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5 maggio 2006

Nome: Nr di matricola:
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Problema 1
La reazione catalizzata dalla piruvato chinasi,
fosfoenolpiruvato + ADP  piruvato + ATP,
ha un G’° = 31.4 kJ/mol a 25 °C.
Si calcoli il G’° per la reazione di idrolisi del fosfoenolpiruvato a dare piruvato e fosfato
inorganico.

Problema 2
Un enzima ad una certa concentrazione catalizza la reazione S  P con una Vmax pari a 1 M∙s-1. La
Km dell’enzima per S è 1 mM. Quale concentrazione di substrato [S] è necessaria affinché la
velocità di reazione v0 sia pari a 0.5 M∙s-1? Quale concentrazione di substrato [S] è invece
necessaria affinché la velocità di reazione sia pari a 0.1 M∙s-1?

1. In che cosa consiste l’effetto idrofobico? Perché è importante nella stabilizzazione della
conformazione nativa di proteine e acidi nucleici?
2. Si descriva la struttura secondaria a foglietto  delle proteine. Quali tipi di foglietto
esistono? Come sono disposti i legami idrogeno e le catene laterali nei foglietti?
3. Quali sono i modulatori eterotropici dell’emoglobina? Qual è il loro effetto sulla curva di
saturazione per l’O2 della proteina?
4. Si tracci la struttura dell’ATP. Qual è la sua funzione metabolica? Che cosa si intende per
potenziale di trasferimento del fosfato?
5. Tracciare il grafico dell’equazione di Michaelis-Menten. Qual è il significato dei parametri
cinetici (Km, Vmax e kcat) di un enzima?
6. Si descriva il meccanismo catalitico del complesso della piruvato deidrogenasi.
7. Si descriva la catena di trasporto elettronico fotosintetico. Quali sono i principali
trasportatori di elettroni coinvolti? Qual è il loro ordine di successione lungo la catena?
8. Di descrivano le reazioni di transaminazione tra amminoacidi. Qual è il significato
metabolico della transaminazione? Qual è il gruppo prostetico delle transaminasi (o
aminotransferasi)?
9. Si descriva il ciclo dell’acido citrico scrivendo la formula di struttura dei metaboliti
coinvolti.
10. Si descriva, tracciando la formula di struttura dei metaboliti coinvolti, la prima parte del
ciclo di Calvin (fase di fissazione della CO2).

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26 Febbraio 2003

Nome: Nr di matricola:
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Problema 1
Si considerino le seguenti proteine, elencate assieme al rispettivo punto isoelettrico:

Proteina pI
A Amiloglucosidasi 3.6
B Lattoglobulina 5.1
C Anidrasi carbonica 6.6
D Mioglobina 7.2

Si immagini di caricare una soluzione di queste proteine a pH 6 su una colonna cromatografica

costituita da uno scambiatore cationico (resina dotata di gruppi ionizzabili con carica negativa).
Quali proteine si legheranno alla colonna?

Problema 2
Si consideri la seguente reazione:
Fruttosio-6-fosfato + ATP  Fruttosio-1,6-bisfosfato + ADP
Si calcoli la K’eq a 25 °C della reazione sopra descritta conoscendo il seguente valore di G’° di
idrolisi:
Fruttosio-1,6-bisfosfato + H2O  Fruttosio-6-fosfato + Pi G’°= 16.0 kJ/mol

1. Scrivere le formule di struttura di un amminoacido acido e di un amminoacido basico a scelta.

2. Descrivere la struttura e le proprietà del legame peptidico.

3. Descrivere la struttura secondaria ad  elica delle proteine. Come sono disposte la catena
principale, le catene laterali e i legami idrogeno?

4. Descrivere i legami e le forze che stabilizzano la struttura terziaria delle proteine globulari.

5. Descrivere la struttura e la funzione del glicogeno.

6. Mettere a confronto le modalità di legame dell’ossigeno (O2) da parte di mioglobina ed

emoglobina.

7. Descrivere il meccanismo catalitico della chimotripsina. Che cosa sono la triade catalitica, la
tasca di specificità e la cavità dell’ossianione?

8. Scrivere l’equazione di Michaelis-Menten. Spiegare il significato dei parametri cinetici Vmax,

kcat e Km.

9. Descrivere il meccanismo dell’accoppiamento chemiosmotico tra trasporto di elettroni

mitocondriale e sintesi di ATP.

10. Per quali passaggi differiscono la glicolisi e la gluconeogenesi. Scrivere la formula di struttura
dei metaboliti coinvolti.

