amminoacidi sono otticamente attivi, vale a dire ruotano il piano della luce polarizzata. Le molecole otticamente attive sono asimmetriche (chirali), cioè non sono sovrapponibili alla loro immagine speculare, come la mano sinistra non si può sovrapporre alla sua immagine speculare, la mano destra. gli amminoacidi
COO- L-alanina + H3N C H
CH3 COO- + H3N H proiezione di Fischer CH3 G A P V
F Y W
L I M
K R H S T C
N Q D G i polipeptidi
Tirosil-glicil-glicil-fenilalanil-leucina
Nei polipeptidi i residui amminoacidci sono indicati eliminando il suffisso, in genere –ina e sostituendolo con – ile. L’amminoacido all’estremità carbossilica mantiene il suo nome originale. Dissociazione acido-base degli amminoacidi – il punto isoelettrico
Ala Ala H Alanina: pKa1 = 2.34 pKa2 = 9.69
Ala H2+ pI Ala -
Alanine Il punto isoelettrico (P.I.) di una proteina è quel valore di pH cui corrisponde una carica netta zero.
1,8 9,1
6,0 10,5 4,1 pKa +3 1,8 Il punto isoelettrico (P.I.) di una +2 proteina è quel valore di pH cui corrisponde una carica netta zero. 4,1 +1
Il punto isoelettrico delle proteine ( pI ) è il pH a cui la carica netta di
una proteina è zero
+ - pH=3 pH=10
pH < pI pH > pI pH = pI Elettroforesi bidimensionale in SDS pH=3 pH=10
- M.W.
+ sul batterio Escherichia coli sono state individuate oltre 4000 diverse proteine Alcune funzioni biologiche delle proteine la struttura di una proteina è definita attraverso quattro diversi gradi di organizzazione della molecola Struttura primaria: sequenza di amminoacidi, scheletro covalente.
Struttura secondaria: unità di struttura che si ripetono, basate, di solito sulla formazione di legami idrogeno che si realizzano tra i gruppi C=O e N-H dei legami peptidici delle proteine. Si tratta dunque dell’organzzazione spaziale della catena principale, per la quale normalmente le catene laterali non sono determinanti.
Struttura terziaria: il modo in cui la catena polipeptidica è ripiegata tridimensionalmente,
stabilizzata da interazioni che si realizzano per lo più tra le catene laterali degli amminoacidi che compongono la catena polipeptidica
Struttura quaternaria: il modo in cui le singole catene polipeptidiche di una proteina
composta da due o più subunità sono disposte l’una rispetto all’altra. la struttura di una proteina è definita attraverso quattro diversi gradi di organizzazione della molecola la “struttura primaria” di una proteina è definita dalla sua specifica sequenza amminoacidica
l’analisi delle relazioni fra sequenze amminoacidiche e struttura
tridimensionale delle proteine sta chiarendo le regole che governano il ripiegamento delle catene polipeptidiche
la determinazione della sequenza è parte dello studio molecolare
di patologie. Alterazioni nella sequenza di amminoacidi può produrre anomalie di funzione e malattie (es. anemia a cellule falciformi)
il confronto della sequenza di una stessa proteina in specie
diverse fornisce informazioni sulle vie seguite dall’evoluzione Scimmia 1 Il citocromo C: Coniglio 9 una proteina conservata nell’evoluzione Canguro 17 -18 Balena Uomo: Mucca 10 1GDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRKT40 Pecora 41GQAPGYSYTAANKNKGIIWGEDTLMEYLENPKKYIPGTKM80 Maiale 81IFVGIKKKEERADLIAYLKKATNE 104 Cane Asino 11 Cavallo 12 14 Pollo 70 -80 13 tacchino Serpente 14 Tartaruga 15 Tonno 21 Pescecane 23 Mosca 25 Numero residui Farfalla 31 varianti rispetto Grano 35 all’uomo Neurospora 43 Lievito 44 p.M.12.400 Albero filogenetico riferito al citocromo c Citocromo C a confronto
Citocromo C550 Paracoccus denitrificans Il parziale carattere di doppio legame del legame peptidico
distanze teoriche ..
