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Fondamenti di chimica della vita

1.1 Atomi presenti negli organismi viventi

Proposti come costituenti della materia solo agli inizi del '900, il primo modello di atomo fu proposto da
Bohr e Sommerfeld: modello planetario, costituito dal nucleo attorno al quale ruotano gli elettroni in orbite
circolari disposte su livelli energetici successivi. Il nucleo è formato da protoni e neutroni. Il numero dei
protoni nel nucleo corrisponde al numero atomico dell'atomo specifico. Il numero dei protoni sommato al
numero dei neutroni è il numero di massa (unità di misura u.m.a. o Dalton [Da]).

Gli atomi più comuni negli organismi viventi sono:

• O (65,0 %);
• C (18,5 %);
• H (9,5 %);
• N (3,3 %).
(tutti e quattro riferibili ai primi tre livelli energetici della tavola periodica)

Altri atomi presenti in minor quantità: Ca (1,5 %), P (1 %), K (0,4 %), S (0,3 %), Na (0,2 %), Cl (0,2 %), Mg
(0,1 %).
Altri presenti solo in tracce (< 0,01 %): B, Co, Cu, F, I, Fe, Mn, Mo, Se, Si, Zn.
L'evoluzione della materia e della vita ha effettuato una drastica cernita rispetto ai più di 100 atomi del
Sistema Periodico.

Isotopi: stesso numero atomico, ma differente numero di massa.

Es. Carbonio:
C12 = 6p, 6n, 6 e-
C13 = 6p, 7n, 6 e-
C14 = 6p, 8n, 6 e- (instabile/radioattivo → decate trasformandosi in N)

Idrogeno: 1p, 1 e-
Deuterio: 1p, 1n, 1 e-
Trizio: 1p, 2n, 1 e-

Nella seconda metà del '900 emerge una nuova branca della fisica: la MECCANICA QUANTISTICA, i cui
principali esponenti sono i fisici Heisenberg (principio di indeterminazione) e Schrödinger. Il principio di
indeterminazione di Heisenberg sostiene che per qualsiasi particella non è possibile determinare in modo
preciso e contemporaneamente sia la sua posizione che la sua quantità di moto. Da questa teoria deriva la
descrizione degli elettroni in ORBITALI (non più orbite) che definiscono uno spazio in cui vi è probabilità di
trovare uno o due elettroni in quel livello energetico.
• Principio di esclusione di Pauli: in un orbitale si trovano al massimo 2 elettroni con spin opposto.

Le molecole della vita sono costituite da atomi con i primi 3 livelli energetici:
1° livello: 1s definito da una sfera (conformazione sferica);
2° livello: 1 + 3 orbitali → 2s + 2p (px, py, pz: orbitali a forma di otto, disposti secondo le 3 direzioni dello
spazio)
Ibridazione degli orbitali
Gli orbitali 2s e 2p possono andare incontro a un processo di ibridazione che porta alla formazione di
orbitali sp3: è formato da 4 orbitali/suborbitali che partono da un punto centrale e si distribuiscono lungo 4
direttrici verso i vertici di un ipotetico tetraedro (conformazione fondamentale perché si ritrova sia nella
molecola dell'acqua che del metano).

Le molecole sono unioni di atomi:

• elementi: formati da un solo tipo di atomo (H2, O2, ...);
 • composti: formati da più tipi di atomi (CO2, H2O, NaCl, ...).

1.2 Legami chimici

Legame ionico: si realizza per attrazione elettrostatica fra uno ione positivo e uno negativo.
Esempio: Cloruro di sodio, il Na nell'ultimo livello energetico ha solo un elettrone che tende ad essere
ceduto al cloro che invece ha 7 elettroni nel livello più esterno: Na diventa ione positivo e Cl ione negativo.

Legame covalente (tra atomi uguali): si realizza per condivisione di elettroni degli orbitali più esterni. Due
atomi liberi di idrogeno formano un singolo legame covalente (cooperazione).
Esempio: 2 atomi libri di ossigeno si uniscono formando un doppio legame grazie ai due elettroni del livello
più esterno.

Legame covalente (tra atomi diversi): nel metano i legami sono covalenti non polari: infatti, il carbonio può
formare 4 legami covalenti con 4 atomi di idrogeno; avendo elettronegatività simile, la nuvola elettronica
attorno a C e H è distribuita in modo omogeneo/uniforme. Invece, l'acqua è formata solo da legami
covalenti polari. La polarità dipende dal fatto che l'ossigeno, avendo più protoni dei due idrogeni tende ad
attrarre verso di sé la nuvola elettronica che non è uniformemente distribuita (O è più elettronegativo di H).
Caratteristiche fondamentali della materia:
– granularità (non si può sapere quale è la particella più elementare);
– indeterminazione;
– relazione.

