Esercizi Verifica 3

Problema 1
Dato un filamento singolo di DNA ... 5’-GCATTGACCGATCGT-3’ … si costruisca la catena di DNA
complementare rispettando la direzione di crescita del filamento neosintetizzato.

Problema 2
Dato un filamento singolo di DNA ... 3’-TATGCAGTCAGGTTTGCC-5’ … si costruisca la catena di DNA
complementare rispettando la direzione di crescita del filamento neosintetizzato.

Problema 2b
Nel disegno sottostante è indicato un filamento di DNA che funge da stampo e un oligonucleotide primer,
dal quale ha inizio la sintesi del filamento complementare. Indicare il risultato della sintesi, tenendo
presenti le caratteristiche della DNA polimerasi.
5’-AGGTCAGGCCTTTAGCCGTTCCCGATCGATACCGCG-3’
3’-CGGCAAGGG-5’

Problema 3
Se in una molecola di DNA a doppia elica le molecole di guanina + citosina costituiscono il 70% del numero
totale delle basi azotate, qual è la percentuale delle molecole di guanina, timina, citosina e adenina?

Problema 4
Se in una molecola di DNA a doppia elica le molecole di guanina costituiscono il 30% del numero totale
delle basi azotate, qual è la percentuale delle molecole di timina, citosina e adenina?

Problema 5
Se su un filamento di DNA il rapporto (A+G)/(T+C) è 0,4, qual è il valore dello stesso rapporto sul filamento
complementare?

Problema 6
Il codone 5’ GCA 3’ da quale sequenza di DNA è stato sintetizzato? Da quale anticodone è riconosciuto?
Qual’è la tripletta che, nel gene per il transfer RNA, viene trascritta nell’anticodone?

Problema 6b
Nel disegno sottostante è indicato un filamento di DNA che funge da stampo e l’inizio del filamento
trascritto complementare. Indicare il risultato della sintesi, tenendo presenti le caratteristiche della RNA
polimerasi.
5’-AGGTCAGGCCTTTAGCCGTTCCCGATCGATACCGCG-3’
3’-CGGCAAGGG-5’
Problema 7
Quale sequenza di DNA potrebbe essere lo stampo (templato) per una molecola di RNA di sequenza
5' CGACCUACGGACU 3'
Problema 7b
Negli anni ’60 del secolo scorso, il gruppo di Niremberg ha utilizzato polinucleotidi sintetici ripetitivi in
esperimenti di sintesi proteica in vitro per decifrare il codice genetico. Conoscendo ora il codice, predire
quale tipo di polipeptidi poteva essere ottenuto utilizzando i seguenti polinucleotidi sintetici:
a) Poli(UC)n
b) Poli(AGA)n

Problema 8
Avete sintetizzato 3 RNA messaggeri differenti come polimeri casuali costituiti da una miscela di nucleotidi
nelle seguenti proporzioni:
a) 1 U : 5 C
b) 1 A : 1 C : 4 U
c) 1 A : 1 C : 1 G : 1 U
Indicate quali amminoacidi, e in quali percentuali, saranno presenti nei polipeptidi prodotti da ciascuno
degli mRNA in un sistema per la sintesi proteica in vitro.

Problema 9
Una catena polipeptidica codificata dall’allele normale di un gene è lunga 25 amminoacidi; è possibile
prevedere la lunghezza di una catena polipeptidica se nel gene che la codifica c’è stata la delezione di una
singola base? E se c’è stata la delezione di 3 basi fra loro adiacenti il cui codone corrispondente non sia di
STOP? È possibile che in seguito alla sostituzione di una base entro un gene la corrispondente catena
polipeptidica abbia una lunghezza diversa?

Problema 10
Data la sequenza iniziale di un gene:
5’ – AUG GGG CAC AUC GUG CAA – 3’
a) Indicare la sequenza polipeptidica codificata;
b) Quali conseguenze ha una mutazione che ha sostituito la sesta base da G a U, come indicato qui
sotto?
5’ – AUG GGU CAC AUC GUG CAA – 3’
c) Quali conseguenze ha una delezione della settima base, come indicato qui sotto?
5’ – AUG GGG ACA UCG UGC AA – 3’

Problema 11
In che proporzione si hanno sostituzioni sinonime (same sense), non sinonime (missense) e non senso
(nonsense) se si sostituiscono a caso nel seguente gene batterico le basi della tripletta corrispondente al
quarto aminoacido del polipeptide codificato da esso? Di quanti amminoacidi è costituito il polipeptide
codificato da questo gene?