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Esercizi di Biochimica risolti

E’ riportata di seguito la risoluzione dei problemi biochimici illustrati nelle lezioni conclusive del modulo di
Biochimica del corso di “Biochimica ed Elementi di Chimica Fisica”. La numerazione degli esercizi fa
riferimento a quella delle raccolte disponibili sul sito Ariel. Gli studenti che ravvisino errori nel materiale
che segue sono caldamente invitati a segnalarli al docente (alessandro.aliverti@unimi.it) in modo da
permettere di apportare le opportune correzioni.

Esercitazione numerica 1
9. Calcolare le frazioni ionizzata e non ionizzata dell’acido acetico (Ka = 1.8 × 10-5 M) in soluzione acquosa
ai seguenti valori di pH: 3.74, 4.74, e 5.74.

p𝐾𝑎 = − log(𝐾𝑎 ) = 5 − log(1.8) = 5 − 0.26 = 4.74

Equazione di Henderson-Hasselbalch:

[A− ]
pH = p𝐾𝑎 + log [AH]

[A− ]
da cui: log [AH] = pH − p𝐾𝑎

[A− ]
e: [AH]
= 10(pH−p𝐾𝑎)

Per il calcolo delle frazioni, bisogna considerare per esempio che:

[𝐴− ]
[𝐴− ] [𝐴𝐻]
𝑓𝑑𝑒𝑝𝑟𝑜𝑡𝑜𝑛𝑎𝑡𝑎 = [𝐴𝐻]+[𝐴− ]
= [𝐴− ]
1+[𝐴𝐻]

[A− ] [A− ]
pH pH − p𝐾𝑎 log fdeprotonata fprotonata
[AH] [AH]
3.74 -1 -1 0.1 0.091 0.909
4.74 0 0 1 0.500 0.500
5.74 +1 +1 10 0.909 0.091
Si noti che nel caso dell’acido acetico la frazione ionizzata corrisponde a quella deprotonata, mentre quella
non ionizzata alla forma protonata.

14. Si determini il valore del punto isoelettrico pI di un generico amminoacido neutro con costanti di
dissociazione K1 e K2.

Le due ionizzazioni successive del generico amminoacido neutro possono essere scritte nel modo seguente:

K1 K2
AH2+  AH + H  A- + 2H+
+

In un amminoacido neutro (catena laterale priva di gruppi ionizzabili) infatti la forma completamente
protonata ha una carica positiva, la forma che ha ceduto il primo protone è neutra (zwitterionica) e la
forma che ha ceduto entrambi i protoni ha una carica negativa.

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2
Esercizi di Biochimica risolti

Quando pH = pI, la forma predominante dell’amminoacido è AH, mentre le due forme ionizzate devono
essere presenti in concentrazione tale per cui [AH2+] = [A-].
[AH][H+ ] [A− ][H+ ]
𝐾1 = 𝐾2 =
[AH2 + ] [AH]

[AH2 + ] [A− ][H+ ] [AH2 + ] [A− ][H+ ] [A− ]

[𝐴𝐻] = 𝐾1 [𝐴𝐻] = 𝐾1 = 𝐾1 𝐾2 = [H + ]2
[H+ ] 𝐾2 [H+ ] 𝐾2 [AH2 + ]

𝑝𝐾1 +𝑝𝐾2
Passando i logaritmi decimali, dato che pH = pI e [AH2+] = [A-], si ottiene: p𝐼 =
2

La relazione secondo cui il pI corrisponde alla media dei due valori di pKa vale per tutti gli anfoliti dotati di
due gruppi ionizzabili.

15. Si determini il valore del punto isoelettrico pI di un generico amminoacido acido con costanti di
dissociazione K1, K2 e K3.

Le tre ionizzazioni successive dell’amminoacido acido possono essere scritte nel modo seguente:

K1 K2 K3
AH3+  AH2 + H  AH + 2H  A2- + 3H+
+ - +

Anche in questo caso, quando pH = pI la forma predominante dell’amminoacido è quella zwitterionica, che
per un amminoacido acido è AH2. Affinché questa forma, con ben due gruppi protonati, sia popolata è
richiesto un valore di pH piuttosto basso. A pH acido, la forma completamente deprotonata A2- è invece
presente a concentrazione trascurabile.
Per calcolare il pI si può quindi ignorare la terza ionizzazione il problema viene ricondotto al precedente. Di
𝑝𝐾1 +𝑝𝐾2
conseguenza: p𝐼 = 2
.
Quindi, per un amminoacido acido (anfolita con tre gruppi ionizzabili di cui solo uno basico) il pI è dato dalla
media dei due pKa di valore più basso.

