BIOTECNOLOGIE

virus e batteri

I virus non sono organismi viventi

Sono parassiti intracellulari obbligati. La cellula ospite può essere anche un batterio, in quel caso che infettano batteri
sono chiamati batteriofagi, o semplicemente fagi.

Un virus è formato da materiale genetico, che può essere sia DNA che RNA. E questo materiale genetico e contenuto
all’interno di un involucro proteico detto capside. Alcuni virus possiedono anche un ulteriore rivestimento che si
chiama envelope. Se il capside è di natura proteica l’envelope contiene anche una componente lipidica perché deriva
dalla membrana cellulare della cellula ospite.

Sull’involucro esterno ci sono delle strutture (rosse e blu) che sono delle glicoproteine, che si vanno a legare ai
recettori di membrana della cellula ospite, che permetteranno al virus di entrare al suo interno.

Le glico proteine non sono tutte uguali e questo fa sì che i virus siano specifici. (compatibili con recettori di
membrana di una particolare cellula).

Il materiale genetico può essere o DNA o RNA. È molto semplice e piccolo perché al suo interno possono essere
contenuti un massimo di 150 geni.

Oltre a questi due esistono anche i retrovirus (es. HIV).

Il DNA virale si può integrare al DNA della cellula ospite.

L’RNA VIRALE, non si può integrare al DNA della cellula ospite, quindi prima deve trasformarsi in DNA.

CICLO LITICO e CICLO LISOGENO

Cicli Vitali, meccanismi grazie alla quale i virus si riproducono.

(I batteriofagi hanno una struttura particolare e sono formati da materiale genetico e il capside, da uno stiletto ed
una base, dove si lega cellula ospite)

Nel caso dei batteriofagi lo stilettò perfora membrana cellulare ospite e inietta il dna virale. Una volta che il materiale
virale si trova all’interno della cellula ospite il virus può decidere se andare incontro ad un ciclo litico o lisogeno.

Se il virus va incontro al ciclo litico, il dna della cellula ospite viene digerito e degradato e viene sfruttato dal dna
virale per replicare se stesso. Una volta che si è replicato il DNA virale, succede che quest’ultimo va a produrre le
proteine virali, ovvero la particella virale.

Le nuove particelle virali devono uscire a questo punto per infettare altre cellule, è lo posso fare in due modi: un
modo è attraverso la lisi, ovvero la rottura della cellula. Esiste un enzima virale che ha questo compito di perforare la
cellula e far uscire le particelle virali. L’altro metodo è tipico di quegli enzimi che mostrano gli envelope. La particella
virale formata esce dalla cellula ospite per esocitosi. Nel fare questo una parte della membrana cellulare della cellula
ospite rimane attaccata al virus e va a formare l’envelop.

Nel caso in cui il virus sceglie di fare il ciclo lisogeno, il DNA del virus si va ad integrare con il DNA della cellula ospite e
questa situazione si chiama, profago. Il virus è come se rimanesse silente, anche per molto tempo senza dare sintomi.
Però succede che la cellula che contiene il profago va incontro a divisione cellulare e questo andrà a formare più
cellule infette. A questo punto deve venire fuori in condizioni a lui favorevoli come esposizione a raggi solari, e questo
fa si che il dna virale si stacchi dal dna della cellula ospite e a questo punto va incontro al ciclo litico manifestandosi.

( es. HIV virus temperato ovvero può rimanere silente per tanti anni, e ad un certo punto può manifestarsi)
(Gli herpes virus tipo sulle labbra. Sono dei virus particolari perché una volta infettate le nostre cellule non va più via.
Vengono curati i sintomi ma successivamente si va a nascondere tra i gangli del sistema nervoso. Quando ci sono
abbassamento difese immunitarie o esposizione forte al sole, si manifesta subito)

BATTERI

Sono organismi viventi procaruoti e unicellulari.

Una distinzione tra batteri viene fatta per la forma:

⁃ i cocchi hanno una forma sferica mentre i bacilli hanno una forma a bastoncello allungata. Mentre
altri batteri hanno una forma a virgola e si chiamano spirilli o spirochete.

I batteri molto spesso sono associati esempio i cocchi sono spesso due a due e prendono il nome di diplococco.
Quando le troviamo a catene si parla di streptococchi. Quando li troviamo a grappoli si chiamano stafilococchi.

