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ENZIMI

Affinch una reazione chimica avvenga occorre che:


o Possano reagire tra di loro solo le molecole che si urtano luna con laltra;

o Tali molecole per reagire devono possedere unelevata energia cinetica (correlata alla
temperatura) necessaria a rompere i legami presenti e a formarne degli altri.

o Gli urti devono avvenire con un orientamento appropriato.


La probabilit che una reazione avvenga, ovvero la probabilit che si abbia unalta frequenza delle
collisioni fra le molecole, dipende perci dal numero di molecole presenti, perch tanto esso
elevato tanto pi probabile che esse collidano, e quindi, di conseguenza, dipende dalla
concentrazione dei reagenti.
Ci non basta: affinch tali urti siano efficaci, occorre che le molecole abbiano una energia cinetica
minima e che esse si urtino secondo direzioni opportune nello spazio.
Quando due molecole si avvicinano tra di loro, esse devono avere un minimo livello di energia
(energia di attivazione) che aumenta fino a raggiungere un valore massimo in cui esse formano un
complesso attivato, in cui le molecole dei reagenti sono compenetrate nelle atmosfere elettroniche le
une delle altre, tale da permettere la collisione malgrado le forze elettriche repulsive generate dalle
loro nubi di elettroni esterne. Tale livello minimo di energia costituisce la barriera di potenziale in
cui i legami dei reagenti si stanno rompendo e quelli dei prodotti si stanno formando.
Se lenergia disponibile sufficiente, le forze repulsive vengono vinte e le molecole coinvolte
vengono a trovarsi ad una distanza tale da poter riorganizzare i legami tra gli atomi che le
compongono e dare vita a nuovi composti (prodotti della reazione).
Il complesso attivato pu o meno dare origine ai prodotti. Nel caso in cui dia origine ai prodotti, le
molecole dei reagenti hanno unenergia tale da determinare urti efficaci e formare i prodotti.
Gli enzimi agiscono abbassando lenergia di attivazione di una reazione: una reazione catalizzata
procede attraverso un meccanismo differente che complessivamente ha unenergia di attivazione
minore rispetto alla reazione non catalizzata e, di conseguenza, pu avvenire pi velocemente.
Gli enzimi hanno un sito attivo in cui le molecole dei substrati possono essere opportunamente
orientate e avvicinate in modo da permettere e agevolare la reazione.
A livello del sito attivo i substrati vengono allontanati dallacqua per cui, poich le molecole
dacqua non entrano allinterno del sito attivo, vengono meno tutte le stabilizzazioni che avvengono
mediante linterazione con lacqua e di conseguenza vengono destabilizzati legami tra le molecole.
Inoltre gli enzimi forniscono dei gruppi attivi che destabilizzano i legami tra le molecole substrato
e, a volte, hanno bisogno dellaiuto di molecole chiamate coenzimi, molecole che si legano
covalentemente allenzima e che sono necessarie per il suo funzionamento.
Alloccorrenza, i cofattori si legano allenzima, attivandolo.
Altre molecole che si legano covalentemente allenzima sono i gruppi prostetici.
Cosa un enzima
Gli enzimi sono dei catalizzatori biologici che non si consumano durante le reazioni, rimanendo
inalterati alla fine di queste.
Quando oltre alla parte proteica si torva un cofattore stabilmente legato alla parte proteica (un
coenzima o un gruppo prostetico) si parla di oloenzima: lapoenzima la parte proteica, mentre il
gruppo prostetico o coenzima pu essere o no stabilmente legato al complesso proteico.
Altri cofattori, gli ioni metallici, possono agevolare lattivit degli enzimi.

