ENZIMI

Catalizzatore: sostanza che aumenta la velocit di una reazione chimica senza esserne trasformata; non modifica l'equilibrio di una reazione, n la rende pi termodinamicamente favorevole, ma semplicemente fa raggiungere lequilibrio molto pi rapidamente. 1860: Pasteur osserva che la fermentazione dello zucchero in alcol catalizzata da fermenti (pi tardi chiamati da Khne enzimi = dal greco "nel lievito"), che ipotizza siano inseparabili dalla struttura della cellula vivente (teoria vitalistica). 1897: Buchner dimostra che gli enzimi possono funzionare anche dopo essere stati estratti dalle cellule. 1926: Sumner isola e cristallizza lureasi, e postula che gli enzimi siano proteine.

ENZIMI
2 H2 O2 FeCl3: emoglobina: catalasi: 2 H 2 O + O2

accelera la reazione di 1000 volte accelera la reazione di un milione di volte accelera la reazione di un miliardo di volte

ENZIMI: PROPRIETA - 1
elevato potere catalitico
Aumento della velocit prodotto da alcuni enzimi: anidrasi carbonica chimotripsina lisozima catalasi trioso fosfato isomerasi fumarasi -amilasi fosfoglucomutasi succinil-CoA transferasi ureasi adenosina deaminasi fosfatasi alcalina 107 107 108 109 109 1011 1011 1012 1013 1014 1014 1017

ENZIMI: PROPRIETA - 2
elevata specificit
a) di substrato: esocinasi: fosforila glucoso, mannoso e fruttoso glucocinasi: fosforila solo glucoso tripsina: idrolizza solo legami Lys/Arg-X trombina: idrolizza solo legami Arg-Gly lattico deidrogenasi: ossida solo l'acido L-lattico fumarasi:agisce sull'acido fumarico (trans) ma non sull'acido maleico (cis) b) di prodotto (assenza di prodotti collaterali indesiderati): DNA polimerasi I: un solo errore ogni milione di basi inserite

ENZIMI: PROPRIETA -3
possibilit di operare in sequenze coordinate
esocinasi fosfoesoso isomerasi

glucoso

glucoso-6-P

fruttoso-6-P
fosfofruttocinasi

fruttoso-1,6-BP
GAP deidrogenasi aldolasi

1,3-bifosfoglicerato
fosfoglicerato cinasi

GAP

DAP
triosofosfosfato isomerasi

3-fosfoglicerato
fosfoglicerato mutasi enolasi piruvato cinasi

2-fosfoglicerato

2-fosfoenolpiruvato

piruvato

possibilit di regolazione (allosterica, covalente, per induzione, etc...)

ENZIMI: PROPRIETA - 4
1) proteine semplici o coniugate 2) acidi ribonucleici (ribozimi)

ENZIMI: PROPRIETA - 5
denaturazione perdita del potere catalitico

oloenzima = apoenzima + cofattore

vitamine
cofattori

ioni essenziali

coenzimi

ioni attivatori (debolmente legati)

ioni di metalloenzimi (saldamente legati)

cosubstrati (debolmente legati)

gruppi prostetici (saldamente legati)

ENZIMI: PROPRIETA - 6
metallo Fe Cu Zn Mg Mn K Ni Co Mo V Se enzima citocromo ossidasi, catalasi, perossidasi citocromo ossidasi, acido ascorbico ossidasi, lisina ossidasi, dopamina idrossilasi anidrasi carbonica, carbossipeptidasi A, termolisina, alcol deidrogenasi esocinasi, glucoso-6-fosfatasi, piruvato cinasi arginasi, ribonucleotide reduttasi, istidina ammoniaca liasi piruvato cinasi ureasi glutamato mutasi xantina ossidasi, dinitrogenasi nitrato reduttasi glutatione perossidasi

