APPENDICE
Organismi modello
Batterio, Escherichia coli
Lievito gemmante, Saccharomyces cerevisiae
Muffa del pane, Neurospora crassa
Nematode, Caenorhabditis elegans
Arabetta comune, Arabidopsis thaliana
Moscerino della frutta, Drosophila melanogaster
Topo domestico, Mus musculus
Gli uomini si distinguono dagli altri organismi per le
loro capacità cognitive e per lo stupore nei confronti di
ciò che li circonda, ed è questa curiosità che ci porta a
studiare la vita. Come siamo fatti? Come funzioniamo?
Per comprendere gli uomini e le altre creature viventi, i
ricercatori hanno studiato una grande varietà di organi-
smi viventi. Questi studi hanno portato a molte scoper-
te, comprese alcune incredibili caratteristiche univer-
sali condivise da tutti gli esseri viventi. Tutti gli organi-
smi usano gli stessi amminoacidi, gli stessi nucleotidi e
praticamente lo stesso codice genetico.
Nella biologia molecolare c’è qualcosa di più del
desiderio di soddisfare la nostra curiosità sul funzio-
namento della vita. Cerchiamo anche di comprende-
re le cause delle malattie e di applicare le nostre co-
noscenze alla medicina, all’agricoltura e alla tecnolo-
gia. In questo libro diverse volte abbiamo riportato
parecchi esempi di come abbiamo acquisito informa-
zioni sulle malattie umane, le loro cause e talvolta su
come affrontarle, curarle o prevenirle. Gli scienziati
hanno scoperto gli antibiotici per curare la maggior
parte delle infezioni batteriche, sviluppato vaccini
per molti tipi d’infezioni virali e oggi sanno molto di
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più sul cancro e sono disponibili più terapie. La mag-
gior parte di queste scoperte e progressi deriva dallo
studio degli organismi modello.
 Pochi organismi costituiscono dei modelli
per la comprensione dei processi vitali comuni
Gli scienziati studiano vari organismi. Quando una
specie particolare viene scelta da molti laboratori per
ricerche intense viene definita organismo modello.
Questo interesse per una specie da parte di molti la-
boratori permette di ottenere una grande quantità di
informazioni che ci forniscono conoscenze approfon-
dite sulle funzioni di quell’organismo vivente. L’orga-
nismo è considerato un modello perché i ricercatori
ipotizzano che quello che hanno appreso su di esso
sarà vero anche per organismi affini. Lo specifico or-
ganismo selezionato per uno studio dipende dal pro-
blema in esame. In questo libro, abbiamo visto il con-
tributo degli organismi modello alla nostra conoscen-
za di biologia molecolare e molti degli organismi uti-
lizzati più frequentemente vengono passati in rasse-
gna in questa Appendice.
2 APPENDICE Organismi modello
Dobbiamo osservare, però, che a volte, un orga-
nismo che si trova “fuori dal cammino tracciato” vie-
ne studiato solamente da pochi laboratori, semplice-
mente per curiosità e anche questi studi possono ave-
re un grande impatto sulla ricerca. Per esempio, Ther-
mus aquaticus ci ha fornito la Taq polimerasi per la
reazione a catena della polimerasi (PCR; vedi Capito-
lo 7 Come è stato scoperto). Lo studio di Tetrahymena
thermophila ha portato a scoprire gli RNA cataliz-
zatori (come i ribozimi; vedi Capitolo 16). E gli stu-
di di alcuni virus poco noti degli insetti, i baculovi-
rus, hanno dato origine a sistemi di espressione del-
le proteine ricombinanti oggi ampiamente utilizzati
(vedi Capitolo 7).
Focalizzare l’attenzione su pochi organismi diversi
è importante a livello pratico perché ci sono molte più
specie che scienziati. In effetti, fare di un organismo
uno strumento scientifico per la ricerca non è sempli-
ce. Sono necessari molti anni di studio per compren-
dere l’organismo e acquistare familiarità con il suo ci-
clo vitale, la sua corretta alimentazione, la sua crescita
ottimale e le condizioni di conservazione. Particolar-
mente dispendioso in termini di tempo è lo sviluppo
di tecniche genetiche per la manipolazione del geno-
ma dell’organismo. Non ci sono “procedure standard”
per questo; le tecniche genetiche sono per lo più spe-
cifiche per quell’organismo e spesso vengono trovate
per tentativi ed errori. Questa è la ragione per cui è im-
portante che molti laboratori lavorino sullo stesso or-
ganismo e condividano le loro conoscenze. Una massa
critica d’interesse per un organismo modello porta al-
la fine a congressi internazionali, banche dati online, e
alla formazione di centri di stoccaggio che mantengo-
no e distribuiscono i ceppi.
Perché fra tutti gli organismi esistenti al mondo ne
sono stati scelti proprio alcuni? Le scelte sono spesso
state fatte con una buona dose di casualità. Tuttavia,
alcune caratteristiche comuni sottolineano l’utilità di
un organismo come modello. Gli organismi modello
devono avere un ciclo di vita rapido. Devono dar vita a
un’ampia progenie, così che i ricercatori possano trova-
re e studiare eventi genetici rari. Anche la dimensione
è importante, perché gli organismi grandi e la loro am-
pia progenie esaurirebbero velocemente lo spazio di un
laboratorio. Gli organismi modello dovrebbero poter-
si propagare velocemente usando una fonte alimenta-
re semplice ed economica. Ci dovrebbe essere un mo-
do conveniente per una conservazione a lungo termi-
ne in modo da poter accumulare i ceppi per studi suc-
cessivi. La Tabella A.1 riassume alcune caratteristiche
degli organismi modello qui descritti.
Gli studi di genetica e delle vie metaboliche dei
primi anni del Novecento utilizzarono organismi plu-
ricellulari complessi come le piante, i moscerini della
frutta, i ratti e i topi. Poi i ricercatori si accorsero che
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anche gli organismi unicellulari sono idonei per stu-
di fondamentali sui geni e sul metabolismo cellula-
re. Negli anni Quaranta, microrganismi come Esche-
richia coli, il lievito e Neurospora crassa sono diventati
i modelli più utili per la comprensione della chimica
di base della vita. Forniscono anche un materiale di
partenza migliore per i biochimici rispetto ai tessuti
animali, perché gli organismi unicellulari sono una
popolazione di cellule identiche, mentre i tessuti so-
no costituiti da tipi cellulari diversi.
Nessun organismo modello può fornire le risposte
a tutte le domande sulla vita. Gli organismi unicellu-
lari continuano a dirci molto sugli aspetti centrali dei
processi fondamentali della vita, come la replicazio-
ne cromosomica, la riparazione del DNA, la ricombi-
nazione, l’espressione genica, le vie di trasduzione del
segnale e il controllo del ciclo cellulare. Ma gli organi-
smi unicellulari non sono sufficienti per rispondere a
domande sullo sviluppo degli organismi pluricellulari
e sulla maggior parte delle malattie. Per questo vengo-
no molto utilizzati il verme nematode e il moscerino
della frutta, per scoprire come sono organizzati gli or-
ganismi pluricellulari e per i fondamenti di base di co-
me è determinato il piano di sviluppo corporeo anima-
le. Questi organismi ci forniscono anche informazioni
su molti tipi di malattie. Allo stesso modo, Arabidopsis
thaliana è stata scelta come organismo modello per lo
sviluppo delle piante.
Fra tutti, il modello più utile per lo studio delle ma-
lattie umane è il topo. Questo non è però il più sempli-
ce tra gli organismi modello. Per facilità di allevamento
e manipolazione del DNA, il topo crea molte più diffi-
coltà degli altri organismi modello. Ottenere ceppi di
topo geneticamente alterati è costoso e lungo. Ma uno
dei grandi vantaggi del topo è che il 99% dei suoi geni
ha degli omologhi nell’uomo, e tra questi ci sono anche
geni associati a malattie umane. Quindi, nonostante le
difficoltà, il topo è un modello interessante per studia-
re le malattie che ci colpiscono.
In questa Appendice presentiamo una breve pa-
noramica dei diversi organismi modello oggi in uso,
spiegando anche come hanno contribuito e continua-
no a contribuire alla nostra comprensione della vita.
Come abbiamo notato, anche molti altri organismi
hanno contribuito significativamente alla nostra com-
prensione dei processi viventi, tra cui i batteriofagi e
altri virus, Tetrahymena thermophila (un protozoo),
Schizosaccharomyces pombe (un lievito che si divide
per scissione), Xenopus laevis (un rospo), e Brachyda-
nio rerio (pesce zebra). Prima di entrare nei dettagli
di particolari organismi modello, descriviamo breve-
mente alcuni episodi di come, studiando gli organi-
smi modello e utilizzando la genomica e le tecniche
di coltura cellulare, abbiamo ampliato le nostre co-
noscenze sulle malattie umane.
 TABELLA A.1 Informazioni principali su sette organismi modello comuni
E. coli S. cerevisiae N. crassa C. elegans A. thaliana D. melanogaster M. musculus
Caratteristiche di base
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Tipo di organismo Batterio unicellulare Eucariote, fungo Eucariote, fungo Eucariote, verme Eucariote, pianta Eucariote, insetto Eucariote,
ascomicete ascomicete nematode angiosperma mammifero
unicellulare filamentoso
multinucleato
Habitat naturale Intestino Superficie delle Vegetazione morta Suolo Clima temperato Frutta marcia Abitazioni, campi
dell’animale piante globale
Dimensione 1-2 μm 4-6 μm Irregolare 1 mm 10-20 cm 2,5 mm 17 cm
Riproduzione Fissione asessuata; Asessuata, Asessuata, Sessuata, auto- e Sessuata, auto- e Sessuata, Sessuata,
a volte gemmazione formazione cross-fecondazione; cross-fecondazione accoppiamento accoppiamento
coniugazione (mitosi); sessuata, di filamenti; alcuni asessuati
sporulazione asessuata,
(meiosi) sporulazione
Tempo 20 minuti 70-90 minuti 3-4 settimane 50 ore 6 settimane 12 giorni 9 settimane
di generazione (per riproduzione
sessuata)
Condizioni Capsule Petri Capsule Petri Capsule Petri, Capsule Petri Capsule Petri Bottiglie o provette Gabbie
di crescita o colture liquide o colture liquide provette graduate o colture liquide o piccoli vassoi
o coltura liquida orticoli
Fonte alimentare Estratto di lievito Estratto di lievito, Mezzi completi o Batteri Luce, acqua, Lievito e melassa, Sostanze vegetali

