MICROBIOLOGIA (6 CFU)

Introduzione alla microbiologia e epidemiologia, si parla sempre di microorganismi in

maniera clinica, quindi la patogenesi e come essi interagiscono con l’uomo, non
particolarmente in maniera biotecnologica.

Scienza che studia i microrganismi: esseri viventi di piccole dimensioni, spesso invisibili
a occhio nudo come virus e batteri

Da un punto di vista sociale e igienico negli anni 60-70 abbiamo avuto una netta
decrescita delle infezioni virali e della sua diffusione, ma in realtà oggi oltre a COVID-19
abbiamo ancora epidemie di HIV, SARS, ebola, e altre epidemie.
Enorme aumento delle infezioni dovute allo sviluppo di resistenza agli antibiotici.

CONTATTO → contatto tra microrganismo e ospite

INFEZIONE → ingresso organismo nell’ospite e la sua replicazione in esso (processo
infettivo)
MALATTIA infettiva → può essere una conseguenza dell’infezione, ma non per forza. Si
tratta di una sintomatologia dovuta all’infezione

patogenesi: è il processo attraverso cui un’infezione conduce ad una malattia

nell’ospite. Patogenesi è una situazione anomala, che quindi nella maggior parte dei
casi non avviene perché le infezioni vengono risolte senza avere dei sintomi (definite
infezioni subcliniche, non si manifestano)

→ questo perché ciascun microrganismo ha come obiettivo la sua sopravvivenza: deve

replicarsi e ha bisogno di un ospite in cui farlo e non può causare una malattia grave
per l’ospite, è un caso raro.

Cause della patogenesi: dipende da una serie di fattori che interagiscono tra loro e
riguardano ambiente, ospite e microrganismo, è una relazione tra questi tre fattori.
Concetto dell’iceberg → è parzialmente visibile all’occhio dell’uomo, tutto ciò che non
vediamo è la parte sub clinica, non associata alla sintomatologia, la base dell’iceberg è
composta dalle volte in cui NON avviene alcuna infezione pur avendo esposizione e
interazione con il microrganismo, mentre la punta dell’iceberg corrisponde all’infezione
sintomatica, ciò che sta nel mezzo corrisponde a un’infezione ma senza sintomi.

Infezione subclinica: senza

sintomatologia ma il
microrganismo si replica, quindi
può essere trasmesso da un
ospite all’altro
Il 95% delle infezioni sono asintomatiche o addirittura non portano proprio ad infezione,
il 4% corrispondono a patologie lievi, e l’1% da patologie gravi, circa 0,1% portano alla
morte, ma chiaramente sono dati che variano parecchio di virus in virus, ad esempio il
virus del morbillo infetta circa il 90% delle cellule, e ha alta patogenicità.

interazione tra fattori che agiscono in modo dinamico all’interno di un sistema:

rappresentato da un triangolo che ha ai vertici ambiente, host e organismo e
l’interazione tra essi causa o meno la malattia → sono i DETERMINANTI di malattia.
A loro volta ci sono diversi fattori che influenzano le caratteristiche di ognuno di questi
tre determinanti.

HOST FACTORS
genere, genetica (in particolare sistema immunitario), nutrizione, fumo, acidità di
stomaco, igiene, stile di vita
L’ospite è dotato di un sistema immunitario che più forte è, più sarà in grado di reagire
agli attacchi esterni e a resistere alle infezioni. si tratta di barriere fisiche (pelle) e
chimiche (esempio acidi gastrici) e di una difesa specifica che consiste nella produzione
di anticorpi, mentre quella aspecifica consiste nelle immunoglobuline e elementi non
specifici.

MICRORGANISMO
infettività → capacità del microrganismo di entrare e replicarsi all’interno dell’ospite,
valore da numero di host infettati / numero di potenziali host totali

patogenicità → capacità dell’organismo di causare una malattia, quindi che ospite

infetto causi una patologia e lo trovo facendo n ospiti malati / n ospiti con infezione

virulenza → ci indica quanto è severa la malattia (indice della gravità). Ad esempio il

virus della rabbia uccide tutti gli organismi che ha infettato, ha una virulenza del 100%.
n di morti / n di infetti sintomatici (ammalati)

FATTORI AMBIENTALI
umidità, pulizia, quantità O2, fattori climatici e geografici.

Una malattia viene definita a seconda della frequenza con cui si manifesta all’interno
della popolazione, abbiamo infezioni:
endemiche è presenza costante della malattia come può essere la febbre gialla,
epidemiche che prevede un picco all’interno di una popolazione come può essere
epidemia di varicella all’asilo oppure l’influenza invernale
pandemiche per cui si parla di una frequenza alta ma in un territorio molto esteso,
mondiale
sporadiche che sono un caso in un territorio molto estesa, qualche caso qui e là
INCIDENZA quindi il numero di nuovi casi di malattia all’interno della popolazione
durante un determinato periodo e dipende da n nuovi casi su popolazione
PREVALENZA è lo stesso concetto ma non sto parlando di nuovi casi, quindi devo
specificare un periodo di tempo, come può essere ad esempio un mese o un anno e i
soggetti chiaramente possono essere guariti, non attualmente malati.
CASE FATALITY RATE: Numero di morti per un definito periodo di tempo
SURVIVAL RATE: Numero di vivi che sono stati infettati rispetto al numero delle
malattie

interazione tra ospite e microrganismo: perché ci sia un’infezione e una eventuale

patologia ho quella che si chiama CHAIN of INFECTION:
habitat/reservoir → ambiente in cui si trova normalmente il microrganismo, esso cambia
a seconda del microrganismo e può essere ad esempio l’acqua per il virus della
salmonella
ospite suscettibile → va selezionato un ospite con cui entrare in contatto, in cui poter
entrare per poi replicarsi
portali di ingresso → per l’accesso vero e proprio nell’ospite che può essere cavo orale,
lacerazione della pelle
portali di uscita → post replicazione per essere trasmesso a un altro ospite mediante
vie di trasmissione

via di trasmissione di due tipi: ORIZZONTALE che permette trasmissione da una

persona all’altra, può avvenire in modo diretto o indiretto (mediante un tramite) e
VERTICALE quindi dalla madre al feto attraverso la placenta.
Trasmissione in modo diretto implicano un contatto diretto tra due ospiti suscettibili,
mediante ad esempio sudore, droplet, aerosol, bere dallo stesso bicchiere, sangue
infetto (via parenterale), via fecale-orale (cibi o acqua contaminati), trasmissione
sessuale.
Trasmissione di tipo indiretto, per cui il virus è trasmesso mediante un veicolo
inanimato, oppure da un vettore nel caso sia animato. Esempio trasmissione mediante
ago, asciugamani, strumentazione medica e chirurgica.
Solitamente quando parliamo di vettori parliamo di artropodi, quindi ad esempio una
zanzara che punge un soggetto infetto e poi uno sano infettandolo, oppure zecche,
pulci, pidocchi.
Via di trasmissione verticale che può avvenire in 3 modi diversi: durante la gestazione
quindi mediante la placenta, durante il parto, oppure postnatale, mediante allattamento.
Ad esempio HIV può essere trasmesso in tutti e 3 i modi.

Portali di ingresso dell’ospite: tutte quelle zone che hanno un accesso con l’esterno, a
partire dalla pelle lesionata (anche solo microabrasioni) attraverso le quali può entrare il
microrganismo, follicolo, pori.
Per entrare attraverso la pelle l’organismo deve avere accesso mediante lesione, poi
entra nel circolo sanguigno e a sto punto si diffonde, oppure basta ad esempio la
puntura della zanzara che arriva direttamente al circolo sanguigno.
Bocca, tratto gastro-intestinale anche se microrganismo ha vita difficile perché deve
sopravvivere ai meccanismi di difesa come cellule ciliate e pH stomaco, quindi ad
esempio alcuni virus si rivestono in modo da non essere danneggiati dai succhi gastrici.
Congiuntiva degli occhi, tratto uro-genitale, ecc.

Infezione localizzata: il microrganismo si deve replicare e quella cellula da infettare può

essere localizzata nel sito di infezione, ad esempio il virus del raffreddore rimane
localizzato al suo portale di ingresso: vie aeree, quindi naso, gola, bocca
Cellule devono disseminarsi tramite circolo sanguigno se invece ha delle cellule target
da raggiungere che sono diverse da quelle del portale di ingresso.
Quando microrganismo si trova nel sangue si parla di VIREMIA o BATTERIEMIA (solo
se infezione non è localizzata).
Raramente c’è anche la via neuronale: si raggiunge il bersaglio mediante passaggio
lungo gli assoni, il che prevede che il bersaglio sia il SNC

CLEARANCE: prima o poi il microrganismo deve uscire dal corpo, ha una sua durata e
dobbiamo vedere l’esito dell'infezione che dipende dal fatto che l'organismo venga
eliminato definitivamente dall’ospite (si parla di clearance) per cui il mio sistema
immunitario ha vinto sul microrganismo oppure che rimanga invece persistente per tutta
la vita dell’ospite, indipendentemente dalla sintomatologia. Questa differenza dipende
esclusivamente dalle caratteristiche intrinseche del virus ←

fase di infezione acuta: produzione di tanti virus mediante replicazione ma poi viene
sconfitto dal mio sistema immunitario VS infezioni persistenti, che rimangono nel tempo

PERSISTENTI: suddivise in latenti, croniche o lente.

latente → ad un certo punto spegne la replicazione e diventa silente pur non
spostandosi dall’ospite. Si producono solo le proteine della latenza e non più l’intero
organismo, questa situazione di latenza e attività continuano ad alternarsi per tutta la
vita dell’ospite e può essere trasmesso solo quando c’è attività.
Le fasi di alternanza dipendono dall’equilibrio tra microrganismo e sistema immunitario,
basti pensare all’Herpes virus.

croniche → continua presenza del microrganismo nell’ospite e della sua replicazione,

spesso non accompagnata da una patogenesi, ma quell’organo nei decenni di
replicazione si deteriora, quindi i virus epatitici ad esempio ad un certo punto fanno in
modo che si danneggi molto il tessuto del fegato

lente → c’è sempre organismo in attiva replicazione ma aumenta progressivamente nel

corso degli anni, come ad esempio per l’HIV che poi porta alla malattia dell’AIDS.

Meccanismi che hanno sviluppato come di nascondimento fisico, ad esempio sistema di

restrizione per cui vanno a stimolare dei geni che li attaccano o non li attaccano,
evasione dell’immunosorveglianza in generale e sono specifici per ogni organismo
portali di uscita: sono gli stessi dell’entrata

Infezione viene divisa in step:

fase di incubazione, ma ancora non si vede la sua manifestazione (è una fase iniziale
in cui l'organismo si sta replicando, è attivo e trasmissibile) → Fase prodromica: ho
una sintomatologia aspecifica, quindi qualche sintomo di malessere ma non specifico
del virus in particolare → malattia quindi manifestazione dei sintomi→ declino e
diminuzione dei sintomi → convalescenza

VIRUS
non sono propriamente degli esseri viventi, sono agenti infettivi di piccole dimensioni e
con una composizione semplice, che possono replicare SOLAMENTE all’interno di una
cellula vivente (animale, vegetale, batterio).
Si tratta di un parassita endocellulare → può replicarsi solo all’interno di una cellula

Virus = veleno, antidoto

è un’informazione genetica racchiusa in un involucro proteico
Possono essere ingeriti, sono all'esterno ma anche all’interno del nostro organismo,
infatti noi abbiamo una flora di virus che è chiamata “viroma”, e anche quelli che fanno
parte del nostro genoma e vengono trasmessi di generazione in generazione, esempio
retrovirus.

La prima comparsa dei virus risale alla comparsa degli rRNA quindi proprio alle origini
del mondo, ma il contatto con l’uomo risale circa al 1500 a.c. perché abbiamo
testimonianze ad esempio delle sintomatologie della poliomielite e del vaiolo.

La scoperta del virus risale al 1901, il primo è il virus della febbre gialla, poi rabbia,
vaiolo, ecc, e sappiamo bene che tuttora nuovi virus si generano e si diffondono.

Il virus è un essere vivente? NO perché non si può replicare da solo senza un

organismo ospite, e in quel caso possono replicarsi, adattarsi (evolvono attraverso
mutazioni), rispondono agli stimoli. I virus sono agenti passivi ←

Dobbiamo pensare al
virus nelle sue diverse
forme: se è da solo è un
virione (che non può fare
molto) mentre se è
nell’ospite e infetta la
cellula allora ha le
caratteristiche di un
essere vivente.
Virus di importanza per l’uomo hanno dimensioni al di sotto del micron

COMPOSIZIONE VIRUS:
hanno sempre un GENOMA (acido nucleico, può essere a DNA o a RNA) e un
involucro proteico che racchiuda il genoma e lo protegga, che è il CAPSIDE composto
da subunità proteiche tutte identiche, chiamate capsomero
genoma + capside = nucleocapside che è elemento fondamentale di ogni virus ←

Alcuni virus hanno un ulteriore rivestimento che è l'envelope, costituito da doppio strato
fosfolipidico identico alla membrana cellulare
Quindi tutti i virus con envelope avranno obbligatoriamente i 3 componenti.
ENVELOPE: costituito da doppio strato fosfolipidico e sulla superficie contiene anche
proteine o glicoproteine che rappresentano la parte esterna del virus che fungono da
recettore (sono delle binding sites) → riconosce la cellula da attaccare e si lega ad
essa.
Inoltre fungono anche da antigene per i virus, il nostro sistema immunitario crea degli
anticorpi per quel virus

Da dove deriva l’envelope? Il virus deve uscire dalla cellula e mentre lo fa compie una
esocitosi (o gemmazione) e facendo questo si crea una vescicola per cui una parte
della membrana cellulare copre il capside del virus, andando a costituire l’envelope.
Quindi l’envelope è una porzione di membrana cellulare della cellula che è stata
infettata.

Quando per fusione il virus entra nella cellula è come se fondesse il suo envelope con
la membrana cellulare della cellula che vuole infettare

Virus senza envelope vengono definiti virus NUDI, possiamo vedere la struttura
proteica del capside
CAPSIDE è componente strutturale proteica e le proteine sono
codificate dal genoma del virus, serve innanzitutto a proteggere
l’acido nucleico soprattutto da endonucleasi e agenti esterni.
Rappresenta la parte più esterna del virus in quelli nudi, quindi
saranno le proteine a essere i recettori del virus stesso e saranno la
parte più antigenica.
Capside formato da tante subunità (capsomeri) che si uniscono tra
loro, ogni virus ha bisogno di un numero diverso di subunità
Come mai è preferibile creare un capside polimerico?
- virus è un’entità piccola, non può usare tanti nucleotidi per sintetizzare una proteina
enorme (economicizzazione genomica), preferisce creare piccola proteina e ripeterla
tantissime volte
- capside è parte più esterna e se fosse una sola proteina e si danneggiasse sarebbe
un problema, mentre se un piccolo capsomero si danneggia ne ho molti altri
funzionanti.

