AVVERTENZA

Il presente materiale didattico è messo a disposizione degli studenti

per facilitare la comprensione degli argomenti trattati nel corso delle
lezioni e lo studio individuale
Non sostituisce il libro di testo che rappresenta lo strumento
fondamentale per lo studio della Biochimica generale e molecolare

Le immagini utilizzate sono tratte dal libro di testo consigliato

e da quelli da consultare indicati nelle diapositive 3-7 del file
INTRODUZIONE
 Nucleotide

Base azotata

Fosfato

Pentosio
 HO OH
CH2
O
HC CH
4 1
1
CH CH β-D-Ribosio
(ribonucleotidi)
OH OH
4
HO OH
CH2
O
D-ribosio
HC CH
4 1
CH CH2
2
OH
2-deossi-β-D-ribosio
(deossiribonucleotidi)
Conformazioni “raggrinzite” del ribosio
Pirimidina Purina
 Purine

Adenina Guanina
 Purina

HO OH
CH2
O
HC CH H2 0
CH CH

OH OH

β-D-Ribosio
HOCH
OH
2
O
HC CH

CH CH2

OH
 Pirimidine

Citosina Uracile Timina

(RNA) (DNA)
 Pirimidina

HO OH
CH2
O
HC CH H2 0
CH CH

OH OH

β-D-Ribosio
HOCH
OH
2
O
HC CH

CH CH2

OH
 Uracile

Lattame Lattime Doppio

(ammide) (acido immidico) lattime
Lattame Lattime
 Ribonucleotidi

Nucleotide: Adenilato Guanilato Uridilato Citidilato

(Adenosina (Guanosina (Uridina (Citidina
5’ –monofosfato) 5’ –monofosfato) 5‘–monofosfato) 5‘-monofosfato)

Nucleoside: Adenosina Guanosina Uridina Citidina

Simboli: AMP, A GMP, G UMP, U CMP, C

 Deossiribonucleotidi

Nucleoside: Deossiadenosina Deossiguanosina Deossitimidina (timidina) Deossicitidina

Nucleotide: Deossiadenilato Deossiguanilato Deossitimidilato Deossicitidilato
(deossiadenosina (deossiguanosina (deossitimidina (deossicitidina
5‘–monofosfato) 5‘–monofosfato) 5’–monofosfato) 5’–monofosfato)

Simboli: dAMP, A, dA, dGMP, G, dG dTMP, T, dT dCMP, C, dC

λ= 260 nm
Abbreviazioni dei ribonucleosidi Abbreviazioni dei
5’-fosfato deossiribonucleosidi 5’-fosfato

Adenina Adenina
Guanina Guanina
Citosina Citosina
Uracile Timina
 FUNZIONI DEI NUCLEOTIDI

•  I nucleosidi 5’-trifosfato sono trasportatori di energia

•  ATP ha un ruolo centrale nel metabolismo energetico

•  GTP importante per la sintesi proteica e nella

trasduzione del segnale

•  CTP importante nella sintesi dei lipidi

•  UTP importante nel metabolismo dei carboidrati

•  I nucleotidi ciclici sono utilizzati come segnali

intracellulari e regolatori del metabolismo
 ATP
Estere

5’
γ β α Adenina

Anidride
Anidride

L’idrolisi di un legame anidridico

rilascia molta più energia di quella
rilasciata dalla rottura di un legame
estere
 Adenina

5’

3’

Adenosina 3’,5’-monofosfato ciclico

(AMP ciclico, cAMP) Adenosina 5’-monofosfato
(AMP)

Guanina

Guanosina 3’,5’-monofosfato ciclico

(GMP ciclico, cGMP)
 5’
α
adenilato
ciclasi
3’

ATP Adenosina
3’,5’-monofosfato
ciclico
(cAMP)
GTP GDP

Proteina Proteina
chinasi chinasi A
inattiva attiva

Enzima Enzima
defosforilato fosforilato
inattivo attivo
attivo inattivo
 γ β α
Ser, Thr,
Tyr
Enzima

β α
γ

Enzima
fosforilato
La struttura dell’adenosina è presente in
molte molecole che sono cofattori
enzimatici

•  Coenzima A

•  NAD+ e NADP+

•  FAD

•  SAM
 Coenzima A Legame fosfoanidridico

Fosfopanteteina

β-alanina Acido pantoico

β-Mercaptoetilammina Acido pantotenico

Vitamina B5

Legame ammidico Legame fosfoestereo

3’-Fosfoadenosina difosfato
(3’-Pi-ADP)

α
β α

β -Alanina
α -Alanina
 NAD+ e NADP+

NMN
Nicotinamide Adenin
Dinucleotide (NAD+)

