CITOLOGIA ED ISTOLOGIA

VIRUS E PRIONI

Virus, cellule procariotiche ed eucariotiche, la differenza tra le due è che quelle eucariotiche non presentano
il nucleo mentre invece le procariotiche presentano il nucleo. Cellula procariotica ha le dimensioni che
variano dal 0.2-0.4 micron, la cellula eucariotiche ha dimensioni che variano dai 5-50 micron (colori
artificiali) che aiutano a comprendere le strutture della cellula. Virus influenzale al TEM le dimensioni
variano dal 10-450 micron.
Aumentando la complessità non aumenta solo la dimensione delle cellule, più semplice è la cellula più
aumenta il tasso di mutazione, tra le entità biologiche che sono nel diagramma (diapositiva 4) vi sono anche i
virus.

I virus non sono cellule ma entità biologiche, è un parassita obbligato (definite entità biologiche) ma
soprattutto non possiede vita autonoma ovvero caratteristiche che hanno le cellule. Sono mediamente circa
100 volte più piccoli di una cellula dai 10-450 nm dato questo non sono visibili al microscopio ottico, ma
solamente al microscopio elettronico, possiedo DNA o RNA, se sono Desossiribovirus sono dei virus a DNA
mentre invece se sono Ribovirus sono virus a RNA (coronavirus), questi sono racchiusi all’interno di un
involucro proteico che nell’insieme dell’acido nucleico definisce la singola unità virale chiamato virione.
Non hanno struttura cellulare. La loro riproduzione avviene solo per sintesi, ovvero nelle cellule infettate il
virus fa si che vengano sintetizzate le proteine che servono per assemblare nuovi virioni, quindi sintesi +
assemblaggio delle parti. Esistono virus che possono infettare sostanzialmente organismi di tutti i 5 regni
(batteri, funghi, piante, animali ed archia) in particolar modo i virus che possono infettare i batteri
(batteriofagi), virus specifici per i funghi, le piante e per gli animali, possono esistere virus specifici, ad
esempio, che possono colpire solamente le scimmie (salto di specie).

Presentano alcune strutture fondamentali come il genoma che è relativamente piccolo costituito da DNA o
RNA (desossiribovirus, ribovirus), capside ovvero l’involucro proteico che è una grande differenza fra le
cellule che non possiedono l’involucro proteico ma bensì hanno una membrana fosfolipidica differenza
enorme dal punto di vista funzionale, envelope che è un rivestimento ancora più esterno di natura
lipoproteica su cui scorgono delle proteine di superficie, delle proteine di ancoraggio che sono fondamentali
per i legami fra cellule e ospite che danno specificità, conferiscono specificità, mutazioni a livello di queste
proteine di ancoraggio vanno a variare la specificità, conferiscono una specificità diversa e rendono più o
meno specifico l’ancoraggio (salto di specie)
Esempi di virus: capside (formato da capsomeri), acido nucleico, glicoproteine di ancoraggio, virione ed
envelope.

I virus possono essere classificati in basi al tipo di cellula parassitata quindi virus batterici (batteriofagi o
fagi), virus vegetali, virus animali, al tipo di genoma come desossiribovirus o ribovirus (eccezione al dogma
centrale della biologia), possiamo pero classificarli in base ad altri parametri che possono aiutarci, ad
esempio se stiamo lavorando su base dimensionale possiamo decidere di classificare il virus che stiamo
studiando in base alla dimensione, se stiamo studiando in base della forma lo classifichiamo in base alla
forma, se lo stiamo studiando in base alla simmetria lo classificheremo in base alla forma e alla simmetria.

Il dogma centrale della biologia è un dogma che ci dice che esiste un flusso unidirezionale che ci porta da
una macromolecola che è il DNA al RNA e da questo alle proteine, questo flusso unidirezionale è legato da
dei processi che avvengono all’interno della cellula in modo particolare il DNA è in grado di duplicare sé
stesso ed è in grado di essere trascritto in RNA. RNA poi grazie ad una serie di processi congiunti opera il
processo che si chiama traduzione da cui vengono sintetizzate le proteine. FLUSSO UNIDIREZIONALE.
Tranne un’eccezione al RNA che è dato dal RIBOVIRUS, che consente di tracciare una freccia che va dal
RNA al DNA, i virus a RNA quando infettano una cellula prima retrotrascrivono il DNA e poi cominciano
con il dogma centrale del DNA, dato da una retro-trascrizione (retrovirus).

