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• Amminoacidi e proteine
• Zuccheri e polisaccaridi
• Lipidi e membrane
• Nucleotidi e acidi nucleici
1
Linus Pauling (1901-1994)
2 Premi Nobel:
• 1954 Chimica
• 1962 Pace
2
PNAS 1951, 37, 205-211 3
’’Negli ultimi quindici anni abbiamo affrontato in
diversi modi il problema della struttura delle
proteine. Uno di questi modi è la determinazione
completa e accurata della struttura cristallina di
amminoacidi, peptidi e altre sostanze semplici
legate alle proteine, in modo che si possano
ottenere informazioni su distanze interatomiche,
angoli di legame e altri parametri configurazionali
che consentano la previsione affidabile di
configurazioni ragionevoli per la catena
polipeptidica.’’
legame
peptidico
5
6
Energia di torsione ~ 12 kJ mol-1 (etano)
Impedimento sterico ~ 24 kJ mol-1 (butano)
Energia di torsione ~ 240 kJ mol-1 (2-butene)
Energia di torsione ~ 88 kJ mol-1 (legame peptidico)
Il legame peptidico
sembra non avere le
proprietà strutturali di un
legame semplice
distanze in nm
7
Formule limite di risonanza nel legame peptidico
l’ibrido di risonanza
8
Il legame peptidico ha parziale carattere di doppio legame
L’atomo di ossigeno carbonilico presenta una carica negativa
parziale e l’azoto ammidico una parziale carica positiva. Si genera
così un dipolo elettrico nell’ibrido di risonanza. Virtualmente tutti i
legami peptidici nelle proteine sono presenti nella configurazione
trans.
ibrido di risonanza 9
Parziale carattere di doppio legame del legame peptidico
11
Scrivere la struttura del seguente tripeptide: Trp-Leu-Cys
12
Scrivere la struttura del seguente tripeptide: Gly-Pro-Lys
13
La catena polipeptidica presenta una direzionalità:
estremità estremità
N-terminale C-terminale
14
La maltoporina
residuo N-terminale
VAL ASP PHE HIS GLY TYR ALA ARG SER GLY ILE GLY TRP THR GLY SER GLY GLY GLU GLN 20
GLN CYS PHE GLN THR THR GLY ALA GLN SER LYS TYR ARG LEU GLY ASN GLU CYS GLU THR 40
TYR ALA GLU LEU LYS LEU GLY GLN GLU VAL TRP LYS GLU GLY ASP LYS SER PHE TYR PHE 60
ASP THR ASN VAL ALA TYR SER VAL ALA GLN GLN ASN ASP TRP GLU ALA THR ASP PRO ALA 80
PHE ARG GLU ALA ASN VAL GLN GLY LYS ASN LEU ILE GLU TRP LEU PRO GLY SER THR ILE 100
TRP ALA GLY LYS ARG PHE TYR GLN ARG HIS ASP VAL HIS MET ILE ASP PHE TYR TYR TRP 120
ASP ILE SER GLY PRO GLY ALA GLY LEU GLU ASN ILE ASP VAL GLY PHE GLY LYS LEU SER 140
LEU ALA ALA THR ARG SER SER GLU ALA GLY GLY SER SER SER PHE ALA SER ASN ASN ILE 160
TYR ASP TYR THR ASN GLU THR ALA ASN ASP VAL PHE ASP VAL ARG LEU ALA GLN MET GLU 180
ILE ASN PRO GLY GLY THR LEU GLU LEU GLY VAL ASP TYR GLY ARG ALA ASN LEU ARG ASP 200
ASN TYR ARG LEU VAL ASP GLY ALA SER LYS ASP GLY TRP LEU PHE THR ALA GLU HIS THR 220
GLN SER VAL LEU LYS GLY PHE ASN LYS PHE VAL VAL GLN TYR ALA THR ASP SER MET THR 240
SER GLN GLY LYS GLY LEU SER GLN GLY SER GLY VAL ALA PHE ASP ASN GLU LYS PHE ALA 260
TYR ASN ILE ASN ASN ASN GLY HIS MET LEU ARG ILE LEU ASP HIS GLY ALA ILE SER MET 280
GLY ASP ASN TRP ASP MET MET TYR VAL GLY MET TYR GLN ASP ILE ASN TRP ASP ASN ASP 300
ASN GLY THR LYS TRP TRP THR VAL GLY ILE ARG PRO MET TYR LYS TRP THR PRO ILE MET 320
