Organizzazione del genoma umano

1. Generalità
Nelle nostre cellule ci sono due tipi di genomi, a seconda della compartimentalizzazione:
 Genoma mitocondriale;
 Genoma nucleare: organizzato in 22 coppie di autosomi numerati dal più grande al più piccolo,
anche se in realtà il cromosoma più piccolo non è il 22, ma il 21.

1.1 La composizione del genoma umano:

1. Elementi trasponibili (45% - n° non preciso). Se un trasposone si è inserito nel genoma umano 50
milioni di anni fa, questo trasposone è mutato e può essere che oggi non siamo più in grado di
riconoscerlo. I trasposoni li riconosciamo grazie all’omologia di sequenza. Infatti, si possono vedere
molti elementi simili uno all’altro dispersi nel genoma.
2. Eterocromatina composta da DNA satellite (6,5% - n° preciso);
3. DNA costituito da sequenze codificanti (1,1% - n° preciso)
4. Geni che trascrivono per RNA non codificante (4%)
5. Altre sequenze (44%).

1.2 Come si fa ad identificare le regioni codificanti?

Due metodi principali:
1. È necessario che ci sia un ORF. Questo è il metodo principale, anche se non unico.
2. Se vengono identificati dei geni funzionali in un’altra specie, si può andare a vedere se nel genoma
umano si trovano delle sequenze ortologhe. Se le trovo, posso ipotizzare che anche questa/e
sequenza/e che ho trovato nell’uomo sia codificante, così come lo è nella specie in cui è stata
identificata.
1.3 Confronto tra genoma umano e mitocondriale

2. DNA ripetitivo
Il DNA ripetitivo comprende:

 trasposoni,
 duplicazioni segmentali,
 microsatelliti,
 minisatelliti
 DNA satellite.

2.1 Trasposoni umani

Sono anche chiamati ‘’ripetizioni intersperse’’. Nel genoma umano, sostanzialmente ci sono
sostanzialmente 4 grandi classi di trasposoni, 3 di queste classi sono di tipo retrotrasposoni (intermedio a
RNA):
 LINEs (retrotrasposoni);
I retrotrasposoni per trasporsi passano attraverso un
 SINEs (retrotrasposoni); intermedio a RNA. La trasposizione di tutti gli elementi
 Elementi simili ai retrovirus (retrotrasposoni); retrotrasponibili è di tipo conservativo (copia-incolla).
Questo significa che alla fine si avrà una copia del
trasposone nella posizione di partenza e una nuova
copia (grazie alla retrotrascrizione) in un’altra
localizzazione
  Trasposoni a DNA. → I trasposoni a DNA invece non usano l’intermedio a RNA per la loro
trasposizione. I trasposoni a DNA hanno un tipo di trasposizione con meccanismo taglia-incolla. Il
trasposone si trova inizialmente in una certa posizione del genoma e poi si sposta in un’altra
posizione

① LINE
I LINEs sono retrotrasposoni autonomi che hanno una lunghezza di 6-8 mila basi. Hanno un promotore
interno all’elemento (per la RNApol2), così quando si traspongono se lo portano dietro, senza perderlo.
Hanno due ORF che codificano per due proteine diverse:
 Una proteina di legame all’RNA
 Una proteina ha due funzioni in quanto è sia una endonucleasi che una trascrittasi inversa.
Il LINE viene trascritto dalla RNApol2 della cellula e poi, per
potersi inserire nel genoma, deve usare l’endonucleasi, la quale
taglia il DNA bersaglio in modo sfalsato. L’RNA prodotto per
trascrizione deve essere retrotrascritto in DNA per essere inserito nella nuova localizzazione. Il
retrotrascritto di DNA si inserisce a livello di questo taglio e poi avviene la saldatura della doppia elica che
porta la LINE ad essere fiancheggiata da due porzioni duplicate, ovvero delle ripetizioni dirette (con lo
stesso orientamento). Dopo che è avvenuta la trascrizione del LINE, può accadere (ed accade spesso) che la
retrotrascrizione dell’RNA si arresti prima di raggiungere il 5’. Quindi nella maggior parte dei casi si creano
degli RNA incompleti, mancanti della porzione al 5’. Nella parte terminale delle LINE c’è una coda di poli-A
abbastanza lunga.
Esistono tante famiglie di LINE e nell’uomo ce ne sono 3: L1, L2 e L3. Di queste solo la L1 è attiva (viene
trascritta e retrotrascritta, quindi solo questa si traspone). SI è stimato che il numero di LINE L1 attive nel
genoma siano circa 100. Facendo riferimento unicamente alla linea germinale si può dire che Il livello di
trasposizione nell’uomo è basso. Invece nelle cellule somatiche ci può essere un livello di trasposizione
maggiore (ma non è rilevante dal punto di vista dell’ereditarietà).

