Corso di Biochimica 1

Le molecole degli organismi viventi

• Amminoacidi e proteine
• Zuccheri e polisaccaridi
• Lipidi e membrane
• Nucleotidi e acidi nucleici

1
Gli amminoacidi
gruppo carbossilico

a
gruppo amminico

20 funzioni chimiche diverse

nelle proteine
2
Proprietà chimico-fisiche degli amminoacidi
• sono i componenti delle proteine ma anche di ormoni e
neurotrasmettitori e intermedi metabolici

• sono noti oltre 700 amminoacidi naturali, ma solo 20 (21)

sono presenti nelle proteine
• contengono un gruppo amminico ed un gruppo carbossilico
oltre a 20 diverse funzionalità presenti in R

3
Alcune proprietà delle loro soluzioni
acquose, sia chimiche che fisiche, non
concordano con questa struttura:

• a differenza delle ammine alifatiche (R-NH2) e degli acidi carbossilici (R-

COOH), gli amminoacidi sono solidi cristallini non volatili che fondono a
temperature elevate (200-300°C).

• sono insolubili nei solventi apolari (benzene, etere, etc) e sono invece
solubili in acqua

• le loro soluzioni acquose si comportano come soluzioni di sostanze ad

alto momento dipolare

• le costanti di acidità (R-COOH) sono più alte rispetto agli acidi

carbossilici semplici (KA ≈ 10-2 M) e quelle di basicità più basse rispetto
alle ammine alifatiche (KB ≈ 10-4 M)
4
Tutte queste proprietà concordano con una struttura ionica
dipolare del tipo:

Ovvero gli amminoacidi sono ioni dipolari o zwitterioni

(dal tedesco = ibrido + ione) 5
 ALANINA ALA A
CISTEINA * CYS C
ACIDO ASPARTICO ASP D Ala
ACIDO GLUTAMMICO GLU E
FENILALANINA * PHE F
GLICINA GLY G
NOMENCLATURA

ISTIDINA * HIS H
ISOLEUCINA * ILE I
LISINA * LYS K
LEUCINA * LEU L Trp
METIONINA * MET M
ASPARAGINA ASN N
PROLINA PRO P
GLUTAMMINA GLN Q
ARGININA ARG R
SERINA SER S
* essenziali, ovvero
TREONINA * THR T devono essere assunti
VALINA * VAL V con la dieta.
TRIPTOFANO * TRP W
TIROSINA TYR Y
6
Nomi comuni degli amminoacidi

7
J Chem Edu 2000, 77:48-49
A Ala (S)-2-aminopropanoic acid
C Cys (R)-2-amino-3-mercaptopropanoic acid
D Asp (S)-2-aminosuccinic acid
E Glu (S)-2-aminopentanedioic acid
F Phe (S)-2-amino-3-phenylpropanoic acid
Nomenclatura
G Gly 2-aminoacetic acid IUPAC
H His (S)-2-amino-3-(1H-imidazol-4-yl)propanoic acid
I Ile (2S,3S)-2-amino-3-methylpentanoic acid
K Lys (S)-2,6-diaminohexanoic acid
L Leu (S)-2-amino-4-methylpentanoic acid
M Met (S)-2-amino-4-(methylthio)butanoic acid
N Asn (S)-2,4-diamino-4-oxobutanoic acid
P Pro (S)-pyrrolidine-2-carboxylic acid
Q Gln (S)-2,5-diamino-5-oxopentanoic acid
R Arg (S)-2-amino-5-guanidinopentanoic acid
S Ser (S)-2-amino-3-hydroxypropanoic acid
T Thr (2S,3R)-2-amino-3-hydroxybutanoic acid
V Val (S)-2-amino-3-methylbutanoic acid
W Trp (S)-2-amino-3-(1H-indol-3-yl)propanoic acid
8
Y Tyr (S)-2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid
NB. Tutte le strutture
riportate sono quelle
prevalenti a pH 7

9
10
11
12
13
 Massa molare Superficie Volume
(g/mol) (Å2) (Å3)
G 57.05 75 60.1
A 71.09 115 88.6
S 87.08 115 89
P 97.12 145 112.7
V 99.14 155 140
T 101.11 140 116.1
C 103.15 135 108.5
I 113.16 175 116.7
L 113.16 170 166.7
N 114.11 160 114.1
D 115.09 150 111.1
Q 128.14 180 143.8
K 128.17 200 168.6
E 129.12 190 138.4
M 131.19 185 162.9 glicina L-triptofano
H 137.14 195 153.2
F 147.18 210 189.9
Dati da:
R 156.19 225 173.4 C.Chothia, J. Mol. Biol., 105(1975)1-14
A.A. Zamyatin, Prog. Biophys. Mol. Biol., 24(1972)107-123
Y 163.18 230 193.6 C. Tanford, Adv. Prot. Chem., 17(1962)69-165
The Merck Index, Merck & Co. Inc., Nahway, N.J., 11(1989); CRC Handbook
W 186.12 255 227.8 of Chem.& Phys., Cleveland, Ohio, 58(1977)
14
Gli amminoacidi sono chirali (tranne Gly) con soltanto la serie
L presente nelle proteine (il sistema D/L è preferito al R/S)