Un virus RNA che ha messo a dura prova la ricerca scientifica e la medicina è l’HIV (AIDS), grazie alla
ricerca che è stata condotta da cui è venuto fuori un vaccino ad RNA, abbiamo anche il virus della rabbia
della parotite, come anche i virus negli asilo nido dell’influenza. I virus possono assumere diverse forma
(diapositiva 13), come ad esempio il virus ebola che è uno dei virus responsabili delle febbri emorragiche,
responsabile anche di alcune epidemie più importanti di base virale degli ultimi decenni, diciamo che ha
messo molta paura in passato perché potesse passare ad un epidemia, nel 2004-2008-2014 ci fu un numero
sostanzioso di morti, l’ebola viene dagli animali che poi vengono consumati dalla popolazione ma poi veniva
anche passato tramite il contatto come funerali tradizionali, o cure mediche non protette e tramite contatti cin
sangue e fluidi corporei. Febbri emorragiche, febbre in cui non è il virus direttamente che causa l’emorragia
ma è l’altissima concentrazione del virus nelle citochine (proteine) legate alla parte antinfiammatoria
dell’organismo dove appunto si hanno delle emorragie diffuse.
I batteriofagi sono delle strutture molecolari che sono specializzate nel parassitario dei batteri, la sua forma è
molto particolare che ha un capside geometrico, un collo proteico, una piastra fatta di spine/punte e delle
spine/fibre con cui il batteriofago si aggancia alla cellula parassitaria. Quando si aggancia alla cellula
parassitaria il collo o coda si accorcia come una siringa viene iniettato il materiale genetico all’interno della
cellula parassitaria, all’interno di essa vengono create migliaia di questi batteriofagi che poi fuori usciranno
dalla cellula parassitaria liberandosi nell’ambiente circostante.

Altri agenti infettanti sono i viroidi, che non sono cellule sono simili ai virus, scoperti nel 1971, loro
infettano le piante/vegetali e si trasmettono con gli attrezzi agricoli (semi, pollini e strumenti agricoli come la
zappa ecc..) contaminazione aerea. Un viroide è una piccola molecola di RNA circolare (200-300 nucleotidi
max), essendo le più semplici entità viroidiche sono quelle con il genoma più piccolo di conseguenza con un
tasso di mutazione più alto, non rivestita da capside.

Il prione è un agente infettante responsabile per le scapie e per il morbo della mucca pazza (bse), è qualcosa
di veramente molto particolare è una particella infettiva, è responsabile di una malattia neurologica
degenerativa, perché osservando le sezioni istologiche di persone affette da patologie prioniche vediamo il
tessuto nervoso/encefalico che è ridotto a qualcosa completamente diverso da come dovrebbe essere, ma è
solamente una proteina non ha capside proteico, non ha DNA e non ha RNA, è solo una proteina che ha
capacità infettiva.
Una proteina infettiva che causa malattie neurologiche degenerative significa che il prione è una proteina che
normalmente è presente nell’organismo ma è la versione non ben ripiegata. La proteina prionica è solo una
proteina ma che ha una capacità di costringere le altre proteine della sua stessa tipologia a cambiare
comportamento ed a diventare come lei (pecora nera della famiglia), tutte le altre sono proteine correte che
svolgono la loro funzione quando incontrano la proteina prionica vanno sulla cattiva strada, ed è per questo
che la proteina esiste all’interno della cellula normalmente con la sua conformazione normale ed è C-
CELLULARE, poi esiste la conformazione patologica con conformazione anormale quella che provoca la
scapie, ovvero il morbo della mucca pazza; se una proteina con conformazione normale incontra la proteina
prionica viene costretta a cambiare la propria conformazione, la proteina prionica ha una capacità di svolgere
un ruolo di sciaperonina, ovvero proteine che accompagnano altre proteine a cambiare conformazione, le
proteine prioniche hanno solo questo ruolo, hanno la capacità di costringere le proteine con conformazione
normale a cambiare conformazione e diventando anche loro proteine prioniche. Anche se la proteina prionica
si replica, ovvero da 1 passa a 10 e poi passa a 20 non è un essere vivente, perché se ho un prione che non
incontra nessun’altra proteina cellulare rimarrà sempre e comunque un prione, di conseguenza si replica
inducendo altre molecole preesistenti a cambiare conformazione, ma non porta a creazione di nuove
molecole, perché solo in grado di costringere le altre cellula a cambiare la loro conformazione, diventano
proteine prioni, ma non è in grado di duplicarsi; non si accresce, non si sviluppa e non si nutre, però è
un’entità patologica che induce una patologia neurodegenerativa grave. Una volta entrato all’interno di un
organismo si muove da un neurone all’altro; quindi, nel cervello entra nell’encefalo superando la barriera
ematoencefalica, arrivandoci dallo stomaco passando poi da un neurone all’altro.

