. Cosa sono e perch sono importanti le sequenze fiancheggianti il


microsatellite?
Sono delle sequenze che troviamo alle due estremit del locus microsatellite e sono
conservate allinterno della specie. Sono importanti perch conoscendo queste
sequenze possibile sintetizzare un primers per lamplificazione dei singoli loci
microsatellite.
13. Cosa e a cosa serve la PCR?
La PCR una reazione a catena della polimerasi, ovvero una tecnica estremamente
potente, che consente di amplificare sequenze di dna milioni di volte in poche ore.

14. Come viene selezionata la sequenza bersaglio nel corso della PCR?
La sequenza bersaglio nel corso della pcr viene identificata tramite i primers..Nel
primo ciclo noi abbiamo il dna e dopo la denaturazione otteniamo due singoli filamenti
di dna separati successivamente a ci in ogni filamento viene messo un primer che si
trova agli estremi della sequenza che vogliamo amplificare, una volta fatto ci la taq
polimeresi amplifichera la regione restante. Nel secondo ciclo noi avremo dopo la fase
di denaturazione altri due filamenti derivati da quelli del primo ciclo e che percio
contengono il primer precedentemente utilizzato , in seguito noi usiamo un secondo
primer che ci delimitera la nostra sequenza bersaglio e dopo il terzo ciclo di pcr la
sequenza bersaglio e stata selezionata con successo e viene ripetuta migliaia di volte.
15. Cosa si intende per annealing?
Per annealing si intende la seconda fase della PCR, ovvero lappaiamento, fase in cui
primers si legano alle due estremit del filamento di dna da amplificare, formando un
legame idrogeno.
16. Quali sono gli ingredienti affinch possa avvenire la PCR?
Gli ingredienti sono: DNA, Primers, nucleotidi, DNA polimerasi(TAQ polimerasi, serve
per estendere il primer), e il buffer.
17. Stai analizzando con gli SSR 4 piante diverse di una stessa specie. Ne
trovi 2 omozigoti e due eterozigoti ed un totale di 6 alleli diversi. Dai una
dimostrazione di questa situazione.
Dati quattro genotipi utilizzando dei marcatori SSR che sono dei marcatori che rilevano
delle sequenze in cui ripetuta una determinata sequenza, scopro che questi quattro
genotipi sono due eterozigoti e due omozigoti e trovo sei alleli diversi; ci significa che
i microsatelliti SSR che hanno rilevato gli alleli di un determinato locus sono tutti
diversi tra loro perci ogni allele microsatellite presenta delle lunghezze diverse per
ogni individuo esempio (disegno). Le variazioni di lunghezza del microsatellite che
determinano un polimorfismo tra gli individui possono essere dovute a: 1. Uno
scivolamento reciproco dei filamenti del dna durante la replicazione 2. A una diversa
ricombinazione dei cromosomi omologhi durante il crossing over 3. Errori durante la
riparazione del dna.
18. Quali tipi di pop devono essere utilizzate per fare un analisi QTL? Dai una
motivazione alla tua risposta.
Le pop che devono essere utilizzate per fare un analisi QTL sono delle pop formate da
individui in cui noi possiamo osservare le caratteristiche quantitative del carattere. La
pop che prendiamo in esame deve essere un pop segregante in F2 o F3 oppure questa
popolazione pu essere data incrociando due linee parentali che hanno un carattere
antagonista oppure si possono usare delle pop formate da individui doppi aploidi che si
ottengono raddoppiando il loro corredo cromosomico da n a 2n, o ancora possiamo
utilizzare delle pop inbreed. (la pop deve presentare caratteristiche fenotipiche perch
lanalisi QTL ha il compito di stabilire le relazioni presenti tra fenotipo e genotipo).
19. La QTL analysis si basa su 3 cose fondamentali. Quali e perch sono
indispensabili?
Per svolgere lanalisi bisogna necessariamente avere:

