Lezione 2

Molecole biologiche nella cellula

1
 Le sostanze presenti nei viventi

 Gli esseri viventi terrestri sono costituiti da sostanze

chimiche basate sul carbonio
 I composti organici sono costituiti da uno scheletro di
atomi di carbonio e idrogeno che può legare altri
atomi: ossigeno, azoto, zolfo, fosforo
 La maggior parte dei composti organici degli
organismi è rappresentata da macromolecole
(polimeri) prodotte attraverso l’unione con legami
covalenti di molecole più piccole (monomeri)
2
 Molecole biologiche

I quattro tipi di grandi molecole che

contraddistinguono i viventi sono le proteine, i
lipidi, i carboidrati e gli acidi nucleici.
La maggior parte di queste molecole biologiche
sono polimeri, costituiti da subunità
monomeriche unite tra loro; polimeri molto
grandi sono chiamati macromolecole
3
Le sostanze presenti nei viventi

H2O
(50-90%)

4
Savada D et al., Elementi di biologia e genetica
 I polimeri

Le macromolecole di carboidrati, proteine e

acidi nucleici sono molecole a lunga catena
(polimeri) costituite da numerose subunità
(monomeri) identiche o simili unite da legami
covalenti

5
 Sintesi dei polimeri

Reazione di condensazione: il legame fra i vari

monomeri avviene mediante una reazione in cui si ha la
perdita di una molecola di H2O. Ogni volta che si forma
un legame uno dei monomeri perde un gruppo ossidrile,
l’altro un atomo di idrogeno

Reazione catalizzata da
polimerasi

6
 Degradazione dei polimeri

Reazione di idrolisi: rottura dei legami covalenti tra

monomeri per aggiunta di una molecola di H 2O. Un
atomo di idrogeno dell’acqua attacca un monomero e il
gruppo ossidrile lega il monomero adiacente
H2O

Reazione catalizzata
da idrolasi

7
 CARBOIDRATI

Molecole che contengono atomi di carbonio

affiancati da atomi di idrogeno e gruppi
ossidrilici (H-C-OH)n (C:H:O = 1:2:1)

8
 Carboidrati funzione

* Fonte di energia (es. glucosio, polisaccaridi di

deposito)
* Fonte di atomi di C per la biosintesi di molecole
organiche (aa, acidi grassi)
* Funzione strutturale (cellulosa, chitina)
* Legati a proteine o lipidi costituiscono antigeni di
superficie (sostanze in grado di essere riconosciute dal
sistema immunitario)

9
 Monosaccaridi 1

 Zuccheri semplici che contengono generalmente da

tre (triosi) a sette (eptosi) atomi di carbonio
 Classificati in base al numero degli atomi di C e alla
presenza di un gruppo chetonico o aldeidico

Esoso C6H12O6 Esoso

aldoso isomeri chetoso

10
 Monosaccaridi 2

In soluzione acquosa le molecole di molti

monosaccaridi (C>4) assumono una struttura ad anello.
La forma ciclica è la più stabile in condizioni
fisiologiche.

Reazione tra gruppo aldeidico

sul C1 e gruppo ossidrilico sul
C5 del glucosio

11
 Monosaccaridi 3

Due pentosi (ribosio e desossiribosio) hanno particolare

importanza biologica, in quanto costituiscono parte
dello scheletro dell’ RNA e del DNA

12
 Disaccaridi

Costituiti dall’unione di due monosaccaridi

attraverso un legame covalente glicosidico

glucosio fruttosio

lattasi 13
 Lattasi e intolleranza al lattosio 1

La lattasi ha localizzazione intestinale (tenue).

La diminuzione nella produzione di questo
enzima (in alcuni individui adulti) è legata
all’intolleranza al lattosio.

lattasi
14
 Lattasi e intolleranza al lattosio 2
* In tutte le specie di mammiferi, i geni per la digestione del latte
vengono silenziati subito dopo lo svezzamento (lattasi non più
necessaria ed è costoso produrla).
* Una parte della popolazione umana attuale è in grado di digerire
questo alimento anche in età adulta.