Coenzimi
Per svolgere la loro azione, molti enzimi richiedono la presenza di cofattori non proteici, i coenzimi
che, se strettamente legati agli enzimi, sono definiti gruppi prostetici. Diversi coenzimi entrano
nella reazione come substrati, ma sono rigenerati attraverso laccoppiamento con altre vie
metaboliche. Nel corso di una reazione la concentrazione di un coenzima pu essere nettamente
inferiore rispetto a quella dei metaboliti. In molti casi i coenzimi sono vitamine convertite in una
forma attiva: per esempio, la niacina (vitamina B3 o PP) attivata in forma di nicotinammide
adenin nucleotide (NAD+). Anche alcuni ioni metallici possono funzionare come cofattori; per
esempio, le chinasi richiedono ioni magnesio, lanidrasi carbonica richiede ioni zinco.

CLASSI DI ENZIMI
Gli enzimi sono classificati sulla base del tipo di reazione che catalizzano.
o Ossidoreduttasi: trasferiscono elettroni da un donatore ad un accettore (reazioni ossido -
riduzione); le deidrogenasi trasferiscono atomi di idrogeno con relativi elettroni;

o Transferasi: catalizzano il trasferimento di un gruppo funzionale da un donatore ad un


accettore; le transaminasi trasferiscono gruppi aminici, mentre le chinasi trasferiscono
gruppi fosforici.

o Idrolasi: catalizzano lidrolisi di legami con lintervento di molecole dacqua (idrolasi dei
legami peptidici delle peptidasi).

o Liasi: aggiungono acqua, ammoniaca o CO2 ai doppi legami, oppure le rimuovono per
creare doppi legami. Per esempio, lATP citrato liasi produce acetil CoA e cede
ossalacelato a partire dal citrato.

o Isomerasi: catalizzano linterconnessione tra due isomeri, trasferendo gruppi allinterno di


una stessa molecola.

o Ligasi: dette anche sintetasi, utilizzano lATP per formare nuovi legami covalenti.
VELOCIT DI UNA REAZIONE
La velocit di una reazione dipende da vari fattori:
- la concentrazione del substrato: la relazione tra la velocit di una reazione e la concentrazione
del substrato espressa dallequazione di Michaelis Menten, che ci permette di ricavare la Km; la
Km rappresenta matematicamente la concentrazione di substrato per cui la velocit della reazione
la met della velocit massima e dal punto di vista pratico da informazioni sullaffinit dellenzima
per il suo substrato (se lenzima molto affine per il suo substrato la Km sar piccola, mentre se ha
una bassa affinit per il suo substrato la Km sar grande).
- la concentrazione dellenzima: poich gli enzimi restano integri al termine della catalasi,
possono catalizzare pi cicli di reazioni e quindi sono attivi anche alle basse concentrazioni ma la
velocit massima viene raggiunta quando tutte le molecole di enzima vengono utilizzate; infatti
esiste una relazione di diretta proporzionalit tra la concentrazione dellenzima e la velocit della
reazione.
- la temperatura: si pu aumentare la temperatura per agevolare la reazione perch aumenta
lenergia cinetica delle molecole ma, poich gli enzimi sono delle proteine, oltre un certo limite di
temperatura la maggior parte si denatura.
- il ph: il pH ottimale legato alla natura e alla concentrazione del substrato. Gli effetti del pH sulla
velocit delle reazioni dipendono dai diversi enzimi.
-gli inibitori: i pi importanti anche dal punto di vista farmacologico sono gli inibitori reversibili
perch possono venir meno e quindi possono bloccare temporaneamente lattivit di un enzima;
invece gli inibitori irreversibili, legandosi irreversibilmente ad un enzima, bloccano
permanentemente la sua attivit.