5’TTCAAAGTTCAAGCGATCCGCGGCATATCT3’

Problema 12
Una singola mutazione in corrispondenza dell’anticodone di un tRNA per l’arginina (Arg) rende questo gene
soppressore esterno di una mutazione nonsenso.
a) in quali tripletta può avvenire la mutazione?
b) quale sostituzione di base e in quale posizione deve avvenire?
Problema 13
Di quanti amminoacidi è composta la catena polipeptidica codificata da un gene batterico il cui
mRNA è riportato di seguito?
5’ CAUGAGGAGGUGCGUAUAUGCCACGCUGGUUGUAUAGCUAAGUGAGCCAUUAA3’
Di quanti amminoacidi è composta la catena polipeptidica, se viene inserita una base nel DNA in una
posizione corrispondente a quella compresa tra la 29° e la 30° base dell’mRNA, a partire dall’estremità 5’? E
se viene deleta una base nel DNA corrispondente alla 36° base dell’mRNA? E se avviene una sostituzione di
base per transizione nel DNA in corrispondenza della 29° base del’mRNA? E se avviene una sostituzione di
base per transizione nel DNA in corrispondenza della 39° base del’mRNA?

Problema 14
Dato il DNA messaggero del batterio E. coli
5'-CTATTCTAGCGGGCTACTTACCTTTAAATCCCATGACCTGAAACCTCCTCATG-3'
3’-GATAAGATCGCCCGATGAATGGAAATTTAGGGTACTGGACTTTGGAGGAGTAC-5’
a) Determinare la lunghezza della proteina codificata dal gene selvatico.

Problema 15
Se si seminano 16.000 batteri in tutto in 16 capsule di un ceppo incapace di crescere in assenza
dell’aminoacido lisina e se nel terreno di coltura non è presente la lisina, osservo rispettivamente 0, 2, 0, 0,
1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0 colonie di batteri. Qual è la frequenza di retromutazione, da lys- (incapacità di
crescere in assenza di lisina) a lys+ (capacità di crescere in assenza di lisina) nella popolazione batterica?

Problema 16
A partire da una singola cellula, attraverso successive divisioni mitotiche, si è costituita, dopo 11
generazioni cellulari, una popolazione di 2048 cellule, come conseguenza del fatto che ogni cellula derivata
da una mitosi si divide a sua volta in 2 cellule della generazione successiva; se è comparsa una mutazione
alla 5° generazione, qual è il tasso di mutazione (numero di mutazioni per mitosi)? Qual è la frequenza di
questa mutazione all’11° generazione?
RISPOSTE agli esercizi della verifica 3

Problema 1. Risposta: Vecchio filamento 5’-GCATTGACCGATCGT-3’

Nuovo filamento 3’-CGTAACTGGCTAGCA-5’  replicato in direzione 5’- 3’

Problema 2. Risposta: Vecchio filamento 3’-TATGCAGTCAGGTTTGC-5’

Nuovo filamento 5’-ATACGTCAGTCCAAACG-3’  replicato in direzione 5’- 3’

Problema 2b. Risposta: il filamento si allunga in direzione 5’3’

5’-AGGTCAGGCCTTTAGCCGTTCCCGATCGATACCGCG-3’
3’-TCCAGTCCGGAAATCGGCAAGGG-5’

Problema 3. Risposta: G 35%, C 35%, A 15% e T 15%,

Problema 4. Risposta: T 20%, C 30%, A 20%.

Problema 5. Risposta: 2,5

Poiché il rapporto purine/pirimidine sul primo filamento è 0,4, sul filamento complementare lo stesso
rapporto sarà pari all’inverso di quello calcolato sul primo filamento. Quindi: 1:0,4=2,5

Problema 6. Risposta:1) 5’TGC3’; 2) 5’UGC3’; 3)5’GCA3’

Spiegazione: ad ogni passaggio in cui vi sia una sintesi di una catena polinucleotidica (replicazione del DNA
o trascrizione dell’RNA) il filamento neoformato è complementare e antiparallelo (con polarità opposta)
rispetto al filamento stampo; inoltre, per qualsiasi appaiamento di filamenti polinucleotidici i 2 filamenti
appaiati devono essere complementari e antiparalleli.