AMP

2’
Nel NADP+ questo gruppo ossidrilico è esterificato con un
gruppo fosforico, la lettera P corrisponde alla parola fosfato
in inglese (phosphate)
 La niacina è sintetizzata dal
triptofano

(vit B3)
 Reazioni di deidrogenazione
AH2 A + 2H.
2H. 2H+ + 2e-
2H+ + 2e- H- + H+

ossidazioni cataboliche:

NAD+ + AH2 NADH + H+ + A

riduzioni anaboliche:

NADPH + H+ + A NADP+ + AH2

 Nicotinamide adenin dinucleotide
(NAD+)
H-

NMN
R

AMP
2’

Nel NADP+ questo gruppo ossidrilico è

esterificato con un gruppo fosforico
 NAD+ e NADP+

H
-

A B

Adenina

2’
(ossidato)
Nel NADP+ questo gruppo ossidrilico è
esterificato con un gruppo fosforico
FAD isoallosazina

Riboflavina
Vitamina B2
FMN

ribitolo

AMP

Flavin adenin dinucleotide (FAD)

 FAD
Un legame corrisponde

_ ..
a 2 elettroni
=

H.
.
H
.
FMN

.
FADH (FMNH )
.

H.
(semichinone)

AMP

Flavin adenin dinucleotide (FAD)

 SAM

5’

metionina

adenosina

S-adenosilmetionina
(SAM)
 DNA

5-Metildeossicitidina N6-Metildeossiadenosina
(animali) (batteri)
 tRNA

Ribosio

Pseudouridina (ψ)

HO

Ribosio
Ribosio

Inosina (I) Diidrouridina (D) Uridina

mRNA

Ribosio

7-Metilguanosina
 ACIDI NUCLEICI

Come per le proteine, per descrivere la struttura degli acidi

nucleici si utilizza una gerarchia di complessità: struttura
primaria, secondaria e terziaria

Sono polimeri costituiti da nucleotidi monofosfato legati

con legami 3’-5’ fosfodiesterei
 GLICEROFOSFOLIPIDE

Acido grasso saturo

(per esempio, acido
palmitico)
Acido grasso insaturo
(per esempio, acido
oleico)

Gruppo sostituente (testa)

Legame fosfodiestere
Stuttura primaria
•  Struttura covalente

•  Sequenza nucleotidica
Singola catena di RNA

Singola catena di DNA

Legame
Legame
3’-5’fosfodiestere
3’-5’fosfodiestere

direzionalità

ATG UGC
Gli acidi nucleici hanno un lato idrofilico ed
uno idrofobico

Lato idrofilico
Lato idrofobico
 3’

H 2O

5’

3’

5’
 3’

5’

2Pi

3’

5’
 Derivato Miscela di
2’,3’ –monofosfato derivati 2’- e
ciclico 3’-monofosfato
3’ 2’

In ambiente alcalino
rapida idrolisi

RNA
accorciato
RNA
Regole di Chargaff

•  La composizione in basi del DNA

varia da una specie all’altra

•  La composizioni in basi del DNA

isolato da tessuti diversi della
stessa specie è la stessa

•  La composizione in basi del DNA

di una data specie non si
modifica con l’età e
l’alimentazione

•  In tutte le molecole di DNA di

qualsiasi specie A = T e G = C
per cui la somma dei residui
purinici è uguale alla somma dei
residui pirimidinici (A+G=C+T)
Stuttura secondaria
degli acidi nucleici

La struttura
secondaria di un
acido nucleico è
l’organizzazione
spaziale stabile e
regolare di un
tratto o di tutta
la sequenza
nucleotidica
Stuttura secondaria
del DNA

Diffrazione ai raggi X
Franklin e Wilkins

•  Struttura elicoidale del DNA

•  Periodicità primaria di 3.4 A°

•  Periodicità secondaria di 34 A°

•  Diametro costante
 Stuttura secondaria
Watson e Crick del DNA

•  Il DNA è costituito da due catene

elicoidali avvolte intorno ad uno
stesso asse longitudinale formando
una doppia elica destrorsa
•  Lo scheletro covalente idrofilo è
all’esterno della doppia elica
•  Le base puriniche e pirimidiniche sono
impilate all’interno della doppia elica
con gli anelli quasi perpendicolari
all’asse longitudinale
•  Le coppie di basi unite da legami
idrogeno (G con C e A con T) sono
quelle che si adattano meglio a questa
struttura a doppia elica
•  La relazione spaziale tra le catene
genera due solchi
•  Le d ue caten e eli coi d ali son o
antiparallele
•  Le due catene polinucleotidiche
antiparallele non hanno sequenza e
composizione identica di basi ma sono
complementari l’una all’altra
 Le due catene polinucleotidiche antiparallele non
hanno sequenza e composizione identica di basi ma
sono complementari l’una all’altra