Distribuzione mondiale dell’intolleranza al lattosio

15
 Lattasi e intolleranza al lattosio 3

.
* C.a. 10 000 anni fa viene introdotta la pastorizia e inizialmente si
utilizzava solo di latte fermentato che ha minore contenuto di lattosio (a
quell’epoca tutti gli adulti di h. sapiens erano intolleranti)
* Una mutazione casuale insorta c.a. 7500 anni fa in Europa centrale ha
consentito la persistenza della lattasi negli adulti
* Una mutazione indipendente (ma con uguale effetto sul fenotipo) è
insorta nelle popolazioni africane nello stesso periodo
* Dopo la comparsa di mutazioni il latte diventa alimento anche per gli
adulti; i portatori hanno un vantaggio selettivo (fonte di energia, calcio,
vit D, H2O); aumenta la frequenza del carattere “persistenza
dell’enzima” nella popolazione (35% attualmente)
16
Ötzi, la mummia del Similaun,
intollerante al lattosio

5000 anni fa

Gruppo sanguigno 0, probabili occhi marroni

Predisposizione genetica a malattie coronariche
Infettato da Borrelia burgdorferi
 Polisaccaridi
Macromolecole lineari o ramificate formate dalla
polimerizzazione di monosaccaridi uniti da legami
glicosidici (amido, glicogeno, cellulosa, chitina)

Amilosio, amilopectina, glicogeno, cellulosa: polimeri del glucosio. Cambia il tipo di legame tra i
19
monomeri e il grado di ramificazione.
 Polisaccaridi strutturali
 Chitina:
polimero di N-acetilglucosammina
esoscheletro artropodi
parete cellulare di funghi e batteri

 Cellulosa:
polimero del glucosio
pareti cellule vegetali
degradata (cellulasi) da alcuni batteri,
funghi e protozoi

20
 Erbivori che “digeriscono” la cellulosa 1
Ruminanti:
microrganismi simbionti nello stomaco che digeriscono la cellulosa.
Lo stomaco è diviso in quattro parti: rumine, reticolo, omaso e abomaso.
I vegetali grossolanamente masticati scendono nel rumine, dove i
microrganismi simbionti demoliscono la cellulosa. Successivamente,
l’impasto vegetale viene rigurgitato in bocca, rimasticato e nuovamente
inghiottito. Questa volta, però, il cibo passa nelle altre tre camere, dove
viene ulteriormente demolito, e da qui nell’intestino dove il glucosio
proveniente dalla digestione della cellulosa viene assorbito.
 Erbivori che “digeriscono” la cellulosa 2

Conigli e roditori: batteri simbionti nell’intestino cieco.

Topi e conigli ingeriscono le proprie feci, in cui sono contenuti i prodotti
di digestione della cellulosa per assorbirli a livello intestinale a un secondo
passaggio, evitando perdita di nutrienti inizialmente eliminati.

Batteri simbionti

Assorbimento
nutrienti
22
 Insetti che “digeriscono” il polistirolo

⃰ Le larve del coleottero Tenebrio molitor, o tarma della farina,

possono sopravvivere nutrendosi di polistirolo.
⃰ Per questa capacità di metabolizzare la plastica pare siano
responsabili particolari batteri che vivono nel loro apparato
digerente.
⃰ Se si riuscisse a produrre su vasta scala gli enzimi digestivi di
questi batteri si potrebbero utilizzare per lo smaltimento dei
rifiuti. 23
 Polisaccaridi di riserva

