Biochimica-Lezione 2

LE STRUTTURE DELLE PROTEINE

PRIMARIA
È data dalla sequenza degli amminoacidi che si legano tra di loro tramite legame peptidico tra il gruppo
carbossilico e quello amminico con eliminazione di acqua(C=ONH). Ciascuna delle due parti provenienti da
due amminoacidi diversi prende il nome di residuo amminoacidico. La struttura primaria delle proteine può
avvolgersi a formare la struttura secondaria e questa può formare a sua volta quella terziaria oppure più
catene polipeptiche, di solito, a struttura terziaria, si associano tra di loro per formare la struttura quaternaria.
Le proteine per svolgere una funzione non devono necessariamente avere una struttura complessa, già solo
la classica sequenza amminoacidica può fare svolgere alla proteina la sua funzione. Per esempio l'insulina
viene secreta dalle cellule del pancreas come pro-insulina, un peptide molto lungo formato da 86
amminoacidi che poi viene tagliato, perde una parte di amminoacidi (chiamata peptide c) e forma due
frammenti che prendono il nome di peptidi a e b, questi ultimi sono legati tra loro tramite ponti di solfuro tra
residui di cisteina. È così che si forma la struttura dell'insulina. L'insulina del maiale, quella bovina e quella
umana agiscono alla stessa materia e questo dimostra che, pur presentando differenze nella sequenza
amminoacidica tra l'ottavo e l'undicesimo amminoacido, funzionano nello stesso modo.
Molte proteine invece formano la struttura secondaria.
SECONDARIA
La struttura secondaria può essere ad alfa elica o a beta foglietto.
La struttura ad alfa elica é un ripiegamento elicoidale della sequenza amminoacidica in senso destrorso e
ogni giro di elica comprende 3,6 residui amminoacidici. É come un nastro piegato ad elica e questa struttura
viene stabilizzata tra legami a H tra il gruppo C=O presente in un amminoacido e quello NH in un altro
amminoacido che in seguito all'avvolgimento dell'elica si sono avvicinati.
La struttura a foglietto beta é caratterizzata da più catene polipeptidiche e viene stabilizzata da legami a H
che avvengono tra C=O ed NH presenti in amminoacidi di catene vicine, le catene essendo associate dai
legami a H formano una sorta di foglietto ripiegato. In questo foglietto le catene possono essere associate
sia tutte allo stesso modo, cioè tutte con l'estremità carbossi-terminale a sinistra e l'ammino-terminale a
destra (PARALLELE) oppure una catena con le estremità in un modo e quella accanto al contrario
(ANTIPARALLELE). Di solito la struttura beta-foglietto si trova come parallela.
Quando le catene polipeptidiche sono molto lunghe possono coesistere parti ad alfa-elica e parti che
formano dei motivi strutturali, ovvero in una proteina ci può essere una zona piegata ad alfa-elica e una che
non si ripiega (alfa-elica, giro, alfa-elica) e allo stesso modo avviene con la struttura a beta foglietto
(foglietto-giro-foglietto). Il ripiegamento dei motivi strutturali genera un DOMINIO.
Un esempio biochimico é la proteina CALMODULINA che lega il calcio ed é formata alle estremità da un
motivo strutturale elica-ansa-elica che é necessario per legare gli ioni calcio.

TERZIARIA
La struttura terziaria é data dal superavvolgimento di un polipeptide e, in questo avvolgimento che forma una
proteina globulare, i residui idrofobici si trovano all'interno e quelli idrofilici all'esterno e quindi si ripiega in
maniera diversa in base alla diversa sequenza di amminoacidi. Se il polipeptide é molto lungo ci può essere
un ripiegamento a struttura terziaria, una parte lineare e un altro ripiegamento a struttura terziaria, quindi si
formano dei domini nell'ambito della struttura e questo lo troviamo spesso negli enzimi. Un esempio é
l'enzima ESOCHINASI che si trova in tutte le cellule e quando il glucosio presente nel sangue subito dopo il
pasto entra nelle cellule, principalmente nelle cellule del sistema nervoso in cui entra più velocemente, il
ruolo dell'esochinasi sarà di legare al glucosio un gruppo fosfato, in questo modo si forma il glucosio 6
fosfato e così il glucosio viene intrappolato all'interno della cellula che lo utilizza per demolirlo con la glicolisi
e quindi ottenere energia. L'esochinasi è formato da due parti globulari e la parte centrale che separa queste
due é formata da una fessura che é il sito catalitico che lega il glucosio. Le due parti globulari presentano il
sito per l'ATP perché il gruppo fosfato che viene legato al glucosio viene preso dall'ATP che quindi diventa
ADP. Quando il glucosio si lega all'esochinasi, quest'ultimo cambia forma, chiude il glucosio al suo interno e
lo trasforma.

