EPIGENETICA

Il genoma di un individuo è composto da una serie di geni che devono funzionare per fornire un
prodotto genico.
L’informazione presente nei geni non è detto che si manifesti, dipende dalle condizioni in cui
l’organismo si trova.
Negli ultimi anni recenti studi hanno identificato una nuova branca della genetica, chiamata
epigenetica che ci fa capire come pur avendo dei geni contenenti un’informazione, la loro
manifestazione può cambiare in base alla loro attivazione o disattivazione.
Tutti i meccanismi regolati dall’accensione o spegnimento di un gene rientrano nella branca
dell’epigenetica.
Epigenetica significa sopra/oltre il DNA, cioè otteniamo un’informazione oltre l’informazione
contenuta nel DNA.
L’epigenetica è definita come lo studio dei cambiamenti nell’espressione genica ereditabili da un
organismo che però non sono causati da cambiamenti nella sequenza del DNA.
Riguarda la manifestazione di espressioni complesse differenti a partire dallo stesso materiale.
“La differenza fra GENETICA ed EPIGENETICA può essere paragonata alla differenza fra leggere e
scrivere un libro.
Una volta scritto il libro, il testo (i geni o le informazioni memorizzate nel DNA) sarà identico in tutte
le copie distribuite al pubblico. Ogni lettore potrà tuttavia interpretare la trama in modo
leggermente diverso, provare emozioni diverse e attendersi sviluppi diversi man mano che affronta i
vari capitoli. Analogamente, l'epigenetica permette interpretazioni diverse di un modello fisso (il
libro o il codice genetico) e può dare luogo a diverse letture, a seconda delle condizioni variabili con
cui il modello viene interrogato.” Questo fu detto da Thomas Jenuwein.

Se il DNA durante una replicazione subisce una mutazione da C diventa T e nella progenie
successiva questa mutazione si fissa e diventa irreversibile.
Nell’epigenetica ha un vantaggio rispetto alla genetica classica: avendo la stessa sequenza la C non
viene mutata durante la replicazione ma viene alterata la sua espressione, per esempio viene
aggiunto un gruppo metilico.
Le cellule inizialmente sono totipotenti poi devono differenziarsi ma ciascuna cellula pur avendo lo
stesso genoma assume ognuna un differente fenotipo perché assume profili differenti di
espressione genica.
Per esempio, nel globulo
rosso il gene per
l’emoglobina è acceso
perché l’emoglobina è
necessaria nei globuli rossi
mentre nella linea cellulare
da cui si svilupperà l’occhio
non serve questo gene,
quindi c’è l’informazione
genetica ma è spento, la
stessa cosa vale per il
pancreas.
Questo vale anche a livello
temporale cioè sebbene i
geni siano presenti a livello
di qualunque stadio fenologico dell’organismo, soltanto in determinate situazioni fisiologiche è
necessario che si attivino.
Il genoma umano contiene in definitiva tutte le istruzioni per oltre 200 differenti tipi cellulari, il cui
processo di differenziamento viene denominato epigenesi.
È ora noto che tale processo coinvolge la regolazione differenziale dei geni e dei loro prodotti, in
stretta relazione con l’organizzazione fisica del DNA genomico e in relazione all’impacchettamento e
alle modificazioni della cromatina.
La cromatina è l’associazione tra DNA e proteine istoniche a formare il cromosoma.
Pertanto, mentre le cellule staminali evolvono normalmente verso il loro destino specifico, alcune
aree del relativo genoma (EPIGENOMA) vengono «spente o accese» (ON-OFF) dalle varie modifiche
epigenetiche.
Al procedere della divisione cellulare, il destino delle singole cellule viene controllato dall'utilizzo
selettivo dei geni.
La regolazione dei meccanismi epigenetici è correlata a malattie croniche quali il cancro, malattie
cardiovascolari e disordini mentali anche in risposta a stimoli ambientali.
Tra le malattie croniche ci sono l’insulino resistenza, diabete e obesità.
Tra i disordini mentali ci sono l’Alzheimer, disordini bipolari, schizofrenia e autismo.
I meccanismi di regolazione dell’espressione epigenetica più importanti sono:
 metilazione del DNA > cioè un nucleotide del DNA viene cambiato, di solito è la citosina a cui
viene aggiunto un gruppo metilico
 modificazione degli istoni > gli istoni sono quelle proteine cariche negativamente a cui il DNA
si lega, può essere un’acetilazione, una metilazione o una fosforilazione e quindi gli istoni
sono modificati e il DNA di conseguenza non si può più avvolgere correttamente su di esso
 rimodellamento della cromatina > ci possono essere degli errori nella formazione di alcune
regioni del cromosoma, la struttura cromatidica cambia e quindi non si riesce ad avere
l’espressione del gene
 silenziamento genico
L’epigenetica può derivare da una di queste attività ma possono agire anche in combinazione tra di
loro e condizionare l’espressione dell’ambiente.

Metilazione del DNA.