Assemblaggio dei capsomeri segue regole molto precise, capside ha una specifica
forma con una determinata simmetria che può essere icosaedrica, elicoidale,
complessa.
Sono strutture che minimizzano il numero di legami coinvolti tra le varie subunità ma
che rendono molto stabile la struttura, si minimizza il consumo energetico e le
interazioni tra capsomeri → formazione delle simmetrie

Capside con simmetria icosaedrica che è più tridimensionale → virus a DNA, possono
essere sia con envelope che nudi
simmetria elicoidale è come scala a chiocciola che all’interno contiene genoma, forma
più allungata → virus a RNA e spesso hanno envelope

GENOMA che varia per dimensione, RNA o DNA, unica o frammentata, polarità, lineare
o circolare, ecc
La lunghezza varia circa da 3mila bp a 200mila bp
DNA → circa il 30% dei virus, è un DNA sempre double stranded tranne per i
parvovirus
Genoma può essere lineare o circolare, ma virus epatite B è doppio filamento ed è
incompleto
RNA → sempre lineare, nella maggior parte dei casi è single stranded, ma si trova
anche RNA segmentato.

RNA single strand può essere senso o antisenso, o anche detto + e -

Tutti virus DNA fanno ciclo replicativo nel nucleo, mentre quelli a RNA fanno ciclo
replicativo nel citoplasma, non entrano mai nel nucleo tranne virus dell'influenza

Nomenclatura dei virus può essere quello dello scopritore, quello della patologia, quello
del luogo geografico
Nel 1966 creato comitato per tassonomia e classificazione dei virus: si decide in quale
casellina mettere i virus → tutti virus sono classificati in ORDINI (-virales), poi in
FAMIGLIE (-viridae) → SUBFAMIGLIE (-virinae) → GENERE (-virus) → SPECIE

Esempio: herpes simplex virus 1

Famiglia: herpesviridae
Sottofamiglia: -virinae
Genere: -herpesvirus
Specie: herpes simplex virus 1

Tutti i virus sono caratterizzati dalla lunghezza, dalla presenza o meno dell’envelope,
dal fatto di essere a RNA o a DNA, famiglia di appartenenza

ORIGINE
Ipotesi ci dice che virus a DNA sono nati prima di quelli a RNA
3 ipotesi sulla loro origine
- INDIPENDENTE: forme di vita evolute in modo parallelo con cellule, ha una sua entità
e origine propria e indipendente. In realtà il virus è presente nel mondo da prima delle
cellule e quindi probabilmente deriva da qualche molecola con auto-catalisi.
Autocatalizzarsi significa produrre molecole uguali a loro stesse. Le proteine hanno
attività autocatalitica ma non possono riprodursi mentre gli RNA sono in grado di avere
informazioni e catalizzare reazioni di replicazioni come i ribozimi.

- REGRESSIVA: sono derivati dalla cellula attraverso evoluzione riduttiva e diventa un

parassita della cellula stessa: cellule hanno perso la capacità di tradurre e diventano
parassite perché non sono più in grado di replicare sé stesse

- teoria dell’ESCAPED GENE: dei geni si staccano dalla cellula e si crea una vita a sé
stante che è quella del virus

RNA autocatalitiche che sono in grado di replicare se stessi → è una teoria IPOTETICA
sulla genesi dei virus a RNA che si sono generati con l’avvento dell’RNA, circa con il big
bang

EVOLUZIONE
è chiaramente una evoluzione strutturale che li porta ad avere metodi di replicazione
diversi, l’evoluzione avviene sempre quando si replicano perché è il momento in cui
possono essere introdotte delle mutazioni nell’acido nucleico. Il tasso di mutazione dei
virus a RNA è molto più elevato che nei virus a DNA, perché le RNA polimerasi non
hanno un’attività proof reading e quindi non vengono corretti gli errori → induzione delle
mutazioni (casuali, stocastiche).
Le mutazioni che portano alla morte di tutti gli ospiti non vengono selezionate,
scompariranno nel tempo.

Non esiste un unico modo di replicazione, in generale ci sono STRATEGIE

REPLICATIVE ma in tutte le replicazioni abbiamo bisogno di
- trovare cellula in cui replicare
- entrare in questa cellula
- creare tanti virus uguali a se stesso replicando, trascrivendo e traducendo proteine
virali
- uscita dalla cellula ospite
- difensione dal sistema immunitario della cellula ospite
CICLO REPLICATIVO
tutti gli step che il virus deve compiere al fine della replicazione
Virus RICONOSCE la cellula e si lega ad essa → INGRESSO del virus nella cellula →
virus si sveste, quindi perde capside → Acido nucleico trascritto, tradotto e replicato →
assemblaggio o maturazione del nuovo virione o della progenie virale →
FUORIUSCITA dalla cellula

Cellula:
suscettibile → riconoscibile dal virus
permissiva → permette al virus di replicarsi
resistente → cellula non ha recettori

1. RICONOSCIMENTO → binding virus-cellula

legame tra recettori e cellula è un legame forte di tipo covalente ed è altamente
specifico, virus riconoscono esclusivamente le loro cellule target che presentano
recettore specifico.

Molecole di superficie che normalmente svolgono dei ruoli ben precisi nella cellula, di
solito fanno parte della famiglia immunoglobuline like

Fin dai primi step l’infezione causa una modifica nella funzione della cellula!

Alcuni virus hanno bisogno di legame recettore-recettore ma non è sufficiente, può

essere che debba legare anche dei co-recettori, molecole di superficie specifici per il
virus → a questo punto virus può entrare all’interno della cellula.

TROPISMO virale: significa che un virus ha un determinato tropismo quindi riconosce

solo un determinato tipo di cellule / tessuto
I virus possono avere 1 o + tropismi, il recettore può essere presente su più cellule o
tessuti

2. INGRESSO virus nella cellula

Avviene in due modi diversi a seconda che sia virus nudo oppure con l’envelope: i primi
entrano attraverso processo VIROPEXI che è una endocitosi mediata da recettore, i
secondi entrano mediante FUSIONE dell’envelope della membrana cellulare e il virus
viene inglobato in questo modo, avviene mediato da presenza di un dominio fusogeno
presente sulle glicoproteine dell’envelope (hanno sia recettori che domini fusogeni)

3. UNCOATING per cui va liberato l’acido nucleico per poi potersi replicare, si deve
disgregare il capside: lascia libero il genoma e il fenomeno avviene nel citoplasma

4. REPLICAZIONE è fase di espressione del genoma

Ciascun virus deve replicare il proprio genoma ma deve anche creare il nuovo virione
(necessita anche delle proteine del virus), deve quindi replicare trascrivere e tradurre il
proprio genoma.
Tutti virus possono essere classificati all’interno di 7 categorie specifiche “classe di
Baltimore” sulla base dell’acido nucleico che lo compone, inoltre tutti i virus ad un certo
punto devono avere un mRNA per tradurre le proprie proteine.

- dsDNA
- gapped dsDNA (tipo epatite B)
- ssDNA
- dsRNA
- ss + RNA
- ss - RNA
- ss + RNA with DNA intermediate ( RETROVIRUS)

ds DNA
Tre classi di geni che vengono trascritti e
tradotti in tempi diversi
vengono espressi geni chiamati
precocissimi o “immediate early genes” o
IE:

RNA polimerasi DNA dipendente cellulare,

si tratta di proteine regolatorie che
ritornano nel nucleo e stimolano la
trascrizione dei geni early (E) che sono
anch'esse proteine funzionali regolatorie
che tornano nel nucleo e stimolano la
produzione dei geni late (L).
Proteine late sono invece proteine strutturali quindi quelle che servono per proteine del
capside oppure envelope.

Proteine early tra cui c’è DNA polimerasi DNA dipendente che serve a replicare il
genoma del virus → creo tante copie del genoma

Questa divisione in tre gruppi di geni è possibile per DNA con dimensioni grandi tipo
Herpes virus altrimenti se ne hanno solo 2 che sarebbero Early e Late

ss DNA
La famiglia dei parvovirus è l’unica che conosciamo di questa categoria.
DNA polimerasi usate sono quelle interne alla cellula ospite: creazione del dsDNA
come intermedio replicativo → creazione mRNA
Quindi poi la via che seguono è la stessa del primo punto, unica differenza è che alla
fine dell’ultimo step bisogna assemblare un solo filamento a avviene facilmente perché
non ci sono legami forti tra due strand

ss + RNA
A
è già un mRNA che può legare direttamente i ribosomi e traduce un’unica grande
poliproteina che comprende l’intero genoma del virus. La prima maturazione della
poliproteina è un taglio di una piccola proteina all’estremità 5’ chiamata proteasi.
Questa proteasi assieme ad altre proteasi cellulari andrà poi a maturare tutte le altre
proteine tagliando tutta la poliproteina (meccanismo AUTOCLIVANTE).
→ si creano tutte le varie proteine strutturali del virus.

Come fa il virus a RNA a replicarsi ?

Deve sintetizzare delle RNA polimerasi RNA dipendenti (anch’esse derivanti dal
clivaggio) che permettano al genoma di replicare:
Vuol dire che questa polimerasi utilizzerà il genoma del virus (single strand positivo)
come templato, creerà un single strand negativo complementare al templato e poi
ancora creerà uno strand positivo perché noi dal genoma positivo iniziale dobbiamo
ottenere un genoma positivo finale. Per ottenere questo dobbiamo passare però
attraverso un intermedio replicativo negativo quindi l’RNA negativo che si forma viene a
chiamarsi intermedio replicativo. Da questo otteniamo tante copie dell’RNA positivo
quindi del genoma. A questo punto le proteine capsidiche e strutturali sono già presenti,
la progenie genomica è pronta e il virus può essere incapsidato.

B
mRNA in grado di legare il ribosoma però inizialmente traducono solo un pezzo di
questo genoma → SOLO le proteine non strutturali.
Tra queste proteine non strutturali abbiamo:
- un RNA polimerasi dipendente che permetterà la produzione di un intermedio
replicativo negativo da cui otteniamo la progenie virale positiva
- un altro RNA messaggero che viene legato ai ribosomi e da questo RNA messaggero
vengono tradotte le proteine strutturali Quindi in realtà non cambia molto rispetto alla
classe quarta A; semplicemente non viene prodotta un’unica grande proteina ma
proteine vengono tradotte in 2 fasi diverse → prima le non strutturali e poi le strutturali.

ss - RNA
Questi virus non sono in grado di legare i ribosomi perché l’RNA ha polarità negativa
(antisenso).
Non è in grado di legare i ribosomi, sono dotati di una RNA polimerasi RNA dipendente
costitutiva, presente già all’inizio dell’infezione → creazione poliproteine

Quando il virus entra e si sveste va a creare il complementare positivo rispetto al

genoma negativo quindi dal RNA single strand negativo otteniamo RNA single strand
positivo (RNA messaggero) il quale ovviamente si legherà ai ribosomi e produrrà le
proteine virali; tra queste proteine virali troviamo un’altra polimerasi che serve per
creare un intermedio positivo dal quale otteniamo progenie virale negativa. A questo
punto abbiamo il nostro genoma a RNA negativo e il virus può incapsidarsi.

RETROVIRUS
genoma ss RNA + ma non lo usa come messaggero, perché questi virus per replicarsi
devono passare attraverso intermedio a DNA ds e questo processo è la
retrotrascrizione, avviene completamente nel citoplasma della cellula infettata e avviene
ad opera di un enzima che è la retrotrascrittasi o retrotrascrittasi inversa, è della
famiglia dei retrovirus (da singolo a doppio filamento).
dsDNA va a integrarsi nel genoma dell’ospite e a questo punto verrà trattato come tutte
le altre sequenze dell’ospite: trascritto, tradotto, creato un RNA ss + perché serve il
genoma da mettere nel capside

GAPPED dsDNA
Dna double strand circolare incompleto SOLO il virus dell'epatite B o Hepadnaviridae.
Poiché è un DNA a doppio filamento incompleto, questo virus ha una replicazione del
tutto particolare e nonostante sia a DNA porta con sé una retrotrascrittasi. Quando il
genoma del virus entra nel nucleo viene completato da una polimerasi cellulare. Dopo
di che l’RNA messaggero viene trascritto ottenendo:
• proteine virali
• genoma a DNA sempre attraverso una retrotrascrittasi che utilizza RNA come
templato per ottenere un DNA a doppio filamento

ds RNA
viene trascritta solo la parte di RNA - per fare da stampo a RNA + e poi assemblate
replicazione nel citoplasma

6. ASSEMBLAGGIO
è avvolgimento nel capside dell’acido nucleico appena creato, nella fase finale
avvengono tutti cambiamenti post traduzionali necessari, poi virioni possono essere
rilasciati.

7. RILASCIO
Nei virus con envelope avviene anche lisi della cellula, quindi distruzione e rilascio.
Virus con envelope escono mediante gemmazione o budding il virus si prende
glicoproteine di superficie e si ricrea l’envelope che era fuso con la membrana cellulare

Tutto quello che abbiamo appena descritto avviene in tempi diversi e il tempo di
replicazione sarà diverso in base a dimensioni e tipo di virus: herpes ade esempio per
replicazione impiega 72h
Noto che nella cellula è sempre necessario un tempo di latenza per il virus prima che
inizi a replicarsi, generalmente è di qualche ora, poi avrò una crescita esponenziale
della crescita del numero di virus fino ad arrivare ad un plateau (curva di crescita
virale).

TIPI DI VIRUS

VIRUS a RNA

PICORNAVIRIDAE
Nome: pico = molto piccolo viridae = è il suffisso per tutte le famiglie. Abbiamo quindi
piccoli virus a RNA

virus che hanno genoma a RNA ss + (quarta classe di Baltimore A)

Più di 200 virus che si trovano in tutto il mondo e causano patologie sia nell’uomo che
negli animali.
Molto resistenti infatti resistono a ph da 3 a 9 → si trovano nel tratto gastrointestinale e
nelle fogne poiché resistono al ph alto (ad eccezione del rhinovirus)
CLASSIFICAZIONE: è suddivisa in 9 generi ma noi guardiamo solo genere enterovirus,
rhinovirus, hepatovirus. Gli altri virus interessano l'uomo solo dal punto di vista
economico perché infettano gli animali e possono causare la distruzione di interi
allevamenti.
Il virus principale della famiglia è il virus che causa la poliomielite ←

Il genoma è monopartito → l’intera sequenza è codificante

Tutta la replicazione virale avviene nel citoplasma
CARATTERISTICHE: il virus ha un diametro che non supera i 30 nm, sono virus nudi
senza envelope e hanno un capside icosaedrico. Sono molto resistenti e questo fa sì
che i virus possono rimanere a lungo nelle acque di scarico e questo favorisce la via di
trasmissione di questi virus che è quella fecale orale. Questo perché avendo un capside
resistente possono sopravvivere anche in condizioni sfavorevoli, quindi se ingeriamo
cibi o acque contaminate ci infettiamo. La resistenza si ha anche dopo il congelamento.