* Il glucosio è lo zucchero direttamente ossidato

per liberare energia
* Il glicogeno e l’amido sono polimeri del
glucosio (G)n, dove n può raggiungere le
centinaia di unità
* Perché il G deve essere immagazzinato nelle
cellule come polimero? Perché la cellula non
accumula il glucosio monomero?
24
 Osmosi 1
 L’osmosi è quel fenomeno per cui si assiste
al movimento di acqua da una soluzione
meno concentrata a una soluzione più
concentrata, attraverso una membrana
semipermeabile.
H2O
 Membrana semipermeabile permette il
passaggio del solvente (acqua) ma non di
determinati soluti (es. zuccheri)

25
 Osmosi 2
 Le membrane cellulari sono semipermeabili

Cellula che
accumulasse
G monomero
rischierebbe
di scoppiare

26
 Osmosi 3

La pressione osmotica dipende dal numero di molecole in soluzione, non dalle

loro dimensioni, quindi 100 molecole di G esercitano una pressione osmotica 100
volte superiore a una singola molecola di glicogeno formata da 100 molecole di
glucosio.
Abbassando il n° netto di molecole (da G a glicogeno) diminuisce la pressione
osmotica nella cellula.

glucosio glicogeno/amido

ambiente extracellulare cellula

Con la polimerizzazione il numero di molecole all’interno della cellula viene riportato

uguale a quello dell’ambiente extracellulare
 LIPIDI

* Idrocarburi insolubili in acqua a causa dei loro

numerosi legami covalenti apolari
* Non costituiscono polimeri
* Grassi e oli (grassi neutri/gliceridi): deposito
energetico
* Fosfolipidi: funzione strutturale nelle membrane
biologiche
* Steroidi: funzione di regolazione, strutturale,
digestiva
28
 Trigliceridi
* Costituiti da una molecola di glicerolo (alcol a
tre atomi di carbonio) unita a tre molecole di
acido grasso
* I trigliceridi sono i gliceridi più comunemente
presenti in grassi animali e vegetali

29
 Acidi grassi 1

 L’acido grasso è costituito da una lunga

catena idrocarburica non ramificata alla
cui estremità si trova un gruppo
carbossilico (-COOH).
 Acidi grassi saturi: tutti i legami sono
saturati da atomi di H. Le molecole
risultano rigide e si impacchettano tra di
loro. I grassi ricchi di ac. grassi saturi
tendono ad essere solidi a temperatura
ambiente
polare
30
apolare
 Acidi grassi 2
Acidi grassi insaturi: la catena
idrocarburica contiene uno o più
doppi legami che introducono delle
“pieghe” nella molecola. Le pieghe
impediscono alle molecole dei grassi
insaturi di allinearsi con le molecole
adiacenti. I lipidi contenenti ac.
grassi insaturi tendono ad essere
fluidi a temperatura ambiente (oli)
 Riserve energetiche

* I grassi costituiscono una forma di riserva

energetica concentrata: a parità di peso producono
una quantità di energia più che doppia rispetto a
quella contenuta nell’amido
* Le piante essendo immobili possono permettersi di
accumulare pesanti riserve energetiche sotto forma
di amido
* Per gli animali, che devono portare sempre con sé i
propri depositi di energia, risulta vantaggioso che
tali depositi siano concentrati; le riserve
energetiche a lungo termine vengono depositate
sotto forma di lipidi nelle cellule adipose
 Riserve energetiche: glicogeno

* Le riserve di glicogeno degli animali servono solo per le

“emergenze”
* Le riserve muscolari sono quasi doppie rispetto a quelle del
fegato, ma in entrambi i casi sono a breve termine: subiscono
drastiche riduzioni in caso di esercizio fisico o di digiuno
* Il glicogeno muscolare serve come fonte di energia del
lavoro meccanico, quello epatico a regolare la glicemia
* Il grosso delle riserve energetiche (in termini di Kcal quasi
200 volte in più) è costituito dai lipidi
33
 Fosfolipidi 1

