Capitolo 1 Il mondo dei microrganismi

1.1 I MICRORGANISMI
I microrganismi sono forme di vita microscopiche , organismi troppo
piccoli perché possano essere visti a occhio nudo. Di solito sono costituiti
da una cellula singola e includono batteri, archei , funghi, protozoi e
alghe. Includeremo anche i virus ma è bene ricordare che i virus non sono
vivi,utilizzano molecole biologiche e apparati per replicarsi e possono
causare malattie infettive come alcuni microorganismi . i virus non sono
microorganismi ma microbi.
La microbiologia è lo studio dei microbi

Cosa è la vita? Ci concentriamo su un aspetto pratico. Organismi

viventi/organismi non viventi.
Gli organismi viventi sono costituiti da cellule e sono capaci di :
- Metabolismo: insieme di reazioni chimiche che estraggono l’energia
e le sostanze nutritive dall’ambiente e li trasformano in nuovi
materiali biologici.
- Crescita: aumento della massa del materiale biologico
- Riproduzione : produzione di nuove copie dell’organismo
- Variabilità genetica : consente la possibilità di evoluzione, cioè il
cambiamento ereditario all’interno di una popolazione attraverso la
selezione naturale nel corso di più generazioni
- Omeostasi: regolazione attiva del loro ambiente interno per
mantenerlo relativamente costante
- Capacità di rispondere agli stimoli esterni e di adattarsi all’ambiente
locale

Un organismo vivo può non esprimere tutte le caratteristiche richieste

in ogni momento , purchè le possieda ( endospore non crescono , non
si replicano, possono restare quiescenti per lunghi periodi, ma quando
le condizioni ambientali sono favorevoli, germinano, tornando allo
stato della cellula vegetativa )
Cos’è la microbiologia?

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• Studio di organismi troppo piccoli per essere chiaramente visibili ad
occhio nudo (microorganismi; dal greco micros: piccolo e bios: vita)
• Questi organismi sono relativamente semplici nella loro architettura e
mancano di cellule differenziate e di tessuti
• Cellule procariotiche sono prive di un nucleo delimitato da una
membrana
• Cellule eucariotiche possiedono un nucleo racchiuso da una membrana,
sono morfologicamente più complesse e generalmente più grandi delle
cellule procariotiche
LA CELLULA MICROBICA
• I microrganismi vivono come cellule singole o come gruppi di cellule
• a differenza dei macrorganismi (piante ed animali), sono in genere
capaci di portare avanti i processi fondamentali per la vita - nutrirsi ed
accrescersi, riprodursi, differenziarsi, comunicare con altre cellule,
evolversi - indipendentemente da altre cellule.

Processi fondamentali per la vita

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Importanza dei Microorganismi
Costituiscono il gruppo più popoloso di organismi, si trovano in ogni parte
del globo SONO UBIQUITARI
• Hanno un ruolo fondamentale nel ciclo degli elementi essenziali
• Benefici per l’umanità per la loro capacità di produrre cibi, bevande,
antibiotici e vitamine

Composizione chimica delle cellule

Tutte le cellule condividono alcune caratteristiche di base; sono tutte
costituite da macromolecole ( grandi molecole complesse composte da
sub unità semplici); costituiscono circa il 90% del peso secco della
cellula .
I quattro principali tipi di macromolecole presenti nelle cellule sono :
-polipeptidi ; polimeri di aminoacidi, sono la classe più abbondante, si
ripiegano in strutte elaborate e svolgono una vasta gamma di lavori
importanti. Alcune proteine funzionano da enzimi , catalizzando le
reazioni chimiche all’interno della cellula, altre facilitano il
trasferimento di materiali all’interno o all’esterno della cellula, altre
vanno a formare strutture importanti( microfilamenti) .
- acidi nucleici ; il DNA è la molecola che conserva l’informazione e
contiene istruzioni per la produzione di molecole di RNA. Le molecole
di RNA svolgono numerose funzioni all’interno della cellula,
particolarmente in relazione alla produzione di proteine.
- lipidi ;idrocarburi idrofobici. Il ruolo principale dei lipidi nella maggior
parte delle cellule è quello di formare la membrana plasmatica,una
barriera che circonda la cellula e che separa l’interno dall’esterno. La
membrana limita il movimento dei materiali verso l’esterno o l’interno
della cellula , consentendo a questa di catturare e concentrare