Nel capside si ha acido nucleico a RNA single strand + : unica molecola di circa 500
mila bp.
Genoma monopartito ovvero ha un'unica grande ORF che viene tradotta tutta nello
stesso momento. Intera replicazione del virus avviene nel citoplasma

Struttura capside è icosaedrica:

Il capside è costituito da 60 protomeri ovvero 60 unità funzionali (capsomeri). Ciascuna
unità funzionale è costituita da 4 proteine: viral protein 1, 2, 3, 4 (vp1, vp2, vp3, vp4).
vp 1, 2, 3 sono proteine capsidiche quindi presenti sulla superficie esterna del virus, la 4
è interna al virus

STRUTTURA GENOMA:
Genoma lineare e le sequenze codificanti sono divise in due parti: una parte che
codifica per le proteico capside strutturali e una che codifica per le proteine non
strutturali come la RNA polimerasi.
Il genoma è un RNA messaggero e quindi è
poliadenilato all’estremità 3’ e all’estremità 5’ c’è 1
proteina vpg → VIRIUM PROTEIN GENOMIC, una
sequenza non tradotta NCR che c’è anche più corta
in 3’ e la sequenza codificante (ORF che codifica
per un’unica grande proteina).
Al 5’ abbiamo anche una sequenza IRES (internal
ribosome entry site) che non è tradotta: questa
regione regolatoria e assume una conformazione secondaria molto particolare definita
cloverleaf o stem and loop. Questa regione è fondamentale per la traduzione della
poliproteina di picornavirus.
1. Riconoscimento del recettore cellulare da parte del recettore virale. Per quanto
riguarda il virus, il recettore virale è costituito da una zona che è presente sul capside
chiamata canyon → è un’invaginazione delle proteine capsidiche che si trova proprio
sulla superficie del capside e permette al virus di legarsi ai recettori cellulari. I recettori
cellulari sono tantissimi per ogni picornavirus; ad esempio per il poliovirus c’è la
proteina cd155; per il rhinovirus c’è aicom 1.

La cosa da ricordare è che tutti i recettori cellulari appartengono alla superfamiglia delle
immunoglobuline e si trovano nella membrana cellulare di moltissime cellule con una
conformazione simil-immunoglobulinica.
Nel corpo circolano costantemente milioni di immunoglobuline e si trovano sia nel
torrente circolatorio che a livello delle mucose.
Quando il virus entra e infetta ospite incontrerà immediatamente un elevato numero di
immunoglobuline che fittano perfettamnete nel canyon di superficie dei picornavirus.

Nella maggior parte dei casi l’infezione da picornavirus viene subito neutralizzata dalla
presenta di immunoglobuline aspecifiche in circolo e questo vuol dire che il virus viene
bloccato prima ancora che possa raggiungere una qualsiasi superficie cellulare e infine
la conseguenze di tutto ciò le infezioni da picornavirus sono molto inefficienti. è
necessaria un’elevatissima quantità di virus perché il virus riesca a raggiungere le
cellule target che hanno le immunoglobuline-like come recettore sulla loro superficie:

Quando virione incontra la cellula target si impianta sulla sua membrana e inietta il
proprio genoma nel citoplasma → lo fa grazie alle proteine del canyon (vp1 si apre,
crea un poro con la membrana cellulare e inietta il genoma del virus nel citoplasma).
Questo accade anche grazie alla VPg all’estremità 5’ che traghetta il genoma del virus
alla cellula. Dal momento in cui il virus inietta il genoma all’interno della cellula al
momento in cui i virioni della progenie vengono formati in quantità enorme passano
circa 6 ore (poco tempo perché molto piccolo).
In queste 6 ore la cellula è obbligata a trascrivere, tradurre e replicare il genoma del
virus e viene obbligata a non tradurre le proprie proteine → rallentamento del
metabolismo proteico.

2. La sequenza IRES ha struttura secondaria che permette all’RNA messaggero di

legarsi ai ribosomi. Solitamente l’RNA messaggero della cellula per legarsi ai ribosomi
ha bisogno di un cap proteico ma i picorna non hanno cap → ires ha una struttura molto
simile ai cap (virus inganna i ribosomi).
Inoltre quando la prima proteina del picornavirus viene tradotta, si crea la proteasi 2a
che servirà a maturare la poliproteina, quindi a tagliarla creando tutte le proteine del
virus + distruzione dei CAP cellulari non del virus → solo il virus può ancora legarsi ai
ribosomi perché utilizza IRES e non CAP e in questo modo virus obbliga il virus a
tradurre se stesso e non la cellula host.
 SHUT OFF della
biosintesi cellulare e
questo è dovuto al fatto
che il virus utilizza il
sistema replicativo della
cellula come ribosomi e
ci sarà un competizione
notevole tra mRNA
della cellula e l'mRNA
del virus.

3. La replicazione continua con gli step regolari della 4 classe di baltimore A

4. I virus escono dalla cellula mediante lisi cellulare e questo è evidente perché non
hanno bisogno dell’envelope e perché le cellule, avendo smesso di fare la biosintesi, si
distruggeranno comunque.

PATOGENESI nell'uomo o nell'animale:

comprende tante diverse specie e la principale è la specie poliovirus, poi i coxsackie
virus, echovirus, enterovirus senza nome accompagnati da un numero in base a
quando sono stati scoperti. Tutti questi virus sono associati ad una patologia differente.

ENTEROVIRUS → nella maggior parte dei casi danno infezione asintomatica e sono
epidemici, con un picco in autunno o in primavera dove si vive in comunità. La via di
trasmissione è fecale-orale, molto comune in particolare negli asili dove si cambiano i
pannolini.
Raramente infezione può avvenire per via aerea. Una volta che sono entrati nell’ospite,
i virus raggiungono intestino dove possono rimanere localizzati e replicare ma alcune di
questi enterovirus hanno anche un secondo target ritornando in circolo andando a
cercare altri organi target e quindi sono associati a patologie relative al target finale.
Ad esempio i poliovirus si replicano inizialmente nell'intestino e poi raggiungono il
sistema nervoso centrale dando paralisi.
Echovirus raggiungono invece le meningi dando meningiti, i coxsackievirus
raggiungono la pelle e causano una malattia esantematica.
La manifestazione clinica se presente quindi è associata al target secondario
successivo all’intestino.

POLIOVIRUS → il sierotipo vuol dire che un virus pur appartenendo alla stessa
famiglia, specie, genere può presentare delle modificazione a livello aminoacidico
minime che fanno si che il sistema immunitario non li riconosca come lo stesso virus,
quindi se mi infetto con un poliovirus e poi mi riammalo ancora con un altro poliovirus si
dicono sierotipo diversi perché inducono una risposta immunitaria diversa e inoltre non
ho memoria dell’infezione precedente.
(Si chiama sierotipo perché gli anticorpi sono nel siero)
La poliomielite deriva dal greco dove polios = grigio, mielos = midollo quindi la malattia
è della sostanza grigia del midollo spinale dovuta a infezione da poliovirus.

N.B. Quando si trova il suffisso -ITE nelle malattie vuol dire che si ha una fortissima
infiammazione e questa malattia ha le caratteristiche dell’infiammazione e quindi c’è un
richiamo di cellule infiammatorie come chemochine e citochine.

Tempo di incubazione di circa 14 giorni.

Nella maggior parte dei casi l'infezione è asintomatica perché il virus entra per via
alimentare e raggiunge le cellule dell'intestino e in particolare le cellule della mucosa di
Peyer su queste il virus trova il cd155, quindi entra si replica e viene eliminato con le
feci e solitamente non è associato a sintomatologia.
In alcuni soggetti però il virus ritorna nel circolo e raggiunge i motoneurone dove è
presente ancora il recettore cd155. Si replica nei motoneuroni e quindi il virus esce per
lisi dei neuroni e quindi le distrugge → patologia grave, neuroni non si rigenerano e la
manifestazione è quella della paralisi dovuta al fatto che i motoneuroni sono distrutti e
non inviano più segnali agli arti.
La paralisi viene definita FLACCIDA nella maggior parte dei casi perché il muscolo
perde il tono muscolare ed è monosite perché solo un arto coinvolto perché
generalmente l'infezione si ferma alle corna. La paralisi si manifesta nell’1% dei casi di
infezione di poliomielite.
Il 95% asintomatica e il 4% sviluppa una malattia minore come nausea, mal di testa.
Nello 0,1% dei casi di infezione è può essere letale perché in alcuni casi i muscoli
coinvolti nella paralisi sono quelli respiratorio.

Nel 1954 sono stati introdotti due VACCINI molto efficaci:

- vaccino di SALK: a virus inattivato che è fatto con i tre sietotipi di poliovirus 1, 2,
3 cresciuti su cellule in laboratorio e poi inattivate con la formaldeide, quindi il
virus è morto e distrutto ma comunque contiene tutte le sue componenti e
quindi una volta iniettato genererà la risposta immunitaria.

- vaccino di di SABIN: a virus attenuato perché il virus è attenuato a livello del

capside ma non è morto: attenuato vuol, dire che perde la sua capacità di
replicarsi nel sistema nervoso centrale perché non riesce a diffondere fino al
sistema nervoso centrale ma comunque si replica nell’intestino.
Questo vuol dire che il vaccino entra nelle cellule intestinali si replica ed è
eliminato con le feci perché comunque sviluppa immunità nei confronti del virus
ed è molto utile per creare immunità di gregge perché se mi vaccino e 10 non si
 vaccinano possono comunque essere infettati dal virus che io elimino mediante
le feci ma in modo attenuato.

Vantaggi: la popolazione non vaccinata può comunque essere infettata dal

virus eliminato dai soggetti vaccinati, che però è un virus attenuato.
Altri vantaggi di questo vaccino è che è orale e quindi non richiede una
conservazione molto maggiore. Per motivi culturali e di organizzazione è più
facile dare un pastiglia, inoltre è anche molto più economico. Questo vaccino
inoltre produce in immunità non solo sistematica in circolo, ma va mucosale in
modo che blocchi il virus anche nell'intestino.

Svantaggio: ci possono essere casi di revertazione ma sono rari.

Il vaccino di sabin è stato eliminato dai calendari vaccinali dei paesi sviluppati
infatti facciamo quello di salk.
Mentre il vaccino di sabin viene mantenuto nei paesi in via di sviluppo perché è
più economico e facile da somministrare. Quindi infezione da poliovirus è una
infezione che sta per essere eradicata dal mondo.

Europa diventa polio-free nel 2002 dal 2019 ci sono casi di poliomielite in 3 nazioni la
mondo che sono Nigeria Pakistan e Afghanistan e ci sono due tipologie di sierotipo che
sono 1 e 3 , anche se il sierotipo 3 sembra che non si a più trovato da una decina di
anni. Unica infezione ad essere stata eradicata dal mondo è quella da vaiolo infatti noi
non ci siamo vaccinati da vaiolo perché non è più presente.

COXSACKIE VIRUS → Il nome deriva dal villaggio degli indiani d’america nello stato di
new york dove il virus è stato isolato per la prima volta.

Esistono 2 coxsackie virus: il tipo A e B

A → agente eziologico di una malattia sintomatica nei bambini: hand, foot and mouth
disease (malattia mani piedi bocca). È una malattia benigna che causa innalzamento
della temperatura molto elevata e presenza di vescicole piene di virus (virus distrugge
le cellule e crea queste vescicole) a livello della bocca, piedi e mani. È altamente
contagiosa e si verifica negli asili (nei bambini e in coloro che li curano).
Si presenta nei primi anni di vita del bambino ed è una malattia benigna che si cura nel
giro di una settimana senza lasciare nessuna sequela.

Le altre specie di enterovirus vengono chiamate con numeri mano a mano che vengono
scoperti. In particolare gli ultimi → dal 68 al 72 hanno dato vita a epidemie di polmoniti
(il 68) e meningiti (il 71/72) → dovuti alla diffusione di questi enterovirus con target snc
e polmoni. Un altro genere oltre all’enterovirus è il PARECHOVIRUS. Sono virus che
causano enteriti nei bambini o meningiti e encefaliti se raggiungono il sistema nervoso
centrale.
RHINOVIRUS → è agente eziologico del raffreddore comune che non è da confondere
con influenza e parainfluenza.
È un infezione benigna. Questi virus sono importanti perché rappresentano infezioni
comuni e rappresentano più di 150 sierotipi diversi e quindi più di una volta all'anno
prendiamo il raffreddore. Questi si trasmettono per via aerea ed è un virus amante delle
basse temperature mentre generalmente tutti gli altri virus hanno una replicazione
ottimale che è di 37 gradi che è la temperatura corporea.

Il virus del raffreddore è particolare poiché la replicazione è basale e localizzata.

NON fa viremia (non arriva a livello del sangue) ma il virus si replica e distrugge le
cellule epiteliali ciliate del primo tratto respiratorio perché è in queste cellule che
continua a replicarsi. Di conseguenza la funzione di queste cellule è varata: solitamente
le cellule epiteliali ciliate hanno una funzione ben precisa ovvero quella di allontanare
dal sistema respiratorio tutti gli agenti esterni che possono inserire ulteriori infezioni alle
prime vie respiratorie. Quindi se abbiamo il raffreddore per infezione da rhinovirus e poi
arrivano mal di gola e tosse è perché abbiamo avuto delle altre infezioni magari
batteriche a causa della distruzione delle cellule epiteliali ciliate → complicanze del
raffreddore per distruzione delle cellule epiteliali ciliate del primo tratto respiratorio da
parte del rhinovirus.

HEPATOVIRUS → vedo più avanti

APHTHOVIRUS → virus della malattia foot-muose degli animali. I vaccini contro questo
virus sono prodotti dalle più grandi compagnie perché se c’è un'epidemia di questi
virus, gli animali negli allevamenti sono sempre vaccinati perché la distruzione
porterebbe ad un danno economico enorme. Infatti in aereo non si può portare cibi vivi
e anche erbivori

ARBOVIRUS
Non è propriamente una famiglia
Virus trasmessi da morso di artropode, trasmessi in modo indiretto mediante un vettore
che è un artropode

Attraverso due diversi cicli replicativi che avvengono in due ospiti differenti
quei virus che possono replicare sia all’interno dell’artropode sia all’interno di un altro
organismo che può essere uomo o altro vertebrato.
La replicazione è una replicazione asintomatica → artropode stesso NON si ammala,
mentre il vertebrato sì (può avere sintomatologia)

All’interno di artropode il virus replica nelle ghiandole salivari e si accumula nella saliva
degli artropodi, quando artropode infetto preleva sangue dal vertebrato allora rigurgita
la propria saliva dove ci sono virioni nel sangue del vertebrato. Vale anche il contrario
quindi se uomo è infetto e artropode preleva sangue questo si infetta a sua volta
Virus classificati in 3 famiglie quindi che possono derivare da 3 famiglie diverse:
Flaviviridae, Togaviridae, Bunyaviridae

- ciclo URBANO quando uomo e artropode sono gli unici soggetti a far parte del circolo,
è il ciclo meno comune
- ciclo SELVATICO che prevede passaggio continuo da artropode a vertebrato e da
vertebrato alla zanzara e occasionalmente la zanzare può pungere e infettare l’uomo,
quindi l’uomo è un ospite occasionale.
Zanzara non può ri-prelevare dall’uomo infetto il sangue perché il virus nel sangue non
si replica.