I bacilli si posso trovare anch’essi a coppie e si parla di diplobacilli, se sono a catena si chiamano streptobacilli.

Si possono trovare anche coccobacilli ma sono rari.

Poi abbiamo vibrioni con forma a virgola e spirilli.

I batteri hanno un metabolismo veloce e quindi si riproducono con molta facilità e velocità.

I batteri fanno parte dei procarioti. Sono privi di nucleo e il dna non é contenuto nel nucleo ma nel citoplasma in una
regione chiamata nucleoide.

Il dna batterico si trova quasi sempre sotto forma di una molecola circolare a doppio filamento.

La cellula procariotica é inoltre molto semplice e a differenza degli eucariota non presenta gli organuli, ma possiamo
trovare i ribosomi, che servono per la sintesi proteica. Hanno due subunita e hanno rna ribosomiale.

A livello esterno come tutte le cellule è presente la membrana cellulare, ed è formata sempre dallo stesso doppio
strato fosfolipidico. I batteri però possiedono un ulteriore rivestimento che si chiama parete cellulare (presente
anche nella cellula vegetale ma che nei batteri è composta da cose diverse. È composto da una sostanza chiamata
peptido glicano. Ha funzione di protezione e definisce la forma, ha delle caratteristiche antigieniche che servono per
legarsi ad altre cellule.

È sia di natura proteica che glicidica.

La parete cellulare non è uguale in tutti i batteri. Ci sono batteri che hanno una prete formata da peptidoglicano, altri
invece hanno un sottile strato di peptidico glicano è una componente lipidica.

La differente struttura della parete individua due tipi di batteri che sono i Gram positivi e Gram negativi

Si chiamano così perché per riconoscere i batteri è stata utilizzata una colorazione chiamata colorazione di Gram. Per
fare ciò i batteri vengono colorati con un colorante particolare che tende a legare il peptidoglicano, ma non la
componente lipidica. Quindi i Gram positivi ovvero quelli che possiedono pep. Si coloreranno di blu violetto, invece i
Gram negativi che hanno poco pep. Non si coloreranno e assumeranno una colorazione rossa.

I Gram negativi sono più difficili da debellare come patogeni perché gli antibiotici li legano più difficilmente.

Esistono poi dei batteri che vengono definiti sporigeni, che sono in grado di produrre delle spore ovvero degli
involucri dentro i quali i batteri si mettono, per proteggersi. Ci si mettono quando sono in condizioni sfavorevoli, per
proteggersi dall’ambiente esterno.

Le spore sono molto resistenti ecco perché i batteri sporigeni sono più difficili da uccidere.
La cellula procariotuca possiede anche delle strutture esterne ovvero appendici:

⁃ FLAGELLI= sono appendici filamentose.

⁃ FIMBRIE= sono analoghi alle ciglia ovvero appendici corte che possono ricoprire anche tutta la
cellula. Anche queste sono coinvolte nel movimento.

⁃ PILI sono dei prolungamenti che i batteri sintetizzano in alcune situazioni come per esempio mettere
in comunicazione una cellula batterica con un’altra. Non ce l’ha sempre ma le sintetizza quando ce n’è bisogno e può
avere funzioni differenti. Es. PILO SESSUOLE, per mettere in comunicazione una cellula batterica ad un’altra.

Il DNA dei batteri abbiamo detto che è formato da un cromosoma batterico circolare. Si può però anche trovare
frammenti di DNA extracromosomico che si chiamano PLASMIDI. Hanno una particolarità ovvero sono piccoli,
contengono una numero limitato di geni e non sono di vitale importanza, quindi saranno geni che conferiranno al
battuto particolari caratteristiche( es gene che conferisce resistenza ad un certo antibiotico). Vengono utilizzati nell’
ingegneria genetica.

Hanno la capacità di autoreplicarsi quindi indipendentemente dal cromosoma batterico, quindi autonomo.

CARATTERISTICHE METABOLICHE

caratteristiche in base all’ossigeno:

⁃ batteri che vivono in presenza di ossigeno e sono definiti aerobi.

⁃ batteri anaerobi facoltativi che vivono sia in presenza che in assenza di ossigeno

⁃ Anaerobi obbligati che per vivere devono essere in assenza di ossigeno

Caratteristiche in base alla temperatura:

⁃ psicrofili estremi sono batteri che vivono a temperature molto basse al di sotto degli 0 gradi

⁃ Psicrofili che vivono a temperature basse intermedie ovvero fino 10 gradi

⁃ Mesofili che vivono a temperature mite, tra i 10 e i 30 gradi. Infatti la maggior parte dei batteri sono
mesofili.