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nutrienti per il metabolismo e la crescita e di impedire che i prodotti
del metabolismo si perdano.
- polisaccaridi ;sono polimeri di monosaccaridi, queste molecole sono
composte interamente di carbonio, idrogeno e ossigeno con formula
Cm( H2O)n. alcuni polisaccaridi servono come molecole di riserva di
energia,altri hanno funzione strutturale.

I domini della vita

Oggi noi classifichiamo gli organismi viventi in tre domini:

-BACTERIA
-ARCHAEA
-EUKARYA

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Fino alla fine del ‘900 ,però, i biologi dividevano le cellule in due tipi:

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-PROCARIOTI
-EUCARIOTI
Le cellule eucariotiche sono caratterizzate dal nucleo, un’entità separata
dal citoplasma da una membrana che lo racchiude. Il nucleo racchiude il
materiale genetico della cellula eucaristica durante la maggior parte del
ciclo cellulare.
Nelle cellule eucaristiche si osservano organelli delimitati da membrane,
ciascuno dei quali serve a una funzione unica e importante. Le due specie
di cellule differiscono anche nell’organizzazione del loro materiale
genetico. I procarioti contengono un’unica molecola di DNA cromosomico
circolare mentre gli eucarioti , più molecole lineari di DNA. La maggior
parte degli eucarioti è diploide, mentre la maggior parte dei procarioti è
aploide

I microrganismi come modelli di ricerca

La ricerca di base sulla struttura e le funzioni dei microbi ha gettato solide
basi per la comprensione della biologia di tutte le cellule.
I microrganismi unicellulari hanno in comune con gli organismi
pluricellulari il codice genetico e molte vie biochimiche.
L’impiego dei microbi nella ricerca offre molti vantaggi :
-molti sono facilmente coltivabili in laboratorio,economici e crescono
rapidamente
-facilitano la produzione di enzimi, o proteine, o altre biomolecole per usi
industriali e medici
-la maggior parte ha un numero relativamente piccolo di geni da
analizzare
- molti possono essere manipolati geneticamente con più facilità degli
eucarioti complessi.

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1.2 GENETICA MICROBICA

Anche se i gruppi di microrganismi differiscono gli uni dagli altri, essi

hanno in comune il meccanismo di conservazione dell’informazione.
Tutti gli organismi viventi condividono un percorso informativo
comune,il che suggerisce che tutti gli organismi viventi condividano un
antenato comune.
La vita probabilmente si è evoluta sulla terra circa 3,8 miliardi di anni
fa.
Sull’origine della vita sono state formulate molte ipotesi.
L’esperimento di Miller-Urey immaginava una terra degli inizi in cui
molecole organiche si fossero accumulate negli oceani, creando un
‘brodo primordiale’, dove si sarebbe organizzata la vita cellulare che
alla fine ne sarebbe emersa. Piuttosto che fluttuare in mare aperto
forse le molecole organiche avrebbero potuto accumularsi su una
superficie.
Gunter Wachtershauser ha teorizzato che la vita possa essersi evoluta
su superfici contenenti ferro. I processi metabolici complessi che
avvengono nelle cellule moderne avrebbero potuto evolversi a partire
da reazioni tra composti organici legati a superfici di questo tipo. In
questo contesto si deve pensare alla formazione di catene di RNA e
aminoacidi come passi essenziali. Questi polimeri, infatti, contengono