I vettori più comuni sono le zanzare, le zecche, i moscerini della sabbia, pidocchi

I virus trasmessi da vettori sono quelli che hanno la meglio nella maggior parte dei virus
emergenti dell’ultimo decennio, dovuti ad ambiente, alla società, agli ambienti climatici,
desertificazione delle zone, deforestazione (se penso a foresta amazzonica si contano
migliaia di specie di vettori diversi), urbanizzazione (modifica dell’ecosistema),
migrazione delle popolazioni quindi aumento esponenziale dei viaggi → col caldo si ha
la diffusione delle zanzare

1.FLAVIVIRIDAE
divisa in 3 generi: flavivirus, pestivirus (virus animale), hepacivirus (epatite C)

FLAVIVIRUS
hanno envelope, capside a simmetria icosaedrica che racchiude genoma ssRNA +
lineare di circa 15mila bp
Patogenesi del virus: diviso in gruppi di virus a seconda della patologia causata dal
virus:
- encefaliti
- encefaliti giapponesi
- febbre di Dengue
- febbre gialla

FEBBRE GIALLA → malattie che causano l’ingiallimento della pelle e della sclera,
dovuto a malfunzionamento del fegato e eliminazione in grandi quantità della bilirubina.
Ciclo di tipo URBANO (solo tra uomo-zanzara)
La malattia causata dal virus è trifasica: 3 fasi di sintomatologia
1) itterizia e malessere, dura circa una settimana
2) remissione, spesso corrisponde alla fine della replicazione del virus
3) fase tossica solo se virus si diffonde a livello sistemico (tutti organi), distruzione degli
organi interni e seguente disfunzione poliorgano, morte per shock ipovolemico (perdita
di troppi liquidi corporei)
Esiste VACCINO per virus della febbre gialla, che però continua a essere endemico in
sudamerica e in africa subsahariana. Noi veniamo da zone in cui non è endemico,
perché dobbiamo vaccinarci obbligatoriamente se andiamo in quelle zone perché
andremmo a ricreare un elevato rischio di infezione nostra e di tutti gli abitanti → si
porterebbe a dei picchi epidemici che sono dovuti spesso appunto dai turisti in visita
non vaccinati che si infettano.
Ad esempio nel 2017 in brasile c’è stata epidemia in cui ci sono stati più di 200 morti

Il virus della febbre gialla non c’è sempre stato, compare alla fine del 1700 quando si ha
grandissima epidemia a Philadelphia, in 3 mesi si ha morte del 10% della popolazione e
una grandissima migrazione verso la campagna. Questo era successo perché c’era
stata un’estate molto calda e molto umida, quindi grandissima proliferazione di zanzare,
inoltre arrivano rifugiati infetti da Santo Domingo che portano il virus negli stati uniti (si
avevano uomini infetti e tantissimi vettori, situazioni ideali)

VIRUS WEST NILE → del gruppo delle encefaliti giapponesi, trovato per la prima volta
in Uganda a West Nile
Ciclo SELVATICO, si ammalano gli uccelli e occasionalmente vengono coinvolti uomo e
altri vertebrati come cavalli, sono infezioni INCIDENTALI perché uomo e cavallo non
possono ri-infettare altri

Nel 1999 arriva anche a New York, causa una febbre con disturbi neurologici con una
mortalità altissima: 7 morti su 62 casi.
Elevata mortalità di uccelli e di cavalli, si identifica nel giro di pochi giorni il tipo di virus.
Parte una campagna di disinfestazione della città e dopo i casi diminuiscono, ma non
può essere sterminato del tutto salvo che con vaccino.

Il virus è arrivato probabilmente per migrazione di stormi che arrivano da zone tropicali
e hanno trasportato il virus, la patologia associata è la febbre di West Nile.

70-90% delle infezioni è asintomatica

Solo nell’1% dei casi si ha una malattia neuroinvasiva e circa lo 0,1% dei casi porta alla
morte
Ci sono casi post guarigione in cui persistono problemi neurologici.

Il virus nel sangue in realtà può esserci anche se poco probabile, dà problemi nelle
donazioni del sangue perché se lo inserisco in un soggetto immunocompromesso è un
grosso problema

VIRUS DENGUE → presente in 4 sierotipi diversi

trasmesso dalla zanzare Aedes aegypti e ha un ciclo urbano.
Come le altre all’inizio era presente solo in sudamerica e africa, mentre dal 2005 arriva
in occidente
Infezione nella > parte dei casi asintomatica soprattutto se vengo infettata per la prima
volta, invece se già ho subito infezione con un certo fenotipo e vengo ri infettato con
altro fenotipo è grave: si verifica reazione immunitaria che causa una sintomatologia
che è immunomediata → sviluppo nuovi anticorpi per la seconda infezione e vengono
richiamati anche quelli della prima infezione, formazione di immunocomplessi grossi
che si depositano su cellule endoteliali che vengono distrutte e vanno verso
articolazioni che vengono danneggiate, il tutto accompagnato da febbre emorragica
(sanguinamenti interni). Gravi disfunzioni e spesso porta alla morte.

ZIKA VIRUS → virus molto recente, 2016

Trasmesso dalla zanzara aedes aegypti
Ciclo selvatico e ciclo urbano, probabilmente anche trasmesso dall’uomo senza vettori
tipo per via verticale e attraverso relazioni sessuali

Scoperto in Brasile nel 2016, stesso anno delle olimpiadi.

Gravi problemi nella trasmissione verticale che causa microcefalia nel feto o
malformazioni, se non addirittura aborti spontanei.

2. TOGAVIRIDAE
divisa in due generi: alphavirus e rubivirus
Hanno envelope, capside icosaedrico che racchiude RNA ss + di circa 12k bp che si
replica nel citoplasma, fa parte della famiglia di Baltimore 4B:
produzione delle proteine non strutturali, replicazione genoma con creazione RNA
intermedio negativo, produzione progenie virale + ma anche formazione mRNA da cui
vengono prodotte le proteine strutturali

ALPHAVIRUS
sono tantissimi, infettano uomo e qualunque vertebrato
Malattie in generale sono febbrili, artropatie, encefaliti

CHIKUNGUNYA → malattia debilitante ma non fatale

Virus inizialmente trasmesso da zanzare Aedes Aegypti conosciuto già in tanzania dove
causava delle epidemie regolarmente in asia, africa e nel pacifico
Nome è africano e significa “colui che si piega” perché l'infezione causa dei dolori forti
alle articolazioni che chi ne è affetto si piega per stare meglio.

2005 nelle isole francesi Reunion in cui 219 morti su 258000 infettati, 700.000 abitanti.
Italia: nel 2007 a Castiglione di Cervia, non si capisce come venga trasmesso a noi, che
non abbiamo la zanzara Aedes Aegypti quindi si scopre che viene anche usato come
vettore (adattamento) la zanzara tigre (ma prima la zanzara tigre non c’era neanche in
Italia, compare negli anni ‘90 che sono state introdotte probabilmente da carichi di
pneumatici dentro ai quali ristagna l’acqua).
Virus portato dall’india probabilmente nel 2007 dove ha alta endemicità, e con vettori
zanzara tigre va a finire che ci sono i primi casi.
RUBIVIRUS

RUBELLA VIRUS → virus della malattia rosolia

Virus antico che rimane nella popolazione uguale da sempre, malattia congenita quindi
anche per trasmissione verticale.

Vaccino per la rosolia è quadrivalente con morbillo, varicella, parotite

Rush cutaneo è tra la sintomatologia, linfoadenopatia, febbre, artropatia.

Macchie rosse non sono vesciche piene di virus quindi non è per contatto o scoppio
vescicola che ci si infetta, il rush è semplicemente una reazione cutanea.
Il virus trasmesso per via aerea entra nei linfonodi → linfoadenopatia → circolo
sanguigno dove si sposta negli altri tessuti dove raggiunge la cute e si replica a livello
delle cellule della cute.
No distruzione delle cellule ma rallentamento del metabolismo: le cellule sono
mantenute in vita ma si replica nelle cellule in fase S come nel feto, il rischio più grosso
è quando virus passa attraverso la placenta e trasmissione verticale avviene nel 100%
dei casi se madre è infetta. A seconda del trimestre di gravidanza si avranno danni più
o meno gravi.
In caso di nascita il rischio di malattia congenita è molto elevato, può avere la TRIADE
della SINTOMATOLOGIA della rosolia: difetti a apparato uditivo, visivo e difetti cardiaci.
Se la madre si infetta durante gravidanza non si può far nulla, l’unica soluzione è
vaccinarsi prima della gravidanza.

CORONAVIRIDAE
Quantità glicoproteine sull’envelope molto elevata, forma a corona.
Due generi: coronavirus e torovirus

CORONAVIRUS
infettano uomo e animali
Sintomatologia fino al 2020 era sempre stata molto lieve, non ha mai creato problemi
gravi.
Hanno envelope, glicoproteine in quantità sulla superficie, capside elicoidale che
racchiude RNA ss + di circa 30mila bp, replicazione nel citoplasma secondo la
replicazione di Baltimore 4B, IRES indipendente.

Ha 4 gruppi classificati dal punto di vista antigenico: gruppo 1, 2, 3, 4.

I primi 3 sono molto comuni e causano raffreddori, gastroenteriti lievi ecc, presenti
anche negli animali

SARS cov1 → 2003 compare SARS cov che è severe acute respiratory sindrome:
scoperto quando vengono segnalati casi di polmonite atipica con mortalità molto
elevata in Cina, a partire da febbraio fino ad agosto il virus si diffonde in tutto il mondo,
circa 8mila casi con 8% della mortalità (comunque abbastanza alta), contatto diretto
molto efficace.

Diffusione rapida nel mondo, si inizia a fare il TRACCIAMENTO dei casi e chi è il
paziente 0 che non può essere un unico ma si capisce come funziona la diffusione del
virus. Diffusione è possibile perché si ha una fase di incubazione del virus (4-5 giorni)
che è asintomatica e in quel momento si può infettare gli altri, trasmesso anche per
contatto con materiale infetto oltre che per trasmissione aerea.

Da un punto di vista patogenico la SARS si è rivelata essere trifasica:

- aumento temperatura quindi sintomatologia aspecifica, replicazione altissima del virus
- virus raggiunge polmoni dove si replica e grave infezione polmonare, diminuzione
della febbre
- fase distruzione tessuto polmonare

Virus non tende a distruggere il proprio ospite, quindi ci viene da pensare che virus
arrivi da qualche altra specie quindi un “salto di specie” e si incolpa inizialmente
l’orsetto lavatore, poi si passa al pipistrello che ha un sistema immunitario che permette
di albergare tantissimi microrganismi senza ammalarsi.
Pipistrello vola quindi trasporta molto, inoltre mordono quindi trasmettono, poi
contaminano l'ambiente con feci.
salto di specie = virus che infetta solitamente animali, ma che attraverso singole
mutazioni, probabilmente a livello del recettore, cambia specie-specificità e diventa
virus umano.
Differenza a livello aminoacidico tra recettore che riconosce cellule dell’orsetto lavatore
e quello dell’uomo è pochissima (cambiano solo 4 aa) e permette quindi il salto di
specie.
SARS cov1 non si è diffuso tanto come SARS cov2 per mortalità: se è alta indebolisce
la replicazione e la diffusione del virus stesso

MERS → Middle East Respiratory virus

Animale intermedio sembra essere il cammello, la pandemia si sviluppa nel 2012 e i
casi sono molto bassi ma la mortalità è del 37% che è altissima, non è mai stato
associato a trasmissioni tra uomini, ma solo tra animale e uomo

SARS cov2 → stesse caratteristiche del SARS cov1, infetta cellule gastrointestinali,
cardiache, polmonari.
Non fa viremia, viene trasmesso per contatto diretto e per via respiratoria
2 proteine: spike, envelope

VACCINO:
proteina dell’envelope spike ha due funzioni: recettoriale e quella di favorire la fusione
con la membrana della cellula ospite.
Soggetti vaccinati ad oggi sono circa il 50% della popolazione quindi circa 3 mld e
mezzo della popolazione, chiaramente dipende dalla zona del mondo: da noi il 76%
della popolazione è vaccinato di cui il 70% totalmente vaccinato.

Come è stato possibile che in 1 anno sia stato approvato un vaccino con tutte le sue
fasi di approvazione?

Possibile perché la dispersione delle risorse è stata sostituita da concentrazione di

risorse economiche, politiche, strumentali tutte per un unico obiettivo quindi si bruciano
le tappe e la sperimentazione è stata molto veloce.
Non è stato saltato nessuno step, semplicemente velocizzato il processo rispetto agli
standard
Processo di rolling circle per l’approvazione: dialogo continuo tra i vari gruppi che porta
ad una approvazione in un tempo più corto, quindi l’approvazione è stata meglio gestita

1) mRNA
I più diffusi
Si seleziona la parte antigenica, in particolare la spike e si seleziona mRNA
corrispondente, poi va somministrata nell’organismo del potenziale ospite: creazione
della proteina con ribosoma dell’ospite e l’esposizione di questa proteina va a scatenare
una risposta immunitaria.
Dobbiamo rendere stabile mRNA del virus, quello che si crea sono molecole che hanno
una stabilità di qualche giorno, poi viene degradato.
Le prime due compagnie che sono riuscite a farlo sono Pfizer Biontech e Moderna →
efficacia del 95%:
Il vaccino impedisce lo sviluppo di una patologia grave e ospedalizzazione nel 95% dei
casi, infezione blanda sia a livello di diffusione sia a livello sintomatico. Unico problema
era che il vaccino dà reazione allergica perché conteneva il PEG che è glicoproteina un
po’ allergizzante, quindi è stata sostituita.

Vantaggio sta nel fatto che è mRNA e si ferma nel citoplasma dove viene tradotto →
impossibile che vada a integrarsi nel nucleo dell’ospite e ha una emivita molto breve
quindi il livello di sicurezza è alto ma per l’efficacia del vaccino non va benissimo,
bisogna garantire una durata di qualche ora. Inoltre mRNA è facilmente
ingegnerizzabile.

Svantaggio mRNA è instabile quindi servono basse temperature per gli storage, anche
se ora si sa che bastano -20° oppure se per poche ore anche a temperatura ambiente.
La probabilità di mRNA di entrare nel nucleo è bassissima!

Se SARS cov2 muta che succede? la copertura del vaccino rimane buona nonostante
le mutazioni, non possiamo creare un vaccino nuovo ad ogni mutazione, tutte varianti
hanno la mutazione della prima arrivata in europa, è la variante B.1

2) proteine ricombinanti
Appena stato approvato: a proteina ricombinante che viene iniettata nell’uomo.
Sicurezza molto elevata, buona antigenicità, il problema è che è molto lungo da creare
perché è difficile la produzione: baculovirus ricombinato va iniettato in insetto che
produce proteine spike
Vantaggi sono sicurezza e il fatto che si può iniettare in soggetti immunocompromessi
perché la risposta immunitaria è lieve

Svantaggi sono problemi di produzione ad alti livelli e che la risposta immunitaria può
non essere sufficiente

3) vettori virali
Sono utilizzati per gli studi sulle terapie geniche, il più usato è quello che si basa
sull’adenovirus che causa raffreddori, congiuntivite, mal di pancia ma in modo molto
blando, è virus a DNA.
Si tolgono sequenze di DNA ds del virus e si lasciano le sequenze strutturali, poi si
inseriscono delle sequenze di interesse nel virus → abbiamo virus ricombinante con un
pezzo di genoma del covid, pur essendo un adenovirus

replicazione nell’ospite per cui si crea spike e strutture del virione ma avendo
produzione di spike e viene esposto, in modo che si inneschi risposta immunitaria. Il
virione non si replica ma ho esposizione delle proteine dell’adenovirus per cui si
possono sviluppare gli anticorpi: è positivo per noi ma negativo per le dosi successive.
Visto che adenovirus è comune è possibile che io sia stata già infettata, potrei avere già
anticorpi per il vaccino? No perchè Astrazeneca usa adenovirus di scimpanzé, ma ho il
problema della seconda dose quindi Sputnik (non approvato globalmente) usa due
adenovirus diversi.