Condizioni ottimali
Gli enzimi agiscono massimamente ad una temperatura definita ottimale, determinata da un
aumento iniziale della velocit, eventualmente seguito da un rallentamento e infine
dallannullamento di attivit a causa della denaturazione che distrugge la struttura terziaria.
Il pH ottimale degli enzimi definibile grazie alleffetto sulla struttura enzimatica complessiva e
alla ionizzazione ottimale nel sito attivo. La denaturazione della struttura terziaria si verifica a
valori ottimali di pH estremi, mentre le variazioni della ionizzazione delle catene degli amminoacidi
del sito attivo modificano laffinit dellenzima per il substrato. A pH ottimale, laffinit per il
substrato massima.
Enzimi identici, ma derivati da fonti diverse, ad esempio le forme umane e bovine degli enzimi
digestivi pepsina e tripsina, possono presentare temperature ottimali, localizzazioni cellulari, Vmax,
Km e composizione differenti, ma il loro pH ottimale lo stesso. La maggior parte della molecola
enzimatica pu variare, ma il sito attivo mostra lo stesso specifico arrangiamento spaziale dei
gruppi funzionali.
INIBIZIONE
Linibizione, reversibile o irreversibile, di un enzima da parte di un agente non fisiologico (per es.
farmaci e tossine) determina una competa inattivazione dellenzima. Al contrario, linibizione
causata da metaboliti, chiamati inibitori allosterici, avviene con una graduale diminuzione
dellattivit enzimatica.
Linibitore possiede una struttura chimicamente molto vicina a quella del substrato.
Linibitore reversibile pu essere competitivo o non competitivo; queste due forme, differiscono
per la struttura.
Inibitore competitivo
Compete con il substrato in quanto ha la stessa struttura chimica del substrato.
Gli inibitori competitivi competono con il substrato per legarsi al sito attivo. Quando linibitore
occupa il sito attivo, forma un complesso enzima inibitore, impendendo allenzima di reagire,
finch linibitore non si dissocia. Gli inibitori di questo tipo sono solitamente analoghi chimici del
substrato, possiedono una struttura simile ad esso, ma non sono reattivi. Un esempio di inibitore
competitivo il farmaco antineoplastico metotrexato, che ha una struttura analoga a quella della
vitamina acido folico. Questo farmaco agisce inibendo lenzima diidrofolato reduttasi, impedendo
la trasformazione del diidrofolato in tetraiodofolato (coenzima). Ci interferisce con la sintesi del
DNA e blocca la divisione cellulare nelle cellule cancerogene dotate di meccanismi di
moltiplicazione rapidissima.
Il grado di inibizione competitiva proporzionale alla quantit di inibitore legato al sito attivo, cio
alla concentrazione di inibitore oltre che alla sua affinit per lenzima. Poich linibitore si lega
reversibilmente, quando il substrato presente in concentrazioni molto elevate pu competere con
linibitore e occupare il sito attivo. Un inibitore competitivo modifica la Vmax di u enzima, ma
determina un aumento di Km.
Pertanto, eliminare un inibizione competitiva necessario aumentare la concentrazione del
substrato.
Inibitore non competitivo o misto
Si lega in un sito diverso dal sito attivo per cui pu legarsi allenzima da solo che al complesso
enzima substrato.
Gli inibitori non competitivi si legano reversibilmente allenzima in un sito lontano dal sito attivo,
permettendo al substrato di legarsi normalmente; tuttavia lenzima viene completamente inattivato
quando, in seguito al legame con linibitore, il substrato non po essere convertito nel prodotto.
Poich il legame con linibitore non competitivo determina una diminuzione della concentrazione
dellenzima normalmente attivo, la Vmax diminuisce. Al contrario, Km non viene influenzata,
poich linibitore blocca il sito attivo e quindi non causa diminuzione di affinit.
Inibitore acompetitivo
Un altro tipo di inibitori sono quelli acompetitivi che si legano allenzima solo quando questo
legato al substrato perch il legame con il substrato determina un cambiamento della conformazione
dellenzima che fa esporre il sito di legame allinibitore.
Linibizione dellattivit enzimatica molto sfruttata in farmacologia perch moltissimi farmaci
funzionano come degli inibitori competitivi; un esempio sono i sulfamidici, cio gli antibiotici che
intervengono su uno degli enzimi necessari per la sintesi dellacido folico necessario per la
sopravvivenza dei batteri. Altri inibitori competitivi sono le statine che sono dei farmaci che
abbassano i livelli di colesterolo plasmatico e gli inibitori delle HIV proteasi.