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informazioni e svolgono funzioni cellulari. Qualcuno ha suggerito che
all’inizio l’informazione fosse memorizzata in molecole di RNA ,
piuttosto che di DNA. Ora sappiamo che alcune molecole di RNA, i
ribozimi , possono catalizzare reazioni chimiche. All’inizio della storia
sulla vita questa macromolecola potrebbe aver avuto una duplice
funzione.
Tutte le cellule hanno una membrana plasmatica , ma come si sono
formate le prime membrane ?
Sappiamo che gli idrocarburi se uniti a gruppi carichi come i fosfati
formano lipidi polari, che possono organizzarsi in micelle e persino in
membrane a doppio strato che si chiudono su se stesse per formare un
comparto chiuso. Inizialmente , forse , membrane primitive di questo
tipo avrebbero potuto formarsi intorno a frammenti di minerali che
potevano anche servire come superfici per l’aggregazione di molecole
organiche. Se una membrana avesse incapsulato una molecola di
informazione e una molecola catalizzatrice , come un ribozima,
avrebbe potuto formarsi qualcosa di simile ad una cellula.

Come si sono originate le cellule complesse ?

La teoria più accreditata è l’ ‘endosibiosi’, ovvero mitocondri e
cloroplasti derivano da cellule batteriche.
Questi organelli hanno i loro genomi circolari , e nei loro geni è
presente un gene che codifica per il 16s rRNA , la molecola SSU rRNA
presente nei ribosomi batterici( ciò dimostra che mitocodri e
cloroplasti sono legati a specie batteriche).
La teoria dell’endosimbiosi con prove molecolari , afferma che questi
organelli divennero parte delle cellule aucariotiche attraverso
interazioni endosimbiotiche divenute stabili e permanenti. Possiamo
immaginare che l’endosimbiote abbia fornito all’ospite ATP in più,
ottenendone in cambio sostanze nutritive e un posto sicuro in cui
vivere. L’ATP ha inoltre consentito un incremento delle dimensioni
delle cellule e gli assetti multicellulari.

E’ possibile che nelle prime cellule l’RNA fosse la principale molecola di

informazione e catalisi. In seguito il DNA a doppio filamento lo avrebbe
sostituito e le proteine si sarebbero affermate come principali

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 molecole catalitiche , dando origine al primo organismo vivente. Carl
Woese si riferisce a questo primo organismo con il termine progenote ,
immaginando una cellula in cui le informazioni sarebbero state
memorizzate in geni non ancora collegati tra loro sui cromosomi.

1.3 Metabolismo microbico ed ecologia

Batteri e archei hanno una maggiore diversità metabolica e abitano

ambienti più vari rispetto agli aucarioti , soprattutto a quelli pluricellulari.
Gli ambienti abitati da batteri e archei vanno da profonde sorgenti
idrotermali marine con temperature anche superiori ai 110 °C , a strati di
ghiaccio antartici, a deserti, a rocce porose situate sotto terra. I
microrganismi prosperano in sorgenti calde e acide con un pH 1 e in laghi
alcalini con un pH superiore a 11. La loro capacità di vivere in questi
habitat deve riflettere la loro capacità di acquisire l’energia da questi
ambienti. Le loro capacità metaboliche sono dettate quindi dagli habitat
in cui possono vivere.
Fotosintesi, respirazione e comparsa di ossigeno
Tutti gli organismi viventi hanno bisogno di molecole organiche; quelli che
ottengono il proprio carbonio da molecole organiche sono detti eterotrofi
, si nutrono di molecole organiche prodotte da altri e le utilizzano per la
biosintesi di altre macromolecole o come fonte di energia.
Gli autotrofi producono invece le proprie molecole organiche da una
fonte di carbonio inorganico.
Negli organismi autotrofi l’energia assorbita assorbita determina il
trasferimento di un elettrone dalla molecola di pigmento a una serie di
proteine di membrana. Il movimento di questi elettroni permette la
formazione di ATP. Le cellule possono utilizzare ATP per incorporare un
carbonio inorganico (CO2) in una molecola organica. Per completare il
processo, la molecola di pigmento deve riconquistare un elettrone per
sostituire quello che è stato perso. Nei ciano batteri e nelle piante, la
molecola di pigmento recupera questo elettrone sottraendolo all’acqua e
liberando O2 :
2H2O  4H+ +4e- +O2

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Indipendentemente da come acquisiscono le molecole organiche , tutti gli
organismi viventi hanno bisogno di un meccanismo per ossidare molecole
e generare ATP. Uno dei metodi più semplici per ricavare energia da
molecole organiche è la glicolisi , la reazione in cui il glucosio è convertito
in piruvato, generando due molecole di piruvato :
glucosio +ADP +2Pi+ 2NAD+  2 piruvato +2ATP +2NADH+ 2H+

un metodo più efficace per ottenere ATP dal glucosio è la respirazione: un

insieme di processi metabolici in cui il glucosio è utilizzato in modo più
completo, con conseguente produzione di grandi quantità di ATP.

