GENOMICA DEGLI ORGANELLI

Gli organelli che hanno un proprio genoma sono: i mitocondri e i cloroplasti.

Sono delle strutture organulari presenti all’interno delle cellule eucariotiche sia animali che
vegetali e sono formati da: una membrana esterna e una interna, DNA, ribosomi, per quanto
riguarda i mitocondri c’è una matrice mentre per i cloroplasti lo stroma, i granuli e la membrana
tilacoide.
Sono degli organelli semiautonomi perché sono in grado di svolgere molte funzioni autonomamente
ma necessitano dalla cellula alcune strutture.

Origine endosimbiontica.
L’origine degli organelli è un’origine endosimbiontica.

Circa 1-1,5 miliardi di anni fa, una cellula eucariotica anaerobica ne inglobò una eubatterica
aerobica per endocitosi e per evoluzione è diventata mitocondrio della cellula animale attuale.
Analogamente l’endocitosi di un eubatterio fotosintetico ha condotto alla formazione del
cloroplasto della cellula vegetale attuale.
Nel corso dell’evoluzione il batterio (endocitato) si è evoluto: ha perso i geni necessari per condurre
una vita autonoma, si è trasformato in mitocondrio e alcuni geni batterici si sono trasferiti dal
mitocondrio al nucleo.
Per quale motivo i mitocondri si sono evoluti e stabilizzati nella cellula? Molto probabilmente
l’endosimbiosi è diventata necessaria e utile quando l’atmosfera si è arricchita di ossigeno passando
da uno stato riducente ad uno prevalentemente ossidante, quindi era richiesta l’evoluzione di nuove
reazioni chimiche capaci di sfruttare il metabolismo aerobico che è molto più vantaggioso
energeticamente rispetto a quello anaerobico.
Perché è vantaggiosa l’endosimbiosi? Perché nel momento in cui un organismo vive in condizioni
anaerobiotiche sviluppa poca energia: in condizioni di glicolisi anaerobica, infatti, 1 molecola di
glucosio produce 2 molecole di ATP mentre in condizioni aerobiche dall’ossidazione nel mitocondrio
di 1 molecola di ossigeno si producono 30 molecole di ATP.
Si è pensato che ci sia stata un’evoluzione a partire da batteri che poi si sono trasformati in
mitocondri perché facendo delle analisi si sono osservate delle somiglianze:
 grandezza, accrescimento e divisione
 DNA circolare, replicazione del DNA, rRNA e ribosomi simili
 inizio della sintesi proteica sia nei mitocondri che nei batteri con la N-formil-metionina
(primo amminoacido che viene formato) e non con la metionina come per la sintesi diretta
dai geni nucleari degli eucarioti
 uso di una sola RNA polimerasi che trasforma il DNA in RNA che poi sarà trasformato in
proteine
 sensibilità agli stessi inibitori della trascrizione e traduzione cioè agli antibiotici come il
cloramfenicolo, l’eritromicina e la tetraciclina

Il genoma mitocondriale.
Mitocondrio=organello semiautonomo.
In seguito all’endosimbiosi il mitocondrio è diventato quasi del tutto dipendente dal metabolismo di
tipo aerobico, per la propria sopravvivenza infatti nel corso dell’evoluzione il proto-mitocondrio ha
perso il 99% dei propri geni perché l’apparato nutritivo cellulare ha ovviato alla necessità di
sintetizzare molti dei metaboliti di cui aveva bisogno.
Inoltre, è necessaria un’interazione e uno scambio di informazioni a livello genetico tra il
mitocondrio e il resto della cellula, per cui si parla di cross-talk nucleo-mitocondrio.
Le attività mitocondriali dipendono strettamente dall’import di molecole di origine nucleare e
citoplasmatica:
 gli enzimi coinvolti nella replicazione, trascrizione, traduzione del DNA mitocondriale
provengono dal citoplasma e sono codificate a livello nucleare
 le proteine che si complessano con rRNA mitocondriali per formare i ribosomi mitocondriali
provengono dal citoplasma
 le proteine della catena respiratoria e fosforilazione ossidativa provenienti anch’esse dal
citoplasma, si complessano con subunità mitocondriali per formare i complessi funzionali
 gli enzimi delle grandi vie metaboliche che si svolgono nel mitocondrio provengono dal
citoplasma

Dimensioni e numero dei mitocondri.