Problema 6b. Risposta: il filamento si allunga in direzione 5’3’

5’-AGGTCAGGCCTTTAGCCGTTCCCGATCGATACCGCG-3’
3’-UCCAGUCCGGAAAUCGGCAAGGG-5’

Problema 7: Risposta 5’ AGTCCGTAGGTCG 3’

Nella sintesi di una catena polinucleotidica il filamento neoformato è complementare e antiparallelo. [NB
Nel filamento stampo (DNA) è presente la T al posto della U]

Problema 7b. Risposta: a) Ser-Leu-Ser-Leu-…; b) poli-arg oppure poli-glu oppure poli-lys.

Spiegazione: Tenendo presente che in esperimenti di sintesi proteica in vitro non ci sono punti di inizio
predefiniti, i polinucleotidi vengono tradotti a partire da qualunque punto e la traduzione prosegue fino alla
fine del trascritto, in direzione 5’3’. Gli amminoacidi incorporati nel peptide saranno quelli codificati dalla
sequenza, leggendo le triplette in modo continuo.
a) mRNA sintetico: 5’-UCUCUCUCUCUCUCUCUC-3’
Le possibili letture sono UCU CUC UCU CUC UCU CUC, che codifica per un polipeptide ripetitivo
formato dagli amminoacidi ser-leu-ser-leu-ser-leu, se inizia dal primo nucleotide. Se l’inizio fosse
dalla seconda base, avremmo CUC UCU CUC UCU CUC e il polipetide leu-ser-leu-ser-leu -, se
iniziasse dalla terza di nuovo UCU CUC UCU CUC UCU e quindi ser-leu-ser-leu-ser. Il risultato della
sintesi in vitro è quindi un polipetide ripetitivo formato da serine e leucine alternate.
b) mRNA sintetico: 5’-AGAAGAAGAAGAAGAAGA-3’
Le possibili letture sono AGA AGA AGA AGA AGA AGA che codifica per un polipeptide ripetitivo
formato dal solo amminoacido arginina; se l’inizio avvenisse dalla seconda base, avremmo
 GAA GAA GAA GAA GAA per una sequenza di amminoacidi glu; se l’inizio avvenisse dalla terza base,
avremmo AAG AAG AAG AAG per una sequenza ripetitiva di amminoacidi Lys. A partire dalla quarta
base si ritorna da capo.

Problema 8. Risposta: a) Phe 6/216, Ser 30/216, Leu 30/216 e Pro 150/216
Spiegazione del punto a):
L’mRNA sintetico avrà una composizione in triplette che rispecchierà la proporzione di nucleotidi utilizzata.
Quindi, poiché la probabilità di avere un ribonucleotide U è di 1/6 e un ribonucleotide C di 5/6, le triplette
formate da U e C avranno la seguente probabilità:

UUU Probabilità (1/6 x 1/6 x 1/6) = (1/6)3 =1/216 CODIFICA PER Phe
UUC Probabilità (1/6 x 1/6 x 5/6) = (1/6)2 X 5/6 = 5/216 CODIFICA PER Phe
UCU Probabilità (1/6 x 5/6 x 1/6) = (1/6)2 X 5/6 = 5/216 CODIFICA PER Ser
CUU Probabilità (5/6 x 1/6 x 1/6) = (1/6)2 X 5/6 = 5/216 CODIFICA PER Leu
UCC Probabilità (1/6 x 5/6 x 5/6) = (1/6)2 X 5/6 = 25/216 CODIFICA PER Ser
CUC Probabilità (5/6 x 1/6 x 5/6) = (5/6)2 X 1/6 = 25/216 CODIFICA PER Leu
CCU Probabilità (5/6 x 5/6 x 1/6) = (5/6)2 X 1/6 = 25/216 CODIFICA PER Pro
CCC Probabilità (5/6 x 5/6 x 5/6) = (5/6)2 X 1/6 = 125/216 CODIFICA PER Pro

Il polipeptide prodotto da questo mRNA sarà formato dai seguenti amminoacidi nelle seguenti proporzioni:
Phe 1/216 + 5/216 = 6/216
Ser 5/216 + 5/216 = 30/216
Leu 5/216 + 25/216 = 30/216
Pro 25/216 + 125/216 = 150/216

Le risposte ai punti b) e c) seguono lo stesso ragionamento.

Problema 9. Risposta: 1) no; 2) si; 3) si.

