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La chimica della cellula

La materia costituita da ELEMENTI = sostanze che non possono essere spezzate


o convertite in altre sostanze con mezzi chimici.
Pi ELEMENTI possono formare MOLECOLE mediante LEGAMI CHIMICI.
Componenti chimici di una cellula
Principali elementi:
C, H, O, N, S, P (99% peso della cellula)
Principali molecole:
Acqua (70% peso della cellula)
Molecole organiche:
amminoacidi e proteine
nucleotidi e acidi nucleici
zuccheri
lipidi

L Atomo
Gli atomi sono formati da tre particelle diverse:
I protoni,
protoni particelle pesanti caricate positivamente
I neutroni particelle con massa leggermente
superiore ai protoni senza carica elettrica
Gli elettroni particelle molto pi piccole dei
protoni caricate negativamente
Anche se un protone 2000 volte pi pesante di un elettrone, la sua
carica positiva eguaglia la carica negativa, ed insieme si annullano

Nucleo

I protoni e i neutroni sono tenuti insieme


da elevate forze nucleari e formano il
nucleo positivo dellatomo

elettroni

Gli elettroni girano intorno al nucleo, ad una certa distanza da esso,


percorrendo uno spazio che viene detto orbitale atomico .Il numero
degli elettroni generalmente uguale a quello dei protoni e quindi
latomo neutro (stesso numero di cariche positive e negative)

In questo caso Z = 2

Il numero di protoni nel nucleo


viene detto NUMERO
ATOMICO ed indicato dalla
lettera Z

Lo spazio dove si
muovono gli
elettroni viene anche
chiamato LIVELLO
ENERGETICO e
quello indicato dalla
freccia il primo
livello

In questo caso A = 4
( 2 protoni + 2 neutroni )

Il peso dellatomo invece dato dalla somma dei


protoni e dei neutroni (in quanto gli elettroni hanno
una massa trascurabile) e viene indicato con il termine
di PESO ATOMICO o MASSA ATOMICA e con
la lettera A

ISOTOPI = elementi con ugual numero di protoni e


diverso numero di neutroni
Esempi:
14C

= 6 protoni e 8 neutroni
3H = 1 protone e 2 neutroni

La massa atomica di un atomo, o peso atomico o peso


molecolare, la sua massa relativa a quella dellatomo di
idrogeno.
Essa risulta sostanzialmente uguale al numero di protoni
pi quello dei neutroni, dato che gli elettroni sono molto
pi leggeri e non contribuiscono quasi nulla al totale.
L Unit di misura del Peso molecolare il Dalton
La quantit in grammi di una sostanza pari al PESO
MOLECOLARE viene detta MOLE
Una mole contiene 6 x 1023 molecole della sostanza.
(6 x 1023: numero di Avogadro)

Gli orbitali
Ogni elettrone si muove allinterno di una porzione limitata dello spazio
dellatomo (stato discreto), chiamata orbitale dove alloggiano un numero
preciso di elettroni.
I principali atomi presenti nelle cellule utilizzano solo tre gusci:
- il primo pu contenere solo due elettroni
- il secondo e il terzo ne contengono fino a otto.
Un atomo che contenga gi uno strato esterno pieno di elettroni (elio, neon
e argon) non chimicamente reattivo.
Gli atomi che non hanno lo strato esterno gi pieno possono raggiungere
Un0o stato stabile in due modi: acquistando o perdendo elettroni in un
legame ionico, oppure mettendo elettroni in condivisione formando un
legame covalente.

Riempimento degli orbitali

Il principio di Pauli

Un orbitale puo contenere al massimo una coppia di elettroni con spin appaiati
(o antiparalleli)

Gas inerte

Gas inerte

Gas inerte

Legame chimico
Si chiama legame chimico ci che tiene unito un atomo ad un
altro e si forma sempre fra almeno due atomi.
Per indicare che due atomi sono legati, si interpone un trattino
fra i loro simboli (C-C, H-H, ecc).
Gli atomi formano legami chimici per raggiungere una
configurazione elettronica pi stabile, generalmente la
configurazione elettronica del gas nobile pi vicino, quindi
lottetto.
I gas nobili, che gi hanno raggiunto lottetto, non formano
legami chimici.

Il raggiungimento della stabilit si ottiene per CONDIVISIONE o


TRASFERIMENTO

Il numero di elettroni che un atomo deve acquisire o perdere per ottenere un


guscio elettronico pieno detto VALENZA

Legame covalente puro


Un legame covalente detto puro quando si forma fra
atomi con lo stesso valore di elettronegativit, oppure
valori molto vicini.
In questo caso, gli elettroni che vengono messi in comune
fra i due atomi vengono attratti con la stessa forza da
entrambi i nuclei e, perci, vengono ad essere condivisi in
maniera uguale fra i due atomi (c una distribuzione
simmetrica della nube elettronica).
Il legame covalente un legame FORTE le molecole sono
ad una distanza di 0,074 nm.

Legame covalente polare

Un legame covalente polare si forma tra atomi che hanno


elettronegativit diversa, ma non tanto diversa da rendere possibile
la formazione di un legame ionico.
I due atomi mettono in comune i loro elettroni spaiati, tramite la
sovrapposizione degli orbitali in cui si trovano questi elettroni.
Tuttavia la coppia di elettroni non equamente condivisa fra i due
atomi:
-gli elettroni passano pi tempo attorno allatomo pi
elettronegativo, rendendolo parzialmente negativo, mentre
laltro atomo diviene parzialmente positivo.