- Timina
- Adenina
- -
- -
- -
- Citosina
- Guanina
- -
- -
- - Coppie di Watson e Crick

A+G=T+C
Pirimidine = Purine
 Adenina Guanina

Citosina Timina
 4
3
2

Timina
7 6
1
Adenina 9 3

4
3
2

Guanina
7 6 1
Citosina
2
3

Coppie di Watson e Crick

Le coppie di basi unite da legami

idrogeno (G con C e A con T) sono quelle
che si adattano meglio a questa
struttura a doppia elica
Catene antiparallele
una purina si deve
accoppiare con una
pirimidina
 (0.34 nm)

Scanalatura 1
minore 2
3
4
5
(3.6 nm)
6
Scanalatura
7
maggiore
8
9
10
 Replicazione semiconservativa

Catena Catena
nuova nuova

Watson e Crick definirono

anche che ogni catena
preesistente viene
separata e fa da stampo
per la sintesi di una catena
figlia complementare
Catena Catene Catena
preesistente figlie preesistente
(progenitrice) (progenitrice)
Variazioni strutturali del DNA si basano su

•  Diverse conformazioni del deossiribosio (b)

•  Rotazione intorno ai legami contigui dello

scheletro di fosforibosio (a)

•  Libera rotazione intorno al legame

C-1’-N-glicosidico (c)

(c)
 Stuttura secondarie alternative del DNA

•  Forma A, B, Z

•  Forma B più diffusa nell’ambiente cellulare acquoso

•  Forma A è presente in ambiente più povero di acqua

•  Forma Z si forma quando nella sequenza nucleotidica c’è un alternanza purina

pirimidina
Stutture secondarie alternative del DNA

Periodicità primaria
 44

Forma A Forma B Forma Z

Forma A Forma B Forma Z

Palindromo

Ripetizione invertita
Struttura a croce
 Struttura a forcina
quando è coinvolta una sola catena di DNA o di RNA
Ripetuto speculare
 Doppia elica

Terza catena
 Appaiamenti tipo Watson e Crick
Timina Citosina protonata

Appaiamenti tipo Hoogsteen

 2 1 Terza elica

La terza elica giace

nel solco maggiore
Tripex di DNA H
della doppia elica
Duplex Resta a filamento
singolo

1 di DNA
1
1
2 La terza elica giace
nel solco maggiore
della doppia elica

Duplex
di DNA
Resta a filamento
singolo

Resta a filamento
singolo

Struttura a tre catene del DNA H

Denaturazione del DNA
DNA a
doppia elica
T > 80°C o Riassociazione
pH estremi Denaturazione (annealing)

DNA parzialmente
denaturato

Associazione delle catene

Separazione mediante appaiamento
delle catene delle basi

IPERCROMIA

Catene separate di DNA con

una struttura ad avvolgimento
casuale
λ= 260 nm
Stuttura terziaria Il complesso ripiegamento della
del DNA cromatina nei cromosomi
eucariotici è considerato
struttura terziaria
 Trasformazioni non enzimatiche di nucleotidi

•  Alterazioni lente

•  Deamminazione, depurinazione e dimerizzazione

•  Possono essere determinate da agenti chimici e fisici

•  Sono riparabili

Mutazioni

Modificazioni della struttura del DNA con variazioni permanenti

dell’informazione genetica
 Deamminazione

100 eventi spontanei al giorno per cellula

in seguito alla deamminazione si avrebbe la graduale

eliminazione delle coppie C≡G e aumento delle coppie U=A
 Citosina Uracile

5-Metilcitosina Timina

100 volte più lenta rispetto alla Adenina Ipoxantina

deamminazione della citosina

Guanina Xantina

Deamminazione
L
 Sodio nitrito

Sodio nitrato

Nitrosammina

Agenti
deamminanti
 Depurinazione

Guanina

Residuo apurinico

Il deossiribosio
assume la forma
Residuo di guanosina aldeidica

10000 eventi spontanei al giorno per cellula

In provetta è accelerata da un acido diluito

La depurinazione dell’RNA è molto più lenta

metionina

Adenosina
S-adenosilmetionina

Dimetilnitrosammina

Dimetilsolfato Mostarda azotata

Agenti alchilanti
Tautomeri della guanina

O6- Metilguanina
Dimeri di
timina
Timine
adiacenti

luce UV

Dimero di timina ciclobutanico

Piega

Le radiazioni ionizzanti, raggi X e

gamma, causano la rottura dello
scheletro covalente e la
frammentazione delle basi
 STRESS OSSIDATIVO

