ENZIMI

Sono molecole di natura proteica che catalizzano tutte le reazioni chimiche aumentandone la velocità per
renderle compatibili con la vita (le reazioni avvengono anche in 1017 volte più velocemente rispetto alla
reazione non catalizzata) e rendono più moderate le condizioni di reazioni altrimenti drastiche per pH,
temperatura o pressione. Sono quindi dei catalizzatori biologici, rimangono inalterati al termine della
reazione. A differenza di quelli chimici funzionano in condizioni compatibili con la vita e all’interno di sistemi
biologici.

La maggior parte sono proteine. Possono avere dimensioni variabili, quindi essere molto piccoli come le
ribonucleasi o molto grandi (strutture quaternarie monomeriche quaternarie o più complesse).

Tutti gli enzimi hanno un sito attivo, ossia un raggruppamento di AA che formano una tasca dove avviene la
funzione la funzione catalitica (quindi dove avviene la reazione), quindi il sito attivo (o sito catalitico) è quel
sito dove avviene la trasformazione del substrato in prodotto.

È tutta la molecola che si modifica ripiegandosi e mediante il sito attivo o catalitico catalizza la reazione;
benchè possa funzionare deve avere il corretto ripiegamento tridimensionale nativo e legare il reagente
della reazione (complesso enzima substrato, quindi interazione chimica). L’evento catalitico quindi avviene
sempre per interazione chimica enzima-substrato.

Gli enzimi hanno una specificità di substrato, quindi esistono tanti enzimi diversi quanti sono i diversi
substrati. ciascun enzima reagisce specificamente, cosa che non accade con enzimi non biologici.

Possono funzionare da soli o legare altre molecole (coenzimi) che partecipano all’evento catalitico.

Tutti gli enzimi abbassano le energie di attivazione delle reazioni, affinchè queste possano avvenire più
velocemente.

Possono essere regolati in base alle specifiche esigenze, quindi ad esempio se la cellula deve produrre ATP o
abbassare la produzione di ATP entrano in gioco gli enzimi con altre molecole che possono aumentare o
diminuire le catalisi della reazione.

Bisogna specificare che ci sono delle cose che gli enzimi NON sono capaci di fare, come cambiare l’equilibrio
di una reazione o rendere possibile una reazione termodinamicamente impossibile con ΔG˂0.

Nella cellula abbiamo un numero molto elevato di enzimi per cui abbiamo una classificazione e una
nomenclatura specifica pertanto esistono varie modalità di nomenclatura. Gli enzimi sono classificati in base
alle reazioni che catalizzano.

Ad esempio l’UREASI permette l’idrolisi dell’urea, quindi abbiamo il nome del substrato su cui agiscono gli
enzimi (o del tipo di reazione che catalizzano) + il suffisso ASI.

Tripsina e chemiotripsina sono delle idrolasi.

Tutte le reazioni enzimatiche sono classificabili in 6 classi in accordo al tipo di reazione:

1. Ossidoreduttasi: reazioni di ossidoriduzione (deidorgenasi, ossidasi, perossidasi, rduttasi)

2. Trasferasi: trasferimento di gruppi funzionali
3. Idrolasi: idrolisi
4. Liasi: lisi del substrato con formazione di doppi legami (reazioni di eliminazione)
5. Isomerasi: isomerizzazione
6. Ligasi o sintetasi: formazione di legami covalenti con idrolisi di ATP.

A ciascun enzima vengono assegnai due nomi e un numero di classificazione a 4 cifre:

EC 2.7.1.1

dove il 2 sta per la classe (reazione catalizzata- trasferasi), il 7 per la sotto classe (substrato o legame
coinvolto- fosfotrasferasi), l’1 per la sotto-sottoclasse (un gruppo ossidrilico come accettore) e l’ultimo 1 per
il numero di serie (nell’ambito della sotto-sottoclasse). L’esochinasi in questione determina una reazione di
trasferimento di gruppo di un fosfato dall’ATP sul glucosio.

Alcuni enzimi esplicano la loro funzione catalitica utilizzando esclusivamente la reattività chimica dei loro
residui aminoacidici, quindi utilizzano solo il loro sito attivo, mentre altri richiedono, invece, la
partecipazione di cofattori o coenzimi che possono far parte o non della struttura dell’enzima.