 Formati da una molecola di glicerolo esterificata da

due acidi grassi e legata a un fosfato che a sua volta
lega un gruppo organico generalmente azotato.
 Sono molecole anfipatiche

Carica elettrica
negativa

34
 Fosfolipidi 2
 In presenza di acqua le estremità polari idrofile si
dispongono verso l’ambiente acquoso, mentre le code
apolari idrofobe si orientano in direzione opposta

35
35
 Membrana cellulare

 Le membrane sono formate da un doppio strato di

fosfolipidi

36
36
 Steroidi

Composti organici che contengono tre anelli di

cicloesano (A, B, C) e un anello di ciclopentano (D)

37
37
 Steroidi: funzioni
Costituenti delle membrane biologiche (colesterolo regola la fluidità della membrana)

Ormoni (sessuali, surrenalici)

Funzione digestiva (sali biliari)

38
 PROTEINE

* Singolo polimero non ramificato di aminoacidi

(catena polipeptidica) che si ripiega in una specifica
struttura tridimensionale
* Aminoacidi: molecole organiche che recano sia il
gruppo aminico (-NH2) che quello carbossilico
(-COOH)

Carbonio 
R: gruppo laterale differisce in
ciascuno dei 20 aa

39
 Aminoacidi
I 20 amminoacidi possono essere divisi in gruppi a seconda della carica e
della polarità delle loro catene laterali:
Catene laterali neutre apolari

Catene laterali neutre polari

Catene laterali cariche acide

Catene laterali cariche basiche

40
 Legame peptidico

Gli aminoacidi si uniscono tra loro mediante un legame

covalente che si forma tra il carbonio del gruppo
carbossilico di un aa e l’azoto del gruppo aminico
dell’aa adiacente

41
 Struttura primaria

La sequenza aminoacidica della catena polipeptidica

costituisce la struttura primaria di una proteina

42
 Polipeptidi
 Numero teorico di polipeptidi diversi:
20n (20 numero di aa diversi, n lunghezza del
polipeptide)
20 2 (400) dipeptidi diversi
20 3 (8000) tripeptidi diversi
…..

 Lunghezza delle proteine negli eucarioti:

minima 110 aa (insulina umana)
media c.a. 360 aa
massima 27.000 aa (Titine)
43
 Struttura secondaria 1

Segmenti di catena polipeptidica avvolti o

ripiegati in modo ripetitivo a formare strutture
che contribuiscono alla forma complessiva della
proteina. Queste configurazioni sono
determinate dalla formazione di numerosi legami
a idrogeno tra gli aminoacidi che costituiscono la
struttura primaria.

44
Struttura secondaria 2

  elica: è comune nelle proteine

strutturali fibrose (cheratine) per quasi
tutta la lunghezza del polipeptide.
* Legami H tra l’ossigeno di un gruppo
C=O e il gruppo N-H nel giro successivo
dell’elica, a 4 aa di distanza.

45
 Struttura secondaria 3

 sheet: due o più regioni di una singola catena polipeptidica tra

loro parallele vengono a formare una struttura planare attraverso
la formazione di legami idrogeno

Legami H tra gruppi NH su un

segmento della catena e i gruppi
C=O sull’altro segmento

46
La presenza di numerosissimi legami idrogeno nei foglietti beta della seta
del ragno rende ogni fibra della seta più resistente di un filo d’acciaio dello
stesso peso (nonostante il legame H a livello molecolare sia da 100 a 1000
volte più debole del legame metallico)
47
47
 GFP myoglobin

Foglietti  eliche

Aequorea victoria 48
48
 Struttura terziaria

Le interazioni tra i gruppi R delle catene laterali

degli aminoacidi determinano la formazione di
ripiegamenti che portano alla formazione di una
struttura tridimensionale definita (struttura terziaria)

49
 Interazioni deboli con un grande
effetto

Le interazioni di van der Waals tra le molecole presenti all’apice delle setole
sulle dita e quelle della superficie del muro sono così numerose che, sebbene
prese individualmente siano estremamente deboli, nel loro complesso sono
sufficienti a sostenere il peso del geko 50
 Struttura della  cheratina

cheratina è una proteina fibrosa.

