BIOCHIMICA MEDICA

IL RIASSUNTO

ENZIMOLOGIA
Gli enzimi sono catalizzatori biologici che permettono alle vie metaboliche di
avvenire ad una velocità compatibile con la vita.
Modello chiave serratura → primo modello

Substrato generalmente molto più piccolo dell’enzima.

Metabolismo
Scambio di energia con reazioni redox: catabolismo con ossidazione e liberazione di
energia, anabolismo con riduzione.

Le classi principali sono metabolismo di glucidi, lipidi e proteine.

Cenni storici
1. Enzimologia originata dagli esperimenti di Pasteur → reazioni chimiche nelle
cellule di lievito (fermentazione zucchero), catalizzate dai “fermenti” + servono
cellule vive!
2. Enzima = “nel lievito” (suggerito da Kuhne, fisiologo tedesco)
3. Buchner → esperimento fondamentale per la biochimica, 1987 → non servono
cellule viventi per la fermentazione dello zucchero! L’agente responsabile lo
chiama “zimasi”.
4. 1908, Sir Garrod, pubblica resoconto su malattie metaboliche → nasce la
biochimica medica
5. 1949, Pauling, dimostra come un difetto di una proteina porti ad una malattia
(anemia falciforme) → nascita medicina molecolare
Successivamente degli americani isolano degli enzimi, scoprendo la natura proteica.
Prima cristallografia a raggi x, dopo la più veloce Cryo EM

Produzione proteine ricombinanti

Watson e Crick scoprono la struttura del DNA → si possono fare proteine in
laboratorio ora!
Si usa un plasmide, DNA circolare, che si taglia con enzimi di restrizione in punti
specifici. Si inserisce il gene e si mette il plasmide nella cellula, che produrrà
la proteina codificata nel gene.
Enzimi
Sono proteine che catalizzano, aumentano la velocità delle reazioni chimiche,
quindi cambia il tasso di trasformazione di reagente (substrato) in prodotto.

Sono catalizzatori talvolta molto specifici, talvolta generali.

Abbassano l’energia di attivazione della reazione, facendo superare questa barriera

a molte più molecole nell’unità di tempo.

Lo stato di equilibrio NON cambia, viene solo raggiunto prima.

Generalmente la velocità con gli enzimi è al max 109 volte quella normale (limite
teorico).

Gli enzimi NON sono consumati dalla reazione.

Valore di turnover tipico 100/s → catalizzano per ogni sito catalitico 100 reazioni
al secondo.
Hanno massa media rilevante, 100 kDa, mentre i substrati soliti sono sui 100/1000
Da. Il sito attivo è una piccola parte, gran parte dell’enzima serve alla
regolazione della sua attività.

Michaelis-Menten
1913, modello della cinematica degli enzimi.
A = reagente, S = substrato, B o P = prodotto

Nelle reazioni enzimatiche non c’è dipendenza lineare di v/[S] come nelle reazioni
chimiche, è un’iperbole che raggiunge Vmax.

Fase veloce e reversibile di formazione del complesso enzima-substrato

Fase lenta ed irreversibile: [ES] → [EP] → [P]
Per semplicità M&M assumono un unico complesso centrale ES che libera S con
bassissima probabilità; [ES] → [S] è insignificante.
M&M è valida solo per la velocità iniziale dell’enzima, prima che P si accumuli
troppo e renda la reazione inversa [ES] → [S] significativa.

Il Rate Limiting Step (RLS), cioè lo step che limita la velocità globale della
reazione è quello della formazione del prodotto.

Formulazione del rapido equilibrio in cui v1=v-1

Ricorda che vx=kx[Y][Z]

Riprendendo il RLS, la velocità di reazione enzimatica dipende da k2. Kcatalitica

=k2

La Vmax si ottiene con la saturazione dell’enzima: Vmax = K2 [E].

M&M esprimono [ES] in funzione della costante di equilibrio della reazione veloce e
presero in considerazione la costante di dissociazione della fase veloce della
reazione enzimatica