1. Un numero elevato di marcatori molecolari Polimorfici facilmente misurabili utili


perch ci permettono di localizzare sul genoma geni e loci. > il num di marcatori
polimorfici utilizziamo e pi geni e loci analizziamo e otteniamo cosi una mappa
genetica.
2. Una pop specifica segregante in F2 o F3 o formata da doppi aploidi o da linee
inbreed. La pop deve essere di questo tipo perch si possano stabilire allinterno delle
pop i valori dei caratteri quantitativi che poi vanno messi in confronto con con tutti
quelli presenti allinterno della pop.
3. il carattere fenotipico preso in esame deve essere un carattere quantitativo,
misurabile con precisione e caratterizzato da una ereditabilit. Questo importante
perch lanalisi qtl cerca di stabilire le relzioni tra regioni cromosomiche e valori dei
caratteri fenotipici.
20. Quali sono gli elementi essenziali per poter eseguire una QTL analysis?
Sono: 1. Una pop di individui: segregante in f2 o f3; una pop formata da individui
reincrociati; una pop formata da linee inbreed ricombinanti; una pop di doppi aploidi.
2. Dati fenotipici misurabili (caratteri quantitativi) e dati molecolari.. 3. Una mappa
genetica di marcatori molecolari con una buona copertura allinterno del genoma.
21. utilizzando un max di 20 parole dai una definizione di risorse genetiche
agrarie
Le risorse genetiche agrarie sono la quota di diversit biologica utilizzata o utilizzabile
dalluomo negli agro-sistemi. Le specie che vengono coltivate provengono da una
selezione operata dalluomo sin dal Neolitico.
22. Che cosa si intende per domesticazione e per sindrome della
domesticazione?
La domesticazione un processo per cui una determinata specie selvatica viene
trasferita da una situazione naturale ad una situazione in cui richiesto lintervento
delluomo su alcune funzioni fisiologiche come nutrizione e riproduzione. Insomma la
pianta viene domesticata e questo ha lo scopo da far si che la pianta subisca delle
mutazioni genetiche che la rendano pi adatta alle esigente delluomo. La sindrome
della domesticazione linsieme di quei caratteri che differenziano le specie
selvatiche da quelle domesticate.
23. Fai un esempio di sindrome della domesticazione in una specie di
interesse agrario.
Una pianta che ha subito la sindrome della domesticazione il fagiolo. Nel fagiolo
selvatico durante la maturazione si aprono i bacelli e fanno cadere i semi, questo
processo garantisce la sopravvivenza della pianta. Nel fagiolo mutato invece i bacelli
rimangono chiusi e quindi i semi non cadono e ci non garantisce la sopravvivenza
dellindividuo. Questo fagiolo mutato non conveniente per la pianta ma presenta
delle caratteristiche utili alluomo per questo viene domesticato dalluomo.
24. Che cosa si intende per erosione genetica?
Lerosione genetica la riduzione delle specie e variet locali, (ausato dalla diffusione
dellattivit agricola) e lintensificazione delluso di individui selezionati.
25. Fai alcuni esempi dei diversi tipi di risorse genetiche vegetali
Di risorse genetiche vegetali c ne sono di diversi tipi, come:
variet migliorate che sono pop omogenee formate da un unico genotipo (linee
pure, inbreed, ibridi o cloni) progenitori delle forme domesticate che sono pop di
piante da cui derivano le pop che l uomo coltiva (domesticate) variet locali variet
tradizionali di una determinata zona e sono una pop omogenea di cui lagricoltore
conserva i semi per farsi che la pop non si estingua; specie non domesticate sono
delle specie che vivono in natura che non hanno subito la domesticazione delluomo;
specie spontanee affini alle forme domesticate
piante legate alle piante
domesticate dalluomo che per non sono i diretti genitori.
26. Che cosa sono i centri di origine e chi stato il primo a cercarli?
Il primo che ha pensato di studiare i centri di origine delle piante coltivate stato
Vavilov un ricercatore russo. I centri di origine delle piante sono date dalle origini

geografiche di una determinata specie di piante coltivate. Vavilov ricerc questi centri
perch si rese conto che la diversit della specie era molto importante in campo
genetico che poteva servire per il miglioramento genetico per la selezione e per
ladattamento.
27. Quali strategie di conservazione delle risorse genetiche vegetali possono
essere messe in atto?
Le strategie di conservazione che possono essere messe in atto sono due:
1. Statiche: hanno lobbiettivo di conservare lintegrita genetica dei genotipi delle
popolazioni.
2.Dinamiche: hanno lobbiettivo di conservare le dinamiche evolutive delle pop
(migrazione deriva genetica selezione mutazioni)
28. Che cosa si intende per conservazione in situ e conservazione ex situ?
Quali sono i loro principali effetti?
La conservazione ex situ un tipo di coltivazione sia dinamica che statica questo
perche il materiale viene congelato sia in senso fisico che genomico. Questo tipo di
conservazione avviene tramite il prelievo di specie rare o minacciate dal loro habitat
naturale, per essere spostate in un territorio pi adatto a loro. La conservazione in
situ un tipo di conservazione dinamica che tutela gli organismi lasciandoli nel loro
habitat naturale.
29. Che cos un genebank? Conosci la localizzazione di qualcuna?
La genebank sono delle banche di germoplasma in cui vengono conservati semi o
tessuti oppure le gene bank possono essere delle collezioni tenute in coltivazioni
botaniche viventi detti orti botanici. Queste genebank sono la IRRI delle filippine la
CNR di Bari e la FAO di Roma.
30. se avessi una collezione di germoplasma che cosa faresti per
caratterizzarla?
Per caratterizzare una collezione di germoplasma io collezionerei delle piante che
presentano delle mutazioni rare e dei semi di piante di diverse localit in modo che
non vengano perse o estinte, e farei questo per far si che ci sia una grande variabilit
allinterno della mia pop.
31. Fai alcuni esempi di specie prevalentemente autogame, prevalentemente
allogame e a riproduzione vegetativa.
Esempi di specie autogama: cereali, granella, legumi
Esempi di specie allogama: barbabietola, erba medica, mais, trifoglio
Esempi di specie a riproduzione vegetativa: aglio, fragola, carciofo, asparago
32. Qual la struttura genetica delle pop naturali di specie prevalentemente
autogame?
Gli individui prevalentemente autogami sono il risultato di autofecondazione di
omozigoti a tutti i loci, ogni individuo pu autofecondarsi, perch allinterno della
stessa piante presente sia il gamete femminile che il gamete maschile, e dare una
linea pura. Questo tipo di sistema tende ad aumentare lomizigosit e ad abbassare
leterozigosit.
33. Qual la struttura genetica delle pop naturali di specie prevalentemente
allogame?
Le pop allogame si riproducono tramite la fecondazione sessuata con lincrocio di due
gameti prodotti da due individui diversi della stessa specie di cui uno avra il gamete
femminile e altro il gamete maschile. Questo tipo di riproduzione aumenter
leterozigosit della specie perch ogni individuo possieder un genotipo unico perch
ricevera il 50% di materiale genetico dalla mamma e il 50% dal padre.
34. Che cosa significa che una specie si riproduce vegetativamente? Indica il
nome di almeno una di queste.
La riproduzione vegetativa una forma di propagazione asessuata presente in
organismi vegetali caratterizzati da capacit rigenerative perch la progenie si origina
da una parte della pianta che lasciata nel terreno si rigenera dando un nuovo

