appunti di

BIOLOGIA MOLECOLARE &

EVOLUZIONE DEI GENOMI
III Anno – A.A. 2023/2024
Sofia Deleo – Scienze Naturali
Modulo I: Prof.ssa F. Marini – Modulo II: Prof. M. Brilli
Università Statale degli Studi di Milano
 Modulo 1

BIOLOGIA MOLECOLARE
Prof.ssa F. Marini

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Cos’è la biologia molecolare? È un ramo della biologia che permette di studiare ed interpretare a livello
molecolare i fenomeni biologici considerando la struttura, la proprietà e le reazioni delle molecole chimiche
di cui gli organismi viventi sono costituiti.

La definizione della vita è stata data dalla nasa nel 1992: la vita è un sistema chimico autoreplicante capace
di evoluzione darwiniana. Il concetto di evoluzione implica una caratteristica fondamentale dei sistemi
viventi: Concetto di evoluzione implica una caratteristica fondamentale dei sistemi viventi: informazione
biologica e quindi sistemi molecolari capaci di immagazzinare, replicare, trasmettere e modificare questa
informazione. La biologia molecolare descrive e comprende il funzionamento dei sistemi viventi attraverso
lo studio delle macromolecole (DNA, RNA e proteine) che svolgono parte attiva in tutti i processi vitali. La
biologia molecolare descrive e comprende il funzionamento dei sistemi viventi attraverso lo studio

Compito della biologia molecolare è anche quello di concentrarsi sullo studio del rapporto che intercorre
tra la struttura e la funzione svolta dalle macromolecole biologiche. In particolare, si occupa dello studio dei
geni e delle loro attività a livello molecolare (e dunque della loro espressione). Che cos'è il Gene? Quale è la
sua natura chimica? Come il gene viene mantenuto e trasmesso alla progenie? Come il gene viene
espresso?

DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA MOLECOLARE

Una volta definita la struttura del DNA, molti scienziati spostarono la loro attenzione sui processi che
consentono di passare dal DNA alle proteine (ovvero al prodotto dell’espressione del DNA stesso). Tra
questi studiosi c’era uno degli scopritori del DNA, Francis Crick, che tra il 1956 e il 1958 enunciò quello che
lui stesso definì come il dogma centrale della biologia molecolare. Ovvero: il gene è un tratto del DNA
contenente tutte le informazioni necessarie per la produzione di una catena polipeptidica, ma la proteina
non contiene alcun tipo di informazione in grado di sintetizzare il DNA. In altre parole, ciò significa che il
flusso di informazioni è unidirezionale dal DNA, che si può autoreplicare, alla proteina, ma non può mai
avvenire il contrario.

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L’ERA POST-GENOMICA

Il principio del dogma centrale solleva un interrogativo: in che modo l’informazione passa dal nucleo al
citoplasma?

All’interno del nucleo troviamo il DNA, di fatto costituito da un insieme di geni. L'insieme di tutti i geni di un
organismo forma il GENOMA, che è tipico per ogni specie. È da sottolineare che molti geni che codificano
per proteine contengono anche sequenze non codificanti chiamate introni, alternate a sequenze codificanti
chiamate esoni.

Successivamente il DNA viene trascritto, nella sua interezza, in RNA (definito anche come “trascritto”).

Il trascritto di RNA però, prima di uscire dal nucleo, deve essere processato, perché sono state trascritte
anche le sequenze non codificanti. Il processo di modificazione dell’RNA viene chiamato splicing alternativo
e permette di rimuovere gli introni e di saldare tra loro gli esoni formando il vero e proprio RNA messaggero
(mRNA).

Solo a questo punto il trascritto di mRNA processato può lasciare il nucleo ed entrare nel citoplasma. La
totalità degli RNA messaggeri trascritti a partire da un genoma prende il nome di TRASCRITTOMA.