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e brodo di triptoni; peptone; definiti (zuccheri, (E. coli) fonte di azoto frutta
si possono usare si possono usare sali inorganici, e altri minerali
terreni definiti terreni definiti biotina e azoto) (per esempio
fertilizzanti)
Conservazione Stock congelati Stock congelati Spore Congelati a –80 °C Semi Propagazione vitale Embrioni congelati
in glicerolo; in glicerolo; congelate-anidre
cellule liofilizzate cellule liofilizzate
(segue)
APPENDICE Organismi modello 3
 TABELLA A.1 Informazioni principali su sette organismi modello comuni (continua)
E. coli S. cerevisiae N. crassa C. elegans A. thaliana D. melanogaster M. musculus
Statistica genetica
Dimensione 4 639 675 bp 12 070 898 bp 42 900 000 bp 100 269 917 bp 119 186 997 bp 166 600 000 bp 2 729 273 687 bp
del genoma
Numero 1 (aploide) 16 (aploide); 32 7 (aploide); 14 11 (diploide, 10 (diploide) 8 (diploide) 40 (diploide)
di cromosomi (diploide) (diploide) maschio), 12
(diploide,
ermafrodita)
4 APPENDICE Organismi modello

Numero di geni 4410 6000 11 000 21 035 25 540 14 065 29 083

Geni simili all’uomo 8% 30% 6% 25% 18% 50% 99%
Nomenclatura dnaA GCN4 arg fem-3 AAO ry Cdc20
genica
convenzionale
Nomenclatura DnaA Gcn4 arg FEM-3 AAO RY Cdc20
proteica
convenzionale
Sito web www.ecocyc.org www.yeastgenome.  ww.broadinstitute. www.wormbook.org
w www.arabidopsis.org www.flybase.org www.jax.org
del genoma org org/annotation/
genome/
neurospora/