② SINE
Sono elementi non autonomi (sfruttano gli elementi prodotti dai LINE), più corti dei LINE, di circa 100-400
basi, ce ne sono di diverse classi, alcuni sono derivati evolutivamente da RNA transfer (infatti spesso
contengono un promotore interno per la RNApol3). Hanno un poli-A terminale. Anche in questo caso, come
nelle LINE, si hanno duplicazioni dirette del bersaglio nel momento in cui si traspongono.
Nel genoma umano ci sono 2 classi principali di SINE:
 i MIR (Mammalian Interspersed Repeats), che hanno cominciato a trasporsi molto tempo fa;
 Gli elementi Alu: Gli Alu si sono sviluppati qualche decina di milioni di anni fa a partire da un RNA
come il 7SL (questo è un piccolo RNA che fa parte di un complesso ribonucleoproteico che si
chiama particella di riconoscimento del segnale, il quale è un complesso che aiuta la traslocazione
delle proteine nascenti nel reticolo endoplasmatico). Nello specifico le Alu sono dei dimeri di RNA
7SL, i cui monomeri sono separati da una regione interna ricca in adenina, che si è evoluto nel corso
del tempo.
La trascrizione dell’elemento termina in corrispondenza del primo stretch utile di poly-T nel
genoma a valle dell’elemento Alu (figura A)

L’inserzione inizia in corrispondenza di un taglio (catalizzato dalla endonucleasi di L1) ad un

sito poli-T nel genoma che viene utilizzato come innesco della sintesi del cDNA (figura C).

Alu è l’elemento SINE più attivo (e polimorfico) nell’uomo.

③ HERV – Retrovirus umani endogeni
Sono dei retrovirus (ovvero virus a RNA che normalmente sfruttano la trascrizione inversa per inserirsi nel
DNA dell’ospite). Quelli che troviamo nel nostro genoma (8%) sono retrovirus che milioni di anni fa si sono
inseriti nel genoma nella linea germinale (perché se si fossero inseriti nella linea somatica non sarebbero
stati trasmessi alle generazioni successive) e che nel corso del tempo sono andati in contro a fissazione.
Hanno due elementi (LTR – Long Terminal Repeats) che sono ripetizioni dirette (non sono regioni bersaglio
sul genoma), ma fanno proprio parte del retrovirus endogeno. Qui ci sono gli elementi di controllo della
trascrizione dei geni. I più rilevanti sono al 5’. Queste LTR al 5’ e al 3’ sono tra loro molto simili, hanno
un’omologia di sequenza generalmente molto elevata.
Dato che
sono molto
simili tra di
loro, le LTR
possono
proprio fare ricombinazione. Se si fa un crossing over (C.O.) tra elementi che sono ripetuti in modo diretto
(con lo stesso orientamento nel genoma), succede che si perde la parte che è compresa tra i due elementi.
Rimane un unico LTR. Per questo motivo nel genoma umano ci sono tantissimi elementi che si chiamano
LTR solitari.

④ Trasposoni a DNA
Costituiscono il 3% del genoma umano, Possono essere autonomi o non autonomi a seconda della capacità
o meno di codificare per l’enzima
trasposasi che fa la trasposizione taglia-
incolla. Non c’è trasposizione nella linea
germinale. In genere quanto un elemento
traspone dipende da quanto è antico
l’elemento trasponibile. Uno
relativamente giovane ha capacità di
trasporsi man mano che si va indietro è
più facile che non sia in grado di trasporre.
I trasposoni a DNA possono diventare geni
importanti nel genoma umano (esempi nella slide: RAG1, RAG2, CENPB).
● Distribuzione per classi di età delle ripetizioni intersperse

In ascissa c’è la percentuale di sostituzione rispetto ad una sequenza di consenso. Gli elementi Alu hanno
una blocco di sequenze che differisce poco (5-6%) dalla sequenza consenso. Questo significa che da quando
si sono generate per trasposizione, hanno avuto poco tempo per accumulare differenze.

● Confronto con altri organismi

Divergenza più bassa ed
omologia più alta significa più
giovane mentre divergenza più
alta e quindi omologia più
bassa significa più vecchio. In
Drosophila c’è una grande
attività in termini di
trasposizione rispetto all’uomo.
● Variazione nella distribuzione delle ripetizioni intersperse nel genoma
La distribuzione dei trasposoni nel genoma non è omogenea, su chr2 ad esempio si vede una regione in cui
non ci sono quasi per niente trasposoni, la regione del cluster HoxD dell’uomo, importanti per lo sviluppo.
In ciascuna delle 4 classi di cluster di geni Hox ci sono pochissimi o zero trasposoni. Si è visto che l’eventuale
inserzione di trasposoni in questa regione è controselezionata perché in questa regione ci sta regolazione
dell’espressione genica concertata su una regione molto lunga.
Alcuni trasposoni sono più frequenti in regioni ricche in GC. Mentre altri sono più frequenti in regioni ricche
di AT. Dove c’è basso contenuto di GC i LINE1 sono più presenti, dove invece c’è un alto contenuto di GC
sono più presenti gli Alu.

2.2 Duplicazioni segmentali