Anche la struttura terziaria é stabilizzata da legami:

- Ponti di solfuro, quando la catena polipeptidica si avvolge, si affrontano ad un certo punto le cisteine che
formano il ponte di solfuro;
- Legami a H, che si formano tra i gruppi OH presenti nelle catene laterali di alcuni amminoacidi (come la
serina) e il gruppo C=O che si trova nelle catene laterali di altri amminoacidi (come il glutammato);
- Ponti salini, che si creano tra catene laterali con carica diversa (ad esempio il gruppo amminico della lisina
e il gruppo carbossilico del glutammato);
- Interazioni idrofobiche, quando si incontrano amminoacidi che nel ripiegamento é come se si
incastrassero tra di loro. Per esempio un amminoacido a catena laterale ramificata (valina) e un
amminoacido con un anello aromatico (fenilalanina), tra questi amminoacidi si crea un interazione
idrofobica con l'inserimento della fenilalanina nella catena laterale della valina.

Questi legami stabilizzano la struttura terziaria.

QUATERNARIA
È data dall'associazione di più proteine come ad esempio l'emoglobina. La proteina che deriva
dall'associazione di queste catene avrà caratteristiche proprie, differenti dalle caratteristiche delle singole
proteine prese singolarmente. Quando una proteina si associa in struttura quaternaria, si viene a creare
un'interazione e una cooperazione tra le singole catene polipeptidiche e quindi quella proteina funziona in tal
modo perché cooesistono tutte le proteine che cooperano tra loro.

Non tutte le proteine sono totalmente ripiegate, alcune si ripiegano solo quando sono legate ad altre
proteine. Questo é il caso di proteine che mancano di una struttura ripiegata stabile:
- IUP proteine intrinsicamente non strutturate
- PUF conformazioni parzialmente destrutturate
Queste proteine hanno un parziale ripiegamento, di solito si legano al DNA o all'RNA o anche ad altre
proteine, e quando si legano si ripiegano totalmente. Hanno una funzione molto importante poiché essendo
non totalmente ripiegate sono delle proteine molto plastiche e all'interno della cellula appunto si possono
legare ad altre proteine e assumere una forma ben organizzata. Il legame che formano con un'altra proteina
é un legame molto debole, perché una parte dell'energia di legame che si forma viene indirizzata ad
assumere una determinata forma, di conseguenza il legame che si crea é molto più debole rispetto a quello
che si crea quando si legano due proteine strutturate. Queste proteine hanno un ruolo in molte funzioni della
cellula, come ad esempio la regolazione del ciclo cellulare. P21, inibitore delle chinasi-ciclina dipendenti, é,
ad esempio, una proteina non strutturata, questa viene sintetizzata quando il DNA viene danneggiato e il
danno viene riconosciuto dalle chinasi che fosforilano P53 che determina la trascrizione di P21 che si lega
alle chinasi-ciclina dipendenti e il DNA non si replica. Quando non ci sono danni al DNA, non essendoci P21,
le chinasi-ciclina dipendenti fosforilano Rb (la proteina del retinoblastoma) e questa fosforilata dalle cicline si
stacca da E2F che è il fattore di trascrizione che, quindi, non essendo più inibito da Rb si lega a specifiche
sequenze presenti sul DNA e regola la trascrizione di enzimi necessari per la replicazione del DNA.