Virus, viroidi e virioni sono solo a livello molecolare, non sono cellule!

CHIMICA CELLULARE

Le proprietà di un atomo sono date dal numero atomico e dalla disposizione di questi elementi sulla tavola e
dalla disposizione degli elettroni sul guscio più esterno, perché questi sono gli elettroni che vengono messi a
disposizione per formare legami che servono per formale le molecole che si trovano all’interno della cellula,
abbiamo anche delle caratteristiche di ogni elemento che sono dettate dal periodo che ci descrivono dove si
andranno a collocare l’ultimo elettrone; sulla base di queste caratteristiche è stata costruita la tavola
periodica.

Questi elettroni presenti all’interno dagli atomi sono attratti dal nucleo, in modo particolare gli elettroni più
esterni possono essere attratti dal nucleo di un altro atomo, e possono essere messi in condivisione generando
così un legame covalente, ovvero un legame forte ed un legame di condivisione. Quando parleremo di
legami covalenti, parleremo di un legame forte e parleremo di legami in cui gli elettroni vengono condivisi
tra atomi che si sono avvicinati. Un esempio classico lo troviamo in una delle molecole più importanti a
livello biologico che è l’acqua, una delle molecole più semplici ma una delle molecole più importanti. nella
diapositiva 5 si trovano 3 diversi modi di raffigurare la molecola dell’acqua, un atomo di ossigeno e due
atomi di idrogeno, disposti sempre con un’angolazione particolare e condividono elettroni secondo dei
legami covalenti di tipo polare, polare perché l’attrazione degli elettroni non avviene in modo omogeneo da
parte del nucleo ma vi è uno sbilanciamento, il nucleo dell’ossigeno attrae questi elettroni di più, quindi c’è
uno sbilanciamento delle cariche e vi è indotto una polarità, abbiamo dei legami covalenti di tipo polare,
l’acqua è una molecola polare, e questa caratteristica dell’acqua è alla base della gran parte delle
caratteristiche della cellula, a partire della costituzione della membrana che riveste la cellula. La polarità
dell’acqua è una caratteristica fondamentale ai fini biologici.

La composizione chimica di una cellula batterica è costituita dal 70% di acqua, una cellula animale
mediamente ha un valore analogo, però dipende dal tipo di cellula, ad esempio in un tessuto adiposo è
completamente diverso da una cellula muscolare o nervoso o epiteliale. Si tratta di una molecola presente in
modo preponderante, la cui importanza è dovuta non solo alle sue funzioni ma anche alla sua presenza
quantitativa.

