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Acidi nucleici

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Monomeri degli acidi nucleici

La molecola senza gruppo fosforico è detta nucleoside 2


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4
5
6
Nucleotidi e nucleosidi

7
Nucleotidi e nucleosidi

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Nucleotidi e nucleosidi

9
Nucleotidi e nucleosidi

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Deossiribonucleotidi

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Ribonucleotidi

12
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15
Legame
fosfodiestereo

Per convenzione la struttura di una


singola catena di un acido nucleico è
sempre scritta con l’estremità 3’ a
destra e l’estremità 5’ a sinistra, cioè
nella direzione 5’ 3’

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Idrolisi dell’ RNA in condizioni alcaline

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Le basi puriniche e pirimidiniche libere possono
trovarsi in due o più forme tautomeriche a seconda
del pH della soluzione.

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Spettri di assorbimento dei
nucleotidi a 260 nm

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ƒ Le basi
nucleotidiche
formano legami
idrogeno secondo
l’appaiamento
Watson e Crick;
ƒ Le basi
nucleotidiche
danno interazioni
idrofobiche che
stabilizzano la
struttura

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Struttura del DNA
ƒ Due catene elicoidali avvolte
lungo un asse principale in senso
destrorso;
ƒ lo scheletro idrofilico,
deossiribosio ed i gruppi
fosforici, si trovano all’esterno
della doppia elica;
ƒ le basi nucleotidiche si trovano
all’interno della doppia elica
(10,5 residui per giro d’elica);
ƒ Si formano due scanalature una
maggiore ed una minore;
ƒLe eliche sono antiparallele: una
in direzione 5’-3’ l’altra in 3’-5’;
ƒLe eliche sono complementari. 21
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Caratteristiche della doppia elica 5’ 3’
1
2 36 Å
3
4
5

6
Scanalatura
Scanalatura
7 maggiore
minore
8

9
10

5’ 3’
1 Twist = 10.5 bp Juang RH (2004) BCbasics
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Strutture tridimensionali del DNA
Forma A: doppia elica destrorsa, 11 coppie di basi per
giro d’elica, scanalatura maggiore più ampia, scanalatura
minore meno profonda

Forma Z: doppia
elica
sinistrorsa, 12
coppie di basi
per giro d’elica,
struttura più
allungata e più
sottile.

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Sequenze palindrome del DNA

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Sequenze palindrome del DNA
Sono segmenti di filamenti
complementari che sono
l’esatto inverso l’uno
dell’altro.

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Duplicazione del DNA

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RNA
RNA messaggero (mRNA): sequenza di RNA direttamente
trascritta dal DNA.
RNA monocistronico: la sua sequenza codifica per una sola
proteina
RNA policistronico: RNA che contiene più sequenze ognuna
delle quali codifica per una proteine

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mRNA
ƒ Elica a singolo filamento;
ƒ la catena idrofilica di ribosio e
legami fosfodiesterei è esterna;
ƒ Le basi nucleotidiche sono poste
all’interno dell’avvolgimento ad elica;
ƒ può formare doppie eliche di
forma A con DNA ed RNA;
ƒ Il gruppo OH in posizione 2’ può
formare legami idrogeno che
stabilizzano la struttura;
ƒLe basi nucleotidiche si appaiano
come nel DNA ed inoltre formano
interazioni idrofobiche 30
tRNA

31
tRNA

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Denaturazione del DNA
L’aumento della
temperatura e variazioni
del pH portano a
denaturazione del DNA
(rottura dei legami H
della doppia elica, e delle
interazioni idrofobiche
fra le basi nucleotidiche)

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Effetto ipercromico ed
ipocromico del DNA
Effetto ipocromico:
decremento dell’assorbimento
della luce quando le eliche
sono appaiate (elica nativa)

Effetto ipercromico:
aumento dell’assorbimento
della luce quando la doppia
elica è denaturata
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Mutazioni

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Trasformazioni non enzimatiche

Deamminazioni: perdita del


gruppo NH2 di residui di
Citosina con formazione di
residui di Uracile che nel DNA
possono appaiarsi con residui
di Adenina

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Depurinazioni: rottura del legame N- glicosilico con
formazione di un residuo apurinico più frequente per purine
che per pirimidine.

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Condensazioni:
formazione di
dimeri ciclobutani
in seguito a
reazioni
innescate da
raggi UV fra due
basi pirimidiniche
adiacenti sulla
stessa catena

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Deamminazioni: Queste reazioni
possono avvenira a causa di
agenti chimici deamminanti(come
l’acido nitroso HNO2) o composti
che una volta metabolizzati
formano nitriti

Precursori del’acido nitroso

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Metilazioni: Reazioni che portano
ad aggiungere gruppi metilici
(CH3) in genere su residui di
guanina e citosina

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Nelle cellule, alcune basi del DNA (specialmente adenina
e citosina) vengono metilate da specifici enzimi ;in alcuni casi
la funzione della metilazione è ben conosciuta;in altri resta
ancora da scoprire.

A livello di
sequenze CpG All’interno di
sequenze
5’-GATC-3’

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Sequenziamento del DNA
Metodo di Sanger

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Altre funzioni dei nucleotidi
- Trasportano energia chimica nelle cellule
- Fanno parte di molti cofattori enzimatici
- Sono molecole regolatrici

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ATP

46
CoA

47
NAD+

48
FAD

49
Molecole regolatrici

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