Università degli Studi di Pavia

Il mondo a RNA

Daniele Dondi
É nato prima l’uovo o la gallina?

Informazione Catalisi

DNA RNA Proteine

? ?

Miglior candidato, sia come

catalizzatore che come Ribozimi
magazzino di informazione
(uovo E gallina)
 Thomas Cech
Sidney Altman

Alcuni tipi di RNA possono fungere da

enzimi verso se stessi, tagliandosi in due e
ricucendosi nuovamente
1986 Walter Gilbert introduce il termine
“mondo a RNA”

Brachet 1959; Woese 1967; Crick 1968;

Orgel 1968; White 1976; Pace and Marsh
1985; Sharp 1985; Alberts 1986; Gilbert
1986; Cech 1986; Lewin 1986; Weiner and
Maizels 1987; Benner et al. 1989; Gibson
and Lamond 1990; Joyce 1989, 1991;
Kenneth and Ellington 1995...
Leslie Orgel
 Spiegelmann
Darwinismo molecolare

Isolamento della Q replicasi, enzima in grado di duplicare

RNA a partire dalle basi trifosfate.

Incubando sequenzialmente l’RNA sintetizzato, a partire da

RNA complessi dopo qualche ciclo si otteneva solo un RNA
dalla lunghezza di 220 basi. Questo frammento, generato da
errori casuali, era in grado di duplicarsi più velocemente
degli altri.

  X X
Ripetendo l’esperimento ma diminuendo la quantità di
RNA stampo fino alla sola presenza dei soli monomeri,
si può generare RNA ex novo. La sequenza di 220 basi è
uno dei possibili risultati ma ne sono stati isolati altri
variando le condizioni sperimentali.

Quasispecie
Una quasispecie si ottiene quando il processo di
replicazione non è perfetto, ma gli errori non sono
sufficienti a far estinguere la specie.
I virus possono essere un esempio di quasispecie

Manfred Eigen
 GLI IPERCICLI

Ipercicli ed
evoluzione

Manfred Eigen
 Autoreplicazione
sequenze semplici
di RNA

Costituzione
ipercicli
catalitici
Sviluppo
compartimentazion
e (membrane)

Manfred Eigen
 Il mondo a lipidi

Interazioni non covalenti

Self assembly di molecole anfipatiche, che
sono sempre presenti nel brodo primordiale

http://ool.weizmann.ac.il/ Doron Lancet

 RNA e lipidi

Selezione di opportune membrane lipidiche atte alla

permeazione di ioni Mg2+, catalizzatore della
duplicazione di RNA

La montmorillonite catalizza la formazione di

vescicole da micelle e tende a sequestrare RNA

Selezione artificiale di RNA catalitici

Jack W. Szostak
http://genetics.mgh.harvard.edu/szostakweb/
 Il mondo a RNA? Una reinterpretazione

Informazione

Catalisi
Limitata concentrazione di basi
azotate nel brodo primordiale,
presenza di analoghi di basi azotate

Il problema del ribosio

Il problema del fosforo

…
 Sostituti del ribosio

TNA

Sono capaci di accoppiare DNA e RNA

Eschenmoser
Piranosil-RNA o pRNA

Eschenmoser
Altri XNA
Anche legami peptidici possono rimpiazzare il ribosio
(PNA achirali) e accoppiare DNA e RNA (Nielsen)
HO OH

A T O
NH 2 O
-
O P O
O HO O
N

O G O
NH C O
-
O P O
N O HO O

O C O
NH G O
-
O P O
N O HO O

O A O
NH T OH

N O

PNA CONH2
RNA
 Critiche e riflessioni

Il mondo a RNA dovrebbe aver interagito molto

presto con aminoacidi e proteine, e forse, come
PURO mondo a RNA, non è mai esistito.

Se il mondo a RNA si fosse autosostenuto, sarebbe

difficile spiegare perché l’evoluzione abbia
introdotto solo dopo le proteine

Prima il metabolismo e poi l’informazione?

(coenzimi, mondo a solfuri [de Duve])

Modelli matematici

Reti booleane stocastiche

ANTICAOS

Reti NK
K = 2
Attrattori caotici

Cellule e attrattori

Stuart Kauffman
 2 C4H10 + 13 O2 8 CO2 + 10 H2O

Approccio deterministico alle reazioni

chimiche

Reti caotiche di reazioni

chimiche generano attrattori
strani?
 Reti Chimiche

N specie
M reazioni chimiche

Diminuendo il numero di reazioni M su quello delle specie

coinvolte N, si passa da reti di reazione insensibili alle
concentrazioni iniziali (si formano i prodotti più stabili) a
situazioni in cui sono presenti solo alcune miscele, fino ad
arrivare ovviamente al caso in cui sono presenti
essenzialmente i reagenti.
Sintesi di Formazione di Reazioni
elementi molecole semplici fotochimiche
pesanti
(alte energie, alta T) (spazio, bassa T)

Reazioni
Nascita e Differenziamento
termiche e
sviluppo cellulare
fotochimiche
metabolismo/ (morfogenesi)
(pianeti)
autoriproduzione
 Per concludere…

•La generazione in vitro di sistemi

autoreplicanti e metabolismi artificiali non
è condizione sufficiente per spiegare la
comparsa della vita sulla terra

•La maggior parte degli effetti è non

lineare, quindi è difficile fare previsioni…