La metilazione del DNA è un processo post replicativo, quindi il DNA viene replicato e dopo la
replicazione c’è una modificazione del nucleotide soprattutto a carico della citosina.
La metilazione del DNA è fondamentalmente decisa durante lo sviluppo dell’organismo ed è quindi
uno dei meccanismi correlati con il differenziamento cellulare.
Nei mammiferi la metilazione avviene quasi esclusivamente a livello della citosina, all’interno dei di
nucleotidi CpG, presenti nei genomi come isole.
La "p" nella notazione CpG si riferisce al legame fosfodiesterico tra la citosina e la guanina.
Le isole CpG sono regioni genomiche che contengono un'elevata densità di dinucleotidi CpG.
Nei mammiferi, la lunghezza di un'isola CpG è generalmente compresa tra le 300 e le 3.000 paia di
basi.
Si trovano all'interno e nelle vicinanze di circa il 40% dei promotori dei geni di mammifero.
Nel genoma umano approssimativamente il 70% dei promotori ha un alto contenuto di CpG.
Tramite indagini bioinformatiche sono stati fatti degli studi sui geni noti ed è stato visto che nel
momento in cui un gene presenta un’isola CpG presenta un’organizzazione di questo genere: una
regione di almeno 200 bp con una percentuale di C-G > del 50% e con un rapporto di CpG > del 60%.
Le regioni di DNA, che con maggior probabilità sono isole CpG, sono più lunghe di 500 bp con una
percentuale di C-G >55% e con un rapporto di CpG maggiore del 65%.
I siti CpG nelle isole dei promotori non sono metilati se i geni sono espressi, se invece sono metilati i
geni sono spenti.
La metilazione delle isole CpG marca i geni che non devono essere trascritti.
I geni in cui la maggioranza dei siti CpG è metilata (ipermetilazione) tendono ad essere inattivi.
I geni in cui è metilata solo una minoranza di siti CpG (ipometilazione) tendono ad essere attivi.
La metilazione è un processo che serve a regolare l’espressione genica ma è un processo che le
cellule memorizzano, cioè nel momento in cui un gene deve funzionare viene ipometilato se non
deve funzionare viene ipermetilato e a seconda della funzionalità di questo gene la cellula si ricorda
se lo deve metilare o meno.
Le principali funzioni della metilazione sono:
 regolazione genica > attiva o disattiva un gene
 difesa contro i trasposoni > i trasposoni sono porzioni di DNA che si possono spostare da una
parte all’altra e possono inserirsi in un gene rendendolo inattivo, la metilazione è
fondamentale per mantenere silenti (repressi) i genomi dei trasposoni e quindi non
potendosi più spostare non creano problemi a livello dei geni
Nel caso di una patologia come il cancro la metilazione può essere implicata nel controllo di queste
patologie: se c’è una condizione di ipometilazione si possono esprimere i geni oncogeni
determinando la manifestazione della malattia oppure si possono manifestare geni sottoposti ad
imprinting o dei geni coinvolti nell’instabilità cromosomica, al contrario se c’è una condizione di
ipermetilazione vengono inattivati i geni coinvolti nella regolazione della crescita cellulare e
apoptosi e quindi c’è la possibilità di bloccare l’avanzamento tumorale inoltre, vengono inattivati gli
oncosoppressori.
Nel cancro l’effetto principale dell’ipometilazione (che avviene soprattutto in sequenze ripetute del
DNA) è l’instabilità cromosomica, che porterà anch’essa a fenomeni di proliferazione cellulare e
metastasi conseguenti.
La de-metilazione di tutto il genoma sembra progredire con l’età, ma è stata anche collegata alla
scarsa nutrizione (mancanza di acido folico nella dieta).
Nel cancro, unitamente ai fenomeni di ipometilazione, è stata riscontrata anche una iper-
acetilazione degli istoni.
La manifestazione della patologia è dovuta all’alterazione dell’espressione del gene che a sua volta è
dovuta dall’alterazione del pattern epigenetico che è determinata da: stress comportamentali,
fattori nutrizionali, inquinanti, pesticidi e metalli pensati.
Ci sono dei nutrienti che possono modificare l’espressione del DNA o della cromatina alterandone la
struttura.
Una volta identificati gli effetti che questi nutrienti possono avere si può cercare di risolvere alcuni di
questi problemi con la nutrigenomica (dieta, somministrazione di farmaci, ecc.).
Sono stati condotti esperimenti su topi femmine che hanno una colorazione particolare, giallastra e
questa tipologia di topi è detta aguti.
L’esperimento viene fatto su aguti incinte che seguono una alimentazione a base di nutrienti con
donatori di gruppi metilici (aglio, cipolla, barbabietole ecc.).
Tipicamente la progenie è identica ai genitori nella maggior parte dei casi.
La progenie di topi femmine alimentate in questo modo (ipermetilazione) presentavano fenotipi
normali marroni e minor predisposizione alle malattie, con una vita media più lunga rispetto al
controllo. Erano inibiti in definitiva i geni coinvolti nelle patologie.
Quando il gene aguti non è metilato dà pelo giallo e topi obesi, quando il gene aguti viene metilato i
topi sono magri e di colore marrone.
In Olanda nel freddo inverno del 1944, il blocco dei trasporti da parte dei tedeschi in ritirata e la
carestia causarono un’alimentazione con 500 calorie al giorno/persona in circa ¼ della popolazione
olandese e 18.000 persone morirono di fame.
Le autorità sanitarie olandesi hanno analizzato i registri sanitari di tutti i cittadini, ciò ha permesso
agli scienziati di misurare gli effetti della carestia e della fame sulla salute umana (esperimento
naturale).
Molti bambini concepiti durante la Hunger winter (l’inverno della fame) erano piccoli e sottopeso. La
scarsa alimentazione ha prodotto conseguenze in età adulta.
Infatti, negli stessi soggetti adulti è stato rilevato:
- aumento dell’obesità
- aumento del diabete di tipo II
- aumento delle malattie cardiovascolari (aumento del colesterolo con metilazione di geni
collegati al suo trasporto)
- aumento della schizofrenia (metilazione del gene IL10)
Andando ad osservare delle popolazioni che vivevano nel nord della Svezia si è visto che nonni che
avevano vissuto l’infanzia in periodi di abbondanza delle risorse alimentari avevano più facilmente
nipoti maschi affetti da diabete.
Il rischio di sviluppo di patologie era legato a tratti epigenomici sesso specifici, quindi legati a
cromosomi X e Y.
Nonne → surplus di cibo subìto in utero o nella prima infanzia.
Nonni → surplus di cibo subìto nella fase di pre-adolescenza.
Questo surplus è cruciale perché sballa tutti i meccanismi metabolici successivi.
Ci sono stati degli autori che hanno dimostrato che in uomini di Taiwan il consumo regolare di semi
di una palma li predispone al diabete di tipo 2 e che l’alterazione epigenetica è trasmessa per via
paterna.
Sembra invece che alcune componenti presenti all’interno del tè verde come l’epigallocatechina e la
genisteina possono essere utili perché prevengono lo sviluppo di tumori questo perché regolano la
metilazione e inducono l’accensione o lo spegnimento di geni cancerosi noti.

