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Valitutti, Taddei, Maga, Macario Carbonio, metabolismo, biotech © 2023

CAPITOLO B5 – Manipolare il genoma: le biotecnologie

Soluzioni degli esercizi


Quesiti e problemi
1. Che cosa sono le biotecnologie
1. Le biotecnologie sono applicazioni tecnologiche che utilizzano organismi viventi o loro derivati per
realizzare prodotti e processi per usi specifici.
2. Affermazioni false: B Le biotecnologie fanno mutare il DNA di una specie con le radiazioni nucleari;
E Con le biotecnologie c’è il rischio di inserire dei geni indesiderati nel DNA umano.
3. C una cellula o un organismo che produce molecole utili all’uomo.
4. Prodotto o processo Tipo di biotecnologie
(R = rossa, V = verde o B = bianca)
Batteri produttori di idrogeno V

Produzione di fragole resistenti al congelamento V


Produzione di interferone per la cura della sclerosi R
multipla

Farina di grano contenente acido folico V

2. Le origini delle biotecnologie


5. B una pratica millenaria che si è affinata nei secoli a partire dai contadini mesopotamici ed egizi.
6. Il processo di domesticazione del cane e delle sue varie razze è considerata una biotecnologia.

3. I vantaggi delle biotecnologie moderne


7. Perché occorrono moltissimi incroci e tempi molto lunghi per selezionare combinazioni favorevoli, dato
che la probabilità di avere combinazioni non favorevoli è molto più elevata.
8. D Si può ottenere la riparazione di geni mutati; E Si può far produrre un antibiotico dal latte di una
pecora.

4. Il clonaggio genico
9. d; b; c; a; e.
10. Affermazione errata: D Il marcatore di selezione si trova nel gene di interesse.
11. Il processo di trasformazione.

5. Tagliare il DNA con gli enzimi di restrizione


12. a. 5'-ATCGCTG|AATTCAAACGT-3'; 3'-TAGCGACTTAA|GTTTGCA-5'
b. Si ottengono quattro frammenti:
5'-ATCGCTG-3', 5'-AATTCAAACGT-3', 3'-TAGCGACTTAA-5', 3'-GTTTGCA-5'.

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13. I frammenti di DNA presentano una carica elettrica negativa a livello dei gruppi fosfato; migrano quindi
dal catodo negativo verso l’anodo positivo.
14. B per verificare la presenza di un frammento di DNA o di una proteina in un campione.
15. A riconoscono sequenze palindromiche; C tagliano il DNA attraverso una reazione di idrolisi; E
separano solo i nucleotidi posti all’interno della sequenza di riconoscimento.

6. Saldare il DNA con la DNA ligasi


16. La DNA ligasi è in grado di ricostruire il legame fosfodiestere tra due nucleotidi adiacenti. La saldatura è
necessaria per ripristinare la continuità del filamento di DNA.
17. La DNA ligasi svolge comunemente la sua azione nella duplicazione e nella riparazione del DNA.
18. L’RNA guida è un corto filamento di RNA, legato all’endonucleasi batterica Cas9 del sistema
CRISPR/Cas9.

7. I vettori di clonaggio
19. I vettori plasmidici sono i vettori di clonaggio più usati, si tratta di molecole di DNA circolare a doppia
elica lunghi alcune migliaia di nucleotidi ottenuti da plasmidi batterici naturali tramite manipolazioni
genetiche.
20. In un vettore plasmidico sono presenti: un’origine di replicazione, uno o più geni per la resistenza ad
antibiotici e un sito multiplo di clonaggio o polilinker.
21. La tecnica biolistica è una tecnica che permette di “sparare” il DNA nelle cellule dopo averlo caricato su
microproiettili di materiali inerti come l’oro o il tungsteno, viene utilizzata per trasferire plasmidi all’interno
delle cellule vegetali.
22. E era un clone della pecora donatrice della cellula diploide somatica.

8. Le librerie genomiche
23. Una libreria genomica, o genoteca, è una collezione di cloni batterici, ciascuno contenente un diverso
frammento di DNA. Con una genoteca è possibile conservare tutto il genoma di un organismo da cui estrarre
poi il frammento di DNA di interesse.
24. Il cDNA è più corto del corrispettivo DNA genomico, perché essendo una copia dell’RNA maturo, è privo
di introni.
25. La libreria a cDNA contiene i cDNA trascritti partendo dagli mRNA dei geni espressi, attraverso la
trascrittasi inversa.
26. La DNA polimerasi polimerizza direttamente i nucleotidi basandosi su un filamento stampo di DNA,
mentre la trascrittasi inversa usa come stampo un filamento di RNA.

