16-12-2020

Riprendiamo l’ultima parte delle modificazioni post traduzionali delle proteine.

Oltre all’ubiquitina ci sono altri 10 piccoli peptidi che vengono definiti UBL che vengono aggiunti alle
proteine modificandole.
La modificazione che al momento risulta piu importante è la sumoilazione, cioè l’aggiunta di una proteina
che prende il nome di SUMO, ovvero una proteina di circa 100 aa, ne esistono di vari tipi che hanno circa la
stessa lunghezza.
Queste SUMO sono delle modificazioni che avvengono sulla proteina e che portano a dei cambiamenti di
particolari regolazioni.
Come viene aggiunto SUMO sulle proteine neo sintetizzate?
Innanzitutto SUMO viene sintetizzato come un
precursore che viene attivato da una proteasi.
Dopo SUMO viene caricata sulle proteine,
precisamente sulle lisine come avviene per
l’ubiquitina, con un meccanismo molto simile se
non quasi identico a quello con cui viene caricata
l’ubiquitina sulle proteine:
SUMO viene caricato su un enzima E1, poi viene
trasferito su un enzima E2 il quale puo o
direttamente caricare SUMO sulla proteina
substrato, oppure si puo legare ad E3 e con questo
interagendo con il substrato carica SUMO sul
substrato. Dopo di che se SUMO non deve essere
piu legata alla proteina perche perde il suo
significato regolativo, allora è presente una proteasi che puo tagliare SUMO e liberarlo dalla proteina.
Per cui la sumoilazione è l’aggiunta di una piccola proteina di circa 100 aa alle proteine in seguito a
modificazione post traduzionale. (questo è quello che dobbiamo sapere)

A cosa servono le modificazioni post traduzionali con SUMO?

Si stanno scoprendo sempre di piu nuove proteine che sono sumoilate e che per il momento sono
moltissime proteine che quasi tutte svolgono una funzione all’interno del nucleo:
per esempio alcune proteine dei pori nucleari vengono sumoilati, o anche alcuni fattori di trascrizioni
vengono sumoilati e anche proteine della replicazione e della riparazione del DNA.
Queste proteine sumoilate potrebbero essere presenti anche in altri distretti cellulari e essere attivate
tramite questa modificazione post traduzionale per svolgere una funzione ancora sconosciuta.
Che funziona ha in sé la sumoilazione rispetto alla mancanza della sumoilazione delle proteine? È ovvio che
le funzioni cellulari normali sono tutte coinvolte in queste fasi delle proteine che vengono sumoilate, per
cui la sumoilazione ricopre un aspetto importante nella regolazione di tutti questi processi fisiologici. Se
infatti non avvenisse la sumoilazione si possono avere varie malattie, dai tumori alle malattie
neurodegenerative.
La sumoilazione avviene a livello dei residui di lisina, proprio come l’ubiquitinazione, e per certe proteine
giocare sulla suomilazione e sull’ubiquitinazione puo cambiare il destino regolativo di una proteina.
Un esempio tipico è dato da PCNA, una proteina molto importante che funziona da betaclamp (?) ma che è
anche coinvolta nei meccanismi di riparazione del DNA.
PCNA possiede delle lisine, la lisina 164 e la lisina 127. La lisina 127 viene solo sumoilata mentre la lisina
164 puo essere o sumoilata o ubiquitinata.
Perche avviene questo?
La sumoilazione della lisina 164 avviene prevalentemente in fase S, cioè quando il DNA si trova in fase S
viene sumoilato e quando subisce questa modificazione post traduzionale PCNA è coinvolto in meccanismi
di replicazione dei DNA e viene inibita la riparazione.
Se invece si introducono artificialmente dei danni al DNA , si è visto che PCNA cambia il suo stato di
modificazione post traduzionale a livello della lisina 164, e precisamente quest’ultima non è piu sumoilata
ma viene mono ubiquitinata e in seguito altri enzimi la poli ubiquitinano attraverso la lisina 63 e abbiamo
visto che la lisina 63 porta a meccanismi di riparazione del DNA. Infatti in questo caso, quando PCNA viene
poli ubiquitinata tramite formazione di una poli ubiquitina legata tramite la lisina 63, viene coinvolta nella
riparazione del DNA e quindi PCNA favorisce un ruolo di riparazione.
Per cui giocando su 2 modificazioni post traduzionali si puo far assumere a una determinata proteine
funzioni regolative diverse.
La stessa proteina PCNA se è sumoilata viene coinvolta nei meccanismi di replicazione del DNA, se invece
viene ubiquitinata viene indirizzata verso la riparazione del DNA.
Con una proteina e 2 modificazioni post traduzionali abbiamo quindi 2 proteine che svolgono 2 funzioni
diverse. È la stessa proteina ma modificata in maniera diversa.