Lo studio dei fattori dietetici che influenzano l’espressione dei geni ci consentono di fare una
diagnosi precoce degli individui con profili epigenetici specifici in modo da prevenire l’insorgenza di
malattie.
Diversi studi su animali da esperimento sono incentrati sulle relazioni materne e ambientali delle
prime fasi dello sviluppo ed è stato rilevato l’assetto dello stress negli individui oggetto delle
sperimentazioni.
Cuccioli di ratto allevati da madri poco premurose quando confrontati con cuccioli allevati da madri
premurose, presentavano un’ipermetilazione delle isole CpG e degli istoni del promotore del gene
del recettore per i glucocorticoidi (GR) dell’ippocampo.
Nello sviluppo questi animali presentavano un’alterazione della risposta di stress rispetto ai ratti
allevati con maggiore cura.
Nella stessa maniera, femmine di altri animali, allevati da madri poco amorevoli, presentavano lo
stesso epigenoma delle madri e quindi riproducevano lo stesso comportamento poco amorevole sui
loro figli.
Non solo la metilazione può influenzare l’espressione di un determinato gene ma anche
l’acetilazione degli istoni.
È stato visto che inibendo l’acetilazione degli istoni diminuisce l’espressione del gene del recettore
del cortisolo e i fenotipi possono condizionare il fattore di accudimento.
È stato visto che il fumo materno altera l’espressione dei geni nel feto.
Altri studi sono stati condotti sui gemelli omozigoti, i gemelli omozigotici condividono lo stesso
genotipo e mostrano in giovane età una distribuzione simile della metilazione del DNA.
Col passare degli anni si osserva una significativa discordanza nei fenotipi: es. disordini mentali,
cancro ecc.
Nel tempo le differenze epigenetiche si accentuano, soprattutto in gemelli che hanno avuto
esperienze di vita differenti.
L’informazione che hanno è la stessa ma con il tempo in base allo stile di vita cambiano.
Queste caratteristiche epigenetiche sono ereditabili: è stato condotto uno studio per determinare
l’azione del fungicida vinclozolina su femmine di topo incinte e ha mostrato un effetto epigenetico
indotto tramandato per almeno quattro generazioni.

Imprinting genomico.
Meccanismo di esclusione allelica, per cui uno dei due alleli di un gene, pur essendo presente, non è
funzionale pur essendoci.
Trovato in piante, mammiferi e in alcuni insetti. Può essere di origine materna o paterna, e sembra
dovuto a fenomeni di metilazione del DNA e modificazioni istoniche.
L’imprinting genomico è un altro esempio di modificazione dell’espressione dei geni che avviene a
causa della non funzionalità di uno dei due alleli.