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 Per studiare le malattie umane si usano
tre metodi
Che cosa determina un infarto, il diabete, le malattie
neurodegenerative o il cancro? Come possono queste
o altre malattie essere prevenute, trattate o curate? Lo
studio degli organismi modello è in genere il primo pas-
so per comprendere i processi cellulari che possono es-
sere modificati nelle malattie umane. Usando un omo-
logo, possiamo studiare una mutazione che porta a una
malattia umana in un organismo modello e capire co-
me la mutazione alteri processi molecolari, cellulari o
dell’organismo. Inoltre, i modelli murini sono spesso
usati per valutare approcci terapeutici per le malattie,
come primo passaggio nello sviluppo di un farmaco.
Gli organismi modello sono spesso il primo passo per
la comprensione delle malattie umane, ma la genomica
umana e le colture cellulari possono fornire una com-
prensione ancora più profonda.
La disponibilità della sequenza del genoma umano
completa è stata di enorme aiuto sia per la comprensio-
ne a livello molecolare dei geni coinvolti nelle malattie
umane, che per gli studi bioinformatici sull’evoluzione
umana e sulle migrazioni (vedi Capitolo 8). Importanti
sono stati i progressi nella comprensione della genetica
delle malattie umane. In particolare, le persone cerca-
no attivamente opinioni mediche e scientifiche su una
malattia e spesso possono costruire un albero genealo-
gico familiare andando indietro per generazioni, che
può fornire informazioni sulla modalità di trasmissio-
ne della malattia. In questo testo vi sono esempi di tut-
to ciò, come l’emofilia nella famiglia reale (vedi Figura
2.27), l’anemia falciforme (vedi Approfondimento 2.1)
e l’Alzheimer a esordio rapido (vedi Figura 8.11). L’i-
dentificazione dei geni coinvolti nelle malattie umane è
un compito difficile ma importante e si sta realizzando
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APPENDICE Organismi modello 5
sempre più velocemente. La conoscenza della genetica
coinvolta nella trasmissione di una malattia può aiutare
le coppie a pianificare le loro famiglie e ad affrontare le
possibili malattie che possono essere trasmesse ai figli
o alle figlie. Per i ricercatori, la conoscenza di un gene
responsabile di una malattia può aiutare a sviluppare
un trattamento o una cura.
Un terzo modo con cui studiamo noi stessi è me-
diante la coltivazione di specifiche cellule umane in
vitro. Le cellule primarie, prese direttamente dal cor-
po e poi cresciute in coltura, muoiono di norma in 40
(o meno) generazioni. Ma le cellule ottenute dal tes-
suto tumorale hanno un controllo della crescita al-
terato e spesso possono essere fatte crescere per un
indefinito numero di generazioni; sono dette, quin-
di, “immortalizzate”. A volte le cellule possono esse-
re perfino rimosse dal tessuto normale e poi immor-
talizzate in coltura mediante l’infezione con partico-
lari virus. Con questi e altri mezzi, vengono cresciu-
ti e mantenuti in coltura molti tipi diversi di cellule
di tessuti umani, tra cui gli epatociti (fegato), le cel-
lule renali (rene), i fibroblasti (pelle), le cellule gliali
(tessuto nervoso), i linfociti (sangue) e i miociti (mu-
scoli). Analizzando le cellule cancerose e gli agenti
di trasformazione, abbiamo anche imparato molto
sui geni coinvolti nel cancro (vedi Approfondimento
12.1). Gli studi di colture cellulari di cellule umane
e di altri primati hanno fornito importanti informa-
zioni sui recettori di superficie, sul traffico proteico,
sull’infezione virale e sulla riproduzione cellulare. Le
cellule umane possono anche essere fatte crescere in
quantità idonee agli studi biochimici (vedi Capitolo
7). Gli studi recenti nel campo della ricerca sulle cel-
lule staminali sono promettenti per il trattamento di
molte malattie e per lo sviluppo di tessuti sostitutivi
(vedi Capitolo 22).
6 APPENDICE Organismi modello
Batterio, Escherichia coli
Escherichia coli è un batterio
unicellulare, che risiede nor-
malmente nell’intestino ani-
male e in genere non è danno-
so, anche se esistono rare va-
rietà tossiche. E coli è piccolo
Janice Haney Carr/CDC
(microscopico), si riproduce
velocemente per scissione, for-
mando colonie di cloni sulle piastre di agar, producendo
decine di milioni di cellule in un giorno e può crescere
anche sui mezzi liquidi, producendo un numero incre-
dibile di cellule figlie, una caratteristica importante per
studi di eventi genetici rari. E. coli ha un solo cromoso-
ma circolare, e studiare i mutanti è molto più facile in un
organismo aploide che diploide, perché non ci sono ge-
ni dominanti a mascherare la mutazione. Fenotipi mu-
tanti comuni sono la resistenza ai batteriofagi, la capa-
cità di crescere su alcune fonti di carbonio, la resisten-
za agli antibiotici e la dimensione e forma della colonia.
E. coli fornisce anche una ricca e uniforme fonte di ma-
teriale di partenza per studi biochimici. Quindi, lo stu-
dio di E. coli combina la forza della genetica con il pote-
re della biochimica per comprendere i processi vitali a
livello molecolare.
E. coli non è un eucariote e quindi ha poca omologia
con gli uomini. Questo limita la sua utilità nello studio di
tutti i processi tranne di quelli cellulari di base. Per esem-
pio, E. coli è privo di nucleosomi e nella maggior parte le
sue proteine non sono modificate. Le proteine eucarioti-
che espresse in E. coli trasformato a volte non funzionano,
perché richiedono modificazioni post-traduzionali che il
batterio non riesce a compiere.
 I primi studi con E. coli come organismo
modello
L’unione della biochimica e della genetica rese E. coli
una ricca risorsa per la scoperta di nuove informazio-
ni. Il famoso “test di fluttuazione” di Salvador Luria e
Max Delbruck nel 1943 dimostrò che E. coli muta spon-
taneamente per diventare resistente al batteriovirus a e
trasmette questa resistenza al fago alla nuova progenie,
rendendo quindi E. coli un sistema modello per com-
prendere la natura e la funzione dei geni. La scoper-
ta da parte di Joshua Lederberg e Edward Tatum che
E. coli va incontro a una sorta di incrocio e crossing over
(coniugazione del DNA mediata dal plasmide F) rende
possibile lo scambio del DNA e i saggi di complemen-
tazione e rende E. coli un valido modello per la geneti-
ca. Nel 1952, Alfred Hershey e Martha Chase usarono
E. coli per dimostrare che il DNA è il materiale genetico
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del fago T2 (vedi Capitolo 2, Come è stato scoperto). Nel
1958, Matthew Meselson e Frank Stahl selezionarono E.
coli per i loro studi, per dimostrare che la replicazione
del DNA avviene con un meccanismo semiconservativo
(vedi Figura 11.1). Nello stesso anno, Arthur Kornberg e
i suoi collaboratori pubblicarono i risultati sulla purifi-
cazione e la caratterizzazione della prima DNA polime-
rasi scoperta (vedi Capitolo 11, Come è stato scoperto).
Francis Crick e Sydney Brenner usarono la genetica
di E. coli per stabilire la tripla natura del codice genetico
nel 1961. Nel 1966 il codice genetico era stato descritto da
Marshall Nirenberg, Heinrich Matthaei, Gobind Khorana
e i loro collaboratori, usando oligonucleotidi sintetici ed
estratti di E. coli (vedi Capitolo 17). Il lavoro di François
Jacob e Jacques Monod con gli studi dettagliati dell’ope-
rone lac aveva aperto un’era completamente nuova della
ricerca sulla regolazione genica (vedi Capitolo 20 e Capi-
tolo 5, Come è stato scoperto). L’identificazione di plasmi-
di in E. coli e delle tecniche per maneggiarli ci ha portato
nell’era della tecnologia del DNA ricombinante. I plasmi-
di continuano a essere degli strumenti meravigliosi per le
biotecnologie, dal valore ancora incommensurabile (ve-
di Capitolo 7).
 Ciclo vitale
Come la maggior parte dei batteri, E. coli si riproduce
per scissione binaria (Figura A.1). Man mano che la cel-
lula cresce, percepisce quando ha raggiunto la dimen-
sione giusta per iniziare la replicazione. I cromosomi
duplicati si distribuiscono ai poli opposti della cellula.
La citochinesi divide la cellula a metà, formando due
cellule figlie, ciascuna delle quali contiene un cromo-
soma identico. L’intero processo richiede solamente 20
minuti circa a 37 °C, la temperatura corporea media dei
mammiferi. Quindi in appena 24 ore su una piastra Pe-
tri contenente un mezzo completo si forma una colonia
grande e visibile, con milioni di batteri identici. Grosse
quantità di E. coli possono essere cresciute anche in una
coltura liquida in un giorno.
 Tecniche genetiche
Per una descrizione completa di molte di queste tecniche
vedi Capitolo 7.
Mutagenesi La frequenza di mutazione in E. coli può es-
sere aumentata con sostanze chimiche o con la luce UV.
Le cellule mutanti possono essere selezionate in base al
fenotipo oppure ricercate mediante piastratura delle re-
pliche su mezzi di coltura diversi.
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E. coli
DNA
Il ciclo Replicazione
si ripete del DNA
Formazione
delle cellule
figlie
Citochinesi Separazione
dei filamenti di DNA
FIGURA A.1 Il ciclo vitale di Escherichia coli.
Plasmidi E. coli possiede molti plasmidi naturali che pos-
sono portare del DNA estraneo nella cellula. Questi pla-
smidi sono utili ai ricercatori per far esprimere delle pro-
teine, come vettori navetta, o per costruire e sequenzia-
re grossi genomi.
Introduzione di DNA Mediante trasformazione chimica
o con l’elettroporazione, E. coli può essere reso in grado
di accettare del DNA estraneo. Le cellule trasformate con
un plasmide contenente un gene per la resistenza all’an-
tibiotico possono essere selezionate e mantenute aggiun-
gendo l’antibiotico al mezzo di coltura.
Knockout genico I plasmidi privi di un’origine di replica-
zione ma contenenti un gene che conferisce resistenza a
un antibiotico possono essere selezionati per essere inte-
grati in un cromosoma batterico. L’integrazione di norma
viene ottenuta con la ricombinazione omologa, utile per
la delezione genica, o knockout.
Complementazione Questa tecnica viene spesso utilizza-
ta per dimostrare che una mutazione si trova in un gene
particolare e consiste nell’aggiunta di un gene wild-type
che ristabilisca la funzione. L’analisi di complementazio-
ne delle cellule mutanti può essere effettuata con plasmi-
di che contengono una copia wild-type del gene d’interes-
se. L’analisi di complementazione di mutazioni sconosciu-
te spesso utilizza una libreria di plasmidi genomici. I clo-
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APPENDICE Organismi modello 7
ni positivi (cellule che sopravvivono in condizioni in cui il
mutante non sopravvive) possono poi essere sequenziati
per identificare il gene di complementazione.
Espressione di una proteina ricombinante La crescita ve-
loce e non costosa di E. coli fa di questo organismo il vei-
colo più ampiamente usato per l’espressione e la purifica-
zione di proteine estranee. Queste in genere sono espresse
da geni posti su plasmidi presenti in un elevato numero
di copie. L’espressione è indotta usando elementi di rego-
lazione derivanti da promotori ben noti di E. coli e di fagi.
 E. coli come organismo modello ai nostri giorni
Macchine multiproteiche Gli studi biochimici e struttura-
li stanno oggi descrivendo i dettagli atomici di strutture e
processi di trasferimento dell’informazione che un tempo
erano sconosciuti. Tra questi ci sono la struttura e la fun-
zione dell’apparato di replicazione del DNA, delle protei-
ne di riparazione e ricombinazione del DNA, della rego-
lazione dell’RNA polimerasi e della struttura e della chi-
mica del ribosoma. Queste strutture e processi multipro-
teici si trovano sia nei batteri che negli eucarioti, ma sono
esemplificati nella semplice cellula di E. coli.
Studi citologici I processi possono essere visualizzati nel-
le cellule viventi di E. coli grazie all’uso di proteine di fu-
sione fluorescenti. Per esempio, studi recenti di questo ti-
po hanno permesso di rilevare le proteine coinvolte nella
replicazione del cromosoma e il loro movimento lungo il
cromosoma durante la replicazione.
Tecnologia del DNA ricombinante E. coli detiene una po-
sizione centrale nella tecnologia del DNA ricombinante.
I suoi plasmidi sono ampiamente usati come vettori na-
vetta per amplificare e mantenere le librerie di DNA di al-
tri organismi. E. coli è ancora uno dei veicoli più utilizzati
per l’espressione e la purificazione di proteine estranee.
Biologia dei sistemi Il suo genoma piuttosto piccolo fa
di E. coli un sistema interessante in cui tentare studi di
biologia dei sistemi. Sono stati costruiti chip di DNA per
esaminare la risposta di ogni trascritto in molte condizio-
ni diverse. La funzione di circa il 35% dei geni di E. coli è
ancora sconosciuta e una raccolta genomica di knockout
dei geni di questo batterio sta permettendo di assegnare
una funzione a questi geni e di identificare nuove reti di
interazioni geniche.
8 APPENDICE Organismi modello
Lievito gemmante, Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae è un fun-
go ascomicete microbico, usato
per secoli dagli uomini per fare il
pane, la birra e il vino. General-
mente gli scienziati lo chiamano
Alamy
lievito gemmante, ma è detto an-
che lievito del pane, lievito di bir-
ra o semplicemente lievito. Il lievito ha molte caratteristi-
che che lo rendono adatto come organismo modello. È un
organismo unicellulare aploide, si riproduce velocemen-
te nei terreni liquidi, forma colonie clonali sulle piastre di
agar e può essere conservato congelato. Come per E. coli,
queste caratteristiche fanno del lievito un eccellente or-
ganismo modello per studiare la genetica e la biochimica
di processi vitali fondamentali, come la replicazione, la
trascrizione e la traduzione. Però, a differenza di E. coli, il
lievito è un eucariote dotato di tutti gli organelli intracel-
lulari, come i mitocondri e il nucleo, ha il DNA compatta-
to nella cromatina e una struttura citoscheletrica. Quin-
di S. cerevisiae è un modello adatto per studiare meccani-
smi unici degli eucarioti, come il controllo del ciclo cellu-
lare, la regolazione delle proteine mediante fosforilazio-
ne, la struttura cromosomica e la funzione mitocondriale.
Il genoma di S. cerevisiae è lungo solamente 12 Mbp
e contiene circa 6000 geni. Contiene anche omologhi di
molti geni umani responsabili di malattie e questo lo ren-
de un modello per la comprensione delle funzioni di ba-
se dei prodotti genici coinvolti in alcune malattie; inol-
tre questi omologhi indicano come alcune malattie uma-
ne derivino dalla distruzione di processi vitali piuttosto
semplici e fondamentali. Però, il lievito unicellulare non
serve come modello di sviluppo e le molte malattie uma-
ne che derivano da mutazioni che provocano difetti dello
sviluppo non possono essere studiate nel lievito, limitan-
done l’utilità nella ricerca medica.
La natura aploide del lievito rende possibili alcuni utili
studi di mutazione. Il lievito viene anche facilmente tra-
sformato con il DNA esogeno. Il DNA si integra frequente-
mente nel cromosoma per ricombinazione omologa, ren-
dendo possibile la costruzione di ceppi knockout per un
gene specifico. La facilità della genetica, unita alla facili-
tà di crescita, fa di S. cerevisiae, come di E. coli, un organi-
smo modello che combina perfettamente gli studi gene-
tici con quelli biochimici.
 I primi studi con il lievito come organismo
modello
Il lievito è stato un organismo modello per più di cen-
to anni e, di fatto, ha dato origine alla biochimica mo-
derna. Louis Pasteur dimostrò che il lievito fermenta lo
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zucchero ad alcool e CO2, e stabilì che la fermentazione
è una forza vitale che non può essere separata dagli or-
ganismi viventi. Nel 1897, Eduard Buchner notò casual-
mente che un estratto di cellule di lievito fermentava e
chiamò la sostanza fermentante “zimasi”. Studi succes-
sivi dimostrarono che la zimasi era di fatto una misce-
la di molti enzimi differenti. Il suffisso –asi è usato per
molti nomi di enzimi anche oggi.
 Ciclo vitale
Il lievito gemmante può esistere sia allo stato aploide che
diploide (Figura A.2). Entrambe le cellule aploidi e diploi-
di si possono riprodurre asessualmente per gemmazione.
Il sesso in S. cerevisiae è determinato dai prodotti del ge-
ne del locus del tipo sessuale (MAT), per il quale esistono
due alleli, a e a (vedi Figura 13.22). Aploidi di tipi sessua-
li diversi possono essere incrociati per formare dei diploi-
di piastrandoli insieme. Il lievito diploide a/a può essere
convertito allo stato aploide in terreni che lo inducono a
sporulare, andando incontro a meiosi per produrre quat-
tro spore aploidi contenute in un asco. La tetrade di spore
può essere dissezionata con un micromanipolatore e cia-
scun fenotipo aploide può essere analizzato dopo che le
spore sono cresciute formando delle colonie.
 Tecniche genetiche
Mutagenesi Gli studi mutazionali in S. cerevisiae sono
semplificati dalla sua capacità di crescere come aploi-
de. Il lievito può essere replicato su piastra per studiare
i fenotipi mutanti per la capacità di crescere su fonti di
carbonio differenti e per cercare la presenza di geni le-
tali condizionali (per esempio geni che, se mutati, per-
mettono all’organismo di crescere solamente a partico-
lari temperature).
Complementazione Il lievito aploide può essere incrocia-
to per produrre cellule diploidi per l’analisi di complemen-
tazione dei mutanti aploidi. Le mutazioni nei geni essen-
ziali possono essere mantenute portandoli allo stato di-
ploide. Quando un diploide con una mutazione in un ge-
ne essenziale va incontro a sporulazione, due delle quat-
tro spore non saranno vitali. L’isolamento di tutti e quattro
i prodotti della meiosi in un asco è utile per l’analisi della
ricombinazione durante la meiosi.
Introduzione del DNA Il DNA può essere introdotto in S.
cerevisiae per abrasione chimica o fisica della spessa pa-
rete cellulare. Il DNA lineare, con un marcatore selezio-
nabile ed estremità omologhe al cromosoma, s’integra fa-
© 978-88-08-19531-9
Tetrade di spore
a 
a 
a   Il lievito come organismo modello ai nostri
Asco di
S. cerevisiae
Sporulazione
(meiosi)
a a 
a 
Gemmazione Gemmazione
aploide
(mitosi)
a 
a