16. Si determini il valore del punto isoelettrico pI di un generico amminoacido basico con costanti di
dissociazione K1, K2 e K3.

In questo caso si ha:

K1 K2 K3
AH32+  AH2 + H  AH + 2H  A- + 3H+
+ + +

Considerazioni analoghe a quelle usate nel problema precedente portano in questo caso a concludere che:

𝑝𝐾2 + 𝑝𝐾3
p𝐼 =
2

Quindi, per un amminoacido basico (anfolita con tre gruppi ionizzabili di cui solo uno acido) il pI è dato dalla
media dei due pKa di valore più elevato.

17. Calcolare, in base ai dati di pKa forniti in Tabella, il pI dei seguenti amminoacidi: Gly, Cys, Glu, Tyr, Arg.

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Esercizi di Biochimica risolti

2.34+9.60 1.96+8.18 2.19+4.25

Gly: p𝐼 = 2
= 5.97; Cys: p𝐼 = 2
= 5.07; Glu: p𝐼 = 2
= 3.22;

2.20+9.11 9.04+12.48
Tyr: p𝐼 = 2
= 5.66; Arg: p𝐼 = 2
= 10.76.

18. Quali degli amminoacidi del problema 17 avranno in soluzione acquosa a pH 7.0 carica netta positiva?
Quali avranno invece carica netta negativa in queste condizioni?

Per stabilire il segno della carica netta di un anfolita valgono le seguenti semplici regole:

pH < pI: carica netta positiva (+).

pH = pI: carica netta nulla (0).
pH > pI: carica netta negativa (-).

Per memorizzare le formule riportate sopra, basta considerare che se il pH è basso (soluzione acida, ovvero
alta concentrazione di H+) l’anfolita tenderà ad essere protonato (e quindi carico positivamente).
Analogamente se il pH è alto, l’anfolita tenderà a deprotonarsi e quindi ad assumere una carica negativa.

Quindi, in soluzione a pH 7.0, solo la Arg possiede una carica netta positiva; tutti gli altri amminoacidi sono
carichi negativamente.

20. Calcolare la carica netta dell’amminoacido Lys in soluzione a pH 10.0.

Dalla Tabella si ricava il valore dei pKa dei tre gruppi ionizzabili, che in ordine crescente risultano: 2.18, 8.95
e 10.53.

[A− ] [A− ]
gruppo pH − p𝐾𝑎 log fdeprotonata fionizzata
[AH] [AH]
-NH3+ 1.05 1.05 11.22 0.92 0.08
-NH3+ -0.53 -0.53 0.30 0.23 0.77
-COOH 7.82 7.82  1.00 1.00
Carica netta = 0.08 + 0.77 + (-1) = -0.15.

Il dato è in accordo con il valore di pI dell’amminoacido, che risulta 9.74. Ci si aspetta che, a pH superiori a
questo valore, la carica netta della Lys sia di segno negativo.

Esercitazione numerica 2
1. Basandosi sui dati in Tabella, si calcoli la frazione ionizzata dei vari gruppi ionizzabili e la carica netta
complessiva del tetrapeptide AlaGluLysCys in soluzione a pH 8.0.

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4
Esercizi di Biochimica risolti

I valori di pKa dei gruppi ionizzabili (da sinistra a destra nella figura) sono: 9.69, 4.25, 10.5, 8.33, 2.34.
Per calcolare la frazione deprotonata si può usare l’equazione di Henderson-Hasselbalch:

[A− ]
[AH]
= 10(pH−p𝐾𝑎) , dove A- e AH indicano genericamente la concentrazione delle forme deprotonata e
protonata, indipendente dalla loro carica.

[A− ] [A− ]
gruppo pH − p𝐾𝑎 log fdeprotonata fionizzata
[AH] [AH]
-NH3+ -1.69 -1.69 0.02 0.02 0.98
-COOH 3.75 3.75  1.00 1.00
-NH3+ -2.50 -2.50 0 0.00 1.00
-SH -0.33 -0.33 0.47 0.32 0.32
-COOH 5.66 5.66  1.00 1.00

La carica netta del tetrapeptide AEKC risulta: carica netta = 0.98 + (-1) + 1 + (-0.32) + (-1) = -0.34.

2. Il pI del tetrapeptide AEKC è 6.29 (si noti che questo valore corrisponde alla media tra i pKa delle
catene laterali dei residui di Glu e Cys). Qual è il segno della carica netta del tetrapeptide in soluzione a
pH 6.0, 7.0 e 8.0?

A pH 6.0, valore inferiore al pI, la carica netta è positiva. Agli altri due valori di pH (entrambi più alti del pI)
la carica netta è invece negativa.

