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La genetica di virus e batteri

1. La genetica dei virus
Il genoma virale è un modello ideale per lo studio della genetica

Molte info su struttura e funzione DNA provengono dai virus => entità semplici.
I genomi virali piccoli contngono 3 geni e il genoma è composto da meno di 4000 nucleotidi, quelli
grandi 150 geni.
I virus sono costituiti da un involucro proteico chiamato capside che contiene acido nucleico (RNA
o DNA) e serve a proteggerlo dalla degradazione quando è libero nell’ambiente.
Capside può essere rivestito dall’envelope, una membrana che aiuta i virus a non essere
riconosciuti dall’ospite e ne favorisce la duplicazione nelle cellule.
Queste caratteristiche rendono il virus incapace di replicarsi autonomamente => parassiti
intracellulari obbligati => usano sia cellule eucaristiche o procarioti che (in questo caso si chiamano
fagi o batteriofagi).
Avendo un genoma ridotti il virus riesce a infettare molte cellule in poco tempo.
Esistono 4000 tipi di virus alcuni patogeni per l’uomo. Glicoproteine (proteine che lo
caratterizzano).

I virus possono essere a DNA o a RNA

Crick => dogma centrale della biologia molecolare: l’informazione genetica fluisce DNA => RNA =>
proteine.
Temin => virus capaci di provocare tumori tramite RNA come materiale genetico => inserendo
materiale genetico nel DNA copiato dall’RNA virale.
Oggi:
- Virus a DNA: è presente un cromosoma formato da una corta molecola di DNA lineare a
doppia elica. Alcuni ne hanno una a singolo filamento altri a doppio filamento circolare.
- Virus a RNA: il genoma è una molecola di RNA a singolo filamento. Una volta che l’RNA è
entrato nella cellula, viene usato per la sintesi delle proteine virali o trascritto in un mRNA.
Nei retrovirus le molecole di RNA sono retrotrascritte a DNA a opera di DNA (poi da stampo
per sintesi proteica) polimerasi che utilizzano l’RNA come stampo: enzimi chiamati
trascrittasi inverse o retrotrascrittasi.

Virus diversi hanno cicli vitali diversi

I virus interagiscono con le cellule di infettare in modo diverso: entrano per endocitosi; fondono il
loro rivestimento con la membrana plasmatica; iniettano il proprio acido nucleico nella cellula
ospite (batteriofagi).
Dopo l’infezione, 2 diversi cicli:
1) Ciclo litico: cellula infetta per replicare le particelle virali, ma il DNA non viene mai integrato
nel genoma batterico.
2) Ciclo lisogeno: acido nucleico si integra nel genoma dell’ospite che può attivarsi
successivamente dopo alcuni segnali molecolari. (capacità dei virus di produrre una
reazione a lungo termine con l’ospite)
=> fagi temperati: il loro DNA può integrarsi con siti specifici del cromosoma.
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I batteriofagi integrati si chiamano profagi, i batteri che li ospitano si chiamano batteri

lisogeni.

2. La genetica dei batteri

I batteri possono essere classificati in base alla forma o al metabolismo

I batteri sono organismo procariotici, la loro classificazione si basa sulla forma delle cellule
(tondeggiante, allungata, spiraliforme o a virgola).
Batteri a forma sferica : cocchi, in base al piano di divisione della cellula: diplococchi => coppie di
cocchi; streptococchi => formano catenelle formate da più cellule (polmonite); stafilococchi =>
formano grappoli (50 specie).
Batteri a forma di bastoncello: bacilli.
Batteri a forma di spirale: spirilli o sprochete.
Batteri a forma di virgola: vibrioni.
Altri tipi di classificazioni si basano sul metabolismo dei batteri: spirogeni o asporigeni => capaci di
formare spore; aerobi o anaerobi => vivere in presenza di ossigeno

I batteri si distinguono in Gram positivi e Gram negativi in base alla parete cellulare

I batteri hanno una parete cellulare spessa e rigida (ne determina la forma), contiene il
peptidoglicano (costituito da polisaccaridi e proteine). Anche i lipidi fanno parte della membrana
plasmatica
Una tecnica di colorazione consente di distinguere i batteri in base alla colorazione della parete.
Batteri Gram + => parete ricca di peptidoglicano => assorbe colorante blu/violetto.
Batteri Gram - => sottile strato di peptidoglicano + membrana esterna lipidica => assorbe colorante
rosso.
Le differenze della parete cellulare sono collegate alla capacità di causare malattie.