L’acqua è la molecola fondamentale per la vita per moltissimi motivi, innanzitutto è un dipolo elettrico è una
molecola polare, ed essendo un dipolo influenza il comportamento delle altre molecole, la distribuzione delle
altre molecole, spinge le molecole polari vicino a sé e quelle apolari lontane da sé. Il dipolo elettrico induce
la conformazione di legami fra molecole d’acqua; quindi, esse creano legami fra di loro, si genera così un
legame particolare che si chiame legame idrogeno. L’acqua può esistere in tre stadi, liquida, solido e
gassoso; a 37° è liquido, in questo stadio abbiamo un’abbondanza di legami idrogeno che tiene insieme
l’acqua in questo stato con tutte le sue proprietà, che fanno si che questa sostanza sia fondamentale per la
vita della cellula, al di sotto dei 4° comincia ad assumere un impacchettamento regolare aumento di volume,
il massimo volume lo raggiunge ai 0° e raggiunge cosi il congelamento, ai 100° si rompono i legami
idrogeno e si ha l’evaporazione. Lo stato liquido è quello che troviamo all’interno della cellula, grazie al suo
ruolo dipolo può svolgere il ruolo di solvente, quindi per dire che una molecola palare e farle sciogliere nel
suo intento ma a questo punto, nel ruolo di solvente, può anche trasportare ciò che è presente in un mezzo
liquido, e quindi è se noi abbiamo dei fluidi su base acquosa che si muove all’interno della cellula all’interno
di un organismo vivente, grazie alla sua natura di dipolo che l’acqua è in grado di svolgere il suo ruolo di
solvente e poi di trasportare all’interno della cellula o nell’intero organismo vivente dei metaboliti o
cataboliti. Le proprietà dell’acqua sono varie, innanzitutto possiamo parlare della capacità di avare una
tensione superficiale che è la capacità dell’acqua di mantenere un legame stretto fra le sue molecole; la
coesione ovvero quella che consente l’impact di muoversi all’interno del fluema all’interno degli alberi, di
risalire all’interno delle strutture delle piante, la capillarità; una proprietà che è fondamentale è l’elevato
calore di evaporazione, l’avere questo è importante ai fini biologici, ad esempio il meccanismo della
sudorazione che sfrutta l’evaporazione dell’acqua per rinfrescare il corpo (raffreddamento dell’organismo);
incomprimibilità, se l’acqua fosse comprimibile le proprietà delle cellule sarebbero diverse.

La proprietà dell’acqua di essere un dipolo le conferisce immediatamente e direttamente la sua capacità di

rapportarsi in modo differente con le sostanze idrofobiche e idrofiliche: idrofobico significa aver paura
dell’acqua, idrofile significa amico dell’acqua

Sono idrofobiche tutte le sostanze apolari, ovvero sono attratte maggiorante da molecolo simili che non
dall’acqua.
Sono idrofiliche tutte le sostanze polari, ovvero che interagisco favorevolmente con l’acqua. (fluoruro di
idrogeno).

Nel momento in cui noi mettiamo una goccia d’acqua su una superficie idrofilica o idrofobica vediamo se si
tratta di una o dell’altra dato dalla forma della goccia dell’acqua: se è idrofilica l’angolo di contatto sarà
basso, la goccia tenderà a spalmarsi/allargarsi sulla superficie, l’adesività e la bagnabilità sarà buona e
ovviamente avrò un’alta energia libera; se è idrofobica la goccia tenderà di non creare contatto con quella
superficie, tenderà a rimanere sollevata, la parta di contatto tra la goccia e la superficie il suo angolo sarà
alto. Tutto ciò deriva dal fatto che le sostanze idrofiliche sono polari e sono attratte dall’acqua che tendono
creare un rapporto particolare, le sostanze idrofobile sono apolari che tendono ad essere attratte una dalle
altre ma non dall’acqua, tendo a non avere contatto con l’acqua.

Osservando una sostanza idrofila possiamo notare che è circondata da molecole di acqua orientate grazie ad
un interazione di tipo elettrostatico basato sull’esistenza del dipolo elettrico e grazie al fatto che si
formeranno legami idrogeno, ora anche fra molecole d’acqua e sostanze idrofiliche; nella sostanza idrofobica
apolare non è in grado di mettere in gioco quelle cariche elettriche che servono per formare il legame
idrogeno, nel momento in cui lavoriamo in acqua rimane da sola perché non può formare questi legami, non
è in grado di interagire con l’acqua formando così degli agglomerati intermolecolari della stessa specie o con
le stesse caratteristiche di apolarità.