Vantaggi:
- often a single dose is enough to stimulate long-term protection;
- doppia vaccinazione: anche contro il vettore

Svantaggi:
-people may have existing levels of immune protection to the virus vector, reducing the
effectiveness of the vaccine.
- produzione su piccola scala means they are less cost-effective.

4) a SARS cov2 inattivato

sembra che non sia abbastanza immunogeno, anche se sarebbe perfetto perché si
crea un’immunità contro tutte le proteine del virus, non solo contro la spike
Problemi di produzione e rischio che virus sia troppo forte e sia poco inattivato

ORTHOMYXOVIRIDAE
genoma a ss RNA - segmentato in cui abbiamo tante molecole una diversa dall’altra.
Comprende il virus dell'influenza di cui ne abbiamo 3 tipi: virus dell’influenza A, B, C
capside elicoidale
virus influenza A e B hanno 8 segmenti genomici, quelli dell’influenza C ha 7 segmenti
Scoperti insieme ai PARAMYXOVIRUS e all’inizio si pensava all’inizio che il modo di
replicarsi fosse quello degli orthomyxovirus. Orto=giusto, myxo=muco

Ospiti sono i mammiferi e uccelli, virus influenza ha tropismo per le cellule epiteliali, non
fanno viremia ma rimangono localizzati a livello delle vie aeree

influenza: si osserva che quando tanti soggetti hanno questa malattia ci sono
determinate costellazioni (di gennaio e febbraio da noi), sono eventi epidemici che
hanno picco di frequenza in determinati momenti dell’anno.
Malattia severa che ha una mortalità elevata, almeno 5 mln di casi di influenza grave e
fino a 650 mila casi mortali all’anno, è una malattia repentina.
Tempo di incubazione circa 18h
sintomatologia improvvisa di ossa rotte, debolezza respiratoria, febbre alta

Virus pandemico, quella più famosa è della spagnola che solo in europa ha causato
20mln di morti, malattia sociale anche dal punto di vista economico.
Picco in inverno perché si sta tanto in casa e diffusione per via aerea.

stagione 2020-2021 che non ha proprio un picco perché per 1 anno e passa siamo stati
in casa o con le mascherine, non abbiamo permesso la trasmissione e proliferazione
del virus, eravamo sotto la soglia epidemica.
Curva del 2021-2022 è già più alta ma appena sopra alla soglia epidemica, a metà del
picco di incidenza degli anni precedenti.

Persone a rischio sono < 5 anni o > 60 anni

VIRUS A → muta di più, sintomatologia grave e responsabile delle epidemie e

pandemie. Sottoposti a antigenic drift and antigenic shift
VIRUS B → meno mutazioni
VIRUS C → asintomatico e stabile dal punto di vista genomico

envelope con proteine EMOAGGLUTININA e NEURAMINIDASI, poi proteine meno

impattanti

Per ciascun segmento genomico c’è un complesso della polimerasi quindi RNA
polimerasi RNA dipendente e altre proteine che servono a virus per replicarsi
Ciascun segmento genomico codifica per 1 o 2 proteine, in particolare neuraminidasi e
emoagglutinina codificate da due segmenti diversi del genoma

NEURAMINIDASI: proteina di superficie che esiste in diversi tipi a seconda dell’ospite

del virus
Ruolo importante a inizio e fine di replicazione: inizio taglia le mucine e permette
passaggio attraverso le mucine, proteina molto antigenica, serve anche per uscire dalla
cellula perché taglia legame cellula-virus durante il budding
EMOAGGLUTININA: proteina recettoriale che permette legame con cellule epiteliali,
lega residui di acido sialico che si trova su molti recettori nelle cellule epiteliali.
Esiste in forme diverse
Il virus riconosce cellule del tessuto epiteliale del tratto respiratorio:
- Virus aviari riconoscono i legami 2-3
- Maiali hanno entrambi i residui (2-6 e 2-3)
- Uomini 2-6 e in bassa percentuale di cellule polmonari possiedono i residui 2-3

REPLICAZIONE:
Non si replica nel citoplasma (eccezione) ma nel nucleo e liberano l’RNA.
Dal momento che l’RNA non possiede un cap, non può legarsi ai ribosomi. Quindi
succede che nel complesso della polimerasi (che è entrato insieme al virione) c’è anche
una endonucleasi che va a tagliare il cap presente sugli RNA messaggeri della cellula e
crea un intermedio positivo. Quindi l’orthomyxovirus ha bisogno di entrare nel nucleo
poiché gli RNA messaggeri della cellula sono maggiormente presenti dove vengono
sintetizzati.

RNA negativo → intermedio positivo → mRNA negativo → proteine

I farmaci contro l’influenza (Tachiflu) agiscono tutti bloccando l’azione della NA → virioni
rimangono attaccati a cellula e si disgregano. Non impediscono l’influenza e
replicazione, ma diminuiscono la replicazione e la sintomatologia

Il virus dell’influenza cambia ogni anno, è infatti molto soggetto a mutazioni essendo
anche a RNA:
1) ANTIGENIC DRIFT sono mutazioni puntiformi, quindi minime ma in zone antigeniche
Antigenic drift è la causa delle epidemie stagionali

2) ANTIGENIC SHIFT quindi riassortimento genomico tra segmenti del genoma di virus
diversi: Accade quando una cellula potrebbe essere infettata sia dal virus dell’influenza
dell’uomo sia dal virus dell’influenza aviaria.
Riassortimento genico perché genoma è segmentato quindi durante incapsidamento
può integrare genomi che non sono suoi ma di virus che sta infettando la stessa cellula
→ creazione virus chimera che in parte è umano e in parte animale e non viene
riconosciuto dal nostro sistema immunitario

In realtà è un fenomeno che non dovrebbe avvenire perché ciascun virus dell’influenza
ha una specie specificità, quindi come fanno i virus a incontrarsi con virus di specie
diverse?
ci sono recettori che vanno bene per virus di tutte le specie, e sono i recettori del maiale
ad esempio, si parla di elemento MIXING VESSEL che può ospitare i virus di tutte le
specie.
Ad esempio dell'Influenza spagnola non ha un mixing vessel ma si ha un salto di specie
diretto tra influenza aviaria e uomo.

Noi abbiamo bassissima percentuale di recettori per virus aviaria ma se soggetto è

esposto a cariche virali molto alte allora ci si può infettare
Spagnola avviene in situazioni di grande povertà quindi condizioni mediche sanitarie
pessime, promiscuità tra uomo e animale molto alta, setting sociale molto alto
Importante è numero di contatti, numero di probabilità che aumentano che uomo si
possa infettare

Esiste vaccino contro virus dell’influenza ed è un vaccino annuale ma come è possibile

iniettare vaccino a novembre quando il virus colpisce a dicembre?
Noi impariamo dall’emisfero australe nel senso che sappiamo più o meno lì a luglio qual
è il virus che sta circolando e ci si muove di conseguenza, anche se magari il virus non
sarà esattamente lo stesso, si parla di vaccino PROBABILISTICO, quindi non sarà mai
una copertura del 100%.
Si inserisce nel vaccino lo strain dell’anno precedente, la variante di due anni prima e
una variante B e si aggiungono così 3 / 4 varianti creando così una buona copertura.

Ci sono due vaccini per l’influenza: uno a proteine ricombinanti e uno con il virus
inattivato, inoltre si possono usare farmaci che agiscono su sintomatologia

PARAMYXOVIRIDAE
Anche questi virus riguardano il tratto respiratorio e la trasmissione è per via aerea,
abbiamo 4 generi che riguardano l’uomo: respirovirus, morbillivirus, rubulavirus,
henipavirus
Paramixovirus hanno envelope, sono virus grandi, capside elicoidale, il genoma virale è
ssRNA - lineare e NON segmentato

sulla superficie dell’envelope trovo due glicoproteine di superficie che sono HN

(emoagglutinina e neuroaminidasi fuse insieme che sono recettore della cellula) e
proteina F di fusione, virus essendo ss - avrà polimerasi associata al genoma ma la
replicazione avviene totalmente nel citoplasma.
Tendono a usare la proteina di fusione nella cellula e serve per fondere tra di loro le
cellule infettate: se due cellule si avvicinano tra loro può avvenire fusione tra due
membrane cellulari di cellule infette → quello che si forma sono dei sincizi cellulari.
RNA entra nella cellula già provvista di RNA polimerasi RNA dipendente. È
fondamentale perché quando il virus entra e si sveste va a creare il complementare
positivo rispetto al genoma negativo quindi dal RNA single strand negativo otteniamo
RNA single strand positivo (RNA messaggero) il quale ovviamente si legherà ai
ribosomi e produrrà le proteine virali; tra queste proteine virali troviamo un’altra
polimerasi che serve per creare un intermedio positivo dal quale otteniamo progenie
virale negativa. A questo punto abbiamo il nostro genoma a RNA negativo e il virus può
incapsidarsi.

RESPIROVIRUS → comprende parainfluenza che ha sintomi dell’influenza ma blandi: 4

tipi di virus che portano a parainfluenza.

MORBILLO → più severi sono i sintomi del morbillo che infetta anche l’uomo,
raramente ci sono portatori sani del morbillo quindi nella maggior parte dei casi si
manifesta.
Si considera il morbillo il virus con livello di contagiosità più elevato in assoluto, contatto
con secrezioni infette, esiste un unico sierotipo di morbillo, immunità permanente.

virus trasmesso per via aerea e si replica a livello dei linfonodi, poi raggiunte superfici
del corpo, colpisce cellule epiteliali e durante le replicazione non ho una sintomatologia
salvo la presenza degli spot di Koplik, poi scoppio della malattia con rush cutaneo che
patologia respiratoria.

Il virus colpisce maggiormente cellule del reticolo endoteliale che è la cosa che induce
al rush cutaneo, poi il virus va a replicarsi a livello degli altri organi e si creano anche
qui sincizi di cellule.

Sintomatologia delle 3 C: congiuntivite, tosse, infiammazione a livello dell’epitelio

nasale.

Morbillo non è una malattia benigna, perché causa tantissime complicanze infatti un
caso ogni mille può sviluppare encefalite, più frequentemente può causare delle
infezioni batteriche come otiti, polmoniti oppure diarrea

può essere trasmesso per via verticale e causare aborto, ha come evento secondario la
panencefalite subacuta sclerosante (SSPE) che è malattia fatale che si verifica in un
caso su 1mln, si manifesta con un ritardo di 6 / 10 anni dall’infezione e dalla
manifestazione dell’infezione da virus. Colpisce tutto il cervello, distrugge le cellule del
cervello e nei rari casi in cui si sopravvive si hanno deficit permanenti.
VACCINO recente con virus inattivato, somministrazione ha subito uno stop verso il
2010 perché era successo che era uscito un articolo che associava somministrazione
morbillo con sviluppo dell’autismo nei bambini, ma articolo è stato eliminato perché non
avevano basi scientifiche su cui basarsi.
La motivazione è che la vaccinazione per il morbillo si fa attorno ai 18 mesi del
bambino, non alla nascita, ed è il tempo in cui si diagnostica l’autismo nei bambini
Si ha avuto un calo pesante del numero delle vaccinazioni, con seguente innalzamento
dei casi del morbillo, molte donne erano scoperte dalla vaccinazione e si hanno avuto
tanti casi di morbillo prematuro, per cui il bambino piccolissimo risultava essere infetto.

Anche in italia ci sono stati tantissimi casi, dovuti allo stop delle vaccinazioni

N.B. se madre decide di vaccinarsi allora conferirà copertura anticorpale al feto che
durerà dai 3 ai 6 mesi, e va avanti durante l’allattamento ma poi dovrà vaccinarsi anche
lui

RUBULAVIRUS → virus della parotite oppure degli orecchioni, porta all’ingrossamento

dei linfonodi, in particolare nei primi tratti delle vie aeree
MUMPS = sembianza è quella di digrignare

Si ha in concetto di iceberg, quindi infezione asintomatica ma trasmissibile per via

aerea / droplet, poi il virus va a distribuirsi in tutto il corpo prediligendo pancreas, tiroide,
ovaie, testicoli.

Nei bambini l’infezione è benigna, negli adulti è più grave perché si hanno delle
conseguenze pesanti come possibile sterilità

PNEUMOVIRUS
stabilita nel 2018, prima erano sottoclasse dei paramyxoviridae
RSV *** e metapneumovirus
RSV molto recente ma molto diffuso tra i bambini e quindi sviluppato vaccino in fretta, a
volte è somministrato solo a bambini prematuri, cellule colpite sono quelle delle vie
aeree, nei bambini piccoli può causare delle bronchioliti e un numero elevato di questi
richiede ospedalizzazione, causa sempre la formazione di sincizi a livello polmonare.

RHABDOVIRIDAE
prendono il nome dalla forma del virione, rabdo significa proiettile
envelope con proteina superficie glicoproteina G che funge da recettore.
genoma RNA ss -
Capside forma elicoidale

replicazione di questi virus avviene a livello delle cellule nervose, in particolare il

recettore che viene riconosciuto da questi virus è quello dell’acetilcolina
Si replicano solo nel SNC che raggiungono NON attraverso circolo sanguigno ma
attraverso SNP: virus percorre tutti gli assoni fino ad arrivare al cervello.

Virus parte da dove?

dipende dal sito di inoculazione, ad esempio il virus della RABBIA parte dal punto in cui
avviene il morso dell’animale infetto, virus risale lungo assoni fino ad arrivare a SNC.
Il virus non uccide le cellule in cui si replica, non subito, ma interferisce con la loro
funzione e il loro metabolismo. Si ha replicazione nel SNC e da lì inizia la sua via
discendente in cui raggiunge occhi, ghiandole salivari, pelle e altri organi.

La fase ascendente è asintomatica → poi replicazione cerebrale, quindi si entra in una

fase prodromica che comporta letargia, fame, stanchezza → fase discendente in cui la
sintomatologia è quella della idrofobia → nel giro di 14 giorni porta al coma e la morte
(fase prodromica e sintomatica).
La fase asintomatica di incubazione può durare fino ad un anno, il tempo di incubazione
dipende dal sito di inoculazione del virus: tanto più è lontano dal cervello tanto più sarà
lunga la risalita verso SNC

Perché il morso causa la trasmissione del virus?

Nella fase sintomatica il virus sarà molto concentrata nella saliva e per questo il morso
può infettare un altro organismo.

Zoonosi = qualunque malattia che si trasmetta da vertebrato a uomo, sia direttamente

che indirettamente
Moltissime morti di animali nel mondo per la rabbia, nelle città i cani sono i >
trasmettitori di rabbia, in Europa il > carrier di virus è la volpe.
Nell’uomo la rabbia è una malattia fatale, quando si sospetta infezione immediatamente
si somministrano nel sito di inoculo delle immunoglobuline contro il virus à si parla di
immunizzazione passiva (impedisce al virus di entrare nella cellula)
Comunque si somministra il vaccino e in caso di sospetta infezione dovrebbe sistemare
le cose.
Corpi di Negri: elemento diagnostico per virus della rabbia, sono dei neuroni pieni di
virus e si usa una colorazione con ematossitina per trovarli.
Esiste vaccino anche per l’uomo che solitamente viene somministrato post esposizione.