a/
a/ Gemmazione
diploide a/ di forma nelle diverse fasi del ciclo cellulare. L’accumulo di
a/ (mitosi)
a/
a  ghi di molti dei geni del ciclo cellulare scoperti nel lievito.
Incrocio
FIGURA A.2 Il ciclo vitale di Saccharomyces cerevisiae.
cilmente nel genoma per ricombinazione omologa. Que-
sta configurazione può portare le estremità a ricombinare
con le sequenze a loro omologhe nel cromosoma di lievi-
to, sostituendo il gene d’interesse con un marcatore sele-
zionabile e distruggendo il gene.
Marcatori selezionabili La selezione nel lievito è effettua-
ta principalmente con gli auxotrofi, ceppi che sono privi di
un gene che codifica un enzima di una via della biosintesi
degli amminoacidi e quindi richiedono quell’amminoaci-
do per crescere. Le cellule vengono fatte crescere in mez-
zi definiti privi di quell’amminoacido ora essenziale. Sola-
mente le cellule che hanno acquisito il marcatore e quindi
sono in grado di sintetizzare l’amminoacido a partire da
materiale grezzo sopravviveranno. Per la selezione posso-
no anche essere usati marcatori di resistenza ai farmaci.
Plasmidi Il DNA può anche essere mantenuto nel lievito
come plasmide circolare, usando una fra le tante origini
cromosomiche note come ARS (autonomously replicating
sequence, sequenza di replicazione autonoma). Gli YAC
(yeast artificial chromosome, cromosomi artificiali di lievi-
to) possono mantenere inserti molto grandi (da 300 kbp
a 1 Mbp), e questo è utile nei progetti di sequenziamento
M.M. Cox, J.A. Doudna, M. O'Donnell, Biologia molecolare © 2013 Zanichelli editore
APPENDICE Organismi modello 9
del genoma (vedi Figura 7.7). Inoltre, S. cerevisiae è dota-
to di un plasmide naturale di 2 m che può essere usato per
mantenere nella cellula il DNA esogeno.
giorni
Meccanismi fondamentali di trasmissione dell’informa-
zione La struttura semplice e unicellulare, la capacità di

crescere in grandi quantità per studi biochimici e la faci-
lità della manipolazione genetica, tutto ciò rende il lievito
aploide ideale per lo studio di meccanismi dettagliati dei proces-
(mitosi)
si fondamentali, quali la replicazione, la regolazione ge-

nica, la riparazione del DNA, la trascrizione, la traduzio-
ne e la ricombinazione.
Il ciclo di divisione cellulare Quando il lievito si divide, la
gemma è visibile al microscopio così come i cambiamenti
cellule mutate, bloccate nella fase gemmante, è stato usato
come fenotipo tramite il quale identificare diversi mutan-
ti del ciclo cellulare (cdc), utili per la dissezione genetica
e biochimica del ciclo cellulare. Gli uomini hanno omolo-
Le vie di trasduzione del segnale Il lievito è un model-
lo per lo studio delle vie di trasduzione del segnale, come
quelle coinvolte nelle risposte di accoppiamento ai fero-
moni prodotti da cellule di tipi sessuali opposti.
Ricombinazione meiotica Dato che S. cerevisiae produce
un asco con quattro spore derivanti da una sola cellula, i
ricercatori possono seguire gli eventi che avvengono du-
rante la meiosi. Questo ha portato a modelli molecolari
dettagliati della ricombinazione meiotica.
Biologia dei sistemi Uno degli scopi della biologia dei si-
stemi consiste nel comprendere la maggior parte delle in-
terazioni genetiche, fisiche e molecolari dei 6000 geni di
lievito. Allo stesso modo lo studio delle interazioni geneti-
che tra i knockout di questi geni sta portando alla scoperta
di nuove vie. Gli approcci proteomici sono stati usati per le
prime volte nel lievito. È stato determinato il numero del-
le copie intracellulari di quasi tutte le proteine di lievito
su tutto il genoma. Sono state determinate anche le inte-
razioni proteina-proteina e proteina-RNA a livello globa-
le, usando le tecniche del doppio ibrido e del triplo ibrido
(vedi Capitolo 7) e la spettrometria di massa dei comples-
si proteici. Gli studi di biologia cellulare sono facilitati da
una libreria di marcatori proteici fluorescenti posti, nel
genoma di lievito, in ogni cornice di lettura aperta. Inol-
tre, il lievito è usato come sistema di espressione proteica
per lo studio di geni esogeni.
10 APPENDICE Organismi modello
Muffa del pane, Neurospora crassa
La muffa del pane, Neurospo-
ra crassa, è un fungo ascomice-
te filamentoso. È stato uno dei
primi microrganismi eucarioti-
ci utilizzato per studi genetici.
Woodfall Wild Images/Photoshot
All’incirca il 75% di tutti i fun-
ghi è ascomiceto; la restante
parte è data dai basidiomiceti (funghi). Circa il 90% de-
gli ascomiceti è filamentoso (ovvero multinucleato, co-
me spiegato meglio di seguito), mentre il resto è costi-
tuito da lieviti unicellulari. Il genoma di N. crassa (spes-
so detto semplicemente Neurospora) è dato da circa 43
Mbp e 11 000 geni, paragonabile al moscerino della frut-
ta per complessità genomica.
La lotta tra funghi filamentosi e batteri ha prodotto
importanti antibiotici, inclusa la penicillina. Queste mo-
lecole organiche complesse non si trovano da nessuna al-
tra parte in natura e, in accordo con ciò, più del 40% dei
geni di Neurospora non ha una controparte simile in nes-
sun altro organismo studiato. La nicchia ecologica occu-
pata dai funghi filamentosi comprende molti tipi di ma-
teriali biologici in decomposizione. Questo può spiegare
perché Neurospora può crescere su fonti di carbonio e azo-
to insolite, il che probabilmente si riflette nella presenza
di altri geni insoliti.
Una caratteristica unica di Neurospora è la disposi-
zione delle spore prodotte dalla meiosi di un solo nu-
cleo diploide nell’apposito involucro (asco). Le spore
sono disposte linearmente nell’ordine in cui sono sta-
te prodotte con le divisioni meiotiche. Con la possibili-
tà di separare le spore precisamente e di studiarle sin-
golarmente, i ricercatori hanno un modello ideale per
l’analisi della ricombinazione meiotica. Neurospora è in-
teressante anche per lo studio di numerosi meccanismi
di silenziamento genico, alcuni dei quali esistono anche
negli eucarioti pluricellulari.
 I primi studi con Neurospora come organismo
modello
All’inizio Neurospora è stato un modello importante per il
suo stato aploide, la sua crescita veloce, la produzione di
milioni di spore per colonia e la facilità di coltura su ter-
reni semplici e definiti. Negli anni Quaranta, la capacità
di sintetizzare tutte le biomolecole essenziali a partire da
terreni di coltura dalla composizione nota ha velocemen-
te portato Neurospora alla ribalta, come modello ideale in
cui studiare la genetica delle vie metaboliche conservate
in tutte le cellule. Un’importante nota storica è stato l’uso
di Neurospora da parte di George Beadle e Edward Tatum
negli studi che hanno portato all’ipotesi “un gene-un po-
M.M. Cox, J.A. Doudna, M. O'Donnell, Biologia molecolare © 2013 Zanichelli editore
© 978-88-08-19531-9
lipeptide”. Questo lavoro ha dato l’avvio a una nuova era
della genetica molecolare e all’uso dei microrganismi in
studi di genetica (vedi Figura 2.23).
 Ciclo vitale
Il ciclo vitale asessuato di Neurospora inizia con le spore
aploidi rilasciate dai microconidi e dai macroconidi (Figu-
ra A.3, in alto). Quando la spora aploide germina, dall’e-
stremo in crescita si allunga una proiezione tubolare che
porta alla formazione di un micelio, contenente le ife ra-
mificate. La crescita avviene mediante la replicazione e
divisione dei nuclei aploidi e non è accompagnata dalla
formazione di setti cellulari. La crescita è veloce, fino a 10
cm in un solo giorno. Sulle piastre Petri, la rete compatta
di filamenti produce una colonia. Di fatto questa rete di
ife in una colonia è essenzialmente una sola grande cel-
lula continua, con molti nuclei aploidi. La colonia aploi-
de sporula formando i sacchi dei conidi e una colonia può
produrre milioni di spore.
Due diversi alleli del gene del tipo sessuale, MATA
e MATa, controllano il ciclo sessuale di Neurospora. Le
spore contengono l’allele MATA o MATa e il contatto
tra le colonie dei diversi tipi sessuali porta alla fusione
della parete cellulare seguita dalla fusione dei nuclei
aploidi. I nuclei diploidi ottenuti vanno velocemente
incontro a divisioni meiotiche e ogni nucleo diploide
produce quattro spore aploidi in un asco (Figura A.3,
in basso). Le spore aploidi vanno incontro a un’altra di-
visione mitotica, producendo otto spore disposte secon-
do la loro origine cellulare, e s’impilano in fila all’inter-
no di un asco lungo e sottile. Più aschi sono contenuti in
una struttura detta peritecio. Ogni spora nel peritecio
è aploide e può formare un’altra colonia di Neurospora.
Ci vogliono circa 3-4 settimane per passare da spora, a
ifa aploide, a nuclei diploidi, e per tornare indietro alla
produzione di spore.
 Tecniche genetiche
Mutagenesi Neurospora può essere mutagenizzata trat-
tando le spore con radiazioni ionizzanti. Le spore irradia-
te vengono fatte germinare in un terreno completo e la-
sciate sporulare, producendo una grande quantità di spo-
re. Le spore possono essere poi analizzate per la presen-
za di mutazioni.
Introduzione del DNA Neurospora assume facilmente il
DNA del plasmide esogeno grazie al meccanismo di tra-
sformazione. Il DNA deve integrarsi nel genoma per poter
essere ereditato stabilmente. L’antibiotico igromicina può
© 978-88-08-19531-9 APPENDICE Organismi modello 11

Asessuato (aploide)
Macroconidi (multinucleati)
e microconidi (uninucleati)
Dispersione
tation; mutazione puntiforme indotta dalla ripetizione).
La RIP avviene nei nuclei aploidi delle cellule premitoti-
che; il DNA ripetuto viene cercato e distrutto mediante
l’introduzione di transizioni da GC a AT, su entram-
be le copie del gene duplicato. Questo processo porta di
fatto a un ceppo knockout.