Statine
Le statine sono dei farmaci che abbassano i livelli di colesterolo plasmatico: in particolare sono
degli inibitori che vanno a bloccar uno degli enzimi chiave della via metabolica del colesterolo,
lHMG CoA reduttasi; le statine bloccando questa via metabolica interferiscono con la produzione
endogena di colesterolo.
Esistono diversi tipi di statine: alcune sono di origine naturale e derivano dalla fermentazione di
diversi tipi di funghi e altre sono di sintesi presenti in commercio; entrambi i tipi di statine sono
inibitori competitivi.
Limportanza degli inibitori deriva dal fatto che tutte le vie metaboliche del nostro organismo
devono essere controllate; queste sono costitute da una serie di reazioni a catena in cui il prodotto di
una reazione rappresenta il substrato della reazione successiva. Per controllare una via metabolica,
normalmente, non viene bloccata lultima reazione in quanto ci sarebbe uno spreco inutile ma, di
solito, viene bloccata una delle prime reazioni in modo da non avere spreco di substrati ed
eventualmente di energia.
REGOLAZIONE ENZIMATICA
La regolazione la risposta dellattivit enzimatica alle variazioni delle condizioni fisiologiche.
Tale risposta programmata nella struttura molecolare dellenzima in forma di siti specializzati, che
riconoscono i segnali interni ed esterni.
o I segnali sterni sono trasmessi da secondi messaggeri, generati dal legame tra ormoni e
rispettivi recettori;

o I segnali interni sono generalmente trasmessi da intermedi metabolici.


La trasmissione dei segnali esterni si affida prevalentemente al meccanismo della modificazione
covalente, mentre la regolazione allosterica garantisce dei segnali interni.
Lattivit degli enzimi deve essere modulata, per cui esistono diversi modi per controllare lattivit
enzimatica:
o Poich gli enzimi sono proteine, possibile controllare la velocit con cui vengono
sintetizzati e demoliti; questo compito svolto per esempio dagli ormoni, gli ormoni
steroidei e tiroidei agiscono a livello del DNA mentre ladrenalina (un altro ormone) modula
lattivit di enzimi gi presenti allo stato inattivo.
o Tramite modificazioni allosteriche: certi ormoni modificano la forma di alcuni enzimi detti
enzimi allosterici.
Lallosterismo la risposta di un enzima a una molecola, denominata effettore o modulatore, che
determina un aumento o diminuzione dellattivit di un determinato enzima (effettori positivi o
negativi). Gli enzimi regolabili da effettori allosterici sono costituiti da pi subunit. Gli enzimi
allosterici, grazie a fattori detti allosterici, possono cambiare forma e cos anche la loro affinit per
il substrato (un esempio quello dellemoglobina).
Lallosterismo prevede il legame con un ligando chiamato effettore i un sito allosterico (allosterico
= con forma diversa). importante notare che gli effettori allosterici inducono un cambiamento
nella forma dellenzima prima del legame con i substrati.
o Effettori positivi: i ligandi stabilizzano la forma R (pi attiva); la modulazione positiva
agisce causando uno spostamento verso sinistra della curva sigmoidale. Gli effettori positivi
spostano la curva che rappresenta laffinit dellenzima per il substrato (quindi anche la
velocit della reazione) verso sinistra e per cui riducono la Km; quindi necessaria una
minore quantit di substrato per raggiungere la met della velocit massima perch lenzima
cambi la sua forma.

o Effettori negativi: i ligandi stabilizzano la forma T (meno attiva); la modulazione negativa