5. Si considerino i peptidi ATSG, KVH e YEID. I loro valori di pI in ordine crescente sono 3.10, 6.01 e 10.09.
Attribuire a ciascun peptide il rispettivo pI.

Il problema si risolve considerando che quanto più il carattere di un anfolita è basico, tanto più il suo pI è
alto; mentre quanto più il suo carattere è acido, tanto più il suo pI è basso. In base all’abbondanza relativa
di residui acidi e basici, i peptidi indicati possono essere ordinati, dal più acido al più basico, nella serie YEID
< ATSG < KVH. I giusti abbinamenti sono quindi i seguenti:
YEID: pI = 3.10; ATSG: pI = 6.01; KVH: pI = 10.09.

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5
Esercizi di Biochimica risolti

Esercitazione numerica 3
2. Un campione di mioglobina (Mb) in soluzione presenta una P50 per l’O2 di 2.61 torr. Si calcoli la frazione
di saturazione () della Mb ai seguenti valori di pressione parziale di O2: (PO2) 1 torr, 2.61 torr, 5 torr.

In generale, un problema riguardante un’interazione proteina-ligando in condizioni di equilibrio si risolve

applicando la formula che esprime la frazione di saturazione della proteina in funzione della concentrazione
del ligando (in questo caso espressa come pressione parziale), che nel caso di una stechiometria di legame
1:1 risulta:

𝑃𝑂2 𝑃𝑂2
𝜃= =
𝑃50 + 𝑃𝑂2 2.61 (torr) + 𝑃𝑂2

E’ utile osservare che nel caso di PO2 = 2.61 torr la concentrazione di O2 coincide con quella di
semisaturazione della Mb e si ha quindi  = 0.5.
Negli altri casi,
1 (torr) 1
𝜃= = = 0.28
2.61 (torr) + 1 (torr) 3.61

5 (torr) 5
𝜃= = = 0.66
2.61 (torr) + 5 (torr) 7.61

Riassumendo:
PO2

(torr)
1.00 0.28
2.61 0.50
5.00 0.66

3. Un campione di 1 mol mioglobina (Mb) in soluzione presenta una P50 per l’O2 di 2.61 torr.
Inizialmente la soluzione di proteina è in posta in equilibrio con una miscela gassosa in cui la PO2 è di 50
torr. Quanto O2 viene rilasciato dalla soluzione nella fase gassosa se la PO2 viene abbassata a 0.5 torr?
Quanto O2 sarebbe invece rilasciato se la P50 della Mb fosse di 25 torr?

Il problema si risolve calcolando dapprima il valore di  della Mb ai due valori di PO2. Considerando P50=2.61
torr, si ha:

PO2

(torr)
50 0.95
0.5 0.16

La variazione di  passando dal primo al secondo stato risulta  = 0.79.

Dato che la soluzione contiene 1 mol Mb, che lega l’O2 con una stechiometria 1:1, 0.79 mol di Mb
rilasceranno la molecola di O2 precedentemente legato, liberando quindi 0.79 mol O2.

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6
Esercizi di Biochimica risolti

A questo punto si applica la stessa procedura alla situazione in cui P50=25 torr, ottenendo:

PO2

(torr)
50 0.67
0.5 0.02

In questo caso, la variazione di  che si ottiene riducendo la PO2 da 50 a 0.5 torr risulta  = 0.65. La Mb in
soluzione rilascia quindi 0.65 mol O2.

4. L’isomerizzazione del glucosio 6-fosfato (G6P) a dare fruttosio 6-fosfato (F6P) catalizzata dalla
fosfoesoso isomerasi ha un G’° di 1.7 kJ/mol. Si calcoli il G’ della reazione a 25 °C nelle seguenti
condizioni:
a) [G6P] = 1 mM; [F6P] = 1 mM
b) [G6P] = 100 mM; [F6P] = 1 mM
c) [G6P] = 1 mM; [F6P] = 100 mM
In quali delle tre condizioni la reazione è spontanea?

Il problema si risolve applicando la formula:

[F6P]
∆𝐺 ′ = ∆𝐺 ′ ° + 𝑅𝑇 𝑙𝑛 ( )
[G6P]
Passando ai logaritmi decimali:
[F6P]
∆𝐺 ′ = ∆𝐺 ′ ° + 2.303𝑅𝑇 𝑙𝑜𝑔 ( )
[G6P]

Dove R e T rappresntano rispettivamente la costante dei gas e la temperatura assoluta.