In una singola cellula ci sono 1.000-2.000
mitocondri.
Sono presenti in così grande quantità perché sono
necessari per la produzione dell’energia.
I mitocondri si distribuiscono nelle zone della cellula
dove vi è più richiesta energetica.
Le cellule di organi altamente dipendenti dal
metabolismo ossidativo o che si trovano in situazioni particolari, quale la preparazione alla
costruzione di un embrione (spermatozoi e uova), sono più ricche di mitocondri.
Il genoma del mitocondrio.
Il mitocondrio presenta un DNA circolare
mitocondriale che svolge determinate funzioni avendo
geni propri.
Negli animali ci sono 16.000-19.000 coppie di
nucleotidi, nei protozoi 22.000-40.000, nei funghi da
17.000 fino a 78.000 coppie in dipendenza della specie
e nelle piante superiori si ha la massima variabilità da
150.000 a 2.500.000 coppie.
Il DNA mitocondriale di duplica con un meccanismo
simile al processo di duplicazione dei batteri.
Gli organelli presenti in una cellula derivano dalla crescita e successiva divisione di organelli
precedenti. I mitocondri si duplicano all’interno della cellula prima della divisione cellulare in modo
tale da fornire alle cellule figlie un numero pressoché costante di mitocondri.
I mitocondri sono organuli dinamici, questo gli consente di mantenere costante la sua
organizzazione interna e il cui processo di fissione e fusione va distinto in due fasi distinte, successive
e reciproche:
1. fissione > introflessione e separazione della membrana esterna
2. fusione > fusione della membrana esterna
Grazie a sistemi complessi come i lieviti è stato possibile studiare quali sono i meccanismi e le
proteine che intervengono in questi processi.
Nella fusione delle membrane intervengono tre proteine:
1. Fzo1 > inserita sulla membrana esterna
2. Mgm1 > inserita sulla membrana interna
3. Ugo 1 > carrier mitocondriale
Le prime 2 hanno soprattutto attività GTPasica e sono simili alla dinamina coinvolta nella fusione
delle vescicole cellulari.
Nella fissione invece sono coinvolte 4 proteine:
1. Dnm1
2. Mdv1
3. Caf4
4. Fis1
Se ci sono delle anomalie nei processi di fusione e fissione si creano delle patologie gravi, inoltre
queste anomalie si possono trasmettere dalle cellule di partenza agli organismi che ne derivano.
Se ci sono dei difetti nelle proteine di fusione nei mammiferi si può manifestare:
- un’atrofia ottica autosomica dominante
- neuropatia associata a perdita progressiva della vista
- polineuropatia degli assoni sensomotori
- proliferazione delle cellule muscolari lisce delle pareti arteriose: ateroma
Il contenuto in geni dei genomi mitocondriali è sostanzialmente conservato, posseggono geni
coinvolti nei processi di invecchiamento, nella respirazione cellulare e nella traduzione.
Dire che è conservato vuol dire che nell’ambito di una determinata categoria tassonomica le
sequenze che fanno parte di un determinato gene sono identiche ma non tutte sono conservate,
soprattutto quelle che hanno un’importanza fondamentale nello svolgimento di alcune funzioni.
Meno frequentemente vi sono geni per l’import e la maturazione delle proteine e geni per il
processing dell’RNA e quindi trasformarlo da pre-RNA a RNA ribosomiale.
Il numero di geni codificanti proteine varia da un massimo di circa 100 (nel protozoo Reclinomonas
americana) ad un minimo di 5 (nel protozoo Plasmodium falciparum).
Si osserva invariabilmente la presenza di 2 o 3 rRNA, mentre il numero di tRNA è estremamente
variabile da nessuno a meno di 30.
Tutte le informazioni sono inserite su un sito “gobase” che viene continuamente aggiornato.

DNA mitocondriale animale.

Nei vertebrati la struttura del genoma mitocondriale è estremamente conservata durante la loro
evoluzione; questo significa che andando a confrontare il DNA di alcuni vertebrati come uomo,
bovini, topi e rane hanno DNA mitocondriale molto simile.
Il DNA mitocondriale animale è circolare chiuso, a doppio filamento super avvolto.
Ci sono copie multiple di molecole di DNA per mitocondrio, per cui ogni cellula, contenente più
mitocondri contiene da 103 a 104 copie di DNA mitocondriale.
Solitamente è associato alle creste della membrana interna.
Similmente ai batteri il DNA è nudo, cioè non aggregato permanentemente a proteine.
Non sono presenti enzimi idonei per poter correggere gli errori che possono verificarsi durante la
replicazione, quindi non presenta sistemi di riparazione.
Il processo di ricombinazione del DNA mitocondriale è poco efficiente: quando gli organismi che si
riproducono con una riproduzione sessuale devono riprodursi, formano delle cellule gametiche che
vanno incontro al crossing over che serve per far avvenire l’evoluzione, in questo caso la
ricombinazione non c’è quindi il DNA mitocondriale non si può ricombinare ma può subire solo delle
mutazioni.
Il DNA mitocondriale si trova in strutture ricche di proteine dette nucleoidi.