DNA VIRUSES
Herpes e papilloma, hanno un genoma come il nostro quindi a DNA ds, replicazione di
questi virus avviene nel nucleo.
Herpes virus hanno una loro polimerasi che usano per replicare il genoma, mentre
Papilloma non ce l’hanno
HERPES VIRUS
virus grandi, genoma di questo virus anche 100-150 mila bp
strutturalmente hanno un envelope, sull’envelope ci sono parecchie glicoproteine di
superficie.
Struttura di superficie a TEGUMENTO: sostanza amorfa prevalentemente costituita da
proteine che è presente unicamente negli herpes virus o comunque in proteine che
partecipano alle fasi replicative del virus.
Capside a simmetria icosaedrica che racchiude DNA ds lineare
Nome di questi virus deriva da greco “herpein” perché alcuni sono latenti nel SNC e per
arrivare nei gangli dei neuroni si devono aggrappare agli assoni fino a raggiungere il
nucleo.
Virus ubiquitari e possono infettare sia uomo che animali, tutti herpes sono in grado di
stabilire latenza, non si ha la clearance dall’ospite e possono nel caso riattivarsi e la
sintomatologia può essere legata sia a infezione primaria sia alle fasi di riattivazione

8 Herpes virus che infettano l’uomo: alfa, beta, gamma sono delle sottofamiglie.

Classificazione classica è biologica quindi che si basa sulle caratteristiche dei virus e in
particolare sulla lunghezza del ciclo replicativo e sul sito di latenza dei virus

ALFA → ciclo replicativo corto (24h) e latenza nel SNC: herpes simplex virus 1, “ “ 2,
VZV (varicella zoster virus)
BETA → ciclo replicativo lungo (72h) e stabiliscono latenza a livello delle ghiandole,
macrofagi, linfociti: citomegalovirus, human herpes virus 6 (HHV 6), “ “ “ 7 (HHV 7)
GAMMA → ciclo replicativo variabile, si stabiliscono negli organi linfoidi: EBV, virus di
sarcoma di kaposi (KSHV)

Classificazione moderna è di tipo molecolare, sulla base dell’organizzazione del

genoma: genomi sono tutti lineari e lunghi, suddivisi in sequenze codificanti lunghe e
corte che sono separate da presenza di sequenze non codificanti volendo anche
ripetute.
In base a posizionamento Non Coding sequences e lunghezza sequenze vengono
suddivisi in classi, queste sequenze sono importanti per incapsidamento del genoma.

genoma lungo e complesso che traduce per 80-100 proteine

CICLO REPLICATIVO:
LEGAME in cui recettori sono glicoproteine di membrana GC e GD che codificano per
fattori di crescita
è un virus con envelope quindi ingresso per fusione, ci sono proteine che funzionano da
fusogene
Virus deve essere trasportato nel nucleo, mediato da alcune proteine CHAPERONEs
delle cellule e ingresso mediante pori nucleari, virus trasporta nel nucleo una proteina
che è l’alfa-TIF: senza di questa non può iniziare la replicazione del genoma.
Proteine che silenziano il metabolismo della cellula perché dobbiamo favorire
replicazione del virus e non della cellula.

Ricordiamo che abbiamo geni precoci, geni late, geni precocissimi

In HV la proteina alfa-TIF attiva geni precocissimi che vanno a produrre proteine
precocissime che sono quelle regolatorie → attivano geni precoci, proteine precoci
sono regolatorie e con DNA pol DNA dipendente, quindi replicazione del virus inizia →
produzione proteine late che sono quelle di superficie e del capside (puramente
strutturali). Stiamo parlando di una reazione a cascata

Replicazione parte da quando virus entra nel nucleo e circolarizza, quindi replicazione è
su una forma circolare e non lineare: se ha una rolling circle replication e si inizia a
polimerizzare un filamento, a questo punto si formano tanti genomi lineari attaccati l’uno
all’altro, ma virus deve incapsidare solo 1 genoma: sequenze regolatorie nel genoma
intervengono e fungono da segnali per delle endonucleasi che vanno a tagliare il
genoma all’inizio e alla fine del singolo genoma → corretto incapsidamento del genoma
(sempre nel nucleo).

Post replicazione esce dalla cellula distruggendola per lisi cellulare e non per budding, il
virus deve recuperare l’envelope prima dell’uscita dalla cellula quindi acquisiscono un
pezzo di membrana uscendo DAL NUCLEO e non dalla cellula, altri invece
acquisiscono la membrana poi la rimuovono e attraverso apparato di golgi o organelli in
cui passano come RE per l’espulsione dal citoplasma.

Fase TRASCRIZIONE e TRADUZIONE:

cascata di attivazione

Man mano che si attiva lo step

successivo si vanno a spegnere i
passaggi precedenti

Sono virus che stabiliscono latenza quindi questa cascata di attivazione si deve
spegnere quindi inizia lo spegnimento a cascata ma al contrario: se ho troppe proteine
tardive allora proteine tardive spengono trascrizione geni beta e alfa.
Si ha una fase di latenza del ciclo replicativo in cui è attivo solo il circuito alfa per le
proteine precocissime in cui troviamo le proteine della latenza quindi sono geni
comunque necessari ←

Virus percepisce che il sistema immunitario è debole e si torna ad attivare il processo a

cascata della produzione dei virioni quando si vuole interrompere la latenza, processo
che è alla base dell’alternanza latenza-replicazione.

Manifestazione del virus:

- fase acuta e sintomatologia in fase di replicazione
- fase di latenza in cui non si ha sintomatologia

Ciascun HV ha sistema di evasione da sistema immunitario diverso: alcuni si

nascondono quindi vanno dove il sistema immunitario è molto basso tipo SNC, oppure
diminuiscono la produzione delle molecole MHC, oppure producono proteine
similissime a quelle della cellula per ingannare.

In natura sono molto diffusi, moltissimi infettati da questo virus.

Sieroprevalenza = se cerco nel siero di persone il siero di uno degli 8 virus vedo quale
HV prevale.
Moltissimi adulti nel mondo hanno avuto infezione con manifestazione oppure
asintomatico ma è stato comunque infettato, ad esempio si pensi alla varicella.
è comune perché ha trasmissione per via aerea o per contatto con materiale infetto
Alcuni virus hanno invece una prevalenza bassissima perché hanno trasmissione
sessuale o verticale.

HSV 1 e 2:
va a replicarsi sulle cellule epiteliali della mucosa della bocca ma quello che succede è
che con fuoriuscita da cellula si ha la distruzione (lisi) → si crea una vescica, una
lesione piena di virus tipica ad esempio dell’herpes labiale.
Quando il sistema immunitario sconfigge virus questo viene eliminato da cellule
epiteliali, i virioni che sopravvivono si spostano migrando nel SNC per cui raggiungono i
gangli del trigemino, da cui poi ridiscendono ogni volta che sistema immunitario è
indebolito.
HSV 1 → labiale / occhi / gola
HSV 2 → genitale, trasmissione di tipo verticale (durante la nascita per contatto con
fluidi biologici della madre) oppure sessuale

VZV:
Agente eziologico della varicella, malattia classica dei bambini, altamente trasmissibile:
90% probabilità di infezione se contatto con soggetto infettato, trasmissibile per via
aerea o per contatto con materiale virulento.
Rimane circa un 10% di adulti che non l’ha fatta e rimane suscettibile, in questo caso la
sintomatologia da adulto è più grave rispetto a quella del bambino, infatti guarisce più
lentamente.
Periodo di incubazione è di 14 giorni, raggiunge cellule epiteliali della cute e qui replica
in modo attivo → genera lesioni piene di virus, non è solo un rush cutaneo.

Latenza nei gangli dorsali della schiena, riattivazione virus varicella non è comune,
avviene solo nel 10% dei casi e causa “fuoco di sant’antonio” o ZOSTER.

VACCINO introdotto da poco che fa parte della quadrivalente, importante vaccinarsi

perché nell’ospite immunocompromesso ha mortalità del 7-10% e nel caso dello zoster
addirittura dell’8-25%.

EBV:
Epstein Barr Virus
La sieroprevalenza è altissima, spessissimo non si ha sintomatologia.
Se l'infezione primaria è contratta in età adulta allora causa la MONONUCLEOSI
infettiva, stabilisce latenza nei linfociti B.

99% dei casi non si riattiva nella vita o non dà alcuna sintomatologia di riattivazione.
Malattia lunga caratterizzata da malessere che mette a dura prova il sistema
immunitario proprio perché il virus si replica nei linfociti B → sopprime il sistema
immunitario, ci si mettono anche mesi a riprendersi.

In alcuni casi il virus EBV viene associato alla trasformazione dei linfociti B: può essere
elemento scatenante per iperproliferazione cellulare perché alcune delle proteine
prodotte dal virus vanno a stimolare replicazione della cellula e a diminuire l’apoptosi,
quindi manifestazioni cliniche con iperproliferazione che genera LINFOMI.

EBV non è agente eziologico dei linfomi: non basta da solo, servono altri agenti e cause
tipo traslocazioni cromosomiche o immunodepressioni gravi. è solo associato a tumore
ma NON è la causa di esso ←
Spessissimo ad esempio è associato a situazioni di malnutrizione grave

CITOMEGALOVIRUS:
immunoprevalenza molto elevata, rimane latente in moltissime delle nostre cellule.

Quando replica viene eliminato in tantissimi liquidi biologici, favorisce la trasmissione

anche da soggetto asintomatico a un altro ospite.

Asintomatica se infantile, infezione adulta porta a MONONUCLEOSI contagiosa.

Riattivazione virus si ha nei soggetti immunocompromessi, esempio trapiantati e in
questi casi riattivazione del virus è problematica → spesso causa un rigetto, ad
esempio quello del rene è stato molto comune negli anni passati, ora vengono
somministrati degli antivirali quindi il problema è quasi risolto.

Regola importante è mai dare un rene citomegalovirus + ad un soggetto - perché avrò

sicuramente una riattivazione del virus

In soggetti HIV positivi: polmonite da cytomegalovirus è molto comune.

Infezione congenita: il virus passa attraverso la PLACENTA, come per la rosolia ma in

questo caso non abbiamo il vaccino. Nei casi più severi abbiamo danni gravi o aborto
ma nel 90% dei casi è asintomatica.
N.B. durante gravidanza abbiamo delle monitorazioni chiamate TORCH in cui si testa il
siero della madre per vedere se bisogna fare particolare attenzione a determinati
aspetti o se bisogna intervenire in qualche modo con antivirali / vaccini

HHV 6 e HHV 7:
Scoperti e isolati da poco, HHV 7 è orfano nel senso che non si è capito quale sia la
sintomatologia mentre HHV 6 è agente eziologico della sesta malattia dei bambini: si
sviluppa nei primi anni di vita e causa febbre, rush cutaneo, trasmissione da bambino a
bambino.

2 tipi:
- uno malattia lieve
- altro che colpisce SNC e causa meningite o encefalite ad esempio, quindi patologie
gravi

Herpes virus 6 può integrare nella linea germinale, può integrarsi nel cromosoma e
questo rende alcune diagnosi difficilissime, ad esempio se paziente ha meningite e si
trova nel siero HHV 6 viene da dire che sia infetto ma in realtà può essere quello
integrato cromosomialmente, quindi si deve prendere bulbo pilifero del soggetto e se
anche lì trovo segnale allora vuol dire che è integrato cromosomialmente

Sembra riattivarsi nei soggetti con AIDS o nei trapiantati

HHV 8 o KAPOSI:
Virus del sarcoma di Kaposi
Virus di recente scoperta, molto particolare perché è un ONCOVIRUS, quindi diverso
nella trascrizione dei geni e nella traduzione delle proteine.
Virus contiene geni che codificano per proteine che hanno funzione molto simile a
quelle cellulari, ad esempio proteine antiapoptotiche, proteine angiogenetica, proteine in
generale che ingannano la cellula e mandano in tilt il sistema e favoriscono l’avvento
del tumore.
Tumore di kaposi è un tumore della pelle, raro che avviene nei casi di malnutrizione dei
bambini, per chi è sieropositivo, forma legata all’anziano.
PAPILLOMA VIRUS
virus a DNA di notevole importanza
virus nudi, capside a simmetria icosaedrica
virus diametro 50 nm, in natura ce ne sono tantissimi, si trovano ovunque (ubiquitari)
Possono essere sintomatici o non, fanno parte del nostro viroma.
Agenti eziologici che portano a patologie sono quelli che portano a tumore della cervice
uterina e tumore delle cellule epiteliali

Osservazione che tessuto omogeneizzato delle verruche della pelle se iniettato in

animali sani causa lo sviluppo delle stesse verruche nell’ultimo → si tratta di qualcosa di
trasmissibile

Papillomi del coniglio hanno origine virale, inoltre possono avere una progressione
verso un carcinoma (tumore maligno)

Rigoni e Stern osservano che tumori alla cervice uterina sono più comuni in chi ha
rapporti piuttosto che non, quindi si capisce essere sessualmente trasmissibile

Cellule HeLa che vengono utilizzate per qualunque esperimento derivano da tumore
della cervice uterina: cellule diventano importanti quando anni dopo si scopre che
all’interno si trova il genoma di papilloma virus integrato, si scopre che agente
eziologico del tumore alla cervice uterina è il virus papilloma.
PAP TEST → colorazione istochimica delle cellule che vengono prelevate con un
tampone, messe su vetrino e si verifica se sono presenti delle lesioni tumorali o
pre-tumorali. Si tratta di un test preventivo.
TEST per il papilloma virus → è lo step successivo se si ha colorazione che indica
presenza tumorale o pre-tumorale per verificare la presenza o meno del virus.

VACCINO fatto con proteine ricombinanti, all’inizio erano vaccini bivalenti del 16 e del
18, ora è vaccino nonavalente. Somministrato in età pre-puberale ma comunque può
essere somministrato agli adulti perché contiene 9 tipi diversi del virus per essere
immunizzati.

Perché si somministra anche ai maschi?

Perché causa anche tumori dell'orofaringe, tumore all’ano, cavità orale quindi diventa
utile che si faccia a tutti il vaccino

Papilloma virus 16 → tumori alla gola associati alla presenza di virus e trasmessi per
mezzo di sesso orale

Tumore alla cervice uterina rimane 2° tumore più sviluppato appena sotto a quello al
seno, prevenzione buona grazie al PAP TEST
Proteine capsidiche sono 2: L1 (maggiore quindi vaccini costruiti su questa proteina) e
L2
GENOMA a DNA ds, chiuso circolare di circa 8mila bp
genoma < herpes virus, non ha geni precocissimi ma solo precoci e tardivi

non hanno una loro polimerasi, utilizzano quella dell’ospite per la loro replicazione

geni early → ci sono due proteine (E6 e E7) che sono proteine TRASFORMANTI in
grado di immortalizzare le cellule che infettano:
- E6 lega e degrada l’oncorepressore p53 quindi cellula non è più in grado di entrare in
apoptosi e rimane sempre in fase S di proliferazione
- E7 lega e inattiva l'altro oncorepressore che è P-Rb quindi la cellula rimane sempre in
fase S

N.B. E6 e E7 non sono sempre espresse e prodotte se no causerebbe sempre il

tumore, mentre c’è E2 sempre tradotta che va a bloccare normalmente la trascrizione di
E6 e E7 in condizioni di omeostasi, vengono espresse E6 e E7 solo in “papilloma ad
alto rischio” che è in grado di integrare proprio genoma in quello dell’ospite e quando lo
fa taglia il gene E2, attivando E6 e E7

Nell’80-90% dei casi l’infezione è asintomatica e si verifica la clearance del virus,

mentre se si ha tumore si ha una persistenza del virus e una presenza all’interno del
genoma dell’ospite, cosa che non tutti i papillomavirus sono in grado di fare.