R = 8.314 JK-1mol-1, T = 298 K

𝑘J [F6P]
∆𝐺 ′ = ∆𝐺 ′ ° + 5.71 ( ) 𝑙𝑜𝑔 ( )
𝑚𝑜𝑙 [G6P]

[G6P] [F6P] [F6P] [F6P] G’

Condizione 𝑙𝑜𝑔 ( )
(M) (M) [G6P] [G6P] (kJ/mol)
a 0.001 0.001 1 0 1.7
b 0.100 0.001 0.01 -2 -9.7
c 0.001 0.100 100 2 13.1

Solo nella condizione b (in cui il valore di G’ è negativo) la reazione procede spontaneamente verso la
formazione di F6P.

5. Si consideri la reazione catalizzata dalla trioso fosfato isomerasi:

diidrossiacetone fosfato (DHAP)  gliceraldeide 3-fosfato (GAP) G’° = 7.5 kJ/mol

Qual è il G’ della reazione a 25 °C se la concentrazione della GAP è pari a 1/100 di quella del DHAP?

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7
Esercizi di Biochimica risolti

Applicando la formula:

𝑘J 𝑘J [GAP] [GAP]
∆𝐺 ′ = 7.5 (𝐾 𝑚𝑜𝑙) + 5.71 ( ) 𝑙𝑜𝑔 ([DHAP]), per [DHAP] = 0.01, si ottiene:
𝐾 𝑚𝑜𝑙

𝑘J 𝑘J 𝑘J
∆𝐺 ′ = 7.5 (𝐾 𝑚𝑜𝑙) + 5.71 (𝐾 𝑚𝑜𝑙) (−2) = 7.5 − 11.42 = −3.92 (𝐾 𝑚𝑜𝑙).

6. Calcolare la costante di equilibrio K’eq della reazione catalizzata dalla trioso fosfato isomerasi a 25 °C.

La costante di equilibrio di una reazione è legata al suo G’° dalla relazione:

∆𝐺 ′° ∆𝐺 ′°
− −
𝐾′𝑒𝑞 = 𝑒 𝑅𝑇 = 10 5.71

In questo caso, dato che G’° = 7.5 kJ/mol (vedi esercizio precedente) si ottiene:

7.5 1
𝐾′𝑒𝑞 = 10−5.71 = 10−1.31 = 0.05 =
20

7. Si consideri la reazione:

glucosio + Pi  glucosio-6-fosfato G’° = 14 kJ/mol

Se le concentrazioni di glucosio e Pi fossero entrambe pari a 5 mM, quale sarebbe la concentrazione del
G6P all’equilibrio alla temperatura di 25 °C?

∆𝐺′° [G6P]
Applicando l’equazione 𝐾′𝑒𝑞 = 10− 5.71 , si ottiene K’eq = 3.53 × 10-3 M-1. Quindi, dato che 𝐾′𝑒𝑞 = [Glc][P ],
i
[G6P] = 𝐾′𝑒𝑞 [Glc][Pi ] = 3.53 × 10−3 × 5 × 10−3 × 5 × 10−3 = 88.25 × 10−9 M
La concentrazione di G6P all’equilibrio sarebbe quindi circa 88 nM.

10. La sesta reazione della glicolisi (catalizzata dalla gliceraldeide 3-fosfato deidrogenasi) è endoergonica
in condizioni standard (G’° = 6.7 kJ/mol). In condizioni fisiologiche la reazione avviene con un G’ < 0
per effetto della bassa concentrazione del 1,3-bisfosfoglicerato (1,3BPG), determinata dalla forte
esoergonicità della reazione successiva, catalizzata dalla fosfoglicerato chinasi (G’° = -18.8 kJ/mol).
Scrivere la reazione chimica bilanciata complessiva per la conversione della gliceraldeide 3-fosfato (GAP)
in 3-fosfoglicerato (3PG) così come avviene nei passaggi 6 e 7 della glicolisi e calcolarne il G’°.

GAP + NAD+ + Pi = 1,3BPG + NADH G’° = 6.7 kJ/mol

1,3BPG + ADP = 3PG + ATP G’° = -18.8 kJ/mol

GAP + NAD+ + ADP + Pi = 3PG + NADH + ATP G’° = -12.1 kJ/mol

Data l’additività delle variazioni di energia libera (in quanto funzione di stato), il G’° di una reazione
complessiva si può calcolare sommando i valori di G’° delle singole reazioni in cui essa può essere
scomposta.