agisce causando uno spostamento verso destra della curva sigmoidale, per cui aumentano la
Km, ossia riducono laffinit dellenzima per il substrato.
Gli enzimi non allosterici presentano curve iperboliche.
Alcuni enzimi allosterici sono dotati di subunit regolatrici specializzate: tali componenti non
catalitiche hanno esclusivamente la funzione di legare gli effettori, provocando modificazioni nelle
subunit catalitiche.
Per gli enzimi che seguono la cinetica di Michaelis Menten, la Km resta costante e quindi resta
costante anche la loro affinit per il substrato; gli enzimi allosterici si comportano in modo diverso
in quanto la loro affinit per il substrato pu cambiare. Un esempio quello dellemoglobina per cui
esistono dei cofattori che possono modificare la sua conformazione: quando aumenta la
concentrazione di ossigeno le quattro subunit dellemoglobina, o una alla volta o tutte insieme,
possono cambiare forma.
La regolazione pu essere omotropa quando il substrato che regola laffinit dellenzima per il
substrato (come nel caso dellossigeno per lemoglobina) e in questo caso si parla di coopeativit, o
eterotropa quando leffettore allosterico diverso dal substrato e in questo caso si parla di effettori.
La maggior parte dei regolatori sono eterotropi, sosia fattori allosterici che modificano la forma
dellenzima cambiandone di conseguenza la sua affinit per il substrato.
La cooperativit richiede la conversione delle subunit in forma tea T meno attiva, alla forma
rilasciata R pi attiva.
Come si visto nel caso dellemoglobina, la cooperativit il risultato della comunicazione tra
subunit (monomeri) costituenti la struttura quaternaria dellenzima: il lega con un ligando induce
un cambiamento di conformazione nelle subunit adiacenti.
Si parla di cooperativit positiva quando il legame di un ligando ad una subunit favorisce il
legame con le subunit adiacenti, producendo un grafico a forma di S, sigmoide (spostamento del
grafico verso la velocit.
Generalmente gli enzimi allosterici che hanno pi subunit sono molto grandi, quindi sono proteine
con una struttura quaternaria.

Modificazioni covalenti
Alcuni enzimi, pur essendo allosterici, possono comunque cambiare forma in virt di modificazioni
covalenti che modificano lattivit enzimatica.
Le modificazioni covalenti possono essere reversibili o irreversibili.
Una modificazione covalente reversibile (ossia dopo la quale si pu tornare indietro quindi
lenzima utilizzato potr essere riutilizzato) una fosforilazione e defosforilazione in cui vengono
fosforilati i residui amminoacidi che hanno dei gruppi ossidrilici, come lamminoacido serina,
lamminoacido treonina o lamminoacido tirosina, grazie a degli enzimi chiamati chinasi che
fosforilano dei residui fosforici (ossia aggiungono i gruppi fosforici), mentre le fosfatasi rimuovono
i gruppi fosforici; la fosforilazione fa cambiare la forma dellenzima perch introduce dei gruppi
carichi, quindi un enzima fosforilato pu diventare pi attivo o meno attivo in base al sito che viene
fosforilato.
Una modificazione covalente irreversibile quella che, per esempio, avviene per gli enzimi
digestivi; questi ultimi vengono sintetizzati a livello del pancreas endocrino e rilasciati nellintestino
tenue subito dopo un pasto. Gli enzimi digestivo, per evitare danni, vengono sintetizzati nella forma
inattiva, sosia con qualche amminoacido in pi che blocca lattivit dellenzima. I precursori inattivi
di questi enzimi vengono chiamati zimogeni che, una volta arrivati a livello dellintestino tenue,
subiscono un distacco del gruppo che li rendeva inattivi e lenzima acquista la sua forma attiva. In
questo caso la modificazione covalente irreversibile; infatti, per riottenere lenzima necessario
attuare nuovamente la sintesi proteica. Questo meccanismo di attivazione ricorda quello ce succede
nella cascata della coagulazione tra i diversi fattori della coagulazione.