TROPISMO: papilloma virus mucosali e cutanei

- cutanei per contatto diretto e provoca verruche
- mucosali trasmessi per via sessuale, associati alle forme tumorali

Si possono anche suddividere in papillomi ad alto (16 e 18) / medio / basso rischio

Papilloma virus infettano l’epitelio squamoso stratificato del derma oppure mucosale,
induce proliferazione delle cellule.

Ci possono essere delle lesioni benigne epiteliali (verruche) oppure maligne mucosali
dovute alla presenza di infezione persistente quindi integrazione del genoma del virus
nell’ospite.
Per l’ingresso nell’ospite il virus sfrutta delle microlesioni presenti nella pelle e
raggiungono le cellule basali in cui il virus NON replica completamente ma rimane nel
nucleo in forma episomale e viene replicato esclusivamente il genoma in
corrispondenza con quelle dell’ospite. Man mano che le cellule differenziano il virus
acquisisce la capacità di replicarsi completamente e inizia a tradurre tutte le sue
proteine. Infatti quando si ha verruca bisogna applicare prodotto chimico che bruci
cellule anche della matrice per togliere tutta la porzione infetta di pelle.
Se abbiamo latenza e trasformazione della cellula abbiamo replicazione a bassi livelli
quindi magari non vediamo verruca ma può integrarsi nel genoma delle cellule e allora
ha solo interesse a trasformare la cellula.

All’inizio con verruche si hanno particelle virali infettanti ma se è ad alto rischio non
abbiamo più particelle virali ma integrazione del genoma → presenza virus
inversamente proporzionale a trasformazione del genoma

EPATITE
virus epatiti fanno parte di famiglie diverse
Epatite è patologia del fegato caratterizzata da alto livello di infiammazione che è
dovuta da presenza di un virus che ha tropismo per il fegato (hepatovirus)

Fasi iniziali dell’epatite è ingrossamento del fegato perché le cellule del fegato sono
infiammate e vanno incontro a NECROSI e riversano nel sangue il loro contenuto → a
livello diagnostico nel sangue vedo presenza di transaminasi alte che sono presenti in
quantità bassissime di solito e uguale con bilirubina (ingiallimento della pelle) perché
non è ben processata nel sangue.

- Fenomeni epatitici virali si limitano a epatiti acute quindi nel giro di 6 mesi viene
eliminato il virus e fegato si ripristina, clearance del virus.
 - Epatite può cronicizzare e protrarsi per tutta la vita ma danno epatico può anche
progredire nel tempo, nei casi più gravi le condizioni non sono reversibili → omeostasi
non ripristinabile e si ha una fase di CIRROSI, quindi il fegato è fibrotico, costituito da
tessuto cicatriziale che quindi non conserva più le sue caratteristiche
- EPATOCARCINOMA è altra conseguenza grave per cui il virus si integra nelle cellule
host e causa una trasformazione delle cellule. Non tutti gli epatocarcinomi devono
prima arrivare ad uno stato di cirrosi.

Sintomi: ittero, diarrea, urine scure, presenza nel sangue di certe sostanze anomale

VIRUS EPATITICI MINORI → Virus epatite A e B, tutto il resto fino a poco fa veniva
chiamato non A e non B, poi abbiamo classificato C, E, D (agente delta), F, G.

- Virus trasmessi mediante liquidi corporei, cerco dei marcatori che si trovano mediante
analisi del siero → chiamati virus SIERICI
- Virus trasmessi per via fecale-orale che sono epidemici

EPATITE A
Non cronicizza, trasmissione fecale-orale, esiste un VACCINO presente in un unico
sierotipo, viene somministrato quando si viaggia nei paesi ad alta endemicità come
sudamerica, africa, asia.
Appartiene alla famiglia dei picornaviridae con tutte le sue caratteristiche

Infezione con tempi molto lunghi, nella maggior parte dei casi si ha infezione acuta che
non lascia alcun problema dopo la clearance → virus non cronicizza

Via alternativa di trasmissione è via sessuale (ma è secondaria), dimostrata da poco e

per contatto con feci infette
Uomo è unico ospite, sintomi sono malessere, a volte itterizia, urine scure
EPATITE B
Trasmesso attraverso fluidi biologici infetti, è un virus che cronicizza
Esiste vaccino, unico sierotipo
Virus epatite B non hanno struttura tipica, sono molto diversi tra loro (tubuli, sferici, ecc)

Nel mondo abbiamo 250 milioni di infetti, in africa e asia circa il 50% sono stati infettati
e molti sono portatori cronici che hanno 200 volte la possibilità di sviluppare un
epatocarcinoma rispetto a chi non è stato infettato.
Anche nei paesi sviluppati è molto diffuso e la cronicizzazione è data in particolare alle
trasmissioni di tipo verticale, per cui nel feto il virus cronicizzerà.

Famiglia degli hepadnaviridae, infettano uomini e primati.

Antigene di superficie è glicoproteina “antigene Australia” che è essenziale per la
diagnosi dell’epatite B che è difficile replicare e studiare in vitro come virus

Infetta solo cellule del fegato (tropismo molto specifico) e lo si trova in altissime quantità
nel sangue → elevata VIREMIA

Costituito da virione con envelope, capside a simmetria icosaedrica che contiene DNA
ds circolare incompleto, che compone il virus di 42 nm.
Sulla superficie abbiamo glicoproteina antigene Australia, o antigene di superficie
HBsAg
Capside formato da proteina CORE che indichiamo come HBcAg
HBeAg è altro antigene prodotto in forma solubile

Tutto questo viene chiamato “particella di Dane”

Virus quando infetta ospite produce quantità talmente grande di proteine di superficie
che non basta envelope quindi antigene S si aggrega da solo a formare dei tubuli
allungati o delle sfere ma che non contengono il genoma del virus → nel soggetto
infetto trovo particella di Dane che si occupa di replicazione ma anche agglomerati di
antigene S che è importante sia per diagnosi malattia che per cronicizzazione della
malattia

Particella di Dane associata al genoma ha anche una polimerasi che si porta con sé
quando infetta le cellule ma non è normale perchè è retrotrascrittasi quindi inversa →
virus fanno parte della 7° classe anche se sono a DNA

GENOMA → doppio filamento DNA di 3mila bp, codifica per 5 proteine:

- antigene S
- antigene C
- antigene E
- proteina X (non strutturale, ma è multifunzionale)
- polimerasi, gene è sovrapposto sia a antigene S che C che X: il virus non ha alcun
interesse a mutare perché se lo facesse le mutazioni andrebbero a interessare anche la
retrotrascrittasi impedendone la funzione corretta quindi probabilmente resterà lo stesso
sierotipo per sempre

5 regioni che
codificano per 5
proteine

CICLO REPLICATIVO:
Classe di baltimore 7, virus entra in epatocita per fusione cellulare, virus deve andare
nel nucleo (virus a DNA) e DNA è incompleto quindi la polimerasi cellulare riempie i
- DNA pol RNA dipbuchi. cccDNA (closed covalent circular) e rappresenta il reservoir
del virus quindi DNA mantenuto in questa forma episomica all’interno della cellula
Si creano mRNA che vanno su ribosomi nel citoplasma e vengono prodotte proteine del
virus

virus pur essendo a DNA non usa DNA polimerasi della cellula ma retrotrascrittasi
quindi a partire da RNA ss arrivo ad avere DNA ds ed è possibile perché
retrotrascrittasi ha 3 funzioni:
- tagliare RNA che si trova ibrido con DNA
- creazione 2° filamento di DNA
- DNA polimerasi RNA dipendente
sono passaggi lenti perché avvengono a opera di quest’ultimo enzima tanto che virus
riesce ad assemblare proteine attorno a genoma e chiude capside quindi va a creare
dei Virioni ma DNA rimane incompleto sul 2° filamento (a questo punto manca solo
l’envelope che acquisisce mediante budding).

Non tutti virione creati escono dalla cellula, alcuni riiniziano il ciclo quindi perdono
capside e vengono riciclati → accumulo del cccDNA all’interno del nucleo

Quando il virus esce dalla cellula può anche uscire come agglomerato di antigene
sferico oppure a forma di bastoncello e si creano tantissimi antigeni, proteine di
superficie e alcuni vengono anche eliminati, viene secreto anche l'antigene E
dell’envelope.

TRASMISSIONE:
via sessuale, via verticale che avviene spesso durante i mesi di gravidanza
tempo di incubazione lungo di 2 / 3 mesi e nella maggior parte è asintomatico ma il
problema è che nel 10% dei casi diventa cronico
età adulta 10% dei casi che cronicizza
bambini 90% dei casi che cronicizza

cronicizzazione può evolvere in cirrosi → cirrosi evolve in carcinoma epatocellulare

oppure in distruzione completa del fegato, in entrambi i casi bisogna ricorrere al
trapianto di fegato

Soggetto con epatocarcinoma il virus può integrare il proprio DNA all’interno dell’ospite

Infezione da epatite B acuta VS cronica

Sintomatologia è la stessa, bisogna guardare i marker biologici e vedere nel sangue se

si hanno le sostanza rilasciate dalle cellule epatiche e in quali quantità

Siero all’inizio dell’infezione → tantissimi antigeni di superficie, antigeni del core,

antigeni E quindi componenti di tutto il virus.
In questa prima fase trovo anche anticorpi di tipo IgM verso il core quindi un inizio di
risposta immunitaria

Siero in fase di guarigione → trovo anticorpi IgG contro tutti antigeni che ci indicano che
virus è stato debellato, anticorpi contro la proteina E, anticorpi contro superficie, virus
eliminato quindi non si trova più DNA del virus
infezione di tipo cronico → presenza antigene di
superficie e anticorpi contro proteina del core IgG ma
non ho quelli contro la proteina di superficie
marker è proteina E per capire stabilità o progressione
dell’epatite cronica ← per capire se è persistente (trovo IgG) o progressiva (trovo la
proteina E)

Soggetto vaccinato: nel siero avrò anticorpi per proteina s

Virus si replica negli epatociti ma troviamo altissime concentrazione anche nei liquidi:
saliva, liquidi corporei, sangue
Se io sono stato infettato trovo tutte le IgG per tutte le componenti, mentre se sono
vaccinato trovo solo IgG contro superficie

VACCINO abbastanza moderno, costruito con tecniche moderne e altamente

consigliato
La terapia invece consiste nel bloccare la replicazione virale

EPATITE D
Non è un virus in realtà, è formato solo dall’antigene s di superficie, da un RNA ss,
antigene delta associato all’RNA
(non ha capside, è un viroide)
35 nm diametro
genoma 1700 bp
RNA è in grado di codificare solo per una proteina che è l’antigene delta

REPLICAZIONE: utilizza il macchinario replicativo della cellula ma RNA deve replicarsi

e rimanere RNA e quindi viene riconosciuto come se fosse un DNA ds per la sua
configurazione → polimerasi della cellula usa come templato RNA ss
Despite being shown that pol II interacts with genomic HDV RNA, it has been
suggested that a different host polymerase is responsible for the synthesis of
antigenomic HDV RNA
più grave acquisire fattore delta in un secondo momento piuttosto che entrambi nello
stesso momento

EPATITE C

famiglia flaviviridae (envelope, ss RNA +), ingiallimento della sclera e della pelle perché
fegato non è funzionante
trasmissione sessuale, parenterale, congenita
può cronicizzare, percentuali > rispetto a epatite B

Non esiste attualmente un VACCINO

esistono in tanti genotipi alcuni dei quali hanno anche importanza clinica, alcuni
associati a una prognosi peggiore

GENOMA: esistono dei geni che codificano per le proteine dell’envelope e all’interno ci
sono 2 sequenze che sono ipervariabili quindi soggette a mutazioni ad ogni ciclo
replicativo, sono concentrate nell’envelope
se ho delle mutazioni nelle proteine allora rimane il problema nella creazione di un
vaccino perché quelle proteine sono le porzioni maggiormente antigeniche
Nella replicazione il recettore negli epatociti è il cd81 e altri recettori sono connessi con
metabolismo lipidico.

Elevata variabilità → non solo da un soggetto all’altro ma anche all’interno del soggetto
stesso (concetto di quasispecie)

Infezione acuta evolve in cronica nell’80% dei casi ed è dovuta da virus che muta
continuamente, dall’accumulo delle mutazioni quindi sistema immunitario non riesce a
combattere tutti i genotipi
Nel 20% di questi casi evolve in cirrosi e rischio di carcinoma è di circa il 4%

In italia circa 1.5 milioni di individui sono affetti da cronicità del virus
Problema diagnostico nel senso che le persone a rischio non si fanno i test e quindi si
scopre solo casualmente da altri esami se si è affetti o no

DIAGNOSI
Poi paziente viene monitorato nel tempo perché il rischio che si sviluppi una resistenza alla
terapia antivirale è elevata

TRATTAMENTO:
- a base di interferone (generico antivirale), terapia a vita
- recentemente scoperto che si può eradicare il virus usando determinati farmaci e
terapie che funzionano targettando le proteine non strutturali del virus come ad esempio
proteasi
Il problema principale è il costo del farmaco → problemi etici, usato solo per casi molto
gravi

EPATITE E
Virus nudo con un RNA ss +
trasmissione fecale orale

RETROVIRIDAE
classe di baltimore 6 (Famiglia di virus ssRNA (+) con envelope)
Storia associata allo sviluppo dei tumori: nei primi esperimenti si capisce che ci sono
dei tumori negli animali che sono trasmissibili mediante inoculazione di materiale infetto
filtrato: tutto ciò che passa attraverso un filtro è < di dimensioni di batterio → causa un
tumore nel secondo animale

Sarcoma di Rous: forma tumorale nei polli

60 anni dopo la scoperta si scopre infatti che nel tumore ci sono agenti virologici che
sono retrovirus, studi biologia molecolare e Baltimore scopre l’esistenza della
trascrittasi inversa

La famiglia retroviridae si differenzia in 7 diversi generi: riguarda tantissimi animali,

ubiquitario e l’uomo è interessato solo da due generi che sono deltaretrovirus e
lentivirus
- deltaretrovirus: HTLV 1 e 2 (human T cell leukemia) tempo di incubazione molto lungo,
anche 20-30 anni
- lentivirus: HIV

capside forme variabili a seconda del genere (HIV forma capside conica)
dimensione 100 nm
glicoproteine di membrana sono due
genoma ss RNA + in duplice copia (due filamenti identici tra loro, non complementari)
infatti vengono considerati virus diploidi
All’interno del capside, associata a ciascuna molecola di RNA, si trova polimerasi =
trascrittasi inversa
Non viene tradotto completamente:
Retrotrascrizione e replicazione avvengono in parte nel citoplasma, in parte nel nucleo
e ha come esito la formazione di un genoma a DNA ds che si integra SEMPRE nel
genoma dell’ospite.

Nel genoma abbiamo sempre le sequenze GAG, POL e ENV che sono sempre in
quest'ordine. A fiancheggiare queste 3 sequenze codificanti abbiamo solo sequenze
regolatorie chiamate LTR, nel caso codifica anche qualche proteina.

Il virione completo si porta dietro retrotrascrittasi + tRNA provenienti dall’ospite

Nonostante l’RNA sia un RNA positivo, non è mRNA → non può legare direttamente
ribosomi.