Ponendo il Ca nel piano del foglio, le frecce in grassetto si

dipartono dal piano del foglio verso l’osservatore, quelle
tratteggiate escono dal piano del foglio allontanandosi
dall'osservatore.
15
Notazione di Fischer

16
Amminoacidi e meteoriti

Il meteorite Murchison cadde nel

1969 vicino a Murchison in
Australia. Esistono molti meteoriti
carboniosi simili e molti di essi
contengono amminoacidi formati
spontaneamente, inclusi alcuni
degli amminoacidi comuni presenti
nelle proteine. Questi amminoacidi
si trovano in rapporti quasi uguali
(racemiche) delle configurazioni L
e D.

17
 La legge di Lambert-Beer
intensità intensità
della luce della luce
incidente trasmessa

lampada monocromatore rivelatore

cuvetta porta campione
contenente c mol/L della
sostanza che assorbe

𝐼! 𝐼!
𝐴 = 𝑙𝑜𝑔 = 𝜀𝑐𝑙 = 𝑡𝑟𝑎𝑠𝑚𝑖𝑡𝑡𝑎𝑛𝑧𝑎
𝐼 𝐼

18
 Trp

assorbimento
Tyr

lunghezza d’onda (nm)

19
 Lo spettro di assorbimento dipende
dall’ambiente in cui si trova il cromoforo

Trp in H2O Trp in etanolo

absorbance

wavelength (nm) 20
 Alcuni amminoacidi sono fluorescenti

Stati eccitati
energia

assorbimento Emissione (fluorescenza)

Diagramma di Jablonski

stato fondamentale 21
assorbimento fluorescenza

22
 Trp interno Trp esposto all’H2O

Stato N
Stato D
denaturant

assorbimento emissione

N D

23
Formazione di ponti disolfuro

24
Proprietà acido-basiche

25
 pKCOOH pKNH3+ pKR pI
Le costanti di acidità (COOH) sono più
GLY 2.3 9.6 - 6.0
alte (pK ≈ 2.2) rispetto agli acidi
ALA 2.3 9.7 - 6.0
carbossilici semplici e quelle di basicità
VAL 2.3 9.6 - 6.0 (NH2) più basse (pK ≈ 4.4) rispetto alle
PROPRIETA’ ACIDO-BASICHE

PRO 2.0 10.6 - 6.3 ammine alifatiche semplici

LEU 2.4 9.7 - 6.0
MET 2.3 9.2 - 5.8
pKB = 3.30
ILE 2.4 9.7 - 6.1
pKBH = 10.7
PHE 1.8 9.1 - 5.5
TYR 2.2 9.1 10.1 5.7
TRP 2.4 9.4 - 5.9
SER 2.2 9.2 - 5.7
pKA = 4.75
THR 2.6 10.4 - 6.5
CYS 1.8 10.8 8.3 5.0
ASN 2.0 8.8 - 5.4
GLN 2.2 9.1 - 5.7
pKCOOH = 2.30
LYS 2.2 9.0 10.5 9.8
ARG 2.2 9.0 12.5 10.8 pKNH2 = 4.4
HIS 1.8 9.2 6.0 7.6 pKNH3+ = 9.6
ASP 2.1 9.8 3.9 3.0
GLU 2.2 9.7 4.3 3.2 26
Acido pKA

acetico 4.75
propionico 4.88
butanoico 4.82

Base pKB
metilammina 3.36
etilammina 3.30
1-propilammina 3.33

27
Effetto dei sostituenti sulle costanti di dissociazione di
alcuni acidi
acido formula pKA

formico H-COOH 3.74

acetico CH3-COOH 4.75

cloroacetico ClCH2-COOH 2.87

dicloroacetico Cl2CH-COOH 1.48

amminoacetico 3N-CH2-COOH 2.35

+H

(glicina)