Acqua
Più importante molecola della vita: funge da solvente delle molecole; è proprio per la presenza dell'acqua
che la vita sulla Terra è potuta emergere ed evolversi.
Sono 3 gli stati principali: solido, liquido e vapore; la sua funzione principale consiste nel moderare le
escursioni termiche sulla Terra. È molto importante sia per la quantità preente sia per le sue funzioni:
• nei tessuti delle piante:
◦ foglia = 70-90%;
◦ radice = 60-80%;
◦ seme = 5-15% (si disidrata per conservarsi meglio).
• Funzioni:
◦ INERZIA TERMICA (consente di moderare le variazioni di temperatura);
◦ RAFFREDDAMENTO TRAMITE L'EVAPORAZIONE;
◦ TRASPORTO NEI VEGETALI DAL TERRENO ALLE FOGLIE;
◦ FORMAZIONE DEL GHIACCIO IN SUPERFICIE proteggendo la pianta dalle basse temperature.

Molecola d'acqua
Poiché l'ossigeno è un atomo elettronegativo attira verso di sé le cariche elettroniche dei legami covalenti
con H. Quindi l'ossigeno manifesta una carica frazionaria negativa, mentre gli H hanno una carica
frazionaria positiva: manifestazione delle proprietà di un DIPOLO (caratteristica alla base di tutte le
proprietà chimico-fisiche dell'acqua).

Legame a ponte idrogeno

Si stabiliscono tra le singole molecole dell'acqua: infatti, la carica frazionaria positiva dell'idrogeno
interagisce con la carica frazionaria negativa dell'ossigeno. È caratterizzata da una bassissima energia di
legame (4,5 kcal/mol), molto più piccola di quella del legame covalente O-H (110 kcal/mol).
I legami a idrogeno sono estremamente instabili, si formano e si rompono in frazioni di secondo.
Questa capacità è alla base delle transizioni di stato a cui l'acqua può sottostare (solido-liquido-gassoso):
– nel ghiaccio (<0 °C) le molecole sono reciprocamente legate da ponti idrogeno stabili (reticolo
ghiaccio);
– nell'acqua (>0 °C) i legami tra molecole si formano e rompono in modo dinamico; con ulteriore
 aumento della temperatura vengono formate molecole di acqua libere sotto forma di vapore.
L'acqua possiamo confrontarla con altre molecole di simile massa molecolare: a temperatura ambiente,
l'acqua (PM=18) è liquida, invece l'ammoniaca (PM=17), il metano (PM=16) e l'anidride carbonica (PM=44)
sono gassosi perché non formano ponti idrogeno. Nel confronto con altre molecole che presentano legami
a idrogeno a temperatura ambiente sebbene di peso molecolare diverso sono liquide come l'acqua: alcol
metilico (CH3OH), alcol etilico (C2H5OH), acido organico formico (CHOOH), acido acetico (CH3COOH).

Inerzia termica
Dipende dall'elevato calore specifico dell'acqua; una caloria è la quantità di calore necessaria per
aumentare dei 1 °C la temperatura di 1g d'acqua.
Per far aumentare di 1 °C un grammo di etanolo servono 0,6 cal, mentre per 1g di ferro servono 0,1 cal
perchè il ferro ha una bassa inerzia termica.

Coesione
Le molecole di acqua tendono a rimanere coese/unite ed è una caratteristica fondamentale per spiegare la
transizione d'acqua lungo i vasi delle piante.

Adesione
Si manifesta nei fenomeni di capillarità: consiste nella tendenza ad aderire alle sue pareti, è inversamente
proporzionale al diametro del capillare. Questo fenomeno è ovviamente contrastato dalla forza di gravità.

Tensione superficiale
Forma come un pavimento poiché le molecole d'acqua tendono ad unirsi e questo accade quando c'è una
superficie di interazione tra aria e acqua. Questo fenomeno consente ad alcuni insetti molto leggeri di
camminare sulla superficie dell'acqua. Tale capacità può essere "distrutta" da alcuni detergenti
(tensioattivi).

Capacità di solvatazione
Capacità di solvatare atomi e molecole idrofiliche (cariche o polari). Ad esempio, con NaCl l'acqua è in grado
di indebolire e rompere i legami elettrostatici tra Na+ e Cl- inserendosi nel reticolo cristallino: in questo Na e
Cl vengono solvatati.
Le molecole non solubilizzabili in acqua sono definite idrofobiche (apolari). L'ambiente acquoso interno alla
cellula conferisce solubilità ai sali e alle proteine citosoliche.