L’altra modificazione che dobbiamo sapere è la fosforilazione che assume un aspetto molto importante
perche queste fosforilazioni sono delle vie fondamentali della cellula che se mutate possono portare
all’insorgenza di tumori.
La fosforilazione infatti è una delle modificazioni piu frequenti nel proteoma degli eucarioti per cui
ritroviamo molte proteine fosforilate, ed è anche considerata la modificazione piu rilevante per modulare le
interazioni proteina-proteina nella cellula.
Questo per 2 motivi principali:

• La modificazione tramite fosforilazione puo far cambiare conformazione a una proteina e quindi le
puo far assumere funzioni diverse
• Il sito che viene fosforilato puo essere riconosciuto da altre proteine e quindi accendere una via di
trasduzione del segnale

Le proteine chinasi sono degli enzimi che hanno la funzione di fosforilare le proteine. Ci sono poi le
fosfatasi che hanno la funzione di defosforilare le proteine.
Questi 2 enzimi agiscono in contemporanea tra di loro accendendo o spegnendo determinati segnali.
Quali sono le chinasi piu conosciute?
Sono le serin-treonin-chinasi, le tirosin-chinasi e le chinasi a doppia specificita.
Le piu abbondanti sono le prime mentre le meno abbondanti sono le seconde, ma non per questo sono
meno importanti. Se noi andassimo a studiare il proteoma di un organismo vedremmo che ci sono circa
1800 serine fosforilate, circa 200 treonine fosforilate e circa 1 tirosina fosforilata. Per cui essendoci cosi
tanti residui di treonina e serina è ovvio che debbano esserci piu enzimi, ma non è detto che questi siano i
piu importanti.
Le tirosin-chinasi possono essere di 2 tipi:

• Recettoriali
• Citoplasmatiche

Quelle piu note sono quelle della famiglia delle EGFR, quelle della famiglia PGDF e quelle della famiglia
VEGF.
Tutti questi recettori hanno un dominio extracellulare, un dominio trans membrana e un dominio tirosin
chinasico all’interno del citoplasma.
Come funziona quindi un recettore tirosi chinasico?
I monomeri del recettore sono presenti sulla superficie cellulare e non vengono generalmente in contatto
tra di loro. Quando è presente il ligando, questo si lega al monomero avvicinandolo all’altro monomero. La
 vicinanza dei 2 monomeri determina una
auto fosforilazione del dominio
citoplasmatico tirosin chinasico del
recettore, in questo modo esso diventa un
segnale per attivare una via di trasduzione
del segnale.
Come fanno i fattori di crescita a reclutare
2 monomeri e formare un dimero di
recettore che si auto fosforila?
La maggior parte dei fattori di crescita
sono dei dimeri e quindi quando una
porzione lega un monomero del recettore
l’altra richiama un altro monomero. Ci
sono però anche ligandi che legano sottoforma di monomeri come ad esempio il ligando EGF. Non si sa
bene come recluti l’altro monomero di recettore, ma quando EGF si lega ad un monomero richiama anche
l’altro monomero che viene legato da un'altra molecola di EGF e si ha attivazione del dominio
citoplasmatico che si autofosforila.
Qual è la conseguenza di questa fosforilazione?
La conseguenza è l’attivazione di una via di trasduzione del segnale. Questa è quella piu conosciuta in
assoluto.
I recettori si trovano sulla membrana cellulare e sono inattivi in assenza del ligando. Se viene prodotto il
fattore di crescita, i recettori rispondono ad esso portando alla dimerizzazione delle 2 molecole di
recettore. L’etero-dimerizzazione causa un auto fosforilazione del dominio citoplasmatico dei 2 recettori.
Questa fosforilazione richiama un'altra proteina che in questo caso (il caso di EGF) si chiama GRB2 che con
il suo dominio SH2 riconosce la sequenza fosforilata sul recettore e vi si lega, e con la sua porzione SH3
riconoscere la proteina SOS. Quest’ultima a sua volta agisce su un'altra proteina che è RAS, la quale si trova
legata al GDP e quindi è inattiva. Il legame di SOS a RAS determina l’allontanamento del GDP e siccome
nella cellula c’è tantissimo GTP questo si va a legare a RAS attivandola.
RAS attiva trasduce un segnale che viene trasmesso a molte altre proteine tramite una cascata e queste
proteine portano all’attivazione di fattori trascrizionali nel nucleo e quindi all’espressione di nuovi geni.
(dobbiamo sapere cos’è la fosforilazione, quali sono gli enzimi che la determinano e il meccanismo di
attivazione di un recettore tirosin chinasico)

Le fosfatasi, come le tirosin chinasi, agiscono a livello di membrana o ci citoplasma.

Ci sono infatti delle fosfatasi che sono tipo recettori di membrana e che hanno quindi il dominio di
defosforilazione all’interno del citoplasma, e ci sono anche delle fosfatasi che non sono dei recettori di
membrana.
Come mai le fosfatasi sono meno coinvolte nei tumori rispetto alle tirosin chinasi?
Perche mentre le tirosin chinasi sono molto specifice, le fosfatasi sono meno specifiche e quindi possono
essere compensate: la mancanza di una puo essere compensata dalla mancanza dell’altra ed è per questo
che sono cosi poco coinvolte nella formazione dei tumori.

Ora ritorniamo alle ultime modificazioni post traduzionali delle proteine che sono:
-l’acetilazione.
Le proteine vengono acetilate in vari modi ma quello che a noi interessa è il fatto che vengono acetilati gli
istoni.
Gli istoni vengono acetilati nella coda N-terminale e questa acetilazione ne determina una modificazione
delle loro caratteristiche e rende la cromatina piu permissiva per la trascrizione.
Per cui noi consideriamo l’acetilazione come un evento di attivazione della trascrizione, mentre la
deacetilazione degli istoni la recepiamo come un meccanismo di inattivazione della trascrizione.
-la metilazione.
Anch’essa è una modificazione post traduzionale delle proteine oltre che del DNA. Anche qui si ha la
metilazione a livello di lisine e arginine.
Gli istoni che vengono maggiormente metilati sono l’istone H3 e l’istone H4.
Possono esistere moltissime combinazioni di metilazione: utilizzando metilazioni diverse per gli istoni, solo
per l’istone H3 si possono avere 100mila varianti diverse metilando differentemente le lisine o le arginine di
H3. Si immagina quindi molto bene come il codice istonico sia complicato e come sia difficile capire questi
meccanismi di modificazione degli istoni che regolano l’espressione genica.
I complessi proteici che metilano gli istoni sono associati anche a dei complessi proteici che demetilano gli
istoni, per cui nell’ambito dello stesso complesso proteico si ha metilazione e demetilazione e quindi
questo amplia ancora in maniera maggiore i meccanismi di regolazione che avvengono a livello di
regolazione epigenetica dell’espressione genica.