Nella cellula può essere presente l’acqua libera e acqua legata, ed è vitale.
L’acqua libera è quella che circola, liberamente dentro i vacuoli, dentro alle cavità è tutta quell’acqua che è
libera di entrare ed uscire, quell’acqua che la cellula può cedere (esempio insalata con sale). L’acqua legata è
un’acqua che è unita, ha le macromolecole di interesse biologico unite elettrostaticamente, è un’acqua che
non può essere ceduta non può perdere, se asporto quest’acqua la cellula muore. Quindi l’acqua è presente
nella cellula secondo due modalità come acqua libera che continuamente entra ed esce e fluisce all’interno
della cellula ed ogni cavità ed acqua legata che la cellula non può cedere. Queste macromolecole a cui
l’acqua è legata sono le macromolecole di interesse biologico rappresenta circa il 22% del peso secco di una
cellula batterica, circa l’80%-90% di queste macromolecole è costituito da soli 4 elementi, ovvero C, H, N e
O, elementi più abbondanti nell’organismo vivente. (tavola periodica diapositiva 17, gli elementi che ci
servono stanno tra il colore rosso (alta elettronegatività) ed il colore arancione. Alcuni atomi fra i più
elettronegativi sono quelli che costituiscono le molecole della materia vivente C, N, O; ne va di conseguenza
il legame idrogeno è responsabile della conformazione spaziale delle proteine e degli acidi nucleici. La
conformazione spaziale è importante perché determina la funzione di una macromolecola, ovvero la forma
che una molecola acquisisce nello spazio (esempio filo di gomitolo e maglione), sono tenute insieme dal
legame idrogeno e danno funzionalità a queste molecole.

Tra questi elementi il C è l’oggetto principe della chimica organica, ha la sua conformazione, può formare
milioni di composti diversi con caratteristiche chimiche e fisiche completamente diversi. Innanzitutto,
l’isotopo più abbondante è 12C, mentre invece sono radioattivi il 13C e 14C.
Può formare milioni di composti come la grafite, gli atomi di carbonio formano un reticolo esagonale a strati,
è un ottimo conduttore (si formano delle lamelle quando scriviamo); il diamante, gli atomi di carbonio sono
legati da legame covalente impacchettati in un reticolo 3D ordinato, cristallino, è un isolante; la fibra di
carbonio.
La configurazione elettronica del C prevede la presenza di 4 elettroni più esterni, sono tanti che possono
formare legami diversi: 4 legami covalenti semplici o 2 legami doppi o un legame triplo e uno semplice, da
quindi i milioni di composti.

Quindi:
1. Composti organici a catena lineare
2. Catene idrocarburiche ramificate
3. Catene idrocarburiche chiuse ad anello

L’atomo di carbonio è asimmetrico!

(sarà alla base degli amminoacidi)

Qualunque molecola biologica può presentare dei gruppi funzionali:

-OH gruppo ossidrile alcoli/zuccheri
-COOH carbossile acidi organici
-NH2 gruppo amino amine
-OPO3^-2 gruppo fosfato fosfati organici
-SH sulfidrile tioli
 Tutte le grandi macromolecole sono costituite da piccole unità costitutive

Acidi grassi  grassi, lipidi di membrana

Zuccheri  polisaccaridi, glicogeno, amido
Amminoacidi  proteine
Nucleotide  acidi nucleici

GRANDI MACROMOLECOLE

Le grandi molecole come gli acidi grassi che formano i grassi, lipidi di membrana; zuccheri che formano
polisaccaridi, glicogeno e amido; nucleotide che forma gli acidi nucleici; tutte queste costituiscono veri e
propri polimeri legati assieme da legami covalenti nel primo caso abbiamo perlopiù una combinanza… per le
altre le unità strutturali che sono ripetuti in serie quindi monomeri che formano polimeri sono legati da
legami forti quindi legami covalenti. Le piccole unità costitutive che chiamiamo amminoacidi sono unità
costitutive delle proteine, esse rappresentano la maggior parte della biomassa e la componente più
abbondante delle macromolecole (cellule animali), possiedono e coordinano tutte le attività vitali delle
cellule come metabolismo, movimento, divisione cellulare, endocitosi e secrezione, produzione di energia,
fotosintesi…

Dipendendo dalla tipologia della cellula si avranno un determinato numero di proteine, per calcolare il
numero, ovvero la massa proteica.