individuo. Le piante della stessa specie sono tra loro dei cloni cio risultano essere un
gruppo di piante geneticamente uguali tra loro.
35. Quali pensi possano essere i caratteri importanti per il miglioramento
genetico delle piante utilizzate dalluomo per lalimentazione?
I caratteri importanti per il miglioramento genetico delle piante utilizzate dalluomo
penso possano essere i caratteri che determinano:
1. La tolleranza a stress atmosferici: alte temp, salinit siccit ecc...
2. La resistenza a virus, funghi e batteri
3. La resistenza agli insetti
36. Quali specie di piante PGM sono coltivate in Italia? E in Europa?
In Europa viene coltivato prevalentemente mais, cotone e soia. In italia.
37. Dai una definizione di OGM in max 20 parole.
Si tratta di in organismo geneticamente modificato, il cui materiale genetico stato
modificato in un modo che non avviene in natura, tramite tecniche di ingegneria
genetica, cosi da migliorare lorganismo sotto vari punti di vista.
38. Quali metodi possono essere utilizzati per produrre PGM? Spiegane
brevemente il funzionamento.
elettroporazione: vengono creati dei pori di transizione al livello della membrana
plasmatica tramite impulsi di energia elettrica, in modo che il dna possa entrare
allinterno del protoplasto.
microiniezione: usando dei micromanipolatori, viene inserito il dna nel nucleo del
protoplasto e nella cellula integra tramite dei sottilissimi aghi.
bombardamento: tramite un acceleratore, vengono sparate microparticelle dimetallo
rivestite da dna nel nucleo di cellule intatte.
39. Quali sono le specie vegetali di PGM pi coltivate nel mondo?
Sono il mais, cotone, colza, e soia.
40. Viene fatta una classificazione dei diversi tipi di PGM, quale?
PGM di prima generazione: piante transgeniche costituite per incrementare la
produttivit e migliorare
le difese contro patogeni e avversit ambientali.
PGM di seconda generazione: piante transgeniche costituite per migliorare la
qualit del prodotto finale.
PGM di terza generazione: piante transgeniche costituite per ottenere prodotti con
nuove propriet come vaccini, componenti del sangue, anticorpi, vitamine, ormoni ed
enzimi terapeutici di origine animale o umana.
41. Quali sono i principali caratteri che sono stati finora trasferiti nelle
piante di interesse agrario
originandone le PGM?
Sono : rese unitarie superiori, migliori caratteristiche nutrizionali, resistenza a
malattie, erbicidi e stress ambientali, ed infine produzione di biofarmaci.
42. Cosa si intende per totipotenza delle cellule vegetali? Come pu essere
sfruttato per ottenere PGM?
Si intendono determinate cellule di tessuti vegetali in grado di rigenerare una pianta
identica a quella di partenza. Pu essere sfruttato per far si che si possa creare una
pianta identica a quella di partenza presa in esame ma con un genoma modificato, e
quindi con nuovi vantaggi per determinate condizioni.
43. Cosa si intende per coesistenza?
La coesistenza lo scambio di materiale genetico che si pu avere tra ogm piante
selvatiche e progenitori.
44. Perch stato utilizzato lAgrobacterium tumefaciens per ottenere
PGM?
Perch possiede dei plasmidi capaci di trasferire una parte del loro DNA nel nucleo
delle cellule
infettate, consentendo lintegrazione permanente di un eventuale
gene esogeno(gene che non appartiene allorganismo in cui presente) nel genoma
della pianta.