9. La reazione a catena della polimerasi o PCR


27. I primer della PCR sono oligonucleotidi complementari alle parti iniziali e terminali delle sequenze da
amplificare; forniscono l'innesco della reazione di polimerizzazione. Sono necessari due primer perché
l'innesco serve sia per un filamento sia per il suo complementare.
28. I primer universali sono già integrati al vettore di clonaggio, a monte e a valle del polilinker; in questo
modo non è necessario conoscere la sequenza del gene che si sta amplificando.

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29. Le fasi di un singolo ciclo di reazione della PCR sono: denaturazione (separazione dei filamenti stampo,
il DNA di partenza viene riscaldato fino a 90 °C); ibridazione (appaiamento dei primer ai filamenti stampo,
la temperatura viene abbassata fino a circa 50 °C); allungamento (sintesi dei filamenti complementari, la
reazione avviene a circa 60° C per garantirne la specificità).
30. La Taq polimerasi è una polimerasi che, all’elevata temperatura a cui vengono sottoposti i campioni, non
si denatura e può quindi essere utilizzata per il terzo stadio del ciclo della PCR, l'allungamento.
31. Il termociclatore è un apparecchio che permette di eseguire i cicli di amplificazione della PCR in modo
automatizzato e in breve tempo.
32. D amplificare un frammento di DNA.
33. A La PCR permette di ottenere miliardi di copie di DNA identiche in breve tempo, C La PCR sfrutta
enzimi presenti in natura.

10. L’impronta genetica


34. Le scienze forensi si basano sull’evidenza sperimentale che individui diversi presentano minime ma
significative differenze di sequenza nel DNA, che permettono di distinguerli l’uno dall’altro.
35. Il DNA viene tagliato con una miscela di numerosi enzimi di restrizione diversi; nella regione in cui
ciascun enzima agisce, anche la differenza di un singolo nucleotide è sufficiente a modificare i siti di taglio e
quindi a generare segmenti di lunghezza diversa.
36. Affermazioni errate: B La tecnica STR non richiede l’utilizzo di campioni di controllo, E Le corte
sequenze sono frammenti a sé stanti che si possono visualizzare nella corsa elettroforetica.

11. Il sequenziamento del DNA


37. Il sequenziamento del DNA permette di ricostruire l’ordine in cui si susseguono le basi. Viene utilizzato
per conoscere la funzione di un gene e interi genomi, come quello umano.
38. I dideossinucleotidi sono nucleotidi in cui il deossiribosio è stato privato di un atomo di ossigeno. Furono
utilizzati da Sanger perché, una volta inseriti nella sequenza, la polimerizzazione non può proseguire: per
questo, i dideossinucleotidi sono detti «terminatori di catena».
39. I sequenziatori automatici accoppiano il sequenziamento di Sanger alla PCR. I dideossinucleotidi sono
attaccati a un gruppo fluorescente e vengono poi rilevati con un raggio laser tramite elettroforesi capillare
(un tipo di elettroforesi in cui il gel si trova all’interno di tubi capillari).
40. I colori necessari sono solo quattro, come il numero di basi azotate diverse presenti nel DNA.

12. I vettori di espressione


41. Il sito multiplo di clonaggio di un vettore di espressione si trova tra il promotore e il terminatore.
42. D un organismo che presenta geni diversi da quelli che avrebbe comunemente.

13. La produzione biotecnologica di farmaci


43. Il gene dell’insulina umana è stato clonato e inserito in batteri che lo esprimono in modo da ottenere
grandi quantità di insulina in forma pura. In passato, l’insulina estratta dai bovini provocava nei pazienti
gravi effetti collaterali.
44. Il pharming è un insieme di tecnologie, grazie alle quali è possibile modificare geneticamente gli embrioni
di animali da allevamento per ottenere animali transgenici che producano la molecola di interesse nel loro latte.

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45. Insulina, ormoni, fattori di coagulazione, anticorpi e vaccini.