Spiegazione: 1) la delezione di una singola base può portare alla formazione di una catena polipeptidica più
corta, se tra le nuove triplette presenti nel gene in seguito allo slittamento della cornice di lettura dei
codoni a valle della delezione è presente una tripletta di stop; se questo non è avvenuto e in
corrispondenza della tripletta di stop originaria si è formata una tripletta che codifica per un aminoacido, si
ottiene una catena polipeptidica più lunga; 2) la delezione di 3 basi adiacenti cui non corrisponde un
codone di STOP produce semplicemente l’accorciamento di 1 aminoacido della catena polipeptidica, da 25
a 24; 3) se una sostituzione di base in una tripletta che codifica per un aminoacido porta alla formazione di
una tripletta di stop, allora si produrrà una catena più corta; se una sostituzione di base nella tripletta di
stop porta alla formazione di una tripletta che codifica per un aminoacido, allora si produrrà una catena più
lunga .

Problema 10. Risposta

a) 5’ – AUG GGG CAC AUC GUG CAA – 3’
Met-Gly-His-Ile-Val-Glu

b) Mutazione silente -> 5’ – AUG GGU CAC AUC GUG CAA – 3’

Met-Gly-His-Ile-Val-Glu

c) Gli amminoacidi a valle della mutazione cambiano:

5’ – AUG GGG ACA UCG UGC AA – 3
Met-Gly-Thr-Ser-Cys-

Problema 11. Risposta: 1) 2 sinonime: 7 non sinonime: 0 senza senso; 2) 5

Spiegazione: “Leggendo” la sequenza 5’-> 3’ non si trova nessun codone d’inizio, quindi la sequenza
codificante deve essere sul filamento complementare. “Leggendo” a partire dall’estremità 3’ si trova una
tripletta (3’TAC5’), complementare al codone di inizio trascrizione (5’AUG3’), evidenziato in azzurro; le
triplette successive, procedendo verso sinistra, sono evidenziate con colori diversi; la tripletta 3’ACT5’,
complementare al codone di STOP 5’UGA3’, è evidenziata in giallo; dunque, tenendo conto che al codone di
inizio trascrizione corrisponde l’aminoacido metionina (met) e che al codone non senso non corrisponde
alcun aminoacido, il polipeptide è costituito di 5 aminoacidi. La tripletta evidenziata in verde (3’TAG5’) è
complementare al codone che viene tradotto nel 4° aminoacido (5’AUC3’ -> ile=isoleucina); se si consulta la
tabella del codice genetico, effettuando le 3 sostituzioni possibili nella 1° base (1° colonna, 3° posizione), le
3 possibili nella 2° base (3° riga, 3° posizione) e le 3 possibili nella 3° base (1°, 2° e 4° posizione nello stesso
quadrato), si verifica facilmente il rapporto 2:7:0. Si ricorda che nella sintesi dei polinucleotidi (replicazione
del DNA e trascrizione dell’RNA) il filamento nuovo cresce in direzione 3’ e che è complementare e con
polarità 5’->3’ opposta rispetto al filamento stampo e che filamenti polinucleotidici appaiati (codone-
anticodone, i 2 filamenti della dopia elica di DNA) sono complementari e con polarità 5’->3’ opposta
5’TTCAAAGTTCAAGCGATCCGCGGCATATCT.3’
3’AAGTTTCAAGTTCGCTAGGCGCCGTATAGA5’

Problema 12. Risposta: 1: a) 5’TCT3’, 5’TCG3’; b) T->A all’estremità 3’ nella 1° tripletta, G->A all’estremità 3’
nella 2° tripletta.
Spiegazione: dei 3 codoni non senso (5’UAA3’, 5’UAG3’, 5’UGA3’) solo 5’UGA3’ condivide 2 basi con alcuni
codoni per l’arginina; dei 6 codoni per l’arginina (5’CGU3’, 5’CGC3’, 5’CGA3’, 5’CGG3’, 5’AGA3’ e 5’AGG3’)
solo 5’CGA3’ e 5’AGA3’ condividono 2 basi con il codone non senso 5’UGA3’, quindi solo questi 2 codoni
possono mutare in un codone non senso, di stop, con una singola sostituzione di base; le corrispondenti
triplette nel DNA sono 5’TCT3’ e 5’TCG3’; la tripletta “mutata” complementare al codone non senso è
5’TCA3’, quindi la sostituzione di T o G con A all’estremità 3’ nel DNA porta a una mutazione non senso.

Problema 13. Risposta: 7; 6; 8, 3, 11.