ENZIMI: NOMENCLATURA - 1
Enzyme Commission (EC) of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB).
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/ Classificazione degli enzimi: 1. Ossidoriduttasi 2. Trasferasi 3. Idrolasi 4. Liasi trasferimento di elettroni trasferimento di gruppi funzionali da una molecola all'altra idrolisi (trasferimento di gruppi funzionali sull'acqua) addizione di gruppi funzionali a un doppio legame o formazione di un doppio legame per rimozione di gruppi, o altre rotture di legame implicanti redistribuzione di elettroni trasferimento di gruppi all'interno della stessa molecola reazioni endoergoniche in cui due molecole sono unite tra loro, richiedono in genere la partecipazione diretta di un nucleoside trifosfato

5. Isomerasi 6. Ligasi

ENZIMI: NOMENCLATURA - 2
1. Ossidoriduttasi: deidrogenasi ossidasi reduttasi perossidasi catalasi ossigenasi idrossilasi 2. Transferasi: transaldolasi, transchetolasi acetiltransferasi metiltransferasi glucosiltransferasi fosfotransferasi (cinasi) fosfomutasi aminotransferasi (transaminasi)

ENZIMI: NOMENCLATURA - 3
3. Idrolasi: esterasi glicosidasi peptidasi fosfatasi tiolasi lipasi, fosfolipasi amidasi deaminasi ribonucleasi 4. Liasi: decarbossilasi aldolasi idratasi deidratasi sintasi liasi

ENZIMI: NOMENCLATURA - 4
5. Isomerasi: racemasi epimerasi isomerasi mutasi (non tutte) 6. Ligasi: sintetasi carbossilasi

ENZIMI: NOMENCLATURA - 5
triosofosfato isomerasi diidrossiacetonefosfato gliceraldeide-3-fosfato
Enzyme Commission classe sottoclasse

EC 5.3.1.1

ordine di inserimento progressivo nella lista sotto-sottoclasse

5 = isomerasi 3 = ossidazione in una parte del substrato e riduzione in un'altra 1 = interconversione di aldosi in chetosi e viceversa 1 = primo ingresso nella sotto-sottoclasse 5.3.3 (al 2005 = 26)
nome comune (triviale): triosofosfato isomerasi nome sistematico: D-gliceraldeide-3-fosfato aldoso-chetosoisomerasi altri nomi: fosfotrioso isomerasi; trioso fosfoisomerasi; trioso fosfato mutasi; D-gliceraldeide-3-fosfato chetol-isomerasi

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 1

enzima + substrato

enzima-substrato

enzima-prodotto

enzima + prodotto

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 2

azione di un catalizzatore inorganico:

O O S O O O O

S O O

S O O

platino

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 3

azione di un enzima (E):
substrato 2 substrato 1

prodotto

stato di transizione

legame e posizionamento dei reagenti

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 4

chimotripsina:

aminoacidi sito attivo

substrato

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 5

chimotripsina:

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 6

carbossipeptidasi A:

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 7

stato di transizione Energia di attivazione in assenza del catalizzatore

Energia di attivazione in presenza del catalizzatore

reagenti G'

prodotti

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 8

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 9

stereospecificit:
substrato 1
substrato

substrato 2

sito attivo

sito attivo

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 10

substrato stato di transizione prodotti

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 11

esocinasi:

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 12

proteasi:
H3 N H O C N H R2 C H C O R1

+ H2 O
H H3 N R2

O C R1 C O

H3 N

O C O

C H

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE - 13

Ser-proteasi tripsina chimotripsina trombina elastasi Cys-proteasi papaina caspasi Asp-proteasi pepsina Metallo-proteasi carbossipeptidasi A R2 = aminoacido C-terminale R1 = Phe, Tyr, Trp, Leu, Glu, Asp R1 = Lys, Arg, Phe R1 = Asp R1 = Lys, Arg R1 = residui idrofobici voluminosi: Tyr, Phe, Trp (ma anche Leu, Ile, Val, Met, His) R1 = Arg R1 = piccoli residui neutri: Ala, Gly, Ser, Val

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE 14a

chimotripsina:

O Ser 195 CH2 O H N C NH

CH2 CH

NH2

_ O Ser 195 CH2 O C NH H N

CH2 CH

NH2

COOH His 57 N H O C Asp 102 _ O

His 57

+ N H O C Asp 102 _ O

COOH

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE 14b

O Ser 195 CH2 O C

CH2 CH

NH2

O Ser 195 CH2 O C

CH2 CH

NH2

H NH N

H N

His 57

N H O C Asp 102 _ O

COOH

His 57

N H O C Asp 102 _

H NH

COOH O

ENZIMI: MECCANISMO DAZIONE 14c

_ O Ser 195 CH2 O C O H N + His 57 N H O C Asp 102 _ O

CH2 CH H

NH2

Ser 195

CH2

O H N O C OH CH2 CH NH2

His 57

N H O C Asp 102 _ O

ENZIMI: CINETICA - 1
Curva di Michaelis-Menten:
Vmax

v0
V0 = Vmax/2

Vmax [S] V0 = Km + [S]

Km

[S]

ENZIMI: CINETICA - 2
ordine 0

v0
ordine 1

[S]

ENZIMI: CINETICA - 3
Reazioni coinvolgenti un complesso ternario: a) casuali:
S1 P1 P1 E S2 S1 E S P1 S2 S P1 E S2 S2 P S P1 1 P2

ENZIMI: CINETICA - 4
Reazioni coinvolgenti un complesso ternario: b) ordinate:
S1 E P1 E S P1

S2 S P1 E S2 E P P1 S1 P2

ENZIMI: CINETICA - 5
Reazioni coinvolgenti un complesso ternario: c) doppio spostamento (ping pong):
S1 E P1 E S P1 E E* P1 P S1 S2 E* P1

P1

P2

E*

P1

Valori di Km (= affinit E per S) di alcuni enzimi:

Enzima catalasi esocinasi (cervello) Substrato H2O2 D-glucoso ATP D-fruttoso anidrasi carbonica chimotripsina pepsina HCO3-

ENZIMI: CINETICA - 6
Km (mM) 25,0 0,05 0,4 1,5 9 0,15 108 0,3 0,0004 0,003 0,3 0,06 0,4 1

acetilfenilalanil-alanina glicil-tirosinil-glicina fenilalanil-glicina arginina ATP

arginil-tRNA sintetasi tRNA

piruvico carbossilasi

ATP acido piruvico HCO3-

ENZIMI: CINETICA - 7
Numero di turnover (kcat) di alcuni enzimi:
Enzima catalasi anidrasi carbonica acetilcolinesterasi -lattamasi fumarasi ribonucleasi DNA polimerasi I papaina pepsina chimotripsina Substrato H2O2 HCO3acetilcolina benzilpenicillina fumarato RNA DNA peptidi fenilalanil-glicina acetilfenilalanil-alanina kcat (molecole/sec) 40.000.000 1.000.000 400.000 25.000 2.000 800 100 15 10 0,5 0,14

superossido dismutasi O2-

ENZIMI: CINETICA - 8
2E v0 E

Km

[S]

ENZIMI: CINETICA - 9

vmax

[E]

ENZIMI: CINETICA - 10
Effetto della temperatura sulla velocit:

+ enzima

vel

- enzima

temp

ENZIMI: CINETICA - 11
Effetto del pH sulla velocit:

pepsina

amilasi monoamino ossidasi acetilcolinesterasi

attiv. enz.

lisozima

11

pH

ENZIMI: CINETICA - 12
Aminoacidi in grado di scambiare protoni (1):
+ NH 3 CH2 R Lys + NH 2 C NH R Arg NH 2 NH C NH R NH 2

NH 2 CH2 R

R CH2

R CH2

HN +

NH His

NH

ENZIMI: CINETICA - 13
Aminoacidi in grado di scambiare protoni (2):
COOH CH2 R Asp _ COO CH2 R COOH CH2 CH2 R Glu _ COO CH2 CH2 R

OH

CH 2SH CH2 R Tyr CH2 R R Cys

_ CH 2S R