I cofattori sono piccole molecole organiche o inorganiche (ioni metallici) che contribuiscono al
mantenimento della struttura terziaria dell’enzima e sono quindi necessari per l’attività enzimatica (hanno
un ruolo strutturale e\o catalitico).

I coenzimi accettano o donano gruppi funzionali partecipando attivamente all’attività catalitica. Molto
spesso derivano dalle vitamine ce trasformate diventano cofattori ed un esempio sono le vitamine del
gruppo B.

All’inizio del 900 sono state individuate delle malattie causate dalla carenza di vitamine, quindi nel
malfunzionamento del metabolismo energetico in quanto non avveniva la trasformazione della vitamina in
coenzima.

Il coenzima TTP (tiamina pirofosfato) deriva dalla vitamina B1 e partecipa alle reazioni di decarbossilasi.

Il coenzima FMN (flavin mononucleotide) e AD (flavin adenin dinucleotide) deriva dalla vitamina B2 e
partecipano a reazioni di ossidoriduzione e sono usate dalle flavoproteine (gialle in soluzione).

Il NAD+ e NADP+ derivano dalla vitamina B3

(niacina), sono coenzimi molto importanti
pe regolare il metabolismo energetico,
catalizzano reazioni di ossidoriduzione
(reversibili perché deltaG intorno allo 0; a
seconda del reagente prevalente può
ossidarsi o ridursi; se il substrato si riduce
allora il coenzima si ossida e viceversa)
che implicano trasferimenti di due
elettroni: funzionano da accettori di 2
elettroni e di un protone che vengono
sottratti dal substrato da specifici enzimi
detti deidrogenasi piridiniche (quindi sono
dei coenzimi piridinici). Non è legato
all’enzima ma funziona da co-substrato.
Esempio: la lattico deidrogenasi. TUTTE LE DEIDORGENASI CHE RICONOSCONO IL COENZIMA PIRIDINICO
NAD O NADP PRESENTANO ALL’’INTERNO DELLA LORO STRUTTURA TRIDIMENSIONALE UN FOLD
CARATTERISTICO: QUESTO DOMINIO SI E’ EVOLUTO PER INTERAGIRE CON IL COENZIMA PIRIDINICO. QUINDI
IL NAD RIESCE AD INTERAGIRE CON LE DEIDROGENASI PERCHE’ QUEST’ULTIME NEL LORO RIPIEGAMENTO
TRIDIMENSIONALE POSSIEDONO IL RIPEIGAMENTO DI ROSSMAN CHE FORNISCE UNA PIATTAFORMA DI
INTERAZIONI CON LA STRUTTURA DEL COENZIMA PIRIDINICO. TUTTE LE DEIFROGENASI NAD E NADP
DIPENDENTI HANNO UN RIPIEGAMENTO DI ROSSMAN NELLA LORO STRUTTURA TRIDIMENSIONALE.

Dalla vitamina B5 derivano due importanti coenzimi: 4-fosfopanteteina e il coenzima A. Entrambi

presentano un gruppo tiolico (-SH) che è particolarmente reattivo che può legare degli acetili, quindi può
formare un legame tioestere con il gruppo carbossilico di un acido grasso o dell’acetato e quindi di andare a
formare un legame tioestere tra il gruppo carbossilico dell’acido carbossilico e l’SH del coenzima A. questo
legame ha delle caratteristiche energetiche particolari per cui è un legame che si è andato a consolidare nel
corso dell’evoluzione per poter trasportare i gruppi acilici.

Il piridossal fosfato (PLP) deriva dalla vitamina B6; esistono tre forme coenzimatiche, in particolare il
piridossale ha una funzione aldeidica (porzione reattiva della molecola) che partecipa direttamente agli
eventi catalitici di una classe di enzimi che sono le amminotrasferasi e quindi il PLP lo incontreremo nelle
reazioni di transaminazione. Il PLp interviene anche in un’altra reazione legato alla glicogeno-fosforilasi.

La biotina (vitamina H o B7 o B8) è un coenzima

importante per una serie di reazioni che sono reazioni
di carbossilazione. La biotina è un coenzima legato
covalentemente con il gruppo carbossilico dell’enzima
al gruppo ε amminico del residuo di lisina. Gli enzimi
che utilizzano la Biotina sono delle carbossilasi ATP
dipendenti.