Spiegazione: “Leggendo” a partire dall’estremità 5’ il filamento polinucleotidico dell’mRNA originario, si
trova prima la sequenza “Shine-Dalgarno” (la regione di ogni mRNA procariotico grazie alla quale un
ribosoma riesce ad ancorarsi ad esso in modo da iniziare la traduzione nella corretta fase di lettura),
evidenziata in giallo, e poi il codone di inizio trascrizione (5’AUG3’), evidenziato in azzurro; le triplette
successive sono evidenziate alternativamente in verde e in fucsia; la tripletta 5’UAA3’, codone di STOP, è
evidenziata in grigio; da questo si ricava il numero degli aminoacidi (7), ricordando che al codone di inizio
trascrizione corrisponde l’aminoacido metionina (met) e che al codone non senso non corrisponde alcun
aminoacido.
5’ CAUGAGGAGGUGCGUAUAUGCCACGCUGGUUGUAUAGCUAAGUGAGCCAUUAA3’
Se si inserisce una base qualsiasi (X) tra il 29° e il 30° nucleotide si sposta la cornice di lettura dell’mRNA e si
ottiene una nuova tripletta di stop (5’UAG3’), evidenziata in grigio, e un polipeptide più corto di un’unità (6
aminoacidi).
5’ CAUGAGGAGGUGCGUAUAUGCCACGCUGGXUUGUAUAGCUAAGUGAGCCAUUAA3’
Se alla molecola originaria si sottrae l’Adenina in 36° posizione, nell’mRNA risultante, in cui il posto in cui è
avvenuta la delezione è contrassegnato da *, si ottiene una nuova tripletta di stop (5’UGA3’), evidenziata in
grigio, e un polipeptide più lungo (8 aminoacidi).
5’ CAUGAGGAGGUGCGUAUAUGCCACGCUGGUUGUAU*GCUAAGUGAGCCAUUAA3’
Se si ha una sostituzione di base per transizione in 29° posizione (G->A), contrassegnata con l’asterisco, la
tripletta 5’UGG3’ diventa 5’UGA3’, cioè un codone di STOP e si ottiene un polipeptide più corto, di 3
aminoacidi.
5’ CAUGAGGAGGUGCGUAUAUGCCACGCUGA*UUGUAUAGCUAAGUGAGCCAUUAA3’
Se si ha una sostituzione di base per transizione in 39° posizione (U->C), contrassegnata con l’asterisco, la
tripletta 5’UAA3’, che è un codone di STOP, diventa 5’CAA3’, cioè un codone della glutammina , mentre la
prima tripletta di STOP “in fase è 5’UAA3’, alla fine della molecola indicata e si ottiene così un polipeptide
più lungo, di 11 aminoacidi.
5’ CAUGAGGAGGUGCGUAUAUGCCACGCUGGUUGUAUAGCCAAGUGAGCCAUUAA3’
Problema 14. Risposta: 6
Spiegazione: La sequenza “Shine-Dalgarno” la troviamo sul filamento inferiore (evidenziata in giallo). Quindi
a partire dal primo codone 5’ATG3’ (AUG nell’mRNA), in azzurro, contiamo 6 aminoacidi, evidenziati
alternativamente verde e fucsia, prima di incontrare il codone di STOP 5’TAG3’ (UAG nell’mRNA)
N.B. La lettura del filamento inferiore va sempre fatta 5’ -> 3’ (da destra a sinistra)

5'-CTATTCTAGCGGGCTACTTACCTTTAAATCCCATGACCTGAAACCTCCTCATG-3'
3’-GATAAGATCGCCCGATGAATGGAAATTTAGGGTACTGGACTTTGGAGGAGTAC-5’

Problema 15. Risposta: 1/2000.

Spiegazione: si chiama retromutazione la mutazione inversa rispetto a quella che da un allele normale,
funzionante (detto anche “selvatico”), porta a un allele anormale; quindi è una mutazione che porta da un
allele anormale (lys-) a quello normale (lys+). La frequenza di mutazione è pari alla frequenza relativa degli
individui mutanti rispetto alla popolazione complessiva; nel nostro caso 8 cellule retromutanti su 16.000.

Problema 16. Risposta: 1) 1/2047; 2) 1/32.

Spiegazione: il numero di mitosi che avvengono in n generazioni a partire da una cellula, sapendo che da
ogni cellula “madre” hanno origine 2 cellule “figlie” è pari a 2n-1; essendo 211=2048, ed essendoci 1 solo
evento mutazionale, si spiega la risposta 1. Se non avvengono altre mutazione, e se tutte le cellule, sia
normali che mutate, sopravvivono e proliferano con pari efficienza, la frequenza relativa di cellule mutanti
alla 10° generazione (64/2048) è uguale a quella della 5° generazione (1/32), come si vede facilmente
semplificando la frazione.