46. Nei vaccini di nuova generazione vengono inoculate solo le proteine che agiscono da antigeni, e non
l’intero patogeno come previsto dai vaccini più tradizionali; in questo modo si stimola una risposta
immunitaria senza il rischio di causare la malattia.
47. I vaccini a proteine ricombinanti si basano sull’inoculo di antigeni prodotti in laboratorio con le tecniche
del DNA ricombinante.
48. A seconda del tipo di vaccino viene sintetizzato in laboratorio il DNA o l’mRNA corrispondente
all’antigene desiderato, e questo viene inoculato direttamente nell’organismo; le cellule produrranno così la
proteina antigenica, stimolando la risposta immunitaria.
49. Le piante, per esempio di tabacco, possono essere usate per produrre anticorpi monoclonali. Il gene per
l’anticorpo desiderato viene introdotto nelle piante clonate e si accumula nei tessuti vegetali, da cui può
essere facilmente purificato.

14. I topi transgenici e i topi knock-out


50. Gli animali transgenici sono utili per studiare varie patologie ereditarie, metaboliche e oncologiche.
51. Il topo ha in comune con l’uomo oltre il 97% dei propri geni.
52. I modelli animali, modificati geneticamente per sviluppare tumori, permettono di individuare le mutazioni
e studiare farmaci anti-tumorali mirati.

15. La terapia genica


53. La terapia genica permette di correggere geni non funzionali.
54. Un vettore virale modificato (ottenuto da un retrovirus) è utilizzato per inserire la copia funzionante del
gene ADA umano nelle cellule del midollo osseo prelevate dal paziente malato. Le cellule che hanno ricevuto
e inserito correttamente nel loro DNA il gene funzionante sono poi nuovamente iniettate nel paziente, dove
producono l’enzima ADA.
55. Una mutazione del gene LAMB3, che codifica per una delle subunità della proteina laminina, provoca
l’epidermolisi bollosa giunzionale, una malattia che causa gravi lesioni della pelle e delle mucose. La
malattia può essere curata con un trapianto di pelle geneticamente modificata, in cui il gene mutato è stato
sostituito dalla copia funzionale.

16. Il silenziamento genico tramite interferenze da RNA


56. La sigla siRNA indica piccoli RNA interferenti sintetizzati in laboratorio, la cui sequenza è
complementare al gene che si desidera “spegnere”.
57. Con il silenziamento genico si spegne l’espressione di alcuni geni bersaglio, per esempio responsabili di
alcune patologie come il cancro.
58. I siRNA vengono introdotti per trasfezione nelle cellule, qui vengono processati dall’apparato enzimatico
dei miRNA e portano allo “spegnimento” dell’espressione del gene bersaglio.

17. Le terapie con le cellule staminali


59. C hanno un livello di differenziamento che può essere diverso a seconda della loro localizzazione
all’interno dell’individuo.
60. Le cellule staminali ematopoietiche sono cellule multipotenti.

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61. Le cellule staminali pluripotenti indotte o iPSC si ottengono dalla riprogrammazione di cellule adulte
già differenziate.
62. Le cellule staminali adulte sono molto rare e difficili da separare.

18. Le applicazioni delle biotecnologie in agricoltura


63. Le piante Bt sono piante transgeniche che esprimono il gene cry, che conferisce alla pianta la resistenza
a molti parassiti.
64. Il gene cry codifica per una proteina tossica per molti insetti parassiti. La proteina si lega alle cellule
dell’intestino degli insetti, compromettendone la funzione. La tossina è specifica per le cellule delle larve
d’insetto ed è innocua per gli animali e per molti insetti benefici.
65. Le piante OGM arricchite in nutrienti contengono geni per la sintesi di determinate vitamine, per
esempio il Golden Rice è arricchito di vitamina A.
66. Vedi Figura 24 pag. B189.

19. La produzione di biocombustibili


67. Si tratta di un combustibile, come il bioetanolo o il biodiesel, ottenuto per fermentazione a partire da
masse vegetali.
68. Le biomasse vegetali di scarto vengono trattate con microrganismi OGM, contenenti gli operoni di
differenti specie batteriche per la degradazione della cellulosa e per la sintesi di acidi grassi, utili per la
produzione del biodiesel. Questi batteri accoppiano la degradazione della cellulosa delle masse vegetali di
scarto alla fermentazione, producendo biocombustibili.
69. I microrganismi OGM, contengono operoni di differenti specie batteriche per la degradazione della
cellulosa e per la sintesi di acidi grassi, utili per la produzione del biodiesel.