Il genoma batterico comprende cromosomi e plasmidi

Il materiale genetico dei batteri si presenta su 1 cromosoma, formato da una molecola di DNA
circolare a doppio filamento. La replicazione del DNA batterico avviene a partire da un solo punto
d’origine.
Sono presenti anche i plasmidi: piccole molecole cellulari di DNA a doppio filamento.
I plasmidi trasportano geni (pochi) non essenziali per la vita della cellula ma possono modificare il
ciclo e il metabolismo. Anche loro sono auto replicanti perché hanno un proprio punto d’origine
per la replicazione.
Replicazione cromosoma-peptide “asincrona”.

L’espressione genica è controllata da geni regolatori che codificano repressori o attivatori

Espressione genica => informazioni ereditarie (nei geni) sono trascritte, decodificate e convertite in
macromolecole funzionali.
Gene strutturale: sequenza di DNA che codifica proteina o RNA che partecipa alla costruzione della
struttura o al funzionamento della cellula.
Geni regolatori: controllano l’espressione d altri geni. Codificano particolari proteine che agiscono
come repressori o attivatori della trascrizione.
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I geni strutturali dei batteri sono spesso organizzati in operoni

Nei batteri i geni strutturali sono raggruppati in unità di trascrizione => operoni =>i geni sono in
serie e controllati da un promotore => sequenza alla quale si lega l’RNA polimerasi prima di aprire
la doppia elica e far iniziare la sintesi dell’RNA messaggero.
Fra il promotore e il primo gene strutturale c’è una sequenza di DNA (operatore) legata da
repressori e attivatori. Alla fine c’è il terminatore.
Repressori e attivatori sono codificati da geni regolatori che si possono trovare in qualsiasi punto
del cromosoma.
Attivatore si lega all’operatore e promuove la trascrizione.
Repressore occupa l’operatore e impedisce lo scorrimento dell’RNA sul DNA (no trascrizione del
mRNA) => la capacità di legarsi dipende che attiva (corepressore) o disattiva (induttore) il
repressore.
L’allolattosio e il triptofano esercitano i loro effetti modificando la configurazione tridimensionale
della molecola del repressore.
Operone inducibile => attivato in caso di necessità - (vie cataboliche) – allolattosio (induttore
operone lac).
Operone reprimibile => (vie cataboliche) – triptofano (repressore operone trp).

Gli operoni permettono risposte veloci agli stimoli ambientali

I batteri sono coltivati in laboratorio su terreni liquidi e solidi

3. Il trasferimento genetico nei batteri

I batteri possono scambiarsi il materiale genetico in tre modi diversi

Nei batteri esistono 3 processi di scambio di materiale genetico tra cellule:

- Coniugazione: DNA trasferito direttamente da un batterio all’altro attraverso specifiche
strutture => si verifica + spesso delle altre
- Trasformazione: batterio incorpora DNA presente nel terreno di coltura => frequenza
limitata, favorita in laboratorio
- Trasduzione: batteriofago trasporta materiale genetico da una cellula batterica all’altra =>
fattore limitante => capacità del fago di infettare specie diverse
I processi di scambio di materiale genetico aumentano la variabilità genetica dei batteri.
Nei batteri lo scambio di DNA e la riproduzione non sono correlati. I procarioti si riproducono
anche senza ricevere DNA dalle cellule (cellula rimane aploide). DNA non integrato => degradato.

La coniugazione è legata alla presenza del plasmide F

Coniugazione => 2 cellule vicine formano un ponte citoplasmatico => cromosoma o plasmide da
cellula donatrice a ricevente. Dopo può verificarsi la ricombinazione per crossing over.
Nella maggior parte dei batteri, la congiunzione dipende dal fattore di fertilità (plasmide).
Il plasmide a inizio replicazione ha 25 geni che controllano la produzione di strutture proteiche
(pili)
Pili: sottili estroflessori della membrana plasmatica che si estendono dalla cellula F + a F- formando
il ponte.
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Trasferimento: uno dei 2 filamenti di DNA si interrompe all’origine della replicazione => un
estremità si separa dal plasmide e passa alla cellula ricevente, sul filamento rimasto inizia la
replicazione che ripristina il filamento trasferito.