11. Calcolare la carica energetica degli adenilati in una cellula in cui [ADP] = [ATP] e [AMP] = 0.

La carica energetica è espressa dalla formula:

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8
Esercizi di Biochimica risolti

1
[ATP] + [ADP]
𝑐𝑎𝑟𝑖𝑐𝑎 𝑒𝑛𝑒𝑟𝑔𝑒𝑡𝑖𝑐𝑎 = 2
[ATP] + [ADP] + [AMP]

In questo caso:
1
[ATP] + [ATP] 3⁄ 3
𝑐𝑎𝑟𝑖𝑐𝑎 𝑒𝑛𝑒𝑟𝑔𝑒𝑡𝑖𝑐𝑎 = 2 = 2 = = 0.75
[ATP] + [ATP] 2 4

14. Una delle vie per il catabolismo dell’etanolo nell’uomo prevede la sua ossidazione prima ad
acetaldeide e quindi ad acetato, con l’impiego del NAD+ come ossidante in entrambe le reazioni. Quali
sono le coppie redox nei due casi? Quanti elettroni vengono scambiati? Scrivere le equazioni chimiche
bilanciate delle due ossidoriduzioni.

Nella prima reazione le due coppie redox sono acetaldeide/etanolo e NAD+/NADH, mentre nella seconda
sono acetato/acetaldeide e NAD+/NADH (le coppie redox si indicano sempre riportando per prima la specie
ossidata della coppia).
Nella trasformazione da etanolo (CH3CH2OH) ad acetaldeide (CH3CHO) e infine ad acetato (CH3COO-) è
l’atomo di carbonio che porta il gruppo ossidrilico dell’etanolo a ossidarsi con il suo numero di ossidazione
che assume rispettivamente i valori -1, +1, +3. In ciascuna reazione sono scambiati quindi 2 elettroni. Dato
che la coppia NAD+/NADH scambia una coppia di elettroni (sotto forma di ione idruro), le due reazioni
bilanciate risultano:

CH3CH2OH + NAD+ = CH3CHO + NADH + H+

CH3CHO + NAD+ + H2O = CH3COO- + NADH + 2H+

17. Nel terzo passaggio della via dei pentosi fosfati, avviene la decarbossilazione ossidativa del 6-
fosfogluconato a dare ribulosio 5-fosfato. Scomporre nelle due semireazioni questa reazione di
ossidoriduzione in modo da esplicitare il numero di elettroni scambiati. Quali atomi di carbonio del
gluconato cambiano il proprio stato di ossidazione per effetto della conversione in ribulosio e CO2?

La reazione in questione è:

6-fosfogluconato + NADP+ = ribulosio 5-fosfato + NADPH + H+ + CO2,

che scomposta nelle due semireazioni risulta:

6-fosfogluconato = ribulosio 5-fosfato + CO2 + 2H+ + 2e-

NADP+ + H+ + 2 e- = NADPH

In seguito alla reazione, cambiano il proprio stato di ossidazione i seguenti atomi di carbonio del 6-
fosfogluconato:
C1, numero di ossidazione da +3 a +4 (anidride carbonica);
C2, numero di ossidazione da 0 a -1;
C3, numero di ossidazione da 0 a +2 (gruppo chetonico).
La variazione complessiva di numero di ossidazione è di +2 unità, corrispondente alla perdita formale di 2
elettroni.

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9
Esercizi di Biochimica risolti

18. Scrivere l’equazione bilanciata complessiva dei passaggi 6 e 7 della glicolisi. Il G’° di tale reazione è
di -12.5 kJ/mol. Si calcoli il potenziale standard di ossidoriduzione (E0’) della coppia redox
3-fosfoglicerato/gliceraldeide 3-fosfato.

Nei passaggi 6 e 7 della glicolisi (all’inizio della seconda fase della via), la gliceraldeide 3-fosfato (GAP) viene
inizialmente ossidata dal NAD+ a 1,3-bisfosfoglicerato (1,3BPG) incorporando ortofosfato; il gruppo fosfato
in posizione 1 viene quindi trasferito dall’1,3BPG all’ADP nella seconda reazione, con formazione di 3-
fosfoglicerato (3PG) e ATP.
La stechiometria della reazione complessiva è (l’acqua non è stata bilanciata):

GAP + NAD+ + ADP + Pi  3PG +NADH + ATP

Separando formalmente le reazioni di ossidoriduzione e di fosforilazione dell’ADP, si ottiene:

GAP + NAD+  3PG + NADH

ADP + Pi  ATP

Il G’° della prima reazione è -12.5 – 30.5 = -43 kJ/mol. Il corrispondente valore di E0’ si calcola dalla
relazione G’°= -nFE0’, dove n è il numero di elettroni scambiati e F (costante di Faraday) vale
96.5 kJ×V-1×mol-1 (ovvero, più precisamente, 96,485 coulomb per mole di elettroni). In questo caso, si
−43
ottiene ∆𝐸′0 = − 2×96.5 = 0.223 𝑉.
Per il calcolo del E0’ della coppia 3PG/GAP si applica a questo punto la formula:

E0’ = E0’accettore – E0’donatore

In questo caso, considerando che la coppia 3PG/GAP funge da donatore di elettroni (si ossida) e che il E0’
della coppia NAD+/NADH è -0.32 V, si ottiene

E0’3PG/GAP = E0’accettore - E0’ = –0.32 – 0.223 = –0.543 V

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Esercizi di Biochimica risolti

Si noti l’alto valore di segno negativo del E0’3PG/GAP, indicativo del fatto che la GAP in questa reazione è un
forte riducente.