Sporulazione Non appena i cromosomi di Neurospora se-

Micelio gregano durante la meiosi, le cellule figlie si dispongono
linearmente su un asse lungo. La frequenza di crossing
over può essere usata per mappare la distanza di un locus
allelico mutante dal centromero.
Germinazione
Sessuato (diploide)  Neurospora come organismo modello ai nostri
Il contatto tra colonie MATA Singolo giorni
e MATα produce cellule diploidi asco
con 8
spore Ricombinazione meiotica Come abbiamo visto, Neuro-
Meiosi 1 Meiosi 2 Mitosi aploidi spora, a partire da un solo evento meiotico, impacchetta
2n n
le proprie spore con una disposizione (nell’asco) che ri-
a
a
specchia l’ordine di segregazione cromosomica durante
a la meiosi. Questa caratteristica rende Neurospora un siste-
a ma interessante per gli studi di ricombinazione da cros-
A
A sing over durante la meiosi.
A
A Ritmi circadiani Neurospora segue un ritmo circadiano
Sviluppo dell’asco Peritecio con più aschi giornaliero nella formazione delle spore dei conidi. Que-
ste sono visibili a occhio nudo e, quindi, il fenotipo di un
FIGURA A.3 Il ciclo vitale di Neurospora crassa. [Fonte: comportamento ritmico può essere studiato nelle piastre
(Micelio) da Neurospora: Contributions of a Model Organism by Petri o in tubi graduati, lunghe provette in cui si può mi-
Roland Davis. © 2000 Oxford University Press, Inc. Fotografia surare la crescita rapida delle ife. Perché esista questo rit-
per gentile concessione di Matthew L. Springer, University
of California, San Francisco. (Germinazione) M. G. Roca et mo in Neurospora non è chiaro, ma è un modello utile per
al., Eukaryot. Cell 4: 911-919, 2005. (Asco singolo) Per gentile la comprensione delle basi molecolari del comportamen-
concessione di Namboori B. Raju, Stanford University. (Peritecio) to ritmico.
Per gentile concessione di Louise Glass.]
Meccanismi di silenziamento Neurospora è dotata di al-
meno tre meccanismi di silenziamento diversi, che pro-
babilmente si sono evoluti come difese genomiche con-
essere usato per selezionare la Neurospora con un transge- tro il DNA invasore, come i trasposoni e i virus. Il silen-
ne. A differenza del lievito, l’inserzione del DNA in Neu- ziamento meiotico è un processo tramite il quale un gene
rospora avviene raramente per ricombinazione omologa; non appaiato, rilevato durante la meiosi, viene silenziato.
l’inserzione è più spesso casuale e senza alcun bersaglio. L’inibizione detta “quelling” avviene nelle cellule aploidi
e rivela le sequenze duplicate. La RIP rivela le sequenze
Knockout genico Il modo per produrre uno specifico duplicate subito prima della meiosi, mutando da GC ad
knockout in Neurospora è insolito. Con un processo a AT entrambe le copie della sequenza duplicata. Il silen-
quanto pare specifico di questo organismo, una cellula ziamento meiotico e la RIP sembrano essere meccanismi
con un gene duplicato, quando viene incrociata va in- specifici di Neurospora, mentre il quelling sembra essere
contro a un processo detto RIP (repeat-induced point mu- correlato all’interferenza da RNA.

M.M. Cox, J.A. Doudna, M. O'Donnell, Biologia molecolare © 2013 Zanichelli editore
12 APPENDICE Organismi modello
Nematode, Caenorhabditis elegans
I piccoli microrganismi unicel-
lulari, come E. coli e il lievito, so-
no modelli di incredibile succes-
so per lo studio a livello cellulare
Per gentile concessione di Wormatlas
(www.wormatlas.org). della chimica fondamentale dei
processi vitali, ma per studiare
la complessità dello sviluppo e del sistema nervoso servo-
no modelli pluricellulari. Nel 1960, Sideny Brenner si re-
se conto che era il momento di porsi delle domande sul
sistema nervoso e su come un organismo pluricellulare si
formi a partire da una sola cellula. Brenner decise di usa-
re come modello per studiare questi argomenti un verme
nematode, un piccolo metazoo traslucido.
Caenhorabditis elegans è un membro della famiglia
Rhabditidae dei nematodi, ma, a differenza di altri mem-
bri della famiglia, non è patogeno o parassita di altri ani-
mali. C. elegans è una buona scelta come modello di svi-
luppo animale perché cresce velocemente e, in funzione
della temperatura, si può sviluppare da uovo ad adulto
sessualmente maturo in 21/2-31/2 giorni. I vermi sono facili
da crescere su piastre di agar con E. coli come fonte di nu-
trimento, e possono perfino essere congelati per una con-
servazione a lungo termine. Gli ermafroditi di C. elegans si
possono autofecondare, una caratteristica che permette di
ottenere velocemente mutanti omozigoti a partire da una
popolazione di vermi mutagenizzati. I maschi, che si for-
mano in piccola percentuale, possono accoppiarsi con gli
ermafroditi, formando dei ceppi con nuove combinazioni
di mutanti, un aspetto essenziale di qualunque organismo
modello genetico. Inoltre, C. elegans è trasparente, e que-
sto permette di vedere ogni cellula durante lo sviluppo.
Anche se l’ermafrodita contiene solamente 959 cellule so-
matiche, il nematode è molto complesso ed è dotato di un
sistema nervoso, di muscoli, di sistemi digestivi e riprodut-
tivi e mostra una serie di comportamenti utili per gli studi
di genetica neurologica. Ciascun verme produce centinaia
di discendenti, permettendo la ricerca di mutanti per tut-
ti i tipi di cambiamenti morfologici e comportamentali.
 I primi studi con C. elegans come organismo
modello
Per porre le fondamenta degli studi sullo sviluppo di un
organismo pluricellulare, Brenner e altri hanno mappa-
to la posizione di tutte le 959 cellule presenti nel verme
ermafrodita, ricostruendo immagini tratte da fettine di
tessuto. Durante lo sviluppo, ciascuna cellula migrato-
ria si muove verso una posizione precisa nell’animale.
Ulteriori studi hanno portato i ricercatori a scoprire che
circa il 12% delle cellule muore sempre durante lo svi-
luppo e che la morte cellulare è programmata genetica-
M.M. Cox, J.A. Doudna, M. O'Donnell, Biologia molecolare © 2013 Zanichelli editore
© 978-88-08-19531-9
mente. Oggi sappiamo che la morte cellulare program-
mata è importante per lo sviluppo di organismi superio-
ri, tra cui l’uomo, e che difetti in questo processo posso-
no portare allo sviluppo del cancro.
Uno dei primi esempi di C. elegans come modello di svi-
luppo è dato dagli studi sulla vulva. Lo sviluppo di questo
organo di 22 cellule è stato studiato intensamente, perché
le sue singole cellule sono facilmente visibili al microsco-
pio. Le ricerche per identificare i difetti nello sviluppo del-
la vulva sfruttano il fatto che le uova fecondate nell’utero
devono essere deposte nella vulva per poi schiudersi al di
fuori del corpo. Se la vulva ha difetti di sviluppo, le uova
non possono essere depositate e si schiudono all’interno.
Il microscopio evidenzia molti vermi interni alla madre (a
volte si parla di “un sacco di vermi”). Utilizzando questo
evidente fenotipo mutato, i ricercatori hanno identifica-
to molti geni che controllano lo sviluppo della vulva, tra
cui geni appartenenti a una via di fosforilazione conser-
vata che controlla la crescita cellulare. Gli omologhi di al-
cuni di questi geni nei mammiferi codificano soppressori
tumorali e oncogeni.
La morte cellulare programmata nello sviluppo di
C. elegans porta alla morte di una delle due cellule della
progenie che derivano dalla divisione cellulare durante di-
versi stadi di sviluppo. Questo meccanismo è essenziale
in diversi stadi dello sviluppo affinché la progenie cellu-
lare sopravvissuta si sviluppi correttamente. In C. elegans
ci sono numerosi esempi di morte cellulare programma-
ta, molti dei quali avvengono durante lo sviluppo del si-
stema nervoso. La morte cellulare programmata è impor-
tante anche nello sviluppo embrionale umano, come, per
esempio, nella rimozione di tessuto tra le dita.
 Ciclo vitale
In C. elegans ci sono due sessi, ermafrodita e maschio.
Gli ermafroditi sono dotati di due copie del cromosoma
X. Una piccola percentuale di cellule germinali dell’er-
mafrodita (dallo 0,05% all’1,0%) va incontro a una non-
disgiunzione dei cromosomi X durante la meiosi, forman-
do dei gameti detti gameti X-nulli, e quindi una progenie
(maschile) X0. Gli ermafroditi sono molti di più dei ma-
schi e quindi la maggior parte della progenie è prodot-
ta per autofecondazione, la quale in genere dà origine a
200-300 uova fecondate che vanno incontro a un ciclo vi-
tale a più stadi (Figura A.4). Dopo l’embriogenesi, che ri-
chiede circa 12 ore a 25 °C, le uova si schiudono, produ-
cendo delle larve lunghe 80 mm. La larva iniziale contiene
558 cellule. Lo sviluppo procede attraverso quattro stadi
larvali (da L1 a L4) separati da mute. La muta finale por-
ta a vermi adulti sessualmente maturi. L’intero processo
© 978-88-08-19531-9 APPENDICE Organismi modello 13

di inserimento casuale di un trasposone. L’integrazione del

Uovo DNA in un gene d’interesse può essere cercata median-
te PCR usando un primer interno al trasposone e un altro
25˚C primer che ibrida con il gene in esame.
L1
Adulto (12 h)
Interferenza da RNA L’interferenza da RNA, originaria-
Dauer mente scoperta nel nematode, può essere usata per silen-
ziare la funzione di un gene introducendo RNA a doppio
filamento omologo al gene in esame (vedi Capitolo 22).
L2
L4 (7 h)  C. elegans come organismo modello ai nostri
(9 h)
giorni
L3 (7 h)
Vie di trasduzione del segnale La morte cellulare pro-
FIGURA A.4 Il ciclo vitale di Caenorhabditis elegans. [Fonte: grammata e lo sviluppo della vulva utilizzano vie di tra-
(Uovo) Center for Cell Dynamics. (L1-L4 e Dauer) ristampato sduzione del segnale che sono utili modelli per le vie di
per gentile concessione di Wormatlas (www.wormatlas.org). segnalazione umane. Gli studi eseguiti sullo sviluppo di
(Adulto) Per gentile concessione di Ian Chin-Sang, PhD, Queen’s C. elegans continuano a rivelare caratteristiche importan-
University, Kingston, Ontario.]
ti di questi processi.