A seguito del processo di trascrizione avviene poi, a livello dei ribosomi, la traduzione. La traduzione
consiste nella sintesi di un polipeptide sintetizzato a partire dalle informazioni contenute nell’mRNA (e
quindi nel DNA). A seguito di alcune modifiche post-traduzionali, la proteina diventa definitivamente
funzionante. L’insieme delle proteine espresse da un organismo, cioè prodotte a partire dal genoma,
prende il nome di PROTEOMA.

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ORGANISMI MODELLO

Un organismo modello è una specie estensivamente studiata per comprendere particolari fenomeni
biologici, in base al presupposto che le acquisizioni fatte sull'organismo modello possano fornire indicazioni
sugli altri organismi. Ciò è possibile grazie al fatto che i principi biologici fondamentali, come le vie
metaboliche, di regolazione e di sviluppo, e i geni che le codificano, si mantengono attraverso l'evoluzione.
In altre parole, gli studi compiuti in laboratorio sugli organismi modello sono estendibili ed applicabili anche
agli organismi superiori più complessi. Tutti gli organismi modello hanno delle caratteristiche in comune:

- è un organismo semplice, solitamente piccolo, possibilmente economico e facile da

mantenere/coltivare in laboratorio.
- possiede un genoma di dimensioni relativamente piccole e questo permette di codificarlo
interamente e di manipolarlo geneticamente. si possono inoltre effettuare degli incroci.
- presenta caratteristiche del processo biologico che si vuole studiare che si sono conservate durante
l’evoluzione.

Organismi modello più utilizzati: fago lambda (virus batteriofago), Escherichia coli (batterio), Saccharomyces
cerevisiae (lievito), Caenorhabditis elegans (nematode), Dropsophila melanogaster (moscerino della frutta),
Danio rerio (pesce zebra), Xenopus laevis (rana), Mus musculus (topo comune), Arabidopsis thaliana
(pianta).

APPLICAZIONI DELLA BIOLOGIA MOLECOLARE: ESEMPIO BOSTRICO

L’Ips thypographus, meglio noto come bostrico tipografo, è un piccolo insetto coleottero del gruppo degli
Scolitidi, di forma cilindrica e di colore bruno, lungo circa 4-5 mm. È endemico dei boschi e attacca
prevalentemente l’abete rosso, in cui si sviluppa sotto la corteccia scavando intricate gallerie, che
interrompono il flusso della linfa; in tal modo porta inevitabilmente a morte le piante in breve tempo. In
primavera, i maschi sopravvissuti all’inverno penetrano nelle piante e costruiscono una camera nuziale, in
cui si accoppiano in genere con due-tre femmine. Queste scavano poi gallerie lunghe fino a 10-15 cm e
parallele all’asse del tronco, dove depongono in media 80 uova. Le larve a loro volta scavano altre gallerie
perpendicolari all’asse del fusto, che interrompono il flusso di linfa nel floema. In tal modo gli zuccheri
prodotti dalla chioma non raggiungono più le radici. Abeti sani riescono a combattere l’invasione con la
resina, ma aridità, postumi della tempesta Vaia ed inverni miti hanno indotto l’epidemia. In Trentino
nell'agosto 2023 i danni attribuibili al bostrico ammontano, per il periodo 2019-2022 a circa 2 milioni di
metri cubi di legname, pari a circa la metà del danno di Vaia, stimato in circa 4 milioni di metri cubi. Tra gli
antagonisti naturali vi sono predatori (coleotteri e picchi), parassitoidi (vespe) e funghi. Trappole con

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ferormoni si sono rivelate inefficaci. Come combatterlo? Al momento è in atto uno studio a livello
molecolare per verificare se questo coleottero può essere sensibile a virus, batteri o determinate sostanze.

ELEMENTI BASE DEGLI ESSERI VIVENTI

Parleremo oggi di macromolecole biologiche. Già secoli fa Rudolf Virchow aveva postulato che tutti gli
esseri viventi fossero formati da cellule. Che caratteristiche hanno le cellule? Hanno 4 punti fondamentali
che li accomunano, siano esse cellule eucariotiche o procariotiche:

- permettono una netta separazione tra l’ambiente interno ed esterno.