SER THR VAL MET GLU ILE GLY TYR ASP ASN VAL GLU SER GLN ARG THR GLY ASP LYS ASN 340
ASN GLN TYR LYS ILE THR LEU ALA GLN GLN TRP GLN ALA GLY ASP SER ILE TRP SER ARG 360
PRO ALA ILE ARG VAL PHE ALA THR TYR ALA LYS TRP ASP GLU LYS TRP GLY TYR ASP TYR 380
THR GLY ASN ALA ASP ASN ASN ALA ASN PHE GLY LYS ALA VAL PRO ALA ASP PHE ASN GLY 400
GLY SER PHE GLY ARG GLY ASP SER ASP GLU TRP THR PHE GLY ALA GLN MET GLU ILE TRP 420
TRP 421
residuo C-terminale 15
16
Le proteine possono essere classificate in semplici e coniugate
17
Peptidi e polipeptidi biologicamente attivi si
trovano in una vasta gamma di dimensioni
18
Un famoso dipeptide: l'aspartame
Merisant ha venduto per 352 milioni fenilchetonuria
di dollari in tutto il mondo nel 2003 assenza di
fenilalanina
idrossilasi
L-aspartil-L-fenilalanina metilestere
g-glutamil-cisteinil-glicina
20
21
I coenzimi della nicotinamide sono coinvolti in molte reazioni redox
22
Via dei pentosi:
23
24
Due ormoni prodotti dalla ghiandola pituitaria posteriore
Ipotalamo
Ipofisi
anteriore
Ipofisi
posteriore
F. Sanger
(1918-2013)
26
La maturazione dell’insulina
catena C catena C
catena A catena A
catena A
sequenza catena B
segnale catena B
catena B
Tetrametiletilendiammina (TEMED)
Persolfato di ammonio bis-acrilammide
proteina a peso
miosina
molecolare
ovalbumina
anidrasi carbonica
mobilità elettroforetica
proteine proteina
30
note sconosciuta
La polifosfato chinasi da Marinobacter hydrocarbonoclasticus
200000
116250
97400
66200
45000
31000
21500
31
Punti isoelettrici di alcune proteine comuni
Proteina pI
pepsina (uomo) <1
ovalbumina (gallo) 4.6
albumina serica (uomo) 4.9
tropomiosina (uomo) 5.1
insulina (mucca) 5.4
fibrinogeno (uomo) 5.8
g-globulina (uomo) 6.6
collageno (uomo) 6.6
mioglobina (cavallo) 7.0
mioglobina (uomo) 7.1
ribonulceasi A (mucca) 9.4
citocromo c (cavallo) 10.6
istone (mucca) 10.8
lisozima (gallo) 11.0
salmina (salmone) 12.1 32
I livelli di organizzazione strutturale delle proteine
consenus sequence C X X C H
35
Sequenze di chimotripsina
36
Residui cataliticamente importanti nel sito attivo della chimotripsina
37
I livelli di organizzazione strutturale delle proteine
conformazione completamente
estesa dove f = y = w = 180°.
41
Alcune conformazioni sono
proibite (ingombro sterico)
Il grafico di Ramachandran: un diagramma in cui si riporta l’angolo
diedro y in funzione di f
f
500 proteine selezionate con risoluzione £ 1.8 Å (105 punti)
Distribuzione dei punti per i residui non-Gly e non-Pro
Il grafico di Ramachandran
foglietti b
a-elica
sinistrorsa
a-elica
destrorsa
Struttura f y
a-elica destrorsa -57° -47°
a-elica sinistrorsa +57° +47°
foglio-b parallelo -119° +113°
foglio-b antiparallelo -139° +135°
poliglicina II -80° +150°
poli-L-prolina I (cis) -83° +158°
poli-L-prolina II (trans) -78° +149°
L’a-elica (3.613)
(canonica)
47
elica sinistrorsa elica destrorsa
48
Elica B della mioglobina
Ala22
Gly23
His24 2.8 Å
Gly25
Gln26
Nota: l’H è
trasparente ai
raggi X
49
Il tipo di elica specifico dipende da quanti atomi possono essere
contati nell’ansa che collega l'O carbonilico all’ H ammidico che
partecipa al legame H.
elica 3.613
3 5 7 9 11
2 4 6 8 10 12
elica 310
50
Tutti i legami H nell’elica hanno lo stesso orientamento.