20. Le biotecnologie per l’ambiente


70. Il biorisanamento è un sistema che sfrutta il metabolismo di alcuni OGM nella lotta all’inquinamento, per
esempio la depurazione delle acque dal mercurio o da altri metalli pesanti.
71. Un biofiltro sfrutta il metabolismo di batteri ingegnerizzati per rimuovere dalle acque sostanze inquinanti
come il mercurio. Un biosensore è costituito da batteri ingegnerizzati con la GFP (Green Fluorescent Protein)
e rileva la presenza di sostanze inquinanti nell’acqua o nel suolo.
72. In batteri del genere Escherichia coli sono inseriti i geni MerT e MerP provenienti da un trasposone
batterico; tali geni codificano per un sistema di trasporto del mercurio attraverso la membrana della cellula
batterica. Inoltre, è stato aggiunto il gene per la metallotionina di lievito, una proteina che lega il mercurio
intrappolandolo nella cellula. I batteri così modificati vengono immobilizzati su una matrice solida creando il
biofiltro che viene utilizzato per assorbire il mercurio presente nelle acque.
73. La proteina GFP (Green Fluorescent Protein) è verde fluorescente. L’espressione del gene della GFP è
regolata da un promotore che si attiva solo se sono presenti sostanze inquinanti come gli idrocarburi. Alcuni
batteri sono stati ingegnerizzati con il gene per la GFP, quindi, se posti a contatto con materiale contaminato,
emettono bioluminescenza segnalando la presenza della sostanza inquinante e funzionando quindi da
biosensori.

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PREPARATI PER L’ESAME

TRATTAZIONE SINTETICA DEGLI ARGOMENTI


77. Le biotecnologie sono applicazioni tecnologiche che utilizzano organismi viventi o loro derivati per
realizzare prodotti e processi per usi specifici. Gli OGM sono organismi geneticamente modificati, ottenuti
attraverso biotecnologie.
78. Con il clonaggio è possibile ottenere più copie di una determinata sequenza nucleotidica.
79. Le endonucleasi di restrizione.
80. I primer sono brevi sequenze di acidi nucleici che danno inizio alla replicazione del DNA. I nucleotidi
terminatori di catena sono dideossinucleotidi che, incorporati nel DNA nascente, ne bloccano
l’allungamento.
81. Una libreria di cDNA.
82. Con il clonaggio è possibile ottenere più copie di una determinata sequenza nucleotidica; con la
clonazione si duplica un intero organismo.
83. La pecora Dolly è stata ottenuta per clonazione.
84. Rispetto alle biotecnologie classiche (fermentazione, domesticazione…) le biotecnologie moderne sono
più efficaci, versatili e mirate.
85. Vedi pag. B165.
86. L’editing genomico ha lo scopo di modificare in modo mirato i genomi. Vedi pag. B169.
87. Vedi pagg. B187-B188.

ESPOSIZIONE ORALE
88. a. Un vaccino a proteine ricombinanti si basa sull’inoculo di antigeni prodotti in laboratorio con le
tecniche del DNA ricombinante, a essere iniettate sono quindi solo le proteine che agiscono da
antigeni e non l’intero patogeno.
b. Un vaccino a DNA si basa sull’inoculo del DNA, sintetizzato in laboratorio, corrispondente
all’antigene desiderato, le cellule dell’organismo produrranno così l’antigene, stimolando la risposta
immunitaria.
c. Un vaccino a RNA si basa sull’inoculo del mRNA, sintetizzato in laboratorio, corrispondente
all’antigene desiderato, le cellule dell’organismo produrranno così l’antigene, stimolando la risposta
immunitaria.
d. Un topo transgenico è un topo che è stato modificato geneticamente inserendo un gene normalmente
assente nel suo genoma.
e. Un topo knock-out è un topo che è stato modificato geneticamente inattivando uno specifico gene.
f. Le iPSC sono cellule staminali pluripotenti indotte, si ottengono dalla riprogrammazione di cellule
adulte già differenziate.
g. Per totipotenti si intendono le cellule staminali in grado di dare origine a tutti i tipi cellulari e quindi,
potenzialmente, a un intero organismo.
h. Per pluripotenti si intendono le cellule staminali che possono differenziarsi in uno dei tre foglietti
embrionali (mesoderma, ectoderma ed endoderma), senza poter generare un intero individuo.
i. Per multipotenti si intendono le cellule staminali che generano un limitato numero di tipi cellulari.