⁃ Termofili invece resistono a temperature ottimali tra 40 e 60 gradi

⁃ Termofili estremi che resistono fino a 100 gradi. Si trovano nelle acque termali

In base al ph i batteri si possono classificare in:

⁃ Acidofili vivo a ph acidi

⁃ Neutrofili a ph neutro

⁃ Basofili a ph alcalini o basici.

LA GENETICA DI VIRUS E BATTERI

patogenicita è la capacità di portare ad una malattia mentre la virulenza è la capacità di replicarli all’interno di una
cellula ospite.
Un genoma è l’insieme di tutti i geni di una specie, quindi il genoma batterico è l’insieme dei geni nel dna del
batterio.

Esistono due tipi di geni:

⁃ geni strutturali, ovvero il classico gene, sequenze di dna che codifica per una determinata proteina

⁃ Gene regolatore va a regolare l’espressione del gene strutturale, facendo in modo che quel gene
codifichi quella determinata proteina. Possono anche regolare geni che sono lontani da loro.

OPERONI

Gli operoni vengono definiti unità di trascrizione, si trovano dentro il genoma batterico nel dna.

Contengono geni( da 3 a 7) che fanno parte della stessa via metabolica.

Struttura: Comincia con un promotore, che è una sequenza di dna a cui si andrà a legare l’RNApolimerasi. Poi
abbiamo un operatore, ovvero un sito di regolazione a cui si possono legare due tipi di molecole. Queste sue
molecole possono essere o un repressore, o un attivatore. Se all’operatore di va a legare un repressore , impedisce
all’RNApolimerasi di trascrivere i geni, mentre se si lega un attivatore RNAp può iniziare la sua trascrizione.

Poi abbiamo i geni strutturali, che possono essere appunto da 3 a 7.

Poi abbiamo un terminatore che indica la fine dell’operone.

Il repressore è regolato ulteriormente, ovvero a quest’ultimo si possono andare a legare altre due molecole. Una di
queste è il corepressore. Se questa di lega al repressore, viene attivato e quindi si va a legare all’operatore e
bloccherà la trascrizione dei geni strutturali.

Se al repressore si va a legare un induttore, l’induttore inattiva il repressore impedendogli di legarsi all’operatore e

quindi avverrà tranquillamente la trascrizione. Talvolta quando linduttore si va a legare al repressore può succedere
che si vada a staccare dall’operatore se questo si è già legato.

Per questo esistono due tipi di operoni:

⁃ inducibili, fanno parte delle vie cataboliche, quindi contengono geni che codificano per enzimi che
degraderanno di qualche prodotto. Un classico esempio di operoni inducibile è operone lac( lattosio).

⁃ Reprimibili, fanno parte delle vie anaboliche, quindi contengono geni che codificano per enzimi che
portano alla sintesi di qualche prodotto. Un esempio di reprimibile è operone Trp(triptofano).

NELL’OPERONE Lac sono contenuti 3 geni strutturali, Lac z, lac y e lac a che codificano per tre enzimi:
betagalattoisidasi, permeasi, transacetilasi che vanno a digerire il lattosio.

Si parte dal lattosio che è uno zucchero. Ai batteri piace molto lo zucchero come fonte di energia, di solito però si usa
glucosio. Se è assente il lattosio il lac è inattivo e non avvera la sintesi.

Quindi all’operone sarà legato un repressore.

In presenza di lattosio, se il batterio vuole sopravvivere dovrà digerire il lattosio, e per fare questo avrà bisogno dei tre
enzimi sintetizzati. Il lattosio stesso funge da induttore. Quindi il lattosio si lega al repressore, quest’ultimo si stacca
dall’operatore e viene inattivato, quindi l’RNAp va a trascrivere e tradurre i geni strutturali in enzimi beta, perm e
transa che vanno a digerire il lattosio. Una volta che il lattosio è finito, ovviamente non c’è più nemmeno l’induttore,
quindi il repressore non può essere legato dall’ induttore e quindi si riattiverà.

NELL’OPERONE Trp sono tipici delle vie anaboliche, contiene 5 geni strutturali che vanno a sintetizzare gli enzimi che
porteranno alla sintesi del triptofano.