H. Gutfreund, Enzyme physical properties, Wiley Interscience, 1972, London

28
Il gruppo R di Asp è più acido del gruppo R di Glu:
Effetto di posizione

pKCOOH pKNH3+ pKR

Asp 2.1 9.8 3.9
Glu 2.2 9.7 4.3
29
Il grado di ionizzazione di un amminoacido è pH dipendente

specie specie specie

CATIONICA ZWITTERIONICA ANIONICA
carica = +1 carica = 0 carica = -1

30
Il grado di ionizzazione di un amminoacido è pH dipendente

specie
zwitterionica

pK1=2.34
pK2=9.60

31
Il grado di ionizzazione di un amminoacido è pH dipendente

H 2A + HA A-

𝐻𝐴 𝐻 #
𝐾" =
𝐻$ 𝐴#
Si vuole determinare la dipendenza della
% #
𝐴 𝐻 concentrazione di ciascuna specie dal pH
𝐾$ =
𝐻𝐴
𝑐 = 𝐻$ 𝐴# + 𝐻𝐴 + 𝐴%

32
Dipendenza della concentrazione di ciascuna specie dal pH

𝐻" ! 𝑐
𝐻! 𝐴" = " !
𝐻 + 𝐾# 𝐻 " + 𝐾# 𝐾!

𝐾# 𝐻 " 𝑐
𝐻𝐴 = " !
𝐻 + 𝐾# 𝐻 " + 𝐾# 𝐾!

𝐾# 𝐾! 𝑐
𝐴$ =
𝐻 " ! + 𝐾# 𝐻 " + 𝐾# 𝐾!

33
 pKCOOH pKNH3+ pKR pI
Il pH (o punto) isoelettrico
GLY 2.3 9.6 - 6.0
ALA 2.3 9.7 - 6.0
VAL 2.3 9.6 - 6.0
PRO 2.0 10.6 - 6.3
LEU 2.4 9.7 - 6.0
MET 2.3 9.2 - 5.8
ILE 2.4 9.7 - 6.1
PHE 1.8 9.1 - 5.5
TYR 2.2 9.1 10.1 5.7
TRP 2.4 9.4 - 5.9
SER 2.2 9.2 - 5.7
THR 2.6 10.4 - 6.5
CYS 1.8 10.8 8.3 5.0
ASN 2.0 8.8 - 5.4
GLN 2.2 9.1 - 5.7
LYS 2.2 9.0 10.5 9.8
ARG 2.2 9.0 12.5 10.8
HIS 1.8 9.2 6.0 7.6
ASP 2.1 9.8 3.9 3.0
34
GLU 2.2 9.7 4.3 3.2
Il punto isoelettrico pI
Il punto o pH isoelettrico è quel valore di pH a cui è massima
la concentrazione della specie zwitterionica.
NH3+ NH3+
𝑝𝐾! + 𝑝𝐾"
NH2
pK1 pK2
CH2 CH2 CH2 𝑝𝐼 =
COOH COO- COO-
2

pH < pI → catione
pH = pI → zwitterione
pH > pI → anione

35
 𝑝𝐾! + 𝑝𝐾"
𝑝𝐼 = ???
2
Il punto o pH isoelettrico è quel valore di pH a cui è massima
la concentrazione della specie zwitterionica.

𝐾" 𝐻 # 𝑐
𝐻𝐴 = # $
𝐻 + 𝐾" 𝐻 # + 𝐾" 𝐾$

𝑑 𝐻𝐴
#
=0
𝑑𝐻

Un po’ di algebra …

36
 𝑝𝐾# + 𝑝𝐾! 2.34 + 9.60
𝑝𝐼 = = = 5.97
2 2

37
 pKCOOH pKNH3+ pKR pI
GLY 2.3 9.6 - 6.0 Calcolo del pI per
ALA 2.3 9.7 - 6.0 amminoacidi con una
VAL 2.3 9.6 - 6.0 funzione acido-basica
PRO 2.0 10.6 - 6.3
nel gruppo R
LEU 2.4 9.7 - 6.0
MET 2.3 9.2 - 5.8
ILE 2.4 9.7 - 6.1
PHE 1.8 9.1 - 5.5
TYR 2.2 9.1 10.1 5.7
TRP 2.4 9.4 - 5.9
SER 2.2 9.2 - 5.7
THR 2.6 10.4 - 6.5
CYS 1.8 10.8 8.3 5.0
ASN 2.0 8.8 - 5.4
GLN 2.2 9.1 - 5.7
LYS 2.2 9.0 10.5 9.8
ARG 2.2 9.0 12.5 10.8
HIS 1.8 9.2 6.0 7.6
ASP 2.1 9.8 3.9 3.0
GLU 2.2 9.7 4.3 3.2 38
specie zwitterionica