Nucleoidi.
I nucleoidi sono una associazione di DNA mitocondriale e proteine e rappresentano l’unità dinamica
ed ereditaria del DNA mitocondriale.
Attraverso contatti con proteine di membrana il nucleoide mitocondriale si collega al citoscheletro
dell’organello.
In questo modo il nucleoide si muove con i mitocondri nelle cellule della progenie durante la
divisione cellulare.
Le proteine che si associano ai nucleoidi nei vertebrati sono proteine coinvolte nel mantenimento,
replicazione e trascrizione del DNA mitocondriale.
Tra le proteine contenute nel nucleoide alcune hanno un ruolo noto nel metabolismo del DNA
metabolico, altre non sono apparentemente collegate all’mtDNA, dato che svolgono un ruolo poco
conosciuto.

DNA mitocondriale nell’uomo.

Sappiamo che a livello genomico abbiamo 22 coppie autosomiche e 2 cromosomi sessuali il cui
contenuto totale è di 3x104 bp.
Invece il DNA mitocondriale è presente sottoforma di una molecola circolare di 16.6 Kb.
Del genoma mitocondriale ci sono 1000 copie per cellula, è ereditato solo da un parente e non è
unico in ogni individuo.
Il fatto che tutto il DNA mitocondriale sia funzionale è dimostrato dagli studi in cui si è verificato che:
o non vi sono introni
o non vi sono sequenze intergeniche se non di poche bp, unica eccezione la regione regolatoria
del D–loop
o le proteine sono solo 13. La maggior parte delle proteine necessarie per le funzioni del
mitocondrio vengono tradotte a partire dal genoma nucleare e quindi importate
nell’organello
Organizzazione genetica del DNA mitocondriale umano:
 13 geni per mRNA che codificano per proteine subunità dei complessi enzimatici della catena
respiratoria
 ND1, ND2, ND3, ND4, ND4L, ND5, ND6 (sulla strand L)
 Co1, Co2, Co3
 ATPasi 6, ATPasi 8 (parzialmente sovrapposti)
 Citocromo b
Il DNA mitocondriale è prezioso, subisce cambiamenti, a velocità abbastanza elevata, è alla base
dell'evoluzione ma non può essere toccato in regioni che sono responsabili di funzioni vitali e se ciò
accade abbiamo delle patologie.

Eredità mitocondriale.
L’eredità mitocondriale è monoparentale cioè l’eredità avviene solo per via materna per questo è
anche detta eredità matroclina.
Nella maggior parte dei mammiferi, quando si riproducono sessualmente, utilizzano tutto il
citoplasma presente all’interno dell’ovocita mentre il mitocondrio non è capace di dare citoplasma
alla progenie successiva.
Infatti, l’ovocita contiene un gran numero di mitocondri ma gli spermatozoi contengono pochissimi
mitocondri presenti solo nel tratto intermedio della cellula, quindi nella fecondazione lo
spermatozoo non apporta quasi per niente mitocondri.
L’embrione erediterà quindi i mitocondri solo dalla madre per cui ogni essere umano eredita il suo
DNA mitocondriale solo ed esclusivamente dalla madre.
L’eredità mitocondriale è:
- materna
- non mendeliana
- aploide
In realtà delle recenti analisi hanno dimostrato che l’intero spermatozoo fecondante, compresa la
coda nel cui segmento intermedio si trovano i mitocondri, penetra all’interno dell’oocita ma
l’apporto di DNA mitocondriale paterno è trascurabile rispetto a quello materno.
L’ipotesi è che la trasmissione materna può essere considerata come il frutto di un’estrema
diluizione del DNA mitocondriale di origine paterna.
Per muoversi gli spermatozoi devono produrre e consumare energia, quindi producono una grande
quantità di radicali liberi: lo spermatozoo subisce un forte stress ossidativo che causa mutazioni e i
pochi mitocondri paterni mutati non funzionano e quindi vengono eliminati.
A causa della sua peculiare modalità di trasmissione il DNA mitocondriale è considerato uno
strumento privilegiato per la sua eredità materna e per l’assenza di fenomeno ricombinativi per
questo viene utilizzato per studiare la genetica di popolazione.
Grazie a questi studi si è scoperto che noi deriviamo da una donna chiamata “Eva nera”.
Ma pur essendo altamente conservato nel regno animale dal punto di vista strutturale, delle
dimensioni e dell’organizzazione, esso presenta una notevole variabilità interindividuale a livello
della sequenza nucleotidica.
La spiegazione a ciò è che le regioni importanti sono altamente conservate e le mutazioni che
avvengono si trovano in regioni non fondamentali.

