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I PLASMIDI
Lo spettro dospite: ampio o ristretto Sequenza ORI Geni del plasmide coinvolti nella replicazione Il numero di copie: basso (1 4), medio (~10) e alto (20 40) Meccanismi molecolari che regolano la replicazione la stabilit segregativa Regione par Superavvolgimento Incompatibilit Utilizzo dello stesso meccanismo di controllo della replicazione
pBR322 4361 bp
pBR322 4361 bp
HOCH2 O HO
HOCH2 O O
Galactose
Glucose
OH
HO
OH
HO
OH
Lactose
O--D-galactopyranosyl-(1->4)--D-glucopyranose
X-Gal
5-Bromo-4-chloro-3-indolyl -D-galactopyranoside
-Galactosidease HOCH2 O HO
Lac Z gene product
H2O
Cl Br
Galactose
HO
OH N H
X-Gal
(Colorless)
X-Gal
5-Bromo-4-chloro-3-indolyl -D-galactopyranoside
-Galactosidease
HOCH2 O HO Cl OH HO Br
Galactose
HO
OH N H
Blue
IPTG - Induces expression of lacZ X-Gal - A lactose analog which turns blue when split by -galactosidase Ampicillin - Kills all bacteria that lack the plasmid
Le molecole di DNA a doppio filamento circolari chiuse assorbono meno EtBr rispetto alle lineari. Dal momento che la densit dei complessi DNA-EtBr inversamente proporzionale alla quantit del composto intercalante, le molecole di plasmide hanno una densit maggiore di quella del DNA lineare cromosomico e possono quindi essere separate in un gradiente di densit di CsCl
2. Lisi alcalina delle cellule batteriche e precipitazione selettiva del DNA plasmidico.
Trattamento con lisozima per indebolire la parete cellulare. Trattamento con Sodio Dodecil Solfato (SDS) per degradare la membrana plasmatica e con NaOH per denaturare il frammenti lineari ad alto peso molecolare di DNA cromosomico. Precipitazione selettiva del DNA cromosomico ad alto peso molecolare con sodio acetato a pH acido.
di
estrazione
IL BATTERIOFAGO
Infezione Circolarizzazione del genoma Replicazione bidirezionale del genoma Replicazione a cerchio rotante
Infezione Circolarizzazione del genoma Replicazione bidirezionale del genoma Replicazione a cerchio rotante Sintesi delle proteine della testa e della coda Impaccamento del genoma nella testa Assemblaggio della coda
Un singolo genoma viene tagliato in corrispondenza della sequenza cos e inserito nel testa
COS
COS
Il genoma del fago una molecola di DNA lineare a doppio filamento lunga 48,5 kb. Al 5 di ciascuna delle estremit presente un prolungamento a singolo filamento di 12 nt che costituisce le estremit cos
Il braccio sinistro contiene l informazione genetica per la produzione delle teste e delle code. Il braccio destro contiene i geni per la replicazione del DNA e per la lisi delle cellule. Il frammento intermedio porta i geni per i processi di integrazione-escissione.
Genoma selvatico
C Danno progenie fagica nel ceppo E. coli lisogeno per il fago P2, poich sono Spi-, ossia sono resistenti alla inibizione da P2
Genoma ricombinante
I vettori EMBL
Introduzione dei vettori in cellule batteriche: Impaccamento in vitro del DNA del fago
+
concatenamero del genoma ricombinante
+ assemblaggio
proteine di
Molecole di DNA di dimensioni inferiori a 37 kb o superiori a 52 kb non vengono impaccate. Questo determina il limite di clonaggio per inserti di dimensioni non superiori alle 23 kb
Efficienza di trasferimento del vettore nelle cellule ospiti: Trasformazione: 103-104 placche/g DNA ricombinante Trasfezione: 106 placche/g DNA
Produzione delle teste e delle code del fago per limpaccamento in vitro del DNA ricombinante
Fago
Batteri
In laboratorio il fago lambda viene cresciuto su una patina di cellule batteriche. I batteri e le particelle di fago vengono mescolate con top agar liquido non troppo caldo. La sospensione viene versata su una piastra di agar gi preparata, sulla quale il top agar viene lasciato solidificare. La piastra incubata per 12-16 h a 37C.