Pertanto tutte le unità peptidiche sono anche allineate
lungo l'asse elicoidale
elica A (3-19)
52
I residui di prolina destabilizzano le a-eliche ("helix-breakers")
Pro
Mioglobina umana 53
a-eliche anfipatiche
Queste eliche espongono un lato al solvente e un altro al
nucleo proteico idrofobico
Codici colori:
giallo: idrofobico
rosso: acidico
blu: basico
bianco: polare
56
Foglietti b
C
N N N N N
N
C C C C C
parallelo antiparallelo 57
Antiparallelo
58
Parallelo
59
Maltoporina: un barile b
60
segmento 325-346
61
Ansa b : determinanti strutturali per il cambio di direzione della catena
• spesso connettono 2 filamenti successivi antiparalleli b
• quasi sempre localizzati sulla superficie della proteina
• la maggior parte delle anse b turns usa 4 residui
• i 2 tipi trovati nelle proteine differiscono per la rotazione di 180 del piano peptidico
che collega i residui 2 e 3.
• il residuo 2 è spesso Pro e nel tipo II il 3°residuo è sempre una Gly
Tipo I Tipo II
62
Green fluorescent protein (GFP)
Val 22
Gly 281
Asn 283
Asp 282
64
Ruolo degli amminoacidi nella stabilizzazione delle
conformazioni polipeptidiche
65
Propensità conformazionale degli amminoacidi
67
Spettroscopia di Dicroismo Circolare
Il Dicroismo circolare è la differenza nell’assorbimento della luce circolarmente
polarizzata sinistra e destra e si manifesta con cromofori chirali
Linearmente
Linearmentepolarizzata
Linearmente polarizzata
polarizzata Circolarmente polarizzata
68
Dicroismo circolare
a elica
foglietto b
conformazione
casuale
69
Ruolo del gruppo R nella stabilizazzione della struttura secondaria
poly-Glu poly-Lys
70
Sperm whale myoglobin CD spectrum
CD
% secondary structure
x-ray
wavelength (nm)
71
Pseudomonas aeruginosa azurin
CD spectrum
% secondary structure
CD
x-ray
wavelength (nm)
72
Le proteine sono le macromolecole più versatili delle cellule
La funzione delle proteine è determinata univocamente
dalla loro struttura
La straordinaria diversità funzionale e versatilità delle proteine deriva da:
• la variabilità chimica del gruppo R
• la flessibilità della catena polipeptidica
• l'enorme numero di modi in cui le catene polipeptidiche con sequenze
diverse possono ripiegarsi
ureasi
73
I livelli di organizzazione strutturale delle proteine
Cu2+
76
La supericie delle proteine è costellata di residui polari/carichi
ma anche di amminoacidi apolari
Codice colori: acidici = rosso; basici = blu; polari = bianco; idrofobici = giallo
77
La proteine di membrana presentano un eccesso di residui idrofobici
maltoporina batteriorodopsina
codice colori: acidici = rosso; basici = blu; polari = bianco; idrofobici = giallo
78
Le strutture terziarie contengono combinazioni di strutture secondarie
In numerose proteine globulari non correlate si riscontrano determinati
raggruppamenti di elementi strutturali secondari, denominati strutture
supersecondarie o motivi.
80
81
Principali funzioni delle proteine
• Binding
• Catalisi
• Transduzione del segnale
• Strutturale
82
Binding
Il riconoscimento molecolare specifico è fondamentale per la funzione delle proteine. La
molecola riconosciuta (il ligando) può essere piccola quanto l’O2 o grande come un
segmento di DNA specifico
P + L PL
GTP
GDP
Quando l’enzima RAS viene attivato dai segnali in arrivo, attiva altre proteine
che attivano i geni coinvolti nella crescita e differenziazione cellulare.
La GTPasi RAS cambia conformazione quando il GTP viene idrolizzato in
GDP, disattivando la crescita cellulare. (pdb: 121p e 1pll) 85
Proteine strutturali
Le proteine rappresentano i principali elementi strutturali dei sistemi viventi. Questa
funzione dipende dall'associazione specifica della proteina con se stessa o con altre
catene proteiche, carboidrati, ecc., Consentendo nuove funzioni.
COMPNDStr1 H3+N-CH2-COO-
REMARK [CH2]([NH3+])[C](=[O])[O-]
4
ATOM 1 C 1 0.066 -0.181 0.855
ATOM 2 N 1 -1.335 0.173 0.469
ATOM 3 C 1 1.036 0.600 0.002 8
ATOM 4 O 1 2.237 0.457 0.158
ATOM 5 O 1 0.601 1.407 -0.877
ATOM 6 H 1 0.225 -1.247 0.703 3
ATOM 7 H 1 0.225 0.063 1.903
9 2
ATOM 8 H 1 -2.000 -0.363 1.053 1
ATOM 9 H 1 -1.487 1.186 0.614
ATOM 10 H 1 -1.487 -0.060 -0.528
TER
CONECT 1 2 3 6 7 5
CONECT 2 1 8 9 10 10
CONECT 3 1 4 5 0
CONECT 4 3 0 0 0
CONECT 5 3 0 0 0
7 6