Le proteine sono macromolecole costituite da amminoacidi, ognuna ha la forma base rappresentata da questa
struttura: un C centrale, detto carbonio alfa; può formare 4 legami; uno H (sempre legato), un gruppo
amminico, un gruppo carbossilico ed infine R ovvero catena laterale che differenza un amminoacido
dall’altro, 20 amminoacidi gli troviamo naturalmente nelle proteine ma sono miliardi. Il C è asimmetrico.
Importante l’asimmetria perché questi 4 legami non sono distribuiti in modo simmetrico ma bensì sono
distribuiti in maniera asimmetrica ed è fondamentali nella formazione degli isomeri ottici/enantiomeri, in
base ai diversi legami (doppio, triplo..) lo stesso numero di atomi che lega i carboni può portare alla
formazione di isomeri strutturali o cis-trans dove ho una distribuzione diversa, ma la simmetria del C mi
porta ad avere la formazione del terzo tipo di isomeri, ovvero gli isomeri ottici, isomeri per cui ho due
molecole che sono uno l’immagine speculare dell’altro (esempio mani), l’immagine riflessa dell’altra.
Nel caso degli isomeri ottici sono due molecole che strutturalmente sono identiche ma sono l’una l’immagine
speculare dell’altra, hanno una proprietà che deviano la luce in senso opposto, chiamati così isomero di
destrogiro (D) e isomero di levogiro (L).
Hanno una proprietà chimico fisica completamente differente, in natura troviamo isomeri L di amminoacidi a
sostituire le proteine. Quando ci riferiamo agli amminoacidi ci riferiamo a L-alfa-amminoacidi (C alfa), vi è
un amminoacido che ha una proprietà quello di essere perfettamente simmetrico, il gruppo R è pari all’H, si
tratta della glicina.
In natura troviamo 20 diversi amminoacidi che si diversificano per la catena laterale (gruppo R), gli altri
sono tutti identici uno all’altro.
Questa catena laterale conferisce anche delle proprietà, perché potrebbe anche essere polare, idrofila,
idrofobica; sono importanti per se si ha una catena idrofobica si sa che tenderà a sfuggire dal contatto
dall’acqua, caso contrario alla catena idrofila che tenderà ad aprirsi in contatto con l’acqua.

Nella tavola degli amminoacidi si classificano gli amminoacidi per le loro proprietà alifatici, se contiene
zolfo, aromatico ecc... se sono idrofobi o idrofili. Da ricordarsi i gruppi funzionali, che vanno a costituire gli
amminoacidi ma anche le proteine!

Come si legano gli amminoacidi per formare le proteine? Per legare un amminoacido all’altro interviene un
legame chiamato peptidico, consente la conformazione di una catena di amminoacidi. Il legame peptidico è
un legame che deve tenere la struttura della proteina, legame forte e covalente, e avviene tra il gruppo
ammino terminale di un amminoacido e il carbossile terminale. La proteina ha una testa, un inizio e una fine,
dall’ammino terminale al carbossi terminale, legame di condensazione, come saranno tutti i legami che
portano alla formazione di questi polimeri strutturali che rappresentano le macromolecole di interesse
biologico. Legame di condensazione viene eliminata/liberata una molecola d’acqua durante la formazione di
un legame, questo legame può essere rotto solo in presenza di acqua, ovvero restituendo due H e un O alle
molecole che li hanno ceduti, quindi al momento della formazione del legame viene liberata la molecola
d’acqua ma posso avere la reazione opposta ovvero reazione di idrolisi che comporta la rottura del legame
con la separazione dei due monomi che sono entrati in gioco al momento della formazione del legame.

Le proteine hanno una sequenza di amminoacidi, ognuno legato da un legame peptidico, questa sequenza si
chiama struttura primaria, però vi sono anche le strutture secondaria, terziari e quaternaria che caratterizzano
un livello di complessità maggiore.
La minima struttura necessaria per garantire la funzionalità proteica è la struttura terziaria.
La struttura delle proteine è ciò che ne determina la funzione, è fondamentale (esempio filo di lana e
maglione), stessa cosa con le proteine se non assume la sua struttura ovvero maglione non si fa nulla; quindi,
la sua struttura ne determina la sua funzione; la proteina può esistere sotto forme diverse, conoscere la
struttura è fondamentale per comprendere la funzione. Molto spesso la struttura di una proteina è
estremamente complessa è data dalla distribuzione dagli amminoacidi idrofile o idrofobiche che determinano
il contatto o meno con l’acqua.