Polarit nel legame covalente: H20

La carica totale dellacqua nulla, ma distribuita in modo


asimmetrico.
Lacqua un dipolo permanente.

Legame ionico

Na
Cl

Na+ ione positivo o CATIONE


Cl- ione negativo ANIONE

Un cristallo di sale contiene circa 2 X 10 19 ioni di ciascun tipo di ione


Sostanze come lNaCl sono chiamate SALI

Legami covalenti e non covalenti


Tipo di legame

lunghezza (nm)

Forza (Kcal/mole)
nel vuoto

Covalente
Non covalente: .ionico

.idrogeno
.attrazione di van der Waals

nellacqua

0.15

90

90

0.25
0.30
0.35

80
4
0.1

3
1
0.1

Forza di un legame: energia necessaria per romperlo

Legame idrogeno
Il legame idrogeno si forma tra un atomo elettronegativo (N o O) che ha una
carica parzialmente negativa e un atomo di idrogeno combinato che porta una
carica leggermente positiva.

Associazioni polari e non polari


Le molecole polari tendono ad attrarsi e ad allinearsi con altri ioni e molecole polari o
provviste di carica.
Gli ambienti polari (ad es. lacqua) tendono ad escludere sostanze non polari.
Quando presenti in quantit, le molecole non polari o apolari tendono a raggrupparsi in
disposizioni che riducono larea della siuperficie esposta allacqua (associazione apolare).

Acqua e sostanze polari: Idrofile (affini allacqua)


Sostanze non polari: Idrofobe (avverse allacqua)

Molecole idrofiliche
Le sostanze che si sciolgono prontamente in acqua si dicono idrofiliche. Esse sono
composte da ioni o molecole polari che attraggono le molecole dellacqua per interazioni
elettriche.
Le molecole di acqua circondano ogni ione o molecola polare che si trova alla superficie
del solido e lo portano in soluzione.

Molecole idrofobiche
Le molecole che contengono prevalentemente legami non polari di solito non sono
solubili in acqua e si dicono idrofobiche.
Questo particolarmente vero nel caso degli idrocarburi che contengono molti legami
C-H.
Lacqua non attratta da tali molecole e perci non tende ad avvolgerle e a portarle in
soluzione.

O
H

C
H

C
H

O
H

H
H

Forze di Van der Waals


Due atomi si avvicinano sino ad un certo punto e poi a distanza troppo ravvicinata si
genera una forza di repulsione.
Lattrazione dipende dal raggio dellatomo ( raggio di Van der Waal).
Due atomi si attirano fino a che la distanza che li separa non diventa quasi uguale alla
somma dei loro raggi di Van der Waals.

Reazioni chimiche in acqua


Acido: donatore di protoni
Acido
CH3COOH

Anione + H+
CH3COO- + H+

( acido acetico)

Base: accettore di protoni


La maggior parte delle basi rappresentata da sostanze che, sciolte in
acqua, si dissociano cedendo uno ione OH- ed un catione
NaOH

Na+ + OH-

( idrossido di sodio)

Alcune basi invece accettano un protone dallacqua, rilasciando uno ione


OHNH3 + H2O

NH4+ + OH-

( ammoniaca)

pH
pH = log negativo della concentrazione degli ioni idrogeno di una soluzione
pH = -log10[H+]
La soluzione neutra se il pH = 7
La soluzione acida se il pH < 7
La soluzione basica se il pH > 7

Per lacqua pura: [H+] = 10-7 moli/l


Infatti per [H+]=1,010-7 M si ha pH=7
Si noti che per [H+] > 10-7 si ha pH < 7

[H+]

100

10-1

10-2

10-3

10-4

10-5

10-6

soluzione acida
pH < 7

10-7

10-8

10-9

10-10

10-11

10-12

10-13

10-14

soluzione basica

soluzione
neutra
pH = 7

pH > 7

Gruppi funzionali biologicamente importanti


Formula di struttura

Ossidrilico

Classe di composti
caratterizzati dal gruppo

OH

Alcoli
H

Carbonilico
R

Gruppo funzionale

C OH

etanolo

Aldeidi
H

O
H

formaldeide
H

Chetoni
R

C OH

acetone

Acidi carbossilici

Carbossilico

OH

NH2 O
R C
H

OH

amminoacido

Gruppi funzionali biologicamente importanti


Gruppo funzionale

Formula di struttura

Amminico

Classe di composti
caratterizzati dal gruppo
Ammine

H
R

NH2 O

H
R

CH3

amminoacido

Fosfati organici
O

O
P

etano

C H

R O

OH

H C

Fosfato

H
Componente di molti composti
organici
H

Metilico
R

esteri fosforici
come nellATP

OH
OH

OH
OH
R

SH

Tioli
H

Sulfidrilico

C OH

SH NH2

cisteina

Condensazione e idrolisi
Condensazione: i componenti di una molecola di
H2O(H+ e OH-) si staccano dai gruppi reagenti
delle molecole che si stanno combinando.
(reazione di polimerizzazione)
Idrolisi: I componenti di una molecola di H2O
vengono aggiunti dove si rompe un legame
covalente.
( reazione di lisi o depolimerizzazione)