Le proteine globulari sono perfettamente solubili nell'acqua e sono molte nel nostro organismo. Nel nostro
corpo abbiamo anche proteine fibrose, che sono insolubili nell'acqua. Un esempio di proteine fibrose sono il
COLLAGENE e l'ELASTINA che sono le principali proteine del tessuto connettivo. Sono proteine che
sostengono. Il collegene é presente maggiormente nei tendini, l'elastina nei legamenti.
IL COLLAGENE
È presente nel tessuto di sostegno. É sintetizzato da fibroblasti, condroblasti, osteoblasti, odontoblasti ed é
fatto da una tripla elica di tropocollagene. Il tropocollagene é formato da tre catene polipeptidiche che si
avvolgono a formano un'elica. Queste tre catene hanno un'elevata concentrazione di residui di glicina (circa
il 30%), dal 15 al 30% sono costituite da prolina e 4-idrossiprolina e in quantità minore da 3-idrossiprolina e
5-idrossilisina (i numeri indicano in quale posizione l'ossigeno viene inserito durante l'idrossilazione).
L'idrossilazione di prolina e lisina avviene successivamente alla sintesi delle singole eliche. Per la restante
parte sono presenti tutti gli amminoacidi ad eccezione di cisteina e triptofano che sono assenti. Il collagene
non ha questa costituzione casualmente ma le tre catene che si avvolgono tra di loro sono di 3 tipi: alfa1,
alfa2 e alfa3 e sono presenti in proporzioni diverse nei differenti tessuti. La maggior parte di queste catene
polipeptidiche é costituita dalla sequenza di glicina-X-prolina (X=un qualsiasi amminoacido) ripetuta tante
volte. L'elevata predominanza di glicina e prolina fa si che la conformazione della tripla elica non abbia né
conformazione alfa né beta foglietto, ma il collagene che contiene questi residui prende il nome di tripla
elica allungata, detta anche elica C, che é sempre una struttura secondaria. Questa elica C é molto
resistente ed inestensibile. Queste tre catene alfa1, 2 e 3 sono legate tra di loro grazie a legami a H che si
instaurano tra i gruppi CO e i gruppi NH di catene vicine. Il fatto che il collagene sia una proteina di sostegno
dipende dalla presenza della glicina che ha un H nella catena laterale così che quando le catene si
avvicinano tra di loro, poiché la glicina è presente in alta quantità, si compattano tutte tra loro e quindi sono
molto vicine. Le proline e le idrossiproline invece si dispongono all'esterno della catena è così permettono il
legame con le catene vicine.
Esiste una patologia del collagene, come l'osteogenesi imperfetta, dovuta ad una mutazione in cui una
glicina è sostituita da una cisteina e la mancanza della glicina porta alla formazione di un collagene che non
riesce a svolgere la funzione di sostegno e le eliche non si avvolgono come dovrebbero e questo porta a
ossa molto deboli e a poco sostegno del tessuto connettivo in generale.
I residui di prolina e lisina vengono idrossilati dopo essere stati inseriti nella catena polipeptidica
(modificazione post-traduzionale) e si formano in seguito all'inserimento di un atomo di ossigeno in questi
amminoacidi (prolina in posizione 3 e 4 e lisina in posizione 5) grazie all'enzima IDROSSILASI.
Come avviene questo inserimento?
Un residuo di prolina reagisce con un cheto-acido, che é l'alfachetoglutarato, in presenza di ossigeno: un
atomo di ossigeno viene inserito nel sito della prolina che da CH2 diventa CH-OH, l'altro atomo di ossigeno
viene legato al gruppo CO staccato dal cheto-acido è così viene liberata CO2. L'alfachetoglutarato quindi
avendo perso il CO diventa succinato. Questa reazione catalizzata da una IDROSSILASI richiede ferro e
acido ascorbico (vitamina C). Il ferro necessario per catalizzare la reazione deve essere in forma ridotta
(Fe3+) e infatti l'acido ascorbico serve proprio per ridurre il ferro. Nello scorbuto infatti, mamcando la
vitamina C, il collagene della pelle e dei vasi sanguigni tende a non funzionare in maniera ottimale e infatti le
persone affette da scorbuto morivano per emorragia.
La lisina subisce altre modificazioni, oltre l'idrossilazione, come ad esempio la perdita del gruppo amminico
che la trasforma in ALLISINA e in seguito a ciò l'allisina non avrà più un gruppo amminico ma un gruppo
aldeidico e reagirà con il gruppo amminico di una lisina per formare una BASE DI SCHIFF che associa più
filamenti di tropocollagene tra di loro. L'allisina può reagire anche con un'altra allisina.
La formazione di legami crociati e il loro riassemblamento da parte della lisil-ossidasi permette ad alcune
cellule tumorali, dotate di un fenotipo particolarmente aggressivo e maligno, di modificare il collagene della
matrice extracellulare grazie alla secrezione di determinati enzimi e di migrare fino ad una sede secondaria.
Le cellule tumorali hanno principalmente un metabolismo anaerobico.
Il collagene inoltre contiene alcuni residui di idrossilisina che legano gli zuccheri; quindi si formeranno delle
glicoproteine in cui la porzione glucidica é legata appunto all'idrossilisina. Questa é una caratteristica
importante del collagene, perché nelle glicoproteine i resuidi glucidici sono legati alla serina e all'asparagina
solitamente, nel collagene invece gli zuccheri sono legati all'idrossilisina. L'enzima che lega gli zuccheri al
collagene si chiama GLICOSIL-TRASFERASI.