Il triptofano funge da corepressore, che lega il repressore e lo attiva, che di conseguenza si lega all’operatore e va a
bloccare la sintesi del triptofano stesso.

Questo è un esempio di feedback negativo. Quando il triptofano si esaurirà non fungerà più da corepressore di
conseguenza non si legherà più al repressore, quindi quest’ultimo sarà inattivato e di conseguenza l’operatore sarà
libero di ritrascrivere i geni strutturali che andranno poi a sintetizzare gli enzimi per la produzione del triptofano.

COLTIVAZIONE DEI BATTERI

I batteri sono caratterizzati dalla capacità di dividersi velocemente e da qui si dividono in maniera esponenziale.

Terreni di coltura si dividono in terreni liquidi e terreni soliti:

⁃ i terreni liquidi vengono messi in provette, sigillate

⁃ I terreni solidi invece si utilizzano piastre petri. Si versa il terreno liquido e si aggiunge l’Agar, che ha
una consistenza gelatinosa che permette di solidificarsi un po’. L’Agar deriva da un’alga

Un terreno di coltura si divide in terreni minimi(presente l’essenziale): deve contenere una fonte di carbonio
(zucchero, glucosio), devono essere presenti nutrienti che contengono azoto e fosforo e poi vitamine e ioni.

Su un terreno minimo crescono batteri definiti selvatici, cioè batteri che non hanno nessun tipo di mutazioni quindi si
producono da soli sostanze di cui hanno bisogno.

I batteri mutanti nutrizionali, ovvero hanno una qualche mutazione che impedisce loro di prodursi un qualche
nutriente. I batteri mutanti per crescere hanno bisogno di un terreno arricchito.

Ovvero siamo noi ad aggiungere il nutriente che il batterio non è in grado di produrre al terreno, per questo si chiama
terreno arricchito.

TRASFERIMENTO GENICO DEI BATTERI

Il trasferimento genico è legato ad un concetto di variabilità genetica. Ovvero porta al suo aumento.

Nell’uomo un esempio è il crossing-over, dove c’è uno scambio di DNA tra i cromosomi, e questo porta per esempio a
non far essere uguali due fratelli.

Il trasferimento genico bei batteri porta ad un aumento di variabilità genica, perché consiste nel trasferire un pezzo di
DNA da un batterio a un altro, il batterio che riceve il pezzo ha acquisito nuovi geni che prima non aveva e quindi ci
sarà maggiore variabilità

Esistono tre tipi:

⁃ coniugazione, abbiamo un trasferimento diretto di DNA da un batterio ad un altro. Prendono

contatto e il DNA passa direttamente

⁃ Trasformazione, un batterio incorpora il DNA presente su un terreno di coltura

 ⁃ Trasduzione, un batterio acquisisce del DNA nuovo, ma il mezzo di trasporto è rappresentato da un
batteriofago

LA CONIUGAZIONE

Abbiamo due cellule batteriche dove sono presenti due genoma batterici è in uno un plasmide, che prende il nome di
fattore F(fertilità).

Solo una cellula possiede il fattore F che viene definita F+ ed è quella donatrice, quella senza fattore F viene definita
F- ed è la cellula ricevente.

Il primo passo è la formazione di un pilo sessuale, ovvero un’estroflessione che si forma nella cellula donatrice e che
si fonde con la cellula ricevente, quindi diventano in contatto tra di loro grazie a questo ponte.

Dopo che si è formato il pilo, un filamento del plasmide passa dalla F+ alla F- e non appena avvenuto il passaggio, sia
nella cellula donatrice che in quella ricevente il filamento si duplica in maniera tale che in entrambe le cellule
abbiamo un plasmide a doppio filamento(completo). A questo punto la F- diventa F+ e quindi adesso abbiamo due
cellule donatrici.

passa quasi sempre il plasmide perché è più piccolo a differenza del genoma.

I batteri molto spesso conferiscono resistenza agli antibiotici, come ed esempio il fattore R. Questa resistenza se la
possono trasmettere tra di loro.

Cellula HFR (cellula ad alta frequenza di ricombinazione) si forma quando all’interno della cellula batterica il genoma
si va a ricombinare con il fattore F.

Quando una cellula HFR va incontro a coniugazione:

Cellula HFR è la cellula donatrice(F+).