Il fattore F può integrarsi nel cromosoma batterico

Se i fattori F si integrano nel cromosoma la cellula si chiama Hfr (raro). Può determinare il
trasferimento di una porzione di cromosoma da una cellula all’altra. La quantità dipende dal
tempo in cui le cellule rimangono in coniugazione.
In altri casi il fattore F si stacca dal cromosoma di una cellula Hfr e forma un plasmide che contiene
una porzione di DNA cromosomico.
Effetto finale di queste variazioni => aumento variabilità genetica

Gli studi sulla coniugazione impiegarono mutanti nutrizionali

no

Il plasmide R conferisce resistenza ai farmaci

La coniugazione è osservata negli ospedali e allevamenti => non trovando altri microrganismi i
batteri resistenti si moltiplicano e diffondono rapidamente. Antibiotici selezionano i batteri
resistenti.
L’antibiotico-resistenza è il risultato dell’azione di geni localizzati sui plasmidi R che si trasferiscono
per coniugazione tra le cellule di un organismo.

La trasformazione permette di incorporare il DNA presente nell’ambiente

La trasformazione richiede l’acquisizione di frammenti di DNA dal terreno di coltura e poi la sua
incorporazione del cromosoma batterico o in un plasmide.
Può verificarsi quando un batterio muore e rilascia il DNA nell’ambiente.
Non tutti i batteri sono in grado di compierla, dipende da: stadio di crescita, condizioni ambientali,
stato del DNA e dalla specie batterica.

La trasduzione è lo scambio di materiale genetico che avviene grazie al virus

La trasduzione dipende da un batteriofago che agisce da agente, due tipi.

- La trasduzione generalizzata permette di trasferire qualsiasi tipo di gene. Durante il ciclo
litico del fago il cromosoma si frammenta casualmente e durante l’assemblaggio, capita
che un tratto del cromosoma resti imprigionato nel capside (con o al posto del genoma).
Quando queste particelle (fagi traslucenti)infettano una cellula, introducono nuovi geni che
possono integrarsi col crossing over.
Non tutti i fagi possono attivare la trasduzione.
- Nella trasduzione specializzata si possono trasferire solo alcuni geni che si trovano in un
punto specifico del cromosoma batterico.
Presenza di batteriofagi lisogeni. Quando il fago si stacca imperfettamente dal cromosoma,
portandosi pezzi di DNA.
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4. Gli elementi trasponibili

Gli elementi trasponibili sono presenti sia nei procarioti sia negli eucarioti

I cromosomi dei procarioti contengono elementi genetici mobili, chiamati trasposoni, che sono
capaci di spostarsi da soli in siti diversi del cromosoma o in cromosomi diversi.
I trasposoni possono “saltare” lungo il genoma, apparentemente non svolgono nessuna funzione
utile alla cellula. Presenti in tutti gli organismi, 45% genoma umano.
Sono causa di mutazioni => si inseriscono nel gene interrompendone la sequenza codificante;
provocano riarrangiamenti nel DNA (delezioni, duplicazioni, inversioni)
Ne esistono molti tipi ma si muovono in modo simile:
- Nel DNA bersaglio, tagli sfalsati dell’enzima trasposasi (codificato dal trasposone)
- Elemento trasponi bile si lega alle estremità a singolo filamento del DNA bersaglio
- Le interruzioni sono riempite dal DNA polimerasi che ripristina il doppio filamento del DNA
integrando il trasposone
I trasposoni contengono alle estremità delle ripetizioni terminali invertite.

Nei procarioti si trovano sequenze di intersezione e trasposizioni di composti

Trasposoni nei batteri divisi in 2 gruppi:

- Sequenze di intersezione (più semplici): trasportano l’informazione genetica necessaria al
proprio spostamento => il gene trasposasi
- Trasposoni composti: formati da una parte centrale che può contenere diversi geni,
fiancheggiata da due sequenze di intersezione.

La trasposizione può avvenire in tre modi diversi

Sequenze di intersezioni e trasposoni composti => trasposoni a DNA: si muovono utilizzando 2

meccanismi
- Trasposizione replicativa: una nuova copia dell’elemento trasponibile si inserisce nel nuovo
sito, la vecchia copia rimane nel sito originario
- Trasposizione non replicativa: l’elemento trasponibile viene asportato dal sito originario e
inserito nel nuovo sito.
I retrotrasposoni => sintesi di un intermedio a RNA che viene ricopiato in DNA dall’enzima
trascrittasi inversa => originati dai retrovirus, è presente solo negli eucarioti usa solo la
trasposizione replicativa.