Esercitazione numerica 4
2. Un enzima E ha una costante catalitica (kcat) di 103 s-1 e una costante di Michaelis (Km) per il substrato S
di 1 mM. Calcolare la velocità iniziale v0 della reazione catalizzata in una soluzione in cui la
concentrazione di E è 1 nM alle seguenti concentrazioni di S:
a) 10 M,
b) 1 mM,
c) 2 mM,
d) 200 mM.

Per risolvere il problema si applica l’equazione di Michaelis-Menten:

𝑘𝑐𝑎𝑡 [E]T [S] 10−6 (𝑀⁄𝑠)[S]

𝑣0 = 𝐾𝑚 +[S]
, in questo caso: 𝑣0 = 10−3 (𝑀)+[S]

Nel caso in cui [S] è molto più grande o molto più piccola di Km, si possono semplificare i calcoli trascurando
al denominatore il termine irrilevante. In particolare, se [S] ≪ 𝐾𝑚 , l’equazione si semplifica a 𝑣0 =
𝑘𝑐𝑎𝑡 [E]T [S]
𝐾𝑚
= 10−3 (𝑠 −1 )[S], mentre se [S] ≫ 𝐾𝑚 , l’equazione diventa 𝑣0 = 𝑘𝑐𝑎𝑡 [E]T = 𝑉max = 10−6 (M⁄s).
E’ anche utile ricordare che, se [S] = 𝐾𝑚 , allora v0 = ½ Vmax.

[S] v0
condizione
(M) (M/s)
a 10-5 10-8
b 10-3 5.0×10-7
c 2×10-3 6.7×10-7
d 0.2 10-6

3. Un enzima è presente in una miscela di reazione ad una concentrazione tale per cui la velocità
massima Vmax della reazione catalizzata è pari a 20 M/min. La Km dell’enzima è pari a 10 mM. Calcolare
la concentrazione del substrato affinché la v0 della reazione catalizzata sia pari ai seguenti valori:
a) 10 M/min,
b) 5 M/min,
c) 18 M/min.

Si può facilmente ricavare dall’equazione di Michaelis-Manten la relazione inversa tra [S] e v0:
𝑣0 𝑣0
[S] = 𝐾𝑚 = 10(m𝑀)
𝑉𝑚𝑎𝑥 − 𝑣0 μ𝑀
20 ( ⁄𝑚𝑖𝑛) − 𝑣0

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Esercizi di Biochimica risolti

v0 [S]
condizione
(M/min) (mM)
a 10 10.0
b 5 3.3
c 18 90.0

4. Un enzima che catalizza una reazione irreversibile è presente nella miscela di reazione a una
concentrazione tale per cui la Vmax è pari a 20 M/min. La Km dell’enzima per il substrato S è pari a 10
mM. Se la concentrazione iniziale di S è pari a 100 M, qual è la sua concentrazione residua dopo 50 e
dopo 300 min di reazione? Quanto substrato viene trasformato in prodotto P nei due casi?

Per prima cosa si può osservare che ci si trova nelle condizioni in cui [S] ≪ 𝐾𝑚 . Ciò fa sì che l’equazione di
μ𝑀⁄
𝑉𝑚𝑎𝑥 [S] 20( 𝑚𝑖𝑛)
Michaelis-Menten sia ben approssimata da 𝑣0 = = [S] = 2 × 10−3 (𝑚𝑖𝑛−1 )[S]. In altre
𝐾𝑚 10(m𝑀)
parole la reazione è del primo ordine rispetto a S e di conseguenza la sua scomparsa procederà nel tempo
secondo il classico decadimento esponenziale [S] = [S]0 𝑒 −𝑘𝑡 , dove [S]0 è la concentrazione iniziale di S e k
è pari a Vmax/Km, ovvero 2×10-3 min-1.

t -3 t [S] [P]
(min) e-2×10 (M) (M)
0 1 100 0
50 0.905 90.5 9.5
300 0.549 54.9 45.1

5. Un enzima che catalizza una reazione irreversibile è presente nella miscela di reazione a una
concentrazione tale per cui la Vmax è pari a 20 M/min. La Km dell’enzima per il substrato S è pari a 1 mM.
Se la concentrazione iniziale di S è pari a 100 mM, qual è la concentrazione di prodotto P dopo 5 min di
reazione? Qual è la concentrazione di S a questo punto?

