APPROCCIO DI PROTEOMICA

Esistono due tipi di approcci di proteomica :

l’approccio top-down :lavora su proteine intatte:l’analisi viene effettuata sulla proteina intera

l’approccio bottom up :si ricostruisce la proteina dal basso cioè si effettua la digestione triptica e si vanno
ad analizzare I peptidi piuttosto che le proteine intere e da questo si risale a quale proteina conteneva quel
peptide .

la proteina shutgan è un tipo di approccio bottom up in cui la miscela di proteine del campione ,mediante
digestione si generano peptidi .questi vengono separati nello spettrometro ed attraverso loro si risale alla
proteina da cui derivano .Alla fine ,tramite algoritmi soft di manipolazione delle liste di masse ottenute dagli
spettrometri ,si confrontano queste liste con quelle delle banche dati e si individua a quale proteina di
quelle presenti nel database impiegato corrisponde il peptide che si è identificato .l’approccio bottom up
consistono nella digestione delle proteine ,quindi la riduzione a peptidi sui quali avviene l’analisi di massa.

Nell’approccio top down invece le proteine vengono analizzate nel loro stato intatto ,non vengono cioè
idrolizzate prima dell’analisi in spettrometria di massa.La copertura della sequenza in questo caso prevede
l’avvio del sequenziamento o dall’estremità N-terminale o quella C-terminale ,in questo modo si avranno
delle informazioni dei frammenti degli ioni della proteina.