Nell'uomo è il principale
costituente di capelli, peli e unghie,
nei mammiferi di peli, artigli e
zoccoli. È costituita da alfa eliche
destrorse avvolte a due a due a
formare dimero. A loro volta i
dimeri si associano attraverso la
formazione di ponti disolfuro a
formare protofilamenti, poi
filamenti… 51
 Ponte disolfuro

legame covalente che stabilizza la

struttura terziaria della proteina e che si
origina per ossidazione di due gruppi SH,
ciascuno appartenente a una cisteina

H ossidazione
H

dimero dimero
52
 Permanente
Fase 1: trattamento con agente
riducente (rottura dei ponti disolfuro)
Fase 2: capelli arrotolati su supporto
(stiramento delle fibre e slittamento)
Fase 3: trattamento con agenti ossidanti
(si riformano i ponti disolfuro in posizione
slittata che esercitano una torsione delle
fibre)
 Struttura quaternaria
Successivo livello di organizzazione: complesso di subunità
proteine sono costituite dall’aggregazione di più catene
polipeptidiche (subunità) L'emoglobina è una proteina globulare la cui
struttura quaternaria è costituita da quattro
sub-unità.

L’ emoglobina lega l'ossigeno durante il

passaggio del sangue nei polmoni, e lo cede
successivamente ai tessuti.

L'emoglobina è necessaria, nonostante

l'ossigeno si sciolga nell'acqua, perché la
quantità normalmente solubilizzata sarebbe
troppo bassa per le esigenze metaboliche di
un animale di dimensioni superiori a 1 mm.
54
 Hb adattate a vita sotterranea
Bassa tensione di O2, alta %CO2

Scapanus orarius

Una mutazione nell’emoglobina (cambiamento di 1 aa) ne aumenta

l’affinità per la CO2, aumentando la velocità con cui l’organismo si
libera del gas tossico 55
 Struttura tridimensionale

* La particolare sequenza aminoacidica di ogni proteina ne

determina la struttura tridimensionale
* La conformazione di una proteina ne determina la funzione
* Un cambiamento della sequenza aa (mutazione) può avere
effetti drastici sulla sua funzione

Ligando-recettore
56
Substrato-enzima
 Effetto di una mutazione puntiforme sulla
struttura della proteina: anemia falciforme

aa carico (Glu)

aa apolare (Val)

La sostituzione di un aa con caratteristiche di polarità/carica elettrica o con ingombro

sterico differenti può influire sulla struttura e sulla funzione di una proteina
 Proteine: funzioni

 Proteine enzimatiche che catalizzano le reazioni chimiche

(lattasi)
 Proteine strutturali (cheratina, collageni, distrofina, seta)
 Proteine di trasporto di piccole molecole (emoglobina,
albumina)
 Proteine ormonali (insulina, paratormone)
 Proteine recettoriali (recettore dell’insulina)
 Proteine contrattili (actina, miosina)
 Proteine di difesa (anticorpi) riconoscono molecole estranee
(antigeni)
 …
58
 ACIDI NUCLEICI
* Gli acidi nucleici sono polimeri di nucleotidi e sono
specializzati nella conservazione, trasmissione e uso
dell’informazione genetica
* DNA (DeoxyriboNucleic Acid) contiene l’informazione
ereditaria, la trasferisce alle generazioni successive (eccezione
alcuni virus) e, attraverso un intermedio a RNA (RiboNucleic
Acid), specifica la sequenza aminoacidica delle proteine

59
 Nucleotidi

5’

3’

Zucchero pentoso + gruppo fosfato + base azotata

60
 Perché negli acidi nucleici non c’è
il glucosio?

Gli zuccheri a 6 atomi di C sono molto più comuni in natura,

allora perché ribosio?