In questo caso nelle condizioni iniziali si ha [S] ≫ 𝐾𝑚 e di conseguenza l’equazione di Michaelis-Menten si

μ𝑀
può approssimare a 𝑣0 = 𝑉max = 20 ( ⁄𝑚𝑖𝑛), ovvero la reazione è di ordine zero rispetto al substrato.

t [P] [S]
(min) (mM) (mM)
0 0 100
5 0.1 99.9

Si noti che dopo 5 min di reazione la concentrazione di [S] è ancora tale da rispettare la condizione [S] ≫
𝐾𝑚 .

6. I parametri cinetici per la reazione diretta e inversa catalizzate da un enzima sono i seguenti:
kcatS = 100 s-1, KmS = 0.2 mM;
kcatP = 10 s-1, KmP = 20 M.
Si calcoli la Keq della reazione:

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𝑬
𝑺↔𝑷
Si calcoli inoltre quale [E]T è necessaria per far procedere la reazione alla velocità netta v = 1 M/min
nelle seguenti due condizioni:
A) [S] = 2 mM, [P] = 0 mM;
B) [S] = 2 mM, [P] = 1.5 mM;

Per il calcolo della Keq si applica l’equazione di Haldane:

𝑆
𝑘𝑐𝑎𝑡
[𝑃] ⁄ 𝑆 500 (𝑠 −1 𝑚𝑀−1 )
𝐾𝑚
𝐾𝑒𝑞 = ( ) = 𝑃 = =1
[𝑆] 𝑘 𝑐𝑎𝑡 500 (𝑠 −1 𝑚𝑀−1 )
𝑒𝑞 ⁄ 𝑃
𝐾𝑚
Per ottenere la velocità netta, si applica l’equazione:

𝑆
𝑘𝑐𝑎𝑡 𝑘𝑃
⁄ 𝑆 [𝑆] − 𝑐𝑎𝑡⁄ 𝑃 [𝑃]
𝐾𝑚 𝐾𝑚
𝑣= [𝐸] 𝑇
[𝑆] [𝑃]
1+ 𝑆 + 𝑃
𝐾𝑚 𝐾𝑚
Ovvero:
500 (𝑠 −1 𝑚𝑀−1 )[𝑆] − 500 (𝑠 −1 𝑚𝑀−1 )[𝑃]
𝑣= [𝐸] 𝑇
[𝑆] [𝑃]
1+ +
0.2 (𝑚𝑀) 0.02 (𝑚𝑀)
Per la condizione A, si ottiene:

500 (𝑠 −1 𝑚𝑀−1 ) × 2 (𝑚𝑀) 1000 𝑠 −1

𝑣= [𝐸] 𝑇 = [𝐸] 𝑇 = 90.9 (𝑠 −1 )[𝐸] 𝑇
2 (𝑚𝑀) 1 + 10
1+
0.2 (𝑚𝑀)
𝜇𝑀
𝑣 1( ⁄𝑚𝑖𝑛)
[𝐸] 𝑇 = = = 0.183 𝑛𝑀
90.9 (𝑠 −1 ) 5450 (𝑚𝑖𝑛−1 )

Per la condizione B, si ottiene invece:

500 (𝑠 −1 𝑚𝑀−1 ) × 2 (𝑚𝑀) − 500 (𝑠 −1 𝑚𝑀−1 ) × 1.5 (𝑚𝑀) 1000 𝑠 −1 − 750 𝑠 −1

𝑣= [𝐸] 𝑇 = [𝐸] 𝑇
2 (𝑚𝑀) 1.5 (𝑚𝑀) 1 + 10 + 75
1+ +
0.2 (𝑚𝑀) 0.02 (𝑚𝑀)

𝑣 = 2.91 (𝑠 −1 ) × [𝐸] 𝑇
𝜇𝑀
𝑣 1( ⁄𝑚𝑖𝑛)
[𝐸] 𝑇 = = = 5.71 𝑛𝑀
2.91 (𝑠 −1 ) 175 (𝑚𝑖𝑛−1 )

Si noti come la quantità di enzima necessaria per ottenere la stessa velocità netta sia tanto maggiore
quanto più i reagenti e i prodotti si trovano vicini alle condizioni di equilibrio.

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