Il collagene viene sciolto da enzimi che si chiamano COLLAGENASI che sono presenti sia nel patologico
che nel fisiologico. Nel patologico questo enzima in forma molto aggressiva viene sintetizzato dal clostridium
histoliticum che è il batterio che provoca la gangrena gassosa e demolisce le catene polipeptidiche del
collagene portando alla morte.
Le collagenasi però funzionano anche fisiologicamente partecipando al rimodellamento dei tessuti sia a
livello embrionale partecipando all'accrescimento fetale sia alla rigenerazione dei tessuti.
Un'altra malattia associata al collagene é la malattia di Ehlers-Danlos che comprende un'attività anormale di
lisil-idrossilasi e lisil-ossidasi. Questi enzimi sono importanti perché permettono l'inestensibilità del collagene,
quando questi non funzionano nella maniera corretta portano il collagene ad essere estensibile e flessibile
(pelle, articolazioni e ossa sono più flessibili).
L'ELASTINA
È una proteina di sistegno che troviamo nei legamenti, nella parete delle arterie ed é formata da
tropoelastina che rappresenta l'unità fondamentale. Anche la tropoelastina é costituita da glicina ed é ricca di
prolina, contiene poca idrossiprolina e manca totalmente di idrossilisina. Si vengono a creare all'interno di
più tropoelastine dei legami crociati tra allisine e in particolare tra tre allisine e una lisina e si forma la
DESMOSINA.
La desmosina é un legame crociato tra più fibre di tropoelastina tra di loro. Questa struttura conferisce al
l'elastina elasticità.