Il genoma del cloroplasto.

Questo genoma è presente in organuli che si trovano nelle cellule vegetali.
Il cloroplasto è un organello che fa parte della famiglia dei plastidi.
I plastidi sono organelli caratteristici della cellula vegetale; ne esistono diversi tipi che differiscono
per forma, struttura e funzione. In base al colore, i plastidi sono classificati in tre gruppi:
 cloroplasti > detti così perché sono di un colore verde chiaro perché i pigmenti in essi
contenuti sono clorofille e carotenoidi (le ficobiline nei plastidi fotosintetici delle alghe rosse)
 cromoplasti > hanno una colorazione giallo, arancio o rosso mancano di clorofille ma sono
ricchi in carotenoidi
 leucoplasti > non presentano alcuna colorazione, sono incolori per l’assenza di pigmenti e
sono deputati alla riserva di nutrienti (amido)
Molte molecole di DNA di cloroplasto (cpDNA) si raggruppano in complessi chiamati nucleoidi che
sono costituiti da DNA, RNA e svariate proteine necessarie per l’organizzazione ed il mantenimento
del nucleoide stesso, per la replicazione e per la trascrizione.
I nucleoidi hanno un diametro di 0,2 um e contengono ognuno circa 10 molecole di cpDNA.
Non c’è un diretto contatto tra proteine e DNA come avviene nel cromosoma umano.
I cloroplasti crescono e si dividono come i mitocondri.
Il numero di copie di cpDNA per cloroplasto dipende dalla specie, in ogni caso ci sono molte copie di
cpDNA in ogni cloroplasto.
Il genoma cloroplastico (cpDNA) non è molto grande contiene 4 geni che servono per codificare
rRNA (RNA ribosomiale) necessari per la sintesi proteica, per ognuno dei quali ne codifica 2 copie. Le
due serie di geni ribosomiali del cloroplasto si trovano in due identiche sequenze ripetute di 20-30
Kb, orientate nel genoma in senso inverso tra di loro (inverted repeat).
La presenza di queste 2 regioni ripetute separa due regioni di DNA a singola copia, una piccola (small
single copy, SSC) da una grande regione a singola copia (large single copy, LSC).
Il cloroplasto cerca di essere autonomo rispetto al mitocondrio, infatti il genoma del cloroplasto
contiene i geni che codificano per i tRNA, questo significa che il cloroplasto è in grado di svolgere la
sintesi proteica di alcune proteine (proteine ribosomiali, subunità della RNA polimerasi, fattori di
traduzione e geni per la fotosintesi).
Analizzando il DNA cloroplastico si è visto che ha una struttura più complessa rispetto a quella del
mitocondrio, infatti in alcuni geni ci sono introni.
L’attività autonoma del cloroplasto è dimostrata dall’analisi bioinformatica delle sequenze dei
cpDNA, grazie a questa analisi si possono identificare all’interno di un determinato DNA delle regioni
deputate a svolgere determinate funzioni, nel cloroplasto ha evidenziato circa 100 ORF cioè delle
regioni che rappresentano il punto in cui il gene deve iniziare ad essere letto, quindi sono delle
regioni funzionali.
Una sessantina di queste sono state correlate a proteine con funzione nota, mentre per altre la
funzione deve essere ancora definita. Altre proteine che si trovano nel cloroplasto sono codificate
da geni nucleari, a conferma del fenomeno cross-talk (scambio di proteine) anche per i cloroplasti.
 In figura è rappresentato il DNA del
cloroplasto, capace di produrre l’RNA
messaggero che può andare incontro a
traduzione e quindi produrre delle
proteine. Altre proteine vengono prodotte
nel nucleo per questo c’è l’import di
alcune proteine dal citosol all’interno
della cellula.

Il cloroplasto svolge la funzione

fotosintetica che è indispensabile per la
cellula per produrre energia.
Questa in figura è la membrana
fotosintetica formata da tanti complessi
fotosintetici.
C’è una fusione di svolgimento delle
funzioni da parte del cloroplasto e del
nucleo.

Anche nel cloroplasto ci sono regioni altamente conservate.