pK1 + pK R 2.19 + 4.25

pI = = = 3.22
2 2

39
specie zwitterionica

pK R + pK 2 6.0 + 9.17
pI = = = 7.58
2 2

40
Calcolo del pI della cisteina

pKCOOH= 1.96 pKSH= 8.18 pKNH3+= 10.28

1+ 0 1- 2-

pK COOH + pK SH 1.96 + 8.18

pI = = = 5.07
2 2

41
Elettroforesi

42
 pKCOOH pKNH3+ pKR pI
GLY 2.3 9.6 - 6.0 Il pH o punto isoeletttrico
ALA 2.3 9.7 - 6.0
VAL 2.3 9.6 - 6.0
PRO 2.0 10.6 - 6.3
LEU
MET
2.4
2.3
9.7
9.2
-
-
6.0
5.8
pH < pI → catione
ILE 2.4 9.7 - 6.1
PHE 1.8 9.1 - 5.5
TYR 2.2 9.1 10.1 5.7
TRP 2.4 9.4 - 5.9
SER 2.2 9.2 - 5.7 pH = pI → zwitterione
THR 2.6 10.4 - 6.5
CYS 1.8 10.8 8.3 5.0
ASN 2.0 8.8 - 5.4
GLN 2.2 9.1 - 5.7
LYS
ARG
2.2
2.2
9.0
9.0
10.5
12.5
9.8
10.8
pH > pI → anione
HIS 1.8 9.2 6.0 7.6
ASP 2.1 9.8 3.9 3.0
GLU 2.2 9.7 4.3 3.2
Un esempio
Si abbia una miscela di 3 amminoacidi : Gly (pI=5.97), Lys (pI=9.74) e
Glu (3.22). Se l’elettroforesi su carta è allestita a pH 1, 6 e 11, si
indichi in ciascun caso se sia possibile separare la miscela.

punto di applicazione della

miscela

44
Si abbia una miscela di 3 amminoacidi : Gly (pI=5.97), Lys (pI=9.74) e Glu
(3.22). Se l’elettroforesi su carta e’ allestita a pH 1, 6 e 11. Si indichi in ciascun
caso se sia possibile separare la miscela.
pH=1

In ogni caso pH<pI e gli amminoacidi si troveranno informa cationica

Glu

Lys Gly

45
Si abbia una miscela di 3 amminoacidi : Gly (pI=5.97), Lys (pI=9.74) e Glu
(3.22). Se l’elettroforesi su carta e’ allestita a pH 1, 6 e 11. Si indichi in ciascun
caso se sia possibile separare la miscela.
pH=6

Gly non migra (pH=pI), Glu è in forma anionica (pH>pI) e Lys è in forma
cationica (pH<pI)

Glu

Lys Gly
Si abbia una miscela di 3 amminoacidi : Gly (pI=5.97), Lys (pI=9.74) e Glu
(3.22). Se l’elettroforesi su carta e’ allestita a pH 1, 6 e 11. Si indichi in ciascun
caso se sia possibile separare la miscela.
pH=11

In ogni caso pH > pI e gli amminoacidi si troveranno informa anionica

Gly Glu

Lys

47
Alcuni amminoacidi prodotti biologicamente e che non
sono componenti delle proteine

48
Alcuni amminoacidi prodotti biologicamente e che non
sono componenti delle proteine

Amino acid derivative function

GABA Principale neurotrasmettitore inibitorio nel sistema nervoso
centrale dei mammiferi
istamina Risposte immunitarie locali e neurotrasmettitore
dopamina Famiglia delle catecolamine. Neurotrasmettitore nel cervello
tiroxina Famiglia di ormoni tiroidei. Regolazione del metabolismo
citrullina Ciclo dell’urea
ornitina Ciclo dell’urea
b-cianoalanina Metabolismo del cianuro nelle piante
homocisteina Metabolismo della metionina
S-adenosilmetionina Donatore di metili
azaserine Analogo della Gln. Farmaco, inibitore degli enzimi che
legano la Gln. Antineoplastico e antibiotico

49
Adrenalina (epinefrina)
Sintetizzata nella midollare surrenale e immagazzinato
in granuli cromaffini.
Ormone: effetto opposto dell'insulina
Neurotrasmettitore: effetto sul sistema nervoso
simpatico (cuore, polmoni, vasi sanguigni, vescica,
intestino e genitali). Viene rilasciato dalla stimolazione
nervosa in risposta a stress fisico o mentale

L- L-

Cinque enzimi sono coinvolti nella biosintesi dell’adrenalina

1: fenilalanina idrossilasi
2: tirosina idrossilasi
3: L-amminoacido-idrofobico decarbossilasi
4: dopamina idrossilasi
50
5: feniletanolammmina-N-metil transferasi
Modificazione post-traduzionale di alcuni amminoacidi

51
Modificazione post-traduzionale degli amminoacidi

52