Le specie reattive dell’ossigeno (ROS), perossido

di idrogeno (H2O2), radicali ossidrilici (.OH) e
anione superossido (O2-.) provocano ossidazione
del deossiribosio e delle basi fino alla rottura
dell’elica di DNA

Ogni giorno il DNA è sottoposto a migliaia di

modificazioni causate dalle reazioni ossidative
 “DOGMA CENTRALE” DELLA
BIOLOGIA MOLECOLARE

Gli acidi nucleici servono alla

conservazione ed espressione
dell’informazione genetica
 RNA
•  mRNA
•  rRNA
•  tRNA
 mRNA
mRNA agisce da intermediario, utilizza l’informazione codificata nel DNA
per specificare la sequenza amminoacidica di una proteina funzionale
Filamento non-stampo di DNA o codificante o senso
Filamento stampo di DNA o antisenso

Trascritto di RNA
 mRNA

Circa ¾ dell’RNA che codifica per la proteina ovoalbumina

viene rimosso
 Cappuccio 5’ dell’mRNA

7-Metilguanosina

HO OH
CH2
O
HC CH
Legame 5’,5’-trifosfato
CH CH

OH OH

HO OH
CH2
O
HC CH

CH CH2

OH

mRNA

mRNA
Stuttura secondaria
degli acidi nucleici

La struttura secondaria di un
acido nucleico è la struttura
stabile e regolare assunta da
una parte o da tutti i
nucleotidi
Stuttura secondarie
comuni nell’RNA

Struttura
elicoidale
destrorsa di
una catena di
mRNA
Stuttura secondarie
comuni nell’RNA
 Uracile

Guanina
5’
Uracile

3’ Guanina

rRNA 16S
S
 tRNA Amminoacido

I tRNA hanno Siti di legame

funzione di dell’amminoacido
adattatori

Adattatore

Tripletta di nucleotidi
che codifica un dato
amminoacido
 tRNA

I tRNA possono
essere lunghi da 73
a 93 nucleotidi
tRNAala
Uracile

Guanina

Ribosio

Pseudouridina (ψ)
Diidrouridina (D)
Ribosio

Ribosio

Inosina (I)
 Tripletta ACC all’estremità 3’

3’ 2’

Legame estereo
 Ansa Tψ C Ansa dell’amminoacido

Ansa D
(10-25 residui)

Ansa
dell’anticodone

Anticodone
tRNA della fenilanalina nel lievito
Il codice genetico è
degenerato: esistono
più codoni per quasi
tutti gli amminoacidi
Degenerazione del codice gentico

Amminoacido Numero di codoni

Codone AUC codificante per Ile
Lo stesso tRNA può legare tre codoni se presenta la base ipoxantina
nel primo nucleotide dell’anticodone

Codoni codificanti per l’amminoacido arginina

La terza base della maggior parte dei codoni si appaia in modo piuttosto
“libero”, perciò si dice che “oscilla”, con la base corrispondente del
proprio anticodone
Ipotesi dell’oscillazione
elaborata da Crick

•  Le prime due basi di un codone

dell’mRNA formano sempre appaiamenti
tipo Watson-Crick con l’anticodone

•  Se un amminoacido è specificato da più

codoni, i codoni che differiscono in una
delle prime due basi necessitano di
tRNA diversi

•  Per la traduzione di tutti e 61 codoni

sono necessari almeno 32 tRNA

•  La prima base di alcuni anticodoni

determina il numero di codoni letti da
un dato tRNA
La base oscillante dell’anticodone determina quanti codoni di un dato
amminoacido possono essere riconosciuti dall’anticodone di un tRNA
Un codone riconosciuto:
Anticodone
Codone

Due codoni riconosciuti:

Anticodone
Codone

Tre codoni riconosciuti:

Anticodone
Codone
 Modificazioni post-trascrizionali dei tRNA

Introne
Introne

tRNATyr del lievito

 Modificazioni post-trascrizionali dei tRNA

Taglio operato
dalla RNAsi D Aggiunta
Scissione in 5’ di CCA
Taglio operato dalla
RNAsi P Scissione in 3’ Splicing

E’ un Modificazione delle basi

ribozima

Introne
Introne

tRNATyr del lievito

RNAsi P è un ribozima

Uracile
Guanina
 RNA
•  mRNA
•  rRNA
•  tRNA
•  ribozimi
•  snRNA (legate alle snRNP)
•  snoRNA (legate alle snoRNP)
•  miRNA