- Mantengono l’informazione biologica grazie alla presenza di un codice genetico
- N
- N

Affinché una cellula possa funzionare ha bisogno di una fonte di energia, le principali delle quali sono gli
acidi nucleici, le proteine, i lipidi e i polisaccaridi.

Funzione degli acidi nuceleici: mantenimento dell’informazione biologiaca che deve poi essere trasmeta alla
progenie e deve anche contenere tutte le informazioni per sintetizzare cose

Le proteine hanno una unità fondamentale che si chiamano peptidi.

I lipidi sono costituiti da acidi grassi e non solo. Hanno la principale funzione di andare a costituire il doppio
strato delle membrane plasmatiche. Delimitano anche gli organelli interni della cellula. Hanno un alto
contenuto energetico.

L’informazione biologica della cellula è contenuta all’interno del DNA e costituisce il genoma di
quell’organismo vivente. La biologia molecolare ha proprio il compito di studiare le macromolecole
biologiche e il flusso dell’informazione gentica. La biologia molecolare è nata negli anni ’30.

Crick propose il modello del dogma centrale della biologia molecolare.

DAL CODICE ALLA VITA

Il DNA grazie alla sua forma a doppia elica permette il flusso di informazioni all’RNA.

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La trasmissione dell’informazione biologica è possibile grazie alla copia e al rinnovamento delle DNA
polimerasi che permettono la replicazione del DNA. ci sono diversi meccanismi di riparazione del DNA. il
DNA deve poi anche essere segregato all’interno del nucleo delle cellule figlie.

ATP è la fonte di energia in tutti gli esseri viventi.

Aneploidia è la caratteristica principale delle cellule tumorali. Per quale motivo? Perché accumulano
mutazioni.

Approccio di genetica diretta: è tipica di mendel.

Tipi di mutazioni

LEZIONE 3 DEL 10/10/2023

ARGOMENTO: ACIDI NUCLEICI

Costituiscono solo il 5% delle molecole biologciche, ma tutte le informazioni della cellula dipeendono
proprio da essi! DNA e RNA.

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 modulo 2
EVOLUZIONE DEI GENOMI &
BIOINFORMATICA
Prof. M. Brilli

LEZIONE 1 – 19/12/2023

Al giorno d’oggi, nel 99% dei casi, quando si parla di evoluzione dei genomi si intende il sequenziamento dei
genomi. Accenneremo qualcosa sulla biogenomica.

Next Generation Sequencing:

NGS machines throughput: quello che si vede in questo grafico è che c’è stato un aumento dei valori sia
sull’asse delle x sia sull’asse delle y. Tutte le linee rappresentate indicano un aumento su base esponenziale.
Le nuove tecnologie di sequenziamento permettono di ridurre l’errore statistico.

Sequenziamento per sintesi (tecnologia della macchina illumina): prevede la partecipazione di 4 elementi.

1. sample preparation
2. cluster
3. sequenziamento, dove i nucleotidi vengono incorporati uno alla volta e viene poi introdotto un primer.
4.

L’output di sequenziamento di questo macchinario avviene sotto forma di file testo compresso in 4 righe di
tipo FASTQ. La qualità del sequenziamento si riduce via via che questo procede.

Come si procede dopo aver ricevuto l’output del sequenziamento?

1. rimuovere gli adattatori. 2.

Differenza tra inserti e frammenti

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LEZIONE 2 – 09/01/2023

METAGENOMICA

La metagenomica è un nome un po’ fuorviante, divenuto preciso solo in tempi recenti. La genomica è
semplicemente lo studio dei genomi, mentre il prefisso meta serve ad indicare l’integrazione con altro.

Il metagenoma è inteso come un genoma di un’intera comunità batterica, e non solo di una singola specie.

Quali sono le finalità di un approccio di questo tipo? Esempi: Vedere che specie ci sono nella rizosfera,
studiare le comunità microbiche dell’intestino.