Modificazioni del genoma selvatico per lottimizzazione del vettore: Aggiunta del gene lacZ come marcatore genetico per la selezione bianco/blu delle placche positive contenenti il genoma ricombinante Aggiunta di un polylinker allinterno del gene lacZ Eliminazione dei siti di restrizione naturali
Tappe del clonaggio di DNA a singolo filamento nei vettori derivati dal fago M13
Si linearizza il vettore M13 a doppio filamento con un enzima di restrizione, come se fosse un plasmide. Si mescola il vettore linearizzato con linserto avente estremit coesive compatibili con quelle del vettore. Si aggiunge la ligasi. Il prodotto della reazione di ligasi viene inserito nelle cellule E. coli mediante trasformazione. Nellospite batterico il vettore verr replicato prima in maniera bidirezionale producendo copie a doppia elica e poi a cerchio rotante producendo copie a singola. Si selezionano le placche di colore bianco contenenti il vettore ricombinante e si scartano le blu contenenti il vettore virale senza inserto.
I COSMIDI
Dimensioni del cosmide: ~5 kb ORI Polylinker Marcatori genetici selezionabili (in genere il gene ApR e lacZ) Sito Cos
Soluzioni
Defosforilazione dei frammenti da clonare Digestione del cosmide con due enzimi
Vettore. Due siti cos separati da un sito di restrizione per Sca I, che produce estremit piatte. Digestione del cosmide con BamH I e Sca I
Genoma. Digestione parziale del DNA genomico con BamH I. Defosforilazione dei frammenti di DNA genomico per evitare la ligazione tra due frammenti
Clonaggio di inserti di dimensioni comprese tra le 32 le 47 kb. Migliore efficienza di trasferimento del vettore ricombinante nelle cellule batteriche. Sono molto utili ai fini della creazione di una genoteca poich gli inserti di maggiori dimensioni permettono lo screening di un numero pi ridotto di cloni.
I VETTORI P1
reprimere il ciclo litico e mantenersi nella cellula come un grosso plasmide a basso numero di copie
Il fago P1 possiede due origini di replicazione, una per controllare la replicazione litica (fagica), e laltra per mantenere il plasmide durante la crescita non litica
Dimensioni del vettore: ~ 15 kb sito pac siti loxP Marcatori genetici (ApR, TcR, KanR, sacB) Replicone plasmidico Replicone fagico (litico)
La ricombinazione sito-specifica
La sequenza interposta tra i due siti loxP orientati come ripetizioni dirette viene deleta
La sequenza interposta tra i due siti loxP orientati come ripetizioni invertite viene invertita
Sito loxP riconosciuto dalla ricombinasi Cre del batteriofago P1. I siti loxP sono sequenze di 34 bp che comprendono due ripetizioni invertite di 13 bp che fiancheggiano un elemento centrale di 8 bp
Impaccamento in vitro del vettore ricombinante in presenza delle teste e delle code fagiche e in presenza dellenzima pacasi Infezione di un ceppo cre+ di E. coli. Nelle cellule ospiti la ricombinasi induce la circolarizzazione del vettore che inizia a replicarsi come un plasmide Si pu incrementare lamplificazione del numero di copie del vettore inducendo il replicone litico del fago
I VETTORI BAC
I Cromosomi Artificiali Batterici (BAC) sono vettori che derivano dal fattore sessuale F
Plasmidi
Riproduzione del fago Replicazione del plasmide Replicazione del plasmide Riproduzione del fago Replicazione del Fattore F
BAC
300 kb
Trasformazione/ Elettroporazione
I VETTORI YAC
Quali sequenze contengono Come si clonano gli inserti Quali sono i limiti delle dimensioni degli inserti Come vengono inseriti nella cellula ospite Come si replicano allinterno della cellula ospite Come vengono selezionate le colonie o le placche contenenti i vettori ricombinanti