Struttura primaria, è la sequenza degli amminoacidi che formano la catena polipeptidica, sembra la più
semplice ma è geneticamente determinata (DNA determina la sequenza), è la sequenza primaria che
determina tutte le altre, definisce, determina condiziona ed influenza in modo univoco come sarà la struttura
secondaria, terziaria... è la struttura chiave di una proteina, è colei che determina la funzione della proteina,
nonostante sia la terziaria che viene acquisita affinché la proteina funzioni. Esiste una sola struttura primaria
per ogni proteina, quella definita dal DNA. La struttura terziaria è quella che deve essere acquisita affinché la
proteina funzioni, e che viene definita dalla prima, infatti se cambio la struttura primaria rischio che la
proteina non funzioni, se un amminoacido inserito nel posto sbagliato comporta un alterato funzionamento
della proteina, di conseguenza la sua funzionalità risulterà compromessa, ad esempio come l’anemia
falciforme, (globuli rossi normali e globuli rossi falciformi, a forma di mezzaluna, che hanno la tendenza di
aggregarsi), la forma del globulo falciforme è un fattore di protezione nei confronti della malaria, dato da una
mutazione nel DNA. … La deformazione di queste emoglobine viene dato dai legami non covalenti che
favoriscono e stabilizzano i ripiegamenti delle proteine

Struttura secondaria, è basata sull’esistenza di 3 diversi motivi: quello normale detto struttura alfa elica,
rappresentato o come elica o come cilindro; quello generalmente noto come struttura beta foglietto,
rappresentato con un nastro o una freccia; avvolgimento casuale che non sono né eliche né a foglietto,
chiamato anche loop.
Le proteine vengono rappresentate maggiormente con il modello a nastro. (diapositiva 14), rappresentati
anche come modello a spazio pieno (di piccole dimensioni) si vede tutto; modello a bastoncini, molto nudo si
vedere poco; modello a nastro, quello più frequente perché ci fa capire la struttura delle proteine.

- Struttura alfa elica: è una spirale destrorsa, questa spirale è stabilizzata da legami idrogeno che si
generano fra gli atomi di amminoacidi, ogni 4 amminoacidi. Dato che differenze nettamente dalla
doppia spirale del DNA è che i gruppi R di ogni amminoacido è proiettato verso l’esterno non verso
l’interno, perché per conferire caratteristiche polari alla proteina devono essere esposti all’esterno.

- Struttura beta pieghettata: struttura che ha un aspetto piatto, ed ha una

stabilizzazione/regolarità/funzionamento di un amminoacido ogni 0,7 nm, la struttura, essendo una
struttura proteica si può osservare dall’ammino terminale al carbossi terminale o viceversa; due
strutture beta possono essere affiancate parallelamente o antiparallele. Posso avere una serie di beta
foglietti parallele quando tutte le ammino terminali sono vicini un all’altro ed i carbossi terminali
sono vicino uno all’altro; o antiparallele se gli ammino terminale di un beta foglietto sono
posizionati nel verso dei carbossi terminale dell’altro foglietto.
Nel momento in cui inizio a considera più strutture beta o beta + alfa insieme sto andando al livello superiore
ovvero quello terziario, verso il livello strutturale tridimensionale.
Quando la mia struttura primaria inizia a ripiegarsi e ad occupare lo spazio tridimensionale acquisisce la
struttura terziaria.

Struttura terziaria: è il modo in cui più strutture secondarie si ripiegano una con all’altra ad occupare lo
spazio, rappresenta la minima struttura funzionale della proteina, vuol dire che la proteina deve raggiungere
al minimo la struttura terziare per funzionare (esempio gomitolo), se non raggiungo la struttura terziare la
proteina funziona, perché è colei che definisce i suoi limiti/spazi di lavoro. La struttura tridimensionale
acquisita dalla proteina è la conformazione a minima energia, definita conformazione nativa. Cambiare la
conformazione della proteina significa denaturarla. La denaturazione porta ad una perdita di struttura, ad una
totale perdita della struttura terziaria, rompere completamente la conformazione tridimensionale.