Per primo si viene a creare il pilo sessuale, poi un filamento del genoma, ovvero un piccolo tratto passa nella cellula
F-.

Quindi quando avviene il passaggio di un frammento di DNA none detto che passi tutto il dna ma solo una piccola
parte. Una volta che questo frammento è entrato nella cellula ricevente si va a ricombinare con il genoma della
cellula ricevente ma non si formerà una cellula F+ perché non passa tutto il plasmide.. Dipende da quale parte di
filamento passa alla cellula ricevente. Non passandoci tutto il plasmide non diventa F+ ma rimane f-, perché
dovrebbe avere tutto il plasmide della cellula donatrice

La coniugazione è stata scoperta grazie ad un esperimento fatto da degli scienziati, prendendo dei mutanti
nutrizionali. Più specificamente due ceppi:

⁃ y10 produce 3 amminoacidi che y24 non produce, ma non produce quelli che riesce a produrre y24

⁃ Y24 produce amminoacidi che l’altro ceppo non produce. Ma non riesce a produrre quello che y10
produce.

Ciascuno di questi ceppi fu piastrati su due terreni minimi. Succedeva che se venivano separati non producevano
niente. Poiché non avevano le sostanze necessarie.
Se invece venivano mischiati e piastrati su un terreno minimo si producevano colonie batteriche, e quindi si accorsero
che si creavano batteri selvatici, quindi i batteri hanno preso contatto e si sono scambiati del materiale genetico.

LA TRASFORMAZIONE

Utilizzata nellingegneria genetica 🧬.

Richiede dapprima l’acquisizione di dna nel terreno di cultura. Noi vogliamo far assumere il dna a un batterio. A
questo terreno quindi aggiungiamo un batterio, e non tutti sono idonei per la trasformazione.

Assumere dna non è così semplice. Per facilitare questo processo si deve rendere più porosa la membrana.

Per renderla più porosa su possono utilizzare varie tecniche come assunzione di sostanze chimiche, ma anche lo
shock termico. Grazie a questo il batterio acquisisce il dna.

La cellula che è stata in grado di assumere questo dna è chiamata cellula trasformata.

LA TRASDUZIONE

In questo caso è il compito di un batteriofago.

Come abbiamo visto nel ciclo litico, il batteriofago inserisce il dna virale nella cellula batterica e questo dna virale
porta alla degradaIone del dna della cellula ospite e lo sfrutto per replicarsi. Una volta replicato si formano le
particelle virali. Può capitare che all’interno del capside al posto del dna virale ci vada il dna batterico, per questo si
crea il fago trasducente, inserendo quindi nell’ospite il dna di un batterio e non di un virus. Per questo avvera
ricombinaIone e quindi questo batterio ha ricevuto nuovo dna batterico, quindi prende il nome di cellula trasducente.

TRASDUZIONE GENERALIZZATA: permette di trasferire qualsiasi tipo di gene

TRASDUZIONE SPECIALIZZATA: si possono trasferire solo alcuni geni che si trovano in punti specifici del cromosoma
batterica.

TRASPOSONI

Vengono anche detto elementi trasponibili e sono definiti( jumping gene). Sono degli elementi genetici mobili ,ovvero
delle porzioni/ sequenze di dna, che si possono spostare all’interno dello stesso cromosoma ma anche tra cromosomi
differenti.

Sono presenti sia nei procarioti che negli eucarioti quindi anche nel nostro corpo e sono il 45% del genoma
dell’’eucarioti.

Possono essere di due tipi:

 ⁃ Formate da sequenze di inserzione, ovvero sequenze che codificano per un enzima che si chiama
trasposasi, e va a tagliare il trasposone e lo inserisce da un’altra parte del dna. Quindi la trasposasi effettua la
trasposizioni ovvero il movimento del trasposone.

⁃ I trasposoni compositi, sono formati ai lati da sequenze di inserzione e al centro ha un gene specifico.

La trasposizione è il meccanismo mediante il quale il trasposone si sposta da una parte all’altra, e può essere di due
tipi:

⁃ trasposizione replicativa detta anche copia e incolla. In questo caso il trasposone viene copiato e poi
inserito in un altro cromosoma. È chiamata replicativa perché aumenta il numero dei trasposoni

⁃ Trasposizione non replicativa ed è del tipo taglia e incolla. Quindi taglia il trasposone e lo inserisce da
un’altra parte. In questo caso il numero delle copie del trasposone non aumenta.