_ C N 1.47Å
_ C _ O 1.22Å
_ C C 1.51Å I legami peptidici assumono normalmente la configurazione trans in cui gli atomi Cα in successione sono situati ai lati opposti del legame peptidico che li unisce. La configurazione cis, in cui questi atomi si trovano sullo stesso lato del legame peptidico è meno stabile rispetto alla trans
Cα Cα Cα Cα Quando nel legame peptidico è impegnato un residuo di prolina la differenza tra la stabilità della conformazione trans e cis si attenua, e circa il 10% dei residui di prolina presenti nelle proteine si trovano in un legame peptidico con configurazione cis
Cα Cα Cα Cα la planarità del legame peptidico riduce i gradi di libertà la planarità del legame peptidico riduce i gradi di libertà
struttura distesa di un polipeptide
non tutte le coppie di angoli hanno associata la stessa energia
Φ =180°, Ψ = 0° Φ =0°, Ψ =180° Φ =0°, Ψ =0°
Φ = 0 ; Cα-N trans C-O
Ψ = 0; Cα-C trans N-H Il grafico di Ramachandran associa alle diverse coppie di angoli la corrispondente energia
φ ψ C il grafico di Ramachandran grafico di Ramachandran
la catalasi di Micrococcus lysodeikticus
88.5 % dei residui in regioni piu
favorite 11.1 % in regioni permesse
Val22 e Ser202 in regioni non
permesse
residui di glicina la struttura secondaria delle proteine
α-elica destrorsa
foglietto-β Linus Carl Pauling (1901-1994)
Premio Nobel per la Pace 1962
Per la sua azione per il blocco dei test nucleari
Premio Nobel per la Chimica 1954
Per il suo contributo alla definizione della struttura delle proteine le proteine possono organizzarsi in strutture elicoidali
Rappresentazione a Modello a sfere e nastro bastoncini, visto di lato
Modello a sfere e Modello spaziale di C
bastoncini, visto da una estremità α-elica destrorsa
L’-elica è la più frequente struttura elicoidale
nelle proteine globulari (~ un terzo dei residui); La lunghezza media è in media di 10 residui aa; gli angoli φ ψ ritrovati da misure sperimentali sono φ = - 64 ±7 e ψ =- 41± 7 diversi dal teorico (φ = - 57.8; ψ = - 47) Al centro di una buca di potenziale nel grafico di Ramachandra I dipoli per il legame sono perfettamente allineati Il raggio appare ottimale per favorire le interazioni van der Waal attraverso l’asse Le catene laterali sono ben disposte per minimizzare l’ingombro sterico. Periodicità dell’α-elica Ogni residuo è spostato rispetto al precedente di 0,15 nm e forma con esso un angolo di 100°. Quindi, per ogni giro dell’elica ci sono 3,6 residui. Il passo dell’elica si ripete ogni 0,54 nm residui di prolina destabilizzano l’ -elica
la struttura secondaria delle proteine
α-elica destrorsa
foglietto-β struttura secondaria
Struttura a foglietti β: β-sheet antiparallelo
struttura secondaria
Struttura a foglietti β: β-sheet antiparallelo
+ NH3
O C -O struttura secondaria struttura secondaria
struttura a foglietti β: β-sheet parallelo
+ H 3N - -COO - i foglietti β possono interagire la fibroina della seta le strutture secondarie sono variamente rappresentate nelle proteine Strutture supersecondarie
Greca da ripiegamento di βα β hairpin α β hairpin β α ripetitività di strutture supersecondarie
Struttura a Greca (tutto β)
Struttura a barile αβ domini strutturali delle proteine
dominio tutto dominio tutto β
dominio tutto /β domini strutturali
Siero albumina umana Citocromo b1 E . coli Glucoamilasi A. awamori
![(4_proteine [modalità compatibilità])](https://imgv2-1-f.scribdassets.com/img/document/85247589/149x198/f9c9d10124/1449986396?v=1)