Ci sono dei motivi frequenti per ricorrono nelle strutture terziarie, le strutture secondarie si combinano fra di
loro a formare dei disegni che hanno una funzionalità particolarmente utili, ad esempio, per legare il DNA,
affinché che le proteine possono interagire con facilità con il DNA, esempio del primo motivo possono
essere

- due beta foglietti paralleli fra di loro uniti da un alfa elica (B-A-B)

- alfa-alfa (A-A) chiamato coiled-coil; due alfa eliche per essere unite necessitano da una piccola ansa
destrutturale, così troviamo un’alfa elica-un piccolo frammento destrutturale-alfa alfa elica

- chiave greca; motivo che si trova spesso nelle proteine della membrana, composta da beta foglietti
che sono antiparalleli e legati in modo alternato da frammenti destrutturati.

Motivi che si trovano con regolarità nei domini sono porzioni della proteina funzionalmente attivi, ovvero
porzioni di proteina che entrano in gioco da un punto di vista funzionale, sono porzioni che: legheranno
un’altra proteina, legheranno il DNA, che faranno si che la proteina possa funzionare con un enzima… cioè
la parte chiave della funziona della proteina. A volte i domini sono singoli, altre volte sono composti:

- esempio dominio composto; coiled-coil unito ad una chiave greca, troviamo quindi un dominio che
genera una forza di Waals composta, che uno dei due motivi si modifica entrando in gioco
modificando la funzione della proteina;
- esempio dominio proteico singolo; che si modifica interagendo con un composto durante la
funzionalità della proteina.

In generale la struttura terziaria è l’insieme di tutti i ripiegamenti dovuta dalle interazioni tra i
raggruppamenti delle catene laterali (R) degli amminoacidi della molecola proteica, interazioni che
avvengono grazie alla loro posizione verso l’esterno; per stabilizzare la struttura terziaria, invece, si formano
nuovi legami oltre al legame peptidico, che stabilizza il legame forte e “solo” lo scheletro della struttura
primaria; infatti si formano nuovi legami che sono deboli, che si possono rompere facilmente come: a
idrogeno, dipolo-dipolo, ponti disolfuro, che si generano tutti grazie alle interazioni fra amminoacidi disposti
anche in posizioni lontanissime dalla struttura primaria perché quando la molecola si ripiega gli amminoacidi
anche molto lontani vengono ad essere avvicinati.

- I ponti disolfuro sono legami che si generano fra quegli amminoacidi che possiedono zolfo, è il
legame che lega due amminoacidi che possono essere il primo e l’ultimo o il secondo e l’ultimo, non
devono per forza essere vicini, qualunque amminoacido posizionato lungo struttura primaria, nel
momento in cui si inizia a formare la struttura terziaria, viene avvicinato in modo funzionale rispetto
alla natura degli amminoacidi che compongono la proteina, per cui tutti gli amminoacidi idrofobici
tenderanno a essere racchiusi all’interno di questa struttura terziaria (pacchetto), tutti gli
amminoacidi idrofilici tenderanno ad essere disposti all’esterno, perché quelli disposti all’esterno
saranno in contatto con l’acqua.
 - i legami a idrogeno si possono formare da ossatura ad ossatura, da ossatura a catena laterale oppure
da catena laterale a catena laterale. Sono in assoluto la tipologia di legame che passa alla struttura
terziale.

La struttura terziaria è stabilizzata dal legame a idrogeno; esteriormente stabilizzata dal ponte di disolfuro,
mentre può essere interiormente stabilizzata dai dipoli e da cicli ecc… dipende dagli amminoacidi che
entrano in gioco e da come sono disposti.
La struttura delle proteine ne determina univocamente la funzione, il rapporta struttura-funzione è uno dei
cardini della biologia, non solo per quello che fanno le proteine ma ad esempio anche agli organi ecc..