HIV

Si nota a Los Angeles nel 1981 una atipica forma di polmonite dovuta da
pneumocisti-carinii

I primi infetti fanno parte di una comunità attiva omosessuale e si hanno altri casi di
queste malattie fatali non ben identificate, tutte accomunate dalla presenza di una forte
immunodepressione e linfoadenopatia

Visto il cluster della popolazione specifica si pensa a qualcosa di infettivo → 1984 si

isola il virus e capiscono che questi virus possono replicarsi solo all’interno di particolari
cellule del sangue: linfociti T CD4 (ma non linfociti T CD8)

Viene inizialmente identificato come HTLV 3 avendo caratteristiche simili ma nel giro di
poco viene isolato come virus HIV che sostanzialmente prevede un malfunzionamento
del sistema immunitario umano

1985 test diagnostico per l’HIV

1987 il primo farmaco che è AZT
1995 nuova terapia antiretrovirale altamente attiva
HIV deriva da un salto di specie: esisteva ad esempio nelle scimmie il SIV che ha la
stessa sintomatologia
Negli anni 20 in africa nei centri rurali c’era grande contatto con primati e il salto di
specie è avvenuto in questo modo
Leggenda del paziente zero → era uno stuart che viaggiava spesso su tratta stati uniti
africa e era omosessuale ma semplicemente è il primo a essere individuato con quella
sintomatologia

AIDS è la sindrome, un insieme di sintomi che caratterizzano le ultime fasi di infezione

dell’HIV. Non considerata malattia perché ha sintomatologia troppo varia e ampia
AIDS = sindrome dell’immunodeficienza umana acquisita
- Acquisita → si acquisisce, non si eredita
- Immuno → sistema immunitario include tutti organi e cellule che cooperano per
eliminare infezione
- Deficienza → si acquisisce l’AIDS quando il sistema immunitario non lavora come
dovrebbe

HIV 1 quella principale, ma muta continuamente (processi evolutivi rapidissimi dovuti a

singole mutazioni delle retrotrascrittasi, ad ogni ciclo inserisce circa una mutazione nel
genoma)
HIV 2 confinato nell’ovest dell’Africa ma patologia è la medesima, solo un po’ più lenta
Molecole RNA all’interno di una cellula che comunque rende molto variabile il genoma
→ esistono quindi due strains

STRUTTURA:
- envelope
- 2 glicoproteine: una che attraversa envelope che è GP41 e GP120 che sporge
sull’esterno, la seconda nasconde completamente la prima nel virione completo.
I numeri di GP sono i pesi delle proteine in dalton ←
- proteine della matrice
- capside con forma conica costituito da ripetizione della proteina P24
- due molecole di RNA identiche che assomigliano all’RNA messaggero perché ha un
cap e una poliadenilazione.
- complesso della POLIMERASI che è costituito da:
retrotrascrittasi
proteasi
integrasi
tRNA → tRNA specifico per lisina fondamentale perché il virus si possa replicare:
senza di esso il virus non potrebbe codificare le proteine utilizzando i ribosomi cellulari

RICAPITOLANDO:
genoma RNA + in duplice copia, envelope,
capside conico, glicoproteine di membrana,
polimerasi:
- retrotrascrittasi
- integrasi
- proteasi
- tRNA

GAG, POL, ENV

Ciascuna molecola di RNA

lunga circa 9-10.000 pb ←
Oltre alle 3 sequenze codificanti env, gag, pol, HIV ne presenta altre 6 per un totale di
9, ma è in grado di codificare per 15 proteine grazie al processo di splicing alternativo o
maturazione post-traduzionale e clivaggio

Alle estremità 3’ e 5’ presenta 2 sequenze non codificanti (U e R) che non vengono

tradotte, ma retrotrascritte

REPLICAZIONE:
1. LEGAME virus-cellula
Il recettore virale è la proteina di superficie GP120, glicoproteina più esterna che
riconosce solo un recettore cellulare = CD4 che è presente per l’80% su linfociti T CD4,
ma in bassa percentuale anche su macrofagi, (monociti), cellule gliali e cellule
dendritiche.
avviene sui linfociti T con recettori CD4 che ha alta affinità quindi viene riconosciuta
specificamente in modo da poter entrare e infettare queste cellule
Recettore è GP120 che rappresenta glicoproteina più esterna dell’envelope, è una
proteina altamente variabile e crea problemi per la creazione dei vaccini

Questo legame GP120-CD4 è indispensabile perché il ciclo replicativo del virus

avvenga ma non è sufficiente.
Deve legare anche un co-recettore per entrare nella cellula che è CXCR4 oppure CCR5
che sono recettori per chemochine, CXCR4 si trova sui linfociti T CD4 mentre CCR5 sui
macrofagi, monociti, cellule dendritiche
si ha un primo legame GP120-CD4 e questo porta alla modificazione conformazionale
della gp120, la quale espone un altro sito di legame che va a legare il co-recettore. Una
volta che la gp120 si è legata sia al CD4 che al co-recettore CCR5 O CXCR4, il peptide
fusogeno della gp41 viene esposto e può agire fondendo la membrana cellulare con
l’envelope virale. → se gp41 non fosse nascosta dalla gp120, andrebbe a fondersi con
tutte le cellule che incontra, anche con quelle che non permetterebbero al virus di
replicarsi.

2. RETROTRASCRIZIONE che viene suddivisa in due parti, una a livello citoplasmatico

e una a livello nucleare

Retrotrascrittasi da ss RNA + crea un dsDNA = genoma provirale (= provirus)

La retrotrascrittasi possiede 3 compiti specifici:
• Sintetizza il DNA dall'RNA → DNA polimerasi RNA dipendente
• crea filamento complementare di DNA quindi creo ds DNA → DNA polimerasi DNA
dipendente
• Funge da RNAasi H → è in grado di tagliare tutti i residui di RNA legati al DNA perché
l’ibrido RNA-DNA non può esistere
Inoltre non è in grado di correggere i propri errori quindi inserirà mutazioni: circa 1 ogni
10.000 bp → a ogni ciclo replicativo ci sarà una nuova mutazione

N.B. la retrotrascrittasi necessita di ioni Mg++ e un primer che sarà il tRNA per la lisina
complementare alla sequenza PBS

1. Uno specifico tRNA dell’ospite si lega a PBS presente all’estremità 5’ del

genoma a RNA + → permette la definizione di primer per retrotrascrittasi.

2. Retrotrascrittasi DNA polimerasi RNA dipendente inizia la retrotrascrizione a

partire dal 5’ e inizia a trascrivere un frammento ma si forma ibrido RNA-DNA
(ss DNA -) che non piace né al virus, né alla cellula

3. retrotrascrittasi digerisce tutto l’RNA appaiato a DNA tramite la sua capacità di

RNAsi H → si ottiene solo DNA a filamento singolo (ss DNA)

4. Si ha un primo SALTO della retrotrascrittasi → frammento di DNA creatosi

insieme al tRNA, si staccano dall’estremità 5’ e si spostano all’estremità 3’ dove
c’è una regione R complementare, quindi la sequenza R in 5’ e in 3’ sono
uguali.

5. La retrotrascrittasi si lega a questo nuovo appaiamento e polimerizza la

molecola di DNA mancante da 3’ a 5’ fino alla regione PBS → ibrido DNA-RNA
 6. Ancora una volta la molecola di RNA appaiata a DNA viene digerita dalla
RNAasi H ma il tratto polipurinico (PPT) a doppio filamento (ibrido) sfugge alla
digestione da parte della RNAsi H.

7. Il tratto polipurinico rende possibile il legame della retrotrascrittasi per

cominciare a polimerizzare il DNA complementare alla prima catena di DNA il
quale funge da primer → retrotrascrittasi agisce non più come DNA
polimerasi-RNA dipendente, ma come DNA polimerasi-DNA dipendente

8. L’ibrido DNA-RNA del PPT è instabile e non serve più: l’RNAsi H taglia anche
quel pezzo di RNA e si stacca anche il tRNA

9. secondo SALTO della retrotrascrittasi: il pezzo neoformato di DNA al 3’ salta al

5’ perché trova una sequenza complementare a se stessa → ibrido DNA-DNA.
Queste sequenze complementari corrispondono al PBS presente sul genoma
iniziale a cui si legava tRNA

10. A questo punto la retrotrascrittasi è in grado di continuare il suo lavoro

polimerizzando tutto il DNA complementare sia all’estremità 3’ che 5’ creando
un genoma PROVIRALE più lungo rispetto all’RNA iniziale perché avremo ora
le estremità al 3’ e 5’ identiche (e non tradotte ma regolatorie) che vengono
chiamate LTR = long terminal repeat

3. EVENTI NUCLEARI
servono all’integrazione del DNA provirale nel nostro genoma umano. L’integrazione
avviene ad opera dell’enzima INTEGRASI che fa parte del complesso della polimerasi
Svolge due funzioni:
✓ Taglia DNA dell’ospite → endonucleasi
✓ Integra DNA provirale → ligasi
L’evento è del tutto casuale per ospite, in quanto il taglio può avvenire in qualsiasi punto
del nostro genoma, mentre è specifico per il virus che integra la sequenza sempre nello
stesso modo.
Il virus può integrare il genoma in:
- Introne o in sequenze silenziate → virus non viene replicato
- All’interno di un gene costitutivamente espresso → anche virus verrà replicato

Poiché milioni di virus infettano milioni di cellule, un po’ di virus si integrano nei geni
espressi costitutivamente, altri virus si integrano nei geni silenziati

→ Da ora in poi il DNA del pro-virus farà parte del nostro DNA e verrà sottoposto agli
stessi processi di trascrizione e traduzione usando completamente il macchinario della
cellula.

PROTEINE CREATE
Si crea quindi un RNA/trascritto grazie all’azione di polimerasi. A partire da questo RNA
messaggero verranno tradotte proteine sui ribosomi della cellula sottoforma di
poliproteine poi maturate attraverso clivaggi successivi che avvengono ad opera della
proteasi cellulare. Grazie a questi clivaggi si creeranno tutte le proteine che servono al
virus per creare i virioni completi
Proteine necessarie:
• proteina capsidica
• integrasi
• endonucleasi
• proteasi
• trascrittasi inversa
• glicoproteine di superficie
• proteina della matrice

Avremo anche altre proteine chiamate accessorie ma che sono importantissime per il
virus; la più importante è TAT → fattore trans attivante che serve per aumentare la
trascrizione e attivare ulteriormente la replicazione di altri virus, favorendo co-infezione
all’interno della cellula.

4. ASSEMBLAGGIO
Il virus attraverso budding esce dalla cellula e acquisisce l’envelope con le glicoproteine
di superficie. Una volta che il genoma virale si è integrato nel genoma della cellula non
può mai più essere eliminato quindi seguirà il destino dell’ospite. Si parla di infezione di
tipo persistente di natura cronica lenta con continua replicazione (senza fasi di latenza
e riattivazione)
TRASMISSIONE:
1. Sessuale = ad oggi è la via principale di trasmissione, tramite rapporti sessuali
non protetti sia tra omosessuali che eterosessuali: rischio identico (50%)

2. Parenterale = contatto con sangue infetto attraverso trasfusioni → via di

trasmissione prevalente all’inizio della pandemia (anni 80)

3. Verticale = tramite placenta al momento del parto con passaggio del neonato
nel canale del parto e tramite allattamento
Questa via di trasmissione nei paesi sviluppati è stata eliminata grazie a
farmaci antiretrovirali nella madre in modo che il virus non attraversi la placenta,
tramite il parto cesareo al posto di quello naturale e tramite utilizzo di latte in
polvere.

DIAGNOSI:
avviene mediante ELISA doppio: va a cercare la presenza sia antigeni (proteina P24)
che anticorpi contro l’HIV (se ci sono anticorpi, c’è per forza anche il virus) → prelievo di
sangue
Dopo qualche giorno, il soggetto può avere 2 esiti:

positivo → all’interno del sangue sono stati ritrovati anticorpi nei confronti del virus HIV
Se l’esito è positivo il test deve essere rifatto attraverso ELISA o Western Blot e infine
con un test di biologia molecolare
negativo → non ci sono anticorpi contro virus ma non è detto che non ci sia HIV
Il test in questo caso va ripetuto dopo un mese per vedere se si sono sviluppati
anticorpi:

- se il secondo test risulta negativo allora il soggetto non è sieropositivo

- positivo perché il sistema immunitario può metterci del tempo a produrre una quantità
di anticorpi sopra il livello soglia che nel test precedente.
Quel periodo di 4 settimane che va dal test negativo a quello positivo viene chiamato
“periodo finestra” in cui il soggetto è sieropositivo ma non viene ancora rilevato dal test
e questo costituisce un grande problema per chi è positivo e un pericolo per i partner.
Questo periodo prima durava circa 6 mesi perché avevamo dei test che non erano così
precisi come quelli di oggi.

Dal primo giorno di infezione il paziente è HIV + perché inizia la replicazione del virus
Se si utilizza un test non ELISA ma una PCR allora il virus viene captato anche da
subito
Il soggetto diagnosticato HIV positivo e quindi sieropositivo viene monitorato nel tempo
e periodicamente deve fare analisi del sangue all’interno del quale vengono ricercati 2
marker diagnostici:
1. Carica virale = quantità di virus che si sta replicando nel sangue (linea rossa)
2. Numero di linfociti T CD4 presenti nel sangue (linea blu)

Le fasi di infezione che definiscono patogeni dell’HIV sono 3

1. Infezione acuta: virus entra nell’organismo
2. Latenza clinica: piuttosto lunga
3. AIDS conclamato

Soggetto sottoposto a un cocktail di farmaci perché il virus presenta diverse mutazioni

quindi dobbiamo aumentare le probabilità che non si sviluppi una resistenza al farmaco
Il sistema immunitario completamente compromesso non è in grado di difendere il
soggetto dall’HIV ma nemmeno da qualsiasi altra infezione opportunistica (infezioni che
colpiscono l’ospite quando il sistema immunitario è compromesso) poiché il soggetto
non ha più linfociti T.
Il sistema immunitario non esiste più e l’organismo è sottoposto a tutte le 26 possibili
infezioni opportunistiche che esistono: parassiti, virus, batteri, funghi e tumori che
esistono anche insieme perchè appunto AIDS è una sindrome. → Tutto ciò avviene se il
soggetto non viene sottoposto a terapia farmacologica
Se invece viene trattato, la fase di latenza clinica può durare moltissimi anni→ 20/30
anni
La terapia farmacologica è nata nel 1995 = terapia HAART = terapia antiretrovirale
altamente attiva costituita da cocktail di farmaci che appartengono a diverse classi
farmacologiche

Perché si è deciso di fare un cocktail di farmaci?

Perché sappiamo che HIV muta → introduce mutazioni ad ogni ciclo replicativo.
Questo significa che i farmaci che hanno target specifici a livello virale vanno incontro a
non efficacia ossia il virus diventa resistente ai farmaci

Unendo più classi di retrovirali, si riduce il rischio che il virus possa sviluppare
resistenza contro tutte le varie classi antivirali
- Farmaco che agisce contro trascrittasi inversa
- Farmaco contro proteasi
- Farmaco contro integrasi
- Farmaco generico intercalante nucleotidico del DNA

Farmaci (one pill treatment) devono essere assunti tutti i giorni per 30 anni → tossicità
minima che nel tempo diventa elevata (problemi a fegato e DNA)