Malattie umane C. elegans ha molti geni omologhi a geni

richiede circa 52 ore a 25 °C. Gli adulti vivono approssi-
umani responsabili di malattie, compresi quelli che appar-
mativamente 15 giorni. In condizioni di stress, le larve L2
tengono alla via del segnale dell’insulina, così come i geni
possono entrare in una fase dormiente, la larva “dauer”
coinvolti nelle malattie cardiache, renali e neurologiche.
che può sopravvivere per diversi mesi, aspettando che le
Lo studio di questi geni dovrebbe portare a comprendere
condizioni migliorino.
le basi delle malattie umane.
 Tecniche genetiche
Invecchiamento Gli studi genetici della larva dauer hanno
portato a identificare una serie di geni che, quando ven-
Mutagenesi I vermi possono essere mutagenizzati con
gono attivati nell’adulto, aumentano significativamente
trattamenti chimici o irradiazioni. I vermi mutanti posso-
la durata della vita del verme. La presenza di omologhi di
no essere osservati direttamente al microscopio, per cerca-
questi geni in altri animali ha ovvie implicazioni nello stu-
re la presenza di alterazioni fenotipiche che determinano
dio dell’invecchiamento.
un comportamento o uno sviluppo aberrante, l’incapacità
di alcune cellule di andare incontro a morte cellulare pro-
Controllo dell’espressione genica basato sull’RNA Gli
grammata, un’aspettativa di vita modificata, l’incapacità
studi sull’interferenza da RNA (scoperti per la prima
delle larve di entrare nello stadio dauer.
volta nel nematode) hanno portato a identificare dei
miRNA coinvolti nell’espressione genica. Infatti, è noto che i
Autofecondazione e fecondazione incrociata L’autofe-
miRNA possono regolare l’espressione genica sia nelle
condazione porta da un solo ermafrodita a circa 300 di-
piante che negli animali.
scendenti e permette di ottenere velocemente, a partire
da singoli vermi mutanti, alleli mutanti recessivi. Anche
Neurosviluppo Il sistema nervoso di C. elegans rappre-
se i maschi vengono prodotti solo raramente, questi for-
senta l’organo più grosso dell’animale e comprende più
niscono un’opportunità di produrre nuovi ceppi genetici
di un terzo delle sue cellule (302 neuroni e 56 cellule glia-
incrociandoli con un ermafrodita.
li). A differenza delle connessioni neuronali dei vertebra-
ti, altamente ramificate, la connettività dei neuroni in
Introduzione di DNA Negli studi di trasformazione, del
C. elegans è piuttosto semplice, con circa 5000 sinapsi e
DNA ricombinante lineare viene iniettato direttamen-
2000 giunzioni neuromuscolari. Le anomalie comporta-
te nella gonade prima che si formino le uova. Rari even-
mentali sono facili da osservare e possono essere mappate
ti d’integrazione portano a ereditare stabilmente più
con precisione su specifiche reti neuronali. La conoscenza
transgeni. Raramente si ha un’integrazione per ricombi-
della connettività neuronale completa permette ai ricerca-
nazione omologa.
tori di studiare come viene guidata la crescita dell’assone
Knockout genico La distruzione per mezzo di un traspo- e come si formano le sinapsi. Inoltre, C. elegans ha molte
sone sopprime la funzione di un gene. Negli organismi do- classi di neuroni differenti che permettono studi genetici
tati di trasposoni attivi, le mutazioni insorgono per eventi sul differenziamento neuronale.

M.M. Cox, J.A. Doudna, M. O'Donnell, Biologia molecolare © 2013 Zanichelli editore
14 APPENDICE Organismi modello © 978-88-08-19531-9

Arabetta comune, Arabidopsis thaliana

Arabidopsis thaliana è un’angio-
sperma, una dicotiledone della
famiglia della senape (Brassica-
ceae) che comprende i più fami-
liari broccoli, cavolo e rapanel-
lo. Arabidopsis è considerata ge-
neralmente un’erbaccia e non
ha importanza economica, ma
le sue caratteristiche la rendo-
Nigel Cattlin/Alamy
no speciale come modello spe-
rimentale. Arabidospis è piuttosto piccola; pertanto pos-
sono essere fatte crescere molte piante in uno spazio ri-
stretto. Ha un ciclo vitale breve, circa 5-6 settimane dal se-
me al fiore e ogni pianta è capace di autoimpollinazione,
producendo migliaia di semi per ampi studi di mappatura
genetica. Inoltre, il genoma di Arabidopsis ha una dimen-
sione di meno del 5% del genoma del mais (2500 Mbp) e
di meno dell’1% di quello del grano (16 000 Mbp). Molti
laboratori nel mondo studiano Arabidospis e molti centri
di stoccaggio pubblici conservano scorte di semi di linee
mutanti e varianti naturali di Arabidopsis dette ecotipi, co-
sì come risorse genomiche.
Arabidopsis rappresenta un modello per quel che ri-
guarda fisiologia, sviluppo, genetica e struttura di tutte
le piante. È anche un modello di come le piante interagi-
scono con l’ambiente e di come percepiscono la lunghez-
za del giorno, il freddo, l’aridità e la presenza di sale e di
come rispondono ai patogeni. Potremmo aspettarci che ci
siano molte differenze tra le piante e gli animali nella ge-
netica dei programmi di sviluppo. Però gli studi sullo svi-
luppo della corona (whorl) del fiore mostrano uno stret-
Stigma
Pistillo Petali
(carpelli) Stilo
Antera
Sepali
(Whorl 1)
to collegamento con gli animali. La corona del fiore è for-
mata da quattro anelli concentrici (Figura A.5). L’anello
esterno (whorl 1) è costituito da quattro sepali; il whorl
2 da quattro petali, il 3 da sei antere e quello interno da
due carpelli che si fondono, formando il pistillo. Lo studio
delle piante con mutazioni omeotiche ha mostrato un’al-
terazione nell’identità dei whorl. Per esempio, in un mu-
tante, i carpelli si ritrovano nel whorl 1 al posto dei sepa-
li. Questo comportamento genetico ricorda le mutazioni
nei geni omeotici in Drosophila, in cui gli arti si estendo-
no da segmenti del corpo scorretti. Inoltre, come in Dro-
sophila, i geni omeotici di Arabidopsis codificano fattori
di trascrizione che agiscono tramite la formazione di gra-
dienti di concentrazione nell’embrione in via di sviluppo
(vedi Capitolo 22).
 I primi studi con Arabidopsis come organismo
modello
Arabidopsis è stato aggiunto piuttosto di recente al grup-
po di organismi modello, ed è diventato un modello af-
fermato solamente negli anni Ottanta. Nel 1907, Friedrich
Laibach ha identificato il numero di cromosomi di Arabi-
dopsis e nel 1940 ha proposto di usare questa pianta come
organismo modello. Con l’aiuto di Albert Kranz, Laibach
ha raccolto e organizzato molti ecotipi, che hanno contri-
buito alla collezione attuale di 750 ceppi di Arabidopsis. Il
nascere di una comunità scientifica dedita alla ricerca su
Arabidopsis divenne chiaro con la pubblicazione di un bol-
lettino nei primi anni Sessanta, e con la prima Conferen-
za Internazionale su Arabidopsis tenutasi nel 1965. Negli
anni Ottanta, Arabidopsis era uno tra i numerosi modelli
vegetali tra i quali era anche compreso il mais, un model-
lo genetico ben consolidato. Con lo sviluppo della trasfor-
mazione mediata dal T-DNA (vedi più avanti) nel 1986,
Arabidopsis è diventato velocemente il modello principa-
le per la ricerca vegetale.
 Ciclo vitale

Arabidopsis ha un ciclo vitale comune delle piante (Figu-

ra A.6). Come in molte angiosperme, sia le cellule germi-
Petali nali maschili che quelle femminili risiedono nello stesso
(Whorl 2)
fiore e l’autofecondazione (autoimpollinazione) avviene
Stami facilmente. Le piante possono andare incontro anche a
(Whorl 3)
una fecondazione incrociata (impollinazione incrociata).
Carpelli Ciascuna pianta produce molti fiori che insieme possono
(Whorl 4) produrre più di 10 000 semi. Il ciclo vitale completo, dalla
germinazione del seme al nuovo raccolto di semi, richie-
FIGURA A.5 Anatomia del perigonio del fiore di Arabidopsis
thaliana. [Fonte: Per gentile concessione del Prof. Dr. Sabine de da 5 a 6 settimane, con lo sviluppo di radici, foglie, fio-
Zachgo.] ri, e alla fine i semi.

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© 978-88-08-19531-9
Giorno 0
Seme
Giorno 1
Germinazione
Giorno 45
Sviluppo del seme
e senescenza Giorno 2
Comparsa
dell’ipocotile
Giorno 40 e dei cotiledoni
Giorno 3
Sviluppo
Giorno 30 della radice
Infiorescenza
Giorno 7
Giorno 23 Sviluppo
Gemma il primo fiore della foglia
Giorno 11
FIGURA A.6 Il ciclo vitale di Arabidopsis thaliana. [Fonte: C.
Douglas et al., Plant Cell 13: 1499-1510, 2001. Copyright © 2001,
American Society of Plant Biologists.]
 Tecniche genetiche
Mutagenesi Le piante possono essere mutagenizzate
trattando i semi con radiazioni ionizzanti o mutageni
chimici. Le piante che sono omozigoti recessivi per i ge-
ni mutati possono essere facilmente ottenute con l’au-
tofecondazione.
Complementazione Arabidopsis fiorita può essere auto-
fecondata o incrociata con altre piante con tecniche simi-
li a quelle usate da Gregor Mendel, in cui le antere vengo-
no tagliate, permettendo quindi il controllo dell’impolli-
nazione e l’incrocio genetico (vedi Capitolo 2).
Introduzione del DNA La trasformazione con il DNA ri-
combinante è mediata dal T-DNA (DNA di trasferimen-
to) di Agrobacterium tumefaciens, che normalmente s’in-
serisce nei cromosomi in modo casuale. A. tumefaciens è
un batterio gram-negativo che causa tumori nelle pian-
te. Contiene un plasmide di 200 kbp che induce il tumo-
re (Ti), il quale include geni che facilitano il trasferimen-
to replicativo del DNA in una cellula vegetale. Una volta
introdotto nella cellula vegetale, il plasmide integra un
particolare segmento del suo DNA, il T-DNA, nel geno-
ma della pianta. Quando nel T-DNA si trova del DNA
ricombinante, anche questo viene inserito nel genoma.
Knockout genico La ricombinazione omologa di DNA
transgenico, determinando un knockout genico, avvie-
ne solo raramente nelle piante e normalmente non vie-
M.M. Cox, J.A. Doudna, M. O'Donnell, Biologia molecolare © 2013 Zanichelli editore
APPENDICE Organismi modello 15
ne usata negli studi dei vegetali. Però sono disponibili va-
ste collezioni di mutanti di Arabidopsis sequenziati e nei
centri di stoccaggio è possibile ordinare inserzioni speci-
fiche in singoli geni.
Interferenza da RNA Una funzione genica in Arabidop-
sis può essere eliminata con efficacia utilizzando l’RNAi
(vedi Capitolo 22).
 Arabidopsis come organismo modello ai nostri
giorni
Evoluzione della pianta I quasi 750 differenti ceppi di
Arabidopsis sono molto diversi per sviluppo e forma (per
esempio per la forma della foglia, il tempo di fioritura, la
setosità e la resistenza alle malattie) e sono stati usati per
spiegare l’evoluzione delle caratteristiche e le risposte del-
la pianta all’ambiente.
Sensibilità alla luce Le piante hanno molte risposte diver-
so alla luce e Arabidopsis è un modello genetico per alcu-
ne di queste. Una tipica risposta è quella di passare dalla
produzione di foglie a quella di fiori. Arabidopsis fiorisce
quando la lunghezza del giorno aumenta ed è un model-
lo per la sensibilità alla luce del giorno. Inoltre, una ridot-
ta luce nel periodo di germinazione dei semi porta a una
crescita alterata a causa di una modificazione di sviluppo
programmata che porta a piccole piante con un sistema
radicale ridotto. Arabidopsis è stata usata come modello
per comprendere la genetica che controlla come la luce
influenzi questo sviluppo precoce. Un altro processo sen-
sibile alla luce in Arabidopsis in studio è il modo in cui la
pianta evita l’ombra.
Ritmi circadiani Come potremmo aspettarci per organi-
smi con uno stile di vita immobile e dipendenti dalla luce,
le piante mostrano forti ritmi circadiani. Arabidopsis è un
modello eccellente per studiare le basi genetiche dei ritmi
circadiani e la natura del misterioso “oscillatore ritmico”.
Resistenza della pianta ai patogeni Le piante sono do-
tate di un’ampia gamma di strategie per sopravvivere alle
condizioni di stress, come l’invasione di patogeni, e Ara-
bidopsis è un modello per lo studio dei patogeni e la dife-
sa contro di essi. Tra queste difese ci sono le molecole an-
timicrobiche, lo sviluppo di barriere fisiche e l’induzione
della morte cellulare programmata.
Genetica di sviluppo delle piante Come organismo plu-
ricellulare, Arabidopsis ha un’ampia varietà di organi e ti-
pi tissutali, ciascuno dotato di una propria genetica di svi-
luppo. Le aree di studio dello sviluppo comprendono la
crescita della foglia, la formazione della corona dei fiori,
dei semi e delle radici, lo sviluppo del tessuto vascolare,
l’embriogenesi e il piano di sviluppo del fiore.
16 APPENDICE Organismi modello © 978-88-08-19531-9