Coenzimi e Vitamine
Alcuni enzimi richiedono lintervento di cofattori detti coenzimi; questi sono i derivati delle
vitamine idrosolubili, in particolare delle vitamine del gruppo B. le vitamine sono delle molecole
che svolgono la loro attivit in quantit molto piccole e che il nostro organismo non pu sintetizzare
e quindi devono essere introdotte tramite gli alimenti.
La vitamina B1 si chiama tiamina e una volta che viene introdotta nellorganismo viene trasformata
nel corrispondente coenzima, la tiamina pirofosfato. Ogni coenzima ha un ruolo ben definito o,
ossia interviene in un particolare tipo di reazione, per esempio la tiamina o vitamina B1 molto
importante nel metabolismo dei carboidrati, la vitamina B2 e la vitamina PP sono i precursori dei
due coenzimi, i NAD e i FAD, che sono molto importanti nella reazione di sintesi dellenergia sotto
forma di ATP (sono dei trasportatori di idrogeni o di elettroni.
LOCALIZZAZIONE ENZIMATICA
Gli enzimi si possono trovare liberi nelle diverse cellule dei diversi tessuti, oppure possono avere
una particolare localizzazione subcellulare; quindi, si possono trovare in vari organuli cellulari,
oppure si possono trovare in un particolare organo o tessuto.
Laumento della concentrazione plasmatica di un particolare enzima pu essere correlato ad un
evento dannoso che ha colpito un particolare organo; in questo caso gli enzimi fuoriescono dalle
cellule per citolisi, oppure si pu avere nel caso di un aumentato turnover cellulare durante
laccrescimento o in corso di neoplasie, oppure si pu avere unaumentata sintesi dellenzima in
funzione dei dotti escretori e in questo caso le secrezioni vengono rigurgitate a livello plasmatico.
Alcuni enzimi sono marcatori di un particolare danno di un organo, per esempio lalanina
transaminasi e laspartico transaminasi sono enzimi implicati nel metabolismo degli amminoacidi e
possono essere specifici per un danno epatico o per un danno muscolare cardiaco; la fosfatasi acida
un marcatore del carcinoma prostatico, la fosfatasi alcalina di un danno osseo o di un danno
epatobiliare ostruttivo, mentre laumento dellamilasi associato alla pancreatite acuta.

Isoenzimi
Gli enzimi che catalizzano la stessa reazione vengono chiamati isoenzimi perch catalizzano la
stessa reazione ma in aree diverse dellorganismo e quindi sono codificati da geni diversi, per cui
hanno caratteristiche diverse in quanto costituiti da amminoacidi diversi (hanno una composizione
amminoacidica diversa); la differenza tra gli isoenzimi non riguarda il sito attivo ma tutto il
contorno, in particolare il meccanismo con cui questi enzimi vengono regolati.
Gli isoenzimi possono essere separati mediante lelettroforesi: lelettroforesi un sistema che
permette di separare le proteine; viene visualizzato il cosiddetto tracciato elettroforetico in cui
ciascun tipo corrisponde ad un particolare enzima.
Un enzima molto importante riguardo lidrolisi la lattico deidrogenasi che un enzima
ubiquitario che, per, in un organo ha una determinata funzione e in altri ne ha una diversa dovuta
alle diverse catene del tetramero da cui essa costituita: quella che si trova nel cuore ha quattro
catene polipeptidiche di tipo H (H= Hurt, cuore), quella che si trova negli eritrociti un po diversa,
e si trova anche nei polmoni, nel fegato e nel muscolo scheletrico (che sono a loro volta di vari
tipi); di conseguenza una modificazione dellLDH 5 (quella che si trova nel fegato e nel muscolo
scheletrico) segno di un epatite acuta o comunque di un danno epatocellulare, una modificazione
dellLDH 1 sta a significare un infarto del miocardio in corso o unemolisi, un aumento dellLDH
2 associato a problematiche a livello renale, dellLDH 3 a un danno polmonare.
La creatinchinasi (CK o CPK) un altro enzima importante per il metabolismo energetico
muscolare perch permette di trasmettere una certa quantit di energia sotto forma di ATP che pu
messere ceduta per sintetizzare ATP; infatti questo enzima pu cedere il gruppo fosforico. Di
questo enzima esiste lisoforma che si trova nel cervello (CK - BB) e nel polmone, quella che si
trova nel miocardio (CK MM), e quella che si trova nel muscolo scheletrico e nel miocardio (CK -
MB); un aumento di questo enzima nel cervello (CK - BB) pu essere associato ad un problema
cerebrovascolare o nel caso di quella che si trova nel miocardio a un trauma muscolare come uno
strappo muscolare