Per quanto riguarda la struttura quaternaria delle proteine, data dall'associazione di più catene polipeptidiche
che possono essere uguali tra di loro (omomultimeri) oppure diverse tra di loro (eteromultimeri). Molti enzimi
o proteime che svolgono importanti funzioni hanno una struttura quaternaria. Le catene polipeptidiche si
associano tra di loro perché la formazione della struttura quaternaria dà a quella proteina più stabilità e
rappresenta un vantaggio evolutivo oltre che una maggiore cooperatività, in quanto le catene collaborano
nella funzione della proteina (come nell'emoglobina).
IL RIPIEGAMENTO
Le proteine corte in base agli amminoacidi che presentano si ripiegano spontaneamente.
Altre proteine per ripiegarsi, invece, necessitano di proteine che le facciano ripiegare, come ad esempio
Hsp70 e le CHAPERONINE. Il giusto ripiegamento delle proteine é una cosa fondamentale, infatti molte
patologie sono dovute ad un errato ripiegamento delle proteine. Ci sono alcune proteine ad esempio che
correttamente ripiegate sono solubili e che, invece, se ripiegate in maniera sbagliata diventano insolubili e
precipitano formando delle fibre che prendono il nome di AMILOIDI.
Un ripiegamento sbagliato può essere dovuto anche alla sostituzione di un amminoacido con un altro, per
cui la proteina non si ripiega correttamente, quando succede questo i sintomi sopraggiungono molto
precocemente. Le malattie dovute ad uno scorretto ripiegamento prendono il nome di AMILOIDOSI ovvero
malattie caratterizzate dalla precipitazione di proteine insolubili. Esistono diversi tipi di amiloidosi:
- AMILOIDOSI SISTEMICHE, come l'amiloidosi primaria che é data dallo scorretto ripiegamento di
immunoglobuline che diventano insilubili e precipitano depositandosi a livello del rene e del cuore. Questa
patologia inizia intorno ai 65 anni ed entro un anno porta incontro alla morte.
- AMILOIDOSI ASSOCIATE AD ALTRE MALATTIE quali l'artrite reumatoide, la fibrosi cistica e alcune forme
di tumore. Im questi pazienti esiste una proteina del siero che si deposita in alcuni tessuti (proteina
amiloide A del siero (SAA)). Questa proteina si deposita nel tessuto connettivo della milza, dei reni, del
fegato e intorno al cuore. I soggetti affetti da questa malattia nota col nome di amiloidosi sistemica
secondaria muoiono nel giro di pochi anni.
- MALATTIE ASSOCIATE AD UN CATTIVO RIPIEGAMENTO DELLE PROTEINE:
1. Morbo di Alzheimer in cui c'è il peptide β che ad un certo punto, non correttamente ripiegato, diventa
insolubile e precipita prendendo il nome di peptide β-amiloide. In seguito alla precipitazione si vanno a
formare le placche neuritiche che si accumulano nel tessuto nervoso umano e sono responsabili della
demenza delle persone affette da questa patologia.
2. Il cancro in cui p53 in seuito ad un ripiegamento sbagliato viene distrutto e quindi il DNA continua a
replicarsi anche dopo un errore.
3. Morbo di Parkinson in cui l'a-sinucleina essendo costituita da avvolgimenti
sbagliati si aggrega in masse sferiche (corpi di Lewy).
4. Morbo di Huntington in cui l'huntingtina che é normalmente presente all'interno del nostro corpo, quando
però alcune sequenze all'interno dell'huntingtina sono ripetute troppe volte, si ha la formazione di poli
aggregati intracellulari glutammina insolibili.
5. Malattia prionica umana. L’interazione di PrPsc (proteina prionica scrapie) con PrP normale converte
quest’ultima in PrPsc iniziando un effetto a cascata in cui sempre più proteina viene convertita nella forma
che determina la malattia. Questa malattia può essere:
Sporadica provocata dalla variazione conformazionale spontanea nella forma PrPsc (Morbo di Creutzfeldt-
Jacob): l’esito è fatale entro un anno dall’esordio. L’incidenza è di 1 caso su 1 milione per anno in tutto il
mondo.
Infettiva provocata dall’ingestione della proteina PrPsc tramite carni contaminate di animali affetti da BSE
(encefalopatia bovina spongiforme). Dimostra la capacità che ha una proteina di agire come agente
infettivo in assenza di DNA o RNA.
Ereditaria: determinata da un gene del prione mutato che porta alla sintesi di una proteina che si avvolge
nella conformazione PrPsc.
6. Fibrosi cistica è una malattia ereditaria dell’uomo. Il gene difettoso nei pazienti con CF è stato scoperto
nel 1989: codifica una proteina di membrana chiamata regolatore della conduttanza transmembrana della
fibrosi cistica o CFTR che pompa il cloro fuori dalle cellule. Quando questa subisce una mutazione per errato
ripiegamento, si assiste ad una mancata esportazione sia di cloro che di acqua a livello di molti distretti
causando la deidratazione del muco che si ispessisce e indurisce. In questo modo le ciglia delle cellule
epiteliali non eliminano i batteri che si trovano nel muco e ciò causa frequenti infezioni da S. aureus e P.
aeruginosa. L’insufficienza respiratoria è la causa più comune di morte dei pazienti affetti da CF. Soltanto gli
individui con entrambe le copie del gene difettose mostrano i sintomi della malattia: ostruzione del tratto
gastrointestinale e del tratto respiratorio che determina infezioni batteriche nelle vie aeree e la morte per
insufficienza respiratoria prima dei 30 anni di età.