Moscerino della frutta, Drosophila melanogaster

Siamo tutti abituati a considera-

re il moscerino della frutta co-
me un fastidio cosmopolita, ma
Drosophila melanogaster ha una
Per gentile concessione di Marcos
storia lunga 100 anni come im-
Teixeira de Freitas
portante organismo modello per
studi di genetica e dello sviluppo. Il corpo del moscerino
della frutta è diviso in segmenti diversi che formano tre
sezioni principali: la testa, il torace e l’addome. Le sezioni
corporee sono racchiuse in una dura cuticola di chitina,
FIGURA A.7 Cromosoma politenico d’insetto. [Fonte: S. F. Werle
secreta dalle cellule epidermiche sottostanti, e sono ric-
et al., Can. J. Zool. 82: 118-129, 2004, Fig. 2. © 2004, NRC, Canada.]
che di particolari anatomici (indentazioni, peli) che ser-
vono come marcatori fenotipici per gli studi di genetica.
cromosomi si erano invertiti permettendo di mappare i
 I primi studi con Drosophila come organismo geni su un cromosoma, così come di stabilire la posizione
modello dei geni sui cromosomi.

Nel 1908 Thomas Hunt Morgan cercava un organismo  Ciclo vitale

idoneo per gli studi di genetica animale. A quel tempo
i finanziamenti per la scienza erano ridotti e quindi al-
la fine decise di concentrarsi sulla Drosophila, in quan-
to economica e facile da crescere. Nel 1910, dopo due
anni di studi senza successo, Morgan trovò un maschio
con una mutazione spontanea che causava occhi bian-
chi (questa mosca normalmente ha gli occhi rossi). Studi
eleganti e dettagliati di quest’unico mutante hanno di-
mostrato che i geni si trovano sui cromosomi, che ogni
gene ha due alleli, che gli alleli si distribuiscono in ma-
niera indipendente durante la meiosi e che i geni po-
sti su cromosomi diversi si assortiscono in maniera in-
dipendente. Queste e altre scoperte importanti hanno
Le mosche hanno un breve ciclo vitale diploide (12 gior-
ni) (Figura A.8). Il sesso nelle mosche è determinato dal
numero di copie di cromosoma X, non dal cromosoma Y
(XX è femmina e il raro X0 è maschio), anche se il cromo-
soma Y è necessario alla produzione dello sperma. All’in-
circa un giorno dopo l’accoppiamento, la femmina inizia
a deporre centinaia di uova. Le divisioni nucleari nell’em-
brione sono le più rapide di qualunque altro organismo
Femmina

rafforzato le leggi di Mendel nel contesto fisico dei geni Maschio

localizzati sui cromosomi (vedi Capitolo 2). 
Il moscerino della frutta è stato anche il primo orga-
nismo per il quale si è ottenuta una mappa genetica. Al-
fred Sturtevant, uno studente del laboratorio di Morgan,
Embrione
mappò la distanza relativa tra i geni lungo i cromosomi in Pupa
funzione delle loro frequenze di ricombinazione per cros-
sing over. Calvin B. Bridges portò ancora più avanti que- Ciclo vitale di
Drosophila
sti studi identificando la posizione esatta dei geni lungo melanogaster
i cromosomi politenici. Questi cromosomi giganti, posti
1° stadio larvale
nelle ghiandole salivari del moscerino della frutta, sono
costituiti da gruppi di cromosomi impacchettati insieme Prepupa
e sono caratterizzati da schemi di bandeggio unici quan-
do vengono colorati (Figura A.7). Bridge identificò più di
2° stadio larvale
5000 bande disposte secondo uno schema tipico. Non si sa
perché si formino i cromosomi politenici, ma potrebbero
3° stadio larvale
essere collegati al ruolo della ghiandola salivare di secre-
zione dell’involucro della pupa durante la metamorfosi. FIGURA A.8 Ciclo vitale di Drosophila melanogaster. [Fonte:
Molte mutazioni basate sulla ricombinazione sono state Prof. Dr. Christian Klambt, Westfalische Wilhelms-Universitat
identificate con bande mancanti o con posizioni in cui i Munster, Institut fur Neuor- und Verhaltensbilogie.]