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j. Una pianta Bt è una pianta transgenica che esprime il gene cry, divenendo resistente a molti parassiti.
k. Un biofiltro sfrutta il metabolismo di batteri ingegnerizzati per rimuovere dalle acque sostanze
inquinanti come il mercurio.
l. Un biosensore è costituito da batteri ingegnerizzati con la GFP (Green Fluorescent Protein) e rileva
la presenza di sostanze inquinanti nell’acqua o nel suolo.
m. Il bioetanolo è un biocombustibile sintetizzato per fermentazione a partire da masse vegetali.
89. a. Un vettore di clonaggio è una molecola di DNA plasmidico modificata, impiegata nelle tecnologie
molecolari di clonaggio. Vedi pagg. B165, B170.
b. Un clone batterico è una cellula figlia geneticamente identica alla cellula madre. Il clonaggio è una
tecnica per ottenere più copie di una determinata sequenza nucleotidica. Con la clonazione si duplica
un intero organismo.
c. Il DNA ricombinante è una molecola di DNA costituita da porzioni provenienti da individui diversi.
d. Le endonucleasi di restrizione sono enzimi che idrolizzano il legame fosfodiestere tra due nucleotidi
adiacenti all’interno di una doppia elica di DNA, agendo in corrispondenza di specifiche sequenze
bersaglio.
e. Vedi pag. B169.
f. La PCR sfrutta la tendenza di due filamenti di DNA con sequenza complementare ad appaiarsi
spontaneamente e la capacità dell’enzima DNA polimerasi di copiare un filamento di DNA stampo.
g. Il DNA fingerprinting è una tecnica che permette di stabilire se due campioni di DNA appartengono
allo stesso individuo. Vedi pag. B176.
h. Un vettore di clonaggio è una molecola di DNA plasmidico modificata, impiegata nelle tecnologie
molecolari di clonaggio. Un vettore di espressione consente di fare esprimere il gene clonato in una
cellula ricevente.
i. Le cellule staminali si classificano in: totipotenti, pluripotenti e multipotenti. Vedi pagg. B187-B188.

IL LABORATORIO DELLE COMPETENZE

COLLEGA I CONCETTI
90.
Tecnica Reagente chiave

Elettroforesi Gel di agarosio

PCR Taq polimerasi

Tecnica RFLP Enzimi di restrizione

Sequenziamento genico Dideossinucleotidi

Libreria genomica cDNA

ANALIZZA E DEDUCI

91. a. La sequenza CTTT nel cromosoma 4.


b. No, perché i cromosomi sessuali corrispondono al numero 23.
c. Sì, le sequenze GATA e AGAA nel cromosoma 18.
d. Le due sequenze possono appartenere alla stessa persona perché sono due SRT diverse, presenti in due
cromosomi diversi.

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92. Le esonucleasi separano un nucleotide per volta, perdendo in questo modo la sequenza nucleotidica
portatrice di informazioni genetiche.
93. I dideossinucleotidi impediscono la formazione del legame fosfodiestere con il nucleotide successivo.

APPLICA E ARGOMENTA
94. a. 10 combinazioni su 16.
b. La probabilità è del 62,5%.
95. a. 6 segmenti.
b. Frammento 1: 21 226 bp, Frammento 2: 7421 bp, Frammento 3: 5804 bp, Frammento 4: 5643 bp,
Frammento 5: 4878 bp, Frammento 6: 3530 bp.
c.

96. Maggiore, perché lo scimpanzé è più vicino all’uomo dal punto di vista filogenetico.

IPOTIZZA E DEDUCI

97. Il DNA ladder è il campione di controllo positivo che dà indicazioni sulla lunghezza dei frammenti che,
migrando, si posizionano a diverse distanze nel gel.
98. Affermazione falsa: D Il maialino è il risultato di un esperimento di clonazione della medusa.

BIOCHEMISTRY IN ENGLISH

99. B the transformation of plant cells.


100. B denaturation, annealing, elongation.
101. 10–7 g DNA.
102. Suspect C.
103. D HindII – Plasmid vector.

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