Microrganismi e cicli biogeochimici

I microrganismi sono stati coinvolti nel modulare le condizioni della
biosfera , la regione della terra che può supportare la vita. I microrganismi
non solo hanno creato l’atmosfera, ma sono anche coinvolti nei cicli
biogeochimici , cioè nella transizione di varie sostanze chimiche tra forme
organiche e inorganiche.

1.4 microrganismi e malattie

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gli esperimenti di Louis Pasteur a metà del XIX secolo fornirono la prova
definitiva del collegamento tra microrganismi e la trasmissione di
malattie. Pasteur mise del brodo nutriente in palloni a collo di cigno
facendolo poi bollire per uccidere eventuali microrganismi contaminanti,
e osservò poi se ci fossero segni di crescita microbica. Il suo ragionamento
era che l’aria esterna avrebbe potuto entrare liberamente nel pallone ma
i batteri che vi si trovavano sarebbero rimasti intrappolati nel collo, senza
mai venire a contatto con il brodo sterile. Senza batteri non ci sarebbe
stata crescita. Se però si fosse inclinato il pallone in modo che il brodo
venisse in contatto con i batteri che vi erano intrappolati, si sarebbe
verificata la crescita microbica.
La vita microbica nel brodo poteva provenire unicamente dalla vita
microbica presente nel collo del pallone : non si poteva originare
spontaneamente.

Identificazione degli agenti infettivi

Dopo 15 anni che Pasteur ebbe dimostrato che i microrganismi non si
originano spontaneamente, Robert Koch fornì la prima prova evidente
che un batterio, Bacillus anthracis , fosse la causa di una malattia
specifica del bestiame, l’antrace.

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Koch è stato protagonista non solo dello sviluppo di importanti tecniche
di laboratorio ma anche dello sviluppo di criteri chiari che collegassero
particolari microrganismi a malattie specifiche.
Egli usò questi criteri per stabilire la causa di altre malattie importanti tra
cui la tubercolosi, che è causata dal batterio Mycobacterium
turberculosis.

Gli effetti delle malattie infettive

Come aveva osservato van Leeuwenhoek , molti microrganismi sono
associati ai nostri corpi.
La maggior parte delle volte questi partner microbici sono solo questo,
ovvero partner. Quando il rapporto tra microrganismi e ospite diventa
sbilanciato si può sviluppare una malattia.
Le malattie infettive hanno avuto e continuano ad avere un forte impatto
sugli esseri umani.
Oggi , abbiamo un assortimento di antibiotici, antivirali e vaccini per
trattare o prevenire molte malattie infettive . lo sviluppo di queste terapie
è dipeso , in larga parte, dalla nostra comprensione della struttura di
questi microbi e delle loro strategie di replicazione. Inoltre, altre tecniche
come la pasteurizzazione , hanno portato a una diminuzione
dell’incidenza di alcune malattie infettive. Purtroppo le malattie infettive
rimangono delle minacce terribili per le persone in tutto il mondo.

Ruolo dei Microrganismi nelle malattie

• Stabilire una connessione dipendeva dallo sviluppo di tecniche per lo
studio dei microbi
• Una volta stabilito, ha permesso lo studio delle difese dell’ospite -
l’immunologia Attraverso questi metodi, fu in grado di identificare nel
1882 l’agente eziologico della tubercolosi, il Mycobacterium Tubercolosis

Lo sviluppo di tecniche per lo studio dei microrganismi patogeni

Koch ha utilizzato metodi di staining (colorazione) e terreni di crescita
come l’agar in piastre definite Petri dish (dal nome del suo assistente
Julius Richard Petri) per l’isolamento e l’identificazione di microrganismi

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