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pluricellulare e le uova si schiudono in un giorno circa.
Il baco passa attraverso tre stadi larvali, separati da mu-
te che richiedono circa 5 giorni. Le larve contengono i di-
schi imaginali di tessuto destinati a trasformarsi nelle ap-
pendici della mosca adulta (come gli occhi, le antenne, le
zampe, le ali, le altere, cioè ali modificate che funziona-
no come stabilizzatori del volo) e le parti della bocca. Le
ghiandole salivari del terzo stadio larvale secernono l’in-
volucro della pupa, in cui la metamorfosi avviene in 31/2-
41/2 giorni fino alla mosca adulta. Le mosche vivono ap-
prossimativamente 30 giorni.
 Tecniche genetiche
Mutagenesi Le mosche possono essere mutagenizzate
esponendole alle radiazioni ionizzanti o nutrendole con
sostanze chimiche mutagene. Le mutazioni che portano
a cambiamenti nel colore dell’occhio, nella forma dell’ala
o di parti del corpo possono essere identificate mediante
l’osservazione visiva.
Introduzione di DNA Per inserire il DNA ricombinante
viene usato un processo noto come trasformazione dell’e-
lemento P, di norma usato per studiare gli effetti dell’e-
spressione proteica sugli elementi di controllo della tra-
scrizione. L’elemento P è un trasposone di 3 kbp che può
portare una sezione di DNA ricombinante tra le sue ripe-
tizioni terminali al posto della trasposasi e del repressore
da esso codificati (vedi Capitolo 14). Il DNA dell’elemento
P ricombinante viene iniettato nell’uovo fecondato, insie-
me a un plasmide che codifica una trasposasi. L’inserimen-
to è casuale e il plasmide che codifica il gene della traspo-
sasi viene perso durante le divisioni cellulari, impedendo
in questo modo la reintroduzione del trasposone in altri
punti nel genoma.
Cromosomi bilanciatori Alleli letali recessivi possono
essere mantenuti stabilmente nei moscerini della frutta
quando sono appaiati a un cromosoma bilanciatore, un
cromosoma che non può ricombinare con il suo omologo
per la presenza di molte inversioni interne che impedisco-
no l’allineamento completo durante la meiosi. I cromoso-
mi bilanciatori sono letali quando sono omozigoti, quin-
di l’unica progenie che sopravvive è eterozigote per il ge-
ne letale recessivo e il bilanciatore.
Mosaici genetici Con l’induzione della ricombinazione
mitotica mediante irradiazione con raggi X, nel mosce-
rino della frutta adulto si possono formare dei mosaici
genetici, porzioni di tessuti geneticamente alterati. I mo-
saici sono particolarmente utili quando si studiano i geni
letali. I mosaici genetici dei geni letali possono formarsi
M.M. Cox, J.A. Doudna, M. O'Donnell, Biologia molecolare © 2013 Zanichelli editore
APPENDICE Organismi modello 17
nell’adulto anche grazie all’uso di una ricombinasi di lie-
vito inducibile dal calore (detta FLP) ingegnerizzata nel
genoma. L’induzione del calore comporta un’elevata fre-
quenza di ricombinazione mitotica nei tessuti riscaldati,
formando dei mosaici genetici. Anche se le alterazioni ge-
netiche possono essere letali per gli embrioni, non neces-
sariamente uccidono l’adulto, dato che la loro espressio-
ne è localizzata solamente in alcune cellule.
Knockout genici È difficile ottenere dei knockout genici
in Drosophila perché le tecniche di ricombinazione omo-
loga non sono ancora perfette. Esistono, però, delle pro-
cedure in due passaggi in cui un gene è inserito a caso, se-
guito dall’espressione delle proteine che determinano l’e-
scissione del gene. Una volta escisso, il frammento di DNA
lineare può andare incontro alla ricombinazione omologa
con il gene wild-type.
Interferenza da RNA L’RNAi può essere usata per dimi-
nuire efficacemente il prodotto di uno specifico gene in-
vece che eliminare realmente il gene.
 Drosophila come organismo modello ai nostri
giorni
Malattie umane Il genoma di Drosophila, di circa 170 Mbp,
è all’incirca venti volte più piccolo del genoma di topo e
di quello umano, eppure codifica approssimativamente lo
stesso numero di famiglie geniche. All’incirca il 60% dei
geni noti per essere coinvolti in malattie umane ha degli
omologhi nel moscerino della frutta. Per esempio, gli stu-
di dei geni embrionali letali in Drosophila hanno permes-
so di spiegare la base genetica di difetti della nascita uma-
na. Altri modelli di malattia sono i difetti immunologici,
il diabete, il cancro, il morbo di Huntington, di Alzheimer
e di Parkinson.
Piano di sviluppo del corpo La localizzazione dell’mRNA
materno nelle uova porta a un’espressione genica localiz-
zata che stabilisce gli assi antero-posteriore e dorso-ven-
trale in Drosophila. Questi geni controllano il piano di svi-
luppo corporeo e hanno i loro corrispondenti negli ani-
mali più complessi. Quindi il moscerino serve come siste-
ma piuttosto semplice per comprendere la formazione
del piano corporeo (vedi Figura 16.24 e Capitoli 21 e 22).
Comportamento Drosophila fornisce un modello per la
comprensione della base cellulare e molecolare di alcu-
ni tipi di comportamento. Le anomalie di comportamen-
to del moscerino della frutta comprendono cambiamenti
nell’apprendimento e nella memoria, nella ricerca del ci-
bo, del riposo, e in altri comportamenti, e nell’alcoolismo.
18 APPENDICE Organismi modello
Topo domestico, Mus musculus
Il topo domestico, Mus muscu-
lus, è stato collezionato e alle-
vato dagli “amanti” dei topi per
centinaia di anni, e alcuni dei
ceppi puri, sviluppati da questi,
sono usati oggi come standard
iStockphoto per gli studi scientifici. Il topo
domestico è il modello di mam-
mifero principale ed è più simile agli uomini di quanto ci
piaccia ammettere (vedi Figura 1.12). Il genoma del topo
ha quasi la dimensione di quello umano e codifica essen-
zialmente lo stesso numero di geni; il 99% di questi ha un
omologo nell’uomo. Infatti, una gran parte del genoma
murino è sintenico con il nostro, ovvero interi blocchi di
geni si ritrovano nello stesso ordine in entrambe le specie
(vedi Figura 8.4).
Rispetto ad altri organismi modello, lavorare con i to-
pi è più complicato sotto ogni aspetto. Sono più grandi,
ovviamente, ma hanno anche un tempo di generazione
di circa 8-10 settimane e producono, in media, solamen-
te da 6 a 8 piccoli per nidiata. Questi numeri sono molto
interessanti se confrontati con altri mammiferi, ma po-
co se confrontati con altri organismi modello. Le colonie
di topo sono anche costose da mantenere e non posso-
no essere trattati i numeri necessari per attuare grandi
screening genetici, come avviene con altri organismi mo-
dello. Però, a differenza del nematode e del moscerino del-
la frutta, i topi hanno sistemi biologici senza paralleli in
modelli animali inferiori, come il sistema immunitario e
l’apparato scheletrico, o sono semplicemente modelli mi-
gliori per studi di sistemi complessi come l’apparato car-
diovascolare, il sistema endocrino e molti altri. Il topo è
un modello per le malattie umane, come il cancro, prati-
camente in tutti questi sistemi.
 I primi studi sul topo come organismo modello
Gli studi genetici sui topi iniziarono nei primi anni del
Novecento, quando la selezione e l’incrocio erano i prin-
cipali metodi per ottenere una progenie con i caratte-
ri desiderati. Questi primi studi portarono a un model-
lo generale che spiegava il colore della pelliccia in tutti
gli altri mammiferi con pelo. I topi e i ratti hanno anche
una lunga storia negli studi nutrizionali, specialmente
per l’identificazione di vitamine e sintomi causati dal-
la mancanza di vitamine nella dieta. L’utilizzo dei topi
in un modello di malattia umana è stato avviato da Cla-
rence Cook Little. Negli anni Venti, mediante incroci
tra consanguinei, questi sviluppò un ceppo di topo, il
C57BL/6 (comunemente detto Black6), che alla fine di-
venne il ceppo di topo usato per determinare la sequen-
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za del genoma. Little fondò anche il Jackson Laboratory
in Bar Harbor, Maine, un centro di genetica del topo che
serve anche come deposito pubblico di modelli murini
per la ricerca scientifica.
 Ciclo vitale
I cromosomi X e Y determinano il sesso nei topi, come ne-
gli uomini. La fecondazione dà origine a una blastocisti
contenente alcune cellule non differenziate unite assieme
nella massa cellulare interna, la fonte di cellule staminali
embrionali. La gestazione dura 19-21 giorni e porta a una
nidiata di 3-14 piccoli. La maturità sessuale richiede cir-
ca 6 settimane per le femmine e 8 settimane per i maschi,
ma l’accoppiamento può avvenire in soli 35 giorni. I topi
vivono 1-2 anni e le femmine possono dare 5-10 nidiate,
sostanzialmente nel primo anno di vita.
 Tecniche genetiche
Mutagenesi Gli incroci tra consanguinei per molte gene-
razioni hanno portato a molti ceppi utili di topi mutati.
L’aggiunta di sostanze chimiche mutagene al nutrimento
facilita lo sviluppo di ceppi mutati.
Introduzione di DNA Il DNA estraneo può essere inietta-
to direttamente nel nucleo delle uova fecondate, seguito
dall’impianto delle uova nell’ovidotto della femmina rice-
vente. L’integrazione casuale avviene con elevata frequen-
za. Il DNA ricombinante usato di norma ha un promotore
di topo che dirige l’espressione di un gene reporter, come
lacZ o GFP (proteina fluorescente verde), in modo che l’e-
spressione del transgene possa essere seguita durante lo
sviluppo. Circa metà dei topi transgenici contiene DNA
ricombinante nella linea germinale e quindi passa il gene
ricombinante alle generazioni future.
Knockout genico Il knockout mirato come modello di una
malattia murina viene ottenuto a partire dalle cellule sta-
minali embrionali (Figura A.9). Le cellule staminali sono
estratte dalla massa cellulare interna della blastocisti e
fatte crescere in coltura. Le cellule staminali coltivate so-
no poi trasformate con del DNA lineare contenente una
copia mutata del gene in esame, insieme ai geni per la re-
sistenza alla neomicina (neor) e la timidina chinasi (tk).
DNA omologo fiancheggia il gene mutato (genemut nella
Figura A.9) e il gene neor, in maniera tale che l’integrazio-
ne omologa sostituisca il gene wild-type con il gene mu-
tato insieme a quello per la neor. Al contrario, il DNA che
si inserisce casualmente porta all’integrazione dell’intero
frammento di DNA, compresa la tk.
© 978-88-08-19531-9 APPENDICE Organismi modello 19

Blastocisti omologa, perché queste cellule contengono la tk, e la ti-

midina chinasi trasforma il ganciclovir in una tossina che
Cellule uccide queste cellule. Solamente le cellule che contengo-
della massa
interna no i knockout genici prodotti dalla ricombinazione omo-
(cellule staminali) loga sopravvivono a entrambe le selezioni. Le cellule sta-
minali ingegnerizzate vengono iniettate in un embrione
ospite wild-type allo stadio di blastocisti. Questo porta al-
la formazione di un embrione che è una chimera dell’o-
Estratto spite wild-type e delle cellule ingegnerizzate donatrici. Le
di cellule staminali
chimere risultanti vengono incrociate per trasmettere la
modificazione genetica attraverso la linea germinale. I to-
pi eterozigoti della F1 (prima generazione) vengono poi in-
genemut neor tk
Trasformazione crociati per ottenere una progenie F2 wild-type, eterozi-
gote e omozigote, nell’atteso rapporto mendeliano 1:2:1.
genemut neor genemut neor tk Accoppiamenti selezionati portano a topi knockout omo-
zigoti. Sono state sviluppate tecniche per conservare, tra-
mite crioconservazione di sperma e di cellule uovo, ceppi
Nessuna Integrazione Integrazione di topo preziosi e difficili da ottenere.
integrazione omologa non omologa

Uso della neomicina  Il topo come organismo modello ai nostri

per selezionare la neor giorni
genemut neor genemut neor tk
Malattie umane Il topo è un modello importante per lo
studio delle malattie umane. I modelli delle malattie pos-
Nessuna Integrazione Integrazione sono essere ottenuti tramite accoppiamento tra consan-
integrazione omologa non omologa guinei o producendo knockout di noti geni responsabili
Uso del ganglocivir di malattie. I modelli murini di malattie umane compren-
per selezionare contro la tk dono il cancro, l’arteriosclerosi, l’invecchiamento, l’iper-
tensione, le malattie metaboliche, le malattie del sistema
genemut neor genemut neor tk
immunitario, il diabete di tipo 1 e tipo 2, la sindrome di
Down, il morbo di Alzheimer, il glaucoma, l’osteoporosi,
Integrazione Integrazione l’obesità, l’epilessia, la malattia Lou Gehrig (la sclerosi la-
omologa non omologa terale amiotrofica), il morbo di Huntington, le malattie
del sangue e molte altre.
Iniezione nell’embrione
Mappatura dei geni mutati I geni mutati possono essere
identificati più velocemente nel topo rispetto ai geni mu-
tanti negli uomini. Ceppi di topo molto simili (come Mus
musculus e Mus spretus) possono essere incrociati per pro-
durre ibridi che generalmente presentano sequenze di-
Eterozigote knockout
verse in posizioni polimorfiche, permettendo ai ricerca-
tori di usare l’analisi di associazione per sviluppare map-
Incrocio della progenie pe genetiche dettagliate e localizzare un gene responsa-
per ottenere un topo
omozigote recessivo bile di una malattia.

FIGURA A.9 Costruzione di un topo knockout.
Per selezionare le cellule con il gene knockout opportuno,
sono necessari due passaggi. La selezione per la neor, gra-
zie all’uso della neomicina, uccide tutte le cellule che non
hanno integrato il DNA trasformante. La selezione contro
la tk, con l’uso dell’antivirale ganciclovir, uccide le cellu-
le che hanno integrato del DNA per ricombinazione non
Comportamento Esistono modelli murini per certi tipi di
comportamento, come l’alcoolismo, la dipendenza da dro-
ghe, disturbi ansiosi e comportamento aggressivo.
Sviluppo del mammifero I topi transgenici sono usati per
studiare la posizione e la modalità di espressione di par-
ticolari geni in vari momenti dello sviluppo. Inoltre, esi-
stono modelli per studiare alcune malattie dello sviluppo
umano, come il labbro leporino e la palatoschisi.

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