Analisi di DNA sintetico realizzato con glucosio ha evidenziato

che tale molecola:
* permette anche appaiamenti «non canonici» (AA e GG)

* non è in grado di appaiarsi con altri acidi nucleici (RNA)

*quindi non è adatto a conservare e trasmettere l’informazione

genetica
61
 DNA vs RNA, composizione

 Pentoso

 Basi azotate

62
DNA RNA
 Struttura

Le molecole degli acidi nucleici sono costituite da

catene lineari di nucleotidi uniti tra di loro da un legame
covalente tra il carbonio 3’ dello zucchero di un
nucleotide e il gruppo fosfato in posizione 5’ dello
zucchero del nucleotide adiacente (legame
fosfodiesterico)

63
Condensazione

5’

3’
64
DNA doppio filamento

Due catene lineari antiparallele

65
 DNA struttura 1

* Doppia elica
* Distanza tra due coppie di basi 0.34nm
* Passo dell’elica 3.4 nm (1 giro = 10
bp)
* Diametro dell’elica 2 nm
* Filamenti dell’elica sono antiparalleli
* Lo scheletro zucchero-P costituisce
l’impalcatura esterna dell’elica…

2 nm
66
 DNA struttura 2
… mentre le basi azotate di ciascun filamento si appaiano nella parte
centrale dell’elica secondo le regole della complementarietà.
Il diametro della molecola si mantiene costante perché una purina si
appaia a una pirimidina 2nm

G ≡ C: 3 legami H

A = T: 2 legami H

67
 DNA vs RNA, struttura

Singolo filamento
Doppio
con possibili
filamento
regioni di «self
con struttura
pairing» (es.:
a doppia
tRNA)
elica
o appaiamento
transitorio con
DNA (trascrizione)
o altri RNA

68

Il 2’-OH del ribosio impedisce la formazione di una doppia elica stabile nell’RNA
 RNA struttura

mRNA rRNA tRNA

69
 RNA funzione

* mRNA (messaggero)1-3% dell’RNA cellulare fornisce

le istruzioni (sequenza nucleotidica) per la sintesi delle
proteine
* rRNA (ribosomale) >80% dell’RNA cellulare
componente essenziale dei ribosomi (sintesi proteica)
* tRNA (transfer) traduce il linguaggio del messaggero
(triplette nucleotidiche) in aminoacidi
* RNA non codificante che regola l’espressione genica
* Genoma (alcuni virus)

70
71
 Chiralità 1
⃰ Qualunque oggetto (e quindi qualunque molecola) ha
un'immagine speculare…con l'eccezione dei vampiri.
⃰ Alcuni oggetti sono però identici (sovrapponibili) alla
propria immagine speculare.

72
 Chiralità 2

⃰ Altri oggetti non sono identici (sovrapponibili) alla

propria immagine speculare.

73
Molecole chirali

74
 Proprietà biologiche delle molecole
chirali
⃰ Una molecola si adatta perfettamente a un sito
recettoriale esercitando il suo effetto biologico,
mentre la molecola speculare non si può legare e non
produce l’effetto «mano» dx «mano» sx

«guanto» dx «guanto» dx
75
 Esempi molecole chirali con differenti
proprietà
⃰ Abbiamo bisogno di assumere zuccheri, ma se mangiassimo la forma
speculare di tali zuccheri moriremmo di fame, perchè noi siamo in
grado di metabolizzare solo la forma D

⃰ D glucosio dolce, L glucosio salato e non nutriente perché

⃰ non si lega ai recettori per il dolce e agli enzimi che lo dovrebbero
degradare per ricavare energia

76
Esempi molecole chirali con differenti
proprietà
limonene

cumino

Menta
77
piperita
propoxyphene
 Che odore avrà la gomma da masticare
alla menta dall’altra parte dello specchio?

78